조심 2022지1174 (2023.09.15)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.7.16. OOO일반산업단지 내에 있는 OOO 외 OOO필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 분양으로 취득하고, 산업단지 내 사업시행자 외의 자가 취득하는 부동산으로「지방세특례제한법」(법률 제13288호로 개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항 및 부칙(법률 제12955호, 2014.12.31.) 제25조에 의거 취득세 등을 감면받았다.

나. 처분청은 2021년 OOO 정기세무조사의 결과 이 건 토지 중 OOO 외 OOO필지 토지OOO에 대하여 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 사실을 확인하고, 2021.11.3. 청구법인에게 OOO원을 과세표준으로 하고 가산세를 가산하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)과 2021.11.9. 감면한 재산세(토지분) 등 OOO원, 재산세(건물분) 등 OOO원 합계 OOO원을 각 부과고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.20. 이의신청을 거쳐 2022.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 당초 OOO 내의 본점을 두고 있다가 처분청 관내로 이전하기 이전에 OOO도지사 및 처분청과 MOU를 체결하고 이에 따라 처분청 관내로 사업장을 이전하였던 것으로서, MOU 체결 당시 처분청은 청구법인이 지방이전에 따란 취득세 감면대상에 해당된다는 사실을 확인하였는데, 처분청에서 청구법인은

지특법 제78조

의 규정에 따른 산업단지에 대한 감면을 받은 것이고,

지특법 제79조

의 규정에 따른 법인의 지방 이전에 대한 감면을 받은 것이 아니라는 사유로

지특법 제78조

제5항의 추징규정을 근거로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 신의칙에 위배되어 부당하다.

(2)

「지방세법」제106조

제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에 따르면 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 공업지역 안에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지 기준 면적 범위의 토지는 분리과세한다고 규정되어 있으며,

해당 규정에 따라 분리과세대상으로 분류된 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지 기준 면적 범위 내의 토지는 산업용 건축물의 부속토지로 직접 사용한 경우에 해당하는 것으로 보아야 할 것이고,

쟁점토지를 계획대로 사용하지 못한 사유는 코로나로 인한 심한 경영상 손실과 신제품 하자발생에 따른 개선 비용 증가 및 이로 인한 판매 부진 등으로 인한 경영환경 악화로 유예기간 이내에 쟁점토지에 산업용 건축물 등을 건축하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다 할 것으로서, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시

지특법 제78조

의 규정이 아니라 제79조의 규정에 따라 취득세 등을 감면받은 것이라고 주장하므로 이를 살펴보면,

청구법인의 기존 본점은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지내에 소재하고 있었으므로

「지방세특례제한법 시행령」제39조

대도시의 범위에서 제외되는 지역에 소재하고 있었기 때문에

지특법 제79조

의 규정에 따라 법인의 지방 이전에 대한 감면규정을 적용받을 수 없다 하겠으므로 이에 대한 청구주장은 인정할 수 없다 하겠다.

(2) 청구법인은 이 건 토지가 그 지상 건축물의 공장입지기준면적 이내의 토지이므로 이를 모두 공장으로 직접 사용한 것으로 보아야 할 것이며, 정당한 사유가 있는 경우에도 해당된다고 주장하나,

지특법 제78조

제5항에서 해당 용도로 직접 사용라고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 목적사업 자체에 직접 사용되는 것을 의미하고, 그 ‘사용’의 범위는 당해 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되어야 할 것이며(조심 2019지3819, 2020.3.25. 같은 뜻임),

지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것으로서(대법원 1995.11.21. 선고 95누3312 판결 등 같은 뜻임),

이 건 토지가

「지방세법 시행령」제102조

제1항 제1호에 따른 재산세 분리과세대상 토지에 해당되는지 여부를 판단하는 공장입지기준면적 이내라도 이는 분리과세대상의 최대토지면적을 의미하고 재산세 분리과세 적용기준에 불과하며(지방세특례제도과-1848, 2019.5.14. 같은 뜻임),

「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제8조 및 공장입지기준고시 제3조 제1항에 따른 기준공장면적률 이내라도 이는 공장의 원활한 설립을 지원하기 위하여 공장입지의 기준을 규정한 것에 불과하므로(대법원 2014.5.29. 선고2014두3389 판결 같은 뜻임), 이러한 규정을 근거로 쟁점토지가 공장의 부속토지로 사용되는 토지로서 공장용으로 직접 사용하는 토지에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2020.9.10. 선고2020두39860 판결 같은 뜻임).

쟁점토지가 재산세 분리과세 또는 공장입지기준고시의 공장용도 기준면적 이내라고 하더라도, 취득세 감면 유예기간(3년)이 지난 이후인 현장 조사일 당시까지 나대지 상태로 계속 방치되고 있어 이는 당해 공장용 건축물의 효용과 편익을 위해 직접 사용된다고 보기는 어렵다 할 것이다(행정안전부 지방세특례제도과-626, 2021.3.12. 같은 뜻임).

