국심2004서3079 (2005.04.18)

OO세무서장이 2004.5.11. 청구인에게 한 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1987.12.5. 취득한 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOO OOO OOOO가 재건축되어 2003.5.10. 같은곳 OOOOOOOO OOOO OOOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대한 사용승인이 있은 후인 2003.10.1. 쟁점주택을 양도하고, 2003.11.19. 신축주택 취득에 대한 과세특례를 적용하지 아니하고 양도소득세 46,519,990원을 신고납부하였다가 2004.3.17. 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례에 해당한다 하여 기납부한 세액 중 농어촌특별세 10,337,770원을 제외한 세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다. 나. 이에 대하여 처분청은 쟁점주택이 고가주택에 해당한다는 사유로 신축주택의 취득자에 대한 과세특례가 적용되지 않는 것으로 보아 2004.5.11. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2004.8.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서, 2002.12.31 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받았으므로 경과규정인 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 따라 종전의 규정에 의하여 고급주택에는 해당하지 않으므로, 신축주택의 과세특례를 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에 해당하지만, 실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하므로 종전의 규정에 의한 신축주택취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의 3 본문 단서규정에 의거 양도소득세 감면이 배제되는지의 여부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것)제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서규정 생략) 2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인 을 포함한다)를 받은 신축주택 (3) 조세특례제한법 부칙(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. ② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 부동산등기부등본 및 토지대장 등에 의하면, 청구인은 보유하던 주택이 재건축됨에 따라 2003.5.10. 신축주택인 쟁점주택(전용 111.32㎡)에 대한 사용승인을 받고 2003.10.1. 실지양도가액 942,000,000원에 양도하였음이 확인되고, 쟁점주택은 2003.1.1. 이후 양도한 것이므로 2002.12.30. 소득세법시행령 제156조의 개정규정에 의한 고가주택에는 해당되나 개정이전의 고급주택에는 해당되지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 청구인은 쟁점주택이 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31.이전에 공사에 착수하여 2003.5.10. 사용승인을 받았고, 고가주택이라는 점만을 제외하고는 2002.12.11. 개정된 동법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 구비하고 있으며, 그 부칙 제29조 제2항 제2호에서 “제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다”고 규정하는 바, 여기서 종전의 규정이라 함은 2002.12.11. 개정이전의 조세특례제한법 제99조의 3을 의미하고 단서의 양도소득세의 감면대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18. 개정전의 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 “고급주택”이지 단순히 실지양도가액 6억원을 초과하는 “고가주택”이라 하여 감면대상에서 제외되는 것은 아니라는 주장이다. (3) 이 건의 경우, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 같은법 부칙 제29조 제2항의 규정을 모아 보면, 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 2003.1.1. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 개정이전의 같은법 규정이 적용되는 것으로 해석되고, 그 단서규정에 따라 양도소득세의 감면적용대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18. 개정전의 소득세법 제89조 제3호에서 정한「고급주택」에 한하는 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다. (4) 따라서 처분청이 2002.12.11. 개정되기 전의 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의하여 고급주택에 해당되지 아니하는 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거분한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.