조심 2022지0563 (2022.08.24)

OOO이 2021.11.29. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.9.14. 의약용 화합물 및 항생물질 제조 등을 영위할 목적을 설립된 법인으로, 2020.3.31. OOO(청구법인의 지점으로 사용하였으며, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고

「지방세법」 제11조

제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 그 후 청구법인은 2021.9.8. 쟁점부동산의 취득이

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에서 규정한 “창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당한다고 보아 기납부한 취득세 등 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.12.2. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조

제1항에 따른 창업벤처중소기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조 따라 벤처기업으로 확인받은 기업에 해당하는바, 쟁점부동산 취득에 따른 취득세는

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따라 75%의 감면이 적용되는 것이 타당하다.

청구법인은 2015.9.14. 의약용 화합물 및 항생물질 제조업을 사업 목적으로 설립되었으며, 세포치료제 제작 원료로 사용되는 무혈청 화학조성 배양 배지OOO기술을 확보하고 대량 배양 시스템을 구축하여 이를 제조.판매하는 회사이다.

청구법인 설립 당시 제정된 정관 제2조에서는 “생물학적 의약품, 첨단바이오 의약품, 조직광학제제 제조 및 판매업”(제4호) 및 “의약품, 의약외품 제조 및 판매업”(제6호) 등을 사업 목적으로 정하고 있었고, 법인등기부등본에서도 “4. 생물학적 의약품, 첨단바이오 의약품, 조직공학제제 제조, 개발 및 서비스업”을 설립 목적으로 하고 있다.

청구법인은 2016.6.16.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 최초로 벤처기업확인기관OOO으로부터 연구개발기업 유형 벤처기업인증서(유효기간 : 2016.6.12.～2018.6.15.)를 득하였고, 그 후 2차례 연장되어 2022.6.25.까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업에 해당한다.

세계 배지시장은 2018년 OOO원에서 2028년 OOO원으로 7배 가까이 성장할 것으로 전망되고 있는바, 청구법인은 세계 의료 시장에서 글로벌 기업들과의 경쟁력 확보를 위하여 연간 100,000L의 제품을 생산하고, 배양배지 관련 연구활동을 수행하기 위해 2021.3.31. 쟁점부동산을 취득하였다.

청구법인은 쟁점부동산 취득 이전에 동일 지식산업센터OOO내 314호와 쟁점부동산 중 315호.316호를 임차하였으며, 청구법인은 동 사업장을 2019.2.25. 「부가가치세법」상 지점으로 사업자등록을 하였다.

청구법인은 쟁점부동산 내 사업장에서 배양배지 제품을 생산.판매하기 이전에 본점 사업장에서 시제품 목적으로 생산한 배양 배지 제품OOO을 외부 제3자 고객에게 판매한 이력이 있다.

청구법인은 무혈청 화학조성 배양배지 생산을 위한 공장으로 사용하고자 2020.3.31. AAA주식회사로부터 쟁점부동산을 취득하였고,

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조

제1항에 따른 창업벤처중소기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조 따라 벤처기업으로 확인받은 기업에 해당하는바, 청구법인의 쟁점부동산 취득에 따른 취득세는

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따라 75%의 감면이 적용되는 것이 타당하다.

처분청은

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항의 “해당 사업”은 창업 이후의 모든 사업을 의미하는 것이 아니라 창업 당시의 사업을 의미하는 것으로 보는 것이 타당하다는 취지로, 쟁점부동산 취득은 새롭게 법인은 설립하지 않고 동일 업체 내에서 지점을 설치하여 “업종 추가”한 경우에 해당하는바, 창업에서 제외되는 “사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우”에 해당하므로 창업벤처중소기업의 요건을 충족하지 않는다고 판단하여, 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

