조심2012서0585 (2012.05.31)

OOO세무서장 등이 2010.10.4.～2010.10.17. 청구인들에게 한2006년제2기～2011년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(세부내역【별지2】～【별지4】)의 부과처분은 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액을 공통매입세액 안분대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 각 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가.OOO는 1974.1.7. 「고압가스 안전관리법」에 의해 고압가스로 인한 위해 방지 및 가스안전 기술개발과 가스안전 관리사업의 체계적 추진 등을 목적으로 설립된 지식경제부 산하의 비영리공익법인이고, 다음 <표1>과 같이 가스안전관리를 위한 각종 검사대행 등의 부가가치세 과세사업 및 가스안전관리를 위한 교육 등의 면세사업을 영위하고 있으며, 정부로부터 에너지 및 자원사업 특별회계에 따른 출연금(이하 “국고보조금”이라 한다)을 지원받아 왔다.

OOO

* 특정·개별사업에 대한 보조가 아니라, 매년 승인받은 총 지출예산에 대하여 검사대행 수수료 등의 수익사업으로 충당하고 모자라는 부분을 보전받는 수지차보조금(인건비, 경상운영비, 사업비, 퇴직급여충당금, 예비비 등에 사용)이고, 국고보조금과 자체 수익사업을 구분하여 지출·경리하지 아니하였음

나. OOO 및 27개 지역 사업장(합하여 이하 “청구법인”이라 한다)은 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액을 해당 기간의 과세사업과 면세사업의 공급가액에 의해 안분하는 방식으로 매입세액 불공제액을 산정하여 2011년 제1기 까지 부가가치세를 신고하여 왔다.

다. OOO국세청장은 2011년 7월 조사를 실시하여 청구법인이 다음 <표2>와 같이 국고보조금에 상당하는 공통매입세액을 불공제하지 아니하는 등으로 2006년 제2기 ～ 2011년 제1기 부가가치세 신고시 공통매입세액 안분계산을 잘못 적용하였다는 과세자료를 각 처분청에 통보하였다.

OOO

라.처분청은 위 과세자료에 따라 2010.10.4.～2010.10.17. 청구법인에게2006년 제2기～2011년 제1기 부가가치세 합계OOO원(신고불성실가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 포함, 세부내역 【별지2】～【별지4】)을 경정·고지하였으며, 청구법인과 처분청이 계산한 매입세액 불공제액은 다음 <표3>과 같다.

OOO

마. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자로서 별도의 비과세사업을 영위하지 아니하였는바, 국고보조금을 비과세사업 수입금액 또는 면세 공급가액으로 볼 수 없음에도 이를 면세공급가액 및 총공급가액에 각각 산입하여 불공제 매입세액을 안분계산하는 것은 잘못이다.

(가) 청구법인의 사업은 과세사업인 가스안전검사사업 등과 면세사업인 가스안전교육사업 등으로 구분될 수 있고, 별도의 비과세사업을 영위하지 아니하였으며, 지식경제부에 공급한 재화 또는 용역이 없으므로 국고보조금을 지급받는다고 하여 별도의 비과세사업을 영위하는 것으로 볼 수 없고, 국고보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것(「부가가치세법」제13조 제2항 제4호)으로서 이를 비과세사업의 수입금액으로 볼 수 없다.

(나) 청구법인은 정부출연 비영리법인으로서 「고압가스 안전관리법」제29조에 따라 매년 지식경제부로부터 공사 운영비 및 사업비 보조 목적으로 출연금을 교부받았는바, 출연금은 사용용도를 제한하거나 사용목적을 정하지 아니하고 청구법인의 수지보전(주로 인건비 보전)을 위하여 국가가 재정적으로 지원한 금액이므로, 청구법인의 사업과 개별적·구체적 대가관계에 있지 아니하며 청구법인이 공급한 재화 또는 용역과도 아무런 관련이 없다.

(다) 그럼에도 처분청은 청구법인이 정부로부터 국고보조금을 수령하였음을 들어 마치 비과세사업을 영위하는 것으로 전제한 뒤, 이를 면세사업과 동일한 것으로 취급하여 매입세액 불공제액을 재산정한 것은 과세관청의 유권해석(OOO, 2009.4.27., OOO, 2008.11.10.)에도 어긋나는 잘못된 처분이다.

