조심2011중3820 (2011.12.05)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 5층 소재 OOO교회(이하 “쟁점종교단체”라 한다)로부터 발급받은 OOO천원(이하 “쟁점기부금”이라 한다)의 기부금영수증에 근거하여 2005년 귀속 근로소득세 연말정산시 기부금 소득공제를 받았다.

나. OOO세무서장은쟁점종교단체에 대하여 2011.1.21.부터 2011.5.31.까지 조사를 실시하여, 쟁점기부금 영수증은 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 쟁점기부금을 소득공제하지 아니하고, 2011.5.18. 청구인에게 2005년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.12. 이의신청을 거쳐 2011.10.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천징수세액의 납부기한이 2006. 2.10.로 원천징수를 불이행한데 대한 부과제척기간의 기산일은 2006.2.11.이며, 이로부터 5년이 경과되는 2011.2.10.에 부과제척기간이 만료되었으므로 2011년 5월에 고지한 과세처분은 제척기간이 만료된 이후의 과세처분으로 위법하다.

(2) 쟁점종교단체는 1984.3.14. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되었고, 1993년 관할구청인 OOO구청으로부터 종교단체등록(등록번호 31094-OOO)을 하였으며, 1993년 관할세무서인 OOO세무서장으로부터 「국세기본법」 제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받았으므로 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 열거하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다.

(3) 쟁점종교단체가 「법인세법 시행령」에서 정한 비적격의 기부금단체에 해당된다 하더라도 과세당국에서 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 제출한 쟁점종교단체가 발행한 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없었음에도, 별안간 청구인의 기부금 소득공제가 부당하다하여 과세한 처분은 신의칙에도 위배되므로 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천징수세액의 납부기한이 2006.2.10.로서 원천징수를 불이행한 데 대한 부과제척기간의 기산일은 2006.2.11.이며, 이로부터 5년이 경과되는 2011.2.10.에 부과제척기간이 만료되는 것으로 주장하고 있으나, 이는 원천징수의무자가 원천징수를 불이행한데 대한 부과제척기간이라 할 것이고, 처분청은 청구인에게 종합소득세를 부과한 것으로,「소득세법」제73조 제1항의 규정에 따라 근로소득만 있는 거주자가 연말정산후 과세표준 확정신고를 하지 아니하는 경우 국세부과제척기간은「국세기본법」제26조의2 제1항 제3호의 규정에 따라 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 적용하는 것이므로, 그 기산일 산정시점은 종합소득세 확정신고 기한인 2006.5.31.이고 부과제척기간의 만료일은 2011.5.31.이므로 과세처분은 잘못이 없다.

(2) 쟁점종교단체는 비영리법인 설립허가를 받고자 2010.12.31. OOO도에 신청하였으나, 공익을 해하고 법인 설립 허가시 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 비영리법인의 설립 허가가 불허되었고, 또한 2009.2.4. 전에는 적법한 기부금 단체에 대하여 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체라고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점종교단체가 지정기부금단체의 규정인 종교단체로서 총회 또는 중앙회 등의 명칭으로 주무관청에 등록되었다는 점을 입증하지 못하고 있으며, 쟁점종교단체는 1993.10.15. OOO구청에서 발급한 종교단체 등록증명서를 제시하고 주무관청에 등록하였다라고 주장하나, 이는「부동산등기법」에서 정한 부동산 등기시 필요한 법인격 없는 단체의 등기용 등록번호 부여절차에 따라 발급된 증명서에 불과함으로 법령에서 기부금단체로 정하고 있는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체로 보기 어려우므로(국세청 법인 46013-OOO, 1998.7.21.외 다수) 과세처분은 잘못이 없다.

(3) 신의칙이라 함은 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 언동인 공적인 견해표시가 있고, 납세자가 공적인 언동을 신뢰하였으며, 그 신뢰에 귀책사유가 없어야 함을 요건으로 하고 있으나, 쟁점 기부금 공제와 관련하여 과세관청이 공적인 견해를 표명한 적이 없으므로 이 부분에 대한 청구주장도 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 국세부과 제척기간의 경과 여부

(2)쟁점종교단체가 주무관청에 등록한 지정기부금 대상 단체에 해당하는지 여부

(3) 신의·성실 원칙에 위배 여부

나. 관련법령

〈쟁점(1) 관련〉

(1) 소득세법

제80조【결정과 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해년도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해년도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

2. 제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조·제164조의2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

제85조【징수와 환급】③ 납세지 관할세무서장은 원천징수의무자 또는 제156조의 규정에 의하여 원천징수하여야 할 자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한내에 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 때에는 당해 원천징수의무자로부터 그 징수하여야 할 세액에 제158조 제1항에 규정하는 가산세액을 가산한 금액을 그 세액으로 하여 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 제158조 제1항의 규정에 의한 가산세액만을 징수한다.

