조심 2020인1498 (2020.12.22)

OOO세무서장이 2020.3.2. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 세무조사에 따른 납세고지일(2019.7.1.) 후부터 감사지적에 따른 납세고지일까지의 납부불성실가산세는 이를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 토지 464.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 1988.1.25. 쟁점토지 위에 건물 1,168.02㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 공장 및 사무실로 임대하여 오다가 2016.11.29. 쟁점부동산을 일괄 양도한 후 2017.1.31. 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 장부가액(실지거래가액)인 OOO원(쟁점토지 OOO원+ 쟁점건물 OOO원)으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 2019.5.15.～2019.6.3. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산의 취득가액으로 신고한 OOO원을 실지거래가액으로 인정하면서 감가상각비 등 OOO원이 과대계상된 것으로 보아 이를 필요경비 부인하여 2019.7.2. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 이후 OOO지방국세청장(감사관)은 처분청에 대한 교차감사를 실시한 결과, 양도소득세 경정시 쟁점부동산의 실지취득가액으로 인정한 장부가액을 부인하고, 장부나 그 밖의 증빙서류에 의하여 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우로 보아 환산가액 OOO원(쟁점토지 OOO원+쟁점건물 0)을 적용하여 양도소득세를 재경정하도록 처분청에 감사결과통지를 하였으며, 처분청은 이에 따라 아래와 같이 2020.3.2. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

＜쟁점부동산의 취득가액 신고 및 경정(재경정)내역＞

OOO

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청이 쟁점부동산의 실지취득가액이 확인되지 않는다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 부당하므로 취소하여야 한다.

(가) 처분청은 양도소득세 세무조사시 청구인이 쟁점부동산의 취득가액으로 신고한 장부가액(실지거래가액)을 필요경비로 인정하였으나, OOO지방국세청장의 처분청에 대한 감사결과에 따라 장부가액을 부인하고 환산취득가액을 적용하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다고 판시하고 있다(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결 등 참조).

2) 처분청은 세무조사시 청구인이 신고한 쟁점부동산의 취득가액(건물 OOO원, 토지 OOO원)을 실지거래가액으로 인정하면서 단지 감가상각비를 과소계상함으로써 OOO원의 필요경비를 과대계상하였다 하여 양도소득세 OOO원을 과세함으로써 납세자의 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였고, 청구인은 처분청의 견해표명이 정당하다고 신뢰하여 양도소득세를 납부함으로써 납세자가 신뢰한데 있어 귀책사유가 없다고 할 것이다.

따라서, 처분청이 세무조사시 청구인이 신고한 장부가액을 실지취득가액으로 인정한 후 이를 처분청 스스로 부인하고 환산취득가액으로 재경정한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되어 관련법령에 따른 적법한 처분여부에 관계없이 취소되어야 한다.

3) 심판례(국심 1995중0975, 1996.3.15.)를 보더라도, “과세관청이 공적견해를 표명한 후 당초 확인되지 아니한 새로운 과세요건 사실이 확인되었다는 등과 같은 상황변화가 전혀 없는데도 불구하고 당초 실지거래가액으로 결정고지한 후 11개월이나 지난 시점에 이르러서 당초결정시 알 수 있었던 사유인 쟁점토지거래가 단기양도에 해당하지 아니하고 신고한 실지거래가액 또한 사실과 다르다는 이유만으로 기준시가로 다시 과세한 것은 당초 표명한 공적 견해에 반하는 것으로서

국세기본법 제15조

규정의 신의성실의 원칙에 위배되어 이건 처분은 부당함을 면키 어려운 것으로 판단된다.”고 결정하고 있다.

(나) 처분청이 세무조사시 청구인이 신고한 장부가액을 실지취득가액으로 인정한 후 감사지적에 따라 이를 부인하고 환산취득가액으로 추계경정할 경우 입증책임은 처분청에 있는바, 청구인이 신고한 장부가액을 부인하기 위해서는 도급계약서, 매매계약서, 세금계산서, 영수증 등 구체적 관련 증빙을 제시하여 장부가액이 실지취득가액이 아님을 처분청이 명백하게 입증하여야 하나, 아무런 입증도 없이 OOO지방국세청장(감사관)은 장부가액이 불분명하다며 환산취득가액으로 재경정한 처분은 부당하다.

1) 대법원은 과세관청이 필요경비의 입증책임을 원칙적으로 부담하나, 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에 한하여 납세의무자에게 입증책임이 돌아가며, 이 경우에도 과세관청이 필요경비가 허위임이 상당한 정도로 입증을 하여야 한다고 판시하고 있다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 1999.1.15. 선고 97누15463 판결).

2) 처분청은 세무조사 결과 청구인이 신고한 장부가액이 실지취득가액임을 인정하였고, 이후 OOO지방국세청장의 감사지적에 따라 구체적 증빙도 없이 장부가액이 단지 불분명하다하여 이를 스스로 부인하고 환산취득가액으로 경정처분을 하였는바,

「국세기본법」제85조의3

제2항에서 장부보존기간을 5년으로 규정하고 있고, 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 납세자에게 부담시키는 것은 무리이며(조심 2012서2408 2013.5.6. 외 다수), 청구인의 경우 쟁점부동산을 30여년 전에 매매도 아닌 신축으로 취득하여 종합소득세신고서에 자산으로 신고해 온 것을 납세의무자에게 장부 외에 취득가액을 입증하는 것은 처분청보다 결코 쉽다고 할 수 없다.

3) 처분청이 들고 있는 대법원 판례(1988.2.9. 선고 87누536 판결)는 원고가 장부가액을 임의로 기재한 경우 실지거래가액에 해당하지 않는다는 청구주장을 받아들이면서 ‘납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없는 것’이라고 판시하고 있는바, 이는 납세의무자가 장부기재에 반하는 주장을 할 수 있다는 것으로서 청구인이 장부가액과 다른 실지거래가액을 입증할 증빙을 제시하는 경우 이를 취득가액으로 인정하는 것은 당연하다.

