조심 2017서3110 (2017.09.14)

OOO세무서장이 2017.3.20. 청구법인에게 한 2013사업연도 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 경비설비를 기반으로 경비 및 보안 서비스업을 영위하고 있는 법인으로, 2013사업연도에

「조세특례제한법」제26조

의 고

용창출투자세액공제를 적용하지 아니하고 법인세를 신고·납부하였다

.

나. 청구법인은 2017.1.9. 위 세액공제를 적용하여 2013사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 법인세 감면에 따른 농어촌특별세 OOO원을 납부세액으로 하여 농어촌특별세 과세표준 및 세액 수정신고서를 제출하며 충당청구를 하였다.

다. 처분청은 2017.3.7. 경정청구를 받아들여 2013사업연도 법인세 OOO원을 환급결정하는 한편, 청구법인이 수정신고 후 무납부한 농어촌특별세에 납부불성실가산세 OOO원을 경정결의하였고, 환급할 법인세 액에서 충당하여 2017.3.20. 청구법인에게 국세환급금 통지 및 국세환급금 충당통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 국가·기업·개인 등을 대상으로 시설물, 재산 및 인적자원의 안전을 목적으로 보안 서비스를 제공하고 있는 법인으로, 2013.2.15. 개정된

「조세특례제한법 시행령」 제23조

의 고용창출투자세액공제 적용대상 업종에 “경비 및 경호 서비스업”이 추가된 사실을 인지하지 못하여 2013사업연도 법인세 당시 세액공제를 신청하지 못하였고, 2017년 3월 경정청구를 통하여 법인세를 환급받았다.

처분청은 청구법인이 본세인 법인세를 감면받음으로써 부가되는 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세하였으나, 청구법인은

2013사업연도 법인세 신고 당시 세액공제를 적용받지 아니함으로써 본세인 법인세를 과다납부하였으므로

농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2017.1.9. 본세인 법인세의 경정청구를 통하여 감면세액이 증가함에 따라 농어촌특별세 과세표준 및 세액 수정신고서를 제출하고 충당청구하였으므로 국세청 예규(징세과-1249, 2011.12.9., 징세과-1202, 2011.11.28.)에 따라 납부불성실가산세를 적용하여 농어촌특별세를 경정·고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

경정청구를 통하여 법인세를 감면받게 되어 농어촌특별세를 납부하는 경우, 법인세의 신고기한부터 감면을 결정한 날까지의 기간에 상당하는 납부불성실가산세를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)

국세기본법 제47조의2

조【무신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」, 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 “산출세액등”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및

「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다

)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

제47조의4【납부불성실·환급불성실가산세】① 납세의무자(괄호 생략)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(

「국세징수법」 제14조

에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세·가산금과 체납처분비(다른 세무서에 체납된 국세·가산금과 체납처분비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

③ 제2항 제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세·가산금 또는 체납처분비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.

제52조【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는

국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간

과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

(2)

국세기본법 시행령 제27조의4

【납부ㆍ환급불성실ㆍ원천징수납부 등 불성실가산세의 이자율】법 제47조의4 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제47조의5 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

제32조【국세환급금 발생일】법 제51조 제3항에서 “대통령령으로

정하는 국세환급금 발생일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과의 취소ㆍ경정에 따라 환급하는 경우 : 그 국세 납부일(세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 따른 납부액인 경우에는 그 세목의 법정신고기한의 만료일).(단서 생략)

2.

적법하게 납부된 국세의 감면으로 환급하는 경우 : 그 감면 결정일

3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 환급하는 경우 : 그 개정된 법률의 시행일

4. 「소득세법」, 「법인세법」, 「부가가치세법」, 「개별소비세법」 또는 「주세법」에 따른 환급세액의 신고 또는 신고한 환급세액의 경정으로 인하여 환급하는 경우 : 그 신고일. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하여 결정에 따라 환급하는 경우에는 해당 결정일로 한다.

5. 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 법 제45조의2 제4항에 따른 경정청구에 의하여 환급하는 경우 : 연말정산세액 또는 원천징수세액 납부기한의 만료일

6.

「조세특례제한법」 제100조의8

에 따라 근로장려금을 환급하는 경우 : 근로장려금의 결정일

제43조의3【국세환급가산금】① 법 제52조에서 “대통령령으로 정하는 국세환급금가산금 기산일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금 : 국세 납부일.(단서 생략)

2.

적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세환급금 : 감면 결정일

3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 발생한 국세환급금: 개정된 법률의 시행일

4.「소득세법」·「법인세법」·「부가가치세법」·「개별소비세법」·「주세법」 또는 「교통·에너지·환경세법」에 따른 환급세액의 신고, 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다) 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우: 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 해당 법정신고기일)부터 30일이 지난 날. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환

급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다

.

5. 법 제45조의2에 따른 경정의 청구에 따라 납부한 세액 또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는 경우:

경정청구일

(경정청구일이 국세 납부일보다 빠른 경우에는 국세 납부일)

② 법 제52조에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말한다.

(3)

국세기본법 시행규칙 제19조의3

【국세환급가산금의 이율】영 제43조의3 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 이자율”이란 연 1천분의 18을 말한다.

(4)

조세특례제한법 제26조

【고용창출투자세액공제】① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(괄호 생략)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(5)

농어촌특별세법 제3조

【납세의무자】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세·

법인세

·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세

의 감면을 받는 자

제7조【신고·납부 등】① 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다.

제8조【부과·징수】② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고·납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

1. 제3조 제1호의 납세의무자 중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제3호·제4호 및 제6호의 납세의무자에 대하여는 세무서장이 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경정청구서 및 처분청의 검토복명서 등에 나타나는 이 건 과세내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인이 제출한 2013사업연도 경정청구서에 의하면, 청구법인은 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 “경비 및 경호서비스업”이

「조세특례제한법」 제26조

의 고용창출투자세액공제 적용대상 업종에 해당된다는 사실을 인지하지 못하여 2013사업연도 법인세 신고시 세액공제를 신청하지 못했다며 법인세 OOO원의 환급을 구하는 것으로 기재되어 있고, 법인세의 감면에 따라 2013사업연도 농어촌특별세 OOO원을 추가 납부할 세액으로 하여 수정신고서를 제출한 것으로 나타난다.

(나)

처분청의 경정청구 검토복명서(2017.3.7.)에 의하면, 처분청은 청구법인의 경정청구 내용을 검토할 결과 수도권과밀억제권역외 사업용자산 투자내역 및 상시근로자수 증가내역이 확인되는 등 공제대상 금액 OOO원이 적정하게 신청한 것으로 확인되어

환급결정을 한다고 기재

되어 있다.

(다) 처분청은 2013사업연도 법인세 OOO원을 환급결정하는 한편, 청구법인이 수정신고한 후 무납부한 농어촌특별세에 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 경정결의하고, 환급할 법인세액에서 충당하였다.

(2) 처분청이 제출한 국세환급금 충당통지서 및 농어촌특별세 결의서에 의하면, 경정청구한 법인세 OOO원(경정청구일부터 환급일까지의 기간에 연 1천분의 18의 이자율을 적용) 가산하였고, 농어촌특별세는 수정신고한 본세 OOO원에 신고불성실가산세는 적용하지 아니하되, 납부불성실가산세 OOO원 가산(법인세 신고기한 다음 날부터 1일 1만분의

3의 이자율을 적용)하여 환급할 법인세액에서 충당한 것으로 나타난다

.

(3) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되고, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세기간분부터 시행되는

「국세기본법」 제47조의2

및 제47조의3의 개정내용에 의하면, 무신고가산세 및 과소신고가산세의 적용에 있어 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외하는 것으로 명시하고 있는데, 국세청이 발간한 2012년 개정세법 해설에서는 부가세목(surtax)으로서의 특성을 감안하여 가산세 체계를 단순화하고 납세자의 가산세 부담을 완화하기 위한 것임을 개정사유로 밝히고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 경정청구를 통하여 본세인 법인세를 감면받으면서 당초 납부하지 아니한 농어촌특별세를 납부하게 되는 경우 납부불성실가산세를 적용하여야 한다는 의견이나, 법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있는 점, 납세자가 이미 국가에 납부한 법인세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2014전764, 2014.4.24. 같은 뜻임).

다만, 별론으로 처분청은 청구법인의 2013사업연도 법인세 OOO원을 환급하면서 국세환급가산금을 가산하였으나, 가산한 국세환급가산금에는 농어촌특별세의 기납부세액으로 인정받은 금액 OOO원에 상당하는 국세환급가산금이 포함되어 있으므로 이를 차감하여 국세환급가산금을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법

」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.