조심 2023서0686 (2023.06.26)

OOO세무서장이 2022.12.1. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 경정청구거부처분은 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 산정함에 있어 관리처분계획인가일을 기준으로 하여 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제5조 제3항에 따라 감정평가를 의뢰하는 등의 방법으로 그 적정한 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.3.13. OOO 일대에 아파트 519세대(조합원 및 일반분양 430, 임대 89) 및 근린생활시설을 신축하는 내용의 OOO 주택재개발정비사업(이하 “OOO정비사업”이라 한다)을 수행하기 위하여 설립인가된 조합이고, OOO정비사업은 2009.10.29. 사업시행인가 및 2011.12.22. 관리처분계획인가(OOO구 고시 제2011-101호) 후 2020.4.29. 준공인가되었다.

나. 청구법인은 조합원으로부터 현물출자 받은 토지 및 건축물(이하 “종전자산”이라 한다)의 취득가액을 사업시행인가일(2009.10.29.) 기준으로 감정평가한 OOO원(이하 “종전감정가액”이라 한다)으로 하여 장부에 계상하였고, 2020사업연도 법인세 신고 시 그 중 일반분양(수익사업) 비율에 해당하는 금액을 분양원가로서 손금에 반영하였다.

다. 청구법인은 2021.12.2. 종전자산의 취득가액을 종전감정가액에서 관리처분계획인가일(2011.12.22.) 기준으로 소급감정한 가액(OOO원, 이하 “쟁점감정가액”이라 한다)으로 변경(증액 OOO원)한 후, 증액한 OOO원에 일반분양 비율(15.256%) 등을 적용하여 산정한 금액을 2020사업연도 분양원가로서 손금산입하고, 2020사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다며 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.12.1. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 종전자산에 대한 취득시기(조합원들의 현물출자시기)는 관리처분계획인가일(2011.12.22.)이다.

(가)

「법인세법 시행령」 제68조

제1항 제3호는 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 가장 빠른 날로 규정하고 있고, 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제49조 제6항은 관리처분계획인가 고시가 있는 때부터 종전토지 소유자 등은 종전의 토지 또는 건물을 사용수익할 수 없다고 규정하고 있으므로 청구법인은 관리처분계획인가를 받은 날부터 종전자산을 사용수익할 수 있다. 위 법률에 따라 조합원들이 출자한 종전자산의 대금청산일과 사용수익일은 관리처분계획인가일인 2011.12.22.이고, 신탁등기와 소유권이전등기가 이루어지지 않았으므로 자산의 취득시기는 관리처분계획인가일인 2011.12.22.이다.

(나) 도시정비법(2017.2.8. 법률 제14567호로 개정되기 전의 것) 제49조(관리처분계획의 공람 및 인가절차 등) 제3항은 “시장·군수는 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.”, 제6항은 “제3항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 종전의 토지 또는 건축물의 소유자·지상권자·전세권자·임차권자 등 권리자는 제54조의 규정에 의한 이전의 고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 사업시행자의 동의를 받거나 제40조 및 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 권리자의 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있어 관리처분계획인가 고시일부터 이전고시일까지(이하 “사용수익금지기간”이라 한다)는 조합원이 사용수익을 할 수 없으나 사용수익금지기간 외에는 조합원에게만 사용수익을 할 수 있는 권리가 있고 조합에게는 사용수익할 수 있는 권리가 없다는 것을 알 수 있다. 즉, 관리처분계획인가일 이후에야 비로소 조합은 조합원들이 출자한 종전자산을 사용수익할 수 있는 권리를 부여받는 것이다.

(다) 기획재정부는 예규를 “재건축 조합원이 토지를 현물출자하는 경우 재건축조합의 토지 취득시기는 주택조합설립인가일 또는 출자한 토지의 신탁등기접수일 중 빠른날을 말하는 것임”에서 “재건축조합이 현물출자로 취득하는 토지의 취득시기는 관리처분계획인가일과 신탁등기접수일 중 빠른 날로 하는 것임”으로 변경하면서 그 적용시기를 회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 적용하는 것으로 하였으나, 법률규정의 개정 없이 그 해석만 바뀌었으므로 종전자산의 현물출자시기는 당초부터 관리처분계획인가일에 해당한다.

(2) 소급감정한 쟁점감정가액을 종전자산의 취득가액으로 인정해야 한다.

