조심 2011전4935 (2013.10.29)

1. OOO세무서장이 2011.8.3. 청구법인에게 한 2006사업년도 법인세 OOO원, 2007사업년도 법인세 OOO원, 2008사업년도 법인세 OOO원, 2009사업년도 법인세 OOO원, 2010사업년도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO 근무인원(3명)의 2006년 9월분부터 2010년 12월분까지의 급여, OOO 소재 이전본사 신규채용자 중 박OOO의 2007년 10월분 및 2007년 11월분 급여, 오OOO의 2008년 4월분부터 2008년 12월분까지의 급여를 각 해당 연도별 본사 이전비율 산정시 반영하여 재계산한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1998.11.3. 설립된 법인으로, 2002.7.29.부터 수도권과밀억제권역인 OOO(이하 “이전전 본사”라 한다)에서 생산공정설비 및 특정설비의 설계.제작 등을 사업목적으로 하는 엔지니어링 관련업을 영위하다가 2006.9.20. OOO(이하 “이전본사”라 한다)으로 본사를 이전하고, 2006사업년도부터 2010사업년도까지 법인세를 신고.납부하면서 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2의 규정을 각각 적용하였다.

나. 대전지방국세청장은 2011.5.23.부터 2011.6.15.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하고 급여총액에 포함된 성과상여금 OOO원과 일용계약직 보수 OOO원을 차감하고, 본사 이전후 급여총액에 포함된 2006년 9월 이전 전의 급여 OOO원 및 이전당시 수도권과밀억제권역 내인 수원본사에 근무하지 않은 자에 대한 급여 OOO원을 차감하는 등 청구법인이 2006사업년도부터 2010사업년도까지 법인세를 신고하면서 적용한

「조세특례제한법」 제63조의2

의 규정에 의한 법인세 감면세액을 재계산하여 2011.8.3. 청구법인에게 2006사업년도 법인세 OOO원, 2007사업년도 법인세 OOO원, 2008사업년도 법인세 OOO원, 2009사업년도 법인세 OOO원, 2010사업년도 법인세 OOO원을 각각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1998.11.3. OOO㈜(이하 “모회사”라 한다)의 생산공정 및 설비의 사후관리를 담당하던 엔지니어링 부문의 분사로 설립된 법인으로, 2002.7.29. 모회사의 자회사로 편입된 후 모회사가 있는 OOO(이전전 본사)로 청구법인의 본사를 이전하여 모회사의 생산공정설비와 관련된 엔지니어링사업을 계속 영위하다가 모회사의 사업영역의 축이 브라운관TV 부분에서 BLU, LCD 부문으로 확대 재편되고, 사업거점도 OOO 소재로 이전하는 것으로 결정됨에 따라 청구법인 또한 모회사로부터 생산공정설비 및 특정설비에 대한 기술보안 및 기술내재화를 도모하고 모회사의 신사업에 밀착대응 체제로의 전환을 위하여 2004.8.3. 모회사의 이전예정지 인접지역으로의 이전계획을 수립하는 등 청구법인의 본사이전을 추진하게 되었다.

2005.3.30. 청구법인은 본사 부지매입을 확정하지 못한 상태에서 당시 이전전 본사의 시설 축소를 위하여 물적자원의 상당량을 이동해야 하는 다급함과 클린룸설비제작으로의 사업 확대 및 고객사로부터 발주받은 설비를 조립하고 시운전 등의 성능테스트하는 공간을 보유함으로써 거래처에 대한 영업적인 신뢰구축을 위하여 본사신축이 완성되어 이전하는 시점까지 한시적으로 OOO 소재 OOO조립장(이하 “OOO조립장”이라 한다) 시설을 임차하여 청구법인의 인적 및 물적자원의 상당부분을 이전하였고, 2005.12.5. 본사부지를 OOO 외 토지로 결정하고 2005.12.15. 이를 매입한 다음 2006.2.15. 건축허가를 받는 등 본사 신축공사를 진행하였다.

(2) 이후 청구법인은 2006.5.15. 모회사의 사업장 폐쇄 및 건물철거가 결정됨에 따라 본사를 이전할 때까지 업무의 혼란을 최대한 방지하기 위하여 인적자원의 경우 2006.5.30. 1차적으로 FD설비팀.제어공사팀.FA사업부팀 소속 근무인원 18명은 모회사의 현재 사업장에 잔류시키고(2006년 7월 중순까지는 청구법인에 대한 동력이 유지될 것으로 예정됨), 지원팀.품질경영혁신팀.산업설비1팀.특장사업부팀 소속 근무인원 15명 및 기타부서 소속 잔여 인원은 OOO1 소재 OOO사업장(이하 “OOO사업장”이라 한다)과 OOO조립장, OOO 소재 모회사 등을 최대한으로 이용하여 일시적으로 분산 이동시켰으며, 물적자원의 경우 인적자원의 1차 이동과 관련하여 일시적으로 사용하여야 할 최소한만 인적자원이 이동하는 장소로 이동시키고, 그 외 대부분은 모두 패킹하여 OOO사업장과 OOO조립장 등으로 이동 보관하였으며(본사 준공예정일인 2006.8.1. 인적.물적자원을 2차적으로 이동하는 것으로 하였다), 2006.9.6. 본사가 완공됨에 따라 OOO사업장, OOO조립장, 모회사 등에 일시적으로 분산 이동시켰던 인적.물적자원 모두를 이전본사로 이전시키고(2006.9.28 이전본사 준공식 등을 개최하였음), 2006.12.21. OOO사업장을 ㈜OOO에게 양도하였다.

