조심2012서2321 (2012.12.17)

OOO세무서장이 2012.2.10. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 과다납부한 농어촌특별세액을 기납부세액으 로 하여 납부불성실가산세를 감액·경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분 개요 가. 청구인은 1992.4.10. OOO 670 OOO아파트 307동 1104호(전용면적은 96.75㎡이고 이하 “종전주택”이라 한다)를 매매를 원인으로 OOO원에 취득하여 보유하다가 재건축한(2005.1.28. 사용승인) OOO아파트 106동 2602호(전용면적이 145.83㎡이고 이하 “신축주택”이라 한다)를 2009.6.29. 김OOO, 조OOO에게 OOO원에 양도하고, 2009.8.31. 「조세특례제한법」제99조의3 의 규정을 적용하여 이 건 종전주택 취득일부터 이 건 신축주택 취득일 직전까지 발생한 양도소득을 포함한 산출세액 OOO원을 전액 감면신청하고 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다. 나. OOO지방국세청장은 정기감사를 통해 이 건 양도소득세 감면신청에 있어서 종전주택 양도소득에 대해서는 신축주택 감면을 적용하지 않아야 하는 것으로 검토하여 동 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 양도소득세 감면 과다신청에 따른 과소납부세액에 대해 2009년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 2012.2.10. 청구인에게 경정·고지하면서 과다납부한 농어촌특별세OOO원을 환급결정하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.2. 심판청구를 제기하였다 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 신축주택 감면세액 계산시 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득 전체금액이 감면대상에 해당한다. (가) 처분청은 법령을 오해한 점이 있다. 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문에서 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하여 발생하는 소득에는 양도소득세 세액 전액을 감면하고(이하 “전단부분”이라 한다), 신축주택 양도소득세 취득일부터 5년이 경과 후에 양도하는 경우 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다(이하 “후단부분”이라 한다)라고 규정하고 있는바, 전단부분은 세액감면의 방식, 후단부분은 소득공제의 방식으로서 전단 또는 후단부분은 전혀 다른 요건사실에 대하여 전혀 다른 법률효과를 규정하고 있으므로 청구인의 경우처럼 전단부분의 요건을 충족시킨 경우 즉, 양도소득세 감면 대상 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는 그 양도로 인해 발생한 전체 소득에 대한 양도소득세의 100분의 100이 감면되는 것으로 해석하여야 한다. 따라서, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문 전단부분이 그 양도소득세의 100분의 100을 감면하는 것으로 규정하고 있는 “취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득”이라 함은 「소득세법」제94조 제1항, 제95조 제1항에 의하여 계산한 “전체 양도금액”을 의미하는 것이라고 해석하는 것이 문리해석상 합당하므로 처분청이 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문 전단의 의미를 잘못 해석한데 기인하는 위법한 처분임이 명백하다. 또한, 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제40조 의 산식을 적용하 면서, “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”, 분자의 “취득당시 기준시가”, “양도당시 기준시가”는 이 건 신축건물의 기준시가를 적용하고 분모의 “취득당시 기준시가”는 이 건 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 보고 있는데 이는 유권해석의 중대한 오류라 할 것이다. (나) 처분청은 소급과세금지원칙을 위반한 점이 있다. 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문 내용의 해석에 대한 과세관청의 공식적인 견해 표명은 국세청에서 2005.1.28. 게시한 국세청뉴스 기획연재 양도소득세 절세시리즈 등을 통해 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도시 양도소득세의 100%가 전액 감면된다고 일관되게 표명해 왔으므로 「국세기본법」제18조 제3항에서 규정하고 있는 소급과세 금지원칙에 위반하는 처분이다. (다) 처분청은 신뢰보호원칙을 위반한 점이 있다. 대법원 판결(2008.6.12. 선고 2008두2101 판결)은 청구인과 동일한 아파트의 조합원 양도분이 양도소득세가 100% 감면되는 신축주택에 해당된다는 내용으로 양도소득세를 자진납부하였던 조합원들은 위 판결을 근거로 각자 경정청구를 하여 환급을 받았고, 그 이후에도 취득일부터 5년이내에 양도시에는 전액면제로 불복 또는 판결 등에 의해서 전액감면 받은 것으로, 이에 청구인은 대법원 판례, 조세심판원 선결정례 및 심사기준을 신뢰하여 신축주택 취득일로부터 5년이내 양도하면 양도소득세가 전 액면제된다고 판단하여 양도 하였고, 양도소득세 과세표준 신고를 하게 된 것인데, 처분청은 청구인의 위와 같은 신뢰를 배반 하여 이 건 처 분을 하였는바, 이는 일반적인 신뢰보호의 원칙을 벗어난 위법한 처분에 해당한다. (라) 처분청은 행정법의 일반원칙인 평등원칙을 위반한 점이 있다. 위에서 본바와 같이 대법원 판결(2008.6.12. 선고 2008두2101 판결) 이후 신축주택 취득일부터 5년 내 양도한 김OOO, 송OOO 등 다수 재 건축조합원들은 과세관청의 양도소득세 전액감면 경정결정에 의해 결 정취소 및 환급조치를 받았는데, 처분청은 상기한 사람들과 달리 청구인게만 본건과 같은 부과처분을 하였는데 이는 납세의무자간 형 평에 맞지 않고 불공평을 초래한 것으로서 조세평등의 원칙에 반하는 처분이라고 볼 수 밖에 없는 것이다. (2) 「농어촌특별세법」제5조 제1항 및 제7조 제1항에서「조세특례제한법」에 의하여 감면받는 소득의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고·납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인이 신축주택에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액·결정하는 것이 타당하다(조심 2011중1286, 2011.6.23. 