조심 2021지3234 (2022.06.15)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 반도체 및 디스플레이용 전자재료 제조업 등을 영위하고 있는 내국법인으로, 인도네시아, 중국 및 대만(이하 “해외자회사”라 한다)에 현지법인을 두고 있으며, 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정「지방세법」”이라 한다) 제103조의19에서 규정한

「법인세법」 제13조

에 따라 계산한 금액과 동일한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 하고, 같은 법 제103조의20의 세율을 적용하여 산출한 2015사업연도 법인지방소득세를 신고.납부하였다.

나. 그 후 청구법인은 ① 2015사업연도에 해외자회사로부터 이자 및 사용료소득을 수취하고 당해 국가에 납부한 외국납부세액 OOO원(이하 “쟁점외국납부세액”이라 한다)을 2015사업연도 법인지방소득세에서 세액공제하고, ② 2014사업연도 이전에 발생한 「조세특례제한법」상 연구.인력개발세액 및 고용창출투자세액 중 최저한세 등의 사유로 인하여 공제받지 못한 OOO원(이하 “쟁점이월세액”이라 한다)에 대하여 이월세액공제규정을 적용하여 산출한 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 ＜별지＞ 기재와 같이 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 ＜별지＞ 기재와 같이 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점외국납부세액을 법인지방소득세에서 세액공제하여야 한다.

(가) 처분청은 개정「지방세법」에 따라 법인지방소득세 세액공제 및 감면은 개정「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 개정「지방세법」 및 「지방세특례제한법」상 법인에 대하여 별도의 외국납부세액공제 규정이 없기 때문에 이를 적용할 수 없다는 의견이나, 개정「지방세법」 및 「지방세특례제한법」상 외국납부세액공제 규정의 유무와 관계없이 조세조약은 자기집행력을 갖는 그 자체로 별도의 시행입법 등의 변형행위 없이 국내법적 효력을 갖는 점에 비추어 볼 때, 법인지방소득세에 대해서도 조세조약의 규정이 직접 적용되어 쟁점외국납부세액공제를 받을 수 있다고 보아야 한다.

개정

「지방세법」 제103조의19

는

「법인세법」 제13조

에 따라 계산한 금액을 법인지방소득세의 과세표준으로 규정하고 있을 뿐, 세액공제에 관한 별도의 규정은 없다.

그런데

「헌법」 제6조

제1항은 헌법에 의하여 체결.공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 가진다고 규정하고 있는바, 조약이 적법하게 체결.공포되면 특별한 이행법률의 제정없이 자동적으로 국내법에 편입되는 것이 원칙이고, 조세조약의 경우도 원칙적으로 자기집행적 조약으로서 그 자체로 별도의 시행입법 등 변형행위 없이 국내법적 효력을 갖게 된다고 보아야 한다.

그렇다면, 조세조약의 일반원칙상 외국납부세액은 세액공제되어야 하고, 국내법상 법인지방소득세에 대한 외국납부세액공제에 관한 별도의 구체적인 규정이 없다고 하더라도 이미 조세조약이 체결되어 국회의 비준을 받아 공포된 경우에는 국내법과 같은 효력을 갖게 되는 것이며, 해당 조세조약에서 정한 외국납부세액공제 규정을 그대로 「지방세법」의 법인지방소득세 규정에 적용할 수 있는 것인바, 납세자는 이러한 조세조약의 자기집행력에 근거하여 조세조약을 직접 적용하여 세액공제를 받을 수 있다.

청구법인이 공제를 청구한 쟁점외국납부세액은 중국 등에서 발생한 것으로, 「대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정의 제2의정서」(이하 “한.중 조세조약”이라 한다)은 지방소득세(구 주민세)를 대상조세로 명시하고 있으므로 청구법인의 2015사업연도 법인지방소득세에서 외국납부세액을 공제하여야 한다.

(나) 법인지방소득세 대하여 조세조약에 따라 외국납부세액을 공제하는 것은 “혜택”이 아니라 이중과세에 대한 “조정”에 해당하고, 그 적용에 있어 개인과 법인을 달리 구분할 이유가 없다.

