조심 2024서3900 (2025.12.23)

OOO세무서장이 2024.3.26. 청구인에게 한 2020년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 2020년 OOO원 및 2021년 OOO원을 필요경비에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, OOO세무서장이 2024.4.11. 청구인에게 한 2020년 제2기분 부가가치세 OOO원, 2021년 제1기분 부가가치세 OOO원 및 2021년 제2기분 부가가치세 OOO원의 가산세 부과처분은 이를 취소한다.

1.처분개요

가.청구인은 OOO 개업한 서울특별시 OOO에 소재한 백내장 수술 전문 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하는 개인사업자이다.

나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.5.3.부터 2024.1.26.까지 청구인에 대한 종합소득세 세무조사를 실시한 결과,

(1)청구인이 쟁점사업장의 매입처 중 OOO(사업자 : a, 이하 “OOO”라 한다)와 ‘OOO(사업자 : b, 이하 “OOO”라 하고 두 업체를 합하여 “쟁점매입처”이라 한다)에게 대금을 지급한 후 현금으로 돌려받는 방식(아래 ＜표1＞ 참조)으로 실제 공급받은 용역(영상 제작 및 편집, 어플리케이션 개발 및 업데이트 용역 등, 이하 “쟁점용역”이라 한다)의 공급가액보다 과다하게 가액이 기재된 세금계산서를 수취(이하 “쟁점거래1”이라 한다)한 것으로 보아 종합소득세 필요경비 합계　OOO원(2020년 OOO원, 2021년 OOO원)을 부인하고, 「부가가치세법」제60조 제3항 제6호에 따라 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서를 발급 받은 경우에 해당하는 가산세를 부과하도록 하는 과세자료(아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞ 참조)를 처분청들에 통보하였고,

(2)청구인은 청구인이 최대주주인 특수관계법인 ㈜c(이하 “c”라고 한다)로부터 재화(OOO 등)를 시가보다 고가에 매입(이하 “쟁점거래2”라 한다)한 것으로 보아 「소득세법」 제41조의 부당행위계산부인을 적용하여 청구인이 종합소득세 계산시 반영한 필요경비 합계 OOO원OOO을 부인하는 과세자료(아래 ＜표2＞ 참조)를 처분청들에 통보하였다.

＜표1＞ 매입세금계산서상 공급대가 중 청구인에게 반환된 금액

＜표2＞ 필요경비 불산입액

다. 통보받은 과세자료에 따라 처분청들은 2024.3.26., 2024.4.11. 아래 청구인에게 ＜표3＞과 같이 2020년·2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원, 2020년 제2기~2021년 제2기 부가가치세(공급가액을 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 가산세 2퍼센트) 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

＜표3＞ 처분청들의 부과 내역

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청들 의견

가.청구인 주장

(1) (쟁점거래1 관련) 이 건의 경우 (거래 존부 자체가 문제되는 일반적인 자료상 사건과는 달리) 용역거래가 실재한다는 점은 처분청과 청구인간 이견이 없고 다만, 처분청은 청구인이 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서에 기재된 용역대가가 실제 지급한 용역대가와 다르다는 의견이다. 처분청이 그 근거로 들고 있는 것은 청구인으로부터 세금계산서에 기재된 금액을 지급받은 뒤, a(또는 b)가 이를 바로 출금하여 청구인에게 되돌려주었을[즉, 페이백(pay-back)을 하였을] 것이라는 추측이다.

그러나 청구인은 b 등 매출처와 약정에 따라 쟁점용역을 공급받고, 이에 대한 대가를 지급하였을 뿐이며, 청구인이 지급한 용역대가의 일부를 페이백(pay-back)형태로 받은 사실이 없다. 심지어 처분청은 청구인이 쟁점매입처로부터 실제로 용역대가의 일부를 반환받았다는 점에 대해서 아무런 증명을 하지 못하고 있다. a나 b가 쟁점매입처에 귀속된 용역 대가의 일부를 인출하였다고 하여 그 돈이 당연히 청구인에게 반환된 것으로 볼 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

(가)「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호는 “세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 여기서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고 있는 「국세기본법」 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체, 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 뜻한다(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결, 참조).

「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호의 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙이고(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결, 참조), 과세관청이 용역의 공급가액을 실제보다 과다하게 기재한 것으로 보아 부가가치세 부과처분을 한 경우 그 과다 기재 사실에 대한 증명책임 역시 과세관청에 있으므로, 과세관청은 실제 거래가액과 세금계산서에 기재된 공급가액 간의 차이를 증명해야만 한다.

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결, 1997.9.26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 등, 참조). 한편 수사기관 또는 과세관청의 조사과정에서 작성된 납세의무자 아닌 자의 진술이 기재된 전말서 등은 그 진술내용에 부합하는 증빙자료가 있거나 납세의무자에 대한 사실확인 등의 보완조사가 이루어지지 않았다면 납세의무자 아닌 자의 일방적 진술을 기재한 것에 불과하여 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 납세의무자에 대한 과세자료로 삼을 수 없다(대법원 1987.1.20. 선고 85누887 판결, 대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결, 같은 뜻임).

(나) 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서의 경우 용역의 공급가액을 실제보다 과다하게 기재한 경우에 해당하지 않다.

처분청은 청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점용역을 공급받은 사실은 인정하면서도, 세금계산서는 쟁점용역의 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 것으로 보고 있다. 처분청은 쟁점용역의 공급이 있었다는 사실을 인정하면서도 공급가액이 사실과 다르다고 보아 이 건 부과처분을 한 것이므로, 쟁점용역의 실제 공급가액을 증명하거나, a가 현금으로 출금한 금원이 청구인에 대한 페이백(pay-back)에 해당하는 것이며, 위 금원이 청구인에게 실제로 전달되었다는 점까지 객관적인 증거에 따라 엄격하게 증명하여야 한다.

그러나 a가 OOO에 입금된 금원을 당일 a에 다른 계좌로 이체한 뒤 이를 현금으로 출금하였다는 사실만으로 만연히 청구인이 위 돈을 돌려받았다고 인정할 수는 없다.

(나) 오히려 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면 이 건 세금계산서는 쟁점용역의 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 경우에 해당하지 않는다고 할 것이다.

청구인이 쟁점용역의 대가의 일부를 돌려받았을 것이라는 것은 처분청의 일방적 추측에 불과하고, 처분청은 청구인이 자신이 지급한 용역의 대가를 돌려받았음을 직접적으로 인정할 수 있는 아무런 자료도 제출하지 못하고 있다.

