조심 2022부1860 (2022.06.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.4.20. OOO 소재지에서 주택신축판매업을 영위하는 면세사업자로 등록(상호 OOO)하여 단독주택 및 근린생활시설[대지면적 162㎡, 연면적 640.41㎡, 1층 주차장 계단실/승강기, 2층 제2종근린생활시설(사무소), 3층∼5층 업무시설(오피스텔), 6∼8층 단독주택(다가구주택), 9층 계단실로서, 이하 “쟁점건물”이라 한다]을 신축한 후 2019.3.12. aaa 외 1명에게 쟁점건물을 OOO원에 양도하고 부가가치세를 무신고하였다.

나. 처분청은 쟁점건물의 양도에 대한 검토과정에서 쟁점건물 중 2∼5층 제2종 근린생활시설 및 업무시설(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)의 공급을 부가가치세 과세대상으로 보아 직권으로 청구인을 과세사업자로 등록하고 과세표준을 기준시가로 안분계산한 OOO원으로 산정하여 2021.12.15. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원(세금계산서 미발급 가산세, 무신고 가산세 등 OOO원 포함)을 결정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 청구인이 당초 2017년 4월 사업자등록시 처분청 민원실 소속 직원이 부가가치세 면세사업자로 사업자등록증을 발급하여 주어 이에 따라 성실히 사업장현황 신고를 하고 매입세액을 공제받지 아니하였던바, 이에 반하여 처분청이 쟁점오피스텔의 양도에 대하여 이 건 부가가치세를 과세하였다면 청구인이 2017년∼2019년 수취한 세금계산서에 대하여 그 매입세액을 공제하여야 한다.

청구인이 2017.4.20. 처분청에 사업자등록신청서를 접수하자 민원실 담당자는 부가가치세 면세사업자로 사업자등록증을 발급하여 주었다. 청구인은 처분청이 발급하여 준 면세사업자등록증으로 2017년∼2019년 동안 사업장현황신고를 하면서 매입세금계산서 수취분 및 쟁점건물 양도금액을 신고하였고, 위 금액을 토대로 2020년 5월 종합소득세를 신고하였다.

그러나, 처분청은 청구인이 모든 세금의 신고 및 납부가 끝나고 폐업신고를 한 후인 2021.10.13. 청구인에게 부가가치세 과세사업자 번호를 부여하고 쟁점오피스텔의 양도에 대한 부가가치세 과세예고를 하였다. 청구인이 당초 사업자등록 신청시 처분청에서 주거용인 오피스텔에 대하여 과세사업자로 사업자등록을 하여 주었으면 청구인은 쟁점오피스텔에 대한 매입세액을 공제받고 양도시 부가가치세를 신고.납부하였을 것이다. 그러므로 처분청이 주거용인 쟁점오피스텔에 대하여 부가가치세를 부과하였다면, 청구인이 쟁점오피스텔 신축시 소요된 매입세금계산서 수취분 매입세액을 공제함이 공정하다.

(2) (예비적 청구) 청구인은 세법에 무지한 사업자로서 처분청이 면세사업자로 사업자등록증을 발급하였고, 청구인은 이에 따라 사업장현황신고 및 매입세금계산서를 정상 신고하였던 점, 조세심판원은 2017.12.20.의 합동회의 결정 이전에 주거용 오피스텔에 대하여 면세로 판단한 사실이 있는 점 등에 비추어 청구인이 과세사업자로 등록하지 아니하고 부가가치세를 신고납부하지 아니한 데에는 그 의무를 게을리 한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세의 부과는 잘못이다.

나. 처분청 의견

(1) 매입세액공제는

「부가가치세법」 제39조

에 따라 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청한 경우 등록신청일로부터 공급시기가 속하는 과세기간까지 역산하여 공제하는바, 청구인은 당초 부가가치세 면세사업자로 등록하였으므로, 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없고 면세사업자로 사업자 등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146).