개인지방소득세에 관하여는 법인지방소득세와 달리 독립세 방식으로 전환된 이후에도 여전히 외국납부세액의 공제를 허용하고 있는데, 이는 지방소득세에 대하여 외국납부세액을 공제하는 것은 “혜택”이 아니라 이중과세에 대한 “조정”에 해당한다는 점에서 보면 당연한 법리를 확인한 규정이다.

(다) 조세심판원의 결정례(조심 2016지872, 2018.2.6.)에서도 「지방세특례제한법」에 지방세 특례를 적용할 수 있는 법령으로 “조약”을 명시하고 있고, 조세조약의 효력을 인정하여 외국납부세액공제를 적용할 수 있다고 판단하였다.

(2) 개정「지방세법」 부칙 제15조에 따라, 그 개정 이후 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세에도 「조세특례제한법」상 이월세액공제 등 종전 규정을 적용하여야 한다.

(가) 처분청은 개정「지방세법」에 따라 법인지방소득세 세액공제 및 감면은 「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 현행 「지방세특례제한법」상 별도의 세액공제 규정이 없기 때문에 「지방세법」 개정 이전에 발생한 「조세특례제한법」상 이월세액공제에 대해서는 세액공제를 적용할 수 없다는 입장이나, 개정「지방세법」시행 이전에 발생한 「조세특례제한법」상 이월세액에 대해서는 개정「지방세법」 부칙 제15조의 경과규정 및 납세자의 신뢰보호를 감안하여 쟁점이월세액 공제가 인정되어야 하며, 법원에서도 이를 고려하여 이월세액공제를 허용하는 것으로 판결하고 있는바, 개정「지방세법」 시행 이전에 발생하여 이월된 「조세특례제한법」상 이월세액공제에 대해서는 세액공제를 적용하는 것이 타당하다.

개정「지방세법」에서 법인지방소득세가 독립세로 전환되면서 그 부칙 제15조에서 일반적 경과조치를 두고 있는데, 대법원은 개정된 세법 부칙이 경과규정을 두고 있다면, 이는 “세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정”이라고 보고 있다(대법원 1994.5.24. 선고 96누5666 전원합의체 판결).

그런데 법인지방소득세는 개정「지방세법」시행 이전에는 “공제.감면 세액을 차감한 후의 법인세 결정세액의 10%”로 산출되어 부가세 형식으로 과세되었고, 납세의무자는 결손 및 최저한세 등의 제한으로 공제받지 못한 세액이 있을 경우, 일정 기간 내에는 이월하여 공제받을 수 있다는 것에 대하여 「법인세법」, 「조세특례제한법」, 「지방세법」, 「지방세특례제한법」등을 신뢰한 것이다. 즉, “세액한도를 초과한 「조세특례제한법」상 세액공제에 대하여 5년 이내에 법인지방소득세에서 공제받을 수 있도록 신뢰가 형성된 것이다.

또한, 일반적 경과조치에서 말하는 종전의 규정에는 「지방세법」 뿐만 아니라 법인지방소득세의 산출근거가 되는 「법인세법」, 「조세특례제한법」 및 「지방세특례제한법」 등의 규정도 포함된다. 그 이유는 명칭을 불문하고 지방세 관련 최종 세액에 영향을 미치는 관련 법령 내용이 포함된다고 보는 것이 합당하기 때문이다.

따라서 개정「지방세법」 시행 이전인 2013사업연도까지 발생한 「조세특례제한법」상 이월세액공제에 대하여는 종전의 규정, 즉

「법인세법」 제57조

제2항 및 구

「지방세법」제89조

제1항에 따라 법인지방소득세에서도 공제받을 수 있는 것으로 보아야 한다.

(나) 구「지방세법」에 대한 납세자의 신뢰보호 차원에서 법인지방소득세 산정 시 쟁점이월세액공제가 허용되어야 한다.

