조심 2024중0700 (2024.05.20)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 공장용지 1,837㎡ 및 건물 785.56㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 A(이하 “소멸하는 사업장”이라 한다)이라는 상호로 제조업을 영위하다가 2020.9.24. 법인전환을 위해 A 주식회사(이하 “전환법인”이라 한다)와 사업포괄양수도 계약(이하 “쟁점계약”이라 하고, 해당 계약에 따른 포괄양수도를 “쟁점포괄양수도”라 한다)을 체결하였다.

나. 청구인은 2020.9.24. 쟁점계약에 따라 사업용 고정자산인 쟁점부동산 등을 전환법인에 포괄양도한 후, 전환법인의 자본금(OOO원)이 소멸하는 사업장의 순자산가액(OOO원) 이상에 해당한다고 보아 「조세특례제한법」(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것, 이하 같다) 제32조 및 같은 법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것, 이하 같다) 제29조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용하여 2020.10.30. 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

또한, 청구인은 쟁점부동산과 함께 양도한 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)을 기타소득으로 보아 총수입금액을 OOO원으로 하여 2021.6.22. 2020년 귀속 종합소득세 신고를 하였으나, 이후 이를 양도소득으로 보아 쟁점영업권의 양도가액을 OOO원으로 하여 2023.7.27. 양도소득세(이월과세 적용 세액)를 수정신고하였다.

다. 처분청은 2023.7.17.부터 2023.8.5.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점포괄양수도일(2020.9.24.)에 금융기관으로부터 대출받은 OOO원(이하 “쟁점차입금”이라 한다)을 사업과 관련 없는 부채로 보고, 이를 제외하여 순자산가액을 계산하면 전환법인의 자본금이 소멸하는 사업장의 순자산가액에 미달하여 이월과세 요건을 충족하지 않는다는 이유로 이월과세 적용을 배제하였으며, 쟁점영업권의 양도가액을 OOO원으로 평가하여 2023.11.7. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점차입금은 전환법인에게 이전된 후 소멸하는 사업장의 사업과 관련하여 사용되었으므로 업무와 무관하다고 보기 어렵고, 법인전환에 따른 사업의 동일성.동질성이 유지되고 있으므로 양도소득세 이월과세가 적용되어야 한다.

(가) 순자산가액의 평가기준일은 포괄양수도일이고, 쟁점포괄양수도일 현재 전환법인의 자본금이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이므로, 청구인은 양도소득세 이월과세의 요건을 충족하였다.

(나) 대법원 등은 법인 설립 직전에 차입금을 인출한 경우라도 ‘사업의 동일성.동질성이 유지되는 경우’에는 포괄적 사업양수도로 보고 있다(대법원 2017.3.9. 선고 2016두62474 판결, 조심 2017지464, 2018.2.5.).

(다) 또한, 조세심판원은 신설법인의 자본금이 순자산가액에 미달하더라도, 영업의 동일성이 유지되는 한 조세회피 등을 위한 고의나 악의적인 의도가 있는 경우가 아니라면 포괄적 사업양수도로 인정하고 있다(조심 2016부2393, 2017.11.20.).

(라) 청구인은 쟁점차입금으로 소멸하는 사업장의 사업과 관련한 종합소득세, 기타소득세, 4대보험료 등 OOO원을 지출하였고, 처분청은 쟁점차입금 중 2020.10.8. 전환법인 계좌로 입금된 OOO원 및 OOO원을 사업과 관련이 있는 것으로 보았으므로, 이를 순자산가액에서 제외하면 전환법인의 자본금이 순자산가액을 초과하게 된다.

(마) 청구인은 쟁점차입금 보다 더 많은 OOO원을 전환법인 명의 계좌에 입금하여 전환법인의 외상매출금 상환, 채무상환 등에 사용하였는바, 청구인이 조세를 회피하거나 고의로 돈을 빼돌리려고 쟁점차입금을 발생시킨 것이 아니고, 쟁점포괄양수도일 한참 전에 대출을 신청하였으나, 공교롭게도 쟁점포괄양수도일에 대출이 이루어지게 된 것 뿐이다.

(2) 쟁점영업권은 세법에서 정한 요건을 충족한 것이어서 자가창설영업권으로 볼 수 없고, 처분청이 과세전적부심사 과정에서 세무조사결과통지서에 기재되지 않은 의견을 제시하는 것은 부당하다.