청구인에게 전달될 돈을 인출하였다는 취지의 a의 진술은 납세의무자 아닌 자의 일방적 진술을 기재한 것에 불과하여 이러한 진술만을 가지고 청구인이 페이백(pay-back)을 받았다고 단정할 수 없다. 게다가 a의 “청구인으로부터 입금받은 돈을 b가 현금으로 출금하라고 지시하여, 이를 b에 전달했다.”라는 내용의 진술은 a가 b에게 현금을 전달했다는 점에 대한 증거가 될 수 있을 뿐, a가 출금한 돈이 청구인에게 전달되었다는 증거가 아니다. 오히려 b가 작성한 사실확인서에 따르면 청구인에게 페이백(pay-back)을 해준 적이 없다고 진술하고 있다.

만약 처분청 의견대로 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서가 공급가액이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다면, 관련 세액의 규모나 그 정도를 봤을 때 충분히 「조세범 처벌법」위반으로 의율될 수 있는 사안임에도, 조세범칙심의위원회는 2024년 2월경 청구인에 대한 혐의를 발견하지 못하였다는 이유로 ‘무혐의’ 결정을 하였다. 무혐의 결정이 나왔다는 것은 청구인이 용역대가를 되돌려 받았다는 점이 입증되지 않았음을 방증한다.

한편 청구인은 광고비로 2020년에는 OOO원, 2021년에는 OOO원을 지출하였다. 청구인은 광고비용의 대부분을 DB 광고비용으로 사용하였고, 이 때 DB 광고라 함은 환자 DB(Database)를 제공하여 주는 광고를 의미한다. DB 광고는 실제 수술 의향이 있는 환자를 직접 연결시켜 주기도 하기 때문에 가격이 매우 비싸서, DB 한 건당 가격이 수백만원에 달하기도 하였다.

그런데 b는 쟁점용역의 진행과정에서 환자 DB를 제공해주기로 약속하였다. 또한 청구인은 쟁점용역을 통하여 어플리케이션 개발이 완료되게 되면, 환자 DB 없이도 환자와 병원을 직접 연결하는 것이 가능하여 DB 광고비를 크게 줄일 수 있을 것이라는 기대감도 있었다. 쟁점매입처는 약속한 대로 아래 ＜표4＞와 같이 환자 DB를 제공하였는데 앞서 본 DB당 단가를 고려하면, 쟁점매입처에서 제공해준 DB의 가치만으로도 대략 OOO원 상당이다.

＜표4＞ 쟁점매입처의 제공 DB 내역

쟁점용역의 내용을 한마디로 요약하면, 쟁점매입처가 병원 광고, 병원 예약, 병원 내 전화 응대, 상담, 후기 관리, 마케팅 관리, 유튜브 촬영, 어플리케이션 개발 등 쟁점사업장의 영업 전반에 걸친 포괄적인 서비스를 제공하는 것이다. 쟁점용역 대가가 비록 적은 금액은 아니지만, 청구인의 입장에서는 쟁점용역의 포괄적인 성질상, 객관적인 시가라는 것을 판단하기 어려웠고, b의 능력을 믿고 b가 제안하는 금액으로 결정할 수밖에 없었던 면이 있다. 청구인은 쟁점매입처가 제공하는 용역에 대해 만족하고 있었기 때문에, 안정적인 병원 경영을 위한 투자로서 감수할 가치가 있는 비용이라고 생각하였고, 쟁점용역의 세부적인 내용을 고려하면 다른 병원 전문 마케팅 업체와 비교할 때에도 쟁점용역의 대가가 페이백(pay-back) 대상이 될 정도로 과도하다고 볼 수도 없다.

(다) 청구인은 갑작스러운 자금사정의 악화로 인하여 OOO에 일부 용역대금을 미지급한 것 외에는 쟁점용역 대금을 전부 지급하였다. 청구인은 2021년에 마케팅 규모를 축소함에 따라 매출 감소로 인하여 자금 사정이 크게 악화되어 쟁점용역 대금의 지급을 지체하는 경우가 종종 있었으나, 자금 여력이 생기면, b가 주장하는 미지급 금액만큼을 입금하였다.

b가 2021.12.2.경 청구인에게 OOO메시지로 OOO원을 청구인이 현금으로 수령한 뒤 재입금하여 달라는 취지의 제안을 하였던 것은 사실이지만, 당시 청구인은 이를 미지급 금액의 독촉으로 이해하고 형식적인 답변만 한 뒤 이러한 제안에 응하지 않았고, 2021.12.3.경 OOO에게 OOO원을, a에게 OOO원 등 미지급된 용역대금을 지급하였다. 사실 청구인은 단 OOO원조차 되돌려 받은 적이 없었고, 그러한 제안조차 받아 본 적이 없었기 때문에 b의 위와 같은 제안이 무슨 말인지 정확히 이해하지도 못했다.

청구인과 b의 OOO대화내역에 따르면, 2022년 3월 경에도 b가 OOO에게 OOO원, OOO에게 OOO원의 미지급대금이 남아 있다는 것을 알려주어 해당 금액을 이체하게 되었고, 그 결과 OOO원을 초과지급하게 된 것에 불과하다.

a가 출금하여 b에게 전달한 현금은 청구인에게 전혀 전달된 바 없이 a와 b가 전액 사용하였다. a와 b는 동거하는 연인 사이였는데, b는 a의 자금을 관리해 주겠다거나, 청구인에게 지급할 것이라는 명목으로 현금으로 출금하도록 하였고, 이와 같은 출금액으로 미술품을 구입하거나 가상자산 거래 등을 하였다.

그러나 b가 작성한 사실확인서에 따르면, 그렇게 인출된 금원 중 청구인에게 지급된 내역은 전혀 없었고, b가 이를 모두 사용한 것으로 보인다.

처분청도 인정하고 있듯이, 2020년~2021년 사이에 b의 코인 계좌(OOO1001087*****)에 무려 OOO원이 입금되었으며, b는 토지와 건물을 합하여 7개의 부동산을 취득하였는바(아래 ＜표5＞ 참조), 각 부동산의 임대차보증금(갭투자 금액)과 근저당권설정금액을 제외하더라도 b가 최소 OOO원 상당의 현금을 투입한 것으로 보아야 한다. 또한 b가 미술품 구매로 소비하였음이 확인되는 금액만 OOO원으로, 위 금액들을 합하면 OOO원 상당에 달한다.

