조심 2024서3160 (2024.09.04)

관악세무서장이 2024.4.19. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.12.5. 취득한 서울특별시 용산구 OOO 소재 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2018.9.18. OOO원에 양도하고 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당한다고 보아 고가주택에 대한 일반세율과 장기보유특별공제를 적용하여 2018.10.30. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 장기임대주택을 포함하여 3주택 이상 보유자에 해당한다고 보아 9억원 초과분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 한편, 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하라고 보아 2024.4.19. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

＜표1＞ 쟁점주택 양도시 청구인 소유 주택현황

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 과세전적부심사청구권을 박탈하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(가) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 사전에 납세자에게 알려주고 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사의 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권리를 보호할 수 있도록 하기 위한 사전통지로서의 성질을 가진다. 따라서 과세관청이 부과제척기간 3개월 전에 납세자에게 통지하지 않고 과세전적부심사의기회를 부여하지 아니하였다면 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다.

(나) 청구인은 이 건 심판청구 이전가지 체납한 사실이 없고 과세전적부심사의 예외 사유에도 해당하지 않음에도 쟁점주택 양도소득세 예정신고일인 2018.10.31. 이후 5년 4개월이 경과한 시점까지 신고의 적정여부에 대한 소명요구나 추가적인 조사를 진행하지 아니하다가 부과제척기간 만료일이 83일밖에 남지 않은 시점(2024.3.7.)에 과세예고통지를 하였고, 청구인이 2024.4.3. 과세전적부심사청구서를 제출하자 2024.4.16. 심사제외결정을 한 것은 납세로서는 받아들이기 어렵다. 이와 관련한 대법원 판결(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)과 조세심판원의 선결정(조심 2023인10306, 2024.1.24., 조심 2022서7132, 2023.4.10. 조심 2022서6700, 2000.12.7., 조심 2021서1583, 2021.6.22. 등)이 다수 존재한다.

(2) 청구인에게 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

(가) 「조세특례제한법」제99조의3 제2항에서는 신축주택 매입시 해당 신축주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당한다.

(나) 청구인의 대체주택은 2016.2.17. 매입하였고 쟁점주택을 대체주택 매입 후 3년 이내인 2년 7개월 후에 양도하였으므로 1세대1주택으로 보아 장기보유특별공제를 적용하고 중과세율 적용을 배제하여야한다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호에 따라 세무조사 결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 같은 법 제81조의 15 제2항에서 규정하고 있는 과세전적부심사청구 대상에서 제외하는 것으로 규정되어 있는바, 청구인의 경우와 같이 2018년 귀속 양도 건에 대하여 부과제척기간의 만료일이 2024.5.31.이고, 과세예고통지일은 2024.3.7.이므로 과세전적부심사 청구대상에서 제외하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분에는 절차상 하자가 없다.

(가) 청구인은 쟁점주택의 양도소득세 신고서를 제출할 당시 서울특별시 송파구에 거주하다가 서초구 방배동을 거쳐 2023.10.11. 처분청 관내인 관악구 신림동으로 전입하였고, 이후 처분청이 개별자료를 수보하여 양도소득세 신고서를 검토한 바 쟁점주택이 재개발아파트에 해당하여 양도차익의 적정여부 및 양도가액 9억원을 초과하는 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용 및 중과세율 적용 배제 등에 대한 추가 검토가 필요하였다.

(나) 또한 청구인의 경우 임대사업자등록이 다수 확인되어 쟁점주택이 장기임대주택 요건에 충족하는 경우 중과세율 적용이 배제될 수 있으므로 각 관할 지자체로부터 임대사업자등록사항을 요청하여 이를 회신 받아 검토하는데 시간이 소요되었으므로 과세전적부심사를 청구할 수 없었다는 사유만으로 부과처분에 위법이 존재한다고 볼 수 없다.

(다) 처분청은 이 건 부과처분과 과세예고통지에 앞서 유선통화로 청구인의 대리인에게 사전 소명기회를 부여하였고 경정고지 전에도 두 차례 대면상담(2024.3.5. 대리인, 2024.3.7. 청구인)을 통하여 구체적인 경정내역과 법률해석에 대한 충분한 안내를 한 바 있다. 기존 조세심판원 선결정(조심 2021서1854, 2021.11.22.)과 같이 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우임에도 납세자의 불이익을 최소화하는 등의 노력을 하였다.