(3) 한편, 청구법인은 2006사업년도부터 2010사업년도까지 매년 법정신고.납부기한 내에 법인세를 신고.납부하였는데, 청구법인은 2006사업연도 법인세를 신고.납부하면서 2006.9.20. 본사의 지방이전에 대하여 업무미숙으로

「조세특례제한법」 제63조의2

의 규정에 의한 법인 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 법인세(임시특별세액) OOO원을 감면받지 못한 사실을 확인하고 2007.8.27. 처분청에 이를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 2007.10.16. 처분청이 청구법인은 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 계속하여 본점을 두고 있다가 수도권 외의 지역으로 이전한 법인에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구 거부통지를 함에 따라 이에 불복하여 2007.11.22. 심판청구를 제기하여 조세심판원장으로부터 “청구법인이 본사를 화성공장(사업장)으로 이전한 것은 이전전 본사(수원) 건물의 폐쇄결정 및 천안 신공장의 준공일정 등 부득이 한 사유에 의하여 일시적으로 이전하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청의 경정청구 거부처분을 취소한다”라는 결정(조심 2007전5018, 2008.4.25.)을 받았다.

(4) 이후 처분청은 2006사업연도 법인세 환급결정에 잘못이 있다고 하면서 납부불성실가산세를 가산하는 등 2011.8.3. 이 건 법인세 등을 경정.고지하였는데, 이러한 처분청의 이 건 처분은 다음과 같은 이유로 부당하다.

(가) OOO사업장 근무인원에 대하여 감면을 배제한 것은 부당하다.

청구법인은 거래처에서 발주하는 생산공정설비 또는 특정설비를 기획.개발.설계하고, 그 기획.개발.설계된 대로 외부 제조업체에 시제품의 부분품들을 제조 의뢰하여 청구법인의 설비조립장에서 이를 조립하여 시제품을 만들고, 청구법인만이 보유하고 있는 노하우(Know-How)의 보안유지를 위해 OOO사업장에서만 부분품들을 조립하여 시험운전 및 성능 테스트를 거쳐 완성된 시제품(생산공정설비 및 특정설비)이 거래처의 발주사양대로 제작된 경우 거래처에서 발주한 모든 특정설비 및 생산공정에 대한 부분품들을 외부제조업체에 제작하게 하여 발주처에 설치하여 동 설비에 대한 거래처의 최종 시험가동 및 테스트 등의 검수를 받아 납품(인도)하는 방식으로 특정설비 및 생산공정설비 전반에 대한 엔지니어링 사업을 영위하고 있으므로, 특정설비 및 생산공정설비 전반에 대한 기획.개발.설계.제작.시험가동 및 성능테스트.사후관리 등을 총괄하는 엔지니어링 사업을 영위하는 청구법인의 모든 임직원은 모두 본사업무에 종사하는 것이라 하겠고, 더구나 처분청은 세무조사 당시에도 이러한 사실에 대하여 의견을 달리 하지 않고 청구법인의 이전본사 조립장에서 근무하는 현재의 직원들에 대하여 감면을 추가적으로 배제하지 않았으므로, OOO사업장에 근무하는 직원에 대하여 감면을 배제하는 것은 부당하다.