＜표5＞ 2020년~2021년 b 부동산 취득 내역

한편 b는 OOO OOO에서 2022년 초 필로폰 등을 투약 및 소지한 범죄사실로 「마약류 관리에 관한 법률」위반죄로 유죄판결을 받아 확정되었다[1심에서 징역 1년 3개월을 선고받았으나(OOO 판결), 항소심에서 징역 1년 및 집행유예 3년으로 감형되었다(OOO 판결)]. b의 마약 투약 범행 시점이 이 건 거래 시점과 매우 근접한 점, 마약 관련 범행은 상습성이 높다는 점, 마약류의 시중 가격이나 b가 투숙한 호텔의 가격을 고려하면, b는 매일 최소 수십만 원을 고정적으로 소비하였을 것으로 보인다. 따라서 b는 연간 OOO원 상당은 마약 관련 비용으로 소비하였다고 보아야 한다.

이처럼 b가 현금을 통해서 소비하였을 것으로 확인되는 내역은 최소 OOO원에 달하는 반면, 청구인에게 현금이 귀속되었음을 인정할 만한 정황은 전혀 발견되지 않았는바, a의 현금 인출 사실만으로 청구인에게 페이백(pay-back)이 이루어졌다고 볼 수 없다.

(2) (쟁점거래2 관련) 청구인은 OOO 수술 등에 필요한 OOO인 OOO의 재고 확보를 위하여 쟁점거래2를 하게 된 것이고, 이는 타 병원과의 경쟁력 확보라는 점에서 경제적 합리성이 인정되는 행위이며, 청구인은 c로부터 타 업체가 구매하는 가격과 동일한 가격으로 구매하여 왔다. 따라서 쟁점거래2를 부당행위계산부인의 대상으로 삼은 이 사건 처분은 위법·부당하다.

(가) 부당행위계산의 부인이란 거주자가 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「소득세법 시행령」 제98조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼 내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래행태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 1996.7.26. 선고 95누8751 판결, 2001.11.27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결, 같은 뜻임).

「소득세법 시행령」 제98조 제2항 제1호에 따르면, 거주자가 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도하여, 시가와 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에는 「소득세법」 제41조 제1항에 따라 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. 이때 시가는 거주자인 사업자가 특수관계인 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하여야 하고(대법원 2021.7.8. 선고 2017두69977 판결, 참조), 나아가 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에 있으므로, 과세관청이 ‘시가’에 관하여는 아무런 주장·입증을 하는 않는 경우에는 과세처분은 위법하여 전부를 취소하여야 한다는 것이 우리 대법원의 확립된 판례다(위 대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결, 참조).

(나) 보건복지부는 병영경영지원회사와 의료기관 개설주체간의 의료기기 등의 구매 거래를 인정하고 있다. 병원경영지원회사[=MSO(Management Service Organization)]란, 의료행위와 관계없는 병원경영 전반(구매, 인력관리, 진료비 청구, 마케팅 등)에 대한 서비스를 제공하는 회사를 의미한다. 재정경제부의 2006년 12월 보도자료(병원경영지원회사 활성화를 위한 제도개선 방향)에 따르면, 의료인이 MSO에 출자함으로써 자본을 통해 전략적 연계 즉, 의료기관이 지분을 출자하여 병원경영지원회사를 설립하고, 의료기관은 경영지원에 대해 의료기관 매출액 또는 이익의 일정비율(profit-sharing)을 MSO에 제공하는 것이 가능하다.

이처럼 의료기관이 설립한 병원경영지원회사(MSO)는 의료기관과 특수관계에 있을 수밖에 없고, 의료기관 매출액 또는 이익의 일정비율을 MSO에 제공하는 구조가 전제되어 있다. 따라서 MSO가 의약품이나 의료기기의 구매를 대행하고, 의료기관과 특수관계에 있다 하더라도, 의료기관의 경영지원 대가로 매출액 또는 이익의 일정 비율(profit-sharing)을 MSO에 제공하는 것은 자연스럽고 정당한 일이다.

한편 보건복지부의 2017 의료기관 개설 및 의료법인 설립 운영편람에 따르면, 병원경영지원회사가 “의료기관 개설주체의 전속적인 개설·운영권을 보완·지원하는 형태” 즉, 구매대행, 인력관리, 법률·회계 컨설팅 등 비용절감·효율화를 하는 경영지원형 형태로 운영되는 것은 가능하다.

실제로 쟁점사업장뿐만 아니라, OOO등도 MSO를 설립·활용하고 있다.

(다) 청구인이 c를 통하여 OOO를 구매한 행위의 경제적 합리성이 인정된다. OOO는 대부분 매우 고가이다. 그러나 고가의 장비를 구입하더라도 환자 유치에 실패하여 손익분기점을 넘길 만큼 장비를 충분히 가동하지 못하는 경우에는 투자비용을 회수하기 어려워 장비 구입액만큼의 손해를 보게 된다. 또한 「의료법」상 의료법인은 부대사업으로 의료 장비 임대업을 할 수 없으므로(「의료법」 제49조, 「의료법 시행령」제60조), 쟁점사업장에서 사용하지 않는 장비를 타 병원에 대여하는 것도 사실상 불가능하다.

쟁점사업장은 OOO수술 및 OOO을 전문으로 하고 있고, OOO수술이나 OOO 환자를 유치하기 위하여는 수술 날짜를 신속하게 잡는 것이 중요하며, 이를 위해서는 수술에 필요한 OOO(OOO, 이하 “OOO”라 한다) 재고를 확보하는 것이 필수적이다. 그러나 환자마다 OOO가 다르기 때문에, 대부분의 OOO들은 많은 양의 OOO를 선제적으로 보유하고 있기보다는 환자에게 수술 전 검사를 시행한 후 OOO회사에 OOO를 주문하여 이 OOO가 도착하는 날에 맞추어 다시 수술 날짜를 잡는 경우가 많았다. 통상적으로 OOO를 주문한 후 수령하기까지 최소 1~2일이 소요되므로, 내원 당일 수술을 원하는 환자들의 수요에는 대응할 수 없어, 경쟁 업체에 비해 불리한 위치에 놓일 수밖에 없다.

