조심 2019인2299 (2021.06.17)

1. 청구법인이 2018.8.29. 수정신고 후 무납부한 법인세 고지분에 대한 심판청구는 각하한다. 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO의 부동산투자회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 OOO를 공동개발하기 위하여 2002년 4월 설립한 법인으로, 2008.9.11. OOO, OOO 등과 OOO 내의 주거단지 F-21, 22, 23-1 블록(OOO 아파트, 이하 “OOO”라 한다)을 건설·분양하고 해당 분양사업 이익금으로 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 건설하여 OOO에 기부채납하기로 하는 내용의「OOO 건립을 위한 기본합의서」(이하 “기본합의서”라 한다)를 체결하였고, 동 합의서에 따라 2009.12.4. OOO과 쟁점주거단지 분양사업을 위한 건설공사 도급계약을 체결하였다. 나. 청구법인은 2015.7.29. 시공사인 OOO에 제3차 변경 도급계약에 따라 건설공사 도급금액 OOO원을 지급하였는데, 2015.11.4. OOO(이하 “OOO”이라 한다)에는 도급금액이 OOO원으로 기재되어 있는 “사업추정 손익표(안)”(OOO 제공)을 제출하였다. 그런데 상기금액의 차액 OOO원(이하 “쟁점공사대금”이라 한다)에 대하여는 계약상 약정된 ‘준공 후 3개월 이내 정산’은 이루어지지 아니하였다. 다. 한편 청구법인은 2017.12.7. OOO을 상대로 정산금 청구의 소(이하 “쟁점소송”이라 한다)를 제기하였고, 양 법인과 OOO 회장 등은 서로 간에 총 10여건 이상의 민·형사 소송이 진행 중이다. 라. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.3.13.∼2018. 8.29. 기간 동안 청구법인에 대한 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2015.7.29. OOO에 지급한 쟁점공사대금을 OOO로부터 반환받을 권리가 2015사업연도에 확정된 채권으로 보아 이를 익금산입하고, 동 채권 미회수에 따른 인정이자 OOO원 익금산입 및 지급이자 OOO원 손금불산입하며, 관련 매입세액을 불공제하는 내용의 세무조사 결과를 통보하자, 청구법인은 2018.8.29. 2016·2017사업연도 법인세에 대하여는 수정신고한 후 무납부하였다. OOO 마. 처분청은 이에 따라 2019.3.11. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원) 및 2015년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정·고지하였다. 바. 한편, 청구법인은 2019.6.18. 위 세무조사 결과에 따라 2018사업연도 법인세 과세표준에 반영하였던 인정이자 익금산입액 OOO원 및 지급이자 손금불산입액 OOO원을 과세표준에서 제외하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.8.20. 거부하였다. 사. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.4. 및 2019.11.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2013사업연도부터 2017사업연도까지 적법한 납세고지 과세처분을 받았으므로 2016.2017사업연도 인정이자 등에 대한 법인세도 「국세기본법」제55조 의 불복청구대상에 해당한다. 처분청이 확정되었다고 주장하는 쟁점공사대금은 2015사업연도 손익귀속 사안으로서, 청구법인이 자발적으로 수정신고한 바 없고 처분청으로부터 납세고지서를 수령하여 납부한 건으로, 동 건이 불복청구대상인지 여부에 대해서는 처분청과 청구법인 사이에 이견이 없다. 