조심 2019구0211 (2021.05.20)

OOO세무서장이 2018.9.7. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO의 부과처분은

1. 각 사업연도 소득금액 계산상 청구법인이 2013사업연도에 옵션프리미엄의 명목으로 OOO 등에게 지급한 금액의 합계 OOO을 손금산입(△유보 처분)하고, OOO 흡수합병 당시 OOO 발행주식의 시가와 대가와의 차액 OOO을 손금산입(기타 처분)하는 세무조정을 추가하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 2006년 4월 공모한 OOO경제자유구역 내 청라지구 “국제업무타운 복합개발단지 개발사업”(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 사업시행자 선정 입찰에 참여하기 위해 2006년 7월 OOO 등 국내 9개 건설회사들(이하 청구법인과 합하여 “건설출자자들”이라 한다), OOO 소재 OOO 및 국내 12개 금융기관의 재무적출자자들(이하 “재무적출자자들”이라 한다)과 함께 OOO컨소시엄’(이하 “컨소시엄”이라 한다)을 구성하였고, 컨소시엄은 쟁점사업의 시행자로 선정되어 2007.11.20. OOO와 사업협약서를 체결하였으며, 컨소시엄에 참여한 구성원들은 2008.1.15. 주주협약을 체결하여 약정 비율대로 자본금을 납입한 후 쟁점사업 추진을 위해 OOO(이하 “시행법인”이라 한다)을 설립하였다.

나. 건설출자자들은 OOO 등의 재무적출자자들이 컨소시엄에 참여하는 조건으로 출자금액에 대한 수익보장을 요구함에 따라 2008.2.26. 및 2009.8.26. OOO 등의 재무적출자자들과 이행약정(이하 “쟁점이행약정”이라 한다)을 체결하여 재무적출자자들이 건설출자자들 또는 건설출자자들이 지정한 자에게 시행법인 주식을 행사기간 중 행사가격(시행법인 주식 취득가액＋옵션프리미엄)에 매도할 수 있는 풋옵션을 부여하는 동시에, 재무적출자자들로부터 같은 조건(행사기간 및 행사가격)으로 시행법인 주식을 매수할 수 있는 콜옵션을 부여받았다.

다. 청구법인은 재무적출자자들이 2013사업연도 중 풋옵션을 행사하자 이들에게 청구법인분 시행법인 주식 매수대금과 ＜표1＞과 같이 2010∼2013년 기간 동안 발생된 옵션프리미엄 합계 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하여 시행법인 주식을 취득하였고, 재무적출자자들에게 쟁점금액을 실제 지급한 2013사업연도에 전액 (세무상)손금으로 계상하여 법인세를 신고하였다.

OOO

라. 한편 청구법인은 자회사인 OOO(지분율 95%, 이하 “쟁점자회사”라 한다)에서 2013.8.7. 발전사업부를 물적분할하여 설립된 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 전부(OOO 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2013.8.30. 쟁점자회사로부터 OOO에 취득하였다가 2013.11.30. 쟁점법인을 흡수합병(합병등기일 2013.12.18., 이하 “쟁점합병”이라 한다) 하였다.

마. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시한 결과, (1) 청구법인이 재무적출자자들에게 지급한 쟁점금액은 시행법인 주식의 취득가액에 해당되는 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입(유보처분)하고, (2) 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점자회사로부터 취득한 쟁점주식을「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제60조 및 같은 법 시행령 제54조 제4항 제2호 등의 규정(사업개시후 3년 미만의 법인)에 따라 순자산가치로만 평가한 1주당 가액인 OOO을 시가로 보아

「법인세법」제52조

부당행위계산부인 규정 등을 적용하여 시가와 대가와의 차액 OOO을 익금에 산입하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2018.9.7. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정.고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 부과처분의 근거가 된 세무조사는 다음과 같은 근거로

「국세기본법」제81조의4

제2항에 위반되는 중복조사에 해당된다.

(가) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적인 사안에서 개별적으로 판단할 수 밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에서 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실.사업장.공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부.서류.물건 등을 검사.조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 세무조사로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결).

(나) OOO지방국세청장은 2014년 6월 재무적출자자들이 풋옵션을 행사함에 따라 청구법인이 쟁점금액 등을 지급한 거래 등을 확인하기 위하여 관련 옵션계약서 등의 ‘자료제출 협조 안내문’을 발송하였고, 청구법인은 관련된 다수의 자료를 제출하였는바, 이는 쟁점금액 지급과 관련하여 세법상 의무위반 사실이 적발될 경우 과세표준 및 세액을 경정할 목적으로 일정기간 동안의 서류를 검사한 것으로 청구법인으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 한 것이므로 이는 단순한 사실관계의 확인이나 납세자가 손쉽게 응답할 수 있는 간단한 질문조사가 아니라 실질적으로 청구법인의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 행위라 할 것이라서 재조사가 금지되는 세무조사로 봄이 타당하다.