그런데 2019년~2021년경은 OOO 수술의 수요가 폭발적으로 늘어나던 시기로, 이에 맞춰 개원 OOO의 수 또한 우후죽순으로 늘어났다. 이에 따라 OOO 간의 경쟁이 격화될 수밖에 없었고, 다른 OOO들보다 더 많은 OOO를 보유하고 있어야 환자가 다른 병원으로 이탈하는 것을 막을 수 있었기 때문에 전국에 있는 OOO들은 OOO 재고를 확보하기 위하여 필사적이었다. OOO 재고를 확보하여 OOO 주문 및 수령에 소요되는 시간을 단축하려면, OOO 공급업체가 결제 여부와 무관하게 특정 장소에 OOO를 위한 재고를 사전에 비축해 두고, 요청 시 즉시 출고할 수 있어야 한다(이하 “재고 확보 서비스”라 한다). OOO 공급업체는 일반적으로 의료 장비와 OOO를 함께 구매하는 계약(이하 “번들 계약”이라 한다)을 체결한 매수인에게 이러한 재고 확보 서비스를 제공하고 있다. 그러나 의료 장비가 고가인 만큼, 쟁점사업장이 직접 번들 계약을 체결하는 것은 경제적으로 부담이 되고 개별계약들을 일일이 챙기는 것은 현실적으로 불가능하였다. 그러나 c와 같은 일반법인의 경우 의료장비 임대를 영업으로 하는 것이 가능하므로, 번들 계약을 통해 장비를 구입하더라도 해당 장비를 다른 의료기관에 대여할 수 있다. 이에 따라 고가의 장비를 충분히 가동하지 못해 발생할 수 있는 손실에 대한 부담 없이, OOO 재고를 안정적으로 확보할 수 있다.

c는 OOO회사와 OOO 구매계약을 체결하고, 다양한 OOO를 다량으로 선구매한 뒤 자신의 비용과 부담으로 보유하고 있었다(이에 따라 쟁점사업장은 OOO의 재고를 안정적으로 확보하면서도 재고를 처리하지 못함에 따른 위험은 부담하지 않아도 된다). 덕분에 쟁점사업장은 다른 주변의 OOO 병원들에 비해서 저렴한 비용에 c로부터 OOO를 실시간으로 공급받을 수 있어 적극적으로 환자를 유치할 수 있었다.

이처럼 청구인이 c를 통하여 OOO를 구매하게 되면, OOO 재고 확보가 가능하고, OOO 재고의 확보는 곧 수술환자의 유치로 직결되며, 청구인이 확보한 재고의 처리 부담을 지지도 않는다는 점에서 경제적 합리성이 인정된다고 보아야 한다.

(라) 처분청은 쟁점거래2의 대상이 된 OOO의 시가에 관하여 아무런 증명을 하고 있지 않다.

부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다는 것이 대법원 판례의 확립된 입장이고(대법원 2012.10. 25. 선고 2012두12006 판결, 대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등 다수), 부당행위계산 부인 적용 기준이 되는 시가는 ‘동일한 거래형태’에서의 시가로서, 이때 ‘동일한 거래형태’란 거래의 외형적 형식 및 실질적 내용이 유사한 경우, 즉, 거래의 목적, 대상, 방법, 조건 등이 유사한 거래를 말한다. 그런데 처분청은 청구인이 직접 OOO를 구매하던 가격과 청구인이 c를 통하여 OOO를 구매하던 가격을 단순 비교하여 양 가격의 차액을 부당행위계산부인 대상으로 보았다.

그러나 청구인이 OOO를 OOO 공급 업체로부터 직접 구매하는 것과 청구인이 c가 의료용품업체로부터 구입한 OOO를 다시 구입하는 것은, 거래 구조와 상황이 직거래와 간접거래 또는 직거래 구매대행으로 다르기 때문에, 이를 ‘동일한 거래형태’의 거래에 있어서의 시가로 삼을 수 없다. 또한 청구인이 직접 거래처와 계약을 관리하고 거래 위험을 부담해야 하는 직거래와 달리, c를 통해 OOO를 구입하는 경우에는 이러한 계약 관리와 거래 위험을 c에서 부담하게 되므로 같은 물건이라도 당연히 더 비싼 가격을 지불할 수밖에 없다. MSO 법인을 통한 병원 용품 구입은 경제적 합리성 측면에서도 그 합리성이 인정되지만, 이는 시가 판단에 있어서도 당연히 고려되어야 하는 중요한 사정이다.

조세심판원은 유사한 사안에서 예를 들어 ‘병원과 A회사’ 간 재화의 직접 매매거래시 거래 가액을 ‘병원 - B회사 - A회사’ 간 순차적 재화 매매 거래의 시가로 보기 위해서는 B회사를 이른바 ‘도관’에 불과한 것으로 볼 수 있어야 한다고 보았다(조심 2016전3657, 2017.4.13. 참조).

그러나 c는 2021년 8월경 사업장을 경상남도 창원으로 이전하여 쟁점사업장과는 독립된 물적시설을 가지고 있고, 그 설립 목적의 경제적 합리성이 인정되며 세금계산서의 이메일 주소나 구매 담당자의 인적사항 기재만으로 c를 도관에 불과한 것으로 볼 수는 없다. 처분청 역시 c의 사업상 실체 자체를 부인하고 있지는 않다. 심지어 c는 아래 ＜표6＞과 같이 쟁점사업장에 대한 OOO 공급회사의 거래 사례를 조사하여 이를 바탕으로 쟁점사업장에 대한 OOO 판매가격을 책정한바, 부당행위계산부인 대상에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

＜표6＞ 거래처의 제3자간 거래가격

(단위 : 원)

나.처분청들 의견

(1) (쟁점거래1 관련) 쟁점사업장이 실제 용역의 공급가액 보다 과다하게 기재된 세금계산서를 수취한 사실은 ‘거래상대방의 자백’, ‘계좌 분산 이체 사실 및 지속적인 현금 출금’, ‘정황을 뒷받침하는 OOO대화내용’, ‘기타 추가 정황’ 등에 의해 충분히 입증되었는바, 그 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2020년 9월경부터 2021년 12월경까지 OOO로부터 OOO 등에 관한 OOO, 유튜브 촬영 및 OOO어플리케이션 업데이트 용역을 제공받고 OOO원(공급대가)에 해당하는 매입세금계산서를 수취하고 OOO원을 지급하였다.

a(OOO)는 쟁점사업장 대표자인 청구인으로부터 받은 거래대금을 현금으로 출금한 뒤, 출금한 현금을 b(OOO 대표자)에게 전달하였다고 진술하였고, 그 상세내용을 살펴보면 a(OOO)는 “b가 청구인에게 몇 억씩 현금을 가져다 준 적이 있었다”는 취지의 진술도 하였으며, 게다가, 당시의 상황 “OOO캐리어 작은 거에 보기 좋은 떡이 먹기도 좋다 하며 거기에 OOO원을 담아 갖다줬다”는 등의 구체적인 정황까지도 묘사하고 있다.

