조심2011서3494 (2012.06.28)

OOO세무서장이 2011.6.24. 청구법인에게 한 1. 2007사업연도 법인세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2007사업연도에 전산 시스템의 개발을 위하여 OOO원 중 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에 따른 별표6의 제2호 가목에서 규정한 전담부서를 보유하지 아니한 업체에게 위탁하거나 재위탁한 금액을 제외한 금액에 대하여 「조세특례제한법」제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되, 이에 해당하는 금액은 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다. 2. 법인세 2008사업연도분 OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOO O, OO OOO,OOO,OOOO에 대한 경정청구 거부처분은 청구법인이 임직원들과 체결한 성과연동주식 지급계약에 따라 지급한 주식상여금보상액(2008사업연도 OOO을 인건비로 보아 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2001.11.1. OOO의 합병으로 설립된 상장법인이었다가 2008년 9월 주식의 포괄적 이전을 통하여 비상장법인으로 전환되고OOO라 한다)의 자회사로 편입되었는바, 청구법인은 OOO가 설립되기 전에 성과보수의 일환으로 청구법인 주식에 대한 주식매수선택권을 임직원에게 부여하여 왔으며, 청구법인이 2008년 9월 비상장법인으로 전환되면서 주식매수선택권의 내용을 일부 수정하여 행사 당시 시가 산정의 기준이 되는 주식을 청구법인의 주식에서 모법인인 OOO의 주식으로 변경하였다가, 2008사업연도에는 위 주식매수선택권의 부여를 중지하고, 새로운 성과보상제도인 성과연동주식지급제도를 도입하여 2008사업연도에OOO(이하 “쟁점주식상여금보상액”이라 한다)을 해당 임직원에게 각각 지급하였으나, 법인세 신고시 이를 손금불산입하였다. 나. 청구법인은 2007사업연도에 연구개발 전담부서를 보유한 OOO 주식회사 등(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 전산시스템의 연구개발을 위탁하고 OOO 지급하였으나, 해당 사업연도의 법인세 신고시 「조세특례제한법」제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 적용을 누락하였다. 다. 청구법인은 2011.3.11. 쟁점주식상여금보상액을 인건비로 보아 손금에 산입하고, 위탁연구개발비(재위탁금액을 별도로 구분하지 아니함)에 대하여 쟁점세액공제를 적용하여 법인세 2007사업연도분 OOO을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점주식상여금보상액은 「조세특례제한법」제15조 (주식매수선택권의 과세특례)의 요건에 해당하지 아니하므로 인건비로 볼 수 없고, 위탁연구개발비 중 재위탁한 부분은 쟁점세액공제를 적용할 수 없으며, 위탁 및 재위탁 금액이 구분되지 아니하므로 위탁연구개발비 전체에 대하여 쟁점세액공제를 적용할 수 없다는 사유로 2011.6.24. 거부통지를 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점주식상여금보상액은 해당 임직원의 성과결과에 따라 지급되는 성과급으로서 「법인세법」상 인건비에 해당한다. (가) 청구법인은 성과연동주식지급제도를 도입하여 임직원 취임시 개별계약에 따라 장기성과지표(총자산규모, ROA, Relative TSR 상승률)와 주식의 최대지급수량을 정한 후 임기만료시 성과실적에 따라 지급할 주식수를 결정하며, 이를 주식 또는 주식상당가액 중 하나를 선택하여 지급하도록 하고 있고, 주식이 아닌 현금으로 지급할 경우 지급기준일로부터 역산하여 2개월, 1개월 및 1주일의 거래량을 가중평균한 종가를 산술평균한 가격에 주식수를 곱하는 방식으로 금액을 산정하였다. 위와 같이 쟁점주식상여금보상액은 청구법인이 해당 임직원과 고용계약을 맺고, 근로를 제공한 후 장기성과지표에 따른 목표달성 여부에 따라 지급할 주식수가 결정되므로 근로제공에 따른 대가를 주식으로 지급하는 상여금이 명백하며, 지급기준일을 기준으로 일정기간동안의 주가를 산술평균하여 성과금을 산정하는 것이므로 이미 주식행사가격이 결정되어 있는 주식매수선택권과는 상이한 것이다. 따라서, 쟁점주식상여금보상액은 근로에 대한 적극적인 동기부여를 위하여 해당 임직원의 인건비를 주식의 가치와 연계시킨 것으로 성과결과에 따라 지급되는 성과급이므로「법인세법」상 인건비에 해당한다. (나) 처분청은 쟁점주식상여금보상액이 「조세특례제한법」제15조 (주식 매수선택권에 대한 과세특례)의 요건을 미충족하였다는 사유를 들어 경정청구를 거부하였으나, 이는 아래 <표1>과 같이 주식상여금보상액이 주식매수선택권과는 전혀 다른 성과급제도라는 것을 간과한 것으로 부당하다. OOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOOOOOO OO (2) 쟁점세액공제의 입법취지와 조세법률주의에 비추어 볼 때, 위탁연구개발비 중 재위탁한 부분에 대하여도 쟁점세액공제를 적용하여야 한다. 쟁점세액공제제도를 둔 취지는 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위한 것인바, 「조세특례제한법」제10조 등 관련 규정에서는 재위탁한 비용에 대하여 쟁점세액공제를 배제하는 근거가 없음에도 처분청이 자의적으로 판단하여 쟁점비용에 대하여 쟁점세액공제 적용을 배제하는 것은 법문언에 따라 엄격해석을 하여야 하는 조세법의 해석원칙에 비추어 볼 때 부당하다. 청구법인은 위탁자로서 수탁자의 하도급 여부, 하도급업체 선정 등에 전혀 관여하거나 통제를 할 수 없음에도 수탁자가 재위탁한 부분에 대하여 쟁점세액공제를 허용하지 아니하는 것은 청구법인에게 아무런 책임이 없는 사유에 대하여 세제상 불이익을 주는 것으로 법적안정성 및 예측가능성을 침해한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점주식상여금보상액은 「조세특례제한법」제15조 의 특례요건에 해당하지 아니하므로 손금에 산입할 수 없다. 주식매수선택권 행사에 따른 주식보상비용이 인건비에 해당하기 위하여는 「조세특례제한법」제15조 에 의하여 해당 법인이 상장법인 또는 코스닥상장법인이어야 하고, 주식매수선택권의 요건을 정관에 기재한 법인이 해당 법인의 종업원에게 주식매수선택권을 부여하는 경우에 적용되는 것인바, 청구법인은 2008년 9월OOO계열사로 편입되면서 비상장법인이 되어 요건에 해당하지 아니하며, 주식매수선택권은 「상법」제340조의2 에서 신주발행이나 자기주식을 매수할 수 있는 권리라 정하고 있어 권리부여법인의 주식을 권리대상주식으로 보아야 할 것이므로 모법인의 주식을 권리대상주식으로 부여한 청구법인의 경우 과세특례요건에 해당하지 아니한다. 설령, 청구주장과 같이 쟁점주식상여금보상액이 주식매수선택권과 는 상이한 성과급제도라고 한다면, 이는 위의 과세특례요건에 해당하지 아니하므로 부당행위부인대상이 될 것이므로 손금에 산입할 수 없다. (2) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바, 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 쟁점세액공제대상을 “연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용”으로 규정하고 있고, 별표6에서는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용”으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되어 타당하지 아니하며, 기획재정부(조세지출예산과-844, 2009.9.25.)