(다) OOO지방국세청장은 2015.11.19. 청구법인에 쟁점주식 취득가액의 적정여부 등에 대한 확인을 위해 ‘자료제출 협조 안내문’을 발송하였고, 청구법인은 요구받은 다수의 관련 자료를 제출하였으며, OOO지방국세청장은 2015년 12월 청구법인에 청구법인이 취득한 쟁점주식 관련 시가평가에 별다른 문제점이 없다는 내용으로 회신하여 무혐의 종결 처리하였는데, 이는 청구법인이 취득한 쟁점주식 취득가액(시가 평가)이 적정하지 않음이 확인될 경우 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 청구법인의 과세표준 및 세액을 경정할 목적으로 자료제출을 요구한 것으로 단순한 사실관계의 확인이나 납세자가 손쉽게 응답할 수 있는 간단한 질문조사가 아니라 실질적으로 청구법인의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 행위라 할 것이라서 재조사가 금지되는 세무조사로 봄이 타당하다.

(2) 쟁점이행약정 중 옵션계약과 관련하여 재무적출자자들이 시행법인에 출자한 출자금 내지 발행주식 취득가액은 대여원금에, 보장기간은 대여기간에, 연수익률은 이자율에 각각 해당되어 그 실질은 건설출자자들과 재무적출자자들 간의 자금대여계약으로 봄이 타당하고, 쟁점금액은 투자원금, 보장기간, 연수익률에 각각 비례하여 계산되는 구조로서 청구법인이 지급한 쟁점금액의 실질은 이자비용으로 보아야 한다.

(가) 이자는 ① 대주가 차주에게 이전하고 차주가 일정기간 경과 후 대주에게 그와 같은 종류, 품질, 수량으로 반환해야 하는 금전 기타 대체물인 원본의 존재를 전제로 ② 그 원본액 및 사용기간에 비례하여 계산되는 금전 기타 대체물을 의미하는 것인데, 이 건 재무적출자자들이 건설출자자들에게 이전하고, 건설출자자들이 일정기간 경과 후 같은 금액으로 반환해야 하는 원본이 존재한다.

1) 쟁점이행약정의 당사자는 재무적출자자들과 건설출자자들인데, 동 약정에 따라 재무적출자자들은 시행법인에 출자하거나 기존 출자지분을 매입해야 할 의무가 있고, 이는 계약의 상대방인 건설출자자들에 대한 의무로서 실제 재무적출자자들이 출자금이나 매입대가를 시행법인이나 출자지분 양도인에게 지급하는 형식을 취한다고 하더라도 종국적으로는 건설출자자들에 대한 의무이행으로 볼 수 있으므로 그 실질은 건설출자자들에게 자금을 빌려주고 그 담보로 시행법인 지분을 취득하는 거래와 본질적으로 동일하다.

2) 쟁점이행약정에서 정한 보장기간이 경과하면 건설출자자들은 재무적출자자들의 투자원금 즉, 출자금과 매입대가를 반환해야 하는 의무를 부담한다. 즉, 쟁점이행약정상 풋(콜) 행사가격은 투자원금에 쟁점금액을 가산한 금액이므로 풋(콜)옵션이 행사되면 건설출자자들은 보장기간 종료일에 재무적출자자들에게 투자원금을 지급해야 한다. 물론 이를 위해서는 풋(콜)옵션의 행사가 필요하고, 이는 투자자들 또는 건설출자자의 선택에 맡겨져 있는 것이기는 하나, 풋(콜)옵션의 행사 가능시점에 시행법인 지분의 실제가치가 풋(콜)대금을 하회하는 경우 당연히 재무적출자자들이 콜옵션을 행사할 것이고, 상회하는 경우에는 당연히 건설출자자들이 풋옵션을 행사하는 구조로서 이는 행사기간 내에 반드시 풋옵션 또는 콜옵션이 행사되는 구조를 가지고 있으며, 그에 따라 건설출자자들의 투자원금 반환도 예정되어 있다고 볼 수 있다.

3)

「소득세법」제16조

제1항 제8호 등에서 채권 또는 증권의 환매조건부 매매차익을 이자소득으로 분류하도록 규정하고 있는 이유는 채권 또는 증권을 환매조건부로 매입한 자가 환매기간 경과 후 당초 지급한 매입대가에 환매기간에 대한 사전 약정이자율을 적용하여 가산한 금액으로 다시 매도할 수 있다면, 당초 지급한 위 매입대가는 환매기간 경과 후 같은 금액으로 반환되는 원본으로 볼 수 있기 때문인 것이다.

(나) 쟁점이행약정상 보장기간은 투자자들이 시행법인에 출자금을 지급하거나 양도인에게 매입대가를 지급한 시점부터 풋(콜)옵션 행사에 따라 건설출자자들이 해당 투자원금을 반환하는 시점까지로 되어 있으므로, 위 보장기간은 건설출자자들이 투자원금을 사용하는 기간으로 볼 수 있다.

(다) 당초 매입대가 및 환매기간, 사전 약정이자율에 비례하여 계산되는 채권 또는 증권의 환매조건부 매매차익은「소득세법」상 이자소득으로 규정하고 있는데, 쟁점이행약정상 보장기간은 재무적출자자들이 시행법인에 출자금을 납입하거나 양도인에게 매입대가를 지급한 시점부터 풋(콜)옵션 행사에 따라 건설출자자들이 해당 투자원금을 반환하는 시점까지로 되어 있으므로 위 보장기간은 건설출자자들이 투자원금을 사용하는 기간으로 볼 수 있고, 쟁점금액은 투자원금, 보장기간, 쟁점이행약정에서 정한 연수익률에 비례하여 계산되므로 쟁점금액은 사실상 이자비용으로 보아야 한다.

