조심 2019인3739 (2020.04.09)

OOO세무서장이 2019.9.20. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO부과처분은 무신고가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.12.7. 청구법인 소유의 OOO총 5개 필지(이하 “양도토지”라 한다)를 국토교통부에 수용을 원인으로 OOO백만원에 양도한 후, 2017.12.11. 2017년 귀속 양도소득세 OOO예정신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2017.12.19. 처분청에 ‘법인으로 보는 단체’ 승인신청을 하여 2017.12.21. 승인을 받은 후, 2018.1.22. “양도토지의 양도소득이 청구법인의 최초사업연도(2017.12.21.∼2017.12.31.)의 손익에 산입되므로 양도소득세 납세의무가 없고, 양도토지는 고유목적사업에 직접 사용한 자산에 해당하여 법인세도 납세의무가 없으므로 기 신고납부한 양도소득세를 환급하여야 한다”는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이에 따라 2018.4.9. 청구인이 신고·납부한 양도소득세 전액을 환급하였다.

다. OOO지방국세청장(감사관)은 처분청에 대한 업무감사를 실시한 결과, 양도토지 중 OOO총 3개 필지(이하 “쟁점토지”라 한다)는 고유목적사업에 사용되지 아니한 토지에 해당하고, 청구법인이 법인세를 무신고한 것으로 보아 쟁점토지의 양도소득에 「소득세법」 제104조 제1항 각 호의 세율(6%∼40%로 이하 “양도소득세율”이라 한다)을 적용하고, 무신고가산세를 가산하여 법인세를 과세하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2019.9.20. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO(무신고가산세 OOO포함)을 결정.고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「법인세법」 제62조의2은 비영리내국법인이 신고방법을 선택할 수 있게 하는 조항이고, 처분청은 청구법인이 당초 신고한 양도소득세를 적용하지 아니하고 법인세를 적용해 달라는 취지의 경정청구를 인용하였으므로 청구법인에게 법인세율을 적용한 법인세를 과세하는 것이 타당하다.

(가) 「법인세법」제62조의2 제1항은 “비영리내국법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산 이외의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 같은 법 제60조에 불구하고 과세표준을 신고하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항에 따라 과세표준을 신고하지 아니한 자산양도소득은 「소득세법」제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다”고 규정하면서, 같은 조 제3항 내지 제6항은 이러한 때 양도소득세 과세표준 예정신고 관련규정을 준용하도록 규정하고 있다.

위와 같은 조 제7항은 “제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 “비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다”라고 규정하고 있는바, 동 조항의 취지는 비영리내국법인이 자산양도소득이 발생한 경우 「법인세법」제60조 제1항에 따른 법인세 과세표준신고와 양도소득세율을 적용한 법인세 신고 중 선택할 수 있고, 양도소득세율을 적용하여 법인세를 신고하고자 하는 때에는 같은 조 제7항 및 제8항에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진신고를 하는 형식에 따라야 한다는 것이므로 처분청이 「법인세법」제62조의2 제2항을 근거로 양도소득세율을 적용하여 이 건 법인세를 결정.고지한 것은 관련 법령의 취지를 이해하지 못한 위법한 처분이다.

(나) 「법인세법 시행령」 제99조의2 제5항에 규정된 바와 같이 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 「법인세법」 제60조 제1항에 따른 법인세율로 과세표준의 신고를 할 수 있으므로 법인세율을 적용하여 법인세를 경정하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인이 양도토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 과세표준 예정신고.납부한 것은 「법인세법 시행령」제99조의2에 따라 양도소득세 과세표준 예정신고서의 형식을 빌려 법인세를 신고.납부한 것이므로 무신고가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(가)「법인세법 시행령」제99조의2 제5항은 “비영리내국법인이 「법인세법」제62조의2 제7항에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 같은 법 제60조 제1항에 따른 과세표준의 신고를 할 수 있고, 이 경우 예정신고납부세액은 같은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다”고 명시되어 있는바, 이와 같이 다른 세목임에도 기납부세액 공제를 인정하는 것은 비영리내국법인이 「법인세법」 제62조의2 제7항 및 제8항에 따라 양도소득 과세표준 예정신고를 하더라도 이를 같은 조 제1항 및 제2항에 따라 법인세를 신고·납부한 것으로 본다는 뜻이다.

청구법인은 양도토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 과세표준 신고서를 기한 내 신고·납부하였으므로 「법인세법」 제62조의2 제7항 및 제8항에 따라 법인세를 신고한 것으로 보아야 하는바, 무신고 가산세 부과대상이 될 수 없다.

(나) 청구법인은 「법인세법」 제62조의2에 따라 양도소득세 신고를 하였으므로 별도의 법인세 신고를 하지 아니해도 되는 것이나, 처분청이 청구법인의 경정청구를 인용한 시점이 2018.4.9.로 법인세 신고기한인 3월을 경과하여 환급하였는바, 청구법인이 법인세 신고서를 제출하고자 하였어도 할 수 없는 상태이므로 무신고가산세를 부과하는 것은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 쟁점토지에 대해 법인세를 부과함에 있어 양도소득세율이 아닌 법인세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 후 법인세를 신고한 사실이 없고, 「법인세법」 제62조의2 제2항에서 비영리내국법인이 「법인세법」상 자산의 양도소득에 대한 과세특례규정을 적용하는 경우, 당해 자산의 양도소득 대하여 「소득세법」제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1호 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하도록 규정하고 있으므로 양도소득세율이 아닌 법인세율을 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없다.

