조심2009지0497 (2010.05.24)

1. 처분청이 2008.7.10. 청구법인에게 한 등록세 665,931,780원, 지방교육세 122,686,430원, 합계 836,631,710원(가산세 포함)의 부과처분에 대한 심판청구는 각하한다.

1. 처분 개요 가. 1995.10.20. 상호를 (주)OOO로, 본점 소재지를 OOO 16-2로, 목적사업을 소프트웨어 개발 및 판매 등으로 하여 설립된 청구법인은 이후 사업을 영위하던 중 2002.12.3. 해산등기를 하였다가 2003.7.8. 회사계속등기를 하고, 2003.7.31. 목적사업을 부동산 임대업 등으로, 2003.8.12. 상호를 (주)OOO으로, 본점 소재지를 OOO 4층으로 변경하는 등기를 한 후 2003.12.3. OOO 563-30 외 3필지 토지 688.2㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 630.92㎡(이하 “종전 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “종전 부동산”이라 한다)를 취득한 다음 같은 날 그 취득가액 6,650,000,000원을 과세표준으로 하고 구 「지방세법」(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 133,000,000원, 농어촌특별세 13,300,000원, 등록세 199,500,000원, 지방교육세 39,900,000원, 합계 385,700,000원을 신고납부하였고, 2005.10.28. 이 건 토지상에 건축물 5,544.05㎡(옥탑면적 32㎡ 제외, 지하 4층·지상 13층, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한 후 2005.11.3. 그 취득가액 7,585,181,473원을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 151,703,620원, 농어촌특별세 15,170,360원, 등록세 60,681,450원, 지방교육세 12,136,290원, 합계 239,691,720원을, 이 건 건축물 1201호 373.29㎡(공용면적 포함, 이하 “쟁점 건축물”이라 한다) 중 88.51㎡(공용면적 포함, 이하 “본점용 건축물”이라 한다)에 대하여는 이 건 건축물 취득가액을 해당 면적비율로 안분계산한 금액 122,773,930원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고한 세액을 차감한 취득세 4,910,950원, 농어촌특별세 491,090원, 합계 5,402,040원을, 쟁점 건축물의 부속토지인 46.1㎡(이하 “쟁점 토지”라 하고, 쟁점 건축물을 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다) 중 본점용 건축물의 부속토지에 해당하는 11.6㎡(이하 “본점용 건축물의 부속토지”라 하고, 본점용 건축물을 포함하여 이하 “본점용 부동산”이라 한다)에 대하여는 종전 부동산 취득가액을 해당 면적비율로 안분계산한 금액 107,637,060원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 4,305,480원, 농어촌특별세 430,540원, 합계 4,736,020원을 각각 신고하고 납부하였다. 나. 그 후 처분청은 2008.1.8. 세무조사 결과 청구법인이 이 건 토지 및 건축물에 대한 취득가액 일부(건설자금이자)를 누락한 사실과 쟁점 부동산에서 이미 신고납부한 본점용 부동산과 실제 임대하고 있는 부분(건축물 16.5㎡, 부속토지 2.06㎡, 이하 “실제 임대 부동산”이라 한다) 외의 본점용 부동산(건축물 268.28㎡-공용면적 포함, 부속토지 32.44㎡, 이하 “신고납부분 외의 본점용 부동산”이라 한다)에 대한 중과분 취득세를 신고납부하지 아니한 사실 및 종전 부동산과 이 건 건축물에 대한 등기가 등록세 중과대상인 대도시내 법인이 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당된다고 판단하여 각각의 취득가액에서 해당 부분에 대하여 안분계산한 금액(합계 1,353,295,521원)을 과세표준으로 하고 구 「지방세법」 제112조 제1항과 제3항, 「지방세법」 제112조 제1항과 제3항 및 제131조 제1항과 제3항의 세율을 각각 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 44,700,630원, 농어촌특별세 3,312,870원, 등록세 665,931,780원, 지방교육세 122,686,430원, 합계 836,631,710원(가산세 포함)을 2008.7.10. 청구법인에게 부과고지하였다(상세 과세내역 아래 <표> 참조). <표> 과세내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.30. OOO에게 이의신청을 하고, 2009.1.12. 기각결정통보를 받은 후 2009.4.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 1995.10.20. 소프트웨어 개발 및 판매업을 목적사업으로 하여 설립한 이래 동 사업을 영위하다가 2002.11.20. 