4) OOO지방국세청장(감사관)이 청구인의 장부가액이 실거래가액이 아니라고 부인하여 환산취득가액으로 과세하기 위해서는 이를 주장하는 처분청이 장부가액이 실지거래가액에 해당하지 않는다는 매매계약서 등 증빙을 제시하지 않는 한 실지거래가액을 부인하여 추계방법으로 양도소득세 과세를 할 수 없다는 것이다. 즉 처분청이 청구인에게 취득가액을 환산가액으로 양도소득세를 과세하기 위해서는 청구인의 장부가액이 실지거래가액에 해당하지 아니한다는 점을 명백하게 반박할 수 있는 쟁점부동산의 매매계약서 등을 제시하여야 한다.

5) 처분청이 세무조사시 납세자가 신고한 장부가액을 인정한 후 장부가액이 단지 불분명하다 하여 구체적 증빙 없이 이를 부인한 데 대하여, 입증책임이 제한 없이 납세자에게 있는 것으로 돌아간다면, 처분청은 납세자가 신고한 경우뿐만 아니라 당해 과세처분처럼 세무조사시 인정한 부분을 이후에 장부가액과 환산취득가액을 비교 후 처분청이 유리한 쪽을 선택하여 언제든지 경정할 수 있어 조사권한을 부당히 남용할 우려가 있고, 또한 조세법률주의의 기본원리인 법적안정성과 예측가능성을 심히 침해하는 결과를 초래하므로 법률에서 제한하고 있다.

조세법률주의 파생원리로 과세요건 명확주의가 있는데 이는 과세요건과 부과·징수절차를 규정한 법률 또는 그 위임에 따른 명령, 규칙은 그 내용이 일의적이고 명확하여야 하며 함부로 불확정개념이나 개괄조항을 사용하여서는 아니된다는 원칙이다. 과세요건에 관한 법률규정의 내용이 지나치게 추상적이거나 불명확하면 이에 대한 과세관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 그 규정 내용이 명확하고 일의적이어야 한다는 원칙을 말하는데, 처분청은 청구인이 신고한 내용을 실지거래가액으로 경정하였다가 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없다며 자의적으로 환산취득가액으로 변경하여 재경정함으로써, 자의적인 판단에 의하여 조세법률주의에 반하는 처분을 하였다.

(다) 소득세법 기본통칙 80-0...1 제1항에서 당초 결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다고 규정하고 있는데, 이 규정은 종합소득세 뿐만 아니라 양도소득세에 대한 경정결정시에도 적용할 수 있다.

＜참고＞ 세법조문 비교

1) 종합소득세와 양도소득세는 결정 및 경정방법에 대하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의한 근거과세를 원칙으로 하고 예외적으로 추계방법으로 과세를 할 수 있는 것으로 유사하게 규정하고 있다. 조세법규는 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결).

2) 위 각 세법규정은 근거과세를 원칙으로 예외적으로 추계할 수 있음을 서로 유사하게 규정하고 있는 것이므로, 그 해석이나 적용에 있어서도 같은 의미로 해석·적용하여야 하며, 이에 따라 위 각 세법규정의 기본통칙도 별개의 것으로 볼 것이 아니라 서로 상호보완적이며 같은 의미로 해석·적용하는 것이 법적안정성 및 예측가능성을 지향하는 합목적적 해석·적용에 부합된다.

3) 이 건 처분은 개인이 양도한 일반적인 자산에 대한 것이 아니라 사업자가 사업소득 신고시 장부에 반영하고 감가상각한 자산을 기초로 한 것이므로 소득세법 기본통칙 80-0...1을 종합소득세에만 적용되는 것으로 한정해서 볼 것이 아니라, 양도소득세에도 적용되는 것으로 보는 것이 법적안정성 및 예측가능성을 지향하고 위 각 세법규정의 취지에 부합된다.

(2) 쟁점부동산의 취득과 관련하여 1996년 이후 대차대조표의 장부가액에 대한 소명이 부족하다 하여 청구인이 신고한 1996년 장부가액을 불인정한다 하더라도, 국세청 전산자료에서 확인되는 가장 빠른 연도인 1995년 대차대조표의 토지 OOO원 및 건물 OOO원은 취득가액으로 인정하여야 한다.

(가) 쟁점토지의 가액이 1995년 대차대조표상 OOO원으로 확인되는바, 30여년 전에 취득하여 취득관련 구체적 증빙이 없으나 취득당시 기준시가(OOO원) 대비 115%로 기준시가보다 다소 높게 거래되는 것이 일반적이므로 당해 장부가액을 실지취득가액으로 보기에 충분하다.

(나) 쟁점건물의 가액이 1995년 대차대조표상 OOO원[㎡당 OOO원=(OOO원÷1,168.02㎡), 평당OOO원]으로 국토교통부 고시에서 확인되는 1994년 표준건축비는 ㎡당 OOO원(평당 OOO원) 및 1988년, 1994년, 2000년의 비율변동 등을 감안할 때 동 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있다.

OOO

또한, 쟁점건물의 가액이 대차대조표상 1996년에는 OOO원이고 2016년 양도시에는 OOO원으로 20년간의 감가상각비가 OOO원(OOO)이며, 통상 건물은 내용연수 40년으로 정액법으로 상각하므로 40년으로 환산하면 OOO원(OOO)이 되어 장부가액 OOO원과 유사하므로 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있다.

(다) 청구인이 종합소득세 신고시 쟁점부동산의 취득가액 및 감가상각비를 계상한 대차대조표 등 결산서를 스스로 작성하여 첨부한 이상 명백한 근거 없이 장부가액이 실지취득가액이 아니라고 부인하기 어렵다(조심 2019부1874, 2019.10.22., 조심 2018중3404, 2018.11.5. 참조).

