조심 2017서1239 (2019.01.23)

OOO세무서장이 2016.12.19. 청구법인에게 한 법인세 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원, 2013사업연도(배당원천세) OOO원(합계 OOO원)의 부과처분은 2013사업연도 배당원천세 OOO원을 취소하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)는 2009.12. 30. 주택사업부문을 물적분할(이하 “쟁점분할”이라 한다)하여 청구법인을 설립하면서 청구법인의 지분 100%를 취득하였으며, 청구법인은 모회사인 OOO으로부터 분할대상 주택사업부문의 자산과 부채를 포괄승계하면서 5년 공공임대주택 13,346세대(이하 “쟁점승계주택”이라 한다)를「임대주택법」의 ‘표준건축비’를 기준으로 산정한 분양전환가격으로 평가하고 OOO원에 승계하여 이를 기준으로 감가상각비를 손금에 산입하고 분양전환에 따른 차익을 익금산입하여 법인세를 신고하였다.

나. 청구법인은 완전모법인인 OOO의 주주 OOO과 OOO(OOO의 자, OOO과 OOO을 이하 “쟁점주주”라 한다)이 보유하던 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 주식 전부(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2013.11.11. 취득하고 2013.12.31.을 합병기일로 하여 OOO을 흡수합병하였으며, 이에 쟁점주주는 청구법인에게 매도한 쟁점주식의 양도를 손익거래(양도소득세 과세대상)로 보아 20%의 세율을 적용하여 2014.2.28. 양도소득세 OOO원(주식회사 OOO 양도분 포함)을 신고.납부하였다.

다. 처분청은 2016.10.17.부터 2016.11.30.까지의 기간동안 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점승계주택의 시가는 실제건축비를 적용한 OOO원임에도 청구법인이 표준건축비를 적용한 OOO원으로 승계함으로서 쟁점승계주택을 OOO원 만큼 과다하게 계상한 사실을 확인하고, 대법원 판결(2011.4.21. 선고 2009다97079 전원합의체 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)에 따라 쟁점승계주택에 대한 취득가액 시가 산정시 표준건축비가 아닌 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 시가를 산정하여 양도차익을 계산하여야 한다고 보아 분할 이후 2011년부터 2015년까지 분양전환된 주택의 과소계상한 분양차익 OOO원을 익금에 산입하고, 미분양분의 감가상각비 과대계상액 OOO원을 손금불산입하고, 쟁점주식 거래의 실질이 손익거래가 아닌 합병을 위한 일련의 자본거래(의제배당 과세대상)임에도 쟁점주주가 부담하게 될 의제배당에 대한 소득세율(최고세율 38%)의 적용을 회피할 목적으로 청구법인이 쟁점주주로부터 쟁점주식을 양수한 것처럼 가장한 것으로 보아, 이OOO에게 귀속되는 주식회사 OOO 주식의 의제배당 OOO원과 OOO 주식의 의제배당 OOO원에 대하여 종합소득세 OOO원을 경정.고지하는 한편, 원천징수의무자인 청구법인에게 OOO의 의제배당에 따른 원천세를 경정하는 등 2016.12.19. 청구법인에게 법인세 2013사업연도분 OOO원, 2013사업연도분(배당원천세) OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 합계 OOO원을 경정.고지(이하 “이 건 과세처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점분할 당시에 표준건축비를 기초로 산정한 분양전환가격은 「법인세법」상 시가의 정의에 부합한다.

(가) 「법인세법」상 ‘시가’는 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로서(

「법인세법」 제52조

제2항), 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우는 그 가격을 의미하는바(

「법인세법 시행령」 제89조

제1항), 시가는 거래당시를 기준으로 그 적정성을 판단하여야 한다(대법원 2012.4.6. 선고 2010두26988 판결 외 다수, 같은 뜻임).

(나) 쟁점분할 당시(2009.12.30.) 분양전환가격 산정의 기초가 되는 건축비를 실제건축비로 적용하여야 한다는 쟁점판결은 존재하지 않았고, 청구법인은 “「임대주택법」에 따른 분양전환가격은 시가에 해당하여 부당행위계산의 부인대상에 해당하지 않는다”는 국세청의 사전답변 내용(법규법인-508, 2009.11.19.)과 “분양전환가격의 산정 기초가 되는 건축비는 최초 입주자모집 시점의 표준건축비를 말한다”는 국토해양부의 유권해석(임대주택관리과-957, 2008.10.15.)에 따라 쟁점분할 당시에 표준건축비를 적용한 분양전환가격을 기준으로 쟁점승계주택의 취득가액을 산정하였다. (다) 쟁점분할 전 청구법인을 포함한 민간임대주택 건설사업자의 5년 공공임대주택의 분양전환가격은 표준건축비를 적용하여 산정한 가격으로 입주자모집공고 시점과 분양전환 시점에 관할 지방자치단체(행정청)의 승인을 받아왔고, 그 승인받은 가격으로 불특정 다수의 수분양자들과 분양전환계약을 체결하고 지속적으로 거래하여 왔던바, 표준건축비를 적용하여 산정된 분양전환가격은 쟁점분할 당시 제3자간 일반적으로 거래되던 가격이다.

(라) 구 「임대주택법 시행규칙」 별표1에서 분양전환가격 산정시의 건축비는 ‘최초 입주자 모집 당시의 건축비’를 적용하도록 규정하고 있는바, ‘선모집, 후입주’ 방식의 임대주택 건설에 있어서 최초 입주자 모집 당시에는 현실적으로 실제건축비가 존재할 수 없는 것으로서, 이러한 실무현황을 반영하여 건축비를 ‘최초 입주자 모집 공고 당시의 건축비’로 적용하고, 입주자 모집 당시 공고한 건축비를 그대로 사용하도록 규정을 개정(2014.7.6.)함으로써 표준건축비를 적용하도록 함을 명확히 한 것이다.