주주총회 결의로 해산하였으나 2003.7.4. 회사계속등기를 한 적이 있고, 그 후 2003.7.31. 설립 목적을 소프트웨어 개발 및 판매업에서 부동산 임대업 등으로 변경한 다음 2004.9.2. 임대사업을 위해 당시 신축 중에 있던 이 건 부동산으로 본점 소재지를 이전하여 현재까지 부동산 임대업을 영위하고 있는바, 첫째, 처분청은 쟁점 부동산 중 이미 신고납부한 본점용 부동산과 실제 임대 부동산을 제외한 신고납부분 외의 본점용 부동산을 청구법인이 본점 사무실로 사용하였다고 보아 취득세를 중과하였는데, 신고납부분 외의 본점용 부동산 중 일정 부분(건축물 221.59㎡, 부속토지 27.30㎡, 이하 “임대용 부동산”이라 한다)은 타인에게 임대하기 위해 공실로 남겨둔 상태에 있었는데, 이러한 사실은 위 면적 중 일부가 실제로 임대된 점, 상근 직원이 3명에 불과하다는 점 등에 비추어 명백하다 하겠으므로 청구법인이 이를 본점 사무실로 사용하였다고 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다. 둘째, 이 건 부동산 취득과 관련하여 발생한 건설자금이자를 영업외 비용으로 회계처리하였음에도 취득비용으로 보아 이 부분에 대하여 취득세 등을 추징하였는데, 법인장부상 자산계정이 아닌 영업외 비용으로 처리한 건설자금이자는 2006.1.23. 이후에 발생한 것만 취득비용에 포함하여야 할 것임에도OOO 그 이전에 발생한 건설자금이자를 이 건 토지 및 건축물 취득에 소요된 비용으로 보아 취득세 등을 과세한 것은 부당하며, 설사 영업외 비용으로 처리한 건설자금이자를 취득비용으로 본다 하더라도 이 건 토지 취득과 관련된 건설자금이자는 취득 이후에 발생한 것이므로 취득비용에서 제외되어야 할 것이다. 셋째, 회사계속등기일인 2003.7.8. 사실상 법인을 새로 설립하였다고 보아 그로부터 5년 이내인 2005.11.28. 이루어진 이 건 건축물에 대한 등기에 대하여 등록세를 중과하였는데, 주식회사의 설립은 기본적으로 설립행위와 설립등기를 필요로 하고 그 설립등기를 마침으로써 성립하며, 이로써 회사로서의 법인격을 취득하는 것이고, 이러한 법인이 영업활동을 하지 아니하였다 하더라도 이에 대하여 법률에 아무런 규정이 없으므로 당해 법인격 자체가 소멸되지 아니하는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 폐업한 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 그 활동시기에 새로이 법인이 설립되었거나 본점을 사실상 새로이 설립하였다고 볼 수는 없어 청구법인이 설립등기를 마친 후 폐업상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일인 1995.10.20.을 기준으로 부동산등기에 대한 등록세 중과여부를 판단하여야 하겠고, 그렇다면 당초 설립등기일부터 5년이 경과한 2005.11.28. 이루어진 이 건 건축물 취득등기에 대한 등록세 중과처분은 부당하다 할 것이어서 이 건 취득세 등의 부과처분은 경정되어야 한다. 나. 처분청 의견 구 「지방세법」 제112조 제3항, 제138조 제1항, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항, 제84조의2 제3항을 종합하여 볼 때, 대도시내 법인이 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산은 취득세 중과대상으로, 법인이 건설자금이자로 계상한 비용은 그 계상일자와 관계없이 취득세 과세표준에 포함하는 것으로, 실제로 법인을 설립하는 대신에 해산 법인을 인수하여 상호, 목적사업, 대표자 등 일체를 변경한 경우는 그 회사계속 등기일을 실제적인 법인설립으로 보아야 하고 그 날로부터 5년 내에 취득한 부동산등기는 등록세 중과대상으로 보아야 할 것으로, 첫째, 청구법인은 2005.10.28. 이 건 토지상에 이 건 건축물을 신축 취득하고 쟁점 건축물 중 실제 임대 부동산을 제외한 부분을 본점 사무실로 직접 사용하였다는 사실이 확인되고 있는 반면, 임대용 부동산이 공실상태에 있었다고 인정할만한 객관적인 증빙자료가 없으므로 이를 본점 사무실로 사용하지 아니하였다는 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다 하겠고, 둘째, 청구법인은 이 건 토지를 취득하는 과정에서 발생한 건설자금이자 120,000,000원을 당초 이 건 토지계정에 기장하였다가 그 후 취득신고를 하면서 이를 차감하였는바, 건설자금이자는 구 「지방세법 시행령」 제82조의3 제1항의 규정에 의해 그 이자의 발생일자와 관계없이 취득비용으로 보아야 할 것이며, 셋째, 해산법인을 인수하여 회사계속등기를 경우 그 계속등기일을 새로운 회사설립일로 보아야 하겠으므로 청구법인의 회사계속등기일인 2003.7.8.로부터 5년 내인 2005.11.28. 