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상소득금액에 대하여 납세의무자의 관할세무서장이 제80조의 규정에 의하여 당해 납세의무자에게 직접 소득세를 부과 징수하는 때

(2) 국세기본법

제26조의2【국세 부과의 제척기간 】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3.제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(3) 국세기본법 시행령

제12조의3【국세 부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1.과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날

②다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날

〈쟁점(2) 관련〉

(1) 민법

제32조【비영리법인의 설립과 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(2) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙

제3조【설립허가의 신청】「민법」제32조의 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받고자하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 별지 제1호 서식에 의한 법인설립허가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 문화체육관광부장관 또는 문화재청장(권한의 위임이 있는 경우에는 그 위임을 받은 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사 및 특별자치도지사를 말한다. 이하 "주무관청"이라 한다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 주무관청은.「전자정부법」제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 재산목록에 기재된 재산 중 토지 또는 건물의 등기부 등본을 확인하여야 한다.

1. 설립발기인의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류(설립발기인이 법인인 경우에는 그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소와 정관을 기재한 서류) 1부

2. 정관 1부

3. 재산목록(재단법인에 있어서는 기본재산과 운영재산으로 구분하여 기재하여야 한다) 및 그 입증서류와 출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 각 1부

4. 당해 사업연도분의 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부

5. 임원 취임예정자의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류와 취임승낙서 각 1부

6. 창립총회회의록 (설립발기인이 법인인 경우에는 법인설립에 관한 의사의 결정을 증명하는 서류) 사본 1부

(3) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙

제4조【설립허가】① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가한다.

1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것

2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어있거나 확립될 수 있을 것

3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것

② 주무관청은 법인설립허가신청을 받은 때에는 특별한 사유가 없는 한 20일 이내에 이를 심사하여 허가 또는 불허가의 처분을 하고, 이를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 허가를 하는 때에는 별지 제2호 서식에 의한 법인설립허가증을 신청인에게 교부하고, 법인설립허가대장에 필요한 사항을 기재하여야 한다.

③ 주무관청은 법인의 설립허가를 하는 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다.

(4) 소득세법

제34조【기부금의 필요경비 불산입】① 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 당해년도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 필요경비에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 제2항의 규정에 의하여 필요경비에 산입하는 기부금과 제45조의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "필요경비산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 사업자의 소득금액의 계산에 있어서 이를 당해년도의 필요경비에 산입하지 아니한다.

(5) 소득세법 시행령

제80조【지정기부금의 범위】법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1.「법인세법 시행령」제36조 제1항 각 호의 것

(6) 법인세법 시행령

제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

〈쟁점(3) 관련〉

(1) 국세기본법

제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에 의하면, OOO세무서장은 쟁점종교단체가 2005사업연도부터 2009사업연도까지 발행한 기부금영수증을 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아, 처분청에 아래의〈표〉와 같이 과세자료를 통보하였음이 나타난다.

〈표〉기부금영수증 발행내역

(단위 : 명, 천원)

(2) 처분청은 원천징수의무자에 대한 국세부과제척기간이 경과되어 원천징수의무자에게 과세하지 아니하고, 근로소득만 있어 연말정산으로 종합소득세 확정신고의무가 없는 청구인에게 2005년 귀속 종합소득세를 과세처분 하였다.

(3) 쟁점종교단체와 관련하여 처분청이 제시한 이의신청 결정서 등 심리자료에는 아래와 같이 나타난다.

(가) 쟁점종교단체는 1984.3.14. 창립하였고, OOO세무서장은 쟁점종교단체를 법인으로 보는 단체로 보아 1993.10.15.을 개업일로 하여 면세법인사업자로 직권등록 하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

(나) 청구인은 쟁점종교단체가 OOO구청장으로부터 종교단체등록증을 받았다는 주장이나, 청구인이 제시한 종교단체 등록증명서를 보면, 쟁점종교단체는 구「부동산등기법」제41조의2 제1항 제3호에 의한 부동산등기용 등록번호(31094-OOO)를 1993.10.15. OOO구청장으로부터 부여받은 것으로 이의신청 결정문에 나타난다.