이에 처분청은 OOO사업장에서 종업원의 정상적인 근무가 있었으므로 이에 대한 세액감면은 이전 전 과밀억제권역 내에 근무하던 인원에 대한 세액감면 규정에 부합하지 않는 것이라고 주장하나, OOO사업장은 고객사의 사업장 내에 위치한 임시사업장으로, 청구법인의 직원(엔지니어)이 고객사로부터 수주받은 설비의 납품 및 설치를 위해 고객사 사업장에 일시 출장 또는 파견하는 형태로 업무가 진행되고 그 작업이 완료되면 해당 직원은 청구법인으로 복귀하는 반면에, OOO사업장은 고객사업장 내에 위치한 것이 아니라 청구법인이 수주받은 설비제작건에 대하여 외부제작 의뢰하는 하도급업체로부터 부분품을 납품받아 조립한 후 이상이 없으면 고객사로 납품하는 형태로 작업이 진행된 사업장이고, 또한 청구법인의 직원(엔지니어)이 상시 근무할 수 있는 인프라시설(오토캐드, 도면프린터 등 제반 업무시설)이 구비되어 있지 않는 등 단지 단순작업자(일용공)들이 용접, 절단, 조립 등의 작업들을 주로 행하는 곳으로, 청구법인의 직원들은 OOO본사에서 설계엔지니어 업무를 수행하면서 필요할 때마다 단순작업자(일용공)들의 관리 감독 업무를 하러 수시로 방문하여 관리하는 형태로 운영한 곳이며, 더구나 이전전 본사와는 거리가 4.7km 밖에 되지 않는 근접한 곳에 위치하고 있어 차량으로 약 십여 분 소요되지 않으므로 업무 특성상 상주하며 근무할 필요가 없는 곳이다.

따라서 OOO사업장에 일시적으로 체류하는 직원에 대하여 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시복명관계 등 제반 사정을 종합하여 상시 근무인원을 판단하지 아니한 채 단순히 청구법인의 OOO사업장에서 종업원의 정상적인 근무가 있었다고 추정하여 세액감면을 배제한 것은 부당하다.

(나) OOO조립장 근무인원에 대하여 감면을 배제한 것은 부당하다.

앞서 언급한 바와 같이 청구법인은 본사 이전부지 매입을 확정하지 못한 상태에서 본사신축이 완성되어 이전하는 시점까지 한시적으로 청구법인의 인적.물적자원의 상당부분을 이전하기 위하여 2005.4.15.부터 2006.8.26.까지 OOO조립장을 임차 사용하였는바, 이는 모회사의 OOO생산을 OOO에서 하는 것으로 결정됨에 따라 청구법인도 모회사의 요구에 신속하게 대응하고 물류이동비용절감 및 대고객신속대응체제를 갖추기 위하여 청구법인의 본사이전을 추진하게 되었지만, 모회사가 소재하는 인근지역으로의 이전본사 공장 관련 장소 및 여건이 아직 확정되지 못한 상태에서 청구법인이 현재 영위하고 있는 설비엔지니어링사업의 계속적인 추진, 청구법인의 이전본사의 신축을 위한 투자재원인 화성사업장의 매각지연, 청구법인의 이전본사 예정시설의 일부인 클린룸 설비제작으로의 사업확대 및 모회사에 대한 신속한 신뢰구축 등을 위해서 청구법인의 이전본사가 완성되어 사용할 수 있을 때까지 임시로 설비조립장을 임차할 필요성이 인정되어 한시적으로 이전한 것이다.

이에 처분청은 OOO조립장은 사실상 지점사업장일 뿐만 아니라 2006년 9월 이전본사 준공 후에도 2006년 12월까지 계속하여 사용하였으므로 단계적 이전이라고 볼 수 없고, 이러한 경우에까지 국세의 감면요건을 확대 적용할 경우 법적안정성과 과세형평성을 유지할 수 없다고 주장하나, 청구법인은 2004년 6월부터 본사를 수도권 외의 지역으로 이전하기 위하여 철저한 이전계획을 수립하고 시행한 결과 2006.9.6. 이전본사가 준공됨에 따라 인적 및 물적자원의 단계적 이동을 모두 마치고, 2006.9.28. 청구법인의 이전본사의 준공식 등을 개최하였는데, 처분청은 아무 근거도 없이 OOO조립장에 대하여 2006년 9월 이전본사 준공 후에도 2006년 12월까지 계속하여 사용한 것이 확인된다고 하면서 단계적 이동이라고 볼 수가 없다고 하는 것은 관련 사실을 잘못 알고 있는 것이다.

따라서 처분청은 세무조사 당시 이전본사 근무인원을 확정함에 있어서 기업의 지방이전시 주거여건, 영업환경 적응 등을 위한 단계적인 이동이 불가피하다는 점과 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시복명관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 함에도 불구하고, 청구법인이 단계적으로 이전절차를 진행하는 과정에서 일시적으로 임차하여 사용한 OOO조립장에 대하여 단계적 이동이라 볼 수가 없다고 보아 해당 근무인원에 대하여 감면을 배제한 것은 부당하다.

(다) 이전본사에서 신규채용한 인원 중 이전본사에서 근무하지 아니하고 수도권 외의 지역에 근무하는 인원에 대하여 감면을 배제한 것은 부당하다.