이루어진 이 건 건축물 취득등기는 등록세 중과대상이라 할 것이어서 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 청구법인이 주장하는 임대용 부동산을 공실상태의 임대용 부동산으로 보아 본점용 부동산에서 제외할 수 있는지 여부 (2) 법인장부상 영업외 비용으로 회계처리한 건설자금이자를 부동산 취득비용에 포함하는 것이 적법한지 여부 (3) 휴면상태에 있던 대도시내 설립 후 5년 경과 법인이 회사계속등기일부터 5년 이내에 취득한 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다. 1.·2. (생 략) ⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다. 3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 ⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제112조【세율】① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다. ③ 「수도권정비계획법」 제6조 의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 2003년 12월 31일까지 취득하는 사업용 과세물건(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 과세물건에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 제112조의2【세율적용】① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우에는 당해 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다. 다만, 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업의 공장 신설용 또는 증설용 부동산(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 부동산에 한한다)이 된 때에는 그러하지 아니하다. 2. 제112조 제3항 본문의 규정에 의한 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다) 제130조【과세표준】① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각 호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. ③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다. ⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 (2) 기타 부동산가액의 1,000분의 30 제138조【대도시 지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 ③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다. (2) 구 지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제111조 제5항 각 호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다. 2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 제82조의3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 제84조의2【본점 또는 주사무소의 사업용 부동산】③ 법 제112조 제3항에서 “대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다. 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. (3) 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된 것) 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 (2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 4. 소유권의 보존 부동산가액의 1,000분의 8 (4) 지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정된 것) 제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제111조 제5항 각 호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 ④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」 제41조 의 규정에 의한 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조 의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. (5) 기업회계기준서 제7호 3. 이 기준서에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (가) “금융비용”은 자금의 차입과 관련하여 발생하는 이자비용과 기타 이와 유사한 비용을 말한다. (나) “자본화 대상자산”은 유형자산, 무형자산 및 투자자산과 제조, 매입, 건설, 또는 개발(이하 “취득”이라 한다)이 개시된 날로부터 의도된 용도로 사용하거나 판매할 수 있는 상태가 될 때까지 1년 이상의 기간이 소요되는 재고자산을 말한다. 