조심 2024서2564 (2024.07.09)

심판청구를 각하한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2010.1.7. 현재 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)이 발행한 보통주식 2,585,290주를 소유하고 있는 자로, 주식회사 B(이하 “양수법인”이라 한다)와 청구인 보유주식을 양수법인에 매매하는 내용의 주식매매계약 및 주주간계약을 체결하고, 2013.5.9. 주주간계약 제4조에 따른 주식매도선택권을 행사하여 양수법인에게 A의 보통주식 2,000,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주당 OOO원(양도가액 OOO원)에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)한 후 2013.9.2. 2013년 귀속 양도소득세 등을 신고.납부하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016년 3월 주식변동조사 결과, 쟁점주식의 시가를 주당 OOO원으로 보고 쟁점거래가 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제35조에서 규정한 고가양도에 해당된다고 보아 청구인에게 증여이익 OOO원에 대한 증여세를 기한 후 신고할 것을 안내하였다.

다. 청구인은 2016.4.6. 처분청에 2013.5.9. 증여분 증여세 OOO원을 기한 후 신고한 후, 2016.4.8. 감소된 양도가액 OOO원에 대한 양도소득세 등을 경정하여야 한다며 경정청구를 제기하였으며, 해당 경정청구가 받아들여져 2016.5.2. 처분청으로부터 양도소득세 등 OOO원(양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원)을 환급받았다.

다. 청구인은 2023.12.6. 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 과세표준 및 세액의 결정통지를 받지 못하였다면서 쟁점주식에 대한 증여재산가액을 0원으로 하는 내용의 기한 후 신고서를 처분청에 제출하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2016.4.6. 기한 후 신고를 하였으나, 처분청의 과세표준 및 세액의 결정 미통지로 심리일 현재까지 부작위 상태가 지속되고 있어 청구인의 권익이 침해당하고 있는바, 이는 「국세기본법」상의 불복대상에 해당된다.

(가) 기한 후 신고에 대한 납세의무의 확정은 납세자의 신고에 의하여 확정되는 신고과세 세목이나 과세관청의 결정 처분에 의하여 확정되는 부과과세 세목의 여부에 불구하고 과세관청의 결정과 서면통지에 의하여 납세의무가 확정된다 할 것이다.

1) 「국세기본법」(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 기한 후 신고를 한 신고자의 경우 당해 신고 내용에 오류 등이 존재한다 해도 법률상 그에 대한 경정청구 등을 할 수 없게 되어 있고 그 기한 후 신고에 대한 오류 등에 대해서는 반드시 처분청의 결정통지에 의하여 불복 내지는 항고소송을 제기할 수 있을 뿐이다.

2) 과세관청이 기한 후 신고에 대하여 별도로 고지하여야 할 세액이 없다는 신고시인 결정이나 추가납부세액에 대한 납세고지서의 발송 등을 포함한 서면 결정통지를 하지 않는 경우에는 과세관청의 행정처분이 없어, 국세행정에 협력한 기한 후 신고자는 불복 등을 할 수 없는 상황이 발생하게 되어 추후 기한 후 신고에 대하여 확인된 오류사항 등에 대한 정정의 기회를 잃게 된다. 따라서 기한후신고서의 제출만으로는 국가와 납세자 간의 법률적인 효력은 없다 할 것이며, 해당 신고서의 제출에 따른 과세관청의 내부적인 결정과 해당 결정 내용이 납세자에게 통지되어야 법 소정의 효력이 확정된다고 할 것이다.

3) 조세심판원 선결정례 및 대법원 판례 등도 기한 후 신고나 과세표준 무신고의 경우 과세관청은 반드시 결정 처분 및 통지 등을 하여야 하고 이러한 결정 처분에 관한 통지의 경우 비록 납세고지서의 형식은 아니라 하여도 반드시 서면으로 통지하여야 국가와 납세자 간의 조세채권채무의 확정력이 발생함과 동시에 처분의 효력이 발생한다고 보고 있으며, 기한 후 신고 이후 그 신고일로부터 3개월 이내에 결정통지를 하지 않는 경우 이는 「국세기본법」 제55조에서 정하는 부작위에 해당된다고 보고 있다(조심 2014지1408, 2015.5.18., 조심 2017지896, 2018.3.19., 조심 2018지930, 2018.9.20., 조심 2020서867, 2020.11.24., 대법원 2014.10.27. 선고 2013두6633 판결, 같은 뜻임).