(가)

「법인세법」 제52조

제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 시가가 불분명할 경우 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액을 적용한다고 규정하고 있고, 대법원도 공신력 있는 감정기관의 감정가격이 소급감정에 의한 것이라 하여도 이를 '시가'로 인정할 수 있다고 해석(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8751 판결, 같은 뜻임)하고 있는바, 쟁점감정가액이 아무런 외부 영향 없이 평가가 이루어져 객관성과 공정성, 진실성이 확보된 평가금액이라면 그 가액이 비록 소급감정가액이라 하더라도 시가로 인정할 수 있다(대법원 2003.5.30. 선고 2001두6029 판결 외).

(나) 종전감정가액은 그 감정평가의 목적이 조합원 자산의 상대적 가치비율을 산정하기 위한 것으로 현물출자 금액의 시가를 합리적으로 반영할 수 없다.

1) 일반적인 시가 감정평가는 「감정평가에 관한 규칙」제6조 현황 감정평가원칙에 따라 현재 공법상 제한을 받는 상태로 평가하여야 하는 것이 원칙이나 ‘사업시행인가일 당시 종전자산 감정평가’와 관련하여 감정평가에 관한 구체적인 감정평가 방법을 규정하고 있는 국토교통부 훈령 ‘감정평가실무 기준[730-3.1]’에서는 ‘종전자산의 감정평가는 ① 조합원별 조합출자자산의 상대적 가치비율 산정의 기준이 되므로 대상물건의 유형·위치·규모 등에 따라 감정평가액의 균형 유지를 원칙으로 하여, ② 해당 정비구역의 지정에 따른 공법상 제한을 받지 아니한 상태를 기준으로 감정평가, ③ 해당 정비사업의 시행을 직접 목적으로 하여 용도 지역이나 용도지구 등의 토지이용계획이 변경된 경우에는 변경되기 전의 용도지역이나 용도 지구 등을 기준으로 감정평가 하도록 규정’하고 있다. 즉 종전자산의 감정평가는 일반 시가 감정평가와 달리 그 감정평가 방법이 특수하여, 아래와 같이 종전자산 감정평가와 「법인세법」상 시가 감정평가는 근거법률, 기준시점, 감정평가 목적 및 평가액의 성격 등이 상이하다.

OOO

2) 구체적으로, 종전감정가액은 비교표준지를 2개, 쟁점감정가액은 비교표준지를 5개로 선정하여 감정을 하였는데, 이는 종전감정가액의 경우, 감정평가실무기준 [730-3.1]의 종전자산 감정평가 ①에 따라 조합원별 조합출자 자산의 상대적 가치비율 산정의 기준으로 감정평가액의 균형이 유지되도록 하기 위해서는 정비구역 내 소재하는 표준지공시지가 5개를 모두 사용하는 것 보다 대표적인 것 2개를 기준으로 비교하는 것이 보다 합리적이고 효율적이며 해당 규정을 준수하기 위한 것이기 때문인 반면 시가산정을 위한 쟁점감정가액의 경우, 별도의 특별규정이 없고 비교표준지선정의 일반원칙인 「감정평가에 관한 규칙」제14조 제2항 제1호 및 감정평가실무기준[610-1.5.2.1] 에 따라 ‘인근지역에 있는 표준지 중에서 대상토지와 용도지역ㆍ이용상황ㆍ주변환경 등이 같거나 비슷한 표준지를 선정할 것을 준수함에 따른 것이다.

3) 또한 종전감정가액과 쟁점감정가액 평가에 있어 ‘그 밖의 요인 보정치’의 차이와 관련하여, 종전감정가액의 경우, 그 평가가 기준시점 현재 실제 거래되는 가액이 아니라 조합원의 출자자산의 상대적 가치비율(가격 균형)을 맞추기 위한 평가로 감정평가실무기준[730-3.1] 종전자산의 감정평가 ①에 따라 해당 정비구역의 지정에 따른 공법상 제한을 받지 아니한 상태를 기준, 불확실성이 내재되어 있는 분양권 선취에 따른 프리미엄 등은 제외한 금액으로 감정평가하여 그 밖의 요인 보정치가 1.05로 결정된 반면, 쟁점감정가액의 경우, 그 평가가 관리처분계획인가일 당시의 시가를 반영한 것으로, 관리처분계획인가일 당시는 종전자산 감정평가 기준시점인 사업시행인가고시일 보다 사업이 훨씬 진척되고 구체화되는 단계로서 종전자산 권리가액, 입주예정 동호수의 위치 및 그 분양가, 개별적 분담금 규모 및 납부 일정 등도 확정될 수 있는 상황임에 따라 관리처분계획인가일 당시의 시가를 감정평가하기 위하여 해당 정비구역 내 소재 하는 거래사례 및 감정평가사례의 시가의 범위 내에서 감정평가액을 결정하였으므로 그 밖의 요인 보정치가 1.25~1.50가 적용된 것이다.

