조심 2020중2827 (2020.12.21)

OOO세무서장이 2020.4.23. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 신고불성실가산세를 적용하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점토지1”라 한다) 및 OOO(이하 “쟁점토지2”라 하고, 쟁점토지1과 쟁점토지2를 합하여 “쟁점토지”라 한다)가 2014.9.3. OOO에 수용됨에 따라 양도대가로 각각 OOO원을 수령하고, 2014.11.25. 쟁점토지를

「조세특례제한법」 제69조의 8

년 이상 직접 경작한 농지로 보아 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2020.3.27. 청구인이 2004.6.28.부터 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하는 계속사업자로 확인되어 실제 자경한 것으로 볼 수 없으며, 양도일자가 주거지역으로 편입 후 3년 이후이므로 감면을 부인하고 과세할 예정이라는 내용으로 과세예고통지를 한 후, 2020.4.23. 가산세 OOO원을 포함하여 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 청구인은 과세예고통지에 대하여 2020.4.23. 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청에서는 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 청구인의 과세전적부심사 청구를 반려하였다.

다. 이에 대하여 청구인은 2020.4.28. 쟁점토지는 8년 이상 자경농지이며, 처분청의 부과처분은 청구인의 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 절차상 중대한 하자가 있는 부당한 처분이라는 이유로 처분청에 이의신청하였으나, 처분청은 2020.6.30. 기각결정하였다.

라. 이후 처분청은 2020.7.14. 쟁점토지 중 쟁점토지2만을 8년 이상 자경농지로 인정하여

「조세특례제한법」 제69조

에 따른 양도소득세 감면을 적용한 후, 당초 고지한 양도소득세 중 OOO원을 감액하여 경정·고지(감액경정 후 잔액 OOO원)하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2020.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구①) 청구인이 쟁점토지1을 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.

처분청에서는 청구인이 2004년 이후 계속사업자로 확인되어 쟁점토지1을 실제 자경한 것으로 볼 수 없으며, 양도일자가 주거지역으로 편입 후 3년 이후이므로 감면을 부인하였으나, 2014년 8월까지 청구인은 숙박업 사업장의 사업자로 되어있지만, 사실상 주로 장기투숙자를 대상으로 한 소규모 사업자였고 청구인의 아들인 OOO이 청구인과 함께 거주하면서 운영하였다(2014년 8월 이후에는 임대업으로 전환하였다).

처분청에서는 청구인의 아들이 숙박업 사업장을 실제 운영하였다는 객관적인 증빙이 부족하다고 판단하고 있으나, 청구인의 아들은 OOO으로서 숙박업 사업장의 3층인 청구인 소유 주택에서 청구인과 같이 거주하였으며, 그 당시 청구인의 아들에게 별다른 소득이 없다는 점을 보더라도 사실상 아들이 숙박업 사업장을 운영했다는 것을 부인하기는 어려울 것이다.

처분청에서는 쟁점토지의 면적이 약 741평의 규모라서 청구인 혼자서 농사를 지었다고 보기에는 넓은 면적으로 판단하고 쟁점토지2(약 87평)에 대해서만 8년 이상 자경농지로 보고, 쟁점토지1(약 654평)에 대해서는 8년 이상 자경농지로 보지 않았으나, 이는 주관적인 판단이며 오히려 쟁점토지의 면적은 청구인 혼자서 충분히 농사를 지을 수 있는 면적으로 농지 수확물은 청구인의 친척이나 가까운 친지와 충분히 나누어 먹을 정도였다.

청구인은 OOO의 조합원이었으며, 직접 자경한 것을 입증하기 위하여 농지원부, 비료 구입 확인서 등을 제출한 바 있다. 청구인이 성실하게 제출한 증빙만으로도 청구인이 쟁점토지를 자경하였음을 입증된다. 그럼에도 불구하고 아무런 조사 절차 없이 단지 계속사업자로 확인되어 실제 자경한 것으로 볼 수 없기 때문에 감면을 부인한 것은 부당한 처분이다.