구「지방세법」에서 연구.인력개발비 세액공제 및 투자세액공제 등 세액공제.감면규정을 별도로 규정하지 않은 이유는 법인지방소득세가 법인에게 부가하는 형태의 세목이었기 때문으로, 과세표준이 법인세액인 이상 구「지방세법」에 별도의 세액공제.감면 조항이 존재하지 않았더라도 법인세액을 산출하기 위한 「법인세법」과 「조세특례제한법」의 세액공제.감면조항에 따라 법인세가 계산되면 자동적으로 법인지방소득세가 계산되는 구조였다

따라서, 법인세액을 산출하기 위한 법인세액과 「조세특례제한법」의 세액공제.감면조항 역시 구「지방세법」상 법인지방소득세에 대한 세액공제.감면조항에 포함된다고 볼 수 있다.

또한, 「조세특례제한법」상 세액공제에 대하여 최저한세 등의 적용으로 당해 사업연도에 세액공제를 받지 못하더라도

「조세특례제한법」 제144조

에 따라 5년간 이월하여 세액공제를 받을 수 있었고, 법인세액에 부가하여 이루어지는 법인지방소득세에 있어 이러한 이월공제를 받을 수 있다는 신뢰는 보호되어야 하는 것으로서, 개정「지방세법」에서도 「조세특례제한법」상 이월세액공제에 한해서는 쟁점이월세액공제가 허용되어야 할 것이다.

(다) 판례에서도 납세자의 신뢰보호를 고려하여 법인지방소득세 산정 시 이월세액공제가 허용되는 것으로 판시하고 있다.

서울행정법원은 “법인지방소득세에서의 이월된 연구.인력개발비 등 세액공제”가 문제된 사안에서, 개정「지방세법」 부칙 제15조의 경과규정은 “납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것으로 종전의 지방세 중 법인지방소득세에 있어서는 그 구조상 「법인세법」과 「조세특례제한법」에 따른 규정에 의하여 산출된 법인세액에 대한 신뢰가 있었다고 보는 것이 타당하므로 법인지방소득세에 있어 이 건 경과규정 상의 종전규정에는 「지방세법」만이 아닌 「법인세법」 내지 「조세특례제한법」의 제반규정이 포함된다고 해석”하여야 한다고 보았다(서울행정법원 2019.11.19. 선고 2018구합82279 판결).

최근 서울고등법원은 더 나아가 종전에는 최저한세 적용대상이 아니었던 석.박사 인건비, 연구.인력개발비 세액공제가 「조세특례제한법」의 개정에 따라 최저한세 대상이 됨에 따라, 개정 법률 시행 전 발생한 이월공제액이 개정 법률에 따른 최저한세의 적용대상이 되는지 문제가 된 사안에서, 그 부칙에서 별도의 경과규정을 두고 있지 않다고 하더라도 개정 법률의 시행일 이후 발생하는 세액공제분부터 개정 규정이 적용되어야 하고, 개정 이전에 발생하여 이월된 공제세액 부분은 법 개정에도 불구하고 여전히 공제받을 수 있다고 보았다(서울고등법원 2018.11.28. 선고 2018누52817 판결).

위 판결은 별도의 경과규정이 없는 경우에도 이월된 공제세액의 공제가 가능하다고 본 것이므로, 이 건과 같이 경과규정이 존재하는 경우에는 더욱 이월된 공제세액에 대한 공제가 가능하다고 보아야 할 것이다.

그렇다면, 개정「지방세법」 부칙 제15조의 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때, 「조세특례제한법」상 이월세액에 대해서는 법인지방소득세에서도 쟁점이월세액공제가 허용되어야 한다.

만일 이와 같이 해석하지 않는다면 납세자로서는 종전의 법인지방소득세에 있어서는 「법인세법」에 따라 공제받을 수 있었던 부분을 단순히 해당 사업연도의 과세소득이 적거나 국외원천소득이 충분하지 않았다는 우연한 사정에 의하여 개정「지방세법」에서는 전혀 공제받을 수 없는 결과가 되어 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 개정「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에 세액공제 규정이 존재하지 않으므로 쟁점외국납부세액을 법인지방소득세에서 세액공제하기 어렵다.