더욱이 이 건 처분은 단순히 납세자가 신고한 부분을 부인한 것이 아니라 처분청이 실지조사권한에 따른 세무조사시 인정한 것을 스스로 조사결과를 부인하는 것이므로 그 입증책임을 과세관청에게 더욱 엄격하게 적용하는 것이 법적안정성 및 예측가능성을 고려한 합리적인 적용이라 할 것이다

(3) 이 건 처분은 당초 세무조사시 청구인이 신고한 장부가액을 실지취득가액으로 인정한 후 감사시 이를 부인한 것이므로 당초 세무조사에 따른 고지일(2019.7.1.) 후 감사지적에 따른 고지일(2020.3.1.)까지의 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결 등 참조).

(나) 이 건 처분은 청구인이 장부가액을 취득가액으로 신고한 부분에 대해 처분청이 세무조사시 장부가액을 인정한 후 감사지적에 따라 처분청 스스로 이를 부인하고 환산취득가액으로 경정한 것으로, 청구인으로서는 당초 세무조사시 처분청이 장부가액을 취득가액으로 인정한 부분에 대해서 수정신고·납부를 할 수 없는 상황이었으므로 신고·납부하지 않은 데에 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점부동산의 실지취득가액이 확인되지 않는다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 정당하다.

(가) 처분청은 양도소득세 세무조사시 청구인이 쟁점부동산의 취득가액으로 신고한 장부가액(실지거래가액)을 필요경비로 인정하였으나, OOO지방국세청장의 처분청에 대한 감사결과에 따라 장부가액을 부인하고 환산취득가액을 적용하여 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

1) 대법원 판례에 따른 과세관청의 신의성실원칙의 적용을 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

2) 이 건의 경우 청구인이 주장하는 세무조사 결과에 따른 단순 납부이행이 신의성실 요건에 해당하는 세법상 납세자의 특정한 행위로 볼 수 있는지 여부가 불분명하고, 행정청의 행정처분이 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없어 당연 무효가 되지 아니한다.

3) 세법의 해석ㆍ적용에 있어서 신의성실원칙이 성립하기 위해서는 합법성의 원칙을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호할 필요가 있는 경우에 한하여 제한적으로 적용하여야 하므로 조사공무원의 사실관계 및 세법적용의 판단착오를 바로 잡은 것을 신의성실 원칙 위배로 단정하는 것은 무리가 있다. 특히 세법의 해석ㆍ적용에 있어 법률관계나 사실관계의 전문성ㆍ복잡성으로 그 해석ㆍ적용의 다툼이 빈번한데, 그 행정처분의 실질적인 내용을 고려하지 않고 중복조사 등 절차적으로 명백한 하자가 없는데도 단지 세무조사 결과와 감사관의 감사결과 처분이 다르다는 이유로 곧바로 신의성실원칙에 어긋나거나 행정처분이 무효가 된다고 보기 어렵다.

4) 청구인의 주장대로라면, 당초 세무조사 결과에 반하는 행정청의 처분은 특별한 사정이 없는 한 대부분 신의성실원칙에 위배된다고 볼 수 있는데, 이렇게 된다면 향후 세무조사 결과에 대해서는 세법상 오류를 바로 잡을 수 있는 과세관청의 감사행정 업무의 정상적인 역할이 어려워져 공평과세를 실현하는데 큰 어려움에 직면할 것이다.

(나) 처분청은 쟁점부동산의 취득가액과 관련하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의해 실지거래가액이 확인되지 않음을 입증하였고, 이에 따라 부득이 취득가액을 환산가액으로 경정하였으므로 이 건 처분은 정당하다.

1) 판례 등에 따르면 납세자의 신고내용을 경정함에 있어 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 부여되고, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 대해서 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여야 한다고 판시하고 있다.

2) 청구인은 쟁점부동산을 2016.11.29. 양도하였는데, 쟁점토지는 1987.7.8. 매매로 취득하였고 건물은 1988.1.25.(사용승인일) 신축하였는바, 청구인은 양도소득세 신고에서 쟁점부동산 취득이후 오랜 시간이 경과하여, 현실적으로 관련 증빙을 보관이 어렵다는 사유로 사업소득 신고내역(재무제표)를 세무서에 전산내역을 요청하여, 이를 근거로 장부가액을 실지거래가액으로 보아 신고하였는데, 쟁점부동산의 장부가액은 아래와 같은 이유로 실지취득가액으로 볼 수 없다.

가) 청구인은 신고 당시 쟁점부동산의 장부가액을 국세청 내부 전산자료 내용을 근거로 아래와 같이 쟁점부동산의 실지거래가액을 계산하면서, 1996년 건물가액은 1995년 토지·건물가액의 합계액이고, 1996년 건물가액이 1995년 토지·건물가액 보다 작은 것은 감가상각비 때문이며, 1996년 토지분 OOO원과 기타분 OOO원은 신규 자본적 지출이므로 쟁점토지의 취득가액을 OOO원(OOO원), 쟁점건물의 취득가액을 OOO원[OOO원(감가상각비)]으로 계상하여 양도소득세를 신고하였다.

＜양도소득세 신고서상 장부가액을 이용한 실지거래가액 계산 내역＞

OOO

나) 그런데 1995년 당시 청구인의 종합소득세 신고내역에는 쟁점부동산 임대업과 관련된 재무제표는 확인되지 않고, 청구인의 별도 사업장인 OOO(소재지 : OOO)의 재무제표가 확인될 뿐이며, 이후 1996년 쟁점부동산과 OOO의 재무제표(대차대조표)는 아래와 같은바, 1995년의 토지가액 OOO원은 당초부터 OOO 장부가액으로 기재된 토지가액에 해당하여, 1996년의 건물가액이 1995년의 토지가액과 건물가액을 합친 금액이라는 주장에 합리성이 없다.