또한,

지특법 제78조

제5항 제1호의 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것인 바(대법원 2003.12.12.선고 2003두9978 등 같은 뜻임),

청구법인은 코로나로 인한 심한 경영상 손실을 입어 쟁점토지에 산업용 건축물등을 건축을 유예한 것이라고 주장하고 있고, 이러한 사유는 청구법인의 내부적 사정에 불과하다 할 것이므로 쟁점토지를 유예기간 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장도 인정할 수 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 대도시내 본점 이전에 따른 취득세 등 감면대상에 해당된다는 청구주장의 당부

② 유예기간 내에 일부 부동산을 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(시행 2015.5.18., 법률 제13288호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(

「건축법」제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

＜부칙＞(법률 제12955호, 2014.12.31.)

제25조 (산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(

「건축법」제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 법인을 이전하여 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(시행 2015.2.3., 대통령령 제26070호로 개정된 것)

제39조(대도시의 범위) 법 제79조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대도시”란 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세법 시행령

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지

가. 읍ㆍ면지역

나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지 : 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2000.3.7. 소형 특수프린터 및 바코드스캐너 제조, 판매 등을 목적사업으로, 본점소재지를 OOO로 하여 설립되었고, 2017.1.2. 본점소재지를 OOO으로 이전한 사실이 등기사항전부증명서에서 확인된다.

(나) 청구법인의 설립 당시 본점소재지는 2012.7.5. 국가산업단지{한국수출(서울디지털)국가산업단지}로 지정된 지역에 해당되는 사실이 토지이용계획확인원 등에서 확인된다.

(다) 청구법인은 2015.5.13. OOO도지사 및 OOO군수와 투자양해각서를 체결하였으며, 그 주요내용은 아래와 같다.

＜투자양해각서 내용＞

OOO

(라) 청구법인은 2015.7.16. OOO일반산업단지 내에 있는 이 건 토지를 취득하였다.

(마) 청구법인은 아래 ＜표＞와 같이 이 건 토지상에 공장용 건축물 등을 신축한 것으로 건축물대장에서 확인된다.

＜표＞ 건축물 신.증축내역

OOO

(바) 2021.7.20. OOO에서 작성한 세무조사 출장 결과보고에는 이 건 토지 중 쟁점토지에 대하여 3년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 않고 있어 감면된 취득세를 추징하는 것이 타당하며 나대지인 쟁점토지 사진이 첨부되어 있다.

(사) 이 건 토지의 현황은 아래 사진과 같고, 쟁점토지는 나대지 상태이고, 동일한 울타리 내의 토지에도 해당되지 아니한 것으로 나타난다.

(아) 처분청이 재산세 관련규정에 따라 이 건 토지상에 신축된 건축물과 관련하여 산정한 공장입지기준면적 및 부속토지 면적은 아래와 같다.

○○○

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 이 건 토지에 대하여 처분청과 MOU를 체결할 당시 지방이전에 따른 감면대상에 해당된다고 확인하였는데, 처분청에서는 산업단지에 대한 감면을 적용하고 이를 근거로 추징규정을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 신의칙에 위배되어 부당하다고 주장하나,

지특법 제79조

제1항에서 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2015.12.31.까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하면서,

지특법 시행령 제39조

에서 대도시의 범위를 규정하면서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 대도시에서 제외한다고 규정하고 있다.

청구법인의 경우 당초 과밀억제권역 중 대도시에서 제외되는 산업단지 내에서 법인을 설립하여 사업을 영위하다가 이 건 토지를 취득한 후 본점 등을 이전한 것으로서,

지특법 제79조

제1항의 감면대상에 해당되지 아니하며,

청구법인이 OOO도지사 및 OOO군수와 체결한 투자양해각서의 내용에서도 구체적으로 청구법인이 본점 등을 처분청 관내의 산업단지로 이전하는 경우에

지특법 제79조

제1항의 감면규정을 적용하여 감면한다는 내용이 적시되어 있지 아니하고, 설령 그러한 의사표시가 있었다 하더라도 이는 법령에 위배된 것이 명백하므로 이를 이유로 신의칙에 위배된다는 청구주장은 인정할 수 없다 하겠다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 이 건 토지가 공장입지기준면적 이내의 토지이므로 공장용에 직접 사용하는 토지로 보아야 하며, 정당한 사유가 있는 경우에도 해당된다고 주장하나,

이 건 토지상의 건축현황을 보면, 당초 OOO필지의 토지상에 OOO동의 건축물을 신축하였으나 실제로는 OOO필지의 토지상에 공장용 건축물이 신축되어 있고, 쟁점토지는 진출입로 등으로 구분되어 나대지 상태인 사실이 확인되는 점, 2013.1.4. 이 건 토지 중 OOO필지 토지가 부속토지에서 제외된 점, 이 건 토지 전부를 하나를 울타리를 설치하여 관리하고 있지도 아니한 점 등에 비추어, 나대지 상태의 쟁점토지를 공장용 건축물의 부속토지로 보기 어렵다 할 것이므로 공장용 건축물의 부속토지에 해당되지 아니하는 토지를 공장입지기준면적 이내의 토지라는 사유로 공장용에 직접 사용하는 토지로 볼 수는 없다 하겠다.

또한, 코로나로 인한 경영상의 어려움으로 쟁점토지를 유예기간 이내에 공장용으로 사용하지 못한 것은 청구법인의 내부적인 사정에 불과하다 할 것으로서 이러한 사유를 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 보기 어려우므로 이에 대한 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제96조

제7항과

「국세기본법」제80조

2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.