(라) 청구법인은 쟁점금액 중 외국법인인 OOO에게 지급한 금액의 성격을 이자소득으로 보아 원천징수의무를 이행해 왔고, OOO지방국세청장 또한 쟁점금액의 성격을 이자소득으로 보아 2014년 7월경 컨소시엄 내 건설출자자들의 원천징수의무 이행여부를 확인하기 위한 자료제출 요구를 한 바도 있다.

(마) 금융감독원은 2010년 청구법인에 쟁점이행약정에 따른 계약을 담보부 차입거래로 회계처리할 것을 요구하였고, 이에 청구법인은 쟁점금액을 이자비용으로 회계처리하였다.

(3) 청구법인이 쟁점자회사로부터 취득한 쟁점법인 주식의 시가는 상증법 시행령(2013.9.9. 대통령령 제24710호로 개정되기 전의 것) 제54조에 따라 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균한 가액으로 평가하여야 한다.

(가) 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법은 원칙적으로 1주당 순손익가치와 순자산가치를 가중평균 하여 계산하도록 되어 있고, 이는 평가대상 법인의 가치를 평가하는 데 평가기준일 현재 그 법인의 자산 상태뿐만 아니라, 수익 창출 능력까지 반영함으로써 그 법인의 가치를 균형 있게 평가하고자 하는 데 있으며, 다만,

상증법 시행령 제54조

제4항에서 정한 사유로 해당 법인이 영위하는 사업이나 그 법인이 처한 상황의 특수성 때문에 그 법인의 가치를 평가하는 데 수익 창출 능력을 고려하는 것이 적절하지 않거나, 수익 창출 능력을 파악하는 것이 곤란한 경우 순손익가치로만 평가하도록 규정하고 있다.

(나) 분할 전 법인의 특정 사업부문이 물적분할되어 설립된 새로운 법인의 발행주식을 상증법상 보충적 평가방법으로 평가할 때에 분할 전 분할법인의 해당 사업부문이 ① 분리하여 사업이 가능한 독립한 사업부문이고, ② 분할신설법인의 영업과의 동일성을 유지하며, ③ 다른 사업부문 손익과 구별할 수 있다면 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 계산하는 것이 합리적이다.

(다)

상증법 시행령 제54조

제4항 제2호에서 사업개시 후 3년 미만 법인의 주식 또는 출자지분은 순자산가치로만 평가하는 경우로 규정하고 있는데, 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정시 제54조 제4항 제2호 단서에 “

「법인세법」제46조의3

, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다”는 규정을 신설하여 적격물적분할법인의 주식평가시 사업개시일을 분할 전 법인의 동일 사업부분의 사업개시일을 적용하도록 하였는바, 비적격물적분할로 신설된 법인의 경우라도 사업의 동일성이 유지되고, 분할 전 사업부분의 손익이 다른 사업부분과 구별할 수 있다면 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일로 보아 순자산가치로만 평가할 것인지 여부를 판단하는 것이 합리적이며, 조세심판원 선결정례(조심 2012중1313, 2012.11.23.) 도 같은 취지이다.

(라) 쟁점자회사의 발전사업부는 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문으로서 비적격 물적분할로 설립된 쟁점법인의 영업은 분할 전과 동일성이 유지되는 것으로 보아야 할 것이고, 쟁점자회사는 발전사업부 손익을 구분경리해 오고 있었으며, 쟁점자회사의 발전사업부 사업개시일은 쟁점주식 평가기준일로부터 3년 이상이므로 순자산가치로만 평가하는 경우에 해당되지 않으므로 쟁점주식은 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하여 평가하여야 한다.

(3)-1(예비적 청구) 설령 쟁점법인 주식의 시가를 순자산가치로만 평가하는 것이 타당하다 하더라도 쟁점주식 취득과 쟁점법인 흡수합병에 따른 세무조정 결과 익금산입할 금액은 발생하지 않는다.

(가) (쟁점주식 취득시) 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점자회사로부터 시가보다 높은 가액으로 쟁점주식을 취득하였으므로 시가와 대가와의 차액 OOO을 손금산입(소득처분 : △유보)하는 한편, OOO을 손금불산입(소득처분 : 기타사외유출)하여야 한다.

(나) (흡수합병시) 청구법인 장부상 쟁점주식 가액이 제거되므로 OOO을 손금불산입(소득처분 : 유보)하고, 회계상 시가와 대가와의 차액 OOO을 자본잉여금의 감소로 계상하였으나, 세무상같은 금액만큼 이익잉여금의 감소로 처리하여야 하므로 손금산입(소득처분 : 기타) 세무조정을 하여야 한다.

(다) 청구법인은 2013년 중 쟁점주식을 취득하여 쟁점법인을 흡수합병하였으므로 위 (가), (나)의 세무조정을 종합해 보면 2013사업연도에 별도 세무조정사항은 발생하지 않게 된다.

(라) 위 (나) 손금산입(소득처분 : 기타) 세무조정은 청구법인 청산시 반대의 세무조정(손금불산입, 기타)에 따라 같은 금액만큼 청산소득의 증가로 법인세를 부담하게 된다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 세무조사는 다음과 같은 근거로

「국세기본법」제81조의4

제2항에 위반되는 중복조사로 볼 수 없다.

(가) 과세자료의 수집이나 신고내용의 검증 등을 위한 과세관청의 서면검토 행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우, 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로도 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 준하는 절차에 착수할 수 밖에 없고, 이 경우 납세자로서는 불필요하게 정식의 세무조사 수준에 응해야 하므로 불필요한 세무조사권이 남용될 우려가 있을 것이다.