4) 이 건의 경우, 청구인은 2016.4.6.자 기한 후 신고, 2023.12.6.자 기한 후 신고에 대하여 처분청의 결정통지를 받지 못하였고, 이에 「국세기본법」에서 정하고 있는 이 법 또는 세법에 따른 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 경우에 해당하므로 이 건 심판청구는 적법하다 할 것이다.

(나) 처분청 의견은 아래와 같이 타당하지 않다.

1) 처분청은 문서 보존기간이 3년이므로 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 신고시인 통지 등을 하였는지 확인이 불가하다는 의견이나, 서류의 송달 여부에 관하여는 2015년경 전면 개편된 현행 차세대국세행정시스템(이하 “NTIS”라 한다)을 확인하여 보면 서류의 송달 여부에 관하여 명백히 알 수 있다.

2) 처분청은 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 결정 및 통지를 필한 것으로 추정되고, 기한 후 신고에 부수하여 경정 등의 청구를 한 양도소득세 등의 환급을 받은 사실이 있어 이는 간접적으로 기한 후 신고에 대한 통지를 한 것이라는 의견이나, 기한 후 신고에 대한 결정 및 통지는 국세를 확정시키는 행정처분으로 해당 통지 여부를 판단함에 있어 추정 등 개연성에 의한 주장은 배제되어야 하고 기한 후 신고와 관련된 세목에 관한 결정이나 경정 등이 존재한다고 하여 이를 통지행위로 볼 수 없다.

3) 처분청은 2016.4.6.자 기한 후 신고 후 7년이라는 시간이 경과하여 부작위를 원인으로 불복을 제기하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다는 의견이나, 신의성실의 원칙은 조세 법규의 집행 과정에서 법적 안정성을 위하여 납세자의 신뢰를 보호할 가치가 있는 경우 기존의 법률관계를 그대로 존중하여 납세자의 신뢰를 보호하자는 것으로, 납세자가 과세관청에 대한 신의를 배신하는 경우에는 그 행위에 대한 조세의 부과권, 가산세 등에 의하여 이미 법적 보장 장치가 있는 점을 볼 때 처분청 의견은 신의성실의 원칙을 지나치게 확대해석한 것이다.

4) 처분청은 청구인이 기한 후 신고서를 제출한 이후 처분청이 3개월 동안 어떠한 결정도 통보하지 않았다면 그 3개월이 지난 날부터 90일 이내에 불복 등의 청구를 하여야 하든지 부당이득반환청구 소송을 제기하여야 한다는 의견이나, 「국세기본법」상 불복기간은 처분이 있음을 안 날로부터 90일로 정하여져 있는바, 이 건과 같이 처분청의 부작위에 대하여 불복하는 경우에는 청구인의 권익침해가 여전히 계속되고 있으므로 불복기한제한이 없다고 보아야 한다(조심 2017중3023, 2017.11.24., 국심 1997중597, 1998.3.24. 국세심판관 합동회의, 조심 2009부114, 2009.3.10., 참조).

(2) 청구인과 양수법인은 쟁점거래의 법적 구속력이 부여된 계약체결일 현재 특수관계인에 해당하지 아니하고, 특수관계 없는 자 간의 쟁점거래에 관행상 정당한 사유가 존재하여 쟁점거래에 대해 상증세법 제35조를 적용할 수 없고, 설령 제35조가 적용된다 하더라도 청구인에게 증여세가 아닌 소득세를 과세하여야 한다.