(2) 쟁점주택의 양도 당시 청구인은 조정대상지역 내 3주택자에 해당하므로 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하다.

(가) 쟁점주택 양도 당시 청구인의 주택 현황은 쟁점주택, 장기임대주택 및 대체주택으로 청구인은 일시적 2주택 특례 및 장기임대주택 특례에 따라 1세대1주택 비과세 대상에 해당하지만, 9억원 초과분에 대하여는 장기보유특별공제 등이 적용되지 않는다.

(나) 「소득세법」제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 경우 중과세율이 적용되고 같은 법 시행령 제159조의3에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 있다.

(다) 또한 청구인은 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택에 해당하는 주택을 소유하고 있지 않으므로 이를 적용할 수도 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 부과제척기간 만료일까지 3개월 미만이라는 이유로 과세전적부심사를 제한한 것이 절차상 하자에 해당한다는 청구주장의 당부

② 청구인이 조정지역내 3주택을 보유한 것으로 보아 장기보유특별공제를 부인하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(2) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

제155조(1세대 1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

(20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

(4) 조세특례제한법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 : 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점주택의 양도일 이후 이 건 부과처분에 이르기까지 경위는 아래 ＜표2＞와 같고, 이에 대하여 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

＜표2＞ 쟁점주택 양도 및 부과처분 경과

(나) 쟁점주택 양도와 관련한 당초 신고 및 경정내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 당초 신고 및 경정내역

(다) 처분청이 관악구청장과 김포시장에게 발송한 임대사업자 등록증 상세요청 공문을 보면 처분청은 청구인의 주택임대사업자 등록 확인을 위하여 2024.2.6.등에 관할 지자체장에게 등록증 사본 제출을 요청하였고 2024.2.13.과 2024.2.14.에 이를 회신 받은 사실이 나타나고, 제출된 임대사업자 등록증에 청구인의 임대사업자 최초등록일은 2001.7.12.로 나타난다.

(라) 청구인이 2024.3.4. 처분청에 제출한 소명자료의 장기임대주택 2채(수원시 권선구 소재)의 등기부등본을 보면 청구인이 장기임대주택 2채를 OOO로부터 2001.10.9. 취득한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인의 장기임대주택 요건 등을 확인하는데 시일이 소요되었고 청구인에게 소명자료도 요청하는 등 납세자의 불이익을 최소화하기 위해 노력하였으므로 부과제척기간 만료일 3개월 이하에 해당하여 과세전적부심사청구를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다는 의견이나, 「국세기본법」 및 같은 법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니하거나 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 보이는바(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 같은 뜻임),

이 건에서 청구인은 2018.9.18. 쟁점주택을 양도하고 2018.10.30. 양도소득세를 신고·납부하였으나 처분청은 쟁점주택 양도와 관련한 세무조사나 소명자료 제출 요청 등을 하지 아니하다가 부과제척기간 만료일(2024.5.31.)에 근접한 2024.2.26.에서야 청구인의 대리인에게 쟁점주택 양도와 관련한 소명자료를 유선전화로 요청하였고, 2024.3.7. 청구인에게 과세예고통지를 한 후 부과제척기간 만료일이 3개월 이하라는 이유로 청구인의 과세전적부심사청구를 배제하고 2024.4.19. 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과함으로써 합리적인 이유 없이 사전권리구제절차를 위반한 것으로 보이는 점, 처분청은 청구인의 임대사업등록현황 등을 확인하기 위하여 시간이 소요되었다는 의견이나 청구인의 임대사업자등록현황이 처분청이 관계기관에 확인요청 공문을 발송하기 전후로 변경된 것으로 보이지 않는 등 쟁점주택 양도와 관련한 과세자료 검토 및 과세처분에 있어 약 5년 5개월 이상이 소요될 만큼 장애가 있었다고 보이지 않는 점 등에 비추어 청구인에게 과세전적부심사 절차를 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

쟁점①에서 이 건 양도소득세 부과처분이 잘못이 있다고 판단한 이상 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.