(라) 또한, 처분청은 공통매입세액의 안분계산에 관한 규정인 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항을 유추 적용하여 공통매입세액의 안분 계산 기준으로 정하고 있는 ‘공급가액’의 의미를 ‘비과세사업으로 인하여 또는 비과세사업과 관련하여 취득한 수입’의 의미로 해석하여, 청구법인이 수령한 국고보조금을 총공급가액 및 면세(비과세) 공급가액에 포함하여 불공제 매입세액을 산정하였는바, 이는 법률의 근거 없이 유추·확장해석한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 선행 대법원 판결과 조세심판원 결정례 및 과세관행(대법원 2009두16268, 2011.9.8., 대법원 98다47184, 2000.2.25., 국심 2007서2230, 2008.1.22., 국세청 부가-596, 2009.4.27., 국세청 서면3팀-3088, 2007.11.12.)에도 저촉되는 것으로서 위법하다.

(2) 처분청이 실지귀속이 분명한 과세사업 관련 매입세액을 안분대상에 포함시켜 불공제 매입세액을 계산한 것은 위법하다.

(가) 처분청은 공통매입세액의 안분계산에 관한 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항을 유추 적용하면서 청구법인의 과세사업과 직접 관련되어 실지귀속이 분명한 매입세액 OOO원을 공통매입세액으로 보아 이 중 국고보조금이 총공급가액(과세공급가액+면세공급가액+출연금)에서 차지하는 비율을 곱하여 산정된 OOO원과 관련된 매입세액을 불공제하였다.

(다) 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 안분계산 대상인 공통매입세액이란 그 실지귀속이 불분명한 경우의 매입세액을 말하고, 실지귀속이 분명한 매입세액은 실지귀속에 따라 전액을 매출세액에서 공제하든지 또는 불공제하여야 하므로 안분계산 대상이 될 수 없음에도, 처분청은 과세사업과 직접 관련되어 실지귀속이 분명한 점은 인정하면서도 당해 매입금액의 재원이 출연금이라는 사유로 과세관련 매입세액 OOO원 중 OOO원을 불공제하였는바, 과세사업을 위하여 사용된 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 그 재원이 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금 또는 출연금 여부와 관계없이 공제대상이 되어야 하므로, 실지 귀속분을 안분계산하는 것은 조세법률주의에 위반될 뿐 아니라 공통매입세액 안분계산 규정의 취지 및 조세심판원 결정례 등(국심 2005서4263, 2006.10.1., 재정경제부 소비-764, 2005.7.21.)에도 저촉되는 것으로서 위법하다.

(3) 청구법인의 부가가치세 과소신고에는 ‘정당한 사유’가 있으므로부과 처분한 OOO원 중 가산세 OOO원(신고불성실가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원)은 취소되어야 한다.

(가) 처분청은 과거 청구법인에 대한 세무조사시 및 부가가치세 신고시에도 공통매입세액 안분계산에 관한 신고 내용을 그대로 인정하였고, 매입세액을 불공제하여야 한다는 의문을 한 번도 제기하지 아니하였다.

(나) 처분청은 이제 와서야 부가가치세를 부과하면서 그 주된 사유를 “청구법인의 출연금이 비과세사업의 수입금액에 해당한다”고 밝히고 이를 과세근거로 삼고 있으나, 청구법인은 비과세사업을 영위한 사실이 없고, 처분청의 유권해석 및 실무지침서에서도 “거래관계를 원인으로 하는 대가성 없이 지급하는 보조금은 공통매입 안분계산시 총공급가액에 포함하지 아니한다(국세청 서면3팀-3088, 2007.11.12., 부가-596, 2009.4.27., 세법적용기준 ‘공통매입세액 안분계산’ 27면 참조)”라고 밝히고 있어 과세처분은 국세청의 유권해석 및 과세관행과도 상충된다.

(다) 즉, 부가가치세는 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 지니고 있고 사업자의 손익 여부와는 무관하게 부과되므로 설령 청구법인의 사업에서 손실이 발생하여 이를 출연금으로 보조 받더라도 법령에 “출연금”이 총공급가액에 포함한다고 명시적으로 규정되어 있지 아니하고, 처분청 등 과세관청이 그 동안 전혀 의문을 제기하지 아니하였기에 청구법인은 부가가치세 신고시 이러한 과세관청의 과세관행을 신뢰하였던 것이다.