4) 또한 처분청은 쟁점감정가액의 경우, 감정평가에 있어 거래사례비교법 적용시 종전자산 중 토지의 매각사례(OOO시→조합원)를 적용하지 않은 것은 중대한 오류라는 의견이나, 해당 토지 매각액(OOO원)은 사업시행인가일을 기준으로 하고 있고 산출 근거가 확인되지 않아 시가산정의 근거가 될 수 없다.

(다) 처분청은 조합원의 권리가액은 그대로 두고 조합원의 현물출자 건설용지 취득가액만 증액하는 것은 일관성이 없다는 의견이나, 권리가액은 사업총수익과 사업비용의 차액에 의해서 결정되는 가액으로서 재건축사업의 시행완료와 그로 인한 이익의 배분을 가정하여 재건축사업을 통해 조합이 얻을 것으로 예상되는 이익을 각 조합원이 현물출자한 토지의 종전가액 비율에 따라 안분함으로써 사업의 시행에 따른 조합원분담금등을 정하기 위한 개념일 뿐(부산지방법원 2020.2.27. 선고 2018구합24828 판결)이므로 종전자산의 취득가액과는 관련이 없다.

(라) 한편, 처분청은 종전자산 중 토지의 경우, 조합원이 본래 소유자였던 OOO시로부터 관리처분계획인가일(2011.12.22.)로부터 7개월 전(2011.5.30.)에 토지를 OOO원에 취득한 사실이 확인되므로 해당 거래가액을 시가로 인정하여야 한다는 추가의견을 제시하였으나, 해당 토지의 매각결정은 2010.10.8. 이루어진 것으로 상증세법상 시가평가의 평가기간에 속하지도 아니하며 그 결정가액 또한 2이상의 감정가액을 적용하지 아니하고 단순히 사업시행인가시의 종전감정가액을 기준으로 산출한 것이므로 이를

「법인세법」 제52조

에서 규정하는 시가로 보기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 종전자산 취득시기는 사업시행인가일이다.

(가) 청구법인이

도시정비법 제49조

제6항의 ‘관리처분계획인가의 고시가 있은 때는 종전 토지 또는 건축물을 사용 수익할 수 없다’는 문구를 세법상 사용수익일로 인용하여, 현물출자자산인 종전자산의 취득시기를 관리처분계획인가일(=사용 수익일)로 주장하는 것은 법률을 확대해석하는 것이며, 현물출자는 「상법」이 정한 출자계약형태로 계약의 효력 및 계약당사자의 법적지위 등이 일반양도와는 다르며, 현물출자에는 자산양도에 대한 귀속시기 중 하나인 대금청산일이 있을 수 없다.

(나) 조합은 조합원이 조합의 설립과 소유토지의 현물출자 등에 동의하면 그에 따른 권리 및 의무를 정관에 작성하며, 조합은 설립인가 신청 시

도시정비법 제16조

(조합의 설립인가 등)에 따라 해당 내용이 기재되어 있는 정관을 제출하는바, 조합이 설립인가를 받은 날을 어느 정도 구체화된 조합관계가 성립된 것으로 볼 수 있어 이 건과 같이 부동산관리신탁이 없는 경우에는 종전자산에 대한 취득시기를 조합설립인가일로 보는 것이 타당하다(서면 2018-법인2041, 2018.9.13.).

(다) 기획재정부 예규가 종전에 건축조합이 현물출자로 취득하는 토지의 취득시기를 주택조합설립일과 신탁등기접수일 중 빠른날로 해석(재산-571, 2009.3.23.)하다가, 최근에 ‘재건축조합이 현물출자로 취득하는 토지의 취득시기는 관리처분계획인가일과 신탁 등기접수일 중 빠른 날로 하는 것이며, 회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 적용하는 것’으로 변경해석(재산세제과-1024, 2020.11.24.)하였는바, 이 건의 경우 관리처분계획인가일은 2011.12.16.로 회신일 이전이어서 변경된 예규는 적용할 수 없으므로, 종전자산의 취득시기는 사업시행인가일이다.