(마) 쟁점분할 후 대법원의 쟁점판결은 임대사업자와 수분양자 사이에서 수분양자의 재산권 보호목적으로 분양전환가격의 산정기준을 해석한 것인 점, 위 판결의 피고인 OOO(이하 “OOO”라 한다)는 청구법인과 달리 「임대주택법」상 분양전환가격에 대한 지방자치단체의 승인을 받는 사업자에 해당하지 않는 점, 위 판결에서 특별한 사정이 없는 한 실제건축비를 적용하여야 한다고 판시하였는데, 청구법인의 경우 지방자치단체의 승인을 받아야 하는 특별한 사정이 있다고 할 것인 점 등에 비추어 임대사업자간 거래에서 적용되어야 할 세법상 시가가 무엇인지를 다투는 이 건 쟁점과 위 판결은 엄연히 구분되므로 위 판결의 논지를 청구법인에게 그대로 적용할 수 없다. (바) 처분청은 쟁점판결 및 청구법인의 민사소송 판결을 근거로 분양전환가격 산정시의 건축비는 실제건축비라는 의견이나, 이는 쟁점분할 이후에 선고된 판결로서 시가는 거래 당시에 불특정다수인간에 거래되는 가격으로 판단되어야 하므로 그 후 거래가격을 조정하는 법령이 도입되거나 법원 판결이 선고된다고 하여 시가가 달라질 수 없고, 더구나 쟁점판결은 전원합의체 판결을 통해 기존 분양전환가격에 대한 대법원의 입장을 변경한 것임을 명확히 하고 있으므로 쟁점분할 당시를 기준으로 시가를 판단하여야 하는 청구법인의 경우와 무관한 것이다.

또한, 쟁점판결을 통해 분양전환가격 산정시 표준건축비를 적용함으로써 결국 수분양자들의 재산권이 침해되었다는 점은 수분양자의 부당이득반환에 대한 근거가 될 수 있으나, 이와 별개의 다른 거래에 적용되었던 정당한 취득가격(시가)에는 영향을 줄 수 없다.

(2) 합병 전에 주식을 양도한 거래를 주식을 양도하지 않고 가지고 있다가 합병법인 주식을 교부받은 거래로 재구성하여 의제배당으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

쟁점주주는 합병일 전에 OOO의 지분을 양도하여 합병 당시에는 OOO의 주주가 아니었고 합병대가를 지급받은 사실이 없으므로 의제배당 소득에 관한

「소득세법」제17조

제2항 제4호를 적용하여 과세할 수 없고, 처분청은 실질과세 원칙에 근거하여 기존 주주가 합병법인 주식을 교부받은 것과 동일하다고 판단하고 있으나, 합병 전에 주식을 양도한 거래를 주식을 양도하지 않고 가지고 있다가 합병법인 주식을 교부받은 거래로 재구성하는 것은 허용될 수 없으므로 이미 양도소득세로 신고.납부한 소득을 의제배당으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

(3) 이 건 과세처분은 아래와 같은 이유로「국세기본법」상 신의성실의 원칙에 위배된다.

(가) 청구법인과 동일한 사유 및 방식으로 동일자에 물적분할을 수행한 OOO 및 OOO은 분할이 이루어지기 전「세법해석 사전답변에 관한 사무처리규정」(국세청 훈령 제1732호)에 따른 세법해석 사전답변제도를 통하여 국세청장으로부터 “쟁점승계주택의 시가를 산정하는 방식으로 (구)「임대주택법 시행규칙」 [별표1] 제1호 나목에 따라 산정한 ''''분양전환가격''''을 적용한 경우 별도의「법인세법」상 부당행위에 해당하지 아니하는 것”이라는 회신을 받았고, 국세청 사전답변 신청 전인 2008년 10월 임대주택법의 소관청인 국토해양부장관은 OOO가 임대주택의 분양전환가격을 산정할 때 건설원가를 구성하는 ''''건축비''''를 ‘표준건축비’와 “실제 투입된 건축비” 중 어느 것으로 보아야 하는지를 질의한데 대하여, ''''건축비''''란 “입주자 모집 시점에서 해당년도의 표준건축비”를 기준으로 산정한 건축비를 말하는 것이라고 회신한 바 있다.

(나) 청구법인은 법령사무처리규정에 따라 세법해석 사전답변 대상이 아닌 내용을 국세청에 질의할 수 없었고, 만약 청구법인이 적용 건축비를 질의하였더라도 국세청에서는 임대주택 관련 제도의 주무기관인 국토해양부의 해석을 그대로 원용하여 인정하는 것이 행정법상 타당하다 할 것이다. 그렇다면 이 건 세법해석 사전답변은 ''''임대 중에 있는 공공건설 임대주택에 대하여 임대주택법 시행규칙 [별표1] 제1호 나목에 따른 분양전환가격을 표준건축비 기준을 적용하여 산정하였다면 그 분양전환가격은

「법인세법 시행령」제89조

의 시가에 해당하여

법인세법 제52조

의 규정이 적용되지 않는다''''는 취지를 담고 있는 과세관청의 견해표명이 명백하다.

(다) 처분청은 쟁점분할 이후 쟁점판결에 앞선 동일한 취지의 고등법원 판결이 있었다는 이유로 청구법인이 상기 사전답변에 대한 신뢰를 보호받을 수 없다고 주장하나, 해당 사건은 상고로 인하여 대법원에 계류 중이었던 바, 동 고등법원 판결은 확정판결이 아니므로 납세자에게 동 판결의 내용에 따라 행위 할 것을 기대할 수는 없으며, 청구법인은 해당 사건의 당사자도 아닐 뿐더러, “임대사업자”와 “수분양자”사이에서 발생한 거래를 다투는 사안으로, 명확히 그 거래의 성격이 다른 쟁점승계주택(“임대사업자”와 “임대사업자”간 거래)에 대하여 해당 고등법원 판결의 내용을 적용함은 일반적이고 합리적인 경제인의 판단이라 할 수 없다.

(라) 청구법인이 국세청 사전답변과 국토부 유권해석을 신뢰하여 해당 사업연도에 법인세를 신고.납부한 사실과, 이 건 과세처분이 당시 국토부 유권해석에 반하는 내용으로 이루어져 증액경정처분이 이루어졌으므로 납세자의 재산상의 이익이 침해되었다는 사실에 대하여는 이견이 있을 수 없다.

