국심2007전5018 (2008.04.25)

OOO세무서장이 2007.10.16 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 287,572,680원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한 다.

1. 처분개요 청구법인은 OOO(주)(이하 “모회사”라 한다)로부터 분사되어 1998.11.3 설립된 후 2002.7.29부터 모회사가 소재하는 수도권과밀억제권역인 OOO번지에 본사를 두고 3년 이상 엔지니어링 사업을 영위하다가 법인등기부상 2006.5.25 수도권성장관리권역인 OOO번지로 본사를 이전하였고, 2007.3.30 다시 수도권 외인 OOO번지로 본사를 이전한 법인으로 2006사업연도 법인세 신고시 법인본사지방이전에 대한 법인세감면신청을 하지 아니하였다가 2007.8.27 조세특례제한법 제63조의 2 에 의한 ‘법인본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’을 적용하여 기납부한 법인세 287,572,680원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인이 법인등기부상 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 본사를 두었다가 수도권 외의 지역으로 이전한 법인에 해당되지 않는다는 사유로 2007.10.16 청구법인의 경정청구에 대한 거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.11.22 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2002.7.29부터 모회사의 본사 주소지 내인 OOO번지에 본사(이하 “OOO본사”라 한다)를 두고 4년 이상 계속하여 사업을 영위하던 중 모회사의 본사 및 공장의 폐쇄로 인하여 모회사로부터 청구법인의 본사 이전을 요청받고 2006년 6월말경 청구법인의 본사를 이전하기로 결정한 OOO번지 소재 신공장(이하 “OOO 신공장”이라 한다)의 준공예정일이 2006.8.1(공사지연으로 실제 준공은 2006.9.6)이기 때문에 업무의 공백을 예견하여 불가피하게 2006.5.25 OOO소재 청구법인 소유의 공장(이하 “OOO공장”이라 한다)으로 본사를 일시적으로 이전한 것이고, OOO의 신공장이 준공된 2006.9.6 실제 청구법인의 본사를 이전하였으나 직원의 업무미숙으로 법인등기부상에는 2007.3.30 청구법인의 주소지를 이전한 것으로 등기한 것인데도 처분청이 청구법인의 본사를 수도권성장관리권역인 OOO시에서 수도권외의 지역인 OOO시로 이전하였다고 보아 ‘법인본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’을 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역인 OOO번지에서 3년 이상 계속하여 본점을 두었다가 수도권 외 지역인 OOO번지로 실질적으로 이전한 것으로 판단할 수 있으나, 법인등기부등본상에 2006.5.25 OOO번지에 본점 이전등기를 하고 또한 사업자등록도 2006.6.12 변경 등록한 것으로 되어 있어서 현재의 본점인 OOO번지로의 본점이전은 수도권성장관리권역인 OOO시로부터 이전한 것으로 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 또한, 수도권 외 지역으로 본점 이전한 시점이 2007.3.30로서 조세특례제한법 제63조의 2 제2항 “수도권외 지역이전법인은 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는....감면한다”고 되어 있으나, 본점 이전일이 2006년이 아닌 것으로 확인되어 2006사업연도 법인세 확정신고시 수도권외 지역이전공장·본사에 대한 임시특별세액감면 누락에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 수도권과밀억제권역내OOO에 3년이상 소재하던 청구법인의 본사를 수도권성장관리권역내 지역OOO으로 일시 이전하였다가 다시 수도권외 지역OOO으로 이전한 경우, 조세특례제한법 제63조의 2 에 의한 ‘법인본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’을 적용할 수 있는지 여부 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과 세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (2) 조세특례제한법 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업·소비성서비스업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 ② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액 에 상당하는 소득 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) ③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사 업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권 안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전 후 수도권 안에 서 본사 업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. (3) 조세특례제한법시행령 제60조의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】② 법 제63조의 2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. 