＜쟁점부동산 임대업과 OOO 재무제표 내역＞

OOO

다) 또한 쟁점부동산 및 OOO 사업에 대한 국세청 전산내역 상 1996년 이후 장부가액의 주요 변동 내역은 아래와 같은바, 청구인은 양도소득세 신고에서 2011년 쟁점부동산의 토지가액 변동(OOO원)과 관련하여, 2011년 성실신고 도입으로 OOO의 부동산 임대업과 제조업을 분리하는 과정에서 착오로 쟁점부동산에 OOO의 부동산 임대업에 해당하는 부동산 가액이 더해졌다고 주장하나, 그렇다면 OOO 장부가액의 감소가 있어야 하는데 OOO의 장부가액 총액의 변동사항이 없고, 분리기장된 금액은 건물가액이 OOO원이나, 쟁점부동산의 증가액은 토지(전표상) OOO원으로 항목 및 가액이 서로 일치하지도 않아 장부가액이 적정하지 아니한 것으로 보인다.

＜1996년 이후 쟁점 부동산 장부가액 연도별 주요 변동 내역＞

OOO

3) 처분청이 쟁점토지ㆍ쟁점건물 장부가액의 객관적 합리성 결여와 장부가액 임의 변동에 따른 신뢰성 부족을 합리적으로 입증한 반면, 청구인은 실지거래가액을 입증할 수 있는 매매계약서, 도급계약서, 대금증명 등 일체의 객관적인 증빙자료가 없으므로 장부가액을 실거거래가액으로 볼 수 없어 환산취득가액으로 경정한 당초 처분은 정당하다.

(다) 소득세법 기본통칙 80-0...1 제1항에서 당초 결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다고 규정하고 있는데, 이 규정은 종합소득세 및 퇴직소득에 한정하여 적용되어야 한다.

1) 조세법의 원칙인 조세법률주의 원칙에 따라 과세요건은 법률에 규정이 필요하고 불가피하게 시행령·시행규칙 등에 위임하는 경우에는 구체적 범위를 정하여 위임하여야 하고, 납세자의 예측가능성 및 법적안정성을 위해 해당 조항의 해석하는 경우에도 납세자의 재산권을 침해하지 않도록 엄격하게 해석하여야 하고 확대·유추해석을 하여서는 않되며, 과세요건을 충족한 경우 법률이 정한 대로 조세를 부과징수해야 하고, 조세 감면 등에 관한 명문규정이 없는 경우 조세를 징수하지 않을 수 없다.

2) 청구인이 주장근거로 삼는 소득세법 기본통칙 80-0…1은 아래의 사유로 이 건에 적용하기에는 어렵다.

가) 「소득세법」은 과세소득을 법령에 구체적으로 열거하여 과세하는 열거주의를 채택하고 있으며, 종합과세하는 것이 원칙이나 양도소득은 별도로 과세하는 방식의 분류과세를 채택하고 있는바, 위 기본통칙 조항은 「소득세법」상 “제2장 거주자의 종합소득 및 퇴직소득에 대한 납세의무”의 제80조와 관련한 통칙 규정으로, 양도소득에 대하여는 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 같은 법 제114조의 규정을 별도로 두고 있다.

나) 기본통칙은 행정업무의 통일을 도모하기 위해 각 조문에 대한 해석·운영방침 등을 정한 것으로, 원칙적으로 해당 조문의 국한하여 해석·적용하여야 하므로, 상기 조항을 양도소득에 대한 경정에 적용하는 것은 해당 규정을 확대해석·적용하는 것이다.

다) 또한, 「소득세법」상 종합소득과 양도소득을 별도로 분류하여 규정하는 이유는 기본적으로 종합소득(계속적·반복적)과 양도소득(일시적·비반복적)의 성격이 완전히 다르기 때문이며, 이러한 이유로 해당 소득의 종류에 따라 결정·경정에 대한 별도 규정이 있는데도 불구하고, 이를 혼동하는 것은 법 해석에 있어 오류가 있는 것이다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 취득가액을 입증하는데 1995년 및 1996년의 장부가액을 기초로 추정 개념을 도입하여 취득 당시 실지거래가액을 역으로 계산하였으나, 이를 허용하는 것은 오히려 실지거래가액의 개념을 확장ㆍ유추 해석하는 것으로 근거과세 취지에 부합한다고 볼 수 없다.

(가) 청구인의 쟁점부동산 임대업 재무제표(대차대조표)가 확인되는 최초 과세기간은 취득일(1988.1.25)로부터 9년이 경과한 1996년이고, 1996년 최초 신고당시 장부상 금액과 기준시가를 비교한 내역은 아래와 같이 유사함을 알 수 있다.

＜1996년 장부가액과 기준시가 비교 내역＞

OOO

(나) 청구인은 건물에 대한 취득가액을 추정계산하면서 국토교통부 고시 1994년 표준건축비(OOO원/㎡)를 근거로 임의환산 계산하여 장부가액과 유사함을 주장하나, 표준건축비는 「수도권정비계획법」 에 따른 과밀부담금 산정을 위한 기준 중 하나로서 1994년 당시 기준으로 보면 업무용건축물로 그 연면적이 25,000㎡ 이상인 건축물에 대해 부담금을 부과하기 위한 것으로 건축물의 규모나 입법 취지를 고려하면 쟁점부동산의 건물 취득가액을 추정하기 위한 기본 자료로 사용하기 어렵다.