과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 바(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결, 참조), 청구인과 거래관계에 있는 a(OOO)의 진술의 증거가치는 청구인에 관한 증거가치로서도 상당히 높고 쉽게 부인될 수 없다.

a(OOO)에 관한 심문조서에 따르면, “쟁점사업장 청구인에게서 받은 거래대금을 현금으로 출금한 뒤, 출금한 현금은 b에게 전달하였다”, “b는 선생님(청구인)에게 현금을 준 적이 있다”는 진술 내용들이 확인되므로, a(OOO)가 청구인과 거래에서 현금으로 되돌려주는 행위(이른바, ‘Pay-Back’)가 존재하였음을 자인하는 진술은 쟁점거래1과 관련하여, 청구인이 실제 용역의 공급가액 보다 과다하게 기재된 세금계산서를 수취한 사실이 있었다는 것을 증명하는 것이다.

(나) a(OOO)는 청구인으로부터 받은 OOO원을 본인 명의 다른 계좌로 분산한 후 OOO원을 현금으로 출금하여 청구인에게 되돌려 주었으며, 청구인이 지급한 매입대금이 Pay-Back 되는 과정은 다음과 같다.

① 청구인이 OOO의 사업용 계좌인 OOO계좌(302-1484-****-**, 계좌주 a)로 거래대금 OOO원을 이체하면, ② OOO 대표자 a는 입금된 금액을 ⅰ) 현금으로 출금하거나, ⅱ) 본인 명의 4개의 계좌OOO로 분산하여 이체하고, ③ a는 사업용 계좌 및 분산 이체한 4개 금융기관의 현금인출기에서 OOO원씩 현금 OOO원을 인출하여 동거인이자 지인 b에게 전달한 뒤, ④ b는 청구인과 현금 전달 일정을 잡은 후 OOO캐리어 가방 등에 현금다발을 넣어 납세자에게 OOO원을 되돌려 주는 방법으로 매입대금이 현금 출금되고 pay-back 되었다.

‘거래 대금 지급 → 계좌이체 → 현금 출금’ 과정은 거래상대방에게 돈을 돌려주는 전형적인 거래 방식(pay-back) 중 하나로 실제 a(OOO)의 OOO계좌 내역을 살펴보면, ‘거래 대금 지급 → 계좌이체 → 현금 출금’이 이루어진 사실이 확인된다[① 청구인이 2021.3.4. a의 OOO계좌로 OOO원을 입급 → a의 OOO등으로 분산 이체 → OOO계좌에서 입금 당일 OOO원 출금 ② 2021.3.4. a의 OOO계좌 OOO원, OOO계좌 OOO원, OOO원, OOO원 이체 → 당일 전액 CD공동망, ATM기기에서 현금 출금]

a(OOO)의 거래처는 청구인이 유일한데, a(OOO)의 계좌 내역에서 ‘계좌 분산 이체 사실’과 ‘지속적인 현금 출금’이 확인되고, 이러한 사실은 a(OOO)의 진술내용에도 부합한다.

(다) a(OOO)는 b를 통해서 청구인에게 현금을 지급했다고 진술한 사실이 있고 a(OOO)는 b의 지시로 계좌 이체하거나 현금 인출하였다고 진술하였다.

실제로, b와 a(OOO) 사이의 ‘2021.7.31.자 OOO대화내용’을 살펴보면, b가 a(OOO)에게 현금 인출을 지시하기도 하였고, a를 통해 잔고를 지속적으로 확인하였으며, 해당 각 계좌들OOO에 대한 전체적인 현금 출금 일정 및 출금액을 계획한 주체임이 확인된다.

＜인출한 현금을 b에게 전달한 내역에 대한 a 심문조서＞

a(OOO)는 b에게 현금 다발을 여러 차례 전달하였는데, 구체적으로는 “현금은 제가 거주하고 있는 일산 OOO주방 닷찌 위 혹은 2층 올라가는 계단 사이에 올려 놓는” 등의 방법으로 b에게 현금을 전달하였고 계좌이체 내역 및 현금출금의 내역은 위 a(OOO)의 진술 내용에도 부합한다.

게다가, b와 a(OOO) 사이 OOO대화 내용을 확인한바, b가 ‘위 돈들이 원장님(청구인) 돈이다’, ‘원장님(청구인) 보는 날 현금을 정리해서 가야한다’는 등으로 청구인에게 직접 현금을 전달하는 것으로 보이는 듯한 대화를 여러 차례 한 것이 확인된다.

＜청구인에게 현금을 전달한 정황 관련 OOO내용(b,a)＞

b는 2021.12.2. 청구인에게 ‘Pay-Back’ 과정에 대한 구체적인 설명(현금 전달 방법, 현금 액수, 현금 분할 횟수 등)을 장문의 OOO으로 보내기도 하였고, 같은 날 청구인은 “정리 감사드려요. 확인해보고 낼 보내드릴께요”라며 호응 답장을 하였다.

(라) a(OOO)는 청구인으로부터 매입대금을 지급받은 후, OOO원에 해당하는 고액을 현금으로 출금하였으나, 위 현금의 사용처는 확인되지 않고 있다. 다만, b는 a(OOO)의 돈 관리를 대신 해주는 것이었을 뿐이고, 미술품을 샀다는 취지로 진술하였으나, 미술품은 일부 진품으로 판단되는 작품 몇 점 이외 대부분 모조품으로 추정되고, 일부 진품으로 판단되는 작품조차 구매자, 구입시기 및 금액, 구매자금 원천을 확인할 수 있는 자료를 제시하지 못하여 실제 b나 a가 인출한 현금 OOO원으로 미술품을 구입하였는지 여부를 확인할 수 없다. 또한 b의 대화내용상 미술품을 구입한 이유가 당초부터 ‘현금 출금에 대한 세무조사 및 소명요청을 대비’하기 위한 목적임을 알 수 있다.