2. 본점 또는 주사무소 (이하 이 조에서 “본사”라 한다) 를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것 ④ 법 제63조의 2 제1항 제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한 다. 이 경우 법 제63조의 2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다. 3. 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것 4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2008년 12월 31일까지 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2008년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2011년 12월 31일까지 사업을 개시할 것 (4) 조세특례제한법 제2조 【정 의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 9. “수도권”이라 함은 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권을 말한다. 10. “수도권과밀억제권역”이라 함은 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호 의 규정에 의한 과밀억제권역을 말한다. (5) 수도권정비계획법 제2조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. "수도권"이라 함은 서울특별시와 대통령령이 정하는 그 주변지역 을 말한다. (6) 수도권정비계획법 제6조 【권역의 구분 및 지정】①수도권안에서의 인구 및 산업의 적정배치를 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다. 1. 과밀억제권역 : 인구 및 산업이 과도하게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 그 이전 또는 정비가 필요한 지역 2. 성장관리권역 : 과밀억제권역으로부터 이전하는 인구 및 산업을 계획적으로 유치하고 산업의 입지와 도시의 개발을 적정하게 관리할 필요가 있는 지역 3. 자연보전권역 : 한강수계의 수질 및 녹지등 자연환경의 보전이 필요한 지역 ②과밀억제권역·성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 대통령령으로 정한다. (7) 수도권정비계획법시행령 제2조 【 수도권에 포함되는 서울특별시 주변지역의 범위 】 「수도권정비계획법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호에서 "대통령령이 정하는 그 주변지역"이라 함은 인천광역시 및 경기도 를 말한다. (8) 수도권정비계획법시행령 제9조 【 권역의 범위 】 법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역·성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 법인본사지방이전에 대한 법인세감면신청을 하지 아니하였다가 2007.8.27 조세특례제한법 제63조의 2 에 의한 ‘법인본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’규정을 적용하여 기납부한 법인세 287,572,680원의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 사실이 경정청구서 등에 의하여 확인된다. (2) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 경정청구처리결과복명서 및 답변서에 기재된 본점 이전장소의 판단내용에 의하면, 청구법인이 수도권외 지역이전공장·본사에 대한 임시특별세액감면조건인 수도권과밀억제권역안인 OOO본사에서 3년이상 계속하여 본점을 두었다가 2006.5.25 OOO공장으로 본점을 이전하였고, 2007.3.30 다시 OOO 신공장으로 본점을 이전한 사실이 법인등기부등본에 의하여 확인되고, 청구법인이 제출한 청구이유서와 첨부서류를 검토한 바, OOO공장으로 본점이전등기를 한 것은 이미 결정된 OOO 신공장의 준공이 완료되기 전에 OOO동에 소재한 모회사가 건물 등을 폐쇄함에 따라 모회사내에 있었던 청구법인의 본점소재지를 불가피하게 잠시 이전하였을 뿐, 실질적인 본점이전은 신공장 준공후 인적·물적자원이 완전 이전하여 등기한 현재의 본점인 OOO 신공장으로 판단할 수 있다는 내용이 나타난다. 