국심1995부0938 (1995.12.12)

OO진세무서장이 94.9.16 청구법인에게 결정고지한 93.3.1～

168,222,279원의 부과처분은

(1) OO광역시 동래구 OO동 OOOOO OOO의 토지

859㎡의 처분에 대한 법인소득금액을 계산함에 있어서 그 취

경정하고

(2) 수익사업부문에서 학교고유목적사업부문으로의 전출금(기

부금) 740,000,000원은

조세감면규제법 제49조

제3항(92.12.8

범위안에서 손금에 산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정

하고

(3) OO광역시 동래구 OO동 OOOOO OOO의 대지

859㎡ 및 건물 3,295.4㎡의 양도에 대한 특별부가세 감면세액

을 계산함에 있어 740,000,000원을 감면대상 양도가액에 포함

하여 특별부가세액을 경정한다.

1. 처분개요

청구법인은 OO광역시 OO진구 OO동 OOOOOO에 주사무소를 두고 54.12.6 재단법인 OO학원으로 시작하여 64.1.10 학교법인 OO학원으로 변경하였고, 현재 유치원, OO국민학교, OO여자중·고등학교, OO여자전문대학을 운영하고 있는 학교법인으로서, 63.1.14 취득한 OO광역시 동래구 OO동 OOOOO OOO의 대지 859㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지상에 90.11.13 연면적 3,295.4㎡의 건물을 신축하여 수익사업인 부동산임대사업을 하다가, 93.12.3 쟁점토지와 건물(이하 “수익사업용 고정자산”이라 한다)을 청구외 OOO에게 금 3,670,000,000원에 양도하고,

94.5.30 법인세 과세표준신고와 함께 구

조세감면규제법 제67조의3

및

같은법 시행령 제55조의3

의 규정(학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제)에 의한 특별부가세 면제신청을 하였으며

양도대금 3,670,000,000원 중 740,000,000원은 학교고유목적사업 부문으로서의 전출금(기부금으로서 이하 “전출금” 이라 한다)으로, 517,600,000원은 임대보증금상환(양도대금에 포함되어 양수인에게 승계)에, 299,500,000원은 사채상환에 사용하였다.

처분청은 수익사업용 고정자산에 대한 법인소득금액을 양도가액은 실지거래금액인 3,670,000,000원으로 하고 쟁점토지에 대한 취득가액은 89.1.1의 기준시가에 의한 720,915,750원으로, 건물에 대한 취득가액은 신축공사비 1,159,796,000원에서 양도일 현재의 감가상각충당금 31,453,667원을 공제한 1,128,342,333원으로 하여 계산하고, 전출금의 손금산입을 부인하고,

양도대금중 1,557,100,000원(전출금 : 740,000,000원 + 보증금 517,600,000원 + 사채 299,500,000원으로 이하 “쟁점금액” 이라 한다)에 대하여는 특별부가세 감면대상에서 제외하는 등을 한 후,

94.9.16 청구법인에게 93.3.1～94.2.28 사업년도에 대한 법인세 678,519,733원(당초 715,003,644원이었으나 쟁점토지에 대한 기준시가 계산에 착오가 있음이 발견되어 경정된 것임) 및 특별부가세 168,222,279원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.11.11 이의신청과 94.12.17 심사청구를 거쳐 95.4.10 심판청구를 하였다.

2. 청구법인주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인주장

(1) 처분청이 토지의 취득가액을 기준시가에 의하여 평가한 720,915,750원은 시가의 1/3에도 미치지 못하는 부당한 것이므로 취득당시(89.1.1)의 시가를 반영한 한국감정원의 감정가액인 2,266,000,000원(㎡당 2,637,950원)으로 평가하여 법인소득금액을 계산하여야 하며

(2) 전출금은 학교고유목적사업인 교사신축비로 사용된 것임에도 이를 손금불산입함은 부당하고,

(3) 쟁점금액 즉, 전출금은 학교고유목적사업인 교사신축비로 사용한 것이고, 보증금은 양도금액에 포함된 것으로 실제 수령한 금액이 아니며, 사채역시 학교고유목적사업에 사용한 것이므로 이에 대한 특별부가세를 감면해야 하며, 감면배제하더라도 청구법인이 학교고유목적사업 이외에 사용한 자금은 수익사업용 고정자산 밖에 없고 그 금액의 전체가 1,159,796,000원 뿐이므로 이를 한도로 하여야 한다.

