조심 2010중0252 (2010.06.01)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2004.6.11. 아파트 재건축사업을 위하여 설립된 재건축 주택조합으로서 2004.6.19. 면세사업자로 사업자등록하였다가 2008.10.7. 일반과세자로 사업자등록증을 정정.교부받았다. 나. 청구법인은 2007년에 수취한 공급가액 2,099,657천원의 세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)에 대하여는 부가가치세 신고를 하지 아니하였고, 2008년 제1기에 수취한 공급가액 2,481,835천원의 세금계산서(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다) 및 2008년 제2기에 수취한 공급가액 3,390,055천원의 세금계산서(이하 “쟁점③세금계산서”라 한다)에 대하여는 2008.10.25. 및 2009.1.25. 각각의 매입세액 248,184천원 및 339,005천원을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세 신고를 하였다. 다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사에서 2007년 제2기, 2008년 제1기 및 2008년 제2기의 부가가치세 과세표준을 경정하면서 쟁점①세금계산서상 매입세액 165,496천원, 쟁점②세금계산서상 매입세액 248,184천원 및 쟁점③세금계산서상 매입세액 198,280천원(합계 611,960천원이고, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 매입세액 불공제하고, 기타 경정사항을 반영하여 2009.12.3. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제2기 235,291,790원 및 2008년 제1기 235,042,270원을 경정.고지하고, 2008년 제2기 부가가치세 118,738,510원을 환급결정하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 2004.6.19. 청구법인이 면세사업자에 해당한다는 처분청 담당공무원의 상담과 권고에 따라 면세사업자로 사업자등록을 하였으나 그 후 사업자등록이 잘못된 사실을 알고 일반과세자로 사업자등록을 정정하였던 것인 바, 2008.10.7. 일반과세자로 사업자등록한 사항은 최초의 사업자등록이 아닌 이미 사업자등록이 되어 있던 사항에 대한 변경으로 보아야 할 것이므로 면세사업자로 등록되어 있던 청구법인을 미등록 사업자로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (2)「부가가치세법」에 면세사업자로 등록한 법인을「부가가치세법」상 미등록 사업자와 동일하게 보는 규정과 유형변경시 재고매입세액을 공제하는 규정을 두고 있으면서 면세사업자가 과세사업자로 변경된 경우 재고매입세액을 공제하는 규정을 두고 있지 아니함은 국민의 재산권을 부당하게 침해하여「헌법」에 위배되는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 대법원에서도 면세사업자로 사업자등록증을 교부받은 경우「부가가치세법」에서 규정하는 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없는 것으로 판시하고 있으므로 청구법인이 2008.10.7. 일반과세자로 변경되기 전까지 면세사업자로 있던 기간중에 발생한 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다. (2) 법률규정의 위헌여부는 행정심에서 다툴 수 있는 사항이 아니고,「부가가치세법」에서 부가가치세 납세의무가 없는 면세사업자가 과세사업자로 변경된 경우 재고매입세액을 공제하는 제도를 두고 있지 아니하다 하여「헌법」에 위배된 것으로 볼 수는 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 면세사업자로 사업자등록한 기간중 수취한 세금계산서의 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제2조 (납세의무자) ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 제5조(등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. ② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다. 제17조 (납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 5. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다. ③ 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물 등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(제12조제4항에 따라 부가가치세를 면제받지 아니하기로 하고, 제11조에 따라 영세율이 적용되는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다. 제20조 (세금계산서합계표의 제출) ④ 세금계산서를 교부받은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 기타 대통령령이 정하는 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2) 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. ②「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법」 제5조 를 준용한다. (3) 법인세법 제109조 (법인의 설립 또는 설치신고) ① 내국법인은 그 설립등기일(사업의 실질적 관리장소를 두게 되는 경우에는 그 실질적 관리장소를 두게 된 날)부터 2월 이내에 다음 각 호의 사항을 기재한 법인설립신고서에 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 법인설립신고를 한 것으로 본다. 1. 법인의 명칭과 대표자의 성명 2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지 4. 설립일 제111조 (사업자등록) ① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. ②「부가가치세법」에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. ③ 「부가가치세법」제5조 의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다. ④ 제109조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다. (4) 부가가치세법 시행령 제7조(등록신청과 등록증교부) ① 법 제5조 제1항에 따라 등록하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 등록하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 "사업자단위과세적용사업장"이라 한다)에 대하여 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록신청서를 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1. 사업자의 인적사항 2. 사업자등록신청사유 ⑧ 「소득세법」제168조 및 「법인세법」제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다. 제8조 (등록번호) ② 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항 또는 제4항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다. 