청구법인은 설립 시점부터 “의료용 물질 및 의약품 제조업”을 정관 및 법인등기부등본상 사업 목적으로 하고 있었고, 쟁점부동산 내 지점 설치 이전부터 본점 사업장 연구소에서 시제품 목적으로 무혈청 배양배지 제품을 제조.판매한 점, 무혈청 배양배지 제조업 업종의 특성상 공장 설치.가동 이전에 신기술 연구.개발활동이 상당 기간 선행될 수밖에 없는 점, 청구법인과 같이 창업벤처중소기업이 부동산 취득 자금부족 등으로 인해 창업 후 임차사업장에서 사업을 최초로 개시하였다가 자금 확보를 통해 사업장을 취득하거나 다른 지역에 지점을 설치하거나 다른 장소에 업무용시설을 설치하는 경우를 사업의 확장으로 보아 취득세를 감면해주지 않고, 창업 당시부터 사업장을 취득할 자금력이 충분한 중소기업에 감면 혜택을 적용한다면 조세감면의 형평성과 입법취지에 반한다는 점, 쟁점부동산은 창업벤처중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당하는 점을 고려하면, 쟁점부동산의 취득은

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따라 75%의 감면이 적용되어야 한다.

(2) 쟁점부동산 취득이

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 여부에 대하여 구체적으로 보면,

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항 제2호에서는

「중소기업창업지원법」 제2조

제1호에 따른 ① 창업을 한 기업으로서, ② 2016.12.31.까지

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조

제1항에 따른 벤처기업 중

「지방세특례제한법 시행령」 제29조의2

제2항에 해당하고, ③ 창업 후 3년 이내에

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이, ④

「조세특례제한법」 제100조

제3항에서 열거하고 있는 업종에 해당하는 사업을 위해 ⑤ 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대한 취득세의 100분의 75를 경감하도록 하고 있다.

①

「중소기업창업 지원법」 제2조

제1호에 따른 “창업”이란 “중소기업을 새로 설립하는 것”으로서,

「중소기업창업지원법 시행령」 제2조

제1항 각 호에 해당하지 않는 것을 의미한다. 청구법인은 2015.9.14. 설립되었는바, 청구법인의 설립은

「중소기업창업지원법 시행령」 제2조

제1항 각 호에 해당하는 사유에 해당하지 아니하므로 「중소기업창업지원법」에 따른 “창업”에 해당한다.

②

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조

제1항 및 같은 법 제2조의2에 따른 “벤처기업”의 요건은

「중소기업기본법」 제2조

에 따른 중소기업에 해당하고,

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2

제1항 제2호 각 목 어느 하나에 해당하여야 한다. 청구법인은

「중소기업기본법」 제2조

에 따른 중소기업에 해당하고, 2016.6.16. 벤처기업확인기관OOO으로부터 연구개발기업 유형 벤처기업확인서를 발급받았는바, 이에 청구법인은

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2

제1항 제2호 나목에 해당하므로 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」상 “벤처기업”에 해당한다.

③ “창업벤처중소기업”이란 “벤처기업”이면서,

「지방세특례제한법 시행령」 제29조의2

제2항의 요건을 충족한 기업 중 창업 후 3년 이내에

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업을 의미한다. 청구법인은 2015.9.14. 창업하였고, 2016.6.16. 연구개발유형 벤처기업확인서를 득하였으므로 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업에 해당하는바,

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항 제2호에 따른 “창업벤처중소기업”에 해당한다.

④

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따른 창업중소기업 감면 규정은 같은 법 제58조의3 제4항에 따라 같은 법 제100조 제3항 각 호에 따른 업종을 영위하는 중소기업에 한해 적용하도록 하고 있다.

「조세특례제한법」 제6조

제3항 제2호에서는 “제조업”을 창업중소기업 감면대상 업종으로 열거하고 있는바, 쟁점부동산 취득 관련 업종은 “의료용 물질 및 의약품 제조업”이므로 이에 해당한다.

⑤ 창업벤처중소기업의 창업일은

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 벤처기업으로 확인받은 날을 의미한다. 청구법인은 2016.6.16. 벤처기업확인서를 발급받았으므로 이로부터 4년인 2020.6.16. 이내에 취득하는 사업용 재산은 취득세 감면대상에 해당하는바, 쟁점부동산의 취득시점인 2020.3.31.은 감면 기간 내에 속한다.