처분청은 법령규정상 감면요건에 해당하는 인원은 “이전한 본사에서 본사업무를 수행하는 자”이므로 신규채용시 이전본사에 근무하지 아니하였다는 사유로 감면 배제를 한 사실이 없으며, 다만 기존직원과 신규직원에 대한 구분 없이 이전본사에 근무하지 아니하는 인원에 대하여 감면 배제한 것이라고 주장하나, 2006년에 국세청이 발간한 개정세법(p.186-187)에서

「조세특례제한법」 제63조의2

의 개정이유를 “수도권 과밀을 억제하여 지역간 균형발전을 위하여 지방이전기업에 대한 세제지원을 지속하고, 기업의 지방이전시 주거여건.영업환경 적응 등을 위한 단계적인 이동이 불가피한 점을 감안하여 지방이전일이 속하는 당해연도를 포함하여 최근 3년간 이전한 인원이 50% 이상 될 경우 세액감면을 적용한다”고 하면서 단계적 지방이전에 따른 인원정의를 명확히 하기 위하여 “이전본사 근무인원은 수도권 본사에서 이전한 인원과 신규채용한 인원을 포함한다”라고 하고 있으므로, 청구법인의 이전본사에서 신규채용한 인원 중에서 이전본사에서 근무하지 않고 수도권 외의 지역에서 근무하는 인원에 대하여 감면을 배제한 것은 개정이유에 반하는 처분으로 부당하다.

(라) 2006사업년도 소득금액에 대한 법인세 경정결정시 적용한 납부불성실가산세 부과처분은 부당하다.

처분청은

「국세기본법」 제47조의5

에서 납세자가 국세를 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우 일정액을 납부세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제토록 하고 있는바, 해당 세액감면에 대한 세법적용에 있어서 청구인의 경정청구에 대한 쟁점에 대하여 일관된 의사표시를 했을 뿐 세액감면 요건과 관련하여 신의성실의 원칙을 반했다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세의 부과는 정당하다고 주장하나, 청구법인은 2006사업연도 법인세를 신고.납부하면서 2006.9.20. 본사의 지방이전에 대하여 업무미숙으로

「조세특례제한법」 제63조의2

의 규정에 의한 법인 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 법인세(임시특별세액)를 감면받지 못한 사실을 확인하고 2007.8.27. 처분청에 이를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 2007.10.16. 처분청이 청구법인은 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 계속하여 본점을 두고 있다가 수도권 외의 지역으로 이전한 법인에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구 거부통지를 함에 따라 이에 불복하여 2007.11.22. 심판청구를 제기하여 “청구법인이 본사를 OOO공장으로 이전한 것은 수원본사 건물의 폐쇄결정 및 천안 신공장의 준공일정 등 부득이 한 사유에 의하여 일시적으로 이전하였다고 보는 것이 타당하다”라는 결정을 받고 처분청으로부터 해당 법인세를 환급받았다.

이와 같이 청구법인은 당초 2006사업년도에 대한 법인세과세표준 및 세액을 정상적으로 신고.납부하였다가 처분청에 대한 경정청구 및 조세심판청구를 통해 환급을 받았으므로 위 환급세액은 당초 청구법인이 이미 신고.납부한 법인세액이라 하겠고, 그렇다면 당초 신고기한 내에 정당세액을 신고 납부함으로써 신고하지 않았거나 과소납부한 세액이 없다 할 것이어서 가산세의 부과대상이 될 수 없다.

또한, 처분청이 조세심판결정을 원인으로 환급세액을 결정함에 있어서 당초 법인세 신고서, 보정서류, 조세심판청구서 및 해당 결정서 등을 충분히 검토하여 당초 환급신청이 정당한지를 확인하였다면 그 오류를 충분히 발견할 수 있었다 할 것인바, 처분청이 조세심판결정에 따라 해당 세액을 환급하였다가 그 결정내용에 오류가 있다고 재결정을 하면서 청구법인이 당초 기한 내에 당해 환급세액 상당액만큼 과소하게 신고.납부하였다고 보아 청구법인에게 의무위반에 대한 가산세를 부과하는 것은 처분청의 잘못을 납세자에게 전가시키는 것이므로, 2006사업년도 소득금액에 대한 법인세 과소 신고.납부에 따른 납부불성실가산세의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 화성사업장 근무인원에 대한 감면배제가 부당하다는 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 OOO사업장을 비롯하여 OOO사업장 등에 상시근무 인원을 배치하여 영업을 수행하는 법인으로, OOO사업장에서 종업원의 정상적인 근무가 있었음은 청구법인도 인정하였으므로, 이에 이전전 수도권과밀억제권역 내에 근무하던 인원에 대한 세액감면 규정을 적용할 수 없다.

(2) OOO조립장 근무인원에 대한 감면배제가 부당하다는 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 매출확대로 인해 모회사의 사업장 사용으로는 고객사로부터 발주받은 설비에 대하여 조립, 시운전 등의 성능테스트하는 공간이 부족하다고 하여 2005.4.15.부터 OOO조립장을 임차하여 사실상 지점사업장으로 사용한 사실이 있고, 더구나 2006년 9월 이전본사 준공 이후인 2006년 12월까지 계속하여 사용한 것이 확인되고 있는바, 「조세특례제한법」상 공제감면에 대한 요건은 매우 엄격하게 적용되어야 하는 것이므로, 임시 또는 단계적 이전이라는 명목으로 감면요건을 확대 적용할 경우 법적 안정성과 과세의 형평을 유지할 수 없다 할 것이어서 청구주장을 받아들일 수 없다.