(가) 쟁점주식에 대한 쟁점거래에서의 특수관계성립 기준일은 주주간계약 체결일인 2010.1.7.이고, 해당 일 기준으로 청구인과 양수법인은 특수관계인에 해당하지 않으며, 특수관계 없는 청구인과 양수법인의 쟁점거래는 객관적 관계에서 거래 당사자의 경제적 이익의 극대화와 거래일 이전 이미 산정된 합리적인 거래가격 산정 방법을 근거로 거래의 관행상 정당한 사유를 반영한 합리적 경제주체 간에 형성된 객관적 교환가치를 반영한 거래에 해당한다.

(나) 청구인과 양수법인이 특수관계인에 해당한다는 가정을 전제한다 하더라도 양도인이 개인이고 양수인이 법인인 거래가 고가거래인 경우 그 거래에서의 시가 초과분은 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제1호 및 106조 제1항에 따라 양수자인 법인의 세무조정 및 소득처분 과정을 거쳐 양도자인 청구인에게는 소득세가 먼저 과세되어야 할 것이므로 이 건 증여세 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 결정 및 통지가 없어 부작위가 지속되고 있다고 주장하나 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 결정 및 통지는 이루어졌다.

(가) NTIS시스템에 의하면 처분청은 2016.11.3. 청구인에게 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대하여 신고시인 결정을 필한 것으로 확인(증여세 결정결의서)된다.

(나) 현재는 NTIS시스템에서 통지서의 송달 여부 확인이 가능하나, 2016.4.6.자 기한 후 신고 결정통지 당시에는 각 담당자가 결의서를 작성한 후 개별 출력을 통해 우편발송을 하도록 설계되어 있어 결정통지서의 송달 여부가 전산상에서 확인되지 않는다.

(다) 또한 「공공기록물 관리에 관한 법률 시행령」 제26조 별표1(기록물의 보존기간별 책정 기준)에 따르면, 증여세 결정통지서 발송과 같은 기록물의 경우 보존기간을 3년으로 규정하고 있는바, 2016.4.6.자 기한 후 신고 결정통지서의 보존기간이 만료되어 그 서류확인이 어렵지만, 2016년 당시 담당자의 이름 및 연락처가 있는 신고시인 결정통지서가 NTIS시스템에서 확인되므로 기한 후 신고 결정통지서는 적법하게 송달된 것으로 보인다.

(2) 청구인은 2016.4.8. 양도소득세 및 증권거래세에 대한 경정청구를 통해 2016.5.2. 본세 OOO원을 환급받은바 있는데, 가사 청구인의 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대하여 처분청이 신고시인 결정통지를 하지 않은 경우라 하더라도 청구인의 양도소득세 등의 경정청구에 대한 환급으로 간접적인 통지를 받은 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 또한 2016.4.6.자 기한 후 신고 이후 7년 8개월이 지나 쟁점거래 관련 청구인이 환급받은 양도소득세 등의 부과제척기간 만료 시점에 증여세 결정에 관한 서면 통지를 받지 못하였다고 주장하는 것은 신의성실 원칙을 위배한 과도한 주장이다.

(3) 또한, 청구인의 2023.12.6.자 기한 후 신고서 제출 당시에는 기한 후 신고한 자에게도 경정청구를 할 수 있도록 「국세기본법」제45조의3 규정이 이미 개정(2019.12.31. 법률 제16841호) 된 점에 비추어 청구인이 별도로 경정청구를 하지 않는 이상 2023.12.6.자 기한 후 신고라는 사실행위에 대하여 처분청이 조치를 하지 않는 것이 부작위라고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구가 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 것)

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

부 칙 ＜법률 제16841호, 2019.12.31.＞

제5조(기한 후 신고한 자에 대한 수정신고 및 경정 등의 청구에 관한 적용례) 제45조 제1항 및 제45조의2 제1항ㆍ제4항(기한후과세표준신고서와 관련된 개정사항에 한정한다)의 개정규정은 이 법 시행 전에 기한후과세표준신고서를 제출하고 이 법 시행 이후 과세표준수정신고서를 제출하거나 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구하는 경우에도 적용한다.

(2) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것)

제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 신고인에게 통지하여야 한다. (단서생략)

(3) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것)

제35조(저가ㆍ고가 양도에 따른 이익의 증여 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대해서는 해당 재산을 양수하거나 양도하였을 때에 그 대가와 시가(時價)의 차액에 상당하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 한다.