제60조(매입세액의 범위) ⑧ 법 제17조 제2항 제5호 본문에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다. ⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다. 제62조(의제매입세액계산) ① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것, 동조 제2항 각호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 "면세농산물등"이라 한다)의 가액에 기획재정부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 제67조 (세금계산서합계표 제출의무자의 범위) 법 제20조제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 자는 다음 각호에 규정하는 자로 한다. 1. 부가가치세가 면제되는 사업자중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는 자(「조세특례제한법」에 의하여 소득세 또는 법인세가 면제되는 자를 포함한다) (5) 법인세법 시행령 제154조 (사업자등록) ① 법 제111조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일부터 20일내에 사업자등록신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ② 「부가가치세법 시행령」제7조 내지 제13조의 규정은 제1항의 등록에 관하여 이를 준용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2004.6.11. 아파트 재건축사업을 위하여 설립된 재건축 주택조합으로서 2004.6.19. 면세사업자로 사업자등록증을 교부받았다가 2008.10.7. 일반과세자로 사업자등록증을 정정.교부받은 사실이 사업자등록증 등 심리자료에 의하여 확인된다. (2) 청구법인은 쟁점②세금계산서상 매입세액 248,184천원 및 쟁점③세금계산서상 매입세액 339,005천원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 부가가치세신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (3) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사에서 2007년 제2기, 2008년 제1기 및 2008년 제2기의 부가가치세 과세표준을 경정하면서 쟁점매입세액이 등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고, 기타 경정사항을 반영하여 청구법인에게 부가가치세 2007년 제2기 235,291,790원 및 2008년 제1기 235,042,270원을 경정.고지하고, 2008년 제2기 부가가치세 118,738,510원을 환급결정한 사실이 부가가치세 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (4) 청구법인은 면세사업자로 사업자등록한 기간중 수취한 세금계산서상 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하고,「부가가치세법」에 면세사업자가 과세사업자로 변경된 경우 재고매입세액을 공제하는 규정을 두고 있지 아니함은「헌법」에 위배된다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 「부가가치세법」제2조 제1항은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항은 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항 제5호는 제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제7조 제1항은 법 제5조 제1항에 따라 등록하려는 사업자는 사업장마다 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 「소득세법」제168조 및 「법인세법」제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 등록신청을 한 것으로 보는 것으로 규정하고 있으며, 같은 영 제8조 제2항은 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 면세사업자에 대하여도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 2004.6.19. 처분청으로부터「소득세법」의 규정에 따라 면세사업자로 사업자등록증을 교부받았다가 2008.10.7. 사업자등록정정신고를 하여 일반과세자로 사업자등록증을 교부받은 사실이 심리자료에 나타난다. (다) 위 관련법령에서 사업자등록에 관련된 각 규정의 취지를 종합하면 「부가가치세법」제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 같은 법 제17조 제2항 제5호에서 규정하는 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록을 의미한다고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 사업자등록신청을 하여 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는「소득세법」상의 사업자등록을 한 것이거나「부가가치세법」상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 「부가가치세법」제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다고 함이 상당하다(OOO. 같은 뜻). 또한, 「부가가치세법 시행령」제7조 제8항에서「소득세법」및「법인세법」의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 과세사업을 영위하고자 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 「부가가치세법」제5조 제1항에서 규정하는 사업자등록신청을 한 것으로 보도록 규정하고 있는 점을 감안하면 청구법인이 면세사업자에서 과세사업자로 사업자등록정정신청(2008.10.7.)을 하기 전까지는「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 수취한 쟁점세금계산서상 쟁점매입세액은 「부가가치세법」제17조 제2항에서 규정하는 ‘등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다 할 것이다. (라) 한편, 청구법인은「부가가치세법」상 유형변경시 재고매입세액을 공제하는 규정을 두고 있으면서 면세사업자가 과세사업자로 변경된 경우 재고매입세액을 공제하는 규정을 두고 있지 아니함은 국민의 재산권을 부당하게 침해하여「헌법」에 위배된다는 의견이나, 「국세기본법」제55조 제1항은 조세심판청구의 대상에 관하여 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자”라고만 규정하고 있어, 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아니라 처분의 근거 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 조세심판청구의 불복사유에 해당되지 아니하여 우리 원이 판단할 사항에 해당하지 아니한다 할 것(OOO. 같은 뜻)이므로 법령의 위헌 여부에 대한 판단권한을 가진 헌법재판소가 처분의 근거 법령인 부가가치세법령에 대하여 별도의 위헌선언을 하지 않는 이상 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. (5) 따라서, 청구법인이 면세사업자로 등록하고 있던 기간중 교부받은 쟁점세금계산서상 쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 3. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.