(가) 처분청은 이 건 세무조사가 종료된 후 청구인이 과세전적부심사를 청구하자, 쟁점영업권이 자가창설영업권에 해당되어 이월과세대상이 아니라는 의견을 제시하였는바, 이는 세무조사결과통지서에 기재되지 않은 새로운 내용이어서 적법절차를 위반하였거나 중복조사에 해당하여 위법하다.

(나) 쟁점영업권은 「상속세 및 증여세법」에 따라 평가한 영업권으로서 기업이 스스로 평가한 자가창설영업권에 해당되지 않고, 부동산과 함께 양도하는 영업권은 부동산의 양도로 보아 양도소득세를 과세하는 것이며, 영업권 평가는 필수적인 것임에도 불구하고 부동산에 대해서만 이월과세를 적용하고 영업권에 대해서는 이월과세를 적용하지 않는다면 법인전환을 장려하는 법의 취지에도 맞지 않을 것이다.

(다) 「법인세법 시행령」(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것, 이하 같다) 제24조 제1항 제2호는 영업권을 무형자산으로 규정하면서

「법인세법 시행규칙」제12조

제1항 제1호에서 영업권이란 사업의 양도양수과정에서 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액으로 정의하고 있고, 영업권의 평가방법에 대해서는 「상속세 및 증여세법 시행령」(2020.2.11. 대통령령 제30391호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조에서 구체적으로 규정하고 있다. 쟁점영업권은 위 요건을 충족하였고, 「상속세 및 증여세법」에 따라 평가되었으므로 적법한 영업권에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 법인전환에 따라 새로 설립되는 전환법인의 자본금이 소멸하는 사업장의 순자산가액에 미달하므로 양도소득세 이월과세 적용 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(가) 쟁점차입금은 청구인이 쟁점포괄양수도일에 B으로부터 받은 대출로, 소멸하는 사업장의 사업용 계좌나 전환법인 명의의 계좌로 이전되지 않았다.

(나) 청구인은 쟁점차입금으로 소멸하는 사업장 관련 종합소득세.부가가치세.기타소득세 등을 납부했다고 주장하나, 종합소득세 등은 청구인 개인이 부담해야 할 세금이고, 쟁점차입금이 입금된 B 계좌에서 2020.10.8. 전환법인에게 이체된 OOO원 및 OOO원은 전환법인 계좌 거래내역 ‘적요’란에 “A(청구인) 개인에게 대출”, “A(청구인) 개인 대출”로 기재되어 있는바, 이는 전환법인의 가수금으로 청구인이 언제든지 전환법인으로부터 회수할 수 있는 것이므로, 소멸하는 사업장과 직접 관련된 부채로 볼 수 없다.

(다) 청구인은 쟁점계약 체결일에 소멸하는 사업장을 폐업하였고, 쟁점차입금을 전환법인에 포괄양도한 사실이 없는 등 쟁점차입금을 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련 있는 채무로 볼 수 없다.

(라)

「조세특례제한법」제2조

제6호에 따르면, ‘이월과세(移越課稅)’란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용 고정자산 등을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용 고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제32조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호, 제29조 제5항에 따르면, 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있으나, 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액(현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상인 경우에 한하여 이월과세를 적용받도록 하고 있다.

따라서 이월과세 요건인 순자산가액, 즉, ‘현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 계산함에 있어서 그 자산이나 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 자산이나 부채로 한정하는 것이 타당하다.

(마) 이월과세는 개인이 권리.의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리.의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과한 경우 적용되는 것이며, 자본금이 순자산가액 이상일 것을 요구하는 법의 취지는 이와 같이 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것으로 평가되기 위해서는 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 법인에 그대로 승계되어야 하기 때문이라고 할 수 있다.

(2) 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업포괄양수도 방법으로 법인전환하는 경우, 양도소득세 이월과세가 적용되는 사업용 고정자산은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 포함하는 것으로, 청구인은 소멸하는 사업장을 운영하면서 영업권을 유상으로 취득한 사실이 없고 영업권을 무형자산으로 장부에 계상하여 사업에 직접 사용한 사실이 없으므로 쟁점영업권은 자가창설영업권에 해당하며, 이러한 자가창설영업권은 당연히 양도소득세 이월과세의 적용대상에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 요건을 충족하였는지 여부

② 사업용 고정자산과 함께 양도한 영업권이 자가창설영업권에 해당하여 양도소득세 이월과세 적용대상에서 제외되는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는

「소득세법」제94조

에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.

⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

(2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것)

제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(

「국세기본법」제39조

제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 소비성서비스업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및

「식품위생법 시행령」제21조

에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 전환법인이

「법인세법」제44조

제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 삭제 ＜2018. 2. 13.＞

4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

⑦ 법 제32조 제5항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 법 제32조 제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 “해당 거주자”라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

2. 해당 거주자가

「법인세법」제44조

제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

3. 해당 거주자가 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

4. 해당 거주자가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

6. 해당 거주자가 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우

⑧ 제7항 제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 거주자로 보아 법 제32조 제5항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 것)

제15조(이월과세 적용대상자산의 취득가액) ① 영 제28조 및 영 제29조에 따른 이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득당시의 실지거래가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 때에는 통합일ㆍ법인전환일 또는 현물출자일 현재의 당해자산에 대하여 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액을

「소득세법 시행령」 제176조의2

제2항 제2호의 규정을 준용하여 환산한 가액으로 한다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」 제38조

ㆍ

동법 제39조

및

동법 제61조

내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

③ 영 제28조 제2항에서 “기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산”이라 함은

「법인세법 시행령」제49조

제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산(이하 이 항에서 “업무무관부동산”이라 한다)을 말한다. 이 경우 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한다.

(4) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것)

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득 (각 목 생략)

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

(5) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것)

제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제1항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산”이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

(6) 법인세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제774호로 개정된 것)

제12조(감가상각자산의 범위) ① 영 제24조 제1항 제2호 가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등

(7) 상속세 및 증여세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30391호로 개정된 것)

제59조(무체재산권의 평가) ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다.

[최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 해당 연수로 하고, 제55조 제3항 제2호 각 목에 모두 해당하는 경우에는 개인사업자로서 사업을 영위한 기간을 포함한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)]

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점포괄양수도 관련 사실관계는 다음과 같다.

(가) 쟁점계약서에 따르면, 청구인과 전환법인은 2020.9.24. 현재 청구인이 운영하고 있는 소멸하는 사업장의 부동산 및 기타 자산, 부채에 관한 일체의 권리와 의무를 전환법인에게 양도하기로 하는 계약을 체결한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점부동산의 소유권은 2020.9.24. 사업양수도를 원인으로 하여 2020.10.8. 전환법인에게 이전 등기되었다.

또한, 청구인은 2020.9.24. 쟁점부동산을 담보로 하여 주식회사 B과 채권최고액 OOO원의 근저당권 설정 계약을 하였고, 해당 계약에 따라 실행된 대출금 OOO원(쟁점차입금)은 청구인 명의의 B 계좌 OOO로 입금된 것으로 나타나며, 전환법인은 2020.11.27. 위 근저당권 계약을 인수한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 주요내용

(2) 청구인은 2020.10.30. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 시 아래 ＜표2＞와 같이 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 산출한 세액 OOO원에 대하여 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 적용을 신청하였다

＜표2＞ 청구인의 당초 양도소득세 이월과세 신청내역

(단위 : ㎡, 원)

청구인은 쟁점부동산과 함께 양도한 쟁점영업권에 대하여 당초 기타소득으로 보아 기타소득 총수입금액을 OOO원으로 하여 2020년 귀속 종합소득세를 신고(2021.6.22.)하였으나, 이후 이를 양도소득으로 보아 영업권 평가액 OOO원을 양도가액으로 하여 쟁점부동산의 양도소득과 합산하여 산출세액(이월과세액)을 재계산하였고, 그에 따라 2023.7.27. 양도소득세 이월과세 적용 신청서를 수정하여 제출하였다.

＜표3＞ 청구인의 양도소득세 이월과세 수정내역

(단위 : ㎡, 원)

(3) 처분청이 제출한 조사종결 보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(4) 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역

(단위 : 천원, %)

(5) 청구인이 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 처분청의 세무조사결과통지서에 따르면, 조사한 내용은 “양도소득세 조사결과에 따라 기타소득으로 신고한 영업권(평가기준일 2020.9.24. 평가금액 OOO원) 양도소득으로 경정하고, 법인 전환 시 법인자본금 OOO원이 소멸하는 사업장 순자산가액 OOO원 미만으로 확인되어 이월과세 요건 부적정하여 양도소득세 경정하여 아래와 같이 통지합니다.”로 기재되어 있다. 또한, 조사 항목별 세부내역은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 조사 항목별 세부내역

(단위 : 원)

(나) 청구인은 2020.9.24. 대출받은 쟁점차입금을 모두 다시 전환법인의 계좌로 입금시켜 채무를 갚는데 사용하였다고 주장하며 A의 재무상태표, 거래처원장, 미수금.미지급금 현황, 2020.9.1.부터 2020.10.31.까지의 전환법인의 계좌 거래내역 등을 제출하였다.