(마) 위와 동일한 형태의 거래가 청구인과 ‘b가 운영하는 OOO’ 사이에 있었고, 해당 현금 출금 거래도 같은 맥락에서 부당행위계산 부인대상 거래에 해당한다. b가 청구인으로부터 수취한 금액 중 2020년 OOO원, 2021년 OOO원을 현금 출금하여 청구인에게 되돌려 준 것으로 파악된다.

(바) 종합소득세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004.9.3. 선고 2002두1588 판결 등 참조)할 것인바, 청구인과 a(OOO) 간 거래에서 공급대가와 대금수령액의 차이인 OOO원과 관련하여, 청구인은 해당 금액을 실제 장부에 계상하지 않았을 뿐더러, 세무조사 당시에도 아무런 소명을 하지 못하였다.

청구인은 세무조사가 끝난 뒤에서야 갑자기 2022년에 지급된 내역이 있으며, 오히려 OOO원을 초과 지급하였다고 주장할 뿐, 과도하게 지급된 내용에 대해서는 여전히 충분한 설명을 못 하고 있다.

게다가, ① ‘2022년 과세기간’은 당초 세무조사 대상기간이 아니었으므로, 조사 당시 청구인의 2022년 금융거래에 대해서는 확인할 수 없었던 점, ② 청구인이 지급했다고 주장하는 금액OOO은 a(OOO)의 주거래 계좌에 입금한 것도 아니었던 점, ③ 단지 다른 거래 건의 금액OOO과 동일하다는 점을 제외하면, 필요경비로 인정되어야 할 성질의 경비인지에 대해서는 충분이 소명이 되지 않은 상태인 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 청구인이 정상적인 거래 대금 지급을 위해 금전을 지급한 것인지 아니면 다른 목적으로 금전을 지급한 것인지에 대한 소명이 충분히 이루어졌다고 보기도 어렵다.

(사) 청구인은 b가 인출한 현금을 부동산, 코인, 미술품 구매, 마약 구입에 사용했다고 주장하나, 아래와 같이 구체적인 사실관계를 살펴보면 b가 현금 OOO원을 모두 소비하였다고 보기는 어렵다.

1) 첫째로, 청구인은 b가 OOO원에 해당하는 부동산을 취득하였다고 하나, 아래 ＜표7＞과 같이 등기부등본 및 해당 전세보증금 인수 내역을 확인하여 보면, 보증금채무 및 근저당권을 함께 인수하여 실제 투입된 자금은 미미한 수준으로 고액의 현금 출금액이 부동산 취득에 실제로 사용되었다고 보기는 어렵다.

＜표7＞ b의 부동산 취득내역 및 근저당권 현황

2) 둘째로, 청구인은 b가 코인거래에 해당 자금을 사용했다고 주장하나, b의 코인 연결계좌OOO에 2020~2021년 중 투입된 자금은 OOO원, 인출된 자금은 OOO원으로 인출된 거래금액이 더 크다. 게다가, 이 자금은 현금 출금액과 별개로 계좌를 통해 거래된 것으로서 과세금액과는 무관하다고도 볼 수 있으므로, b가 OOO원을 코인에 투자하였다고 보기 어렵다.

3) 셋째로, 미술품 구매에 사용하였는지 살펴보건대, 일단 미술품 매매계약의 확인증으로 증명된 금액은 OOO원에 불과하여, b가 OOO원을 미술품 구매에 모두 사용소비했다고 볼 수 있는 증거로는 보기 어렵다. 게다가, 앞서 살펴본 바와 같이, b는 코인에서 인출한 현금 약 OOO원도 가지고 있었던 것으로 보이므로 이 건 거래대금을 가지고 미술품을 샀다고 보기도 어렵다.

4) 넷째로, 청구인은 b가 마약에 손을 댈 만큼 중범죄자로 OOO 「마약류 관리에 관한 법률」 위반으로 형을 선고받아 해당 마약 거래에 현금 출금된 금액이 소요되었다고 주장하나, 판결문에 마약 구매 금액이 얼마인지 적시되어 있지 않고 마약 소요량이 극히 미미(1정, 5ml 등)하여 그 규모를 예단할 수 없는 점, 호텔에서 호화 생활을 하였다고 하나 그 호텔은 장기 투숙 시 1박 OOO원 초반대의 비교적 저렴한 객실 이용료가 책정되어 있는 점, 판결문에도 호화생활을 유지하기 위한 금액이 적시되어 있지 않은 점 등으로 미루어 이는 청구인의 단순 추정에 불과하다.

5) 다섯째로, b는 OOO영등포점, OOO 사업을 영위하여 2020～2021년 소득금액 OOO원으로 b의 부동산, 코인, 미술품, 마약 구입대금이 a의 현금 출금액으로 사용하였다고 보기 어렵다.

(2) 쟁점거래2와 관련된 처분청 의견은 다음과 같다.

(가) c는 OOO 서울특별시 OOO에서 사업을 개시하여 의료기계장치 및 의약품도매업을 영위하는 ‘병의원 경영지원 회사(MSO, Management Service Organization)’로서 매출처는 쟁점사업장 외에는 존재하지 않고 오로지 청구인만을 위해 존재하는 법인으로 c의 지분은 청구인과 청구인의 자녀 2명이 89.77%를 보유하고 있다.

(나) 쟁점거래2로 인해, c는 막대한 이익을 남겼는데, c의 설립 이전에는 의료용품 및 의료기기를 다른 거래처로부터 청구인이 직접 매입하다가, c가 설립된 이후에는 청구인은 c를 통하여서만 의료용품 및 의료기기를 매입하였다.

예를 들어 쟁점사업장은 매입처 OOO로부터 OOO원에 구입하던 OOO제품을 c가 설립된 후 c를 통해 OOO로부터 동일 제품을 OOO원에 구입하였다. c는 직원이 없어 실질 업무수행을 쟁점사업장의 직원이 수행한 것으로 판단되고, OOO 등으로부터 쟁점사업장으로 직접 물품이 배송되어 쟁점사업장이 직접 구입하는 것과 차이가 없다. 만일 일반적인 상거래 관행이라면 OOO로부터 OOO원에 구입하는 것이 쟁점사업장의 입장에서 마땅히 경제적이나 동일한 조건에서 c를 통해 고가에 구입함으로써 쟁점사업장이 부담하지 않아도 되는 매입비용을 지출하게 된 것으로 이는 쟁점사업장의 원장인 청구인이 대주주로 있는 c에게 이익을 분여하고 조세를 부당하게 감소시키는 결과를 초래한 것이다.

c의 사업구조는 거래처로부터 의료용품 및 의료기기를 매입한 뒤, 일정 수수료를 포함한 금액으로 청구인에게 판매하는 것인데, c가 막대한 이익을 남길 수 있는 구조였으며, 2022사업연도 말 기준 c의 당기순이익은 OOO원, 이익잉여금 잔액은 OOO원에 달하였다.