또한, 2016.2017사업연도 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 조사처분도 다음과 같은 이유로 심판청구 대상에 해당한다고 보아야 한다. ① 국세청 과세전적부심사청구 결정통지(적부 2018-0164호)에서 세무조사 대상기간을 2013∼2017사업연도로 하여 최종 결정하였는바, 청구법인은 동 국세청의 과세처분을 최종 결정세액으로 보아 불복을 하였고, ② 청구법인이 고지받은 납세고지서 역시 2013∼2017사업연도의 세무조사 결정세액과 일치하며, ③ 청구법인이 신고한 수정신고(2016·2017사업연도)와 관련하여 별도로 무납부 납세고지를 받지 못하였고, ④ 위 수정신고 과세표준 및 세액은 납세고지서상 과세표준 및 세액과 다른바(수정신고 세액 : 2016년 OOO원, 2017년 OOO원 / 실제 납세고지된 세액 : 2016년 OOO원, 2017년 OOO원), 동 납세고지를 징수처분으로 볼 수 없다OOO OOO (2) 쟁점공사대금은 「법인세법」제40조 권리의무확정주의 측면에서 미확정 채권이다. 처분청은 OOO이 작성하고 청구법인이 2015.11.4. OOO에 제출한 쟁점주거단지 사업추정 손익자료를 근거로 하여 전체 공사대금OOO 중 쟁점공사대금OOO은 초과지급된 것이고, 그 회수가 확정되었음에도 불구하고 청구법인이 이를 OOO로부터 회수하는 노력을 하지 않았다는 의견이나, 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다. 청구법인이 OOO과 체결한 추가합의서(2012.9.4.) 제3조 제3항에 따르면, 공사도급금액 채권 확정의 선결조건으로 회계법인에 의한 공사원가 실사(이하 “정산실사”라 한다)를 명시하고 있고, 이에 정산실사 수행 법인인 OOO은 2016.9.30.을 실사기준일로 하여 2016년 7월부터 2017년 3월까지 정산실사 용역을 수행한 다음 실사 결과인 정산실사 용역보고서를 2017.3.31. 발행하였다. 따라서 2015사업연도말 현재 도급공사금액 확정을 위해 필수적으로 수반되어야 하는 회계법인 정산실사가 종결되기 이전이었던바, 조사청이 쟁점공사대금이 확정되었다고 주장하는 시점인 2015년 말에는 도급공사금액을 정정하거나 감액을 결정할 수 없었다. 실제 청구법인은 2014.11.18. OOO과 제3차 변경도급계약을 체결하고, 동 변경계약에 따른 공사도급금액 OOO원을 지급하였다. 위 변경도급계약을 마지막으로 이후 공사도급금액과 관련하여 청구법인과 OOO 간 어떠한 변경계약이나 감액조정 합의가 이루어지지 아니하여 공사도급금액이 변경 또는 감액된 바가 없고, 청구법인이 OOO로부터 회수해야 할 채권이 확정되었다는 사실이 존재하지 않는다. 한편, OOO은 청구법인으로 하여금 공사원가 중 일부 부당지출금액의 존재 여부에 대해 확인할 것을 지시하였고, 청구법인은 이에 따라 OOO의 부당이득 수취 여부 등을 판단하기 위하여 2017.12.7. 쟁점소송을 제기하였는데, 동 소송에서 3차 변경계약서상 도급금액을 기준으로 부당 또는 과다 반영된 금액의 규모가 판결로서 확인이 되면 그에 따라 적정 공사대금의 최종 정산이 이루어질 것이다. 위와 같이 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에 그와 같은 법적 분쟁의 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고 그 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 한다OOO 또한,「법인세법」상 어떠한 채권이 발생하였을 경우 이를 익금에 산입할 것인지 여부를 판단함에 있어 그 채권의 행사에 법률상 제한이 없는 경우라 하더라도 일단 권리가 확정된 것으로서 당해 사업연도의 익금에 산입하는 것은 가능하다OOO 그러나 조사청이 성숙확정되었다고 주장하는 쟁점공사대금은 OOO의 일방적인 제시금액으로서, 정산실사로 도급금액을 확정하기 이전에는 동 금액에 대한 청구권 행사가 불가능한바, 확정되지 않은 전체 도급계약에서 일부만을 별도의 채권으로 구분하여 성립되었다는 조사청의 주장은 타당하지 않다. 