(2) 종전자산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 보더라도 소급감정가액인 쟁점감정가액을 종전자산의 시가로 인정할 수 없다.

(가) 청구법인은 2009.12.22. 재개발사업시행인가일(2009.10.29.)을 평가기준일로 하여 감정평가를 받아 그 평균액인 OOO원(종전감정가액)을 취득가액으로 계상하였다가, 당초 평가일로부터 12년이 경과한 2021.12.2. 관리처분계획인가 고시일(2011.12.22.)을 평가기준일로 2곳에서 감정평가를 받아 그 평균액인 OOO원(쟁점감정가액)으로 그 취득가액을 수정하였다.

(나) 감정평가서의 감정평가방식을 살펴보면, 감정평가에 의한 가격결정은(토지의 감정평가를 중심으로 설명) ① 평가대상 토지에 비교표준지의 공시지가를 적용하고, ② 평가대상 토지 및 비교표준지의 차이에 따른 지가변동률(시점수정), 토지의 위치(지역요인), 토지의 형상·환경·이용상황·기타가격형성상의 제요인(개별요인)을 반영하고, ③ 선례가격과 비교표준지의 차이에 따른 제요인(그 밖의 요인)을 반영하여 평가가격을 결정하는 구조이다. 특히, 감정가액 차이발생 주요 원인은 “그 밖의 요인”으로 확인되며 그 밖의 요인은 인근 지역의 지가수준 및 사례가격, 표준지 공시지가와 시세와의 가격균형 등을 종합 참작하여 가중치(보정치)를 부여하는 것으로, 아래 산식에 따르면 사례가격 및 표준지 공시지가에 따라 큰 차이를 보이게 된다.

OOO

감정가액 차이의 가장 큰 요인인 “그 밖의 요인”(=기타요인)으로, 종전감정가액은 일률적으로 1.05(비교표준지 2곳)를 적용하였으나, 쟁점감정가액은 1.25, 1.30, 1.49, 1.50(비교표준지 5곳의 ‘매매가액 / 공시지가’ 비율)을 적용하여, 평가기준일간 2년여 격차에도 불구하고 그 밖의 요인이 119%~142%로 급격히 증가하였는바, 같은 기간 비교표준지 5곳의 공시지가변동률은 103.8%(=OOO원 / OOO원, 5필지 공시지가 합계 비율, 표준지 A, C, D는 09년 전후 가액의 평균액)에 불과하여, 특별한 사정이 없는데도 새로운 평가기법으로 변경하여 감정평가한 것은 당초감정가액 대비 143.7%가 급증하는 등 평가방법의 일관성이 없고(OOO감정평가법인은 당초, 소급 감정에 동시 참여) 취득당시 현황을 평가한 것으로 볼 수도 없어 그 평가의 합리성을 인정할 수 없다.

또한 쟁점감정가액은 거래사례비교법을 적용하면서도 비교표준지 선정의 부당(당해 토지의 거래사례가 있음에도 이용상황 등이 동일하지 않은 비교표준지 선정), 종전토지의 매매사례 환산가액과 공시지가기준법에 의한 평가액과의 큰 격차로 인해 감정평가의 합리성 부족 등으로 소급감정의 객관성.공정성 등을 인정하기 어렵다.

(다) ①(법적안정성) 평가기준일로부터 12년이 경과한 시점에 소급감정가액을 취득가액으로 수정하는 것은 법적안정성(부과제척기간 5년) 및 조세행정 집행상의 혼란을 야기하는 등

「법인세법 시행령」 제72조

(자산의 취득가액 등)를 형해화할 우려가 크고(비교 :

「상속세 및 증여세법 시행령」제49조

제2항, 가격산정기준일과 감정평가서작성일이 모두 평가기준일 이내여야 함), ②(평가목적의 획일성) 소급감정은 그 목적이 오로지 ‘법인세 신고.환급을 위한 현물출자 자산평가’로만 정하고 있어 그 평가의 객관성을 담보할 수 없으며, 오히려 도시정비법상 관리처분계획에 의해 정해진 사업시행인가일을 기준으로 평가한 “최초 감정평가”가 시공사, 조합, 조합원 및 재개발에 참여하지 않은 현금청산자 등 여러 이해관계자간의 합리적인 의사결정을 위해 평가하여 가장 합리적이고 객관적인 시가라 봄이 타당하다.