(가) 법인지방소득세는 개정「지방세법」에서 규정한 과세체계를 따른 것이며, 개정

「지방세법」 제103조의22

제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정하도록 하고 있으나 현행 「지방세특례제한법」에서는 외국납부세액공제에 대하여 별도로 규정하고 있지 않다.

한.중 조세조약 제4조에서 “한국 거주자의 경우 이중과세는 다음과 같이 회피된다”고 하면서 한국 외의 국가에서 납부하는 조세에 대하여 한국의 조세로부터 세액공제의 허용에 관한 한국세법의 규정에 따를 것을 조건으로 중국 내에서의 원천소득에 관하여 직접적이든 공제에 의하여서든 중국의 법과 협정에 따라 납부하는 중국조세는 동 소득세에 관하여 납부하는 한국조세로부터 세액공제를 허용한다고 규정하고 있다.

조세조약의 경우 국회의 비준을 받아 공표되는 것으로 그 자체로 국내법과 같은 지위를 가지며, 「지방세특례제한법」 제3항 제1조에서 이 법, 「지방세기본법」, 「지방세징수법」, 「지방세법」「조세특례제한법」 및 조약에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정하고 있으므로 조세조약이 외국납부세액공제의 근거가 될 수는 있으나, 한.중 조세조약에서 세액공제는 “한국세법의 규정에 따를 것을 조건”으로 하고 있으므로 세액공제가 가능하려면 한국세법에 공제 조항 및 공제액을 산정할 수 있는 조항이 있어야 할 것인데, 개정「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에는 그러한 규정이 존재하지 않는다.

따라서, 현행 법령 및 조세조약 등에 법인지방소득세 산정 시 외국납부세액을 공제할 수 있는 근거규정이 없는 이상, 쟁점외국납부세액을 공제할 수 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2019지1528, 2019.11.8., 같은 뜻임).

(나) 「법인세법」에 따라 내국법인은 국내, 국외를 불문하고 각 사업연도 소득에 대하여 법인세 납세의무를 지므로 국외에서 사업을 하는 법인의 경우 동일한 소득에 대하여 2개 이상의 나라에서 이중적인 세부담을 지게 되고, 이는 법인의 해외진출 제약요인이 되므로 제도적으로 국가 간 조세조약 및 국내법의 규정을 두어 이를 해소할 수 있도록 하고 있다.

이와 관련하여

「법인세법」 제57조

및 같은 법 시행령 제94조에서 외국법인세액은 외국정부에 납부하였거나 납부할 세액으로 이를 법인세액에서 공제하거나 손금에 산입하는 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다고 하여, 법인세에서 외국 지방자치단체에 납부한 지방세까지도 포함한 외국납부세액 전액을 조정할 수 있도록 규정하고 있다.

이처럼 외국납부세액공제 규정이 국가 간 이중과세를 조정하기 위한 것임을 볼 때, 현행 조세법령의 체계상 법인지방소득세에는 별도의 국가 간 이중과세조정 규정을 두지 않고, 국세인 법인세에서 모두(지방세 포함) 조정하는 것이다.

따라서, 개인지방소득세에 관하여는 독립세 전환 이후에도 여전히 외국납부세액의 공제를 허용하는 것이 외국납부세액공제가 이중과세에 대한 “조정”에 해당하는 점에서 보면 당연한 법리를 확인한 규정이므로 법인지방소득세에서도 쟁점외국납부세액공제를 허용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 개정「지방세법」에 따라 법인지방소득세가 독립세 방식으로 변경되었으므로, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세를 산정할 때에는 쟁점이월세액공제를 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

개정「지방세법」 부칙 제2조(일반적 적용례)에서 개정 법률 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 해당 법률을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 2015사업연도분 법인지방소득세는 「조세특례제한법」이나 「법인세법」이 아닌 개정「지방세법」에 따라 산정되어야 한다.