(나) 2014년 6월 OOO지방국세청장의 자료제출 요구 관련

1) OOO지방국세청장이 2014년 6월 청구법인에게 옵션계약 관련 자료를 요구하여 제출받은 행위는 외국인투자자에게 지급한 소득의 원천징수의무 이행의 적정여부를 확인하기 위한 단순 서면확인절차로서 실질적으로 과세표준과 세액을 직접 결정 또는 경정하기 위한 것이거나, 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사한 경우에도 해당되지 않아 단순 보관자료 제출행위에 불과하다.

2) 조사청이 실시한 이 건 세무조사가 OOO지방국세청장의 서면확인 행위와 중복될 여지가 있다 하더라도, 각각 행위는 목적과 대상을 달리하므로 재조사가 금지되는 중복조사에도 해당하지 않는다. 즉, OOO지방국세청장이 당초부터 주식 취득가액의 적정여부를 검증할 목적이었다면 회계처리 현황 등의 추가자료를 요청하는 등 그 자료제출 요구 대상과 범위도 달라졌을 것이다.

(다) 2015.11.19. OOO지방국세청장의 자료제출 요구 관련

1) OOO지방국세청장이 청구법인에게 해명요구한 자료는 손쉽게 응답이 가능한 자료로서 청구법인의 영업의 자유와 재산권에 별다른 영향을 주지 않았다. 요구자료는 청구법인이 쟁점자회사로부터 취득한 쟁점주식의 취득가액과 산정근거 서류로 청구법인이 제출한 쟁점법인 개별재무제표, 청구법인 개별재무제표와 연결재무상태표는 법인세 신고서 및 인터넷 공시자료로 확인가능한 자료이고, 미청구공사, 초과청구공사, 외상매출금 명세서는 원장이나 분개내역처럼 구체적인 자료가 아닌 단순 명세서에 불과하며, 청구법인은 선택적으로 자료를 제출하였으나 OOO지방국세청이 재차 자료 요구를 한 사실이 없는 등 자료제출 의무에 대한 부담이나 압박이 없었다는 것을 알 수 있다.

2) 위와 같이 OOO지방국세청장이 청구법인에게 송부한 해명자료 제출 안내는 손쉽게 응답할 수 있는 자료요구로서 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에 해당하고, 제출요구는 우편으로 1회뿐으로 청구법인 사무실 등을 방문하여 일정한 기간 동안 장부, 서류, 물건 등을 조사한 사실도 없어 재조사가 금지되는 세무조사로 볼 수 없다.

(2) 청구법인이 쟁점이행약정에 따라 재무적출자자들에게 지급한 쟁점금액은

「법인세법」 제41조

규정에 따라 주식의 취득가액에 가산하였다가 주식을 매각하거나 시행법인이 청산하는 시점에 이를 손금으로 계상하여야 한다.

(가) 쟁점이행약정에 따른 옵션거래는 재무적출자자들 입장에서는 자금대여로 볼 수 있으나, 청구법인 등 건설출자자들의 경우 차입거래로 볼 수는 없다.

1) (재무적출자자들) 재무적출자자들은 쟁점이행약정상 풋.콜 패러티 옵션계약 조건에 따라 옵션거래가 이행될 경우 당초 출자한 주식취득가액에 (1+투자금리)를 곱한 가액으로 시행법인 주식을 매각할 수 있고, 건설회사들은 연대하여 재무적출자자들의 출자금과 그에 대한 이자 상당액을 포함한 금액으로 주식을 인수할 의무가 있다. 따라서, 재무적출자자들이 보유한 옵션계약은 투자원리금이 보장되는 무위험 계약으로 그 실질은

「소득세법」제16조

제1항 제12호 규정에 따라 이자소득으로 의제할 수 있다.

2) (건설출자자들) 쟁점이행약정에 따른 옵션이 행사되기 전까지 건설출자자들은 국내외 재무적출자자들과 시행법인 주식을 투자자 자격으로 공동인수한 일반주주의 지위에 있고, 쟁점사업을 주도적으로 이끌어가야 할 건설출자자들 입장에서 재무적출자자들과 쟁점이행약정을 체결하여 옵션계약 조건에 따라 시행법인 주식을 취득하게 된 것이므로 건설출자자들은 재무적출자자들 소유의 시행법인 주식을 매수할 우발상황만 존재할 뿐, 이들로부터 자금을 차입하여 사용한 것으로 볼 만한 근거가 없다.

(나) 쟁점이행약정에 따른 옵션거래는 금전소비대차 거래성격의 환매조건부 주식거래로 볼 수 없다.

1) 관련 예규(재국조 46017-203, 1997.11.4. 외) 등에 따라 금전소비대차 거래로 인정되는 주식매매거래는 이면약정을 통해 주식매도자는 일정시점에 당초의 주식매입가격에 일정한 이자상당액을 가산한 가격으로 다시 매입할 권리(콜옵션)를 갖고, 주식매수자는 일정시점에 매도할 권리(풋옵션)를 가지는 환매조건부 매매계약을 체결한 경우로서 ① 통상의 주식매매거래 ② 동일한 주식거래자 ③ 환매조건부 계약이라는 3가지 요건을 충족하여야 할 것이다.