(2) 청구법인은 신고기한 이내 양도소득세 예정신고를 이행하였다가 경정청구에 따른 환급을 받은 후에 OOO지방국세청장의 감사지적에 따라 법인세를 부과하면서 무신고가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 1거주자로서 양도소득세 예정신고를 한 사실과 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 이후에 그 법인의 과세소득에 대해 2018.3.31.까지 법인세를 신고하여야 하는 것은 별개의 사안으로 양도소득세 예정신고를 하였다고 하여 법인세 신고를 한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 법인세 결정.고지시 무신고가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종중인 청구법인이 토지 양도소득에 대하여 양도소득세를 신고·납부하였다가, ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 얻은 후, 고유목적사업에 직접 사용한 토지임을 사유로 경정청구를 통해 양도소득세를 환급받고 법인세를 무신고한 경우, 양도토지 중 법인세 과세대상이 있는 것으로 보아 법인세 부과처분시 적용할 세율이 법인세율인지 양도소득세율인지 여부

② 무신고가산세 적용대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

(3) 국세기본법

제47조의2【무신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20

제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.12.7. 청구법인이 소유한 양도토지를 국토교통부에 수용을 원인으로 양도한 후, 2017.12.11. 양도가액 OOO으로, 취득가액 OOO으로, 납부할 세액을 OOO으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 예정신고·납부하였다.

(2) 청구법인은 2017.12.19. 처분청에 OOO을 사업장소재지로 하고, 회계연도를 ‘1월 1일부터 12월 31일까지’로 하여 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 신청하였고, 처분청은 2017.12.21. 이를 승인하였다.

(3) 청구법인은 2018.1.22. “양도토지의 양도소득이 청구법인의 최초사업연도(2017.12.22.∼2017.12.31.)의 손익에 산입되므로 양도소득세 납세의무가 없고, 양도토지는 고유목적사업에 직접 사용한 자산에 해당하여 법인세도 납세의무가 없으므로 기 신고납부한 양도소득세를 환급하여야 한다”는 취지의 경정청구를 제기하였고, 그 청구이유서에 중 주요 내용은 아래와 같다.

＜청구법인이 제기한 경정청구시 청구이유서 중 일부＞

(4) 처분청은 청구법인의 경정청구를 받아들여 2018.4.9. 청구인이 신고·납부한 양도소득세 전액OOO을 환급하였다.

(5) 처분청의 이 건 법인세 결정·고지 내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2017사업연도에 대한 법인세를 신고한 내역은 없다.

(나) OOO지방국세청장(감사관)은 처분청에 대한 업무감사를 실시한 결과, 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 토지에 해당하고, 청구법인이 법인세를 무신고한 것으로 보아 「법인세법」 제62조의2 제2항에 따라 쟁점토지의 양도소득에 양도소득세율을 적용하고, 무신고가산세를 가산하여 법인세를 과세하도록 처분지시를 하였다.

(다) 처분청은 이에 따라 2019.9.20. 청구법인에게 ＜표＞와 같이 양도소득세율(6%∼40%)을 적용하고, 무신고가산세 OOO(결정세액 OOO20% 적용)을 가산하여 2017사업연도 법인세 OOO을 결정·고지하였다.

＜표＞ 처분청의 법인세 결정내역

(단위 : 원, %)

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 양도토지 중 법인세 과세대상이 있는 것으로 보아 법인세를 부과하는 경우 법인세율을 적용하는 것이 타당하다고 주장하나, 청구법인은 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 이루어진 양도토지의 양도손익을 법인의 최초사업연도의 손익에 포함되어야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청도 이를 받아들여 환급한 점, 청구법인은 「법인세법 시행령」 제99조의2에 따라 양도소득 예정신고를 한 법인의 경우에도 「법인세법」 제60조에 따른 과세표준의 신고를 할 수 있음에도 불구하고 같은 법 제60조에 따른 법인세 신고를 한 사실이 없는 점 등에 비추어 종전 거주자의 지위에서 이루어진 양도소득세의 신고·납부 행위를 ‘법인으로 보는 단체’의 지위에서 「법인세법」제62조2에 따른 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 선택한 것으로 봄이 상당하다.

따라서 청구법인이 해당 특례를 선택하여 자산양도소득에 대하여 「법인세법」 제60조 제1항에 따른 과세표준의 신고를 하지 아니한 경우에는 「법인세법」 제62조의2 제2항에 따라 「소득세법」제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 것이 타당해 보이므로(조심 2018전4692, 2019.12.20. 같은 뜻임) 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 법인세를 신고하지 아니하였으므로 무신고가산세를 부과하는 것이 정당하다는 의견이나, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 자산양도소득에 대하여 「법인세법」 제62조의2에 따라 같은 법 제60조 제1항에 따른 과세표준 등의 신고가 아닌 「소득세법」에 따른 양도소득과세표준 예정신고의 방법을 선택하였던 것으로 보이고, 이와 같은 경우 「법인세법」 제62조의2 제8항에서 법인세 과세표준 신고를 한 것으로 본다고 규정하고 있으므로 처분청이 청구법인이 법인세 신고의무를 위반한 것으로 보아 무신고가산세를 부과한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.