조심 2021중6709 (2022.04.08)

OOO서장이 2021.9.6. 청구인에게 한 2016년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 사업자미등록가산세 및 무신고가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 2015.8.10. AAA 및 BBB(이하 “공동사업자들”이라 한다)과 OOO에 도시형 생활주택 및 오피스텔(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하기 위한 공동사업계약을 체결하고, 2015.8.27. 처분청에 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하였으며, 2016.1.20. 쟁점건물을 신축.분양(판매)한 후 2016.6.30. 폐업하였다. 나. 처분청은 쟁점건물의 오피스텔 부분이 부가가치세 과세대상임에도 청구인이 「부가가치세법」상 사업자등록과 부가가치세 신고를 하지 않은 것으로 보아 2021.9.6. 청구인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 결정?고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 청구인이 주거용 오피스텔(OOO)을 분양한 후 부가가치세를 무신고하였다고 보아 이 건 부가가치세를 과세하였으나, 2016년 제1기에 수취한 세금계산서의 매입세액이 공제되지 않았고, 사업자미등록 가산세와 무신고가산세가 가산되어 있으므로, 주거용 오피스텔의 건축과 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 차감하여 결정세액을 계산(납부불성실가산세는 결정세액을 재계산하여 그에 따라 수정)하고, 사업자미등록가산세와 무신고가산세는 취소하여야 한다. (2) 이 건 부가가치세 과세처분은 중대한 신의칙 위반이라고 판단된다. 청구인이 사업을 준비하고 사업자등록을 하여 개시하던 2015년 당시에는 주택신축판매업자들 사이에는 처음부터 주택으로 사용하기 위한 용도로 설계되고 지어지는 주거용 오피스텔은 실질과세의 입장에서 주택으로 보아 건축과정에서 발생하는 부가가치세는 공제받지 아니하고 분양시 부가가치세도 납부하지 않는다고 대부분 인식하던 시기였으므로, 사업자등록 신청시에도 쟁점건물 6층과 7층에 주거용 오피스텔이 포함되어 있었지만 당연히 전부가 주택으로 분양될 예정이었기에 종목을 주택신축판매로 기재하였고, 당시 민원실 담당자도 사업자등록증 신청시 첨부된 건축허가서와 면적표를 확인하고도 업종코드까지 직접 기재하여 주면서 면세사업자로 사업자등록증을 발급하여 주었다. 조세심판원 결정례(조심 2019부329, 2019.7.22.)에서 “공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면세가 적용되는지 여부에 관하여 조세심판원에서도 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정이 있기 전 까지 과세관청과 납세자간 세법해석상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이어서 조세심판원도 위 면세 적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정으로 오피스텔의 공급이 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 판단한 점 등에 비추어 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다 할 것이므로 세금계산서미발급가산세와 무신고가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다”고 판단하였다. 청구인이 제출한 증빙과 국세청 전산기록에서도 확인되듯이 사업자등록 이후 세법이 정한 모든 의무를 이행하고 2016.6.30. 분양완료로 폐업을 하고 다음 해 종합소득세 신고납부도 성실히 이행하였는데, 처분청은 사업자등록 후 두 차례에 걸친 사업장현황신고와 종합소득세 신고납부가 종료할 때까지는 물론이고 폐업 이후 약 5년이 경과할 때까지 아무런 시정조치나 오류에 대한 안내가 없다가 감사과정에서 지적이 되어 과세해야 할 것 같다며 전화로 안내하고 한참이 지난 뒤인 2021.6.8.에서야 과세예고통지를 하는 것은 중대하게 신의칙을 위반한 처분이라 판단된다. (3) 처분청은 2016년 제1기에 분양한 주거용 오피스텔과 관련 부가가치세는 소급하여 직권으로 사업자등록한 후 과세하면서 2016년 제1기에 수취한 오피스텔 공사 관련 매입세액은 수취 당시 면세사업자번호로 교부받았었기 때문에 등록 전 매입세액에 해당되어 매입세액공제가 불가능하다는 의견이다. 이는 과세관청은 언제라도 직권으로 사업자등록을 할 수 있기 때문에 매출과 관련된 세액은 부과할 수 있으나, 납세자는 면세사업자를 과세사업자로 정정하여 그 당시 교부받은 세금계산서를 과세사업자로 수정하여 발급받아 매입세액을 공제받을 수가 없기 때문에 과세관청과 납세자간 불평등한 조세채권자와 채무자 관계가 성립된다 할 수 있으며, 이는 「국세기본법」 제15조 신의성실의 원칙과 같은 법 제18조 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙에도 부합하지 않는다. 또한 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호 “면세사업등에 관련된 매입세액은 공제하지 아니한다”는 규정은 매출의 실질이 면세인 경우 매입세액이 불공제된다는 것이지, 이 건의 경우처럼 사업자등록시 잘못 판단하여 사업자등록증을 면세사업자로 등록하고 그 사업자 등록번호로 세금계산서를 수취하였으나, 면세로 잘못 판단한 매출이 과세에 해당하여 직권으로 매출 관련 부가가치세가 소급하여 과세된다면 당시 비록 면세사업자번호로 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 과세의 실질에 따라 매출 관련 부가가치세가 과세된다면 당시의 매입세액은 당연히 공제되어야 한다. 