2) 그러나 이 건 옵션거래의 경우 동일한 주식거래자의 환매 조건부 주식취득 계약이 아니므로 당초 매입가격에 이자를 가산하여 지급하는 환매조건부 매매계약이라고 볼 수 없다.

(다) 이 건 재무적출자자들은 쟁점사업이 당초 계획대로 순조롭게 진행되었다면 풋옵션을 행사하지 않은 채 장기투자도 가능하였을 것이다.

(라) 건설출자자들이 재무적출자자들의 풋옵션 행사로 취득한 것은 시행법인 주식이므로 쟁점금액을 해당 주식의 취득가액으로 자본화시켜야 한다.

1) 재무적출자자인 팬지아는 풋옵션 행사로 시행법인 주식을 양도한 이후 증권거래세 신고시 주식 취득가액에 옵션프리미엄을 과세표준에 포함시켜 신고한 사실이 있다.

2)

「법인세법」제41조

제1항 제1호에서 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액을 취득가액으로 계상하도록 규정하고 있으므로 재무적출자자들이 풋옵션 행사함에 따라 건설출자자들이 시행법인 주식대가로 지급한 행사가액(투자원금＋옵션프리미업)은 전부 해당주식의 취득가액으로 봄이 타당하다(대법원 2013.5.25. 선고 2013두673 판결).

3) 금융감독원에서 건설출자자들에 발송한 “풋백옵션 관련 회계처리 유의사항 안내문”에 따른 회계처리 지침은 기업의 재무적정보를 K-IFRS기준에 따라 표현하도록 하는 회계처리기준에 불과할 뿐, 자산의 취득가액을 명시적으로 규정하고 있는「법인세법」취지와는 상이하다.

(마)「법인세법」상 타인으로부터 매입한 자산은 단기매매항목을 제외하고는 매입가액에 부대비용을 더한 금액을 취득가액으로 정하도록 하고 있다.

1)기업회계기준(K-IFRS 1039-43 및 일반기업회계기준 6.12)에 의하면 금융자산은 최초 인식시 공정가치로 측정하나, 당기손익인식금융자산이 아닌 경우에는 당해 금융자산의 취득과 직접 관련되는 거래원가를 최초 인식하는 공정가치에 가산하도록 규정하고 있다.

2)

「법인세법」제41조

제1항 제1호, 및 같은 법 시행령 제72조 제1항에서 기업회계기준을 수용하여 2011.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 단기매매항목으로 정의되는 금융자산이나 파생상품에 대한 매입부대비용은 취득원가에 가산하지 않고 발생연도의 손금으로 처리하되, 그 외의 타인으로부터 매입한 자산에 대해서는 매입가액에 부대비용을 더한 금액을 자산의 취득가액으로 보도록 규정하고 있다.

3) 쟁점이행약정에서 정한 옵션계약의 목적물인 시행법인 주식은

「법인세법 시행령」제72조

제1항에서 정한 단기매매항목인 금융자산에 해당되지 않을 뿐만 아니라 파생상품에도 해당되지 않는다. 즉, 청구법인이 취득 이후 보유한 시행법인 주식은 매도가능금융자산에 해당되므로 매입 부대비용 성격의 쟁점금액은 주식 취득가액에 가산하여야 한다.

4) 따라서 「법인세법」및 기업회계기준에 따를 경우 쟁점금액은 시행법인 주식의 취득가액에 포함하여야 할 것이다.

(3)

「법인세법」제47조

제1항의 요건을 갖추지 않은 비적격물적분할로 신설된 법인의 주식평가시

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

제4항 제2호에 따라 순자산가치로만 평가하는 ‘사업개시 후 3년 미만의 법인’에 해당하는 지 여부는 분할신설법인이 처음으로 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날부터 기산하여 판단하여야 할 것으로 쟁점법인은 사업개시 후 3년 미만의 법인에 해당되므로 순자산가치만으로 평가하여야 한다.

(가) 상증법상 비상장주식을 보충적 평가방법으로 평가하는 경우에

상증법 시행령 제54조

제4항 제2호에 따라 순자산가치로만 평가하도록 규정하고 있는 ‘사업개시 후 3년 미만의 법인’에 해당하는 지 여부 판단을 위한 비적격물적분할에 의하여 신설된 분할신설법인의 사업개시일은 처음으로 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날로 보아야 한다는 것(서면법규과-1070, 2014.10.10.)이 과세관청의 일관된 입장이다.

(나) 조세심판원 선결정례(조심 2017서708, 2017.9.21.)에 의하면 “비적격물적분할로 설립된 법인으로서 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산하는 후단규정의 적용대상에 해당되지 않는 것으로 보여 쟁점주식 평가기준일 당시 분할 신설법인은 사업개시일로부터 3년 미만의 법인으로서 순자산가치로만 평가하는 것이 타당하다”고 결정한바 있다.

(3)-1(예비적 청구) 청구주장대로라면 청구법인이 쟁점자회사로부터 취득한 쟁점주식의 시가와 대가와의 차액이 영원히 부당행위계산부인 세금효과가 발생하지 않게 되므로 쟁점법인 흡수합병시 손금산입(소득처분 : 기타) 세무조정은 타당하지 않다.