같은 뜻). 나. 처분청 의견 (1) 양도당시 「조세특례제한법」제99조의3 에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 명확히 규정되어 있으며, 예규(재산세과-227, 1009.1.20. 외 다수) 등에서 재건축주택에 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 견해를 표명하고 있고, 침체된 주택시장 활성화라는 법 제정취지 및 합목적성에 비추어 종전주택에 대한 양도소득은 당연히 감면소득금액에서 배제하고 감면세액을 산정함이 타당하므로 당초 처분은 정당하다. 또한, 「조세특례제한법」제99조의2 에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세에 대한 감면대상이 종전주택과 신축주택 전체의 양도소득금액이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 「소득세법」제114조 제3항에 따라 경정 또는 결정에 오류가 있을시 즉시 이를 재경정하도록 되어 있어 소급과세 금지원칙을 위반했다는 청구주장은 타당하지 않으며, 일반적 조세법률관계에서 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 공적인 견해표명이 있어야 되고, 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 공적인 표명을 신뢰하고 그에 따라 어떤 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인데, 처분청은 이 건과 관련하여 감면대상이 종전주택과 신축주택 전체가 양도소득이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고 「조세특례제한법」제99조의3 의 규정에서 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 「조세특례제한법」제40조 제1항의 규정을 준용한다고 되어 있는바, 이 건 부과처분이 「국세기본법」제15조 에서 규정하고 있는 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다는 청구주장은 타당성이 없다. 따라서 「조세특례제한법」제99조의3 규정과 국세청 해석 및 합목적성 등에 비추어 종전주택의 양도소득금액 감면을 배제하고 감면세액을 재계산하여 결정한 당초 처분은 정당하다. (2) 청구인이 당초 신고·납부한 농어촌특별세를 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 감면하여 달라는 청구를 하였으나, 「국세기본법」제47조의4 의 규정에 따라 소득세의 납부불성실가산세 계산시 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액은 소득세만을 말하는 것으로 농어촌특별세를 가산하거나 차감하는 것으로 볼 수 없고, 감면받을 세액을 추징함에 따라 발생하는 농어촌특별세 환급금은 추징하는 소득세의 기납부세액으로 보는 것이 아니라 「농어촌특별세법」제12조 에 의거 소득세 환급의 예에 따라 환급하는 것이 타당하므로 납부불성실가산세 계산시 과다납부한 농어촌특별세 만큼을 차감하여 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례( 「조세특례제한법」제99조의3 ) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부, 소급과세금지의 원칙 위반여부, 신뢰보호의 원칙 위반여부, 평등의 원칙 위반여부 (2) 기납부한 농어촌특별세는 양도소득세를 납부한 것으로 보아 납부불성실가산세를 감액·경정하여야 한다는 청 구주장의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 명확히 규정되어 있으며, 예규 등에서 재건축주택에 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 견해를 표명하고 있고, 침체된 주택시장 활성화라는 법 제정취지 및 합목적성에 비추어 종전주택 양도소득은 당연히 감면소득금액에서 배제하고 감면세액을 산정함이 타당하므로 당초 처분은 정당하다면서, 양도소득세 결정결의서, 국세환급금 충당청구(동의)서, 신축주택 부당감면혐의자 개별검토서 등을 제시하였다. (2) 청구인은 신축주택 감면세액 계산시 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득 전체금액이 감면대상에 해당하고, 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙, 평등의 원칙에 위반되며, 기 납부한 농어촌특별세액은 양도소득세 기납부 세 액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액·결정하는 것이 타당하다고 주장하면서, 납세고지서 및 송달부 , 등기부등본, 양도소득세 과세표준신고서 및 세액감면신청서, 대법원 판결문, 조세심판원 결정서, 질의회신문 등을 제출하였다. (3)「조세특례제한법」(2010.1.11. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항에서 거주자가 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2009.7.22. 대통령령 제21634호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 되어 있다. (4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 「조세특례제한법」제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻). 또한, 소급 과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것( 대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임). 또한, 청구인은 국세청이 기존 예규를 변경함으로써 청구인에게 재산상 불이익을 받아 신의성실의 원칙과 평등의 원칙에 위반된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙, 평등의 원칙을 위반한 것으로 볼 수는 없다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 「농어촌특별세법」제5조 제1항 및 제7조 제1항에서「조세특례제한법」에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고·납부하는 때에 함께 신고·납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인이 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액·경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1077, 201.5.11. 외 다수 같은 뜻). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.