1. 타인으로부터 시가보다 낮은 가액으로 재산을 양수하는 경우에는 그 재산의 양수자

2. 타인에게 시가보다 높은 가액으로 재산을 양도하는 경우에는 그 재산의 양도자

② 제1항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 특수관계인이 아닌 자 간에 재산을 양수하거나 양도한 경우로서 거래의 관행상 정당한 사유 없이 시가보다 현저히 낮은 가액 또는 현저히 높은 가액으로 재산을 양수하거나 양도한 경우에는 그 대가와 시가의 차액에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 추정하여 대통령령으로 정하는 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다.

(가) 청구인과 그 관계인은 2010.1.7. 양수법인과 A의 주식 2,690,290주를 양수법인에 양도(청구인의 양도주식수는 2,585,290주)하는 내용의 주식매매계약을 체결하였고, 청구인은 같은 날 양수법인과 ‘주식의 양도제한 및 주식매도선택권’(제4조)과 ‘매매가액의 산정방법’ 등의 내용을 정한 주주간계약을 체결하였다.

(나) 청구인은 주식매도선택권을 행사하여 2013.5.9. 양수법인과, 양수법인에게 쟁점주식을 주당 OOO원(총 OOO원)에 양도하는 쟁점거래를 하고, 2013.9.2. 2013년 귀속 양도소득세 등을 신고.납부하였다.

(다) 청구인은 2016.4.6. 조사청의 안내에 따라 쟁점거래를 상증세법 제35조에서 정하는 고가양도로 하여 처분청에 증여재산가액 OOO원에 대한 증여세 OOO원을 기한 후 신고하고 납부하였는바, NTIS시스템 및 증여세 결정통지 시행공문(문서번호 미기재)에 의하면, ‘청구인에게 기한 후 신고에 대하여 신고분 인정으로 결정하였음을 알린다’는 내용이 나타나나, 결정통지서의 송달 여부는 확인되지 않는다.

(라) 청구인은 2016.4.6.자 기한 후 신고와 관련하여 감소된 양도가액(OOO원)에 대한 양도소득세 및 증권거래세에 대한 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 이를 받아들여 2016.5.2. 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 환급하였다.

(마) 청구인은 2023.12.6. 처분청의 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 결정미통지로 부작위 상태가 지속되고 있는 상황이라며 증여재산가액을 0원으로 하는 내용의 기한 후 신고서를 처분청에 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건 심판청구가 적법한지에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」 제45조의3 제3항에서 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자가 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있는바, 그 결정 통지는 불복의 대상이 되는 행정청의 처분에 해당한다(대법원 2014.10.27. 선고 2013두6633 판결, 같은 뜻임) 할 것이다.

청구인의 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대하여 처분청이 결정통지를 하였는지와 관련하여, NTIS시스템상에서 ‘청구인에게 기한 후 신고에 대하여 신고분 인정으로 결정하였음을 알린다’는 내용이 나타나는 점, 청구인이 쟁점거래를 고가양도로 보아 처분청에 증여세를 기한 후 신고하면서 이로 인해 감소된 양도가액 OOO원에 대한 양도소득세 및 증권거래세의 환급을 구하는 경정청구를 2016.4.8. 제기하고 처분청이 이를 받아들여 2016.5.2. 청구인에게 양도소득세 등을 환급하였는데, 이는 ‘2013.5.9. 증여분 증여세의 과세표준 및 세액이 청구인의 기한 후 신고에 따른 과세표준 및 세액과 동일하여 별도로 고지할 세액이 없다’는 처분청의 신고시인 결정통지가 전제되어야만 가능한 것으로 보이므로 최소한 청구인이 경정청구를 한 날(2016.4.8.)에 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 실질적인 결정통지가 이루어졌다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

그렇다면 청구인은 2016.4.6.자 기한 후 신고에 대한 시인 결정통지를 받은 날부터 90일이 경과한 2024.3.20. 이 건 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 부적법하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.