(3) 이전본사의 신규채용 인원 중 이전본사에서 근무하지 않고 수도권 외의 지역에 근무하는 인원에 대하여 감면을 배제한 것은 부당하다는 청구주장을 살펴보면, 법령규정상 감면요건에 해당하는 인원은 “이전한 본사에서 본사업무를 수행하는 자”인데, 처분청은 신규채용인원에 대하여 이전본사에 근무하지 아니하였다는 사유로 감면배제한 사실이 없고, 다만, 기존직원과 신규직원에 대한 구분없이 이전본사에 근무하지 아니하는 인원에 대하여 감면배제한 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(4) 한편, 경정청구 환급결정 이후 재경정에 따른 납부불성실가산세 부과가 부당하다는 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 2006년 9월 본사를 지방으로 이전하였으나 2006년 귀속 법인세 신고시 이에 대하여 감면신청을 하지 아니하였고, 2007년 8월에서야 경정청구를 통해 지방이전에 대한 감면신청을 하였다가 처분청이 경정청구를 거부함에 따라 심판청구를 제기하여 인용결정을 받았는데, 청구법인의 수원본사는 세적상 OOO사업장이었으므로 관할세무서장은 당연히 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단하여 거부통지를 한 것이고, 또한 청구법인은 이전 후 급여총액에 이전 전의 급여총액을 포함하여 계산하는 등 감면신청에 대하여 정상적인 주의를 기울이지 않은 것으로 판단된다.

「국세기본법」 제47조의5

에서 납세자가 국세를 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우 일정액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제토록 하고 있는바, 해당 세액감면에 대한 세법적용에 있어서 과세관청은 청구법인의 경정청구에 대한 쟁점에 대하여 일관된 의사표시를 하였을 뿐 세액감면 요건과 관련하여 신의성실원칙을 위반했다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 본사 이전비율 산정의 적정여부

(2) 환급결정 이후 재경정시 납부불성실가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “수도권”이란

「수도권정비계획법」 제2조

제1호에 따른 수도권을 말한다.

10. “수도권과밀억제권역”이란

「수도권정비계획법」 제6조

제1항 제1호에 따른 과밀억제권역을 말한다.

제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지.건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전 본사”라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)

제60조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음.진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선.이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

④ 법 제63조의2 제1항 제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2011년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2011년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

⑦ 법 제63조의2 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는

「소득세법」 제20조

제1항 제1호 및 제4호에 따른 급여와 소득을 말한다.

⑬ 법 제63조의2 제2항의 규정에 의하여 법인세의 감면을 받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 수도권정비계획법(2011.5.19. 법률 제10670호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “수도권”이란 서울특별시와 대통령령으로 정하는 그 주변 지역을 말한다.

제6조【권역의 구분과 지정】

① 수도권의 인구와 산업을 적정하게 배치하기 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다.

1. 과밀억제권역 : 인구와 산업이 지나치게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 이전하거나 정비할 필요가 있는 지역

(4) 수도권정비계획법 시행령(2011.3.9. 대통령령 제22704호로 개정되기 전의 것)

제2조【수도권에 포함되는 서울특별시 주변 지역의 범위】

「수도권정비계획법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 그 주변 지역”이란 인천광역시와 경기도를 말한다.

제9조【권역의 범위】

법 제6조에 따른 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다.

(5) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것)

제47조【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

제47조의4【납부불성실.환급불성실가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만,

「인지세법」 제8조

제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(6) 국세기본법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22572호로 개종되기 전의 것)

제27조의4【납부ㆍ환급불성실가산세】

법 제47조의5 제1항 또는 제2항에서 “대통령령이 정하는 이자율”이라 함은 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2004.6.23.자 청구법인의 공장이전추진(안)에는 “모회사에서의 자사 사업장 인근에서의 근접 제작납품을 요구하고 있고, 또한 모회사의 OOO생산을 천안에서 하는 것으로 결정되어 고객인근의 지역에 설비제작 사업장을 마련하여 고객의 요구에 부응하고 물류이동 비용 절감 및 대고객 신속대응체제를 완비하기 위함”을 그 배경으로 하면서, 이를 위하여 ‘OOO 소재 토지 6,500평’과 ‘OOO 소재 토지 4,400평’ 중 하나를 선택하여 구입하는 것으로 되어 있다.