나아가, 처분청은 청구법인의 대표이사가 OOO로부터 쟁점공사대금을 회수하지 못하였다는 내용의 확인서를 토대로 2015년에 쟁점공사대금 채권이 확정되었다고 주장하나, 양 당사자간에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있는 이상 권리가 확정되었다고 볼 수 없다. 또한 OOO은 2017.3.27. 청구법인에게 공문을 보내어 공사비는 아직 정산되지 않았다는 답변을 하였고, 청구법인과의 정산금청구소송에서도 쟁점공사대금을 과다지급 받았다면서 이를 반환하겠다는 의사를 표시한 사실이 없다. 마지막으로, 처분청은 2015년에 쟁점공사대금 채권이 확정되었다는 근거로 OOO이 준공 후인 2015년말 OOO원 상당이 감액된 OOO원을 회계상 매출로 인식하고 있다는 점을 들고 있는데, 이는 OOO의 내부 회계처리에 불과하며 청구법인이 관여한 사안이 아니다. 결국 처분청의 의견은 2015사업연도 법인세 확정신고기한까지 쟁점주거단지의 정산실사 완료 및 정산금액에 대한 상호합의에 이르지 못한 상황에서 OOO의 일방적인 추정자료만을 기초하여 쟁점공사대금을 2015사업연도 법인세 과세소득으로 신고해야 한다는 불합리한 세무처리를 요구하는 것이다. OOO 따라서 새롭게 체결된 변경계약이 존재하지 않고, 최종 정산채권 및 채무의 범위와 금액에 대한 소송 역시 그 판결이 확정되지 않은 상태에서 쟁점공사대금을 그 권리가 확정된 것으로 보아 이 건 과세처분을 부과한 것은 위법·부당하다. (3) 쟁점주거단지의 개발비용과 수익관리, 개발수익금 검증을 위한 실사업체 선정 및 정산실사 요구 등 사업전반에 대한 통제권이 OOO에게 있는 점에서 청구법인이 OOO을 위하여 고의로 대금회수를 지연했다고 볼 수 없다. 본 건 사업의 추진구조를 명시하고 있는 기본합의서(2008.9.11.) 및 세부합의서(2009.4.30.)에 따르면, 청구법인에 의한 OOO의 개발비용은 청구법인에 의하여 쟁점주거단지 개발에 따라 실현될 개발수익금을 한도로 하며, 청구법인은 준공된 OOO 건축물과 그 부지를 OOO에 기부채납하도록 하고 있다. OOO은 청구법인이 쟁점주거단지의 개발수익금을 OOO 개발에 모두 투입하였으나 완공하지 못한 경우에 이를 개발 완료할 제3자를 직접 유치하여 건축주의 명의를 변경할 수 있고, 개발비용 및 수익관리 목적에서 개발수익금의 검증을 위해 실사업체의 선정을 요구할 수 있으며, 수시 또는 정기적으로 청구법인에 관련사항의 보고를 요구할 수 있다. 즉, 청구법인과 OOO은 개발 과정에서 합의서에 기반한 OOO의 요구사항을 이행해야 할 의무가 있으며, 실제로 OOO은 상기 기본합의서 및 세부합의서를 근거로 하여 실질적으로 OOO와 쟁점주거단지의 개발에 있어서 청구법인의 업무 범위 및 방향에 대한 영향력을 행사하고 있다. 나아가 OOO은 청구법인과 OOO 간에 진행 중인 쟁점소송에 원고(청구법인)의 보조참가자로서 참여하고 있는바, 소송에 보조참가자로서 참여하기 위해서는 소송 결과에 대하여 이해관계가 있어야 하고 보조참가의 신청에 대한 재판을 통하여 법원으로부터 허가를 득해야 하는 만큼, OOO이 보조참가자로서 소송에 참여하고 있다는 것은 OOO이 본 사업의 직접 이해당사자임을 스스로 증명한 것이다. 처분청은 OOO의 주도 하에 약 OOO원을 투입하여 OOO를 OOO로 개발하고자 하는 국가적 개발사업의 취지와 추진과정 및 이에 따른 OOO의 이해관계를 간과하고, 본 건 사업이 청구법인과 OOO 양사의 의사로 진행되는 사업에 불과한 것으로 축소 해석하였다. 