따라서, 청구법인은

「지방세특례제한법」 제58조의2

제1항 제2호에 따른 “창업벤처중소기업”에 해당하며, 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 창업벤처중소기업이 해당 사업을 위해 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당하므로

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따른 감면 대상에 해당한다.

(3) 쟁점부동산 취득에 따른 지점 설치가 “업종을 추가”한 경우에 해당하는지 여부에 대하여 보면,

(가) 청구법인은 설립 당시부터 “의료용 물질 및 의약품 제조업”을 사업 목적으로 하고 있었으므로 쟁점부동산 취득에 따른 지점 설치는 “다른 업종을 추가하는 경우”에 해당하지 않는다.

창업중소기업의 감면 범위에 속하는 업종인지의 여부는 법인등기나 사업자등록증 등의 형식적인 기재뿐만 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적 내용도 함께 감안하여 판단하는 것이 합리적이라 할 것이고, 당해 업종에 사용하기 위한 부동산에 해당하는지는 당해 업종의 업무수행을 위하여 필요한 시설물로서 계속적이고 고정적으로 그 목적사업에 직접 사용하는 고정재산적 성질을 갖는 부동산인지 여부에 따라 판단하여야 하고, 그 판단에 있어서는 반드시 주영업장소와 장소적 또는 물리적 근접성에 입각할 것은 아니며, 당해 부동산의 취득 목적, 그 실제 사용 관계, 고유업무 수행과의 연관성 등을 따져 개별적으로 판단하여야 한다.

청구법인은 설립 당시 2015.9.11. 제정된 청구법인의 정관 제2조에서 “생물학적 의약품, 첨단바이오의약품, 조직공학제제 제조 및 판매업”(제4호) 및 “의약품, 의약외품 제조 및 판매업”(제6호) 등을 사업 목적으로 정하고 있었고, 법인등기부등본에서도 “4. 생물학적 의약품, 첨단바이오 의약품, 조직공학제제 제조, 개발 및 서비스업”을 설립 목적으로 하고 있다.

청구법인은 설립 이후 지속된 연구활동 끝에 3년여 만에 세계 유일의 무혈청 화학조성 배양 배지OOO기술 개발에 성공하였고, 기술개발 이전에는 해당 제품을 양산.판매하는 것이 불가능하였으므로 청구법인은 기술개발에 성공하여 상용화 가능한 시점에 이르러서야 이를 본격적으로 양산.판매하기 위한 목적으로 대량배양 제조시스템을 구축하고자 쟁점부동산 내 지점을 설치하여 2019.2.25. 「부가가치세법」상 사업자등록을 하였다.

한편, 청구법인은 쟁점부동산 내 지점에서 배양배지 제품을 양산하기 이전에, 본점 사업장에서 시제품 목적으로 생산한 배양 배지 제품을 외부 제3자 고객에게 판매한 이력이 있다.

처분청은

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에서 규정하고 있는 감면 대상 요건인 “해당 사업”이란 창업 이후의 모든 사업을 의미하는 것이 아니라 창업 당시의 사업을 의미하는 것이고,

「지방세특례제한법」 제58조의3

제6항 제4호에 따른 창업에서 제외하는 “업종의 추가”란 최초로 영위하는 사업과 다른 사업을 영위하는 모든 경우를 의미하는 것인바, 쟁점부동산 내 사업장은 본점 사업장과 별도의 새로운 업종을 영위하는 지점에서 취득한 사업용 재산에 해당하므로 감면 대상이 아니라고 보았으나,

청구법인은 설립 시점부터 무혈청 화학조성 배양배지 제조업을 영위하고자 해당 사업 목적을 정관 및 법인등기부등본에 정하고 있었던 점, 청구법인은 쟁점부동산 내 사업장 설치 이전에도 본점 연구소에서 시제품 판매 목적으로 배양 배지를 제조하여 판매한 사실이 있는 점, 청구법인은 3년간의 연구 끝에 배양 배지 제조 기술을 획득하였으므로 설립 당시부터 쟁점부동산을 취득하여 제조업으로 사업자등록하는 것은 현실적으로 불가능한 점을 고려했을 때, 청구법인의 쟁점부동산 내 지점 설치는

「지방세특례제한법」 제58조의3

제6항 제4호에 따른 “업종의 추가”에 해당하지 않는다.