(라) 설령, 청구법인이 비과세사업을 영위한 것으로 보더라도, 청구법인은 외형적으로 과세사업과 면세사업만을 영위하고 있고, 과세관청도 국고보조금을 총공급가액 및 면세공급가액에 포함하여 매입세액을 안분계산하여야 하는지에 대하여 불명확한 입장을 취하였으므로 청구법인에게 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 소정의 과세사업과 면세사업의 공통매입세액 계산방식을 자발적으로 유추 적용하여 출연금을 총공급가액에 포함하여 매입세액 불공제하도록 도저히 기대할 수 없다.

(마) 관련 법령을 살펴보면, 사업과 관련하여 지원받은 국고보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로 규정하고 있는 점(「부가가치세법」제13조 제2항 제4호), 「부가가치세법」상 공급가액은 과세 공급가액 및 면세공급가액에 대하여만 규정하고 있을 뿐, 이 건과 같이 재화나 용역의 거래와 직접 관련 없이 간접적으로 지원받은 국고보조금에 대하여는 아무런 언급이 없는 점, 과세사업과 면세사업에 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 중 불공제대상의 계산은 면세공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정하도록 규정하여(「부가가치세법 시행령」제61조 제1항) 법령의 문리해석상 비과세 수입금액은 면세공급가액이나 총공급가액에 포함되지 아니하는 것이 분명한 점에 비추어 보면, 청구법인이 관련법령상 부가가치세 과세표준에 포함되지도 아니하고 면세 공급가액도 아닌 국고보조금을 처분청에서 과세한 바와 같이 면세공급가액에 포함시켜 공통매입세액을 안분한 후 면세관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고·납부하도록 기대하는 것은 현실성이 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 수취한 세금계산서는 국고보조금 및 수익사업에서 발생한 재원을 지출함에 따라 수취한 것이나 그 구분이 불분명하므로 국고보조금을 비과세사업으로 간주하여 공통매입세액 안분계산하고 국고보조금 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(가) 「부가가치세법」제17조 제1항에서는 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매입세액으로 공제하도록 규정하고 있어 과세사업의 매출과 관련이 없는 매입세액(비과세사업·면세사업)은 공제할 수 없도록 되어 있는바,

과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가로부터 국고보조금을 지급받고 있는 청구법인의 경우 국고보조금을 고려하지 아니하고 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 과세사업의 매출과 관련이 없는 사업과 관련된 매입세액 부분까지 매출세액에서 공제됨으로써 청구법인이 그만큼 부당하게 세액을 환급받는 결과를 초래하게 된다고 할 것이다(조심 2008전1764, 2009.9.30.).

(나) 또한 청구법인이 주장하는 것처럼 국고보조금을 고려하지 아니하고 매입세액을 공제해야 한다면, 수익사업의 발생이 없어 청구법인이 예산 전액 국고보조금으로 집행하고 세금계산서를 수취하였다고 하더라도 매입세액을 전액 공제하여 환급하여야 하는 결과가 발생한다.

(다) 따라서 청구법인이 수취한 세금계산서 관련 전체 매입세액에 대하여 1차로 국고보조금과 수익사업에 대한 매입세액으로 안분계산하고, 수익사업 관련 매입세액을 과·면세 공급가액 기준으로 안분계산하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(라) 또한, 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되는 재화 또는 용역 등에 대한 세액 중 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통세액이 있다면, 그 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되는 매입세액과 비과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 일용의 방법이 필요하다는 점 등을 종합적으로 고려하면, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항의 규정은 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우뿐만 아니라, 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추적용 된다고 봄이 상당하다 할 것이다(대법원 2004두13288, 2006.10.27., 서울행정법원 2006구합45401, 2008.12.17.).

위에서 본 바와 같이 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가로부터 국고보조금을 지급받고 있는 청구법인의 경우 국고보조금을 고려하지 아니하고 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 과세사업의 매출과 관련이 없는 매입세액 부분까지 매출세액에서 공제됨으로써 청구법인이 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하게 되므로, 청구법인의 목적사업에 사용되도록 지급되는 국고보조금을 비과세영역의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적인 대안이다(대전고등법원 2010누1826, 2011.7.7.).