나. 국세청장의견

(1) 청구법인이 주장하는 취득가액은 89.1.1 기준가액을 94.11.1 소급감정한 가액으로서 이는 개정 법인세법 시행일(88.12.31) 이후 최초 개시 사업년도 기간중에 평가한 금액이 아니므로 기준시가에 의하여 쟁점토지의 취득가액을 720,915,750원(㎡당 839,250원)으로 평가하여 법인소득금액을 계산한 것은 정당하다.

(2) 전출금은 91.8.27 이전에 기채된 OO은행 차입금의 상환에 사용되었으며, 이 OO은행 차입금은 수익사업용 고정자산의 신축자금으로 사용된 것임이 신축당시 청구법인은 차입금과 동 임대보증금 밖에 없었던 사실에서 알 수 있으므로 이를 기부금으로 인정하지 아니하고 손금불산입한 것은 정당하다.

(3) 쟁점금액은 수익사업용 고정자산 신축자금으로 사용된 것이므로 이는 특별부가세 감면대상금액이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 학교법인의 수익사업용 고정자산 처분(88.12.31 이전 취득, 89.1.1 이후 양도)에 대한 법인소득금액을 계산함에 있어서 소급감정한 취득가액의 인정여부

(2) 전출금이 손금에 산입되는 기부금에 해당하는지 여부

(3) 쟁점금액이 특별부가세 감면대상인지의 여부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 관하여

(1) 관계법령

법인세법 개정법률(법률 제4020호, 88.12.26 개정) 제1조 제1항 제6호에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 “수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입” 은 수익사업에서 생긴 소득으로 보아 법인세를 부과한다는 규정을 신설하면서 동법 부칙 제3조 제3항에서 이 법 시행후(89.1.1) 최초로 처분하는 분부터 적용한다고 하고, 동 부칙 제14조에서 「88.12.31 이전에 취득한 토지의 취득가액은 “장부가액” 과 “89.1.1 현재의

상속세법 제9조

제1항의 가액(시가 또는 보충적 평가방법에 의한 가액)” 으로 평가한 가액중 높은 금액으로 할 수 있다」고 규정하고 있어, 89.1.1의 시가를 알 수 있고 당해 가액이 장부가액 보다 많은 경우에는 그 시가에 의한 가액을 취득가액으로 볼 수 있도록 하고 있다.

(2) 사실 및 판단

① 청구법인이 쟁점토지를 63.1.4 취득하여 93.12.3 양도한 사실관계에는 청구법인과 처분청사이에 다툼이 없다.

② 처분청이 보충적인 평가방법인 기준시가에 의하여 쟁점토지의 취득가액을 계산한 것은 청구법인이 주장하는 감정가액(한국감정원이 89.1.1의 가액을 94.11.1 평가)은 88.12.31 이후 최초 개시 사업년도 기간중에 감정하여 장부가액을 수정한 것이 아니기 때문이라는 것(법인 22601-2402, 89.7.1 : 같은뜻임)이나, 장부가액을 감정가액으로 수정하지 아니한 경우에도 적용할 수 있는 것이고(법인 22601-3163, 89.8.26 : 같은뜻임)

③

상속세법 제9조

제1항의 가액이란 원칙적으로 시가에 의한 평가를 말하고 시가의 산정이 어려울 때 보충적인 평가방법에 의함을 말하며.

시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이며 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여 달라진다고 볼 수 없는 것이고(대법 90누 4761, 90.9.28 : 같은뜻임)

소급감정가액의 신뢰성여부는 사안별로 제반정황 등에 비추어 별도로 판단하여야 할 것이다.(국심 93부1731, 1993.12.30 합동회의 : 같은뜻임)

④ 처분청이 채택한 기준시가는 개별토지의 특성이 전혀 고려되지 아니한채 토지등급가액에 배율을 곱하여 산정한 것인 반면, 95.6.3 당심판소에서 청구법인이 쟁점토지의 취득가액으로 삼아야 한다고 주장하는 89.1.1의 가격을 94.11.1 소급감정한 한국감정원의 평가액 2,266,000,000원의 계산과정을 한국감정원에 조회하여 확인한 바, 89.7.1자 고시된 공시지가중 쟁점토지와 지리적으로 가장 근접하고, 용도지역, 이용상황등이 유사한 OO광역시 동래구 OO동 OOOOOOOO를 표준지로 선정하여, 동표준지의 공시지가를 기준으로 하여 제반가격형성요인과 89.1.1～89.7.1의 지가변동율을 고려하여 계산한 것으로서 이는 공신력있는 감정기관에 의해 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로 인정된다.