그리고

「조세특례제한법 시행령」 제66조

제4항 제1호 각 호 외의 부분 본문에서 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 감면 부인 대상이지만,

동법 시행령 제66조

제4항 제1호 각 호의 부분 단서 및 같은 호 가목에 의하면, 사업시행면적이 100만㎡ 이상인 대규모개발사업의 시행으로 인하여 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지난 경우에는 감면대상으로 규정하고 있다. 국토해양부 고시 제2010-315호로 고시된 OOO 보금자리주택지구는 사업시행 면적이 1,708,000㎡로서 100만㎡ 이상인 대규모 개발사업이고, 사업시행자의 보상지연으로 인하여 양도 일자가 주거지역으로 편입 후 3년이 경과한 것이므로 쟁점토지는 8년 이상 자경농지 감면 대상에 포함되는 것이고, 따라서 처분청에서 쟁점토지의 양도일자가 주거지역으로 편입 후 3년 이후이므로 감면을 부인한 것은 부당한 처분이다.

(2) (주위적 청구②) 처분청이 청구인의 과세전적부심사 청구를 반려한 것은 중대한 절차적 하자이다.

처분청은 청구인의 과세전적부심사 청구를 반려하면서, 과세예고통지를 하는 날(2020.3.27.)부터 국세부과 제척기간 만료일(2020.5.31.)까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 청구 대상이 아니므로 이 건 과세처분은 과세요건에 중대한 하자가 없다고 하고 있으나, 처분청의 과세예고통지는 형식적인 통지일 뿐이며, 납세고지서를 수령하기 전까지 처분청의 과세처분에 대하여 청구인은 아무런 해명 기회를 가질 수 없었으므로 처분청의 과세처분은 청구인은 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 중대한 절차적 하자가 있는 처분이다.

청구인은 쟁점토지에 대해 양도소득세 예정신고·납부를 한 날인 2014년 11월로부터 5년 4개월이 지난 2020.3.27. 과세예고통지서를 수령하였다. 과세예고통지서를 수령하기 이전에는 청구인은 처분청으로부터 아무런 통지도 받지 못했고 세무조사도 받지 않은 상태였다. 그 후 처분청에서는 2020.4.9. 청구인에게 양도소득세 고지서를 발부하였으며, 청구인은 2020.4.23. 동 고지서를 수령하였다. 청구인의 과세전적부심사 청구에 대해 처분청은 직권으로 반려하였으며 결과적으로 과세전적부심사의 기회도 박탈당한 상태에서 처분청의 조사 한 번 받지 못하고 납세고지서를 수령하게 된 것이다. 성실하게 양도소득세를 신고·납부하였고 3～4년이 지난 후부터는 청구인이 신고한 내용대로 종결이 되었다고 생각하고 있었는데, 5년이 경과한 어느 날 갑자기 OOO원이 넘는 양도소득세 납부고지서를 수령하게 된 것이다.

「국세기본법」 제81조의2

에 근거하여 제정·고시된 납세자권리헌장에 의하면 납세자는 신고 등의 협력의무를 이행하지 않았거나 구체적인 조세탈루 혐의가 없는 한 성실하다고 추정되고, 또한 공정한 과세에 필요한 최소한의 기간과 범위에서 조사받을 권리가 있다. 그리고

「국세기본법」 제81조의15

에 의하면 납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우에는 과세예고통지를 받고 그 통지 내용의 적정성에 대하여 과세전적부심사를 청구할 권리가 있다. 대법원 판례에 의하면 사전구제절차로서 과세예고 통지와 통지 내용의 적법성에 관한 심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하면, 관련 법령에서 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 과세처분은 위법하다고 판결(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)하고 있고, 또한 「국세기본법」 및 「국세기본법 시행령」이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 판결(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결)하고 있다.