(가) 관련 예규(법인세과-3465, 2008.11.9.)에서 특수관계자인 개인으로부터 주식 저가매입 상당액에 대한 익금산입(유보) 사항은 무증자 흡수합병시 당초 익금산입(유보)한 금액을 손금산입(△유보)하는 것이라고 회신하였는데, 손금산입(△유보)한 금액이 자본거래에 해당하였다면 익금산입(기타) 처분하는 내용도 포함하여 회신하였을 것이나 회신내용에 동 세무조정사항은 포함되어 있지 않으며, 부당행위계산 부인으로 발생된 유보나 특수관계자인 개인으로부터 저가매입한 유가증권에 대한 유보(부당행위계산부인 규정에 대한 보완 규정)에 대해서는 합병시 유보 추인과정을 자본거래로 보지 않는다는 방증이다.

(나) 만약 청구주장대로 흡수합병시 반대 세무조정(손금산입 기타 소득처분)을 하게 되면 부당행위계산 부인으로 발생한 유보금액이 자본잉여금 항목으로 바뀌게 되어 영원히 부당행위계산부인 세금효과가 발생하지 않게 되므로 특수관계인에게 부당하게 이익을 분여하고도 제재할 방법이 없어 조세회피 방지와 조세평등주의를 구현하기 위해 제정된 부당행위계산부인 규정 취지에도 어긋나게 된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 세무조사가 중복조사에 해당되는지 여부

② 쟁점금액이 주식의 취득부대비용이 아니라 이자비용에 해당된다는 청구주장의 당부

③ 비적격물적분할로 신설된 법인의 주식을 순자산가치로만 평가한 가액을 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

③-1(예비적 청구) 자회사의 비적격 물적분할로 신설된 법인의 주식을 시가보다 높은 가액으로 취득하였다가 흡수합병하는 경우에 있어 세무조정의 당부

나. 관련 법령

＜쟁점① 관련＞

(1) 국세기본법

제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 법인세법

제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

＜쟁점② 관련＞

(1) 법인세법

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인이 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산.부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정.타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

제67조【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금융자산”이란 기업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 “단기금융자산등”이라 한다)을 말한다.

② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산:원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

＜쟁점③ 관련＞

(1) 상속세 및 증여세법

제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

나.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.

다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(2) 상속세 및 증여세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것)

제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(

「소득세법 시행령」 제158조

제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고

「법인세법 시행령」 제74조

제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 사업개시전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업 중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

4.

「소득세법 시행령」제158조

제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식 등

⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.

(3) 상속세 및 증여세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 것)

제54조【비상장주식 등의 평가】④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업·폐업 중인 법인의 주식 등. 이 경우

「법인세법」제46조의3

, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

부칙 ＜제27835호, 2017.2.7＞

제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제54조 제1항 단서의 개정규정은 2017년 4월 1일부터 시행하고, 제13조 제7항, 제37조 제3항, 제49조 제7항ㆍ제8항, 제49조의2 제1항 제1호의2, 같은 조 제5항 제2호 및 제54조 제6항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행하며, 제38조제2항ㆍ제9항ㆍ제18항ㆍ제19항, 제43조 제2항, 제43조의3제1항ㆍ제2항, 제43조의4 제2항 및 제80조 제13항ㆍ제14항의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

(4) 법인세법

제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인 등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인 등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 분할법인 등이 분할신설법인 등으로부터 받은 양도가액

2. 분할법인 등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인 등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제2항 제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인 등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인 등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 제1항과 제2항에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 분할대가의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식 등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식 등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식 등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조 제2항 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령

제82조의2【적격분할의 요건 등】① 법 제46조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제46조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 제5항에 따른 주주가 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 법 제46조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 분할신설법인 등이 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」 제38조

ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및

「조세특례제한법」제101조

를 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」제63조

제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,

「상속세 및 증여세법」제63조

제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) OOO지방국세청장이 2014년 6월 청구법인에 한 자료제출요구 내용과 이에 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

OOO

2) 청구법인은 2014.6.27. 상세 내용, 거래사유서, 관련 계약서, 원천징수영수증 및 이행상황신고서를 제시하였다.

(나) OOO지방국세청장이 2015.11.19. 청구법인에 한 자료제출요구 내용과 이에 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

1) OOO지방국세청장 자료제출요구 공문

2) 청구법인이 위 자료요구에 대해 OOO지방국세청장에게 제출한 자료는 다음과 같다.

OOO

3) 한편 OOO지방국세청장은 청구법인이 제출한 자료를 분석.검토한 결과, 2015년 12월 청구법인에게 쟁점주식 관련 시가평가에 별다른 문제점이 없다는 내용의 소명자료 검토결과 안내문을 발송한 사실이 나타난다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 세무조사가 중복조사에 해당된다고 주장하나,

세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 그것은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보아야 하고, 다만 세무공무원의 조사행위가 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다 할 것(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)인바,

청구법인이 중복세무조사의 근거로 제시한 OOO지방국세청장의 2014년 6월 및 2015.11.19. 서면확인 경위를 보면 원천징수의무이행 여부, 쟁점주식 평가의 적정여부 등 확인을 위해 법인세 신고 내지 공시자료 등 손쉽게 제출이 가능한 자료에 국한하여 자료제출 안내문을 발송하였고, 청구법인이 제출한 자료를 토대로 서면확인 절차가 단기간 내에 종료되었으며, 서면확인 과정에서 청구법인에 추가자료를 요구하거나 별도의 현장출장조사 없이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사를 통해서만 서면확인이 이루어지는 등 청구법인의 영업의 자유 등에 큰 영향을 미칠 수 있는 별도 독립된 세무조사로 보기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 건설출자자들 및 재무적출자자들과 함께 컨소시엄을 구성하여 OOO에서 발주한 쟁점사업의 사업시행자로 선정되어 이를 추진한 경위는 다음과 같다.