오히려 청구인이 주장하는 표준건축비가 아닌 OOO이 감정평가, 금융여신, 손해사정, 감리비 산출기준 등에 활용하도록 발간하고, 현재에도 건축물의 감정평가에 기본자료로 활용하는 OOO 발간 「건축물신축단가표」의 1988년 발간 자료에 따라 계산하는 것이 합리적인데, 1988년 발간 「건축물신축단가표」 자료에 따르면, 쟁점건물과 유사한 건축물의 표준단가는 OOO원이고, 이를 토대로 계산한 쟁점건물의 최고가액은 OOO원으로 청구인이 양도소득세 신고 당시 계산한 OOO원과 큰 차이가 있다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재이므로, 행정청의 행정처분이 그 부과과정에서 명백한 법적인 하자가 없는 정당한 행정행위에서 비롯된 이 건에 대한 납부불성실가산세 부과는 정당한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 실지취득가액이 확인되지 않는다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

①-1 양도소득세 세무조사시 청구인이 신고한 취득가액을 인정하였다가 감사시 부인하고 취득가액을 환산가액으로 하여 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

①-2 처분청이 당초 신고한 취득가액을 인정하여 경정하였다가 환산가액을 취득가액으로 재경정할 경우 해당 요건에 대한 입증책임이 누구에게 있는지 여부

①-3 소득세법 기본통칙 80-0...1의 “당초 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 재경정을 할 수 없다”는 규정이 종합소득세가 아닌 양도소득세 재경정시에도 적용되는지 여부

② 쟁점부동산의 취득가액을 1995년 대차대조표상의 토지가액 및 건물가액으로 볼 수 있는지 여부

③ 납부불성실가산세 부과의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제4조【소득의 구분】① 거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 종합소득

이 법에 따라 과세되는 모든 소득에서 제2호 및 제3호에 따른 소득을 제외한 소득으로서 다음 각 목의 소득을 합산한 것

가. 이자소득 ～ 바. 기타소득

2. 퇴직소득

3. 양도소득

제80조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 (중략)

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤～⑥ (중략)

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

1) 종합소득세와 양도소득세는 결정 및 경정방법에 대하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의한 근거과세를 원칙으로 하고 예외적으로 추계방법으로 과세를 할 수 있는 것으로 유사하게 규정하고 있다. 조세법규는 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결).

2) 위 각 세법규정은 근거과세를 원칙으로 예외적으로 추계할 수 있음을 서로 유사하게 규정하고 있는 것이므로, 그 해석이나 적용에 있어서도 같은 의미로 해석·적용하여야 하며, 이에 따라 위 각 세법규정의 기본통칙도 별개의 것으로 볼 것이 아니라 서로 상호보완적이며 같은 의미로 해석·적용하는 것이 법적안정성 및 예측가능성을 지향하는 합목적적 해석·적용에 부합된다.

3) 이 건 처분은 개인이 양도한 일반적인 자산에 대한 것이 아니라 사업자가 사업소득 신고시 장부에 반영하고 감가상각한 자산을 기초로 한 것이므로 소득세법 기본통칙 80-0...1을 종합소득세에만 적용되는 것으로 한정해서 볼 것이 아니라, 양도소득세에도 적용되는 것으로 보는 것이 법적안정성 및 예측가능성을 지향하고 위 각 세법규정의 취지에 부합된다.

(2) 쟁점부동산의 취득과 관련하여 1996년 이후 대차대조표의 장부가액에 대한 소명이 부족하다 하여 청구인이 신고한 1996년 장부가액을 불인정한다 하더라도, 국세청 전산자료에서 확인되는 가장 빠른 연도인 1995년 대차대조표의 토지 OOO원 및 건물 OOO원은 취득가액으로 인정하여야 한다.

(가) 쟁점토지의 가액이 1995년 대차대조표상 OOO원으로 확인되는바, 30여년 전에 취득하여 취득관련 구체적 증빙이 없으나 취득당시 기준시가(OOO원) 대비 115%로 기준시가보다 다소 높게 거래되는 것이 일반적이므로 당해 장부가액을 실지취득가액으로 보기에 충분하다.

(나) 쟁점건물의 가액이 1995년 대차대조표상 OOO원[㎡당 OOO원=(OOO원÷1,168.02㎡), 평당OOO원]으로 국토교통부 고시에서 확인되는 1994년 표준건축비는 ㎡당 OOO원(평당 OOO원) 및 1988년, 1994년, 2000년의 비율변동 등을 감안할 때 동 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있다.

OOO

또한, 쟁점건물의 가액이 대차대조표상 1996년에는 OOO원이고 2016년 양도시에는 OOO원으로 20년간의 감가상각비가 OOO원(OOO)이며, 통상 건물은 내용연수 40년으로 정액법으로 상각하므로 40년으로 환산하면 OOO원(OOO)이 되어 장부가액 OOO원과 유사하므로 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있다.

(다) 청구인이 종합소득세 신고시 쟁점부동산의 취득가액 및 감가상각비를 계상한 대차대조표 등 결산서를 스스로 작성하여 첨부한 이상 명백한 근거 없이 장부가액이 실지취득가액이 아니라고 부인하기 어렵다(조심 2019부1874, 2019.10.22., 조심 2018중3404, 2018.11.5. 참조).

더욱이 이 건 처분은 단순히 납세자가 신고한 부분을 부인한 것이 아니라 처분청이 실지조사권한에 따른 세무조사시 인정한 것을 스스로 조사결과를 부인하는 것이므로 그 입증책임을 과세관청에게 더욱 엄격하게 적용하는 것이 법적안정성 및 예측가능성을 고려한 합리적인 적용이라 할 것이다

(3) 이 건 처분은 당초 세무조사시 청구인이 신고한 장부가액을 실지취득가액으로 인정한 후 감사시 이를 부인한 것이므로 당초 세무조사에 따른 고지일(2019.7.1.) 후 감사지적에 따른 고지일(2020.3.1.)까지의 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결 등 참조).

(나) 이 건 처분은 청구인이 장부가액을 취득가액으로 신고한 부분에 대해 처분청이 세무조사시 장부가액을 인정한 후 감사지적에 따라 처분청 스스로 이를 부인하고 환산취득가액으로 경정한 것으로, 청구인으로서는 당초 세무조사시 처분청이 장부가액을 취득가액으로 인정한 부분에 대해서 수정신고·납부를 할 수 없는 상황이었으므로 신고·납부하지 않은 데에 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점부동산의 실지취득가액이 확인되지 않는다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 정당하다.