(2) 청구법인이 과세사업에 귀속되는 매입세액으로 분류한 OOO원은 청구법인의 과세사업 및 국고보조금(비과세사업)에 대한 공통매입세액으로 보아야 하므로 당해 매입세액을 안분계산한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 과세사업 및 면세사업 관련 수입 및 국고보조금을 재원으로 운영되고 있고, 국고보조금은 특정(개별)사업의 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련된 것이 아니라 지출예산과 자체수입의 차액을 보전하는 수지차보조금이며, 예산 집행시 국고보조금 수입과 자체수입을 구분하지 아니하고 있다.

(나) 따라서 청구법인이 과세사업에 실지귀속하는 것으로 분류한 매입세액도 그 실질은 청구법인의 수익사업 중 과세사업 및 비과세사업(국고보조금)에 공통으로 사용된 공통매입세액으로 보아야 할 것이므로 해당 매입세액을 안분계산하여 그 중 일부만 공제한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 납세의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 없으므로 가산세를 감면할 수 없다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법에 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2002두10780, 2004.6.24.),

부가가치세는 납세자의 신고로 납세의무가 확정되는 세목으로 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고의무를 이행하지 않거나 신고내용에 오류·탈루가 있는 경우 경정절차를 거쳐 조세채권을 확정하는 것이므로 단순히 과세관청이 청구법인의 부가가치세 신고내용에 대하여 어떠한 행정조치를 행하지 아니하였다 하여 이를 잘못된 매입세액공제에 대한 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없다.

(나)청구법인에 대하여 과세관청에서 조사(현지확인 포함)한 사실이없고, 청구법인과 같은 형태의 국고보조금을 수령하고 있는 법인에대하여 계속해서 공통매입세액 안분계산 방법 등에 대한 법령해석사례및 판례 등이 일관되게 형성되어 있었으나, 청구법인이 이를 인지하지못하였다는 이유로 청구법인에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 공통매입세액 안분계산시 국고보조금을 포함하여야 하는지 여부

② 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액도 국고보조금 상당액을 안분계산하여 불공제하여야 하는지 여부

③ 청구법인에게 정당한 사유가 있어 가산세 부과가 부당한지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

② 제1항에서 “재화”란 재산 가치가 있는 모든 유체물(有體物)과 무체물(無體物)을 말한다.

③ 제1항에서 “용역”이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.

제2조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)

2. 재화를 수입하는 자

제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

⑦ 제2항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 국세기본법

제47조【가산세 부과】① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(4) 고압가스 안전관리법

제1조【목적】이 법은 고압가스의 제조ㆍ저장ㆍ판매ㆍ운반ㆍ사용과 고압가스의 용기ㆍ냉동기ㆍ특정설비 등의 제조와 검사 등에 관한 사항을 정함으로써 고압가스로 인한 위해(危害)를 방지하고 공공의 안전을 확보함을 목적으로 한다.

제28조【한국가스안전공사의 설립】① 고압가스로 인한 위해를 방지하고 가스안전기술의 개발 및 가스안전관리사업을 효율적이고 체계적으로 추진하기 위하여 한국가스안전공사(이하 “공사”라 한다)를 설립한다.

② 공사는 가스안전에 관한 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 전문교육 및 홍보사업

2. 조사ㆍ연구사업

3. 기술과 기기의 개발ㆍ보급사업

4. 정보의 수집ㆍ제공사업

5. 통계의 수집 및 제공사업

6. 자체검사 및 다른 검사기관의 검사에 대한 지도ㆍ확인

7. 용역사업

8.검사ㆍ교육ㆍ시공감리ㆍ점검ㆍ평가 등 행정관청이 위탁하는 업무

9. 국제기술협력사업

10. 기기의 무료설치 및 시설의 개선사업

11. 시범사업

12. 제33조의2에 따른 가스기술기준위원회 사무국의 설치 및 운영

13. 그 밖에 지식경제부장관이 필요하다고 인정하는 사업

③ 공사는 법인으로 한다.

④ 공사는 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

⑤ 공사는 지식경제부장관의 승인을 받아 지사ㆍ연수원ㆍ사업소 또는 부설기관을 둘 수 있다.

⑧ 공사는 지식경제부장관의 승인을 받아 그 사업에 따른 수익자(受益者)에게 필요한 비용을 부담하게 할 수 있다.

제29조【공사의 운영 등】① 공사는 검사수수료와 그 밖의 수입으로 운영한다.