처분청은 사업자등록이 면세사업자로 등록되었기에 매입세금계산서를 등록 전 매입세액으로 보아 교부받은 매입세액을 공제할 수 없다는 의견이나, 수취한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다는 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따른 “사업자등록 전 매입세액”에 대한 대법원의 입장을 살펴보면, 다수의 대법원 판례(대법원 2003.11.27. 선고 2002두318 판결 외 다수)에서도 「부가가치세법」상 등록 전 매입세액이라 함은 적법한 등록신청을 하기 전의 매입세액으로 해석해야 한다고 판시하였다. 과세유형의 착오나 오해로 인한 면세와 과세방식의 오류로 인한 사업자등록증의 발급이든, 과세당국의 오류에 의한 사업자등록증의 발급 오류이든 간에 적법한 절차에 따라 등록 절차를 이행하여 발급된 사업자등록으로(심지어 고유번호증까지 포함하여) 교부받은 매입세액은 “등록 전 매입세액”이라 할 수 없다는 것이 대법원의 판단이다. (3) 사업자미등록가산세와 무신고가산세는 취소되어야 한다. 처분청은 「부가가치세법」상의 사업자등록을 하지 않았다는 이유로 사업자미등록가산세와 무신고가산세를 부과하였으나, 청구인의 입장에서 판단하면 2015.8.21. 사업자등록을 신청하여 사업자등록증을 교부받았음에도 사업자미등록자라는 사실은 인정할 수 없다. 청구인과 같은 사업자는 세무서에 사업자등록을 필하고 사업을 하여 그에 따른 세금을 성실히 신고하고 납부하면 되는 것이지, 세법상 면세사업자 또는 과세사업자에 해당한다는 사실 등은 과세관청에서 안내를 해줘야 한다. 이는 위의 신의칙의 위반에서도 언급하였듯이 세법의 적법 여부를 판단하는 조세심판원에서조차도 유사하거나 동일 유형에 대한 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈렸음을 시인하여 가산세를 부과한 처분이 잘못되었다고 판결하였는데, 처분청은 세금계산서미발행가산세와 무신고가산세의 부과가 잘못되었다는 조세심판원의 판결에도 불구하고 동일한 성격의 범주에 속하는 사업자미등록가산세는 물론이고 과세예고통지 당시에는 포함하지 않았다가 과세전적부심사청구를 하였다는 이유로 무신고가산세를 부과한다는 것은 「국세기본법」 제19조 의 세무공무원의 재량의 한계 규정에도 반하는 것이며, 다수의 동일 유형의 조세심판원 결정에도 반하는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 「소득세법」상의 사업자등록을 한 것이거나 「부가가치세법」상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 「부가가치세법」 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다(대법원 1984.7.10. 선고 84누1263 판결 등, 같은 뜻임). 청구인은 면세사업자로 사업자등록을 하였으므로 「부가가치세법」에서 정하는 사업자등록을 한 것이라 볼 수 없어 면세사업자등록번호로 수취한 오피스텔 건축 관련 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없고, 당시 사업자등록 담당공무원이 업종코드를 직접 기재하여 면세사업자로 사업자등록을 하였다는 주장을 입증할 만한 증거가 없다. 또한 청구인의 사업자등록신청서에 사업자등록 담당공무원이 직접 기재해주었다는 해당 업종코드는 주거용 건물을 신축하여 판매하는 경우에 부여하는 것으로 부가가치세 과세와 면세를 구분하는 기준이 아니라 「조세특례제한법」 제106조 제4항 제1호에서 규정하는 국민주택 규모 여부에 따라 부가가치세 과세 여부를 결정하는 것이며, 사업자등록신청의 주체인 사업자가 자기의사 및 자기책임에 따라 사업자등록을 하는 것이지 담당공무원이 청구인의 사업자등록신청서에 업종코드를 직접 기재해주는 등의 지도를 하였다고 하여 청구인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 것이라 볼 수 없다. 따라서 청구인은 「부가가치세법」상 사업자등록을 하지 않고 부가가치세를 신고하지 않았으므로 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따라 청구인이 면세사업자등록번호로 수취한 세금계산서의 매입세액은 공제하지 않는 것이며, 구 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호에 따라 국세부과의 제척기간은 7년으로서 청구인이 폐업한 이후 5년이 경과하여 고지한 이 건 과세처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다거나 중대한 하자가 있다고 볼 수 없다. (2) 공급하는 건축물이 관련 법령에 따른 오피스텔의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 업무시설로 등재되었다면, 그것이 공급 당시 사실상 주거의 용도로 사용될 수 있는 구조와 기능을 갖추었다고 하더라도 이를 「건축법」상 오피스텔의 용도인 업무시설로 사용할 수 없는 것은 아니므로 위와 같은 경우 「부가가치세법」상 면세조항의 적용대상이 될 수 없는 오피스텔에 해당하는지 여부는 원칙적으로 공급 당시의 공부상 용도를 기준으로 판단함이 타당하다. 나아가 해당 건축물이 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔에 해당하여 「부가가치세법」상 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상에서 제외된 이상 그 이후에 실제로 주거의 용도로 사용되고 있다고 하더라도 이와 달리 볼 수 없다(대법원 2021.1.28. 선고 2020두44749 판결, 같은 뜻임). 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔은 「부가가치세법」상 면세조항의 국민주택에 해당한다고 볼 수 없고, 관련 법령의 문언과 체계 등에 비추어 이와 달리 해석할 여지가 있다고 보기 어려우며 조세심판원의 결정이 일관되지 않았다는 사정만으로 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기는 어렵다. 