나아가 청구법인은 2017.2.17. OOO으로부터 받은 공문OOO을 적시에 OOO에 전달하고 해명요청을 하였음에도 조사청은 청구법인이 의도적으로 쟁점공사대금을 지연 회수했다는 잘못된 주장을 하고 있다. 따라서 OOO이 청구법인을 경영상 지배·통제하여 고의로 대금회수를 지연하고 이익을 취하였다고 간주한 처분청의 의견은 타당하지 아니하다. (4) 청구법인과 OOO는 개발수익금 잔액을 OOO에 귀속하기로 약정하였는데, 이 사건은 쟁점공사대금의 존부와 범위에 관한 다툼에 따른 손익귀속시기의 일시적 차이 문제에 불과하다. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 의하여 OOO에 OOO개발계획이 수립되었고, 그 중 1, 3공구에 OOO업무단지 실시계획이 수립되었는데, 청구법인은 OOO와 공동으로 OOO 개발사업을 추진하기로 약정하였다. 구체적으로 위 사업은 주거단지 사업과 문화단지 사업으로 구성되며, 청구법인은 OOO와 이 사건 주거단지 사업의 사업수익금으로 문화단지를 건설한 후 이를 OOO에게 기부채납하고, 주거단지 사업으로 발생한 개발수익금 중 문화단지 개발비용에 투입하고 남은 잔액은 OOO에게 전액 귀속되는 것으로 약정하였는바, 결국 청구법인은 이 사업을 통해 이윤을 추구하기보다는 우선적으로 국가경쟁력 강화와 지역 간 균형발전을 도모하기 위한 목적으로 위 사업을 진행한 것이다. 그런데, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인이 2015년 사업연도에 OOO로부터 쟁점공사대금을 반환받을 권리가 확정되었다고 하여 이를 익금산입하고 동 공사대금 미회수에 따른 인정이자 약 OOO원, 지급이자 OOO원을 손금불산입, 관련 매입세액 OOO원을 불공제하였는데, 위와 같은 쟁점공사대금은 청구법인과 OOO간의 쟁점공사대금 채권의 존부 및 범위에 관한 다툼에 따른 손익귀속시기의 문제로서 현재 진행중인 소송을 통해 권리가 확정되면 그 사업연도에 귀속될 예정이기에 결국 이는 일시적 차이에 불과한바, 처분청의 위와 같은 결정이 유지될 경우 손익귀속시기로 인한 가산세 효과로 인해 OOO에 귀속되어 OOO정에 사용될 약 OOO원이 국고에 귀속되는 결과를 초래한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 2016.2017사업연도 인정이자 등에 대한 법인세에 대하여는 수정신고하였으나 무납부하였는바, 동 부분에 대한 납부고지는 징수처분으로서 「국세기본법」제55조 의 불복청구대상이 되는 부과처분에 해당하지 아니한다. 청구법인은 세무조사 결과통지 이전에 이미 쟁점채권이 2015년에 귀속되었음을 전제로 2016.2017사업연도에 대해 스스로 수정신고(인정이자 등 익금산입)를 하였다. 2015사업연도에 대해 세무조사 결과통지를 하였음에도 2016.2017사업연도에 대해 고지세액이 발생한 이유는, 2015사업연도 이월결손금의 변동으로 인한 실제 고지세액이 2016.2017사업연도에 발생했기 때문이다. 처분청이 2016.2017사업연도에 대해 납세고지한 세액 OOO원 중 “청구법인이 수정신고한 세액 OOO원”은 수정신고로 확정된 세액에 관한 징수처분에 불과하므로, 취소심판의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없어 부적법 각하 대상인바, 그 이유는 다음과 같다. 첫째, 2016.2017사업연도는 세무조사 대상 과세기간이 아니었고, 청구법인이 먼저 수정신고를 하였기 때문에 처분청은 2016.2017사업연도에 대해 세무조사 결과통지를 하지 않았다. 둘째, 납세자의 수정신고는 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가지므로, 이 부분 세액확정과 관련하여 과세관청의 처분이 개입될 여지가 전혀 없다. 셋째, 대법원도 “납세자의 신고로 이미 확정된 세액을 납세자가 납부하지 않아 과세관청이 납세고지를 하였다면, 이는 세액납부를 명하는 징수처분에 불과하고OOO, 취소쟁송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없다OOO”고 일관되게 판결하고 있다. 따라서, 수정신고 후 무납부한 세액에 대한 징수처분의 고유한 하자가 아닌 다른 사유를 근거로, 이미 확정된 세액에 대한 징수처분의 취소를 구할 수는 없다. (2) 쟁점공사대금은 세법상 권리의무확정주의에 따라 2015년에 이미 성숙·확정된 채권이다. 확정기성에 의해 OOO에 과다 지급한 쟁점공사대금은 정산금청구소송이 제기된 2017년 12월로부터 약 2년 전인 2015년 10월 이미 청구법인, OOO 그리고 OOO 모두가 인지하여 성숙·확정된 채권임이 공문서 등 다음의 여러 증거들로 확인된다. (가) 청구법인은 2015년 쟁점공사대금을 성숙·확정된 채권으로 인지하고 있었다. 2015년 7월 쟁점주거단지 준공 후 같은 해 10월 시공사 OOO은 청구법인에게 실제 발생된 원가를 기준으로 계산된 도급금액 OOO원(3차 도급금액 OOO원보다 OOO원 차감된 금액)을 청구법인에 통보하였고, 청구법인은 같은 해 11월 도급금액 OOO원을 OOO에 공문으로 통보하였다. 해당 공문 첨부 상세내용에는 2014년 12월 기준 도급금액 OOO원 대비 2015년 10월 기준 도급금액 OOO원으로 OOO원(쟁점공사대금)이 감액된 내용이 확인된다. 이후 수차례 OOO의 과다 지급된 금액의 회수지시에도 청구법인은 이를 묵살하고 회수하려는 노력조차 하지 않았다. 청구법인은 불복기간 중에도 이미 객관화되어 확정된 쟁점채권의 존부, 범위 등에 대해 이견이 있었던 것으로 볼만한 어떠한 증거도 제시하지 못했다. 청구법인이 2017.2.17. OOO에 보낸 공문OOO에도 OOO 명의의 계좌에 보관 중인 OOO 주거 및 문화센터에 관한 개발수익금을 청구법인 명의의 계좌로 입금하여 줄 것을 요청하였을 뿐이지, 과다지급된 금액의 회수를 요청한 것이 아닌 것으로 명백하게 확인된다. (나) OOO은 도급금액 OOO원을 청구법인으로부터 통보받고 청구법인에 공문으로 수차례 과다 지급된 공사금액을 회수할 것을 촉구하였다. OOO은 청구법인으로부터 쟁점주거단지 준공(2015년 7월) 후인 2015.11.4. 쟁점주거단지 공사비가 OOO원 감액되었다는 공문을 수취한 이후 청구법인에 해당 미수금을 지연이자와 함께 수취할 것을 수차례 지시하였다. OOO은 2017.1.26. 청구법인에게 공사비를 초과하여 OOO에게 지급된 금액의 환수를 공문을 통해 촉구하였다. 그러나 이러한 사항이 지켜지지 않자 2017.3.14. 청구법인에게 OOO의 정산실사가 종료되기 전에 즉시 환수하라고 재차 촉구한 것이다. 청구주장대로 쟁점공사대금OOO이 정산대상이었다면 OOO이 정산을 위해 실시하는 정산실사업무가 종료되기 전까지 청구법인에게 과다 지급된 공사비를 즉시 환수하라고 촉구할 수 없었을 것이다. (다) OOO도 쟁점공사대금이 2015년에 성숙·확정된 것으로 인지하고 있었다. OOO은 2015년 실제 공사원가에 근거한 도급금액 OOO원을 청구법인에 통보하였다. 청구법인이 직접 OOO에 요청하여 수보 받은 쟁점주거단지 손익자료에는 진도매출로 OOO원 상당이 감액(확정매출 OOO원 계상)된 사실이 확인된다. 또한 쟁점소송 준비서면에서 OOO은 쟁점주거단지 실행원가는 OOO원, 일반관리비 및 이윤은 도급공사비의 10%인 OOO원, 공사도급금액은 OOO원으로 명확하게 제시하고 있다. (라) 쟁점소송은 시공사인 OOO에 대한 부당청구 공사비에 대한 소송으로 쟁점공사대금과는 무관하다. 