조심 2013중4011 (2014.10.15)

OOO세무서장이 2013.4.30. 청구인에게 한 2007년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO로서, 2004.2.25. 경기도 OOO 대지 1,477㎡ 및 위 지상 철골조경량판넬지붕 단층 제2종근린생활시설 건물 3개동 594㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 토지를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2007.10.25. 검인매매계약서상의 양도가액 OOO원(쟁점건물가액을 OOO원으로 기재)에 양도하는 것으로 하여 양도소득세를 예정신고하고, 쟁점건물의 가액을 검인용 매매계약서에 기재된 공급대가 OOO원으로 하여 부가가치세를 신고.납부하였다.

나. OOO국세청장은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 실지매매계약서에 의하여 청구인이 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 것으로 나타나나, 쟁점건물의 양도가액이 확인되지 아니한다 하여 쟁점부동산에서 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 결정하여 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2013.4.30. 청구인에게 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.15. 이의신청을 거쳐 2013.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산 양도시 작성한 실지매매계약서에 쟁점건물은 철거예정으로 매매가액에서 제외하여 토지가액만을 기재하였는바, 실지매매계약서를 보면, 쟁점건물가액은 매매가액에서 제외하고 있으며, OOO 부지용으로 매입한 양수자 OOO의 입장에서도 쟁점건물은 쓸모가 없어 철거할 예정이었으므로 매매대상에서 제외시킨 것이다.

처분청은 쟁점건물의 가액이 불분명하다 하여 기준시가로 안분하였으나, 쟁점부동산 양도당시에 쟁점건물 가액을 OOO원으로 하여 세금계산서를 작성하고 부가가치세를 신고한 바 있으며, 신고 당시에 쟁점건물의 양도를 재화의 공급에 해당되는 것으로 보았던 것이고, 2004년 쟁점건물 취득시 취득가액인 OOO원을 감안하여 건물가액을 결정한 것임에도 처분청이 세금계산서를 발행하여 신고한 건물가액을 무시하고 기준시가로 안분하여 OOO원이 넘는 가액으로 평가하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점부동산에 대한 건축물대장상 용도가 제2종근린생활시설로 기재되어 있으나, 실제 용도는 경량철골조 판넬로 지은 산업용 생산시설인 공장건물이며, 쟁점건물의 사실상의 구조에 따라 계산한 기준시가는 OOO원으로 산출되고 있다.

따라서, 처분청은 쟁점부동산의 토지와 건물가액을 안분계산하면서 공부상의 용도에 따라 계산한 기준시가를 적용하여 건물가액을 계산하였으므로 사실상의 용도를 기준으로 기준시가 및 건물가액을 재계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 실지매매계약서상 철거예정인 쟁점건물을 매매가액에서 제외하고 토지가액만 기재하였으며, 건물분 양도가액은 쟁점건물의 취득(2004년)당시 가액인 OOO원을 감안하여 OOO원으로 세금계산서를 작성하고 부가가치세를 신고하였으므로 토지와 건물의 가액이 불분명하지 않다고 하나,

실지매매계약서상 쟁점건물의 가액이 없이 토지만 거래되어도 매매 당시 건물의 재산적 가치가 있음이 확인되면 건물분의 가액이 실지매매계약서상 포함된 것으로 보아야 하며(국심 2004중2846, 2004.12.23.), 철거예정으로 재산적 가치가 없다는 것은 청구인의 일방적인 주장일 뿐 건물의 가액이 없는 것으로 약정되었다는 근거는 확인하기 어렵다.

따라서, 실지매매계약서상 매매가액은 토지와 건물분에 대한 실지거래가액이며 그 금액이 구분되어 있지 않으므로

「부가가치세법 시행령」 제48조의2

규정에 의하여 기준시가로 안분계산함은 정당하다.

(2) 처분청은 쟁점부동산의 일반건축물대장에 기재되어 있는 제2종근린생활시설, 철골조(경량판넬) 등으로 구분하고 있어 건물기준시가 산정방법에 따라 계산하였으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인이 검인매매계약서상의 쟁점부동산에서 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 하여 부가가치세를 신고한 것을 부인하고 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 쟁점건물에 대하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부(주위적 청구)

② 쟁점부동산에서 쟁점건물가액에 대한 안분계산시 공부상 쟁점건물의 용도에 따라 기준시가를 산정한 방법이 적법한지 여부(예비적 청구)

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화(제17조 제2항 각 호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 제외한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

3. 법률에 의하여 조세를 물납하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

⑦ 제1항에 규정하는 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20626호로 개정되기 전의 것)

제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한

「소득세법」 제99조

의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

(3) 소득세법

제99조 [기준시가의 산정] ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축년도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

다. 오피스텔 및 상업용 건물

건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(수) 등을 감안하여 대통령령이 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 부수되는 토지를 포함한다)에 대하여는 건물의 종류·규모·거래상황·위치 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액

라. 주택

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는

동법 제17조

제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 주위적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 조사종결복명서(2013.1.) 및 실지거래가액 안분 계산내역을 보면 아래와 같이 나타난다.