에서도 재위탁부분에 대하여는 세액공제대상에 해당하지 않음을 명확히 하고 있으므로 청구주장을 받아들일 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 임직원들의 성과결과에 따라 지급한 주식상여금보상액을 인건비로 보아 손금에 산입하여야 한다는 주장의 당부 ② 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 재위탁 비용이 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’ 적용대상인지 여부 나. 관련 법령 (1) 쟁점① 관련 (가) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상(결산을 확정할 때 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 그러하지 아니하다. (나) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 3. 인건비 18. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제19조(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 3. 인건비 19. 「상법」제542조의3 에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제20조(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것)【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호에서 “대통령령이 정하는 성과급”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 2. 「증권거래법」제189조의2 의 규정에 의하여 취득한 자기주식으로 지급하는 성과급으로서 동법 제2조 제18항의 규정에 의한 우리사주조합(이하 “우리사주조합”이라 한다)을 통하여 지급하는 것. 이 경우 증권거래법에 의한 유가증권시장에서 당해 법인의 주식을 취득하여 조합원에게 분배한 우리사주조합에게 당해 법인이 성과급으로 그 대금을 지급하는 것을 포함한다. 3. 「조세특례제한법」제15조 제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액 제20조(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)【성과급 등의 범위】① 법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제165조의2에 따라 취득한 자기주식으로 지급하는 성과급으로서 우리사주조합을 통하여 지급하는 것. 이 경우 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 유가증권시장에서 해당 법인의 주식을 취득하여 조합원에게 분배한 우리사주조합에 해당 법인이 성과급으로 그 대금을 지급하는 것을 포함한다. 3. 다음 각 목의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)을 부 여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가 의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액 제43조【상여금 등의 손금불산입】① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금(제20조 제1항 각호의 1에 해당하는 성과급을 제외한다)은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다. (다) 소득세법 제20조 【근로소득】① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 1. 갑종 가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급, 급료, 보수, 세비, 임금, 상여, 수당과 이와 유사한 성질의 급여 나. 법인의 주주총회, 사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득 다. 「법인세법」에 의하여 상여로 처분된 금액 라. 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 (라) 소득세법 시행령 제38조 【근로소득의 범위】① 법 제20조의 규정에 의한 근로소득의 범위에는 다음 각호의 소득이 포함되는 것으로 한다. 17. 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 「법인세법 시행령」제87조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “당해 법인 등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다) (마) 조세특례제한법 제15조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】 ① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제2조 제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 "부품·소재전문기업"이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "창업법인등"이라 한다)의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 "종업원 등"이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 「법인세법」제52조 의 규정에 불구하고 해당 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다. ② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다. 1. 창업법인 등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것 2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액 이상일 것 3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것 4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인 등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 하며, 2년 이상 근무하고 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다. 5. 창업법인 등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위 안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위 안에서 동일 종업원 등에게 주식매수선택권을 부여할 것 ④ 제1항 내지 제3항의 규정은 종업원 등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 주식의 매수가액이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금 또는 창업법인 등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다. (2) 쟁점② 관련 (가) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (나) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 말한다.