(라) 도시정비법 규정을 보더라도, 조합원이 정비사업조합에 출자하는 토지와 건축물의 가액은 관리처분계획에 의하여 정하여진 가액에 의하여야 하고(제48조 제4항), 이는 사업시행인가의 고시가 있는 날을 기준으로 하여 평가한 가액(제48조 제1항 제4호)이며, 또한, 조합원이 현물출자 한 종전자산의 가액은 사업시행인가일을 평가기준일로 하는 감정평가액이고, 이는 조합이 현물출자로 취득한 자산의 취득가액이 되는 것이며, 부동산 매매에 있어 양도자의 양도가액과 양수자의 취득가액이 동일한 것처럼 조합원의 현물출자에 있어서도 현물출자한 자산가액과 현물출자 받은 취득가액은 일치하여야 한다.

청구법인이 취득한 종전자산의 취득가액 변경은 법인의 건설용지 취득가액 뿐만 아니라, 조합원 개개인의 권리가액과 분담금(또는 환급액)도 반영되어야 하나, 조합원 권리가액은 그대로 두고 조합원의 현물출자 건설용지 취득가액만 증액하는 것은 일관성이 없으며, 소급 감정한 쟁점감정가액은 청구법인의 법인세 환급을 목적으로 토지취득가액 임의 증액을 위한 자료일 뿐 객관성이 없다.

청구법인의 사업시행인가일 기준 최초 감정평가액은 주택재개발사업의 사업시행인가일(2009.10.29.)을 기준시점으로 하여 그 당시 감정평가기관 2곳에서 평가한 감정가액의 산술 평균인 점, 이를 기준가액으로 하여 청구법인이 재개발사업을 시행하여 조합원들의 권리가액 산정과 탈퇴 및 청산 조합원들에 대한 보상을 한 점 등을 볼 때 사업시행인가일의 감정가액을 당해 자산의 매매사례가액으로 볼 수도 있는 것이다.

(마) 한편, 종전자산 중 토지의 경우, 조합원이 본래 소유자였던 OOO시로부터 관리처분계획인가일(2011.12.22.)로부터 7개월 전(2011.5.30.)에 토지를 OOO원에 취득한 사실이 확인되는바, 종전감정가액의 시가 적용이 어렵다면 오히려 해당 거래가액을 종전자산의 시가로 인정하는 것이 소급감정가액보다는 더 합리적이라 할 것이다.

(3)

「국세기본법」 제56조

제1항은, 제55조(불복)에 규정된 처분에 대하여, 심판청구에 관하여

행정심판법 제36조

제1항을 준용하는 것으로,

「행정심판법」 제36조

제1항은, 위원회는 사건을 심리하기 위하여 필요하면 직권으로 또는 당사자의 신청으로 ‘특별한 학식과 경험을 가진 제3자에게 감정을 요구하는 방법(3호)’으로 증거조사를 할 수 있는 것으로 규정하고 있고, ‘다른 행정기관에 증거조사를 촉탁’하는 제2항은 준용하지 않고 있으므로 이 사건 소급감정가액의 객관성 및 합리성 여부를 제3의 기관에 증거조사를 요청한다. 이는 처분청에 반복적으로 ‘소급감정가액의 적정여부’를 재조사하도록 하는 결정을 하지 않음으로써 신속한 결정을 바라는 납세자의 불편함을 해소하기 위한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 종전자산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 보야야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 2008.3.13. OOO 일원에 OOO정비사업[분양(조합원 및 일반) 430세대, 임대 89세대 및 근린생활시설]을 수행하기 위하여 설립인가되었고, OOO정비사업은 2009.10.29. 사업시행인가, 2011.12.22. 관리처분계획인가(OOO구 고시 제2011-101호), 2020.4.29. 준공인가되었다.