「국세기본법」 제81조의15

제3항 제3호에 의하면, 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사를 청구할 수 없도록 규정하고 있다. 그러나 이 규정은 상위 기관의 업무감사 결과에 따라 과세하거나 통보된 과세자료 등에 따라 과세하는 경우 등 불가피한 사유가 있는 경우로서 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 적용하기 위한 규정으로 보는 것이 타당하다. 즉 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 세무조사결과 통지 및 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우에 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있다는 취지로 보는 것이 타당하다. 이 규정을 일반적으로 적용하여 과세관청의 단순한 조사 지연에 따라 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월이 남지 않은 상태에서 과세예고통지를 한 경우에까지 적용할 수는 없다. 이 건과 같이 처분청이 국세행정을 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일에 임박한 경우에 동 규정을 적용할 수 있다면, 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제 절차를 박탈할 수 있게 되고, 이는 과세예고통지를 의무화한 입법취지와 부합하지 아니할 뿐만 아니라 합목적적인 해석으로도 볼 수 없으며, 아무런 사유 없이 과세예고통지를 늦게 한 과세관청의 귀책 있는 부과처분으로 인해 납세자의 불이익이 초래되도록 하는 것은 조리에도 맞지 아니하다(조심 2019중3428, 2020.04.27. 참조).

(3) (예비적 청구) 처분청이 이 건 양도소득세를 과세하면서 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

처분청이 청구인의 이의신청에 대한 기각결정 이후, 쟁점토지2만을 8년 자경농지로 인정하면서 직권 감액경정한 결의서 상 신고불성실가산세 OOO원이 포함되어 있다. 그러나 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기가 2014년이므로 2014.12.23.자로 개정되기 전의 「국세기본법」(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항 제1호의 규정에 따라 일반적인 경우 소득세 등의 과세표준을 과소 신고한 경우에만 과소신고 가산세를 부과하는 것이 타당함에도 불구하고, 청구인의 양도소득세에 대한 감면 세액을 부인하면서 그에 대하여 과소신고 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구①에 대하여

청구인은 쟁점토지1에 대해서 농작업의 2분의 1 이상을 본인 노동력에 의하여 직접 자경했으므로 쟁점토지1은 8년 이상 자경농지에 해당한다고 주장하나,

(가) 청구인은 2004.6.28.부터 쟁점토지를 양도한 2014년까지 10년간 거주지와 동일 장소인 OOO에서 쟁점사업장을 운영하였으며, 여관업 특성상 카운터에서 상시 손님을 응대해야 하는 업종이므로 농작업의 2분의 1 이상을 경작하기 어렵다.

또한 생계를 같이한 아들 OOO이 사업장을 운영하였으므로 청구인이 직접 자경할 수 있는 조건을 갖추었다고 주장하나, OOO이 운영했다는 증빙으로는 OOO의 확인서 외의 다른 증거가 확인되지 않는다.

또한 청구인의 아들 OOO이 다른 소득이 없다는 것만으로 OOO이 쟁점사업장을 실제로 운영하였다는 청구인의 주장은 신뢰할 수 없다.

(나) 청구인이 양도한 쟁점토지의 전체면적은 2,447㎡로 약 741평(약 4마지기)의 규모로 채소를 재배하여 자가소비하였다고 주장하면서 증빙내역으로 농지원부와 OOO에서 발행한 거래자별 매출상세내역 등을 제출하였으나, 제출된 거래자별 매출상세내역은 거래기간이 2010.1.1.부터 2014.10.17.이고, 구매금액이 연도별로 OOO원 정도로 품목에는 비료라고 되어 있으며, 제출한 다른 어떤 서류에서도 종자구입내역은 확인할 수 없을 뿐만 아니라 4년간 구매금액 총액이 OOO원으로, 면적에 비해 쟁점농지를 경작하면서 들어간 비용으로 보기에는 상당히 적은 금액인 것으로 판단되므로 8년이라는 기간 동안 청구인이 쟁점토지1을 직접 경작하였다는 주장을 신뢰할 수 없다.

그리고 자가소비 주장에 대해서도 살펴보면, 주말농장의 경우 최대한도가 1,000㎡면적(

「농지법」 제7조

제3항)으로 일반적으로 1인당 23∼26㎡로 7∼8평 정도 분양받아 야채·채소 등을 재배하는데 보통 7평 정도에서 나오는 수확물도 상당하여 본인이 혼자 소비하지 못하는 경우가 많은 것으로 알고 있다. 이러한 점을 고려할 때, 쟁점토지 규모에서 발생한 수확량은 청구인이 자가소비하기 힘들 정도의 양으로 예상된다.