1) 2007년 11월 컨소시엄이 OOO와 사업협약서를 체결하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

OOO

2) 2008.1.15. 컨소시엄 구성원들 간에 주주협약을 맺은 후, 2008.1.17. 시행법인을 설립하였는데, 주주협약의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

3) OOO의 쟁점사업 공모지침서에 의하면 쟁점사업이 진행되기 위해서 외국인투자자의 투자비율이 30% 이상 되어야 하는 것으로 정하였고, 외국인투자자인 OOO는 컨소시엄에 참여하는 조건으로 건설출자자들에게 최소 수익보장을 요구하였으며, OOO와 건설출자자들은 2008.2.26. 수익보장에 관한 구체적인 사항을 정하기 위해OOO를 체결하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

가) 건설출자자들은 OOO에게 건설출자자들이나 건설출자자들이 지정한 자에게 팬지아의 시행법인 주식을 매도할 것을 요구할 수 있는 콜옵션을 부여받고,

나) OOO는 건설출자자들이나 건설출자자들이 지정한 자에게 시행법인 주식을 매수할 것을 요구할 수 있는 풋옵션을 부여받는 내용으로

OOO

4) 건설출자자들은 다음과 같이 OOO와 2회에 걸쳐 이행약정서를 체결하였고, 제1.2차 옵션계약 만기일인 2012.3.26.에 계약기간을 1년간 연장(2012.3.26.～2013.3.26.)하는 계약을 체결하였다.

OOO

5) 한편 OOO는 제1.2차 옵션계약에 따른 투자 외에 2009.8.26. 건설출자자들과 국내 재무적출자자였던 한양증권이 보유하고 있던 시행법인 지분 12.3%를 OOO에 양수하고, 지분율을 유지하는 전제에서 2010.3.31. 시행법인에 OOO을 출자하기로 하는 계약을 체결하였다.

6) (제1.2차 옵션계약 관련) 2012년 12월 OOO가 OOO를 통해 옵션행사를 통지하자 건설출자자들은 OOO(이하 “국내 SPC”라 한다)를 팬지아가 보유중인 옵션주식의 매수당사자로 지정하였고, 2013.2.18., 건설출자자들은 인수금액, 금리, 만기 등 조건을 정하여 국내 SPC와 이행합의서를 체결하였으며, 국내 SPC는 OOO로부터 시행법인 주식을 양수하였다.

7) 위 5)와 관련하여 팬지아는 2009.8.28. OOO와의 사이에 양도담보계약을 체결하여 시행법인 지분 및 풋옵션을 OOO에 이전하였고, OOO는 2013.10.22. 건설출자들에게 풋옵션 행사 통지를 하였으며, 건설출자자들은 풋 행사가격을 지급하고 시행법인 주식을 양수하였다.

8) 한편 2009.8.26. 국내 재무적출자자 OOO이 보유하고 있던 시행법인 지분을 주주협약에 따라 OOO이 인수하고, OOO이 2010.3.31. 출자하기로 한 금액을 OOO이 출자를 하였으며, 2013년 10월, OOO이 옵션행사 통지를 함에 따라 건설출자자들은 옵션행사 행사대금을 지급하여 시행법인 주식을 취득하였다.

9) 위 쟁점이행약정에 따른 재무적출자자들 변경내역 및 보장기간 내용을 요약하면 다음과 같다.

OOO

(나) 쟁점이행약정에 따른 옵션계약은 동일한 구조인데, 건설출자자들이 2008.2.26. OOO와 체결한 약정상 옵션계약의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(다) 건설출자자들의 회계처리 현황을 보면 옵션프리미엄은 회계상 이자비용으로 계상한 것은 모두 동일하나, OOO의 경우 2013사업연도 세무상 옵션프리미엄을 손금불산입(유보)로 소득처분하여 법인세를 신고하였고, 나머지 청구법인 등 8개 회사들은 2013사업연도 손금에 계상하여 법인세를 신고한 사실이 나타난다.

(라) 청구법인은 금융감독원 회계상담역이 건설출자자들에게 송부한 안내문에 따라 2010년부터 회계처리 하였다고 주장하였는데, 동 안내문 사본의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(마) 청구법인은 풋백옵션 관련 금융감독원 질의회신(금감원 2004-68 양방향옵션 형태의 유가증권 담보부 차입거래와 관련한 회계처리) 자료를 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(바) 한편 건설출자자들이 OOO 등 재무적출자자들과 체결한 쟁점이행약정에 재무적출자자들이 보유한 시행법인 주식에 중대하고 불리한 영향을 미치거나 달리 지분가치를 감소시킬 수 있는 경우 이외에는 건설출자자들이 적절하다고 판단하는 방식으로 모든 의결권을 행사하도록 위임장(옵션행사가능기간 만료에 따라 만료됨)을 부여하기로 하고, 건설출자자들의 요청에 따라 위임에 필요한 문서를 제공하는 내용이 포함되어 있다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 주식의 취득가액에 가산하여야 한다는 의견이나,