(나) 청구법인은 조합원으로부터 현물출자로 취득한 종전자산에 대하여 2009년(평가기준일 : 사업시행인가일)과 2021년(평가기준일 : 관리처분계획인가일)에 아래 ＜표1＞과 같이 감정평가를 각 받았는바, 쟁점감정평가 관련 감정평가서에 의하면, 건명을 ‘법인세신고를 위한 현물출자 자산평가’로, 기준가치를 ‘시장가치’로 기재하고 있고, 적용 감정평가방법으로는 토지의 경우 표준지의 공시지가를 기준으로 대상토지의 현황에 맞게 시점수정, 지역요인 및 개별요인 비교, 그 밖의 요인의 보정을 거쳐 대상토지의 가액을 산정하는 공시지가기준법을 적용하고 거래사례비교법을 통해 공지시가기준법의 합리성을 검토한 것으로, 건물은 원가법을 적용한 것으로 기재되어 있다.

＜표1＞ 종전자산 감정평가 내역 등

OOO

(다) 쟁점감정평가를 한 감정평가기관의 의견서(아래 ＜표2＞)에 의하면, 쟁점감정평가는 관리처분계획인가일 당시의 평가전례 및 거래사례를 근거로 비교표준지 등을 보정하여 가격산정한 것으로, 단순히 세금부담을 덜기 위한 특정 목적으로 또는 고의적으로 가격을 높이기 위하여 감정평가가 수행되지 않았으며 감정평가 이론 및 경험에 비추어 가격 산정에 있어 결론에 이르는데 하자가 있거나 과실이 없는 감정평가라는 의견이 기재되어 있다.

＜표2＞ 의견서 주요 내용

OOO

(라) 한편 종전자산 중 토지의 폐쇄등기부등본에 의하면, 토지의 소유권이 관리처분계획인가일 전인 2011.5.30. OOO시에서 조합원으로 이전등기[조합원이 OOO에 OOO정비사업 구역 내에 편입된 토지에 대하여 매수신청(2010.5.10.)한 것에 따른 것임]된 내역이 확인되는바, 위 소유권이전(2011.5.30.)과 관련하여, OOO구청장이 2010.10.8. 청구법인 및 조합원들에게 통지한 ‘체비지 매수신청에 따른 매각가격 결정통지(OOO)’에 의하면, ‘

도시정비법 제48조

제5항 및 「공유재산 및

물품관리법 시행령」제27조

제6항에 의한 사업시행인가고시가 있는 날을 기준으로 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균한 감정평가금액을 공유재산심의회의 심의결과 감정평가액의 109.9%에 해당하는 금액으로 매각가격(OOO원)을 결정하였다’는 내용이 기재되어 있다

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,

「법인세법 시행령」제68조

제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있고 청구법인은 종전자산을 현물출자로 취득하여 2013.8.2. 관리처분계획인가를 받아 신탁등기 없이 재건축사업이 이루어졌는바, 조합원은 관리처분계획인가일에 청구법인에 종전자산을 제공함으로써 ‘신축부동산을 취득할 수 있는 권리’를 취득하게 되고(대법원 1996.8.23. 선고 95누6618 판결, 같은 뜻임) 청구법인은 관리처분계획인가일에 비로소 조합원이 제공한 기존 건축물 등을 철거할 수 있는 등 사용수익할 수 있는 것이므로 청구법인의 종전자산의 취득시기는 사용수익일인 관리처분계획인가일로 보는 것이 타당하다(조심 2020부209, 2020.7.7. 외 다수) 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 종전감정가액이나 관리처분계획인가일 7개월 전 거래사례 가액(OOO원)을 종전자산의 시가로 보아야 하고 소급감정가액에 해당하는 쟁점감정가액을 시가로 인정할 수 없다는 의견이다.

그러나, 앞서 살핀 바와 같이 종전자산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 볼 경우, 그 취득가액은 관리처분계획인가일(2011.12.22.)의 시가를 적용하여야 하는데, 청구법인이 법인세 신고 시 반영한 종전자산의 취득가액은 사업시행인가일(2009.10.29.) 기준으로 감정평가한 가액으로 그 기준일이 취득일(2011.12.22.)보다 약 2년 전의 가액이어서 종전자산의 취득가액을 객관적으로 반영하였다고 보기 어려운 점, 재개발 사업에 출자된 부동산의 시가는 사업이 시행된다는 것을 전제로 한 개발이익이 포함된 가격(대법원 2009.3.26. 선고 2008다21549 판결)으로 평가하여야 할 것인바, 단지 조합이 추진하는 정비사업 관련 내용을 시장 등이 최종 확정하고 인가하는 행정절차인 사업시행인가일 현재의 가격이 위와 같은 사항이 반영되었다고 보기 어려운 점, 또한 관리처분계획인가일 7개월 전 거래사례(OOO시가 조합원들에게 매각한 가액인 OOO원)가 존재하지만 해당 거래가액은 사업시행인가일을 기준으로 감정평가한 가액에 일정비율을 가산한 것에 불과한 점 등에 비추어 종전감정가액 또는 위 거래사례 가액을 종전자산의 시가로 적용하기는 어렵다 할 것이다.