② 정부나 정부 외의 자로서 지식경제부령으로 정하는 자는 공사의 운영과 사업 수행에 필요한 자금을 출연할 수 있다.

제31조【감독】지식경제부장관은 공사의 업무 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항과 관련되는 업무에 대하여 지도ㆍ감독한다.

1. 제28조제2항에 따른 사업의 적절한 수행에 관한 사항

2. 지식경제부장관이 공사에 위탁한 사업에 관한 사항

3. 그 밖에 다른 법령에서 정한 사항

제33조【「민법」의 준용】공사에 관하여 이 법 및「공공기관의 운영에 관한 법률」에 규정된 것 외에는 「민법」중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.

(5) 에너지및자원사업회계특별법

제1조【목적】이 법은 에너지의 수급 및 가격안정과 에너지 및 자원관련사업의 효과적인 추진을 위하여 에너지및자원사업특별회계(이하 “이 회계”라 한다)를 설치하고 그 운용에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “에너지 및 자원관련 사업”이라 함은 다음 각목의 것을 말한다.

라. 가스의 안전관리와 유통구조의 개선사업

제5조【투자계정의 세입·세출】① 투자계정의 세입은 다음 각호의 것으로 한다.

5. 「고압가스 안전관리법」 제34조의2의 규정에 의한 안전관리부담금 및 가산금

② 투자계정의 세출은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 에너지 및 자원 관련 사업에 필요한 사업비(괄호 생략)

2. 에너지 및 자원 관련 사업에 대한 출연 또는 보조(괄호 생략)

3. 에너지 및 자원관련 사업을 행하는 기관·단체에의 출연금 또는 출자금

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 2007년도 예산총칙(안)에 기재된 OOO의 예산의 내역은 다음 <표4>와 같다.

OOO

(2) 국고보조금을 구분계리할 수 없는 사유에 대하여 OOO에서 2005.3.23. 작성한 문서의 내용은 다음과 같다.

(가) 정부는 국가가 직접 수행해야 할 사업이라 할지라도, 전문성 등을 고려할 때 공공(민간)기관에 위탁하는 것이 효율적인 사업에 대하여, 관련 특정(단위)사업을 산하기관에 위임하여 추진토록 하고, 사업수행에 소요되는 제반비용을 정부에서 일괄 지원하고 있으며, 이러한 경우 보조금의 사용 용도를 명확히 하기 위하여 별도의 계정을 설정하여 관리하도록 규정하고 있다.

(나) 그러나, 청구법인이 「에너지및자원사업특별회계법」및 「고압가스 안전관리법」에 따라 산자부의 에특회계로부터 지원받고 있는 ‘OOO 보조’는 특별(개별)사업 보조가 아닌, 공사의 총지출예산(사업 및 운영비)과 자체수입의 차액을 보전하는 이른바 수지차 보조예산이고, 따라서, 예산 편성시부터 단위(개별) 사업별 보조금액이 별도로 지정되어 있지 않으므로 예산 집행시에 국고보조와 자체수입을 구분계리할 수 없으며, 이러한 점은 수지차 보조를 받는 한국석유공사 및 광업진흥공사 등 타 기관의 경우에도 동일한 것으로 알고 있다.

(다) 무조건 구분계리를 하여야 한다면, 공사의 모든 사업비(일일교통비 등)에 대하여 국고보조와 자체수입의 비율(사업별 비율도 제각각)을 임의로 결정하여 구분·처리하여야 하는 일이 발생할 것이고, 이는 전혀 의미가 없다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자로서 별도의 비과세사업을 영위하지 아니하였고, 국고보조금을 비과세사업 수입금액 또는 면세 공급가액으로 볼 수 없으며, 공통매입세액의 안분계산에 관한 규정인 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항을 유추 적용하여 그 산식 중 ‘공급가액’의 의미를 ‘비과세사업으로 인하여 또는 비과세사업과 관련하여 취득한 수입’의 의미로 해석하여 청구법인이 수령한 국고보조금을 총공급가액 및 면세(비과세) 공급가액에 포함하여 불공제 매입세액을 산정할 수 없다고 주장한다.

(나) 이에 대해 처분청은 청구법인의 매입세액은 국고보조금 및 수익사업에서 발생한 재원으로 인한 것이고, 그 구분이 불분명하므로 국고보조금을 비과세사업으로 간주하여 공통매입세액 안분계산하는 것이 합리적이며, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 규정을 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용되는 것으로 보아야 한다는 의견이다.