(가) 처분청은 양도소득세 세무조사시 청구인이 쟁점부동산의 취득가액으로 신고한 장부가액(실지거래가액)을 필요경비로 인정하였으나, OOO지방국세청장의 처분청에 대한 감사결과에 따라 장부가액을 부인하고 환산취득가액을 적용하여 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

1) 대법원 판례에 따른 과세관청의 신의성실원칙의 적용을 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

2) 이 건의 경우 청구인이 주장하는 세무조사 결과에 따른 단순 납부이행이 신의성실 요건에 해당하는 세법상 납세자의 특정한 행위로 볼 수 있는지 여부가 불분명하고, 행정청의 행정처분이 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없어 당연 무효가 되지 아니한다.

3) 세법의 해석ㆍ적용에 있어서 신의성실원칙이 성립하기 위해서는 합법성의 원칙을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호할 필요가 있는 경우에 한하여 제한적으로 적용하여야 하므로 조사공무원의 사실관계 및 세법적용의 판단착오를 바로 잡은 것을 신의성실 원칙 위배로 단정하는 것은 무리가 있다. 특히 세법의 해석ㆍ적용에 있어 법률관계나 사실관계의 전문성ㆍ복잡성으로 그 해석ㆍ적용의 다툼이 빈번한데, 그 행정처분의 실질적인 내용을 고려하지 않고 중복조사 등 절차적으로 명백한 하자가 없는데도 단지 세무조사 결과와 감사관의 감사결과 처분이 다르다는 이유로 곧바로 신의성실원칙에 어긋나거나 행정처분이 무효가 된다고 보기 어렵다.

4) 청구인의 주장대로라면, 당초 세무조사 결과에 반하는 행정청의 처분은 특별한 사정이 없는 한 대부분 신의성실원칙에 위배된다고 볼 수 있는데, 이렇게 된다면 향후 세무조사 결과에 대해서는 세법상 오류를 바로 잡을 수 있는 과세관청의 감사행정 업무의 정상적인 역할이 어려워져 공평과세를 실현하는데 큰 어려움에 직면할 것이다.

(나) 처분청은 쟁점부동산의 취득가액과 관련하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의해 실지거래가액이 확인되지 않음을 입증하였고, 이에 따라 부득이 취득가액을 환산가액으로 경정하였으므로 이 건 처분은 정당하다.

1) 판례 등에 따르면 납세자의 신고내용을 경정함에 있어 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 부여되고, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 대해서 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여야 한다고 판시하고 있다.

2) 청구인은 쟁점부동산을 2016.11.29. 양도하였는데, 쟁점토지는 1987.7.8. 매매로 취득하였고 건물은 1988.1.25.(사용승인일) 신축하였는바, 청구인은 양도소득세 신고에서 쟁점부동산 취득이후 오랜 시간이 경과하여, 현실적으로 관련 증빙을 보관이 어렵다는 사유로 사업소득 신고내역(재무제표)를 세무서에 전산내역을 요청하여, 이를 근거로 장부가액을 실지거래가액으로 보아 신고하였는데, 쟁점부동산의 장부가액은 아래와 같은 이유로 실지취득가액으로 볼 수 없다.

가) 청구인은 신고 당시 쟁점부동산의 장부가액을 국세청 내부 전산자료 내용을 근거로 아래와 같이 쟁점부동산의 실지거래가액을 계산하면서, 1996년 건물가액은 1995년 토지·건물가액의 합계액이고, 1996년 건물가액이 1995년 토지·건물가액 보다 작은 것은 감가상각비 때문이며, 1996년 토지분 OOO원과 기타분 OOO원은 신규 자본적 지출이므로 쟁점토지의 취득가액을 OOO원(OOO원), 쟁점건물의 취득가액을 OOO원[OOO원(감가상각비)]으로 계상하여 양도소득세를 신고하였다.

＜양도소득세 신고서상 장부가액을 이용한 실지거래가액 계산 내역＞

OOO

나) 그런데 1995년 당시 청구인의 종합소득세 신고내역에는 쟁점부동산 임대업과 관련된 재무제표는 확인되지 않고, 청구인의 별도 사업장인 OOO(소재지 : OOO)의 재무제표가 확인될 뿐이며, 이후 1996년 쟁점부동산과 OOO의 재무제표(대차대조표)는 아래와 같은바, 1995년의 토지가액 OOO원은 당초부터 OOO 장부가액으로 기재된 토지가액에 해당하여, 1996년의 건물가액이 1995년의 토지가액과 건물가액을 합친 금액이라는 주장에 합리성이 없다.

＜쟁점부동산 임대업과 OOO 재무제표 내역＞

OOO

다) 또한 쟁점부동산 및 OOO 사업에 대한 국세청 전산내역 상 1996년 이후 장부가액의 주요 변동 내역은 아래와 같은바, 청구인은 양도소득세 신고에서 2011년 쟁점부동산의 토지가액 변동(OOO원)과 관련하여, 2011년 성실신고 도입으로 OOO의 부동산 임대업과 제조업을 분리하는 과정에서 착오로 쟁점부동산에 OOO의 부동산 임대업에 해당하는 부동산 가액이 더해졌다고 주장하나, 그렇다면 OOO 장부가액의 감소가 있어야 하는데 OOO의 장부가액 총액의 변동사항이 없고, 분리기장된 금액은 건물가액이 OOO원이나, 쟁점부동산의 증가액은 토지(전표상) OOO원으로 항목 및 가액이 서로 일치하지도 않아 장부가액이 적정하지 아니한 것으로 보인다.

＜1996년 이후 쟁점 부동산 장부가액 연도별 주요 변동 내역＞

OOO

3) 처분청이 쟁점토지ㆍ쟁점건물 장부가액의 객관적 합리성 결여와 장부가액 임의 변동에 따른 신뢰성 부족을 합리적으로 입증한 반면, 청구인은 실지거래가액을 입증할 수 있는 매매계약서, 도급계약서, 대금증명 등 일체의 객관적인 증빙자료가 없으므로 장부가액을 실거거래가액으로 볼 수 없어 환산취득가액으로 경정한 당초 처분은 정당하다.