쟁점소송은 쟁점공사대금에 대한 것이 아니라 OOO이 청구법인에게 부당OOO, 중복OOO 청구한 공사비 OOO원에 대한 별도의 반환소송이다. 쟁점소송은 OOO과 경영다툼을 벌이던 OOO가 페이퍼컴퍼니에 불과한 청구법인 경영권을 OOO이 지배하던 유한회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 빼앗은 후, OOO의 부당한 공사비 청구에 대해 반환을 요청한 소송이다. 청구법인은 2016년 7월～2017년 3월 OOO과 체결한 협약내용에 따라 쟁점주거단지 건설공사에 대한 정산실사를 진행하였고, 2017년 7월 경영권을 회복(OOO와 체결한 포괄위임계약 해약)한 OOO는 청구법인 명의로 해당 보고서를 근거로 2017년 12월 쟁점소송을 제기하였다. 쟁점소송은 OOO이 실제 발생된 공사원가를 기준으로 최종 도급금액으로 확정한 OOO원 공사원가 적정성에 대한 다툼으로 쟁점공사대금은 제외되었는데, OOO 실사보고서(쟁점소송 증거자료 갑 제23호)에도 실사대상 도급금액은 쟁점공사대금OOO이 차감된 OOO원으로 확인된다. (마) 2018년 실시한 세무조사 중 청구법인은 처분청이 파악한 사실관계와 채권누락 혐의에 대해 사실관계를 인정하는 확인서를 제출하였다. 확인서는 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것임OOO에도, 청구법인은 본인의 의사로 확정된 사실관계를 불복단계에서 부인하고 있다. (3) 청구법인 주장은 다음과 같은 사유로도 타당하지 아니하다. (가) 청구법인은 OOO이 쟁점소송에서 보조참가자로서 참여하고 있다는 것은 OOO이 본 사업의 직접 이해당사자임을 스스로 증명하고 있다고 주장한다. 그러나 이러한 주장은 처분청이 “OOO은 OOO 회장의 청구법인에 대한 지분(70.1%)을 매각함으로써 청구법인이 제기한 쟁점소송은 사실상 원고와 피고가 동일한 소송으로서 취하될 가능성이 상당히 높은 상황”이라고 주장하자, 이에 대한 대응책으로 2019년 5월이 되어서야 직접적인 경제적 이해당사자로서 법원의 승인을 얻어 소송에 제3자의 입장으로 참여한 것으로 보인다. 즉 ‘보조참가’의 이유만으로 OOO이 직접적 소송당사자가 되는 것으로 볼 수 없다. (나) 청구법인은 OOO이 청구법인을 경영상 지배·통제하여 고의로 대금회수를 지연하고 이익을 취하였다는 조사청의 주장은 사실이 아니라고 주장한다. 비록 청구법인이 OOO의 부당한 경제적 이익 편취 목적으로 설립된 것은 아니지만 청구법인의 주주였던 OOO은 OOO에 대한 지배력을 획득한 후 청구법인의 업무를 수행하는 OOO에 인력파견을 통해 자신들에게 유리한 방향으로 업무를 집행하는 등 결과적으로 청구법인을 실질적으로 운영하면서 경제적 이익을 취하였다. 조사대상 기간 청구법인은 인적·물적 시설이 없는 사실상 페이퍼 컴퍼니였고, 청구법인이 수행하여야 할 업무를 OOO이 실질적으로 지배하는 OOO가 수행하였다는 사실은 조사 당시 청구법인도 이미 인정하였다. 쟁점주거단지의 최종적인 잔여개발수익금은 OOO에 귀속되는 것은 사실이나, 청구주장과 달리 특수관계사인 OOO은 만약 쟁점주거단지의 공사대금을 부풀려 청구한다면 막대한 이익을 실현할 수 있을 것이다. 실제로 청구법인은 OOO에게 부당한 이익을 제공하기 위하여 OOO의 요청으로 실시되는 회계법인의 정산실사를 OOO과 함께 협력하여 방해한 사실이 실사보고서를 통해 명백하게 드러났다. 쟁점소송 자료를 보면, OOO의 팀장급 이상 임직원은 OOO이 파견한 직원으로서 OOO을 위하여 업무를 수행하였고, 청구법인의 사업시행을 위한 대출금을 OOO의 계좌에 관리하면서 집행한 사실이 나타난다. 