(2) 2004.8.3. 청구법인의 이사회에서 승인한 공장이전계획서에는 “당사가 자회사로 편입된 이후 모회사의 설비기술도급 및 수주부문을 사업영역으로 활동하고 있는바, 모회사의 사업영역의 축이 OOO부문으로 확대, 그 거점을 천안으로 결정함에 따라 당사도 이에 발맞추어 근접 적극 참여할 필요성이 증대되고, 기술보안 및 기술내재화를 도모 및 모회사의 신사업의 밀착대응체제를 요청받음. OOO사업의 설비제작시 필요한 최대한의 작업공간과 OOO설비의 고단위청정시설(클린룸)에서 설비조립이 요구되고 있어 클린룸의 확보가 필요한데, 현재 확보된 화성시 공장은 부지가 협소하며, 용적율이 20%로서 토지활용효율이 낮고, 동탄지구 택지개발과 맞물려 주거지근린시시설로 변경될 가능성이 높음. 충청남도 아산시 둔포면 소재 공장부지 토건 완료부지 6,000～8,000평을 구입(소요비용 53억원)”하는 것으로 되어 있고, 2005.3.30.자 청구법인의 설비 조립장 임대차 보고서에는 “사업장 이전 관련 장소 및 여건을 아직 확정하지 못한 상태이지만 클린룸 설비 제작으로의 사업확대 및 고객의 신뢰구축을 위해서 설립조립장의 필요성 인정됨. 한시적으로 조립장을 임대하는 것이므로 환경개선 투자비를 최소화할 것. OOO사업장의 이전이 계약기간 내에 이루어질 수 있으므로 임대차계약서 작성시 이를 반영할 것. 금번 이동은 신축될 사업장으로의 재이동을 고려하여 인력 및 장비를 투입할 것. OOO 건물을 임차하여 사업장 이전 전까지 설립조립장으로 운영”하는 것으로 작성되어 있으며, 이후 청구법인은 2005.4.15. ㈜OOO(대표 이OOO)과 OOO 지상건물 제2공장동 일부 1,000평을 2005.4.18.부터 2006.4.17.까지 임차하는 내용(임대차보증금 : OOO원, 임대료 월 OOO원)의 부동산임대차계약을 작성하였는데, 청구법인의 ㈜OOO OOO사업부 거래처 조회전표와 거래처 원장(계정과목 : 지급임차료) 및 거래처 원장(계정과목 : 전력비)에 의하면, 청구법인은 ㈜OOO에게 OOO조립장 임차와 관련하여 2006년 8월분까지의 임차료 및 전력비를 지급(정산)한 것으로 나타나고 있다(다만, 청구법인이 제출한 ㈜OOO의 월별 전기요금 정산서상으로는 청구법인은 2006년 7월분까지의 전기요금을 정산한 것으로 되어 있다).

(3) 2006.2.6.자 청구법인의 본사 이전계획서에는 “모회사의 사업장 폐쇄 및 당사 사업장 조성과정의 진행과정에 맞추어 이전계획을 수립, 시행함으로써 혼란을 방지하고 원활한 환경적응을 하기 위하여 1차로 OOO 임대사업장으로 이전하였다가(모회사 사업장 폐쇄 : 2006.5.15.), 2차로 신사업장(입장) 이전(사업장 건설 완료 : 2006.8.15.)하는 단계별 이전을 추진하되, 1차 이동시에는 D설비.B설비.L산업/제어.설비개발팀 32명은 OOO사업장(조립장)으로, 대표 및 지원팀.로사업팀 9명은 OOO공장으로, 김OOO은 모회사 사업장으로 각각 이전하여 합류하는 것으로, 2차 이동시에는 OOO사업장(조립장) 주재자 42명(D설비, B설비, L사업, 설비개발팀)과 OOO사업장 주재자 18명(대표, 지원팀, L산업자작팀, 로사업팀)이 신사업장으로 이전”하는 것으로 되어 있고, 2006.5.15.자 청구법인의 본사 이전계획서에는 “단계별 이전을 추진하되, 2006.5.30.에 1차로 FD설비팀.제어공사팀.FA사업부 18명은 현장소(모회사 사업장)에 체류하고, 지원팀.품질경영혁신팀.산업설비1팀.특장사업부 15명은 OOO공장으로 각각 이전하는 것으로, 2006.8.1.에 2차로 코닝 주재자 2명(FD설비팀), OOO사업장 주재자 22명(산업설비2팀, 제어공사팀), OOO사업장 주재자 28명(지원팀, 산업1팀, 특장사업부, 로)이 신사업장으로 각각 이전”하는 것으로 되어 있으며, 이때 화성사업장은 “회의용 컨테이너를 구입하여 공장동 옆면에 배치 활용하고, 전화와 인터넷통신은 2006.5.31. 사용할 수 있도록 시공하며, 코닝 내 잔여비품(책상, 케비넷 등)은 패킹하여 OOO사업장으로 이동 보관”하는 것으로 되어 있다.