(4) 처분청은 기존에 인정되어 오던 세법해석 및 관행에 반하는 새로운 해석을 근거로 이 건 과세처분 행위를 한 바, 이는「국세기본법」상 소급과세금지원칙에 위배되는 처분이다.

(가) 쟁점분할 당시 국토부의 유권해석, 대법원의 입장, 관할 지자체의 계속된 승인행위 및 과세관청의 과세행정 실무를 보면, 분양전환가격 산정시에는 표준건축비를 기준으로 한다는 관행이 정립되어 있었다.

첫째, 국토해양부에서 표준건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정함이 타당하다는 유권해석을 하였다는 점은 이미 살펴본 바와 같고,

둘째, 청구법인의 분할 당시 유지되던 대법원 판례는 임대주택법 시행규칙에서 규정하는 분양전환가격 산정방식을 단속규정으로 보아, 관련법에 위배한 분양전환가격으로 분양계약을 체결하더라도 사법상 유효하다는 입장, 즉, 표준건축비를 적용한 분양전환가격을 산정하더라도 사법상 유효하다는 입장을 유지하고 있었으므로(대법원 2004.12.10. 선고 2004다33605 판결), 분양전환가격 산정시 표준건축비를 적용하는 적법한 상관행이 존재하였음을 알 수 있다.

셋째, 공공건설 임대주택 사업자가 공공건설 임대주택을 분양전환 하고자 할 때에는 (구)

「임대주택법」제21조

제3항에 근거하여 관할 행정청인 지자체로부터 쟁점주택에 대한 분양전환 승인 및 분양전환가격의 승인을 받아야 하는데, 쟁점주택을 관할하는 지자체는 국토해양부 유권해석에 따라 표준건축비를 기준으로 산정한 분양전환가격을 승인하여 왔다.

(나) 쟁점판결 이전에는 분양전환가격 산정 시 표준건축비를 기준으로 한다는 관행이 관련 지자체, 국세청 및 대법원에서 명시적, 묵시적으로 성립되어 있었음을 알 수 있고, 이러한 관행은 불특정의 일반납세자에게 이의 없이 받아들여지고 있어 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 만한 경우라고 할 수 있다.

(다) 쟁점판결은 기존에 표준건축비를 적용한 분양전환가격으로 분양계약을 체결하더라도 사법상 유효하다고 판단한 기존 판결을 ''''이 판결의 견해에 배치되는 범위에서 이를 변경하기로 한다''''고 하여, 기존의「임대주택법 시행규칙」에 관한 해석을 번복하였음을 명확히 한 것으로 이 건 과세처분은 대법원의 동 규칙에 관한 새로운 해석을 근거로 동 해석 전에 정당한 관행에 따라 이루어진 거래에 대하여 과세한 것으로서,「국세기본법」에 따른 소급과세금지원칙에 위배되어 허용될 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점분할 당시 쟁점승계주택의 시가는 구 「임대주택법」상 건축비의 상한가격인 ‘표준건축비’가 아니라 청구법인이 투입한 ‘실제건축비’를 기준으로 한 분양전환가격이고, 대법원 역시 ‘표준건축비’를 기준으로 체결된 분양계약을 무효라고 판단하였다.

(가) 구 「임대주택법 시행규칙」 별표1의 공공건설임대주택 분양전환가격의 산정기준에 따르면, 그 기준이 되는 비용은 ‘건축비’ 즉, ‘실제건축비’이지 ‘표준건축비’가 아니다. 청구법인이 주장하는 ‘표준건축비’는 아래와 같이 임대주택의 가격산정의 기준이 되는 ‘건축비’의 상한가격에 불과하다.

OOO

(나) 쟁점판결 역시 분양전환가격 산정에 적용할 건축비는 ‘실제건축비’라고 판단하면서 나아가 분양전환가격 산정에 관한 규정들은 강행법규에 해당하므로 ‘실제건축비’를 적용한 분양전환가격을 초과하여 체결된 분양계약은 강행법규에 위반하여 그 초과하는 범위 내에서 당연 무효라고 판시하였다.

(다) 실제로 청구법인이 표준건축비 기준 분양전환가격으로 행정청의 승인을 받아 분양계약을 체결한 사안에 있어 계약당사자인 수분양자들이 표준건축비 기준 분양전환가격은 과다하게 잘못 산정되었으므로 그에 상당하는 부당이득을 반환해 줄 것을 취지로 민사소송을 제기하였고, 대부분의 하급심에서는 수분양자들이 승소하였던 사실을 알 수 있다(2014년도 중에 18건의 소송이 진행 중이고 선고된 6건 중 실제 5건의 소송에서 청구법인이 패소, 1건은 일부승소, 대법원 확정판결은 나오지 않은 상태임).

따라서 강행법규인「임대주택법」을 위반하여 과다하게 잘못 계산된 분양전환가격은 법에 의하여 무효에 해당될 뿐 아니라 사회통념상 용인될 수 없다 할 것이므로 이를 매매사례가액(시가)으로 인정할 수는 없다.

(라) 청구법인이 강행규정을 위반하여 공공임대주택 공급자라는 우월적 지위에서 일방적으로 정한 가격을 두고 이를 정상적인 거래에 적용되는 가격, 즉, 시가로 볼 수는 없다. 법령이 임의규정 내지 단속규정에 불과한 경우라면 설령 그러한 법령을 위반한 거래행위가 있다 할지라도 거래행위 자체의 유효성이 부정되지는 않고, 과세관청 역시 그 거래행위가 유효함을 전제로 과세처분을 하게 될 것이나, 강행규정에 해당하는 경우에는 그 강행규정을 위반한 행위는 사회 전체의 공공질서에 반하는 것으로 단순히 형사처벌 또는 행정제재에 그치지 않고 그 거래자체가 무효이다. 분양전환과 관련한 규정은 관련 쟁점판결을 통해 비로소 강행법규가 된 것이 아니라 판결을 통해 강행법규임이 확인된 것으로, 판결 이전에 관련 규정을 위반한 행위들 역시 강행법규에 위반하여 무효인 것이다.