청구인은 2017.4.20. 신축 판매업으로 사업자등록신청서를 처분청의 민원실에 접수하자 소속 직원이 부가가치세 면세사업자로 발급하였다고 주장하나, 면세사업자에 해당한다는 취지로 안내하였다고 하더라도 이는 단순히 행정서비스의 일환으로 이루어진 상담 내지 안내에 해당하는 수준으로 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하지 아니한다(인천지방법원 2021.5.13. 선고 2019구합57057).

청구인은 사업자등록 신청서에 ‘일반과세자, 간이과세자, 면세사업자 신청란’에 표기를 하지 아니하였으므로, 처분청 직원이 “면세사업자에 해당된다”고 안내한 사실이 확인되지 아니한다. 또한 처분청 직원이 임의로 면세사업자로 사업자등록증을 발급하였더라도 청구인은 조세심판관 합동회의 결정(2017.12.20.)과 2층 업무시설(오피스텔)을 2종근린생활시설(사무소)로 허가변경시 두차례나 과세사업자로 변경할 수 있었으나 이를 하지 아니하였다.

(2) 청구인은 처분청이 주거용 오피스텔의 공급에 대하여 부가가치세를 부과하면서 미발급 가산세 등을 부과함은 부당하다고 주장하나, 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정이 있기 전에 부가가치세 신고기한이 도래한 고지결정에서 납부불성실 가산세를 제외한 가산세는 과세대상에서 제외하였으나, 2017년 제2기 이후의 부가가치세 과세표준 신고기한은 위 조세심판원 결정일 이후에 도래하므로, 청구인에 대한 가산세 부과처분은 정당하다(조심 2021인4604).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 부가가치세 면세 사업으로 등록한 사업자의 오피스텔 공급에 대하여 부가가치세 과세 처분시 이전 과세기간의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

② 가산세를 감면할 정당한 사유의 존부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법

제8조〔사업자등록〕① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

제39조〔공제하지 아니하는 매입세액〕① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제8조에 따른 사업자등록 신청하기 전의 매입세액. 다만. 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

(2) 국세기본법

제48조〔가산세 감면 등〕① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 않는다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 청구인은 처분청 민원실에서 상호를 ‘OOO’, 업종을 ‘신축 판매’, 개업일을 ‘2017.4.21.’, 사업자유형(일반과세자, 면세사업자)의 선택란을 공란으로 하여 사업자등록신청서를 제출하였고, 처분청은 2017.4.20. 청구인에게 업태는 ‘건설’, 종목은 ‘주택신축사업’, 개업연월일은 ‘2017.4.21.’, 발급사유는 ‘신규’, 사업자등록번호는 ‘OOO’로 하여 사업자등록증(부가가치세 면세사업자)을 발급한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점건물에 대한 변동 사항은 아래와 같다.

(가) 청구인은 2017.2.21. 쟁점건물에 대하여 건축허가 신청서를 접수하였고, 2018.6.27. 사용승인을 얻었으며, 2018.7.4. 보존등기를 마친 후 2019.3.12. aaa 외 1명에게 매매로 소유권이전등기를 마친 것으로 나타난다.

(나) 2017.2.21. 건축허가 신청 당시의 쟁점건물 내역은 2∼4층 업무시설(오피스텔), 5∼7층 단독주택(다가구주택), 8층 단독주택(다가구주택 계단실이었으나, 쟁점건물의 건축물 대장상으로 2층이 제2종근린생활시설(사무소)으로 변경되었고, 3층∼5층 업무시설(오피스텔), 6∼8층 단독주택(다가구주택), 9층 계단실로 등재된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 2017년～2019년 동안 아래 ＜표＞와 같은 내용으로 사업장현황신고서를 제출한 것으로 나타난다.

＜표＞ 사업장현황신고서

(단위 : 원)

OOO

(4) 청구인은 2층 제2종근린생활시설(사무소)과 3∼5층 오피스텔 분양공급의 경우, 주택용도로 분양한 것이고 국민주택 규모 이하에 해당하므로 부가가치세가 면제된다고 보아 분양수입금액에 대하여 부가가치세를 무신고하였으나, 처분청은 부가가치세 과세대상으로 보아 직권으로 청구인을 과세사업자로 등록(상호 OOO)하고 2021.12.15. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원(무신고가산세 OOO원, 세금계산서 미발급 가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원 포함)을 결정ㆍ고지하였다.