(다) 또한 청구인은 어떤 품목을 재배하였는지 언급한 내용이 없다.

이의신청 접수당시 청구인은 세무대리인을 통해 구두상으로 보유기간동안 채소를 재배하여 모든 수확물을 본인이 자가소비하였다고 주장하였으며 항변서에는 741평 정도밖에 안되어 수확물을 청구인의 친척이나 가까운 친지와 나눠먹었다고 주장하고 있으나,

741평(약 4마지기)나 되는 농지에서 발생한 수확물은 판매 가능할 정도의 양으로 추정되나, 판매내역이 전혀 없어 어떤 품목을 재배하였는지 확인할 수 없으므로 청구인의 주장을 신뢰할 수 없다.

(라) 2009년 위성사진에서 쟁점토지1과 바로 인접한 OOO 토지는 밭고랑들이 하나로 길게 연결되어 있는 것이 확인된다.

그런데 OOO는 다른 사람 소유의 토지로 청구인이 쟁점토지1을 직접 경작하였다고 한다면 OOO 또한 청구인이 경작을 하였던가 아니면 대리경작을 한 것으로 보여지고, 만약 청구인이 전부를 경작하였다면 전체 OOO으로 여기에서 생산되는 채소 등은 판매할 수 있을 정도의 수확물 임에도 모두 자가소비하였다는 청구인의 주장은 더욱더 신뢰할 수 없다.

(2) 주위적 청구②에 대하여

청구인은 처분청이 청구인의 과세전적부심사 청구를 반려한 것은 중대한 절차적 하자라고 주장하나,

「국세기본법」제81조의15

(과세전적부심사) 제3항 제3호에 따르면, 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우는 과세전적부심사 청구 대상에 해당하지 아니하므로, 과세예고통지를 한 날인 2020.3.27.부터 국세부과 제척기간 만료일인 2020.5.31.까지의 기간이 3개월 이하인 이 건의 경우 과세전적부심사 청구 대상이 아니다.

(3) 예비적 청구에 대하여

청구인은 쟁점토지1에 대한 양도소득세 감면을 부인하면서 그에 대하여 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

「국세기본법」 제47조의3

에 따라 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고분의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구①) 청구인이 쟁점토지1을 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

② (주위적 청구②) 처분청이 청구인의 과세전적부심사 청구를 반려한 것은 중대한 절차적 하자라는 주장의 당부

③ (예비적 청구) 이 건 양도소득세를 과세하면서 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점토지는 2014.8.26.자 공공용지의 협의 취득을 등기원인으로 2014.9.3. OOO에 양도되었다. 청구인의 쟁점토지에 대한 취득 및 양도내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점토지에 대한 취득 및 양도

(단위 : ㎡, 원)

(2) 청구인은 2014.11.25. 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고하고, 2014.12.1. 2014년 귀속 양도소득세OOO원을 납부하였다.

＜표2＞ 양도소득세 신고내역

(단위 : 원)

(3) 처분청은 2020.3.27. “2004년 이후 계속사업자로 확인되어 실제 자경한 것으로 볼 수 없으며, 양도일자가 주거지역으로 편입 후 3년 이후이므로 감면을 부인하고 과세할 예정”이라는 과세예고통지를 하고, 2020.4.23. 가산세 OOO원을 포함하여 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 청구인은 과세예고통지에 대하여 2020.4.23. 과세전적부심사 청구를 하였으나, 처분청은 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 청구인의 과세전적부심사 청구를 반려하였다.

(4) 처분청은 이의신청 기각결정 이후인 2020.7.14. “쟁점토지2에 대해서는 자경감면 100%, 쟁점토지1은 공익사업용 감면 15% 적용하여 총 세액OOO원 감액 경정”한다는 내용의 경정내역 통보를 하였다. 감액경정시 신고불성실가산세는OOO원이었다.

(5) 처분청이 쟁점토지1 관련하여 제시한 항공사진은 아래와 같다. 처분청은 쟁점토지가 이미 수용된 상태여서 별도의 현장확인 조사는 시행하지 않았다고 한다.

(가) 2008년부터 2014년까지 OOO사이트의 항공뷰 사진은 아래와 같다(2004∼2007년, 2012년, 2014년의 항공사진은 없는 것으로 확인된다).