본점 이전일자의 판단내용에 의하면, 청구법인은 수도권 과밀억제권역인 OOO본사에서 OOO 신공장으로 실질적인 본점을 이전한 것으로 판단되고, 청구법인은 현재의 본점인 OOO 신공장 준공일인 2006.9.6을 본점이전일로 보고 2006사업연도 법인세를 경정청구하였으나, 법인등기부상 본점이전일이 2007.3.30로 등기되어 있고, 사업자등록변경신청 및 등록사항도 2007.4.6로 되어 있어서 본점의 이전시기는 2007.3.30로 판단된다는 내용이 나타난다. (3) 청구법인이 증빙자료로 제시하는 OOO동 472번지의 건물등기부등본에 의하면, 청구법인의 본점이 소재하던 토지 및 건물 소유권이 2006.12.18 (2006.10.17자 매매원인) OOO(주)에서 OOO(주)로 이전등기된 사실이 확인되고, OOO번지의 토지 및 건물 등기부등본에 의하면 청구법인 소유의 OOO공장의 소유권이 2006.12.28(2006.12.21자 매매원인) (주)OOO로 이전등기된 사실이 확인된다. (4) 청구법인은 OOO 신공장의 공장부지를 2005.12.15 조OOO으로부터 2,286백만원에 취득하는 매매계약을 체결하였고, 2006.2.15 OOO시장으로부터 OOO 신공장의 건축허가를 받아 공장건물을 신축한 후 2006.9.6 건축물사용승인을 받은 사실이 부동산매매계약서, 건축허가서, 건축물사용승인서 등에 의하여 확인된다. (5) 청구법인이 OOO본사를 OOO공장으로 임시이전한 사유서에 의하면, 2006.5.15 청구법인의 OOO본사로 사용하던 모회사의 사업장을 2006년 6월말 또는 7월초에 폐쇄한다는 결정이 있었고, 청구법인의 OOO 신공장의 건축공사완료일은 2006.8.1로 예정되어 있어서 약 2개월간의 시간적 차이에 따른 업무의 혼란을 최대한 방지하기 위하여 인적자원 중 1차적으로 2006.5.30 FD설비팀 등 18명의 직원은 잔류시키고 지원팀 등 15명의 직원은 OOO공장동 옆면에 회의용컨테이너를 구입하여 일시적으로 이전하였다가 2차적으로 OOO 신공장이 준공되면 이전하기로 하였고, 물적자원은 1차 이동시 일시적으로 사용하여야 할 최소한의 물품만 옮겼고 그 외 대부분의 물품은 포장하여 OOO시 인근의 OOO의 임시사업장에 보관하다가 2차적으로 OOO 신공장이 준공되면 이전하기로 한 것이며, 이러한 과정에서 2006.5.25 청구법인의 본점을 불가피하게 OOO공장으로 임시 이전한 것이라는 내용이 나타난다. (6) 청구법인이 2006.9.28 OOO 신공장으로 본점이전을 하였다는 입증자료로 제시하는 OOO 신공장의 건축물 사용승인서 사본에 의하면, OOO시장이 2006.9.6 청구법인의 OOO 신공장에 대하여 사용승인서를 교부한 사실이 확인되고, 준공식 초청장에 의하면 청구법인이 OOO 신공장의 준공식을 2006.9.28 11시에 거행한 사실이 나타나며, 본점이전시 이사비용관련된 세금계산서에 의하면 청구법인이 2006.8.25 (주)OOO에게 본점이사비용 9,570,000원을 지급하고 세금계산서를 수취한 사실이 확인되고, 네트워크서비스 이용신청서에 의하면 청구법인이 2006.8.10 OOO(주)에게 전화기 등 네트워크 설치장소를 OOO번지에서 OOO으로 변경해달라고 신청한 사실이 확인된다. (7) 법인등기부상 본점이전일을 실제와 다르게 2007.3.30로 등기한 사유에 의하면, 청구법인은 2006.9.28 본점을 OOO 신공장으로 이전하였으나, 본점 이전에 관한 등기사항은 주주총회 의결사항으로 2006.8.14자로 개최하기로 했던 2006년 임시주주총회를 대주주인 모회사의 사정으로 인하여 개최하지 못하다가 2006사업연도 결산과 관련한 정기주주총회에서 본점이전을 의결하고 2007.3.30 변경등기한 한 것이라는 내용이 나타난다. (8) 청구법인의 사업장 이전계획서(2차)의 이사일정에 의하면, 임시 본사로 사용하던 OOO공장은 2006.8.25 OOO 신공장으로 이사하고, 임시 사업장으로 사용하던 OOO공장은 2006.8.26 OOO 신공장으로 이사한다는 내용이 나타난다. (9) 살피건대, 청구법인은 2006.2.15 OOO시장으로부터 OOO 신공장의 건축허가를 받아 공장건물을 신축하고 있었던 점, 2006년 5월 경 OOO본사가 소재하던 모기업 소유의 건물에 대한 폐쇄결정으로 본점을 이전할 필요성이 있었으나 OOO 신공장의 준공예정일이 2006.8.1로 약 2개월의 시차가 있었던 점, OOO공장으로 이전시 일시적으로 사용하여야 할 최소한의 물품만 옮겼고 그 외 대부분의 물품은 포장하여 OOO시 인근의 OOO의 임시사업장에 보관하고 있었던 점 등으로 볼 때 청구법인이 2006.5.25 본점을 OOO공장으로 이전한 것은 OOO본사 건물의 폐쇄결정 및 OOO 신공장의 준공일정 등 부득이 한 사유에 의하여 일시적으로 이전하였다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 또한, 본점 이전일의 판단은 법인등기부 및 사업자등록변경일 등을 기준으로 하는 것이 원칙이나 청구법인이 법인등기부와 달리 본점을 실제로 2006사업연도에 이전한 사실이 확인된다면 실질과세원칙을 적용하여 등기이전일과 관계없이 2006사업연도부터 조세특례제한법 제63조의 2 (법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면)의 규정을 적용할 수 있는 것인 바, 이 건의 경우 청구법인이 OOO 신공장을 신축하여 2006.9.6자로 사용승인을 받아 2006.9.28 준공식을 거행한 점, OOO본사로 사용하던 모기업소유의 토지 및 건물이 2006.12.18 다른 법인에게 양도된 점, 일시적으로 본점을 이전하였던 청구법인 소유의 OOO공장을 2006.12.28 매각한 점, 청구법인이 본점의 이사비용과 관련한 세금계산서를 2006.8.25자로 수취한 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 늦어도 2006사업연도중에 OOO 신공장으로 본점을 이전하였다고 보는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것이다. (10) 따라서, 처분청이 청구법인의 본점이전일을 법인등기부상의 이전등기일로 보아 청구법인의 2006사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.