(다) 언론에서 병의원 경영지원회사(MSO)를 바라보는 시각은 그 설립에 긍정보다는 우려의 목소리가 큰 것이 현실로, 의료를 위한 것이라기 보다는 편법적인 증여 또는 탈세를 목적으로 설립된 경우가 많기 때문이다. ① c는 2019.10.15. 서울특별시 OOO에서 사업을 개시하였는데, 이는 청구인이 운영하는 쟁점사업장과 동일한 주소였고, c는 2021년 8월경 사업장을 경상남도 창원으로 이전하였다. ② c와 청구인의 전자세금계산서 수취 이메일 주소가 동일하며, ③ 의료용품 공급사의 거래처 담당자 명단에 c의 직원이 아닌 회계법인 및 쟁점사업장의 직원들이 기재되어 있다.

c는 독립된 사업장을 가지고 있지도 않았고 청구인의 기존 사업장을 그대로 이용하였으며, 세금계산서 등을 수취할 때에도 여전히 청구인의 쟁점사업장이 사용하던 이메일을 그대로 사용하였다. 즉, c의 설립과 무관하게, 청구인이 여전히 매입거래처들과 거래를 주도하였음을 알 수 있다.

결국, 청구인의 주장과 같이 ‘c의 설립’에 경제적 합리성이 있다고는 보기 어려우므로, ‘쟁점거래2’는 부당행위계산부인 규정의 적용 요건을 충족하고 있다고 볼 수 있다.

(라) 처분청은 전체 의료용품 중에서 기존에 쟁점사업장과 거래가 있었던 품목만을 부당행위계산부인 대상으로 보아 과세한 것이다.

청구인은 소명자료를 통해 c의 의료용품 매입 시 단가와 청구인에 대한 매출 시 단가를 제출하였고, 조사 과정에서 해당 자료를 검토하여 c 설립 이후에 새로이 매입한 품목에 대하여는 c의 영업력 등 그 역할을 고려하여 부당행위계산부인 대상으로 선정하지 않았으며, 청구인과 기존 거래가 있었던 품목만을 부당행위계산부인 대상으로 보았다. 청구인은 해당 의료용품을 직접 매입하는 것이 상당히 이득임에도 불구하고, 특수관계법인으로부터 고가로 양수하는 행위를 통해 c에 이익을 분여하고 있으며, 이는 앞서 살펴본 바와 같이 경제적 합리성이 있다고 보기도 어렵다. 게다가, 청구인이 주장하는 스탁재고 방식의 도입은 병원관리 및 고객대응업무의 효율성 및 적시성을 제고하기 위한 것이지, 청구인의 의료용품 고가매입과 관련된 이유가 될 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 쟁점매입처들로부터 실제 공급가액보다 과다하게 기재된 세금계산서를 수취하였는지

② 청구인이 특수관계법인인 c와 한 거래가 부당행위계산부인 대상(고가매입)에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인의 사업이력내역(부동산 임대업 제외)과 쟁점매입처의 사업자등록기본사항은 아래 ＜표8＞∼＜표10＞과 같은바, 쟁점사업장을 2021.12.31. 폐업한 이후 동일 상호로 동일 장소에서 2023.1.3. 다시 개업한 것으로 나타난다.

＜표8＞ 청구인의 사업이력

＜표9＞ 쟁점매입처의 사업자등록기본사항

＜표10＞ b의 사업이력

(나) 쟁점사업장의 연도별 면세매출액 및 처분청이 필요경비 불산입한 금액에 대한 산정내역은 아래 ＜표11＞ 및 ＜표12＞와 같다.

＜표11＞ 쟁점사업장의 연도별 매출액

＜표12＞ 처분청의 필요경비 불산입 산정내역

(다) 처분청은 쟁점매입처의 금융계좌 조사 결과를 제출한바, 아래 ＜그림＞과 같이 쟁점사업장으로부터 대금이 입금되면 OOO원씩 수차례에 걸쳐 현금으로 바로 출금되는 것으로 나타난다.

＜그림＞ 쟁점매입처들의 현금 출금 내역

(라) 조사청의 조사 과정에서 a를 심문한 결과 작성한 조서 일부내용은 아래와 같다.

(마) b가 현금 인출을 지시하는 OOO대화내용 (2021.7.31.)과 OOO등으로 이체된 금액을 현금 인출하는 OOO대화내용(2022.1.13 오전 2:41) 등은 아래와 같다.

＜b가 현금 인출을 지시하는 OOO대화내용(2021.7.31.)＞

＜OOO등으로 이체된 금액을 현금 인출하는 OOO대화내용(2022.1.13 오전 2:41) 및 이를 입증하는 금융거래내역＞

＜OOO등으로 이체된 금액을 현금 인출하는 OOO대화내용(2022.1.27.) 및 이를 입증하는 금융거래내역＞

(바) a 및 b가 청구인에게 현금을 전달한 정황과 관련한 OOO 대화내용은 아래와 같다.

(사) 현금출금에 대한 소명을 대비하는 b와 a OOO대화내용은 아래와 같다.

(아) b의 소득내역은 아래 ＜표13＞과 같은바, 처분청은 b는 OOO영등포점, OOO 사업을 영위하여 2020～2021년 귀속 소득금액이 OOO원으로 b의 부동산, 코인, 미술품, 마약 구입대금이 a의 현금출금액으로 사용되었다고 보기 어렵다는 의견이다.

＜표13＞ b의 소득내역

(자) 청구인은 b가 a의 계좌에서 현금출금한 금액을 마약류 구입, 가상자산 투자, 미술품 거래 등 개인적으로 사용하였다고 주장하며 ① b가 페이백 사실을 부인하며 2024.2.16. 작성한 확인서, ② b의 마약 투약 사실이 담긴 판결문, ③ b의 가상자산 거래내역, ④ b의 미술품 매매계약확인증(계약체결일 : 2022.12.31., 발부일 2023.10.26.) 등을 제출하였다.