(마) 거래 당시를 기준으로 한 시가란 거래 당시 정당하다고 믿은 주관적 가격이 아니라 거래 당시를 기준으로 정당하다고 평가된 객관적 가격을 말한다. 만약, 청구법인의 주장처럼 당사자가 믿은 주관적 가격을 시가라고 한다면 강행법규에 위반하는 거래행위를 하고서도 당사자가 정당하다고 믿었다는 이유로 이를 세법상 수용하게 되어 조세공평의 원칙에 심히 반하는 불합리한 결과가 초래된다.

(2) 조세법률주의 원칙상 법문대로 해석해야 하는 것이므로 이는 청구법인의 정당한 권리라고 할 수도 있을 것이나, 이 과정에서 임대주택법을 위반하여 분양전환가격을 계산하는 방법으로, 쟁점승계주택의 취득가격을 과다하게 계상하여 부당하게 분양차익을 축소 신고한 청구법인의 행위까지 용납되어서는 아니 될 것이다.

(가) 청구법인은 임대주택법을 위반하여 표준건축비 기준 분양전환가격으로 분양.양도한 결과, 실제건축비 기준을 초과한 만큼(이하 “부당이득금”이라 한다)을 수분양자로부터 가득하여 이에 대한 법인세를 납부하였던 것이다. 위와 같은 부당이득금은 위법소득에 해당될 터이지만, 자산순증가설을 채택하고 있는 법인세법상 동 위법소득을 현실적으로 수입한 이상 역시 과세대상(대법원 1994.12.27. 선고 94누5823 판결)이 됨은 당연하다.

(나) 위 부당이득금은 민사소송의 결과로 청구법인이 향후 수분양자들에게 반환하게 되면 법인의 과세소득 계산시 손금에 해당되어 당초 부당이득금에 대해 납부하였던 법인세 상당을 환급받게 될 것이므로 청구법인의 주장과 같이 취득가액과 양도가액 모두 실제건축비 기준 분양전환가격으로 (동일한 기준으로) 귀결될 것이고, 쟁점승계주택에 대해 취득가액을 표준건축비 기준 분양전환가격으로 평가해야 한다는 청구법인의 주장이 받아들여진다면, 향후 민사 소송결과에 의해 분양·양도가액은 실제건축비 기준 분양전환가격(낮은 가격)으로 변경됨에도 불구하고, 취득가액은 표준건축비 기준 분양전환가격(높은 가격)으로 확정되어 청구법인의 분양차익이 과소하게 계상되는 불합리한 결과를 초래하게 될 것이다. 이는 취득가액과 양도가액을 각각 다른 기준을 적용하여 계산하게 되는 것인 만큼, 청구법인이 주장하고 있는 논리(취득가액과 양도가액 모두 동일한 기준이 적용되어야 한다는 논리)와 모순된다.

(다) 법원 판결에 의해 양도가액은 조정이 가능하나, 취득가액은 법원의 확정판결과 무관하게 부과제척기간이 경과할 경우 과세관청으로서는 아무런 경정을 할 수 없으므로, 차후 법원의 확정 판결에 의하여 동 부당이득금의 반환의무가 확정될 때 해당 사업연도의 손금에 산입해주면 되는 것이다. 즉, 처분청의 주장과 같이 쟁점승계주택의 취득가액을 실제건축비 기준 분양전환가격으로 할 경우, 처분청의 처분과는 달리 표준건축비 기준 분양전환가격이 정당하다고 최종 확정 판결이 나더라도(사실상 그와 같이 최종판결 될 가능성은 희박함) 청구법인은 후발적 사유에 따른 경정청구를 통해 부과제척기간이 경과하더라도 구제를 받을 수 있어 청구법인의 권리보호에는 아무런 영향을 미치지 않지만, 청구법인의 주장을 인용하여 표준건축비 기준 분양전환가격을 취득가액으로 할 경우, 향후 실제건축비 기준 분양전환가격이 정당하다고 최종 민사소송 판결이 나오면(사실상 그와 같이 최종판결 될 가능성은 매우 높음) 청구법인은 부당이득금을 반환하고 그 금액만큼 손금산입하여 법인세를 환급받게 되는 반면, 과세관청은 부과제척기간 경과로 과세할 수 없는 상황이 발생하여 세수일실을 초래하게 된다. 결국 국가의 조세수입의 감소를 초래하게 되어 과세관청에게만 불리하게 작용될 소지가 있다.

(3) 아래와 같은 이유로 쟁점주식의 거래를 합병이라는 하나의 거래로 보아 의제배당소득으로 과세한 당초 처분은 적법하다.

(가)

「국세기본법」제14조

는 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 쟁점주식 거래를 보면, 2013.11.8. ‘OOO 지분인수 및 흡수합병 건’을 기획하여 쟁점주주가 최종결재하고, 그 계획에 따라 쟁점주식 양도일(2013.11.11.)로부터 불과 2일 후에 합병계약(2013.11.13.)을 체결하였으며, 쟁점주주가 지배하는 OOO이 1인 주주로서 청구법인의 임시주주총회에서 합병계약을 승인한 뒤 합병등기(2013.12.31.)가 되는 등 특수관계자 간 쟁점주식의 양수도부터 합병까지의 거래가 단기간 내에 이루어져 일련의 거래과정 속에서 하나의 절차로 고려된 것임을 알 수 있다.

(다) 청구법인이 쟁점주주가 상대적으로 낮은 양도소득세 세율(20%)의 혜택을 받을 수 있도록 하기 위해 합병에 앞서 단기간 내에 특수관계자 간에 주식양도라는 우회거래의 형식을 취한 것이며, 쟁점주주가 청구법인으로부터 받은 쟁점주식 매매대금의 실질은 청구법인이 합병시 피합병법인의 주주인 쟁점주주에게 지급한 합병교부금에 해당되어 합병대가로부터 발생하는 의제배당소득으로서 원천징수대상이 되나, 합병직전에 주식양도라는 거래형식을 취함에 따라 청구법인은 합병대가에 대한 원천징수를 회피하여 조세부담이 부당하게 감소되었는바, 이 건을 합병이라는 하나의 거래로 보아 의제배당소득으로 과세한 당초 처분은 적법하다.