(4) 청구법인이 제출한 부동산매매계약서 등에 의하면, 청구법인은 2006.11.22. OOO사업장을 매각하기로 결정한 후 2006.12.21. ㈜OOO와 매매계약(대금 OOO원, 잔금지급일 2006.12.27.)을 체결한 사실과 청구법인의 모회사 사업장은 2006.12.18. 삼성전자㈜에게 매각된 사실 등이 나타나고 있다.

(5) 청구법인이 제출(출력일 2011.11.23.)한 인터넷포털 다음지도 위성사진에 의하면, OOO 소재 ㈜OOO(청구법인은 이전전 본사 인근에 있는 회사라고 주장하고 있다)에서 OOO사업장OOO까지의 거리 및 소요시간이 각각 4.7㎞와 14분인 것으로 나타나고 있다.

(6) 2013.8.27. 조세심판관회의시 청구법인의 직원 이OOO(과장) 및 청구법인의 대리인 세무사 민OOO은 “OOO사업장에는 본사 직원이 출장하여 업무를 수행한 후 본사로 복귀하고 있어 상주하는 인원이 없을 뿐만 아니라 인력이 상주할 수 있는 시설이 갖춰져 있지 않고, OOO조립장은 2004년 본사 이전 결의 후 당초 예상보다 이전본사 준공이 늦어져 일시적으로 완공시까지 1년간 임차하여 사용하였을 뿐 이전본사 준공 이후에는 사용하지 않았다고 하면서 청구법인 본사 이전 당시 총 인원 60명 중 OOO조립장 인원은 18명이며, OOO사업장은 사업자등록이 되어 있지 않고, OOO사업장과 OOO조립장 근무인원에 대한 소득세 원천징수는 본사에서 하였다”고 진술하였으며, 처분청 담당공무원(김OOO)은 “청구법인은 화성사업장과 OOO조립장 근무인원을 구분하여 별도로 급여를 지급하였다”고 진술하였다.

(7) 청구법인이 주장하는 OOO사업장(3명), OOO조립장(18명), 신규채용자(40명) 등 특정인원의 근무처 변동내역과 이에 대한 처분청의 인정여부 등에 관한 내역은 [붙임]과 같다.

(8) 한편, 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 본사 지방이전에 대한 법인세 감면신청을 하지 아니하였지만 2007.8.27. 처분청에 이미 납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다가 2007.10.16. 처분청이 이를 거부하자 2007.11.22. 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 2008.4.25. 아래와 같은 이유를 들어 처분청이 청구법인의 본점이전일을 법인등기부상의 이전등기일로 보아 청구법인의 2006사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다.

(가) 청구법인은 2006.2.15. OOO시장으로부터 OOO 신공장의 건축허가를 받아 공장건물을 신축하고 있었던 점, 2006년 5월 경 수원본사가 소재하던 모기업 소유의 건물에 대한 폐쇄결정으로 본점을 이전할 필요성이 있었으나 OOO 신공장의 준공예정일이 2006.8.1로 약 2개월의 시차가 있었던 점, OOO공장으로 이전시 일시적으로 사용하여야 할 최소한의 물품만 옮겼고 그 외 대부분의 물품은 포장하여 천안시 인근의 OOO의 임시사업장에 보관하고 있었던 점 등으로 볼 때 청구법인이 2006.5.25. 본점을 OOO공장으로 이전한 것은 수원본사 건물의 폐쇄결정 및 천안 신공장의 준공일정 등 부득이 한 사유에 의하여 일시적으로 이전하였다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

(나) 또한, 본점 이전일의 판단은 법인등기부 및 사업자등록변경일 등을 기준으로 하는 것이 원칙이나 청구법인이 법인등기부와 달리 본점을 실제로 2006사업연도에 이전한 사실이 확인된다면 실질과세원칙을 적용하여 등기이전일과 관계없이 2006사업연도부터

「조세특례제한법」 제63조의 2

의 규정을 적용할 수 있는 것인바, 이 건의 경우 청구법인이 OOO 신공장을 신축하여 2006.9.6.자로 사용승인을 받아 2006.9.28. 준공식을 거행한 점, OOO본사로 사용하던 모기업소유의 토지 및 건물이 2006.12.18. 다른 법인에게 양도된 점, 일시적으로 본점을 이전하였던 청구법인 소유의 화성공장을 2006.12.28. 매각한 점, 청구법인이 본점의 이사비용과 관련한 세금계산서를 2006.8.25자로 수취한 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 늦어도 2006사업연도중에 천안 신공장으로 본점을 이전하였다고 보는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것이다.

(9) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 본다.