(나) 최근 조세심판원 결정례(조심 2020지762, 2020.8.21.) 등에 비추어 볼 때 청구법인의 취득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.

창업중소기업에 대한 지방세 감면제도는 중소기업의 보호 및 육성을 위한 방안의 하나로 도입되었으며, 중소기업의 창업을 장려하여 신규 고용을 창출하는데 그 정책 목적이 있고, 사업 초기에 창업중소기업의 조세부담을 완화하여 제조업 등의 산업기반을 강화하고자 창업(벤처)중소기업에 대하여 조세감면혜택을 부여하는 것이 입법 취지이다.

최근 조세심판원 결정례(조심 2020지762, 2020.8.21.)에서는 “일반적으로 제조업을 영위하고자 할 경우 그 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서 도.소매업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유로 처음부터 제조업을 영위하지 않은 것으로 보아 취득세 면제 대상에서 제외하는 것은 창업중소기업에 대하여 조세 감면 혜택을 부여하는 입법취지에 반하는 것으로 보이는 점(조심 2017지22. 2017.4.26.)에 근거하여 ”업종의 추가“ 사유로 인하여 창업중소기업에 대하여 조세 감면혜택을 배제한 처분은 잘못이 있다고 판단한 바 있다.

또한, 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-69, 2018.1.18.)에서는 “영세한 중소기업이 부동산 취득 자금 부족 등으로 인해 창업 후 임차사업장에서 사업을 최초로 개시하였다가 자금 확보를 통해 사업장을 취득하거나 다른 지역에 지점을 설치하거나 다른 장소에 업무용시설을 설치하는 경우에는 입법 취지로 볼 때, 감면이 배제되는 사업의 확장에 해당하지 않는 것”으로 해석하고 있다.

청구법인은 ① 설립 시점부터 무혈청 화학조성 배양배지 제조업을 영위하고자 해당 사업 목적을 정관 및 법인등기부등본에 정하고 있었고, ② 무혈청 배양배지 기술개발이 완료되어 이를 상용화하여 제품생산을 위한 쟁점부동산을 취득하게 되기까지 창업 이후 상당 기간이 불가피하게 소요될 수밖에 없었으며, ③ 쟁점부동산을 임차하다가 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업으로서 기술력을 인정받아 주식회사 BBB, CCC 등 벤처투자자들로부터 유상증자로 자금을 조달한 이후 2020년에서야 임차 중이던 쟁점부동산을 취득할 수 있었던 점 등에 근거할 때, 쟁점부동산의 취득은

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따른 창업중소기업 감면대상에 해당한다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 취득을

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에서 규정한 “창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산”이 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 설립 시점부터 “의료용 물질 및 의약품 제조업”을 사업목적으로 하고 있었고, 쟁점부동산 내 지점 설치 이전부터 본점 사업장 연구소에서 시제품 목적으로 무혈청 배양배지 제품을 제조하고 판매한 점, 무혈청 배양배지 제조업 업종 특성상 공장 설치, 가동 이전에 신기술 연구개발활동이 상당기간 선행될 수밖에 없는 점, 임차사업장에서 사업을 최초로 개시하였다가 자금 확보를 통해 다른 장소에 업무용 시설을 설치하는 경우 사업의 확장으로 본 것은 부당하다고 주장하나,