(4) 청구법인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 주장하나, 과세관청의 공적 견해표명도 없었고, 청구법인 역시 합리적이고 정당한 기대를 가지지도 못하였다.

(가) 청구법인은 국세청장이 공적견해를 표명한 바 없다는 사실을 자인하면서, 국토부 유권해석을 과세관청의 견해표명이라고 주장하나, 국토부 장관은 국세행정에 대해 독자적으로 견해표명을 할 수 있는 지위에 있지 않으므로 과세관청의 공적 견해표명이 있었다는 요건 자체가 충족되지 않는다.

(나) 대법원은 과세행정에서 신의성실의 원칙이 적용될 수 있는 공적 견해표명의 주체는 책임 있는 세무공무원이어야 한다는 원칙을 분명히 하고 있고(대법원 1997.11.28. 선고 96누11495 판결, 대법원 1997.7.11. 선고 97누553 판결 외 다수), 청구법인은 대법원 판결(2008.6.12. 선고 2008두1115 판결)을 제시하며 신의성실의 원칙을 주장하나, 위 판결은 건설교통부장관의 견해표명이 있었다는 사실만으로 신의성실의 원칙을 적용을 긍정한 것이 아니라, 지방세 부과·징수에 관한 지도·감독 및 질의·회신 등의 업무를 관장하고 있던 내무부장관의 견해표명이 인정된 경우로서 이 사안과는 성격을 크게 달리한다.

(다) 청구법인이 쟁점승계주택을 취득할 당시, 공공임대주택 가격 과다산정 문제가 사회적으로 이슈가 되고 있었고, 관련 대법원 판결의 원심 고등법원 판결이 2009.11.11. 이미 선고된 상황이었음에도 불구하고 청구법인은 2009.12.30. 쟁점분할을 하면서 자신에게 유리한 가격산정방식을 만연히 고수한 것일 뿐, 합리적이고 정당한 기대를 가졌던 것으로 볼 수도 없다.

(5) 청구법인은 이 건 과세처분이 소급과세금지원칙에 위반되어 위법하다고 주장하나, 이 사건은 법원의 판례가 변경된 것에 불과할 뿐이고 과세관청의 세법해석 또는 관행이 변경되는 경우가 아니며, 이 사건에서는 합법성을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 예외적인 상황도 인정되지 않는다.

(가) 소급과세금지원칙은 과세관청의 세법해석 및 국세행정의 관행을 신뢰하고 행위를 한 납세자를 보호하기 위해 과세권의 행사를 제한하는 것일 뿐, 법령에 대해 최종심사권을 가진 대법원의 판례 변경 및 그 적용과는 아무런 관련이 없다.

(나) 대법원은 단순히 재산권이 문제되는 조세소송 뿐만 아니라 심지어 인신에 대한 구속 등 더욱 중한 기본권이 문제되는 형사소송에서도, 피고인에게 불리하게 판례가 변경된 경우, ‘행위 당시의 판례에 의하면 처벌대상이 되지 아니하는 것으로 해석되었던 행위를 판례의 변경에 따라 확인된 내용의 형법 조항에 근거하여 처벌한다고 하여 그것이 헌법상 평등의 원칙과 형벌불소급의 원칙에 반한다고 할 수는 없다’고 판시하였다(대법원 1999.9.17. 선고 97도3349 판결, 대법원 2012.2.23. 선고 2007도9143 판결 참조).

(다) 신의성실의 원칙 내지 비과세관행 존중의 원칙은 합법성을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 예외적인 경우에 적용될 수 있는 것인데, 아래와 같은 두 가지 사실을 고려해 보더라도, 이 사건은 그러한 예외적인 경우에 해당하지 않는다.

첫째, 청구법인은 임대주택법에 따라 공사비의 35%를 지원받고 각종 세제 혜택을 부여받는 공공임대건설사업자 지위에 있었음에도 불구하고, 임대주택법의 취지에 반하여 일방적으로 자신에게 유리하고 수분양자들에게 불리한 ‘표준건축비’ 기준 분양전환가격을 일방적으로 산정한 뒤, 주택임차인들의 이익을 부당하게 취하여 왔다.

둘째, 청구법인이 쟁점승계주택을 ‘시가(실제건축비 기준)’보다 ‘고가(표준건축비 기준)’로 취득함으로써, 당시 법령에 따라 분할법인이 그 차액만큼의 양도차익에 대한 과세를 사실상 면제받는 세법상의 불합리한 결과가 심화되었다.

결국, 청구법인이 ‘시가(실제건축비 기준)’보다 ‘높은 가격(표준건축비 기준)’으로 취득가액을 신고한 것은 공공임대주택의 공급자라는 우월적 지위를 이용하여 가격산정에 관한 강행규정을 위반한 것일 뿐만 아니라 특수관계에 있는 분할법인에게 더욱 큰 세액을 면제받도록 하는 불합리한 결과를 초래하였다는 점에서 청구법인의 주장을 따르는 것이 오히려 정의에 반하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 물적분할 이후 선고된 대법원 판결에 따라 분할 승계한 공공임대주택의 취득원가를 ‘실제건축비’를 기준으로 분양전환가격을 산정하여 과세한 처분의 당부

② 합병 직전에 특수관계법인에게 주식을 양도한 거래가 손익거래(자산거래)에 해당하는지 아니면 주식의 소각 내지 자본의 환급으로 보는 자본거래에 해당하는지 여부

③ 이 건 과세처분이「국세기본법」상 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

④ 이 건 과세처분이「국세기본법」상 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조【부당행위계산의 부인】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다) 을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 일부개정되기 전의 것)

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융기관의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」제38조

내지 제39조의2 및

동법 제61조

내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」제63조

제2항 제1호 및

동법 시행령 제57조

제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월 (증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(3) 국세기본법

제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제47조의5【원천징수납부 등 불성실가산세】① 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항 제2호의 경우에는 징수한 세액)을 세법에 따른 납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(4) 소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제17조【배당소득】① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 의제배당(擬制配當)

② 제1항 제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.