이처럼 특수관계자인 OOO과 이해관계를 같이했던 청구법인은 쟁점주거단지의 이해관계자임에도 불구하고 마치 아무런 이해관계가 없다고 주장하고 있고, OOO에게 부당하게 이익을 부여하기 위하여 과다하게 지급된 공사대금을 회수하기 위한 어떠한 노력도 하지 않았음에도 불구하고, 추후 OOO가 부당 청구한 공사대금을 반환하라며 제기한 쟁점소송을 OOO이 지시하여 수행한 것이라고 왜곡하여 주장하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 수정신고 무납부고지가 불복대상인지 여부 ② 쟁점공사대금이 2015년에 권리의무가 확정된 채권인지 여부 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (2) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) OOO 프로젝트와 관련한 청구법인 및 관련 법인들 간의 업무진행내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 프로젝트의 취득, 개발, 건설 및 관리 등 사업목적으로 2002.9.1. 설립된 법인으로, 주주의 구성은 OOO가 70.1%, OOO이 29.9%이며, OOO가 업무위탁대행사로서 청구법인의 업무를 포괄적으로 수행*하였다. * 청구법인은 OOO와 OOO시행과 관련하여 포괄적 업무위탁계약(Porject Management Service Agreement)을 체결하였음 (나) 2008.9.11.자 기본합의서 및 2012.9.4.자 추가합의서에 의하면, 공사도급금액 산출방식과 관련하여 청구법인과 OOO 등은 준공 후 회계법인을 통해 실사하는 ‘Cost-Plus 방식*’으로, 청구법인과 OOO은 (공사도급계약에 따른) ‘정액계약방식**’으로 정하였다. * (추가합의서 제3조 제3항) 공사비는 원가, 일반관리비, 이윤으로 구분하고 준공 이후 회계법인을 통해 실사하며 일반관리비와 이윤을 합한 금액은 공사비의 10%를 적용함. 준공일로부터 3개월 이내에 실사 등을 통하여 최종정산함 ** 청구법인은 OOO과 체결한 추가합의서에 따라 실행원가 정산이 완료된 후 청구법인과 OOO 간 도급계약이 확정되어야 하므로 동 도급계약은 개산(槪算)계약이라는 주장임 (다) 청구법인은 시공사로 지정된 OOO과 2009.12.14. 쟁점주거단지 공사도급계약을 체결한 후 공사진행율 변동에 따라 변경된 공사원가를 반영하여 아래 ＜표4＞와 같이 총 3차례 공사도급변경계약을 체결하였고, 2015.7.29. OOO에게 변경계약에 따른 공사도급금액 OOO원을 지급하였다. OOO (라) 청구법인은 2015.11.4. OOO이 공사도급금액을 OOO원(준공일 기준)으로 기재하여 제공한 “사업추정 손익표(안)”을 OOO에 제출하였다. (마) OOO이 2017.3.14. 청구법인에 보낸 공문OOO을 보면, 2015.11.4. 쟁점주거단지 공사비를 OOO원으로 하향조정하기로 하였음에도 청구법인이 OOO에게 OOO원을 지급한 사실과 이와 관련하여 초과분 환수 조치, 해명 촉구 사실 등이 기재되어 있다. (바) 청구법인이 2017.2.17. OOO에 보낸 공문OOO을 보면, OOO의 “아트센터 OOO 주거 및 문화단지의 자금관리 조치 및 해명촉구” 공문을 OOO에 전달하면서 해명을 촉구하고 미이행시 법적 조치를 취할 것이라고 통보한 내용이 확인된다. (사) 청구법인의 위 (바) 공문에 대해, OOO은 2017.3.27 정산실사의 범위가 추가합의서와 불일치하므로 실사범위 수정요청을 요청하면서 정산이 완료되지 아니하였으므로 해당대금 지급요청은 부당하다고 회신OOO하였다. (아) OOO 프로젝트의 업무진행 및 처분청 과세처분, 경정청구 거부처분 등을 시간 순으로 정리하면 아래 ＜표5＞와 같다. OOO (2) 쟁점소송과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인(원고)은 2017.12.7. OOO(피고)를 상대로 정산금 청구의 소OOO를 제기하였는데, OOO가 2019.1.30. 