조심 2021중3150 (2021.09.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.4.30. OOO에서 개업한 농업회사법인으로 2017∼2018사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제68조의 농업회사법인 등에 대한 법인세 면제 규정을 적용하여 각 사업연도 귀속 법인세를 신고.납부하였다.

나. OOO청장은 2020.6.4.부터 2020.6.19.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “농어업경영체법”이라 한다)에 따른 농업경영체 등록을 하지 아니하여 법령상 법인세 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 해당 감면 적용을 배제하고 가산세를 포함하여 관련 법인세를 부과하도록 감사결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청이 2020.11.24. 청구법인에게 과세예고통지를 한 것에 대하여 청구법인이 불복하여 2020.12.9. 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 불채택하고 2021.2.8. 청구법인에게 법인세 2017사업연도 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 농어업경영체법에 따라 설립되어 농작물 유통.판매 등 도.소매업을 영위하고 있는 농업회사법인으로서 “농업회사법인이 법인세 감면을 받기 위해서는 농업회사법인을 설립하는 법인의 주주 또는 사원이 농업인 또는 농업생산자단체로 등록하여야 한다.”라는 OOO 상담센터의 2017.12.1.자 답변에 따라 법인의 주주가 농업경영체등록이 되어 있으면 법인세 감면이 되는 것으로 알고 있었다.

이후 2018년도에 상담내용을 다시 확인하는 과정에서 2018.3.14.자로 “법인이 농업경영체등록을 하고 법인세 신고시 농업경영체등록 확인서를 제출하여야 한다.”라는 내용으로 변경된 것을 알게 되었는바, 실질적으로 농업생산자단체에 해당하는 청구법인은

조특법 제68조

제1항 등에 따른 법인세 면제요건을 충족한 것으로 보아야 하므로 OOO 상담센터의 상담내용을 믿고 이에 따라 법인세 감면신청을 하였던 2017사업연도 법인세 경정처분은 취소되어야 한다.

또한

농어업경영체법 제19조

에 의하면, 농업회사법인의 설립은 농업인이 소정의 농업인 확인 서류를 구비하여야 가능하도록 되어있고,

조특법 제68조

제1항은 농어업경영체법에 따른 농업회사법인에 대해서 법인세를 감면한다고 규정하고 있는바, 청구법인은

농어업경영체법 제19조

에 의거 설립된 농업회사법인으로서 법인의 과점주주인 대표이사 AAA이 농업경영체 등록을 하고 청구법인을 운영하고 있으므로 청구법인은 법인세 감면 대상에 해당한다.

비록 OOO 상담내용이 OOO청장의 유권해석이 아니라고 하더라도 청구법인으로서는 OOO의 답변을 신뢰하여 이에 따라 대표이사를 농업경영체로 등록할 수 밖에 없었고, 2017년도 말 법인세 감면서류를 알아보던 중 위와 같이 농업회사법인의 주주가 농업경영체등록을 해도 된다는 구체적인 상담내용에 따라 청구법인의 주주인 대표이사를 농업경영체로 등록한 것이며, 이 건 처분청의 과세예고통지를 받은 후에 농업회사법인이 법인세 감면을 받기 위해서는 법인이 농업경영체등록을 하여야 한다는 상담내용을 확인할 수 있었다.

(2) 가산세는 납세자의 협력의무 위반에 대한 행정상 제재의 성격이 있는 것인바, 청구법인이 OOO 상담센터의 2017년도 질의 응답내용에 따라 대표이사 개인 명의로 농업경영체 등록을 하고 이에 따라 법인세 감면을 받은 것일 뿐, 청구법인의 잘못으로 인하여 법인세 납부의무를 이행하지 못한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결 참조),

구 조특법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정되기 전의 것) 제68조 제1항에서는 “2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대하여 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 100분의 50에 상당하는 세액을 감면”하고, 같은 조 제5항에서 “제1항.제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 이를 위임받은 조특법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정된 것) 제65조 제5항은 “

조특법 제68조

제1항에 따라 법인세를 면제받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서, 면제세액계산서 및 농어업경영체 등록확인서를 제출하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

따라서 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면을 적용하기 위한 요건에 해당하고, 농업경영체로 등록되지 않아 농업경영체 등록확인서를 제출하지 못하는 청구법인에 대하여 법인세 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 OOO 상담센터의 답변을 믿고 청구법인의 과점주주인 대표이사 개인이 농업경영체 등록을 한 후 2017사업연도 법인세 감면을 받은 것이므로 가산세를 포함한 2017사업연도 법인세 경정처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 그 중 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어져야 할 것인바(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 참조), OOO의 답변은 단순한 상담내지 안내수준인 행정서비스의 하나로서, 과세관청의 공적인 견해표명에 해당되지 않는 것으로 보아야 한다(OOO법원 2010.7.8. 선고 2010누3758 판결 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 농업경영체 등록을 하지 아니한 경우 조특법상 농업회사법인에 대한 법인세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

② 가산세를 감면할만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)

제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】①「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 법률 제25211호로 개정된 것)

제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농업인"이란 「농업ㆍ농촌 및 식품산업

기본법」 제3조

제2호에 따른 농업인을 말한다.