특히, 2014.1.1. 이전에는 「지방세법」상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10％의 세율을 적용하여 산출되었기에, 법인지방소득세 산출 시 이월세액공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산출한 결과 이월세액공제액의 10%에 상당에 해당하는 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 이월세액공제에 관한 규정을 개정「지방세법」 부칙에서 종전 규정의 적용대상으로 규정한 “종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세”에 해당한다고 보기 어렵다.

「조세특례제한법」 제144조

제1항 및

「법인세법」제57조

제1항ㆍ제2항에서는 이월세액공제의 대상을 법인세로 규정하고 있는바, 위 규정을 종전 규정으로 보더라도 그 내용만으로는 법인지방소득세의 세액 산출 시에 영향을 준다고 보기 어렵다.

납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다(대법원 2001.5.29. 선고, 98두13713 판결 참조).

따라서, 이월세액공제의 10%에 상당하는 법인지방소득세는 개정「지방세법」부칙 제15조의 일반적 경과조치에서 종전 규정의 적용대상으로 규정한 “종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세”에 해당한다고 보기 어려운바, 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점외국납부세액을 법인지방소득세에서 세액공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라, 그 개정 이후 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세에도 「조세특례제한법」상 이월세액공제 등 종전 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은

「법인세법」 제13조

에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다.(후문 생략)

부 칙

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의 29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제122175호 개정된 것)

제174조(세액공제액의 이월공제) ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조 제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(

「조세특례제한법」 제126조의6

을 적용하는 경우에는

「소득세법」 제45조

제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다] 에서 공제한다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 이하 생략)

제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다.

제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과

「법인세법」 제91조

제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(괄호 생략)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 “법인세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구ㆍ인력개발준비금

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제62조 제1항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의 2, 제8조의 3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의 2부터 제25조의 4까지, 제26조, 제29조의 2, 제30조의 2, 제30조의 4, 제94조, 제104조의 5, 제104조의 8, 제104조의 14, 제104조의 15, 제104조의 18, 제104조의 22, 제104조의 25, 제126조의 6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의 6을 적용하는 경우에는

「소득세법」 제45조

제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(4) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 것)

제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(괄호 생략)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(괄호 생략)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 “공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

(5) 대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정의 제2의정서(조약 제1793호, 2006.6.30. 국회 비준동의, 2006.7.4. 발효)

제4조 협정의 한국어본 제23조 제1항과 중국어본 제23조 제2항은 삭제되고 다음에 의하여 대체된다.

1. 한국 거주자의 경우, 이중과세는 다음과 같이 회피된다.

한국 외의 국가에서 납부하는 조세에 대하여 한국의 조세로부터 세액공제의 허용에 관한 한국세법의 규정(이 항의 일반적인 원칙에 영향을 미치지 아니한다)에 따를 것을 조건으로,

가. 중국 내에서의 원천소득에 관하여, 직접적이든 공제에 의하여서든 중국의 법과 협정에 따라 납부하는 중국조세(배당의 경우 배당이 지급되는 이윤에 대하여 납부할 조세를 제외한다)는 동 소득에 관하여 납부하는 한국조세로부터 세액공제를 허용한다. 그러나 그 공제세액은 중국 내에서의 원천소득이 한국의 조세납부 대상이 되는 전체소득에서 차지하는 비율에 해당하는 한국의 조세액의 부분을 초과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 반도체 및 디스플레이용 전자재료, 발포제의 제조업 등을 영위하고 있는 내국법인으로, OOO에 본점을, OOO및 OOO등에 3개의 제조시설을 가지고 있으며, 인도네시아, 중국 및 대만에 현지법인을 두고 있다.

(나) 청구법인은 2014.1.1. 「지방세법」 개정 전까지 외국에서 직접 납부한 외국법인세액에 대한 외국납부세액공제와 「조세특례제한법」상 세액공제를 적용하여 왔다.

(다) 청구법인은 2015사업연도에 인도네시아, 대만, 중국 등 해외자회사로부터 수령한 이자 및 사용료소득에 대하여 당해 국가에 총 OOO원의 법인세를 납부하였으며, 각 국가에 납부한 외국납부세액은 청구법인의 2015사업연도 법인세 신고 시 외국납부세액공제를 적용하였다.