(다) 살피건대, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통매입세액을 안분계산하도록 규정하고 있는 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항, 제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당한 점(조심 2008전1764, 2009.9.30.,조심 2010중3799, 2010.12.29.,대법원 2004두13288, 2006.10.27. 참조),

청구법인은 가스안전과 관련하여 설립된 특별법인으로서 정부의 업무감독을 받아 부가가치세 과세사업 또는 면세사업 이외에 다양한 공익목적의 사업을 영위하고 있고, 그러한 사정이 감안되어 정부로부터사업에 필요한 재원을 국고보조금으로 출연받아 충당하고 있는 것으로보이는바, 청구법인의 공익적 활동 중에는 부가가치세가 비과세되는 영역이 없다고 보기 어려우며, 그 중 비과세 사업의 규모를 공급가액으로 환산하기 매우 어려운 점을 감안하면 청구법인의 고유 목적사업에 사용되도록 지급되는 국고보조금을 비과세 영역의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적인 대안으로 보이는 점(대전고등법원 2010누1826, 2011.7.7. 참고)등을 종합하여 볼 때 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 과세사업을 위하여 사용된 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액으로서 그 실지 귀속이 명확한 것에 대하여 그 재원이 국고보조금이라는 이유로 안분계산하는 것은 조세법률주의에 위반될 뿐 아니라 공통매입세액 안분계산 규정의 취지 등에 반하는 것이라고 주장한다.

(나) 이에 대해 처분청은 청구법인이 과세사업에 실지 귀속하는 것으로 분류한 매입세액도 그 실질은 청구법인의 수익사업 중 과세사업 및 비과세사업(국고보조금)에 공통으로 사용된 공통매입세액으로 보아야할 것이므로 이를 안분계산하여 그 중 일부만 공제한 처분은 정당하다는 의견이다.

(다) 살피건대, 「부가가치세법」은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 하고, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계세액공제제도를 채택하고 있는바, 이에 따라 사업자가 과세사업을 위해 지출한 매입세액은 국고보조금 또는 면세사업에서 발생한 수입금액 등의 그 재원의 형태와 무관하게 오로지 매입한 재화나 공급받은 용역이 과세사업에 사용되었는지 여부에 따라 매출세액에서의 공제여부가 결정된다고 보아야 할 것인 점,

심리자료에 의하면 처분청은 청구법인의 과세사업 실지 귀속분 매입세액에 대하여 그 중 비과세 사업(또는 면세사업)에 사용된 부분을 조사하여 해당 부분을 직접 불공제하지는 아니하는 한편, 과세사업의 실지 귀속분으로 분류된 매입세액에도 비과세 사업을 위한 것이라고 단정한 다음 국고보조금에 상당하는 매입세액을 산정하여 불공제한 사실이 확인되는바, 이와 같은 처분청의 접근방법에 의하면 사업자는 굳이 과세·면세·비과세 사업에 실지로 귀속되는 매입세액 또는 공통매입세액을 구별할 필요가 없게 되는 점(단지 모든 매입세액을 합계한 후 과세·면세·비과세 사업의 공급가액을 기준으로 안분하여 불공제되는 매입세액을 산정하면 된다),

처분청이 과세사업의 실지 귀속분으로 분류된 매입세액도 안분계산의 근거로 삼은 것으로 보이는 「부가가치세법 시행령」제61조는 공통매입세액을 안분하기 위한 것임이 그 문언상 명확히 나타나고, 그 취지에 비추어 보아도 실지 귀속이 분명한 매입세액을 안분하는 근거로는 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 분류한 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액(OOO원)에 대하여 국고보조금 상당액을 산정하여 이를 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다.

(5) 쟁점③에 대하여 살펴보면, 처분청이 단순히 청구법인의 부가가치세 신고내용에 대하여 어떠한 행정조치를 행하지 아니하였다 하여 이를 잘못된 매입세액공제에 대한 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없다고 할 것이고, 청구법인과 같은 형태의 국고보조금을 수령하고 있는 법인에 대하여 계속해서 공통매입세액 안분계산 방법 등에 대한 법령해석 및 판례 등이 일관되게 형성되어 있었다고 보이는 점 등에 비추어 가산세 부과와 관련하여 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOO