조심2012서5327 (2013.03.06)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1993.11.15. OOO단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 주택재개발사업으로 2003.5.28. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인)한 후 2006.11.10. 신축주택을 양도하고, 양도소득세 신고시「조세특례제한법」(이하 “같은 법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 의한 신축주택의 감면세액을 실지거래가액으로 계산하면서 종전주택 취득시점부터 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면대상으로 신고하였다. 나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액은 감면대상 소득으로 인정하고, 종전주택 취득일(1993.11.15.)부터 신축주택 취득일 전일(2003.5.27.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면 적용을 배제하여 2012.5.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다가 OOO원을 감액·경정하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 주위적 청구 이 건 과세근거가 된 국세청의 새로운 예규(재산세과-227, 2009. 1.20.)는 “단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 쟁점규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것”이라고 하고 있는 바, 동 예규는 신축주택의 양도에 재건축·재개발 주택을 포함하여 규정하면서 신축주택의 경우에는 전액 감면하고 재건축·재개발 주택의 경우에는 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제한 것은 감면범위를 축소하는 잘못된 해석이며, 과세관청이 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 변경하기 전까지는 쟁점규정을 “신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 전액 감면하고, 5년이 지나 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것”으로 해석·적용한 바, 관련 법령의 개정 등의 별다른 사정 변경 없이 새로운 예규를 들어 과세한 것은 「국세기본법」제18조 에서 규정하는 세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지원칙에 반하여 부당하다. (2) 예비적 청구① 「소득세법」제100조 (양도차익의 산정) 및 같은 법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) 제5항은 재개발·재건축으로 신축된 주택의 양도차익 계산방법을 단순화한 것으로 이 규정을 쟁점규정에 따른 감면소득 계산시 적용하는 것은 부당하고, 「조세특례제한법 시행령」제40조 (구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) 제1항의 감면소득 계산식에서 분모의 기준시가 계산시 청산금 납부분에 해당하는 신축주택 취득당시의 기준시가를 합산하여야 하는 바, 청산금을 납부한 신축주택을 그 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 감면소득으로 계산하는 경우, 분모는 양도물건 전체의 기준시가 차액, 분자는 감면기간의 기준시가 차액에 의하여 계산되어야 하므로, 계산산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 종전부동산 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합계한 금액으로 계산하여야 하는 것으로, 양도물건 전체의 기준시가 차액은 양도가액(기준시가) - 취득가액(기준시가)이며, 이 경우 취득가액은 종전부동산 취득가액에 납부한 청산금을 합계한 금액에 상당하는 기준시가를 취득당시 기준시가로 보아야 하는 것인바, 청구인이 납부한 청산금은 OOO이며, 청산금 납부분에 대한 신축주택 취득당시 기준시가 OOO원과 종전부동산 취득당시 기준시가OOO 원을 합하면 분모의 취득당시 기준시가는 OOO원이며 감면소득은 OOO원으로 하여야 한다. (3) 예비적 청구② 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으며(대법원 2005.11.15. 선고 2004두930 판결 외 다수), 납세자가 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고·납부한 후에 처분청이 관련 법령의 개정 없이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 산정함으로써 추가로 양도소득세를 증액결정한 경우 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구인에게 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 「국세기본법」제15조 (신의·성실) 및 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)에 반하여 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 주위적 청구 조세에 관한 법률의 해석에 관하여 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장·유추해석하는 것은 허용하지 아니하고, 특히 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합하는 바, 쟁점규정은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택 취득 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당할 것이므로, 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외하여야 하는 것으로 쟁점규정을 잘못 해석한 청구주장은 받아들이기 어렵다. (2) 예비적 청구① 청구인은 청산금 납부분을 분모의 기준시가에 포함하여야 한다고 주장하나, 감면소득금액 계산에 관하여는 같은 법 시행령 제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 명시되어 있고 처분청에서 이와 같은 방법으로 감면소득금액을 계산하였으므로 당초 처분은 정당하다. (3) 예비적 청구② 납부불성실가산세는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 부과하는 가산세로 과소납부분에 대한 이자성격에 해당하는 바, 청구주장은 이유가 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) (주위적 청구) 「조세특례제한법」제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용대상인지 여부 (2) (예비적 청구①) 청산금을 납부한 경우 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합한 금액으로 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (3) (예비적 청구②) 새로운 예규의 적용에 따라 과세대상이 되었으므로 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 자기가 건설한 신축주택 (주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003.5.29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) : 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 . (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)} 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 제90조【양도소득세액의 감면】 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때 에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액 에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제 한다. 제95조【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (4) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】 ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. 1. 청산금을 납부한 경우 [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1993.11.15. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라 2003.5.28. 신축주택을 취득하였다가 2006.11.10. 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 같은 법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(1993.11.15.)부터 신축주택 취득일 전일(2003.5.27.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였다. (2) 먼저, 주위적 청구에 대하여 보면, 같은 법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 「국세기본법」제18조 제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는 바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있 다고 볼 수는 없고(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서 3764, 2006.11.1. 참고), 과세관청이 새로운 해석에 따라 과세한 이 건은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (3) 다음으로, 예비적 청구①에 대하여 보면, 청구인은 감면되는 분자의 양도소득은 분모의 값인 양도물건 전체의 기준시가 차액에 대한 감면기간의 감면비율인 바, 납부한 청산금에 대한 신축주택의 취득당시 기준시가는 당연히 분모의 값을 정하는 취득당시의 기준시가에 포함되는 것이 합리적이라고 주장하나, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011. 2.10.), 관련 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임). (4) 마지막으로, 예비적 청구②에 대하여 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007중5316, 2008.5.29. 및 조심 2012서4747, 2012.12.31. 외 다수 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.