(5) 청구인의 항변 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인이 2017.4.20. 면세사업자로 사업자등록증을 발급받은 후인 2017.12.20. 조세심판관 합동회의에서 과세대상이라는 결정이 있었던바, 청구인과 같이 건설사업을 영위하는 사업자가 해당 결정을 아는 것은 거의 불가능하므로, 납세자가 알 수 있도록 사전고지를 하여야 될 것이다.

(나) 처분청은 청구인이 2019년 3월 쟁점건물을 매도하여 이 건 사업장의 폐업신고 등을 모두 완료한 후 약 2년이 지난 시점인 2021년 10월에 청구인을 일반 과세자로 직권 임의등록하고 과세한바, 이는 처분청 자체도 모르고 있다가 지적 사항이 있어 발견된 사안으로 보이고, 이와 같이 납세자가 판단하기 어려운 사안에 각종 제재를 가하는 것은 가혹하다.

(다) 처분청이 면세사업자로 발급하여준 사업자등록증은 단순한 행정서비스 일환으로 이루어지는 것이 아니고 이를 토대로 모든 거래행위를 하는 납세자에게는 과세관청의 공적견해로 받아들일 수밖에 없다.

(라) 처분청은 청구인이 조세심판관 합동회의 결정(2017.12.20.)과 2층업무시설(오피스텔)을 2종 근린생활시설(사무실)로 허가변경시 과세사업자로 변경할 수 있었다는 의견이나, 일반 납세자들이 한번 세무서에서 발급해준 사업자등록증이 잘못 발급되었다고 인식하여 과세사업자로 재신청하는 경우는 거의 없다.

(마) 처분청이 처음부터 부가가치세 일반사업자로 사업자등록증을 발급해 주었거나, 조세심판관 회의결과 등의 사안변동이 있을시 고지하여 주었으면 청구인이 당연히 일반사업자로 등록하여 부가가치세 매입세액을 공제받고 매도할 때 세금계산서를 발급하여 부가가치세 등을 납부하였을 것임에도, 청구인은 처분청이 하라는 대로 하였다가 불이익을 받은 것이다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 당초 청구인을 과세사업자로 등록하거나 사후에 과세사업자임을 고지하였어야 함에도 폐업후 직권으로 과세사업자로 인정하여 부가가치세를 부과하면서 매입세액까지 불공제하는 것은 잘못이라고 주장하나,

사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것인바, 청구인은 종목을 신축판매로 기재하고 사업자유형란을 공란으로 하여 처분청에 사업자등록신청서를 제출하였으므로 과세사업자등록신청을 한 것으로 볼 수 없는 점(조심 2021중6709, 2022.4.8. 같은 뜻임), 면세사업자로 등록한 경우에는

「부가가치세법」 제8조

제1항의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없는바, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호의 사업자등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 같은 호 단서에 해당(과세기간 종료 후 20일 내 등록)하지 아니하는 한 이를 매출세액에서 공제할 수는 없는 점(조심 2021중0673, 2021.8.26. 및 대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결 같은 뜻임), 처분청 담당공무원이 청구인의 신청에 따라 면세사업자로 사업자등록증을 발급하였다는 사실만으로 과세관청이 청구인에게 청구인의 사업이 면세사업에 해당한다는 공적견해를 표명한 것으로 보기도 어려운 점(조심 2021중6709, 2022.4.8. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 과세사업자로 등록하지 아니하고 부가가치세를 신고납부하지 아니한 데에는 그 의무를 게을리 한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법에 규정된 의무를 정당한 사유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 행정상의 제재이므로 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때에는 이를 부과할 수 없다고 할 것인데, 청구인의 주장과 같이 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지는 공부상 업무시설로 되어 있는 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상인지 여부에 대하여 견해의 대립이 있었지만, 이 건 가산세의 전제가 되는 2019년 제1기 부가가치세의 과세표준 신고기한(2019.7.25.)은 위 결정일 이후에 도래한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2021중0673, 2021.8.26. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.