4. 합병으로 소멸한 법인의 주주·사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

제81조【가산세】① 제164조, 제164조의2 또는

「법인세법」제120조

, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 결정세액에 더한다. 다만,

「조세특례제한법」제90조의2

에 따라 가산세가 부과되는 분에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 해당 지급명세서를 그 기한까지 제출하지 아니한 경우: 제출하지 아니한 분의 지급금액의 100분의 1(제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 1천분의 5로 한다)

제127조【원천징수의무】① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

1. 이자소득

2. 배당소득

제164조【지급명세서의 제출】① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는

「법인세법」 제9조

에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와

「부가가치세법」 제8조

제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음 달 말일(4분기에 지급한 근로소득은 다음 과세기간 2월 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

2. 배당소득

(5) 임대주택법

제16조【임대주택의 매각 제한 등】① 임대주택은 다음 각 호의 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다.

③ 제1항에도 불구하고 임대의무기간 이내에 임대사업자 간의 매매 등 매각이 가능한 경우와 매각 요건 및 매각 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조【건설임대주택의 우선 분양전환】③ 제1항 및 제2항에 따라 건설임대주택을 분양전환하고자 하는 경우 임대사업자(국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사를 제외한다)는 국토해양부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수·구청장에게 제출하고, 분양전환에 관한 승인(이하 "분양전환승인"이라 한다)을 신청하여야 한다.

④ 시장·군수·구청장은 분양전환승인 신청을 받은 경우 30일 이내에 승인을 하여야 한다. 이 경우 시장·군수·구청장은 제10항에 따른 대통령령으로 정하는 분양전환가격으로 승인하여야 하며, 이를 조정하거나 변경하여서는 아니 된다.

⑩ 제1항부터 제9항에 따라 건설임대주택을 우선 분양전환하는 경우 분양전환의 방법·절차 및 가격 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 임대주택법 시행령

제13조【임대주택의 임대의무기간 등】② 법 제16조 제3항에 따라 다음 각 호의 경우에는 임대의무기간 이내에 매각할 수 있다.

1. 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고한 후 다른 임대사업자에게 매각하는 경우

⑤ 다음 각 호의 주택을 제외한 공공건설임대주택을 제2항 제2호 또는 제3호에 따라 분양전환하는 경우 그 분양전환가격의 산정 기준은 국토해양부령으로 정한다.

1. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자가 건설한 전용면적 85제곱미터를 초과하는 주택

2. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자가 건설한 전용면적 85제곱미터 이하의 주택으로서 공공택지 외의 지역에 건설한 임대의무기간이 10년인 주택

3. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지주택공사 또는 지방공사가 건설한 전용면적 85제곱미터를 초과하는 주택

(7) 임대주택법 시행규칙

제6조【임대주택의 매각신고】① 영 제13조 제2항 제1호에 따라 임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하려는 임대사업자는 별지 제9호서식의 임대주택 매각신고서에 매매계약서 사본을 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 담당 공무원은

「전자정부법」제21조

제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 임대주택의 등기부 등본을 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 해당서류를 첨부하도록 하여야 한다.

제9조【분양전환가격의 산정 기준】① 영 제13조 제5항에 따른 공공건설임대주택의 분양전환가격의 산정 기준은 별표1과 같다.

별표1[공공건설임대주택 분양전환가격의 산정기준(제9조 관련)] (2014.7.16. 국토교통부령 제113호로 개정되기 전의 것)

1. 분양전환가격의 산정

가. 임대의무기간이 10년인 경우 분양전환가격은 감정평가금액을 초과할 수 없다.

나. 임대의무기간이 5년인 경우 분양전환가격은 건설원가와 감정평가금액을 산술평균한 가액(價額)으로 하되, 임대주택의 건축비 및 택지비를 기준으로 분양전환 당시에 산정한 해당 주택의 가격(이하 "산정가격"이라 한다)에서 임대기간 중의 감가상각비를 뺀 금액을 초과할 수 없다.

2. 항목별 산출방법

가. 건설원가 = 최초 입주자 모집 당시의 주택가격 ＋ 자기자금이자－ 감가상각비

1) 최초 입주자모집당시의 주택가격 : 건축비와 택지비를 기준으로 입주자 모집 승인권자가 산정한다.

2) 자기자금이자 ＝ (최초 입주자 모집 당시의 주택가격－국민주택기금 융자금 － 임대보증금과 임대료의 상호전환 전 임대보증금) × 이자율 × 임대기간

가) 이자율 : 해당 임대주택의 임대시작일과 분양전환 당시 각각의「은행법」에 따른 금융기관으로서 가계자금 대출시장의 점유율이 최상위인 금융기관의 1년 만기 정기예금의 이자율을 산술평균한 이자율

나) 임대기간 : 임대시작일부터 분양전환시작일 전날까지의 기간

3) 감가상각비 : 계산은 임대기간 중

「법인세법 시행령」제26조

에 따른 계산방식에 따른다.

나. 감정평가금액 : 영 제23조 제2항 또는 제5항에 따라 두 곳의 감정평가법인이 평가한 해당 주택의 감정평가금액을 산술평균한 금액으로 한다(이하 생략).

다. 산정가격 = 분양전환 당시의 건축비 ＋ 입주자 모집 공고 당시의 택지비 ＋ 택지비 이자

* 택지비 이자 ＝ 택지비 × 이자율 × 임대기간

라. 건축비 및 택지비 : 임대주택의 가격산정의 기준이 되는 건축비 및 택지비는 다음과 같다.