비유동자산에 대한 자본적 지출이 있는 경우에는 이를 포함한다. 6. 금융비용은 기간비용으로 처리함을 원칙으로 한다. 다만, 자본화대상자산의 취득을 위한 자금에 차입금이 포함된다면 이러한 차입금에 대한 금융비용은 자본화 대상자산의 취득에 소요되는 비용으로 볼 수 있다. 자본화 대상자산의 취득과 관련된 금융비용은 그 자산을 취득하지 아니하였다면 부담하지 않을 수 있었던 비용이기 때문에 자본화 대상자산의 취득원가를 구성하며, 그 금액을 객관적으로 측정할 수 있는 경우에는 해당 자산의 취득원가에 산입할 수 있다. 금융비용을 자본화하는 경우의 회계처리는 문단7 내지 24까지의 규정에 따른다. 17. 자본화기간의 개시시점은 (가) 자본화 대상자산에 대한 지출이 있었고, (나) 금융비용이 발생하였으며, (다) 자본화 대상자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매하기 위한 취득활동이 진행 중이라는 조건이 모두 충족되는 시점으로 한다. 여기에는 물리적인 제작 뿐만 아니라 그 이전단계에서 이루어진 행정, 기술상의 활동도 포함한다. 예를 들면, 설계활동, 각종 인허가를 얻기 위한 활동 등을 들 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 1995.10.20. 상호를 (주)OOO로, 본점 소재지를 OOO 16-2로, 목적사업을 소프트웨어 개발 및 판매 등으로 하여 설립등기절치를 완료한 후 당해 사업을 영위하다가 2002.12.3. 해산등기를 하였다가 2003.7.8. 회사계속등기를 하였고, 그 후 2003.7.31. 목적사업을 부동산 임대업 등으로, 2003.8.12. 상호를 (주)OOO으로, 본점 소재지를 OOO 4층으로 변경하는 등기를 하였다. (2) 청구법인은 2003.12.3. 종전 부동산을 취득하고 이에 관하여 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하였고, 2004.4.21. 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받아 2004.5.20.부터 공사를 진행하여 2005.10.28. 처분청으로부터 이 건 건축물 사용승인을 받았다. (3) 2005.11.3. 청구법인은 이 건 건축물에 대한 취득신고를 하면서 당시 본점용 건축물을 본점 사무실로 사용할 예정으로 신고하였으나, 그 후 처분청 세무조사 과정에서 2005.10.25.부터 2006.1.31.까지 쟁점 건축물 중 실제 임대 부동산을 제외한 345.65㎡를 본점 사무실로 사용하였다는 자료를 제출하였다. (4) 청구법인은 이 건 토지 취득에 따른 취득신고를 하면서 그 취득가액을 6,650,000,000원으로 하였으나, 법인장부(이 건 토지계정)에는 6,662,000,000원으로 계상하였다. (5) 청구법인이 제출한 부동산임대차계약서에는 2005.12.1.이 계약체결일로, 임차인은 (주)OOO로, 임대면적은 쟁점 건축물 중 66.12㎡로, 임대기간은 2005.12.1.부터 2010.12.31.까지로, 임대보증금은 9,000,000원으로 되어 있는 반면, 별도의 계약서에는 (주)OOO이 2006.1.1. 이 건 건축물 13층 16.529㎡를 2006.1.1.부터 2010.12.31.까지 임대보증금 6,750,000원에 월 임대료 등으로 319,917원(부가가치세 제외)을 지급하는 내용으로 임대차계약을 체결한 것으로 되어 있고, 한편 청구법인의 2005년 2기 부동산임대공급가액명세서에는 이 건 건축물 1201호에 대한 임대차내용이 기재되어 있지 아니하고, 2006년 1기 부동산임대공급가액명세서에는 2006.2.1. (주)OOO가 입주한 것으로, (주)OOO은 2006.1.1. 이 건 건축물 1301호에 입주한 것으로 기재되어 있다. (6) 청구법인에 대한 회계법인의 감사보고서를 보면, 청구법인은 2003회계년도(2003.7.1.～2004.6.30.)에는 단기차입금으로 2,433,571,000원을, 장기차입금으로 7,119,437,000원을 차입하였고, 2004회계년도에는 단기차입금으로 1,167,198,000원을, 장기차입금으로 10,372,083,000원을 차입하였으며, 2005회계년도에는 단기차입금으로 2,768,281,000원을, 장기차입금으로 10,083,150,000원을 차입한 것으로 나타나고 있는데 단기차입금은 OOO으로부터, 장기차입금은 OOO과 OOO로부터 차입한 것으로 나타나고 있다. (7) 청구법인은 처분청 세무조사 과정에서 장기차입금(외화)에 대한 이자지급 내역에 대한 자료를 제출하였는데, 2004.3.3.에 19,866,345원을, 2004.6.3.에 19,793,421원을, 2004.9.3.에 19,629,117원을, 2004.12.2.에 18,881,905원을, 2005.3.3.에 17,613,824원을, 2005.6.3.에 17,513,029원을, 2005.9.5.에 17,542,037원을, 2005.11.24.