“사업의 확장”이란 중소기업을 설립하여 최초로 사업장을 두고 사업을 영위하다가 동일한 업종의 사업장을 추가하는 경우를 의미하고, “업종의 추가”란 최초로 영위하는 사업과 다른 사업을 영위하는 모든 경우를 의미하는 것으로서, 사업주체가 동일한 경우에는 사업장의 변화에 따라 추가된 사업장이나 업종에 대하여 더 이상 조세감면혜택을 부여하는 것이 조세형평상 불합리하므로 이를 배제하겠다는 의미(조심 2013지156, 2014.9.19.)인바,

청구법인의 경우, 법인 설립 당시 “연구개발업”으로 사업자 등록하여 사업을 영위하다가, 동일 업체 내에서 쟁점부동산에 지점을 설치하여 “의료용 물질 및 의약품 제조업”을 업종 추가한 사실이 사업자등록증에서 확인되는 점, 청구법인은 설립당시부터 “의료용 물질 및 의약품 제조업”을 사업 목적으로 하여 본점 사업장에서 배양배지 제품을 생산하였다고 주장하나, 2016사업연도 재무제표상 매출원가에 상품매출원가만 존재하고 제조원가 내역은 존재하지 않으며, 쟁점부동산 취득 이후 2020사업연도 재무제표에도 상품매출이 제품매출보다 높게 나타나는 점 등을 보아 창업 업종에 해당하지 아니하는 도매업을 겸업하여 영위한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은

「지방세특례제한법」 제58조의3

에서 규정하는 창업중소기업의 감면 대상에 해당하지 않는다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산의 취득이

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에 따른 창업벤처중소기업 감면대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.8.12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ①

「중소기업창업 지원법」 제2조

제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년간 경감한다.

2. 2020년 12월 31일까지

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조

제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은

「통계법」 제22조

에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

2. 제조업

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)

가. 연구개발업

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

(2) 중소기업창업 지원법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

(3) 중소기업창업 지원법 시행령

제2조(창업의 범위) ①「중소기업창업 지원법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호에 따른 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것을 말한다.

1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여 받아 해당 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것. 다만, 법인인 중소기업을 새로 설립하여 해당 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우는 제외한다.

2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업(법인인 중소기업은 제외한다)을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것

3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상이 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제2조(정의) ① “벤처기업”이란 제2조의 2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1.

「중소기업기본법」 제2조

에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것

제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4 제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 “벤처기업확인위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2015.9.14. 의약용 화합물 및 항생물질 제조 등을 목적사업으로 하여, OOO에 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 2016.6.16.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 OOO으로부터 연구개발기업 유형으로 벤처기업 확인을 받았고(유효기간 : 2016.6.12.～2018.6.15.), 그 후 2차례 연장되어 2022.6.25.까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업이며, 2020.3.31. 쟁점부동산을 취득하였다.

(나) 청구법인 설립 당시의 법인등기부등본 목적사업은 아래와 같다.

(다) 청구법인의 설립 무렵(2015.9.11.)에 제정한 정관 중 제2조(목적)는 아래와 같다.

(라) 청구법인의 사업자 등록증상 변동 내역은 아래와 같다.

(마) 청구법인의 표준재무제표증명상 매출관련 계정의 기재내용은 아래와 같다.

(바) 청구법인은 쟁점부동산 내 사업장에서 배양배지 제품을 생산.판매하기 이전에 본점 사업장에서 시제품 목적으로 생산한 배양 배지 제품OOO을 외부 제3자 고객에게 판매한 이력이 있다고 주장하며, 아래와 같은 내용의 관련 세금계산서를 제출하였다.

(단위 : 원)

(사) 위 (마)항의 2019사업연도 기타매출(OOO원) 안에는 위 (바)항의 세금계산서 중 2019사업연도 매출(연번 2～6)이 포함되어 있는데, 이는 청구법인이 제출한 장부(원장)에서 확인된다.

(아) 청구법인은 처분청 답변서에 대하여 아래와 같이 항변서를 제출하였다.