(나) 청구인이 작성한 실지매매계약서는 쟁점부동산에서 토지부분만 매매하는 것으로 기재되어 있고, 특약사항에 이용목적은 어린이집 및 유치원, 명도는 매도인이 책임지며, 중도금시 매도인은 건축에 필요한 서류를 제출한다고 되어 있고, 검인용 매매계약서 특약사항에 쟁점건물가액으로 OOO원이 기재되어 있으며, 구체적인 내용은 아래와 같이 나타난다.

(다) 청구인이 2004.2.20. 쟁점부동산을 취득하면서 작성한 매매계약서에 의하면, 쟁점부동산의 토지와 위 지상에 3개동의 철골조(경량판넬) 제조장에 대하여 OOO원에 취득하였으며, 이 중 토지부분은 OOO원, 건물 3개동은 1개동에 OOO원으로 하여 합계 OOO원에 취득한 것으로 나타난다.

(라) 청구인의 재무제표에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 양도할 때까지 대차대조표 유형자산에 토지 OOO원으로 계상한 것으로 나타난다.

(마) 쟁점건물의 일반건축물대장(멸실) 및 쟁점부동산의 등기부등본에는 쟁점건물이 2004.2.16. 철골조경량판넬지붕 단층 제2종근린생활시설 196㎡ 3개동이 소유권보존등기(OOO)되어 있고, 청구인은 2004.2.25. 쟁점부동산을 취득한 후 2007.10.1. OOO에게 양도하였으며, 쟁점건물 중 1개동은 2008.5.28., 2개동은 2007.11.2. 멸실된 것으로 나타난다.

(바) 일반건축물대장(신축)에는 양수자인 OOO이 쟁점부동산에 OOO을 신축하기 위하여 2007.8.2. 건축허가를 득하고 2007.8.14. 착공하여 어린이집(539 외 1필지)은 2008.4.23.에, 유치원(540-5)은 2008.5.16.에 사용승인받은 것으로 나타난다.

(사) 국세청통합전산망에 의하면, 쟁점건물(540-5)의 임차인 OOO은 2006.3.20. 사업장 소재지를 경기도 OOO으로 변경한 것으로 나타나며, 쟁점건물(539)의 또 다른 임차인 OOO는 2008.7.31. 사업장 소재지를 경기도 OOO 외 1로 변경한 것으로 나타난다.

(아) 청구인은 2004.4.10. 개업하여 쟁점부동산을 임대하면서 임대소득에 대하여 종합소득세를 신고.납부하였으며 2007.9.30. 폐업하였고, 2007.10.25. 쟁점건물을 OOO원으로 하여 부가가치세를 신고.납부한 것으로 나타난다.

(자) 청구인의 남편은 참고인으로 2014.3.18. 조세심판관회의에 출석하여 당초 쟁점부동산을 양수하면서 실제매매계약서상의 매매가액보다 높은 가격임에도 매매계약서상 가액으로 매매계약하는 것으로 하고 검인용 다운매매계약서를 작성하기로 합의한 상태에서 다운계약서를 작성하면서 실지매매계약서가 있는지 모르는 세무사에게 자문을 하여 당초 쟁점건물을 OOO원에 취득하였으므로 감가상각을 감안하여 OOO원으로 신고한 것이며, 양수인이 청구인에게 다운계약서를 빌미로 돈을 요구하여 이를 거부하자 제보하여 당초 양도소득세보다 2배 이상의 세금과 벌과금을 납부하였다고 진술하였다.

(차) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 양도한 쟁점부동산에서 쟁점건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분한 가액 OOO원을 양도가액으로 하여 부가가치세를 부과하였으나, 쟁점건물은 공부상 용도는 제2종근린생활시설로 되어 있으나, 실제용도는 철골조 경량판넬지붕의 단층 공장건물로서 청구인이 쟁점부동산을 매매하면서 토지부분만 양도한 것으로 실지매매계약서에 기재하고 특약사항에 어린이집 및 유치원 목적이며 명도는 매도인이 책임진다고 기재하여 매매당시부터 철거를 전제로 양도된 것으로 보이는 점, 실지매매계약서상의 잔금청산일인 2007.7.30. 직후인 2007.8.2. 양수인은 쟁점부동산에 건축허가를 득하여 2007.8.14. OOO을 착공한 것으로 일반건축물대장에 기재되어 있어 양도일 이후 과세사업에 공하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구인은 당초 쟁점건물을 OOO원에 취득하고 쟁점건물의 보유기간 동안 장부에 계상하였고, 쟁점건물은 장부상 가치는

「소득세법 시행령」 제62조

에서 규정하는 감가상각 대상자산으로 양도당시

「부가가치세법 시행령」 제49조

제1항 제1호의 산식에 의하여 OOO원으로 계산된 점 등에 비추어 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시에 양수인이 쟁점건물을 멸실하고 유치원을 신축할 목적으로 취득한 것이므로 쟁점건물의 가치는 실질적으로 없다고 보는 것이 타당하다 할 것인바, 청구인의 검인매매계약서상의 쟁점건물가액 OOO원을 실지거래가액이 아닌 것으로 보기 어려워 보인다.

따라서, 처분청이 실지매매계약서에 토지만 매매한 것으로 기재되어 있는 쟁점부동산의 매매가액에서 쟁점건물가액을 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 계산하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 예비적 청구는 주위적 청구가 받아들여짐에 따라 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.