원고의 보조참가인으로 참가신청을 하였으며, 쟁점소송은 심리일 현재 1심 계류 중인 것으로 확인된다. (나) 최초 추정사업비 제출부터 쟁점소송까지의 경위는 아래 ＜표6＞과 같다. OOO (3) 청구법인의 대표이사가 조사청 세무조사 당시(2018년 8월) 작성한 확인서의 주요내용은 다음과 같다. OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 2016.2017사업연도 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입에 따른 법인세의 각 과세표준과 세액은 청구법인의 수정신고에 의하여 이미 확정되었고, 법인세와 같이 신고납세제도를 채택하고 있는 세목의 신고에 대한 무납부고지는 징수절차로서 불복청구대상인 처분으로 보지 아니하는 것인바, 이 건 심판청구 대상 중 청구법인의 2018.8.29.자 2016.2017사업연도 법인세 수정신고 후 무납부에 따른 법인세 고지는 청구법인의 수정신고에 의하여 이미 확정된 세액을 징수하기 위한 절차일 뿐 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당하지 않으므로, 청구법인에서 처분이 있음을 전제로 제기한 위 무납부고지분에 대한 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다OOO 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사대금 「법인세법」제40조 권리의무확정주의 측면에서 2015년에 권리의무가 확정된 채권으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 2015.11.4. OOO에 도급금액이 OOO원으로 기재되어 있는 “사업추정 손익표(안)”를 OOO로부터 받아 제출하였고, 위 손익자료에 근거하여 OOO은 2015사업연도 도급공사 매출금액으로 쟁점공사대금 상당액이 감액된 OOO원을 계상하였으며, OOO은 청구법인에게 과다지급분(쟁점공사대금)의 회수조치를 요구한 것으로 확인되는 점, 이에 따라 OOO 프로젝트 관련 당사자인 청구법인, OOO, OOO 모두 쟁점주거단지 공사도급액이 OOO원으로 하향조정되었음을 인식하였다고 볼 수 있는 점, 쟁점소송은 OOO이 최종적으로 공사도급액으로 확정한 공사원가OOO의 적정성에 대한 다툼인 점에서 OOO이 공사원가에서 이미 제외한 쟁점공사대금은 쟁점소송의 대상으로 보이지 아니하는 점, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성 되었거나 혹은 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 특별한 사정이 없는 한 그 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는바OOO, 청구법인의 대표이사는 세무조사 과정에서 조사청이 파악한 사실관계와 쟁점공사대금의 미회수 사실을 구체적으로 인정하는 내용의 확인서를 제출하였던 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점공사대금을 2015사업연도에 권리의무가 확정된 채권으로 보아 이를 익금산입하고, 동 채권 미회수에 따른 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입, 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 법인세와 부가가치세를 부과한 처분 및 2018사업연도 법인세 과세표준에 반영하였던 인정이자 익금산입액 및 지급이자 손금불산입액을 과세표준에서 제외하여 달라는 경정청구에 대한 거부처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.