1) 건축비

가) 건축비의 상한 가격은 국토해양부장관이 따로 고시하는 가격(이하 "표준 건축비"라 한다)으로 한다. 이 경우 건물의 층수는 동별로 해당 동의 최고층을 기준으로 적용한다.(이하 생략)

별표1[공공건설임대주택 분양전환가격의 산정기준(제9조 관련)] (2014.7.16. 국토교통부령 제113호로 개정된 것)

1. 분양전환가격의 산정

가. 임대의무기간이 10년인 경우 분양전환가격은 감정평가금액을 초과할 수 없다.

나. 임대의무기간이 5년인 경우 분양전환가격은 건설원가와 감정평가금액을 산술평균한 가액(價額)으로 하되, 임대주택의 건축비 및 택지비를 기준으로 분양전환 당시에 산정한 해당 주택의 가격(이하 "산정가격"이라 한다)에서 임대기간 중의 감가상각비(최초 입주자 모집 공고 당시의 주택가격을 기준으로 산정한다)를 뺀 금액을 초과할 수 없다.

2. 항목별 산출방법

가. 건설원가 = 최초 입주자 모집 공고 당시의 주택가격 ＋ 자기자금이자 － 감가상각비

1) 최초 입주자 모집 공고 당시의 주택가격 : 건축비와 택지비의 합계액으로 한다.

2) 자기자금이자 ＝(최초 입주자 모집 공고 당시의 주택가격 － 국민주택기금 융자금 － 임대보증금과 임대료의 상호전환 전 임대보증금) × 이자율 × 임대기간

가) 이자율 : 해당 임대주택의 임대시작일과 분양전환 당시 각각의 「은행법」에 따른 은행의 1년 만기 정기예금 평균 이자율을 산술평균한 이자율

나) 임대기간 : 임대시작일부터 분양전환시작일 전날까지의 기간

3) 감가상각비 : 계산은 임대기간 중

「법인세법 시행령」제26조

에 따른 계산방식에 따른다.

나. 감정평가금액 : 법 제21조 제9항에 따라 두 곳의 감정평가법인이 평가한 해당 주택의 감정평가금액을 산술평균한 금액으로 한다.

다. 산정가격 = 분양전환 당시의 표준건축비(국토교통부장관이 고시하는 가격을 말한다. 이하 같다) ＋ 최초 입주자 모집 공고 당시의 택지비 ＋ 택지비 이자

* 택지비 이자 ＝ 택지비 × 이자율 × 임대기간

라. 건축비 및 택지비 : 임대주택의 가격산정의 기준이 되는 건축비 및 택지비는 다음과 같다.

1) 건축비

가) 건축비는 최초 입주자 모집 공고 당시의 건축비로 하되, 그 상한 가격은 표준건축비로 한다. 이 경우 건물의 층수는 동별로 해당 동의 최고층을 기준으로 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인이 분할대상 사업부문의 자산과 부채를 포괄승계하면서 승계한 공공임대주택(쟁점승계주택)의 평가방법과 승계 취득가액은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

OOO

OOO

(라) 청구법인이 평가한 ① 분할승계가액, ② 분할직전 장부금액, ③ 분할양도차익은 아래 ＜표2＞ 와 같으며, 분할법인인 OOO은 쟁점승계주택의 분할양도차익 OOO원을 (구)「법인세법」에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입하여 청구법인이 승계받은 사업을 폐지하거나 주식을 처분할 때까지 사실상 영구적으로 과세이연하고 있다.

OOO

(마) 쟁점승계주택 중 2015.12.31.까지 분양된 세대수는 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO (바) 표준건축비에 기초하여 분할승계가액이 실제건축비에 기초한 가액보다 높게 산정됨에 따라, 분할이후 분양된 쟁점승계주택의 과소계상한 분양차익과 미분양된 쟁점승계주택의 과대계상한 감가상각비는 아래 ＜표4＞와 같다.

OOO (사) 청구법인의 계열법인인 OOO은 2009.10.16. (구)「임대주택법」에 따른 분양전환가격이

「법인세법 시행령」제89조

의 시가에 해당되는지 여부에 대하여 국세청에 사전답변을 신청하였으며, 국세청 법규과는 다음과 같이 회신(법규법인 2009-508호, 2009.11.19.)하였다.

OOO

OOO

(자) 청구법인은 표준건축비를 기준으로 입주자모집공고를 승인받고 분양가격을 산출하였다고 주장하면서 입주자모집공고 승인내역 및 분양가격 산출내역을 제출하였다.

(차) 청구법인은 쟁점분할 전후 모두 표준건축비를 기준으로 분양전환승인 및 분양전환계약을 체결하였다고 주장하면서 분양전환승인서 및 분양전환계약서를 제출하였다.

(카) 한편, 피고인 OOO, OOO, OOO, OOO(청구법인)에 대한 각 임대주택법위반 등에 대한 형사판결〔OOO지방법원 2018.11.13. 선고 2018고합185-1(분리), 361-1(분리, 병합), 특정경제범죄가중처벌에관한법률위반(횡령) 등〕중 사. 실제로 투입된 건축비의 산정요소 및 실제로 투입된 건축비가 표준건축비를 상회하는지에 대한 판결에서 아래와 같이 증거불충분으로 무죄를 선고하였다.

OOO

(타)청구법인은 2009.12.30. OOO의 주택사업부문이 물적분할하여 설립된 OOO의 완전자회사로 토목 및 건축공사업, 주택 및 상가건설업, 부동산임대업 등을 영위하고 있는 내국법인이며, OOO과 OOO은 OOO의 주주이다(2013사업연도말 기준 OOO 91.52%, OOO(OOO의 자) 0.87% 보유).

(파) 쟁점주주가 청구법인에게 쟁점주식을 양도할 때까지 OOO의 지분을 OOO 35%, OOO이 65%를 각 보유하고 있었다.

(하) 청구법인이 2013.11.5. 작성하고 회장 OOO이 2013.11.8. 최종결재한 법인 내부의 기안서류를 보면, 제목이 ‘지분인수 및 흡수합병 건’으로 되어있고 OOO을 합병하는 일련의 과정 속에서 청구법인이 쟁점주주로부터 OOO의 지분을 전부 인수하여 흡수합병하겠다는 계획이 기재되어 있고, 또한 2013.11.8. 작성한 ‘OOO의 OOO 지분인수 및 흡수합병 건’을 보면 ‘1. 지분인수’의 효과란에 ‘일감몰아주기 증여세 감소’라고 기재되어 있다.