(나) 2008년부터 2014년까지 OOO 위성사진은 아래와 같다.

(6) 쟁점토지2에 대한 2008년부터 2014년까지 OOO사이트의 항공뷰 사진은 아래와 같다(2004∼2007년, 2012년, 2014년의 항공사진은 없는 것으로 확인된다).

(7) 사업자등록증에 따르면, 쟁점사업장은 2004.6.28. OOO에서 비주거용 건물 임대업으로 개업한 것으로 확인된다. 건축물대장에 따르면, 쟁점사업장은 아래 ＜표3＞과 같이 지하1층, 지상2층의 건물로, 연면적 합계 342.9㎡이다.

＜표3＞ 건축물대장상 쟁점사업장

(단위 : ㎡)

(8) 청구인과 아들 OOO의 신고된 소득금액은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구인과 아들 OOO의 소득금액 신고내역

(단위 : 원)

(9) 처분청에 제시한 청구인의 사업자등록내역은 아래 ＜표5＞와 같으며, OOO의 사업자등록내역은 확인되지 않는다.

＜표5＞ 청구인의 사업자등록내역

(10) 주민등록초본상 청구인과 아들 OOO은 2004.6.16. OOO에 전입한 이후, 청구인은 2014.10.2. OOO로, 아들 OOO은 2016.1.18. OOO로 각 전출하였다.

(11) 청구인은 쟁점토지를 자경했음을 주장하며 아래와 같이 농지원부, 거래자별 매출상세내역, 사실확인서 등을 제출하였다.

(가) 2014.2.19.자 농지원부의 소유농지현황에 따르면, 쟁점토지의 주재배작물은 채소이고, 쟁점토지1의 공부지목은 답이나 실제지목은 전이다. 세대원(업무집행사원)사항에는 청구인의 아들 OOO이 기재되어 있다.

(나) OOO지점에서 발행한 거래자별 매출상세내역에 따르면, 청구인은 2010.1.1.부터 2014.10.17. 기간 동안 아래 ＜표6＞과 같이 비료 OOO을 구입했으며, 구매금액 총액은OOO원이다. 종자구입내역과 관련하여 제출된 자료는 확인되지 않는다.

＜표6＞ 거래자별 매출상세내역

(다) 청구인은 청구인의 아들 OOO과 쟁점사업장의 임차인 OOO이 작성한 사실확인서 및 쟁점사업장의 임대차계약서를 제출하였다.

1) 청구인의 아들 OOO은 청구인과 함께 쟁점사업장 건물에 거주하면서 OOO의 운영 및 관리를 한 사실이 있다는 내용의 사실확인서를 작성·제출하였다.

2) OOO이 작성한 사실확인서에 따르면, OOO은 쟁점사업장 건물을 2014년 8월부터 2020년 4월 사실확인서 작성일 현재까지 임차하여, OOO을 운영하고 있다고 한다. OOO사업자 등록증에 따르면, OOO의 개업일은 2014.8.13.이며, 업태는 숙박, 종목은 여관업으로 기재되어 있다. 청구인과 OOO 간의 임대차계약서에 따르면, 임대차계약일은 2014.7.29., 임대할 부분 면적은 190.44㎡, 보증금은 OOO원으로 기재되어 있다.

(12)

「국세기본법」 제47조의3

은 2014.12.23. 법률 제12948호로 개정되면서 신고불성실가산세 계산 기준을 과소신고한 ‘과세표준’에서 과소신고한 ‘납부세액’으로 개정하였다. 개정 당시 법률안(법률 제12948호)의 개정 이유에는 “신고불성실가산세의 계산 기준을 산출세액(과세표준에 세율을 곱하여 산출한 금액)에서 납세자가 추가로 납부해야 할 세액(산출세액에서 세액공제ㆍ세액감면과 기납부세액을 차감한 금액)으로 변경”한다고 기재되어 있다. 개정시 부칙(법률 제12848호) 제10조 제2항에 따르면, 제47조의3의 개정규정 중 양도소득에 대한 소득세(그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2015.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 되어 있다.