(다) 소득세법 기본통칙 80-0...1 제1항에서 당초 결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다고 규정하고 있는데, 이 규정은 종합소득세 및 퇴직소득에 한정하여 적용되어야 한다.

1) 조세법의 원칙인 조세법률주의 원칙에 따라 과세요건은 법률에 규정이 필요하고 불가피하게 시행령·시행규칙 등에 위임하는 경우에는 구체적 범위를 정하여 위임하여야 하고, 납세자의 예측가능성 및 법적안정성을 위해 해당 조항의 해석하는 경우에도 납세자의 재산권을 침해하지 않도록 엄격하게 해석하여야 하고 확대·유추해석을 하여서는 않되며, 과세요건을 충족한 경우 법률이 정한 대로 조세를 부과징수해야 하고, 조세 감면 등에 관한 명문규정이 없는 경우 조세를 징수하지 않을 수 없다.

2) 청구인이 주장근거로 삼는 소득세법 기본통칙 80-0…1은 아래의 사유로 이 건에 적용하기에는 어렵다.

가) 「소득세법」은 과세소득을 법령에 구체적으로 열거하여 과세하는 열거주의를 채택하고 있으며, 종합과세하는 것이 원칙이나 양도소득은 별도로 과세하는 방식의 분류과세를 채택하고 있는바, 위 기본통칙 조항은 「소득세법」상 “제2장 거주자의 종합소득 및 퇴직소득에 대한 납세의무”의 제80조와 관련한 통칙 규정으로, 양도소득에 대하여는 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 같은 법 제114조의 규정을 별도로 두고 있다.

나) 기본통칙은 행정업무의 통일을 도모하기 위해 각 조문에 대한 해석·운영방침 등을 정한 것으로, 원칙적으로 해당 조문의 국한하여 해석·적용하여야 하므로, 상기 조항을 양도소득에 대한 경정에 적용하는 것은 해당 규정을 확대해석·적용하는 것이다.

다) 또한, 「소득세법」상 종합소득과 양도소득을 별도로 분류하여 규정하는 이유는 기본적으로 종합소득(계속적·반복적)과 양도소득(일시적·비반복적)의 성격이 완전히 다르기 때문이며, 이러한 이유로 해당 소득의 종류에 따라 결정·경정에 대한 별도 규정이 있는데도 불구하고, 이를 혼동하는 것은 법 해석에 있어 오류가 있는 것이다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 취득가액을 입증하는데 1995년 및 1996년의 장부가액을 기초로 추정 개념을 도입하여 취득 당시 실지거래가액을 역으로 계산하였으나, 이를 허용하는 것은 오히려 실지거래가액의 개념을 확장ㆍ유추 해석하는 것으로 근거과세 취지에 부합한다고 볼 수 없다.

(가) 청구인의 쟁점부동산 임대업 재무제표(대차대조표)가 확인되는 최초 과세기간은 취득일(1988.1.25)로부터 9년이 경과한 1996년이고, 1996년 최초 신고당시 장부상 금액과 기준시가를 비교한 내역은 아래와 같이 유사함을 알 수 있다.

＜1996년 장부가액과 기준시가 비교 내역＞

OOO

(나) 청구인은 건물에 대한 취득가액을 추정계산하면서 국토교통부 고시 1994년 표준건축비(OOO원/㎡)를 근거로 임의환산 계산하여 장부가액과 유사함을 주장하나, 표준건축비는 「수도권정비계획법」 에 따른 과밀부담금 산정을 위한 기준 중 하나로서 1994년 당시 기준으로 보면 업무용건축물로 그 연면적이 25,000㎡ 이상인 건축물에 대해 부담금을 부과하기 위한 것으로 건축물의 규모나 입법 취지를 고려하면 쟁점부동산의 건물 취득가액을 추정하기 위한 기본 자료로 사용하기 어렵다.

오히려 청구인이 주장하는 표준건축비가 아닌 OOO이 감정평가, 금융여신, 손해사정, 감리비 산출기준 등에 활용하도록 발간하고, 현재에도 건축물의 감정평가에 기본자료로 활용하는 OOO 발간 「건축물신축단가표」의 1988년 발간 자료에 따라 계산하는 것이 합리적인데, 1988년 발간 「건축물신축단가표」 자료에 따르면, 쟁점건물과 유사한 건축물의 표준단가는 OOO원이고, 이를 토대로 계산한 쟁점건물의 최고가액은 OOO원으로 청구인이 양도소득세 신고 당시 계산한 OOO원과 큰 차이가 있다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재이므로, 행정청의 행정처분이 그 부과과정에서 명백한 법적인 하자가 없는 정당한 행정행위에서 비롯된 이 건에 대한 납부불성실가산세 부과는 정당한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 실지취득가액이 확인되지 않는다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

①-1 양도소득세 세무조사시 청구인이 신고한 취득가액을 인정하였다가 감사시 부인하고 취득가액을 환산가액으로 하여 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

①-2 처분청이 당초 신고한 취득가액을 인정하여 경정하였다가 환산가액을 취득가액으로 재경정할 경우 해당 요건에 대한 입증책임이 누구에게 있는지 여부

①-3 소득세법 기본통칙 80-0...1의 “당초 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 재경정을 할 수 없다”는 규정이 종합소득세가 아닌 양도소득세 재경정시에도 적용되는지 여부

② 쟁점부동산의 취득가액을 1995년 대차대조표상의 토지가액 및 건물가액으로 볼 수 있는지 여부

③ 납부불성실가산세 부과의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제4조【소득의 구분】① 거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 종합소득

이 법에 따라 과세되는 모든 소득에서 제2호 및 제3호에 따른 소득을 제외한 소득으로서 다음 각 목의 소득을 합산한 것

가. 이자소득 ～ 바. 기타소득

2. 퇴직소득

3. 양도소득

제80조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 (중략)

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤～⑥ (중략)

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

* 소득세법 기본통칙 80-0…1【과세표준과 세액의 경정결정】① 당초 결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다. 다만, 당초 결정 또는 경정 후 수입금액 등의 누락 또는 탈루가 발견되었으나 천재.지변 기타 불가항력의 사유로 당초의 장부와 증빙 등이 멸실되어 실지조사할 수 없는 경우에는 그 부분에 한하여 소득금액을 추계할 수 있다.