1) 다수의 조세심판원 결정례(조심 2020지762, 2020.8.21.; 조심 2017지22, 2017.4.26. 등)에서는 “일반적으로 제조업을 영위하고자 할 경우 그 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서 도·소매업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유로 처음부터 제조업을 영위하지 않은 것으로 보아 취득세 면제 대상에서 제외하는 것은 창업중소기업에 대하여 조세 감면혜택을 부여하는 입법취지에 반하는 것으로 보인다”고 하고 있다.

처분청 답변서에서 근거로 하는 조세심판원 결정례(조심 2013지156, 2014.9.19.)에서도 “당초 법인설립등기 시 자동차부품제조업과 도매무역업 등을 목적사업으로 등재하고 있었고, 법인설립 이후에 부동산을 임차하여 사업준비를 거쳐 당초 목적사업에 포함된 제조업을 영위하기 위하여 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하여 공장을 설립할 준비를 진행함과 병행하여 부동산매매계약 체결 이후에 도매무역업을 영위하였고, 이와 같이 법인설립 이후 2가지 사업을 병행하는 것이 새로운 업종을 추가한 경우에 해당된다고 보기 어렵다”고 하였다.

설립 당시 제정된 청구법인의 정관 제2조에서는 “생물학적 의약품, 첨단바이오의약품, 조직공학제제 제조 및 판매업”(제4호) 및 “의약품, 의약외품 제조 및 판매업”(제6호) 을 사업 목적으로 정하고 있었고, 법인등기부등본에서도 “4. 생물학적 의약품, 첨단바이오 의약품, 조직공학제제 제조, 개발 및 서비스업”을 설립 목적으로 하고 있다.

이처럼 청구법인의 경우와 다수의 조세심판원 결정례 및 행정안전부의 유권해석에 비추어 봤을 때, (1) 청구법인은 설립 시점부터 무혈청 화학조성 배양배지 제조업을 영위하고자 해당 사업 목적을 정관 및 법인등기부등본에 정하고 있었던 점, (2) 청구법인은 쟁점부동산 내 지점 설치 이전에도 본점 연구소에서 시제품 판매 목적으로 배양배지를 제조하여 판매한 사실이 있는 점, (3) 청구법인은 3년간의 연구 끝에 배양배지 제조 기술을 득하였으므로 설립 당시부터 「부가가치세법」상 제조업으로 사업자등록 하는 것은 현실적으로 어려운 점을 고려했을 때, 쟁점부동산에서의 지점 설치는 법인설립 이후 제조업 및 도매업을 병행하면서 제조업 관련 사업장을 추가로 설치한 것에 해당하는 것인바, 처분청이 사업자등록증상 형식적인 기재를 근거로 “업종의 추가”로 판단하는 것은 부당하다.

2) 조세심판원의 결정례에서는 “일반적으로 제조업을 영위하고자 할 경우 그 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서 도.소매업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유로 처음부터 제조업을 영위하지 않은 것으로 보아 취득세 면제 대상에서 제외하는 것은 창업중소기업에 대하여 조세 감면혜택을 부여하는 입법취지에 반한다고 하였다.

따라서 (1) 청구법인의 무혈청 배양배지 제조업 업종 특성상 공장 설치·가동 이전에 신기술 연구·개발활동이 상당 기간 선행될 수밖에 없는 점, (2) 청구법인은 쟁점부동산 내 지점 설치 이전부터 본점 사업장 연구소에서 시제품 목적으로 생산한 무혈청 배양배지 제품을 제조·판매한 점을 고려했을때, 청구법인이 제품(무혈청 화학조성 배양배지, OOO) 생산 기술·설비가 갖추어지기 이전 준비과정에 장기간이 소요되는 상황에서 도매업 관련 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유로 취득세 감면혜택을 배제하는 것은 다수의 조세심판원 결정례에서 판단한 바와 같이 입법취지에 비추어 볼 때 타당하지 않다.