에 17,157,785원을 지급한 것으로 되어 있다. (8) 구 「지방세법」 제112조 제3항에서 대도시내에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과한다고 하면서, 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우에 한한다(부속토지 포함)고 규정하고 있는바, 취득세 중과대상이 되는 대도시내 본점 사업용 부동산인지 여부는 법인의 본점으로서 기능을 수행하는 장소로 사용되는지 여부를 기준으로 판단하여야 할 것으로, 임대용 부동산의 경우 청구법인의 2005년 2기 부동산임대공급가액명세서에 임대용 부동산에 대한 임대차내용이 기재되어 있지 아니하고, 더구나 2006년 1기 부동산임대공급가액명세서에 (주)OOO는 2006.2.1. 입주한 것으로 되어 있는 점, 2006.1.1. 작성된 부동산임대차계약서에 (주)OOO은 이 건 건축물 1301호 중 16.529㎡를 2006.1.1.부터 임차하는 것으로 되어 있고, 2006년 1기 부동산임대공급가액명세서에도 (주)OOO은 2006.1.1. 임대용 부동산이 아닌 13층 1301호에 입주한 것으로 되어 있는 점, 청구법인은 세무조사과정에서 2005.10.25.부터 2006.1.31.까지 쟁점 부동산 중 실제 임대 부동산을 제외한 345.65㎡를 본점 사무실로 사용하였다고 하면서 이에 관한 자료를 제출한 점 등으로 미루어 보면, 청구법인은 2006.2.1. 본점을 이 건 건축물 1301호로 이전하기 전까지 이를 본점 사무실로 사용하였다고 봄이 타당하다 하겠고, 둘째, 청구법인이 이 건 토지 취득과 관련된 건설자금이자라고 주장하는 12,000,000원의 경우 청구법인은 토지계정에 이를 취득비용으로 기장하고 있는 반면, 이를 토지 취득과 관련된 차입금 이자로 볼 수 있는 자료가 없어 위 금액은 이 건 토지 취득에 소요된 비용으로 보아야 할 것이며, 설사 위 금액이 이 건 토지 취득과 관련된 차입금 이자이고 토지 취득 이후에 발생된 차입금 이자로 인정하여 이를 토지 취득비용에 포함한 것은 잘못이 있다고 인정한다 하더라도 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 그 지상의 종전 건축물을 철거하고 이 건 건축물을 신축하였는데, 토지를 취득한 후 그 지상에 건축물을 신축하는 행위는 단일사업으로서 일련의 건축과정에 있다 하겠으므로 당해 사업 시작시점 부터 일련의 건축물 신축공사가 완료된 시점까지 당해 차입금의 효용이 유지되고 있다고 보아야 할 것이어서 토지 취득행위와 건축물 신축행위를 각각 분리하여 건설 자금이자를 계산하는 것은 타당하지 아니하여 이 건 토지 취득 이후에 발생한 차입금 이자라 하더라도 이 건 건축물 취득 시점까지 발생한 차입금 이자는 모두 건설자금이자로 보아 이 건 건축물 신축에 소요된 비용에 포함하여야 할 것이므로OOO 이에 관하여는 다툴 실익이 없다 하겠고, 한편, 「지방세법 시행령」 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 건설자금에 충당한 금액의 이자를 취득에 소요된 비용을 포함하도록 규정하고 있고, 기업회계기준서에서는 금융비용은 원칙적으로 기간비용으로 하되 자본화대상자산(유형자산, 무형자산 및 투자자산과 제조, 매입, 건설, 또는 개발이 개시된 날로부터 의도된 용도로 사용하거나 판매할 수 있는 상태가 될 때까지 1년 이상의 기간이 소요되는 재고자산)의 취득과 관련된 차입금으로 인한 발생한 금융비용은 자본화할 수 있도록 하고 있어 취득과 관련하여 차입한 금전의 이자를 모두 기간비용으로 회계처리하였다 하더라도 기업회계기준에 따라 건설자금의 이자로 계상한 금액만 과세표준에 포함된다고 한정할 수는 없다 할 것이어서 회계처리방법의 차이에 상관없이 건설자금의 이자가 있는 경우에는 이를 취득세 등의 과세표준에 포함하도록 해석하는 것이 타당하다 할 것으로, 처분청이 이 건 건축물 취득과 관련된 비용으로 판단한 147,997,463원의 경우 외화장기차입금에 대하여 2004.3.3.부터 2005.11.24.까지 지급한 이자분으로, 법인장부상 이 건 건축물 신축과 관련된 특정차입금에 해당하는 금액인지가 명확하지 아니하지만 처분청 세무조사 과정에서 청구법인 스스로 이를 이 건 건축물 신축에 소요된 비용으로 인정하여 처분청에 관련 자료를 제출한 사실로 볼 때, 위 금액은 이 건 건축물 취득과 관련된 차입금에 대한 이자로서 이 건 건축물 취득에 소요된 비용으로 봄이 타당하다 하겠다. 셋째, 이 건 부동산에 대한 등록세 중과세부분의 경우 「지방세법」 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 처분청은 2008.9.10. 청구법인에게 등록세 665,931,780원, 지방교육세 122,686,430원, 합계 788,608,120원(가산세 포함)을 부과고지하였다가 2009.7.13. 이를 직권으로 부과취소한 사실이 관계증빙자료에 의하여 확인되고 있으므로 이 부분에 대한 심판청구는 본안 심리대상이 될 수 없다 하겠다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 부적법한 청구이거나 이유없으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.