3. "농업경영체"란 농업인과 농업경영체법인을 말한다.

제4조【농어업경영정보의 등록】① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체 :「농업ㆍ농촌 및 식품산업

기본법」제40조

에 따른 농지ㆍ축사ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다)

제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등】① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령

제17조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립】③ 법 제19조 제8항에서 준용하는 「상법」 중 회사에 관한 규정에 따라 농업회사법인의 설립등기를 신청할 때에는 다음 각 호의 서류를 모두 제출하여야 한다.

1. 제1항에 따라 농업회사법인을 설립하려는 자가 농업인 또는 농업생산자단체임을 확인할 수 있는 서류

2. 제18조 제1항에 따른 출자한도 준수 여부를 확인할 수 있는 다음 각 목의 구분에 따른 서류

가. 주식회사의 형태로 설립하는 경우: 각 주식인수인의 성명, 주소, 인수한 주식의 수 및 농업인 또는 농업생산자단체 해당 여부를 표시한 서류와 해당 주식인수인이 농업인 또는 농업생산자단체임을 확인할 수 있는 서류

나. 주식회사 외의 형태로 설립하는 경우: 농업인 또는 농업생산자단체인 사원의 명단 및 해당 사원이 농업인 또는 농업생산자단체임을 확인할 수 있는 서류

(5) 국세기본법

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 등기사항 일부증명서 및 사업자등록내역 등에 의하면, 법인성립일은 2013.4.25., 소재지는 OOO이고, 목적사업은 농산물재배 및 판매업, 곡물 소분판매업 및 이에 부대하는 사업 등으로 AAA(대표이사) 및 BBB(사내이사)이 임원으로 등재되어 있으며, 김치 곡물 식자재(잡화) 식품판매업을 주업종으로 하여 2013.4.30. 개업한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 OOO원장이 발급(2019.3.14.)한 농업경영체 증명서를 심리자료로 제출하였는바, 농업경영체 경영주는 AAA이고, 최초등록일은 2012.1.10., 주소는 OOO로 기재되어 있으며, 한편 2020.12.9. 현재 청구법인의 명의로 농업경영체 등록을 한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 2017.12.1. OOO 상담센터에 농업회사법인의 법인세 감면과 관련하여 질의한데 대한 답변 내용은 아래와 같고,

OOO

OOO 상담센터의 2018.3.14.일자 답변 내용은 아래와 같다.

OOO

(라) OOO 자료에 의하면, 청구법인은 2017∼2018사업연도에 대하여 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니하고

조특법 시행령 제65조

제5항에 따른 농업회사법인 등에 관한 법인세 면제를 신청하여 2017사업연도에 법인세 OOO원, 2018사업연도에 법인세 OOO원을 감면받았다.

(2) 처분청의 이 건 가산세 부과처분 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 가산세 부과처분 내역

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 상담센터의 답변을 믿고 법인의 주주가 농업경영체 등록을 한 후 법인세 감면을 받은 것이므로 이 건 법인세 부과처분은 위법하다고 주장하나, 청구법인은 2017∼2018사업연도 법인세 신고시 농업회사법인의 법인세 감면을 적용받기 위한 요건인 청구법인의 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 점, 청구법인 대표이사 AAA이 2012.1.10. 개인명의로 농업경영체 등록을 하였다고 하더라도 이는

농어업경영체법 제19조

, 같은 법 시행령 제17조 제3항에 따라 농업회사법인을 설립하기 위한 것으로 볼 수 있을 뿐 법인은 이와 별도로 농업경영체로 등록해야 하는 것이어서 이를 청구법인이 농업경영체 등록한 것으로 보기 어려운 점, OOO 상담센터의 답변은 단순한 상담 내지 안내 수준인 행정서비스의 한 방법일 뿐 이를 과세당국의 공적인 견해 표명이라고 보기 어려운 점(조심 2018서1005, 2018. 11.27., 조심 2009구1290, 2009.10.19., 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 농업회사법인에 대한 법인세 감면규정의 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 설령 청구법인이 농업경영체 등록을 하지 않아 법인세 감면 요건을 충족하지 못한 것이라 하더라도 이는 OOO 상담센터의 상담내용에 따른 것이므로 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, OOO 상담센터의 답변은 단순한 상담 내지 안내 수준인 행정서비스의 한 방법일 뿐 이를 과세당국의 공적인 견해 표명이라고 보기 어려운 점, 설령 청구법인이 OOO 상담센터의 설명을 믿고 청구법인 주주가 농업경영체등록을 한 것이라고 하더라도 그것이 관계법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 볼 것은 아닌 점(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결 참조) 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.