(거)청구법인은 2013.11.6. 이사회를 개최하여 ‘OOO주식 인수 및 자회사 편입 건’에 대해 이사회의 승인을 구하였고, 청구법인의 이사회는 만장일치로 승인 가결하였으며 승인내용은 다음과 같다

OOO

(너)상기 이사회의 결의에 따라 2013.11.11. OOO은 쟁점주식 17,500주를 OOO원으로, OOO은 쟁점주식 32,500주를 OOO원으로 하여 청구법인에게 양도하는 ‘양도.양수계약서’를 체결하고 양도하였고, 청구법인은 쟁점주식 양도 후 이틀 뒤인 2013.11.13. OOO을 흡수합병하는 계약을 체결하고, 2013.11.28. 개최한 이사회 및 임시주주총회 결의를 거쳐 2013.12.31.을 합병기일로 하여 합병등기를 하였다.

(더) 2013.11.28. 개최한 임시주주총회에서도 합병목적을 “주식회사 OOO(청구법인)과 OOO은 그룹 지배구조를 개선 및 계열사 구조조정 등을 통한 기업경쟁력 강화를 통한 경영의 효율성을 달성하기 위하여 합병하고자 함.”이라고 밝히고 출석주주 전원의 심의를 거쳐 결의하였다.

(러) 청구법인의 2014 회계연도에 대한「독립된 감사인의 감사보고서」를 보면, 재무제표는 청구법인이 작성한 것으로 되어 있고, 주석 ‘24. 사업결합’에 “(1) 당사는 경영효율성 증대 및 시너지효과 극대화를 위하여 2013년 11월 11일 OOO의 지분 100%를 취득하였으며, 2013년 11월 13일 이사회결의를 통하여 2013년 12월 31일을 합병기일로 하여 OOO을 흡수합병하였습니다.”라고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대,

「법인세법」제41조

제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제72조 제1항 제3호에서 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산은 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 하되, 다만 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하는 점에서 분할에 의하여 취득한 자산은 시가를 우선 적용하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 표준건축비를 기준으로 한 분양전환가격으로 쟁점승계주택을 취득하였으나, 구

「임대주택법 시행규칙」제3조의3

제1항 [별표 1]의 각 규정에 따르면, 표준건축비는 분양전환가격에 반영되는 건축비의 상한가격을 의미하는 것으로서 건축비와는 구별되고, 분양전환가격의 산정기초가 되는 건설원가는 표준건축비가 아닌 건축비를 기준으로 하고 있으며, 대법원도 쟁점판결에서 표준건축비가 아닌 실제건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하여야 한다고 확인하여 판시한 점, 실제건축비를 기준으로 한 분양전환가격이 OOO원임에도 건축비 상한인 표준건축비를 기준으로 한 분양전환가격 OOO원으로 쟁점승계주택을 승계함으로써 그 차액만큼 OOO은 분할양도차익은 과세이연하고, 청구법인은 분할차익 과소계상, 감가상각비 과대계상 등을 통해 과세표준을 과소 신고한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점승계주택을 시가보다 고가로 취득한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,

「소득세법」제17조

제1항 제3호 및 제2항 제4호는 “합병으로 소멸한 법인의 주주·사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액은 의제배당으로서 배당소득으로 한다”고 규정하고 있다. 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 적법ㆍ유효한 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 경우에 그 중 어느 방식을 취할 것인가는 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그 중 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 하며, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963, 같은 뜻임)인바, 실질과세원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 규정이 있어야 하고, 또한, 과세관청으로서는 명백하고 구체적인 과세근거를 제시하여야 할 것인 점(조심 2009서3639, 2010.10.5., 같은 뜻임), 처분청은 이 건에 대하여 실질과세원칙을 적용하여야 한다는 의견이나, 구체적인 사건에서 합병에 따른 의제배당 과세범위를 확대할 필요가 있다 하더라도 이는 관련 법령 등을 통해 입법적으로 해결할 문제로 보이고 그 해석을 통하여 해결할 것은 아니라고 할 것인 점, 쟁점주주는 합병일 전에 OOO의 지분을 양도하여 합병 당시에는 OOO의 주주가 아니었고 합병대가를 지급받은 사실이 없는 점 등에 비추어 주식양도거래를 재구성하여 의제배당으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건(대법원 1988.3.8. 선고 87누156 판결)은 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하였을 것, 과세관청이 예전의 견해표명에 반하여 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것인 점, 국세청의 사전답변은 청구법인이 질의를 한 것이 아니라 OOO이 질의를 한 것이므로 과세관청인 처분청이 청구법인에게 공적인 견해 표명을 하였다고 볼 수 없는 점에서 이 건 과세처분에 신의성실의 원칙을 적용할 수 없다 할 것이다.

(5) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 쟁점판결을 통하여 법원은 임대사업자는 구「임대주택법」등 관련 법령이 정하는 기준에 따라 분양전환가격을 산정하여야 하고, 분양전환가격 산정기준에 관한 구「임대주택법」등 관련 법령의 규정들이 강행법규인 이상, 그 산정기준을 초과하는 분양전환가격으로 체결된 분양계약은 그 한도 내에서 무효라고 판단하였고, 구

「임대주택법 시행규칙」제3조의3

제1항 [별표 1]의 각 규정에서 표준건축비는 분양전환가격에 반영되는 건축비의 상한가격을 의미하는 것으로서 건축비와는 구별되고 분양전환가격의 산정기초가 되는 건설원가는 표준건축비가 아닌 건축비를 기준으로 하고 있는 점, 쟁점판결도 관련 사건에서 표준건축비가 아닌 실제건축비를 기준으로 분양전환가격을 산정하여야 한다고 최종 확인.판시한 점 등에서 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호.제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.