1) 소멸하는 사업장의 재무상태표에 따르면, 2020.9.24. 현재 자산총계는 OOO원, 부채총계는 OOO원, 자본총계는 OOO원이고, 유동자산은 현금 OOO원, 외상매출금 OOO원이며, 유동부채는 외상매입금 OOO원과 단기차입금 OOO원인 것으로 나타난다.

2) 단기차입금 거래처 원장은 다음과 같다.

ㅇㅇㅇ

3) 외상매입금 거래처 원장은 다음과 같다.

ㅇㅇㅇ

4) 청구인은 법인전환 이후 쟁점차입금을 아래 ＜표6＞과 같이 소멸하는 사업장 관련 세금 및 4대보험료를 납부하는 데에 사용하였다고 주장한다.

＜표6＞ 소멸하는 사업장 관련 지출내역

(단위 : 원)

5) 전환법인 명의의 예금계좌(B, 91491001096***) 거래내역에 따르면, 청구인이 2020.9.27. OOO원, 2020.9.28. OOO원, 2020.10.8. OOO원 및 OOO원, 합계 OOO원(4건)을 전환법인 명의의 계좌로 입금한 것으로 나타나며, 청구인은 해당 거래내역이 쟁점차입금을 전환법인 계좌로 입금한 것이라고 주장한다.

또한, 전환법인이 2020.9.28. 수취인 함○민에게 OOO원을 이체하는 등 다수의 수취인에게 출금.이체한 내역이 나타나는바, 청구인은 해당 거래내역이 쟁점차입금을 미지급금 등을 변제하는데 사용한 내역이라고 주장한다.

＜표7＞ 전환법인 명의 예금계좌 거래내역

ㅇㅇㅇ

(6) 처분청이 제출한 2020.9.24.부터 2020.12.31.까지의 청구인 명의의 B 예금계좌(91491000493***) 거래내역에 따르면, 2020.9.24. 대출실행으로 OOO원이 입금된 것으로 나타나고, 2020.10.8. 내용이 “전환법인”으로 기재된 OOO원과 OOO원의 지급내역이 나타나며, 그 내용은 다음과 같다.

＜표8＞ 청구인 명의 예금계좌 거래내역

ㅇㅇㅇ

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점차입금이 소멸하는 사업장의 사업과 관련하여 사용되었으므로 업무와 무관하다고 보기 어렵고, 법인전환에 따른 사업의 동일성.동질성이 유지되고 있으므로 양도소득세 이월과세가 적용되어야 한다고 주장한다.

(나)

「조세특례제한법」제32조

, 같은 법 시행령 제28조 제1항 및 제29조 제5항은 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 포괄적 사업양수도에 따라 법인으로 전환하는 경우, 새로 설립되는 법인의 자본금이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우 그 사업용 고정자산에 대하여는 양도소득세 이월과세를 적용한다고 규정하고 있는바, 자본금이 순자산가액 이상일 것을 요구하는 법의 취지는 이와 같이 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것으로 평가되기 위해서는 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 법인에 그대로 승계되어야 하기 때문이라고 할 것이다(조심 2019부1188, 2020.3.10. 등, 같은 뜻임).

(다) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점포괄양수도일에 고액의 부채(자산 합계액의 34.6%)를 발생시켜 축소된 순자산가액을 바탕으로 자본금을 출자하였는바, 사업의 동일성을 유지하면서 사업을 운영하는 형태만 변경한 것으로 인정하기 어려운 점, 청구인은 쟁점차입금이 전환법인에게 이전된 후, 소멸하는 사업장의 사업과 관련하여 지출되었다고 주장하나, 청구인이 제시한 소멸하는 사업장 관련 지출내역의 합계 OOO원에는 소멸하는 사업장과 관련된 비용이 아닌 청구인 개인이 부담하여야 할 비용이 상당부분 포함되어 있을 뿐만 아니라, 해당 비용이 쟁점차입금에서 지급되었다고 단정하기 어렵고, 청구인 역시 이를 입증할 수 있는 명확한 근거를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(8) 쟁점②는 쟁점①이 기각되어 심리의 실익이 없으므로, 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.