대법원-2008-두-2101 (2008.06.12)

주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제99조의3 제1항은 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 다만 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우’라는 제목으로, ‘2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ’신축주택취득기간‘이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)’을 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법 시행령’이라 한다) 제99조의3 제3항은 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 대통령령이 정하는 주택으로, 그 제1호에서 ‘주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ’주택조합 등‘이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ’잔여주택‘이라 한다)으로서 신축주택취득기간 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택’을, 그 제2호에서 ‘조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다’라고 각 규정하고 있다. 그런데 구법 제99조의3 제1항 제1호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 구법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 이른바 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함된다고 봄이 상당하다.

원심이 같은 취지에서 제1심판결을 인용하여, 원고가 이 사건 조합의 조합원으로서 취득한 이 사건 아파트에 대하여 신축주택취득기간 이후인 2005. 1. 28. 사용승인이 이루어졌더라도, 이 사건 조합이 이 사건 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 자여 아파트를 신축주택취득기간 내인 2002. 4. 25.부터 2002. 4. 27. 사이에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받았으므로, 원고는 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구싱행령 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 양도소득세가 전액 감면되는 신축주택의 취득자에 해당한다고 판단한 것은 정당하여 이를 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구법 제99조의3 제1항의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1.부터 시행된 것, 이하 ‘신법’이라 한다) 부칙 제29조 제1항은 ‘이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언과 체계상 양도소득세 감면대상에서 제외되는 고급주택의 판단 기준에 관한 부분은 구법 제99조의3 제1항이 제1호에서 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우와 제2호에서 자기가 건설한 신축주택의 경우로 나누어 규정하고 있는 것과 대응하여 그 기준을 따로 정해 놓은 것으로서, 구법 제99조의3 제1항 제1호에 해당하는 경우에는 전단인 ’매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날‘을 기준으로, 구법 제99조의3 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 ’자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날‘을 기준으로 고급주택에 해당하는지 여부를 결정하여야 하고, 구법 제99조의3 제1항 제1호 중 구법 시행령 제99조의3 제3항 제2호에 해당하는 경우에는 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약)을 체결한 날은 기준으로 고급주택 해당여부를 결정하도록 규정한 것으로 해석된다.

원심이 같은 취지에서 제1심판결을 인용하여, 이 사건 조합은 신법 시행 전으로서 신축주택취득기간 내인 2002. 4. 25.부터 2002. 4. 27.까지 잔여 아파트를 조합원 외의자에게 일반분양하고 계약금을 지급받았으므로, 이 사건 아파트는 그 사용승인이 신축주택취득기간 이후에 이루어졌더라도 신법 부칙 제29조 제1항 전문에 의하여 구법 규정이 적용되어 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택에 해당된다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 신법 부칙 제29조 제1항의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.