② 당초 결정 또는 경정이 추계결정되었을 경우에는 그 후 당초 추계결정 근거에서 누락된 수입금액의 누락 등의 발견시에도 소득금액을 추계하여 계산한다.

(3) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

제85조의3【장부 등의 비치와 보존】① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의 2 제1항 제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 양도소득세 실지조사 후 작성한 청구인에 대한 2016년 귀속 양도소득세 결의서 부표인 검토서를 보면, 종합소득세신고서의 토지 및 건물가액에 대한 오류가 토지 및 건물의 취득가액에 의한 오류가 아니라 청구인이 소명한 바와 같이 제조업과 부동산임대사업 겸업시 분리기장하여 신고하도록 한 지침에 의하여 분리기장을 하면서 토지 및 건물가액을 합산하거나 토지가액을 추가 합산하는 등 기장실수로 인한 것이지 “당초 신고시 토지 건물의 오류에 의한 결산서 변동은 아닌 것으로 확인됨”이라고 기재되어 있다.

(2) 처분청은 당해 검토서에서 청구인이 연도별 감가상각비로 계상한 OOO원에 내용연수 40년을 적용한 OOO원(평당 건축비 OOO원)이 쟁점건물의 취득가액으로 추정되고, 청구인이 당초 쟁점건물의 취득가액으로 신고한 OOO원은 실지거래가액으로 인정되며, 청구인이 신고한 1996년 합계잔액시산표상 총금액은 OOO원인바, 감가상각비를 비례하여 차감하지 않았기 때문에 최초 합계금액은 정확하게 알 수 없으나, 감가상각비를 매년 OOO원으로 추정시 1988년 토지/건물 총합계액은 OOO원으로 건물 추정가액(OOO원)을 차감하면 토지 취득가액은 OOO원으로 산정되고 공시지가가 OOO원인 점에 비추어 청구인이 신고한 쟁점토지의 가액 OOO원은 합당한 실거래가액으로 판단된다고 조사되어 있다.

(3) OOO지방국세청장(감사관)의 시정사항을 보면, “청구인은 양도일 현재 해당 건물을 임대용 건물로 사용하였으나, 양도소득세 신고 당시 양도부동산의 과거 장부의 보관 미비를 사유로 국세청 내부전산망의 종합소득세 신고에 따른 재무제표를 근거로 취득가액을 계산하였는데, 청구인의 국세청 내부전산망 종합소득세 신고시의 재무제표 금액을 기초로 양도일 현재까지의 재무제표에 근거하여 취득가액을 계산하였습니다. 그런데 대법원 87누536 판결(1988.2.9.)에서는 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수는 없음은 물론 그 기재를 취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있다고 할 수 없고, OOO법원 2013누13183 판결(2014.3.26.) 외 다수 예규.판례에서는 장부가액도 증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 실지거래가액으로 인정한다고 판시하고 있습니다. 청구인은 양도부동산의 취득가액을 국세청 내부전산망에 수록된 1995년 귀속 종합소득세 신고 재무제표부터 양도일 현재 재무제표에 기초해 계산하였을 뿐, 상기 판례 내용과 같이 해당 재무제표가액을 실지거래가액으로 인정할만한 취득 당시 매매계약서, 도급계약서, 영수증 등 관련 증빙서류가 없는데도, 양도소득세 조사에서 신고 취득가액을 인정하여 양도소득세 OOO원을 부족징수 하였습니다.”라고 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①-1에 대하여 살피건대, 세법의 해석ㆍ적용에 있어서 신의성실원칙이 성립하기 위해서는 합법성의 원칙을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호할 필요가 있는 경우에 한하여 제한적으로 적용하여야 하는바, 이 건의 경우 조사공무원의 사실관계 및 세법적용의 판단착오를 감사에서 바로 잡은 것에 불과하므로 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 것으로 판단된다(국심 2005중2862, 2005.12.28. 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점①-2 및 쟁점②에 대하여 살피건대, 일반적으로 과세처분의 근거가 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 양도가액에서 필요경비를 공제한 것이므로 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다 할 것인바(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 같은 뜻임), 청구인이 쟁점부동산의 장부가액이 실지취득가액임을 공사계약서, 토지매매계약서 등 객관적인 증빙으로 입증하지 못하고 있는 점, 쟁점부동산의 장부가액도 청구인의 다른 사업장인 OOO의 계상액으로 보이는 등 이를 신뢰하기 어려운 점, 쟁점부동산의 1987년, 1988년 취득가액을 입증하는데 오랜 기간이 지난 1995년 및 1996년의 장부가액을 기초로 추정하기는 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점부동산의 취득가액에 대한 입증책임이 청구인이 아닌 처분청에 있다거나 1995년의 장부상 가액을 쟁점부동산의 실지취득가액으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점①-3에 대하여 살피건대, 소득세법 기본통칙 80-0...1 제1항에서 당초 결정 또는 경정이 실지조사에 의하여 이루어진 경우에는 그 후에 추계방법으로 경정 또는 재경정을 할 수 없다고 규정하고 있으나, 법문체계상 이 규정은 종합소득세 및 퇴직소득세에 한하여 적용되는 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면제할 수 있다 할 것인바, 이 건의 경우 처분청이 세무조사시 신고한 장부가액을 인정한 후 감사지적에 따라 처분청 스스로 이를 부인하고 환산취득가액으로 경정한 것으로 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 당초 세무조사에 따른 납세고지일(2019.7.1.) 후부터 감사지적에 따른 납세고지일까지의 납부불성실가산세는 제외하여 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.