(차) 청구인은 쟁점거래1에 사기 및 부정한 행위가 없었다고 주장하며 조세범칙조사 무혐의 통지서를 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당하지 않으므로 형사고발 또는 통고처분을 제외한 것으로 조세의 부과와는 무관하다는 의견이다.

(카) c의 각 연도말 주식변동상황명세서상 주식지분비율은 아래 ＜표14＞와 같은바, 청구인은 c의 설립시부터 현재까지 최대주주로 확인되고, 법인등기사항전부증명서상 청구인은 2020.5.1.부터 2021.1.18.까지 c의 대표이사로 등재, c의 현재 대표이사는 d의 아버지 e인 것으로 나타난다.

＜표14＞ c의 주식변동상황명세서

(타) 처분청 제출자료에 따르면 c와 청구인의 전자세금계산서 수취 이메일 주소가 동일한 것으로 나타나고, 의료용품 공급거래처인 OOO의 담당자 명단에 c의 직원이 아닌 회계법인 및 쟁점사업장의 직원들이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(파) 조사청은 c가 설립(2019.10.15.)되기 전·후에 거래처OOO로부터 쟁점사업장이 직접 구입한 물품의 가격을 확보한 후, 이를 시가로 본바 그 거래내역은 아래 ＜표15＞와 같다.

＜표15＞ 쟁점사업장이 직접 거래처로부터 매입한 단가내역

(하) 처분청은 c가 설립된 이후에 새로이 매입한 품목은 c의 영업력을 고려하여 부당행위계산부인 대상으로 산정하지 아니하였고, 기존 다른 업체를 통하여 거래한 품목만을 부당행위계산부인을 적용하였다는 의견인바, 그 상세 내역은 아래 ＜표16＞과 같고, 이에 대해 청구인이 제출한 다른 업체들의 OOOOOO 거래명세서 정리 자료는 아래 ＜표17＞과 같다.

＜표16＞ 기존거래가 있던 품목 중 청구인이 고가로 매입한 내역

＜표17＞ 청구인이 제출한 제3자들의 거래단가

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 청구인이 OOO의 대표자 a 및 OOO의 대표자 b에게 용역대금을 실제보다 과다하게 지급하고 이를 현금으로 되돌려 받았으므로 청구인이 수취한 매입세금계산서는 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 사실과 다른 세금계산서라는 의견이나, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙인바(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결, 대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조), 처분청이 청구인의 현금 수령 사실을 입증하기 위해 제출한 자료는 주로 a가 조사청의 조사 과정에서 b가 청구인에게 현금을 전달하였다는 취지로 진술한 내용, 청구인·b·a의 모바일 메신저OOO대화내역 등이고, 이에 대해 청구인은 현금을 수령한 사실이 없다고 주장하고 있으며, b도 청구인에 대한 현금 전달 사실을 부인하고 있는 것으로 나타난다. 직접 당사자들이 현금 전달·수령 사실을 부인하고 있는 상황에서 제3자인 a의 진술 내용만을 신뢰하여 청구인이 b로부터 현금을 수령하였다고 보기 어려운 점, 청구인과 b간의 모바일 메신저OOO대화 내역에 따르면 b가 청구인에게 현금 전달을 포함한 대금 정산 방법을 제안한 것으로 보이기는 하나, 이에 대해 청구인은 형식적인 답변만을 한 것으로 보이고, 대금 정산 방법에 대한 일방의 제안만으로 그 제안이 실제로 실현되었다고까지 단정할 수 없는 점, a와 b가 청구인으로부터 대금을 받은 후 같은 날 다른 계좌로 분산이체하여 현금으로 인출한 사실만으로는 b가 청구인에게 그 현금을 전달하였다고까지 보기에 어려운 점, 처분청의 과세근거를 입증할 만한 다른 객관적인 자료 및 근거가 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 수취한 매입세금계산서를 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 세금계산서라고 보아 부가가치세(가산세) 과세등을 한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업장이 제3자로부터 매입하던 물품을 c 설립 이후 c로부터 기존보다 높은 가격에 매입하였으므로 청구인이 c에게 부당하게 이익을 분여한 것이라는 의견이나, 「소득세법 시행령」 제98조 제3항에서 준용하는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따르면 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보는 것인바, 처분청과 청구인이 제출한 자료(＜표16＞ 및 ＜표17＞)를 종합적으로 살펴보면, 쟁점사업장이 c로부터 매입한 물품가액은 c 설립 이전 쟁점사업장의 종전 매입가액에 비해 높아진 점이 나타나기는 하나, 기업 간의 거래가액은 거래 조건, 거래 형태, 거래 물량 등 다양한 요인에 의해 달라질 수 있는 것이고, 처분청은 c 설립 이후 기존 거래가 있던 품목의 거래가액이 높아졌다는 단선적인 의견만을 제시하고 있을 뿐 거래 구조 변경 전·후의 거래 상황 및 기타 거래 조건의 동일성 여부에 대한 입증이 부족한 것으로 보이는 반면, 청구인은 다른 의료용품 경쟁업체들의 OOO 거래명세서를 ＜표17＞과 같이 제시하여 제3자들의 거래단가와 비교하여 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 할 정도로 높은 가격이 아닌 점이 상당수준 입증된 것으로 보이는 점, 청구인이 c를 통하여 매입한 의료용품 및 의료기기 중 일부 품목은 병원관리 및 OOO수술 업무 중 적시성 있게 조달될 필요가 있는데, c가 효율적인 재고관리를 통해 적시성 제고에 기여하는 측면을 무시할 수는 없어 보이는 점, 또한 거래형태가 달라진 계기가 된 c의 설립 이후 c는 쟁점사업장과 일부 인적·물적 자원을 공유한 것으로 보이기는 하나, 그것만으로는 c가 실질 없이 형식만 존재하는 이른바 ‘도관’으로 보기 어려운바, 쟁점사업장이 제3자로부터 직접 물품을 매입하면서 중간에 c를 도관으로 끼워넣어서 이익을 분여한 거래라고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청들이 쟁점사업장에서 c로부터 재화를 시가보다 고가로 매입하였다고 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

(2) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

(3) 소득세법

제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

제41조(부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법 시행령

제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다. ＜개정 2012.2.2＞

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

(5) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.