오히려 국세청은 예규, 질의회신 등을 통해 일관되게 오피스텔의 공급에 대해서는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호가 적용되지 않는다는 공적 견해를 표명하여 온 것으로 보이므로 청구인이 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 불과한바, 「국세기본법」에서 정하는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 부가가치세 면세사업자등록번호로 수취한 매입세금계산서의 매입세액 공제가 가능한지 여부 ② 청구인에게 사업자미등록가산세 및 무신고가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점건물 중 오피스텔 부분에 대한 처분청의 부가가치세 산출내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점건물 중 오피스텔 부분에 대한 부가가치세 산출내역 OOO (나) 청구인의 사업자등록증에는 부가가치세 면세사업자로서 업태가 건설업, 종목이 주택신축판매로 기재되어 있는바, 청구인은 쟁점건물 전체를 주택으로 인지하여 업태를 건설업, 종목을 주택신축판매로 하여 처분청에 사업자등록신청서를 제출하였고, 사업자등록 신청 당시 처분청 담당자가 사업자등록신청서상의 주업종 코드번호를 직접 기재한 후 면세사업자로 사업자등록증을 발급하였다고 주장한다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대해서 살피건대, 「부가가치세법」 제8조 제1항은 사업자가 사업을 개시한 경우에는 그로부터 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바, 「부가가치세법」 제8조 제1항에서의 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있고 면세사업자는 그 등록의무가 없어 여기서 말하는 사업자등록이란 과세사업자의 사업자등록만을 의미한다고 봄이 타당하므로 사업자가 과세 또는 면세 사업을 영위하였는지 여부를 불문하고 면세사업자로 등록한 경우에는 동 규정의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없다 할 것이다. 또한 「부가가치세법」상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하려고 하는데 입법 취지가 있는 것으로 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것인바, 청구인은 종목을 주택신축판매로만 기재하여 처분청에 사업자등록신청서를 제출하였으므로 과세사업자등록신청을 한 것으로 볼 수 없고, 처분청 담당공무원이 청구인의 신청에 따라 면세사업자로 사업자등록증을 발급하였다는 사실만으로 과세관청이 청구인에게 청구인의 사업이 면세사업에 해당한다는 공적견해를 표명한 것으로 보기도 어렵다고 보인다. 따라서 처분청이 부가가치세 면세사업자등록번호로 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 이를 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것인바(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임), ‘공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부’에 대하여 납세자와 과세관청 간에 세법해석상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이어서 우리 원도 위 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가, 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정으로 ‘오피스텔의 공급이 위 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단한 점(조심 2017서991, 2017.12.20.), 청구인이 우리 원의 조세심판관합동회의의 결정이 있기 전에 오피스텔이 포함된 쟁점건물을 공급한 후 오피스텔의 공급이 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당한다고 인정한 심판결정례를 신뢰하여 오피스텔 공급과 관련하여 과세사업자로 사업자등록을 하지 않고 부가가치세 신고를 하지 아니한 것에 대하여 책임이 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 정상적으로 과세사업자로 사업자등록을 하거나 부가가치세 신고의무를 이행할 것을 기대하는 것은 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다 할 것이므로, 처분청이 청구인에게 사업자미등록가산세 및 무신고가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2021인2251, 2021.12.2., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 부가가치세법 (2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. (2) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것) 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다. ③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」, 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고( 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조 , 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가 「소득세법」 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자(이하 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항, 제49조 제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 “영세율과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.