(라) 또한, 2014사업연도 이전에 발생한 「조세특례제한법」상 연구.인력개발세액공제 및 고용창출투자세액공제 중 최저한세 등의 사유로 인하여 공제받지 못한 아래의 이월세액공제 OOO원 중 OOO원을

「조세특례제한법」 제144조

의 제1항의 이월공제규정에 따라 청구법인의 2015사업연도 법인세 신고 시 세액공제를 적용하여 법인세를 신고.납부하였다.

(단위 : 원)

※ 고용창출투자세액공제 이월액 중 OOO원은 기타 사유로 인하여 2015사업연도에 소멸함

(마) 청구법인은 2014.1.1. 법률 제122175호로 개정된 「지방세특례제한법」에는 개인과 달리 법인지방소득세에 대한 직접적인 외국납부세액공제 및 「조세특례제한법」상 세액공제 규정이 없다는 점을 고려하여, 법인세에 대해서는 종전과 같이 외국납부세액공제 및 「조세특례제한법」상 세액공제를 적용하는 한편, 법인지방소득세에 대해서는 이를 적용하지 않고 관련 세액을 신고.납부하였다.

(바) 한편, 「지방세법」이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 「지방세법」 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되었으며, 이에 따라 청구법인은 2015사업연도 법인지방소득세 신고 시 외국납부세액공제 및 「조세특례제한법」상 세액공제를 적용하지 아니하였고, 이에 따라 처분청에 외국납부세액 및 「조세특례제한법」상 이월공제세액의 10%를 산출세액에서 차감하여 위 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

(사) 이에 따라 처분청은 지방세관계법에서 법인지방소득세에 관한 세액공제를 규정하고 있지 않다는 등의 사유로 ＜별지＞기재와 같이 경정청구를 거부하였다.

(아) 2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 개정이유는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계하기 위한 취지”로 나타난다.

(자) 개정 「지방세법」에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제.감면을 받았으나, 「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 「지방세특례제한법」 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다.

(차) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 「지방세특례제한법」에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 세액감면.세액공제 규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 한.중 조세조약에 따라 법인지방소득세 산정 시 쟁점외국납부세액을 세액공제하여야 한다고 주장하나,

한.중 조세조약 제4조에서는 “한국 거주자의 경우, 이중과세는 한국 외의 국가에서 납부하는 조세에 대하여 한국의 조세로부터 세액공제의 허용에 관한 한국세법의 규정에 따를 것을 조건으로, 중국 내에서의 원천소득에 관하여 중국조세는 동 소득에 관하여 납부하는 한국조세로부터 세액공제를 허용한다”라고 규정하고 있고, 위 조약에서는 국내법령에 따라 외국납부세액공제를 허용하도록 정하고 있을 뿐, 그 구체적인 방법을 마련하고 있는 것은 아니므로 법인지방소득세 산정 시 위 조약만을 근거로 하여 쟁점외국납부세액에 대한 세액공제가 적용된다고 보기 어려우며, 더욱이 「지방세특례제한법」 등 지방세관련 국내법령에서 외국납부세액공제를 적용할 수 있도록 별도의 근거법령을 마련하고 있지 아니한바, 쟁점외국납부세액을 세액공제 방식에 따라 공제할 수 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2020지3225, 2020.12.11.외 다수, 같은 뜻임).

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 「지방세법」 개정 이전에 발생한 「조세특례제한법」상 이월세액에 대하여 개정「지방세법」 부칙 제15조(일반적 경과조치) 등의 규정 및 신뢰보호의 원칙을 감안하여 2014년도 이후분 법인지방소득세 계산 시에도 쟁점이월세액공제가 인정되어야 한다고 주장하나,

2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있고, 2014.1.1. 개정 전「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 지방소득세 법인세분 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과하며, 개정「지방세법」 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2021지986, 2021.12.23.외 다수, 같은 뜻임).

(다) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제96조

제6항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 청구법인의 2015사업연도 소득에 대한 법인지방소득세 심판청구 내역

(단위 : 원)