⑤ 이부분 청구법인의 주장은 이유있다.

다. 쟁점(2)에 관하여

(1) 관계법령

구

조세감면규제법 제49조

제3항(92.12.8 법률 제4521호로 개정된 것)에 의하면 “다음 각호의 1에 해당하는 법인이 수익사업에서 발생한 소득중 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 기부금은 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입할 수 있다”라고 규정하고

같은항 제1호에서 “사립학교법에 의한 학교법인” 을 열거하고 있다.

(2) 사실 및 판단

① 처분청에서 전출금을 손금에 산입되는 기부금으로 인정하지 아니한 것은 전출금이 91.8.27 이전에 기채된 OO은행 차입금의 상환에 사용되었고, 이 차입금은 수익사업용 고정자산을 신축할 당시 청구법인은 동자산에 대한 임대보증금과 위 차입금외에는 달리 자금이 없었던 점으로 미루어, 수익사업용 고정자산 취득에 사용된 것으로 인정되는 바, 결국 학교시설비가 아닌 수익사업용 자산취득에 사용된 것이므로 이를 손금에 산입할 수 없다는 것이다.

② 그러나 OO은행 차입금(90.12.24 기채 : 5억원, 91.9.9 기채 : 5억원)은 학교교사신축용도로 사용하기 위하여 교육부장관의 허가를 받아 기채한 사실이 교육부장관의 “기본재산담보 및 기채허가” 에 의해 확인되고 있고, 또한 당심판소에서 대출처인 OO은행 OOO지점에 확인한 바, 위 차입금은 “사립대학 시설자금” 으로 대출되었다는 바, 위 차입금은 교사신축용도외에는 다른 목적으로 사용할 수 없는 것임을 알 수 있고,

또한 90.12.24 기채한 5억원중 390,000,000원이 수표에 의해 교사신축비로 지출된 사실이 확인되는 등을 종합하여 보면, 전출금은 학교시설비에 사용된 것으로 인정되나, 이 기부금의 손금산입에는 법정한도가 있으므로 그 한도내에서 손금에 가산하여야 할 것이다.

(3) 이부분 청구법인의 주장은 이유있다.

라. 쟁점(3)에 관하여

(1)관계법령

구

조세감면규제법 제67조의3

제1항 제2호에 의하면 “학교법인이 85.12.31 이전에 취득한 토지등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득은 대통령령 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다” 라고 규정하고 있고

제2항에서는 “제1항에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 않거나 수익용 재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다” 라고 규정하고 있고

같은법 시행령 제55조

제3항에서는 “제67조의3 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액은 면제세액에 제2항 각호 본문에 해당하는 금액이 토지등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다” 라고 규정하고,

같은법시행령 제55조

제2항에서는 “법 제67조의3 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우는 다음과 같다.(89.12.30 개정)

1. 양도금액을 3년 이내에 교육사업에 사용하지 아니하거나 교육사업외의 목적에 사용한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위안에서 소관세무서장의 사용기한 연장승인을 얻은 경우를 제외한다.

2. 양도금액을 1년 이내에 재무부령이 정하는 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용 재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우. 다만, 그 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다” 라고 규정하고 있다.

(2) 사실 및 판단

① 처분청은 수익사업용 고정자산 양도대금중 쟁점금액을 교육사업에 사용하지 아니한 것으로 인정하여 동 금액의 전부를 특별부가세의 감면을 배제하였다.

② 그러나, 쟁점금액중 전출금은 쟁점(2)에서 살펴본 바와 같이 교육사업용으로 사용된 것으로 인정되고, 보증금 517,600,000원은 양도금액을 1년내에 사용한 것이 아니므로 교육사업에 사용하였거나 수익용재산을 재취득하는데 사용하였다고 인정되지 아니하며, 사채 299,500,000원은 청구법인의 주장을 입증할 만한 객관적거증 없다.

(3) 이부분 청구법인의 주장은 일부 이유있다.

마. 결론

이건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.