(자) 위 (아)항의 청구법인 항변에 대한 처분청 답변내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 설립 당시부터 제조업으로 사업자등록을 하는 것이 어려워 제조업과 도매업을 병행하다 제조업 관련 사업장을 추가로 설치한 것으로 이는 “업종의 추가”에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인은 2015.9.14. 설립 이후 2016사업연도 재무제표의 매출현황을 살펴보면 당시 상품 매출원가만 존재하였고, 2020사업연도 전체 매출 중 제조 매출은 100분의 50 미만으로 창업벤처중소기업 업종에 해당하지 아니하는 업종인 도매업을 겸하고 있는 것으로 확인된다.

2) 법인등기부의 사업 목적이나 사업자등록증의 사업 종목은 실제 영위하고 있는 업종뿐만 아니라 장차 영위하려고 하는 업종까지 기재되는 경우가 많아 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단해야 할 것이며, 청구법인의 주장대로 법인 설립 이후 창업벤처중소기업 업종에 해당하지 아니하는 업종의 사업과 병행한 경우임에도 불구하고, 청구법인이 취득한 전체 지분에 대해 창업벤처중소기업 감면을 적용하기는 어렵다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 설립 당시 형식상으로는 「지방세특례제한법」상 창업 업종에 해당하는 “연구개발업”으로 사업자 등록을 하였으나, 실제로는 창업 업종에 해당하지 않는 “도매업”을 영위하다가 쟁점부동산을 취득하여 지점을 설치한 후에야 비로소 창업 업종에 해당하는 “제조업”을 추가하는 등, 청구법인이 설립 당시부터 「지방세특례제한법」에서 규정하는 창업을 한 것으로 볼 수 없고, 따라서 쟁점부동산은 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로 볼 수 없으므로, 쟁점부동산의 취득에 대하여

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항에서 규정하는 창업중소기업의 감면을 적용할 수 없다는 의견이다.

(나)

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항 및 제2호에서 2020.12.31.까지

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조

제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(창업벤처중소기업)이 대통령령으로 정하는 날(창업일)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하되, 제2호의 경우에는

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(확인일)부터 4년간 경감한다고 규정하고 있고,

「지방세특례제한법」 제58조의3

제4항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다고 규정하고 있으며, 각 호 중 제2호는 “제조업”을, 제5호 가목은 “연구개발업”을 각 규정하고 있다.

(다) 이 건의 경우, 청구법인은 2015.9.14. 설립된 후 2015.9.17. “의약품 연구 및 개발 등”의 종목으로 사업자등록을 마쳤고, 설립일부터 3년 이내인 2016.6.16.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 OOO으로부터 “연구개발기업” 유형으로 창업벤처중소기업 확인을 받았는바, 이러한 “연구개발업”은

「지방세특례제한법」 제58조의3

제4항 제5호 가목에서 규정한 창업벤처중소기업의 범위에 포함되는 창업 업종에 해당한다 할 것이다.

또한, 청구법인은 정관과 법인등기부등본에서 “제조업”을 목적사업으로 명시하고 있고, 실제로 쟁점부동산을 취득하기 전인 2018사업연도와 2019사업연도에 배양 배지 시제품OOO의 매출내역(총 6건, 공급가액 : OOO원)이 발생한 사실로 보아 청구법인은 설립 당시부터 “연구개발업”과 “제조업”을 영위하기 위한 사업활동을 하였다고 봄이 상당하다 하겠으며, 이러한 제조업 등은 준비과정에 장기간이 소요되는 것이 일반적이므로 도매업과 관련된 매출실적이 먼저 발생하였다는 이유로 이를 업종추가로 보아 취득세 면제 대상에서 제외하는 것은 창업중소기업에 대하여 조세감면혜택을 부여하는 입법취지에 반한다 할 것(조심 2020지762, 2020.8.21. 외 다수, 같은 뜻임)이다.

(라) 그렇다면, 청구법인은 설립 이후 「지방세특례제한법」상 창업 업종에 해당하는 “연구개발업”과 “제조업”을 영위하다가

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조

에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(2016.6.16.)부터 4년 내인 2020.3.31. “연구개발업” 및 “제조업”에 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 것이므로, 쟁점부동산은

「지방세특례제한법」 제58조의3

제1항의 규정에 따라 “창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.