반면에

「법인세법」제41조

제1항, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 및 제89조 제2항에서 현물출자에 의하여 취득한 자산의 경우에 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 볼 수 있다고 규정하고 있고 달리 소급감정가액을 시가로 인정할 수 없다는 규정이 없으므로 종전자산의 취득일인 관리처분계획인가일을 감정기준일로 하여 소급감정을 한 경우, 감정가액을 산출하는 과정과 내용에 객관성과 합리성이 인정된다면 그 가격이 소급감정가액이라 하더라도 시가로 적용할 수 있다 할 것이다.

다만, 청구법인이 제시한 쟁점감정가액(소급감정가액)은 청구법인측에서 선정한 감정평가법인이 감정한 것이고 처분청이 비교표준지 선정 또는 토지평가에 있어 ‘그 밖의 요인 보정치’ 반영의 적정성 여부 등 쟁점감정가액이 합리적으로 산정되지 않은 측면이 있다는 의견을 제시하고 있으므로 객관성과 합리성이 담보될 수 있도록 종전자산의 취득일(관리처분계획인가일) 현재의 시가를 재조사(새로운 감정평가 등)하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제80조의2

와 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 법인세법

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

(2) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).(단서 생략)

2.

「상속세 및 증여세법」제38조

ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및

「조세특례제한법」제101조

를 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」제63조

제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,

「상속세 및 증여세법」 제63조

제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(3) 도시 및 주거환경정비법(2017.2.8. 법률 제14567호로 전부개정되기 전의 것)

제28조(사업시행인가) ①사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

제48조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자(제6조 제1항 제1호부터 제3호까지의 방법으로 시행하는 주거환경개선사업 및 같은 조 제5항의 방법으로 시행하는 주거환경관리사업의 사업시행자는 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조 제3항 제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.

1. 분양설계

2. 분양대상자의 주소 및 성명

3. 다음 각 목에 따른 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액. 다만, 가목과 다목의 경우에는 제46조의2 제1항에 따라 선정된 기업형임대사업자의 성명 및 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 소재지와 대표자의 성명 및 주소)를 포함한다.

가. 조합원 분양분(임대관리 위탁주택에 관한 내용을 포함한다)

나. 일반 분양분

다. 기업형임대주택

라. 임대주택

마. 그 밖에 부대ㆍ복리시설 등

4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2 제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장ㆍ군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격)

5. 정비사업비의 추산액(주택재건축사업의 경우에는「재건축 초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기

6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세

7. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액

8. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항

② 제1항에 따른 관리처분계획의 내용은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 종전의 토지 또는 건축물의 면적ㆍ이용상황ㆍ환경 그 밖의 사항을 종합적으로 고려하여 대지 또는 건축물이 균형있게 분양신청자에게 배분되고 합리적으로 이용되도록 한다.

2. 지나치게 좁거나 넓은 토지 또는 건축물에 대하여 필요한 경우에는 이를 증가하거나 감소시켜 대지 또는 건축물이 적정 규모가 되도록 한다.

3. 너무 좁은 토지 또는 건축물이나 정비구역 지정후 분할된 토지를 취득한 자에 대하여는 현금으로 청산할 수 있다.

4. 재해 또는 위생상의 위해를 방지하기 위하여 토지의 규모를 조정할 특별한 필요가 있는 때에는 너무 좁은 토지를 증가시키거나 토지에 갈음하여 보상을 하거나 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 대지의 공유지분을 교부할 수 있다.

5. 분양설계에 관한 계획은 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 만료되는 날을 기준으로 하여 수립한다.

6. 1세대 또는 1인이 하나 이상의 주택 또는 토지를 소유한 경우 1주택을 공급하고, 같은 세대에 속하지 아니하는 2인 이상이 1주택 또는 1토지를 공유한 경우에는 1주택만 공급한다.