(다) 이의신청 결정문에 의하면, 처분청이 OOO도청 종무과에 확인 한 바, 쟁점종교단체는 주무관청인 문화관광부 또는 OOO도청에 「민법」제32조,「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제3조에 의하여 허가를 받기 위하여 신청을 하였으나 허가가 받아들여지지 않은 것으로 나타난다.

(라) 청구인은 2005년 귀속 연말정산시 쟁점기부금 영수증 외에 종교단체가 소속한 교파의 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 증명하는 서류를 원천징수의무자에게 제출하여야 함에도 이를 제출하지 아니한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 심판청구시 쟁점종교단체에 대하여 OOO세무서장이 발급한 고유번호증, 부동산등기법에 따라 OOO구청장이 발급한 종교단체 등록증명서, 문화관광부 종무국이 2001년과 2002년에 발송한 종교단체 주요현황조사 협조요청 공문 등 이의신청시 제시한 자료 이외에 다른 증빙자료는 제시하지 아니하였다.

(5) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천징수세액의 납부기한이 2006.2.10.로 원천징수를 불이행한데 대한 부과제척기간의 기산일은 2006.2.11.이며, 이로부터 5년이 경과되는 2011.2.10.에 부과제척기간이 만료되었으므로 2011년 5월에 고지한 과세처분은 부당하다는 주장이다.

(나)「국세기본법」제26조의2 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제12조의3에서 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우, 국세 부과 제척기간은 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날로부터 기산하고, 기산일로부터 5년간 부과할 수 있도록 규정하고 있다.

(다) 살피건대, 세법상 원천징수란 소득의 지급자가 그 수급자인 상대방에게 원천징수의 대상인 소득금액을 지급할 때에 그 상대방인 납세의무자의 세금을 징수하는 것으로서 과세관청은 원래적 소득세의 납세의무 성립시기인 당해 과세연도 종료시까지 기다리지 아니하고도 과세권의 조기실현을 확보하게 되는 반면, 납세의무자로서는 납세의무의 성립이나 실현이 앞당겨 강제되어지는 것을 허용하는 제도적 장치라 할 수 있는바OOO, 갑종근로소득에 대하여 지급시 원천징수가 누락되었다고 하여 당해 과세연도 말에 성립하는 소득세 납세의무의 범위에서 제외되는 것은 아니고, 근로소득만 있어 그에 대한 과세표준확정신고가 면제된 거주자라 하더라도 원천징수가 누락된 근로소득에 대하여 종합소득세를 과세할 수 있다는 것OOO이며, 2005년 귀속 종합소득세의 경우 국세 부과 제척기간의 기산일은 2006.6.1.이고, 국세 부과 제척기간의 만료일은 2011.5.31.이므로 국세 부과 제척기간이 경과하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점종교단체가 1984.3.14. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되었고, 1993년 관할구청인 OOO구청으로부터 종교단체로 등록되었으므로「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 열거하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다는 주장이다.

(나) 처분청의 심리자료에 의하면, 쟁점종교단체는 비영리법인 설립허가를 받고자 2010.12.31.「민법」제32조,「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제3조에 의하여 OOO도청에 신청하였으나, 공익을 해하고 법인 설립 허가시 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 비영리법인의 설립 허가가 불허된 것으로 나타난다.

(다)「소득세법」제34조 및 같은 법 시행령 제80조,「법인세법 시행령」제36조는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 지출하는 금액을 지정기부금으로 규정하고 있다.

(라) 살피건대, 적법한 기부금 단체에 대하여「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체라고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점종교단체가 총회 또는 중앙회 등의 명칭으로OOO도청 등 주무관청에 등록되었다는 점을 입증하지 못하고 있으므로 지정기부금 대상단체에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(7) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

청구인은 쟁점종교단체가「법인세법 시행령」에서 정한 비적격의 기부금단체에 해당된다 하더라도 과세당국에서 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 제출한 쟁점종교단체가 발행한 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없었음에도, 별안간 청구인의 기부금 소득공제가 부당하다 하여 과세한 처분은 신의칙에 위배된다는 주장이나, 신의측 내지 금반언의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용하는 것으로, 그 적용을 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 할 것이나, 처분청이나 과세관청이 쟁점종교단체가 발급한 기부금영수증에 대하여 과세를 하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 확인되지 아니하므로 신의칙에 위배된다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.