「조세특례제한법」 제63조의2

제1항 제2호, 제2항 제2호, 제3항에 의하면, 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인이 본사를 2011.12.31.까지 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하는 경우에는 ‘해당 과세연도의 과세표준에서 토지.건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액’에 ‘해당 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율’과 ‘해당 과세연도 이전본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율’ 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여, 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령이 정하는 지역을 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령이 정하는 지역을 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서, 여기서 ‘이전본사 근무인원’이라 함은 수도권 밖으로 이전한 본사(이전본사)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인 전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의한 법인세 감면의 요건에 관한 증명책임은 그 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다고 하겠고, 한편 ‘수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 참조).

살피건대, 첫째 OOO사업장 근무인원(3명)의 경우, 우리 원은 청구법인의 본사 지방이전과 관련하여 청구법인이 이전전 본사에서 OOO사업장으로의 이전을 일시적, 단계적 이전으로 보아 OOO사업장에서 이전본사로의 이전을 본사 지방이전에 해당된다고 인정하였고, 인터넷포털 다음지도상 OOO사업장은 이전전 본사와는 약 5㎞ 정도(소요시간 약 14분) 밖에 떨어져 있지 않으며, 청구법인은 OOO사업장에 인력이 상주할 수 있는 시설이 갖춰져 있지 않다고 주장하는 반면에 처분청은 이에 대하여 명확한 자료를 제시하지 못하고 있음에 비추어 볼 때, OOO사업장은 실질적 사업장이라고 보기는 어렵다 하겠으므로, 해당 인력은 수도권 내인 이전전 본사에서 이전본사로 이전한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

둘째, OOO조립장 근무인원(18명)의 경우, 청구법인이 OOO조립장을 임차한 것은 이전본사로의 이전을 고려한 측면도 있어 보이지만, 모회사의 OOO생산을 충청남도 천안에서 하는 것으로 결정됨에 따라 청구법인도 이에 발맞추어 적극 참여할 필요성과 OOO사업의 설비제작시 필요한 최대한의 작업공간과 OOO설비의 고단위청정시설(클린룸)의 확보 필요성 등에 의한 것으로 보이고, 더구나 청구법인은 본사이전계획상 이전전 본사 인력 및 장비를 단계별로 이전하기 1년 전부터 이를 임차 운영하였을 뿐만 아니라 여기에서 근무한 인원이 청구법인의 전체 인원(60명) 중 18명으로 상당한 비중을 차지하고 있음에 비추어 볼 때, 이는 종전부터 운영한 사업장으로 봄이 타당하므로, 해당 인력은 수도권 외의 사업장에서 이전본사(입장)로 이전한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

셋째, 이전본사 신규채용자(40명)의 경우, 2005.12.31.

「조세특례제한법」 제63조의2

개정 이유가 수도권 과밀을 억제하고 지역간 균형발전을 위해 지방이전기업에 대한 세제지원을 지속하고, 지방이전 기업의 세액감면 요건을 완화하는데 있으며, 위 규정에서 말하는 이전본사 근무인원에는 수도권 본사에서 이전한 인원과 신규채용한 인원을 포함하는 것이나, 이전본사 근무인원은 원칙적으로 근무지를 기준으로 수도권과밀억제권역 안의 본사업무에 종사하는 직원을 의미하는 것이므로, 이전본사에서 새로이 채용한 자라 하더라도 이전본사에서 근무하지 아니한 인원은 이에 포함되지 아니한다고 봄이 타당하다고 판단된다.

다만, 처분청은 본사이전 비율 산정시 이전본사 신규채용자 중 박OOO과 오OOO이 이전본사에서 근무한 일부 기간에 대한 급여(박OOO은 2007년 10월분과 2007년 11월분, 오OOO은 2008년 4월분부터 2008년 12월분까지)를 반영하지 아니한 것으로 확인되므로, 이 부분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 본다.

청구법인은 이 건 가산세는 2006사업연도 법인세 환급신청에 대하여 처분청이 거부통지를 하였다가 청구법인에게 아무런 귀책사유 없이 조세심판결정에 따라 납부세액을 환급한 후 재경정결정한 것이므로 납부불성실가산세를 청구법인에게 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고.납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 상대방의 잘못으로 인한 납세자의 고의.과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것인바(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 참조), 이 건의 경우 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고 당시 당초 수도권 본사의 지방이전에 대한 감면부분을 고려하지 아니한 채 세액을 신고.납부하였고, 이후 이에 대한 경정청구 및 불복청구를 제기하면서 이전본사 근무인원으로 볼 수 없는 인원을 포함하여 감면대상세액을 산출한 후 이미 납부한 세액 전액에 대하여 환급을 요청함으로써 결과적으로 조세심판결정에 의하여 청구법인이 일정액을 미납하게 되는 결과가 발생한 것이므로, 청구법인이 제출한 자료를 근거로 이루어진 처분청의 환급결정으로 인한 청구법인의 미납행위에 대한 책임이 처분청에 있다고 할 수는 없다 할 것이어서 처분청이 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.