④ 정비사업의 시행으로 조성된 대지 및 건축물은 관리처분계획에 의하여 이를 처분 또는 관리하여야 한다.

⑤ 주택재개발사업, 주택재건축사업, 도시환경정비사업 또는 가로주택정비사업에서 제1항 제3호ㆍ제4호 및 제7호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 의한다.

1. 「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자 중 다음 각 목의 구분에 따른 감정평가업자가 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다.

가. 주택재개발사업 또는 도시환경정비사업: 시장ㆍ군수가 선정ㆍ계약한 2인 이상의 감정평가업자

나. 주택재건축사업 또는 가로주택정비사업: 시장ㆍ군수가 선정ㆍ계약한 1인 이상의 감정평가업자와 조합총회의 의결로 정하여 선정ㆍ계약한 1인 이상의 감정평가업자

2. 시장ㆍ군수는 제1호에 따라 감정평가업자를 선정ㆍ계약하는 경우 감정평가업자의 업무수행능력, 소속 감정평가사의 수, 감정평가 실적, 법규 준수 여부, 평가계획의 적정성 등을 고려하여 객관적이고 투명한 절차에 따라 선정하여야 한다. 이 경우 감정평가업자의 선정ㆍ절차 및 방법 등에 관하여 필요한 사항은 시ㆍ도조례로 정한다.

3. 사업시행자는 제1호에 따라 감정평가를 하고자 하는 경우 시장ㆍ군수에게 감정평가업자의 선정ㆍ계약을 요청하고 감정평가에 필요한 비용을 미리 예치하여야 한다. 시장ㆍ군수는 감정평가가 끝난 경우 예치된 금액에서 감정평가 비용을 직접 지불한 후 나머지 비용은 사업시행자와 정산하여야 한다.

제48조의2(건축물의 철거 등) ① 사업시행자는 제48조 제1항에 따른 관리처분계획의 인가를 받은 후 기존의 건축물을 철거하여야 한다.

제49조(관리처분계획의 공람 및 인가절차 등) ① 사업시행자는 제48조에 따른 관리처분계획의 인가를 신청하기 전에 관계서류의 사본을 30일 이상 토지등소유자에게 공람하게 하고 의견을 들어야 한다. 다만, 제48조 제1항 단서에 따른 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 토지등소유자의 공람 및 의견청취절차를 거치지 아니할 수 있다.

② 시장ㆍ군수는 사업시행자의 관리처분계획의 인가신청이 있은 날부터 30일 이내에 인가여부를 결정하여 사업시행자에게 통보하여야 한다. 다만, 시장ㆍ군수는 대통령령으로 정하는 공공기관에 인가 신청된 관리처분계획의 타당성 검증을 요청하는 경우에는 관리처분계획 인가신청을 받은 날부터 60일 이내에 인가 여부를 결정하여 사업시행자에게 알려야 한다.

③ 시장ㆍ군수는 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

④ 사업시행자는 제1항 또는 제3항에 따라 공람을 실시하고자 하거나 시장ㆍ군수의 고시가 있은 때에는 대통령령으로 정하는 방법과 절차에 따라 토지등소유자 또는 분양신청을 한 자에게 공람계획 또는 관리처분계획의 인가 내용 등을 통지하여야 한다.

⑤ 제1항, 제3항 및 제4항의 규정은 시장ㆍ군수가 직접 관리처분계획을 수립하는 경우에 이를 준용한다.

⑥ 제3항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 제54조의 규정에 의한 이전의 고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 사업시행자의 동의를 받거나 제40조 및 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 권리자의 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 국세기본법

제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 「행정심판법」의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는

「행정심판법」 제15조

, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 "위원회"는 "국세심사위원회", "조세심판관회의" 또는 "조세심판관합동회의"로 본다.

(5) 행정심판법

제36조(증거조사) ① 위원회는 사건을 심리하기 위하여 필요하면 직권으로 또는 당사자의 신청에 의하여 다음 각 호의 방법에 따라 증거조사를 할 수 있다.

3. 특별한 학식과 경험을 가진 제3자에게 감정을 요구하는 방법

② 위원회는 필요하면 위원회가 소속된 행정청의 직원이나 다른 행정기관에 촉탁하여 제1항의 증거조사를 하게 할 수 있다.