OOO의 사업자 선정지침에 따라 건설출자자들은 외국인 출자자의 참여가 필요하였고, 팬지아의 입장에서는 사업참여의 위험을 낮추고 일정한 수익률을 얻을 필요가 있어 쟁점이행약정을 체결한 것으로 보이는 점, 쟁점이행약정에 따른 풋옵션계약은 행사가격이 당초 시행법인에 출자한 금액이고, 일정한 만기가 있으며 그 만기에 일정한 수익률을 지급하는 조건으로서 거래대상인 주식의 가치변동이나 개발사업의 성패, 실현된 사업수익의 규모 등과는 무관하게 일정한 출자금을 납입하고 일정한 기간에 대하여 약정한 수익률을 얻는 내용으로서 실질적인 금전소비대차의 성격을 갖고 있는 점, 풋옵션을 취득한 자들이 모두 만기에 약정한 내용대로 풋옵션을 행사하여 출자원금과 일정한 수익률을 얻고 거래가 종료된 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 거래는 외관상으로는 주식의 거래로 보이지만, 건설출자자들이 시행법인의 출자금을 매개로 하여 자금을 차입하고 그 금전사용에 따른 이자를 옵션프리미엄의 명목으로 지급한 것으로서 실질적으로는 금전소비대차거래로 봄이 타당하다 할 것이다.

또한 처분청은

「법인세법」 제41조

제1항에서 같은 법 시행령 제72조 제1항에서 규정한 자산(단기금융자산 등) 외의 경우에는 해당 자산의 취득가액에 그 부대비용을 더한 금액으로 규정하고 있고, 시행법인 발행주식은 단기금융자산 등이 아니므로 옵션프리미엄을 취득가액에 더하여야 한다는 의견이나, 이 같은 의견은 옵션프리미엄이 자산 취득의 부대비용임을 전제로 한 것인데, 앞서 살펴본 바와 같이 옵션프리미엄은 청구법인이 OOO 등으로부터 주식을 취득함에 따라 발생한 자산 취득의 부대비용이 아니라 당초부터 OOO 등에게 지급하기로 약정하였던 금전사용의 대가이므로 위 법령의 적용대상이 아니라고 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점금액을 주식의 취득부대비용으로 보아 해당 금액을 손금불산입하는 것은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2019서2139, 2020.9.24. 외 다수, 같은 뜻임).

(3) 다음으로 쟁점③ 주위적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 쟁점자회사로부터 쟁점주식을 취득하고, 쟁점법인을 흡수합병한 경위는 다음과 같다.

1) 쟁점자회사는 2013.8.7. 발전사업부를 물적분할(분할기일 2013.7.31., 분할등기일 2013.8.7.)하여 쟁점법인을 설립하였는데, 해당 물적분할이 비적격물적분할이라는 점에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

2) 청구법인은 2013.8.30. 쟁점자회사로부터 쟁점법인 발행주식 OOO를 OOO에 매수하였다.

3) 청구법인은 2013.12.18. 쟁점법인을 흡수합병(합병신주를 교부하지 않은 무증자합병 방식)하였고, 동 적격합병에 따라 합병과세특례신청을 하였는데, 합병등기일은 2013.12.18.이다.

(나) 청구법인은 쟁점법인 사업부문(분할전 에너지사업본부)은 분할 전후 영업의 동일성이 유지되었다며, 그 근거로 쟁점자회사의 분할 전후 조직도를 제시하였다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주식을 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 평가하는 경우 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균하여야 한다고 주장하나,

상증법상 비상장주식 등의 보충적 평가방법에 대해

상증법 시행령 제54조

제4항 제2호에서 “사업개시 후 3년 미만 법인의 주식”의 경우 1주당 순자산가치로만 평가하도록 규정하고 있는 점, 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된

상증법 시행령 제54조

제4항 제2호 후단에는

「법인세법」제46조의3

, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격 물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다는 규정이 신설되었는바, 쟁점법인의 경우 위 개정 시행령 시행 이전에 비적격물적분할로 신설된 법인으로서 동 개정 규정의 적용대상에 해당되지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 자료만으로는 비적격물적분할로 설립된 쟁점법인의 주식가치 평가를 함에 있어 동 개정 규정의 적용이 합리적인지 여부도 불분명한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식을 1주당 순자산가치로만 평가한 가액을 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 마지막으로 쟁점③ 예비적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 쟁점주식 취득 및 흡수합병시 한 회계처리내역은 다음과 같다.

OOO

(나) 청구법인의 쟁점주식 취득 및 쟁점합병시 처분청이 해당 거래에 대하여 소득금액을 조정한 내역은 다음과 같다.

OOO

(다) 위 거래에 대하여 청구법인이 주장하는 세무조정 내역은 다음과 같다.

OOO

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점법인의 주식을 시가보다 고가로 취득하였다가 무증자합병을 하는 경우 주식의 시가와 대가와의 차액 상당액만큼 청구법인 과세소득을 증가시키는 세무조정이 필요하다는 의견이나, 청구법인은 쟁점자회사로부터 쟁점주식을 취득하여 무증자 합병한 경우 회계처리시 시가와 대가와의 차액 상당액을 기타자본잉여금의 감소로 처리하였는바, 시가와 대가와의 차액 상당액만큼 청구법인의 회계상 손금으로 계상한 내역이 없어 결과적으로 청구법인 입장에서 과세소득을 증가시키는 세무조정이 불필요한 것으로 보이므로 쟁점합병시 세무조정으로 OOO을 익금산입하는 한편, 같은 금액을 손금산입하여 기타로 소득처분하는 세무조정이 필요한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.