(다) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①관련 (가) 청구법인(갑)이 2007.11.1. 대표이사인OOO(을)과 체결한 성과연동주식지급계약서의 주요내용은 다음과 같다. 1) 제1조(교부할 주식의 종류) ① 성과연동으로 교부할 주식의 종류는 갑이 발행한 기명식 보통주식으로 한다. 2) 제2조(지급수량) 지급수량은OOO 범위 내에서 계약일로부터 3년간의 성과결과를 기준으로 아래와 같이 산정한 수량으로 한다. ① 각 성과지표 항목별 “목표대비 달성도”에 의하여 정해지는 지급수량을 합하여 산정하나, 제3조에서 정한 최대지급수량을 초과하지 못함 3) 제3조(성과지표별 최대지급수량 및 수량산정 산식) OOOOOOOO 4) 제5조(지급수량 등 기준일) ① 을의 예정된 임기가 만료될 경우에는 그 임기만료일, 중도퇴직의 경우에는 각 중도퇴직일을 기준으로 하여 본 계약에 따른 주식의 지급수량 또는 주식상당가액을 결정한다. 5) 제9조(지급방법 등 절차) 갑은 그 재량으로 본 계약에 따른 주식 또는 주식상당 가액 중 하나를 선택하여 갑에게 지급할 수 있다. 갑이 주식상당액을 지급할 경우 그 가액은 제5조 제1항에 정한 기준일 현재로부터 역산하여 2개월, 1개월 및 1주일의 각 기간 동안의 거래량을 가중평균한 각각의 종가를 산술평균한 가격에 지급수량을 곱하는 방식으로 결정한다. (나) 심리자료에 의하면, 청구법인은 매년 임직원들에게 주식상여금보상액을 지급하기 위하여 개별평가표를 작성하여 상여금을 책정하였으며, 주식상여금보상액으로 2008.11.3. 임직원 9명에게 OOO을 각각 지급한 것으로 나타난다. (다) 살피건대, 「법인세법」상 인건비는 법인이 임원 또는 사용인 등으로부터 제공받은 근로에 대한 대가로 지급하는 급여, 상여, 퇴직금, 복리후생비 등을 총칭하는 것으로 손금에 산입하는 것을 원칙으로 하면서, 제한적으로 지배주주의 과다 보수, 임원상여금 급여지급기준 초과액, 임원퇴직금 한도초과액 등의 특정인건비에 대하여 조세정책적 목적에 따라 손금에 산입하지 아니하고, 또한 임원, 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 법인세를 부과한 후에 하는 소득처분금액이므로 이를 손금에 불산입하고 있는바, 쟁점주식상여금보상액은 청구법인이 성과상여금의 일부를 주식 또는 주식상당액으로 지급하는 것으로, 그 지급원인이 청구법인과 임직원 간에 체결된 성과연동주식지급계약서 등에 의한 것이며, 동 계약에 따라 지급시기나 지급규모가 확정되어 임직원의 의사가 개입될 여지가 없는 점 등을 감안할 때, 이익처분에 의하여 지급하는 상여금으로 보기는 어렵고 근로제공에 따른 성과급으로 청구법인이 부담하여야 할 인건비에 해당되는 것으로 보아 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2009서561, 2010.8.18. 합동회의, 같은 뜻임). (2) 쟁점②관련 (가) 청구법인의 2003～2007사업연도 연구 및 인력개발비 지급 및 경정청구내역은 <표3>과 같으며, 청구법인은 당초 경정청구시에는 연구개발비에 대하여 위탁 및 재위탁금액을 구분하지 아니하였다가, 심판청구시에는 이를 구분하였으나, 처분청이 이를 확인하지는 아니하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OO O OOOOO OO O OOOOOO (OO : O) (나) 살피건대, 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 청구외법인이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 쟁점세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 제외하여야 하는지에 대하여 본다. 1) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다. 2) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다(기획재정부 예규 조세특례제도과-844, 2009.9.25. 참조). 3) 살피건대, 청구외법인이 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 「조세특례제한법」제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합 한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 쟁점 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다 (조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임). 다만, 심리자료에 의하면 당초 경정청구시 제출한 연구인력개발비 중 위탁 및 재위탁금액과 재위탁금액 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.