(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지1이 8년 이상 자경농지에 해당한다고 주장하나,

청구인이 2004.6.28.부터 현재까지 쟁점사업장의 사업자로 등록되어 있는 점, 여관업은 일반적으로 카운터에서 상시 손님을 응대해야하는 업종으로 보이는 점, 청구인의 아들 OOO이 쟁점사업장을 관리하였다고 주장하면서 근거자료로 OOO이 작성한 사실확인서만을 제출한 점, 아들 OOO의 소득내역 중 쟁점사업장으로부터 발생한 소득이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점토지1을 8년 이상 자경농지로 보기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 처분청의 부과처분은 청구인에게 과세전적부심사 청구기회를 박탈한 절차상 중대한 하자가 있는 부당한 처분이라 주장하나,

「국세기본법」제81조의15

(과세전적부심사) 제3항 제3호에 따르면, 세무조사 결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우는 과세전적부심사 청구 대상에 해당하지 아니하는바, 과세예고통지를 한 날인 2020.3.27.부터 국세부과 제척기간 만료일인 2020.5.31.까지의 기간이 3개월 이하인 이 건의 경우 과세전적부심사 청구대상이 아니라고 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대,

「국세기본법」 제47조의3

은 2014.12.23. 법률 제12948호로 개정되면서 신고불성실가산세 계산 기준을 과소신고한 ‘과세표준’에서 과소신고한 ‘납부세액’으로 개정하였고, 개정 당시 법률안(법률 제12948호)의 개정이유에는 “신고불성실가산세의 계산 기준을 산출세액(과세표준에 세율을 곱하여 산출한 금액)에서 납세자가 추가로 납부해야 할 세액(산출세액에서 세액공제ㆍ세액감면과 기납부세액을 차감한 금액)으로 변경”한다고 기재되어 있으며, 개정시 부칙(법률 제12848호) 제10조 제2항에 따르면,

「국세기본법」 제47조의3

의 개정규정 중 양도소득에 대한 소득세(그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2015.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정되어 있는바, 이 건 쟁점토지의 양도일자는 2014.9.3.이며, 쟁점토지가 8년 이상 자경토지로 해당되어 세액감면이 적용되는지 여부와 관계없이 쟁점토지에 대한 과세표준은 변동이 없으므로 처분청이 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세를 과세하면서 개정 후 법률에 따라 신고불성실가산세를 적용한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

제81조의2(납세자권리헌장의 제정 및 교부) ① 국세청장은 제81조의3부터 제81조의16까지, 제81조의18 및 제81조의19에 규정된 사항과 그 밖에 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하는 납세자권리헌장을 제정하여 고시하여야 한다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우

2. 삭제

3. 사업자등록증을 발급하는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 시작할 때 조사원증을 납세자 또는 관련인에게 제시한 후 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주어야 하며, 조사사유, 조사기간, 제81조의18제1항에 따른 납세자보호위원회에 대한 심의 요청사항ㆍ절차 및 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다.

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,

「감사원법」 제33조

에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1.

「국세징수법」 제14조

에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정

2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

3. 청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니한 경우: 심사하지 아니한다는 결정

(2) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것)

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

※ 부 칙 ＜법률 제12848호, 2014.12.23.＞

제10조(무신고가산세 및 과소신고ㆍ초과환급신고가산세에 관한 적용례) ② 제47조의2 및 제47조의3의 개정규정 중 퇴직소득 및 양도소득에 대한 소득세(그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2015년 7월 1일 이후 퇴직하거나 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항·제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은

「종합부동산세법」 제9조

제1항 또는 제14조 제1항·제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조 제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조 제3항·제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다.

2. 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액

(4) 조세특례제한법(2014.5.21. 법률 제12663호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

2. 제1항 제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 10(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 20)에 상당하는 금액을 징수한다.

⑤ 제1항 제1호·제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조 제6항을 준용한다.

⑥ 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑦ 제1항 제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑧ 제1항과 제4항을 적용하는 경우 채권을 만기까지 보유하기로 한 특약의 내용, 특약을 위반하였을 때 그 위반 사실을 국세청에 통보하는 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑨ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나

「소득세법」 제97조의2

제1항이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 15 및 100분의 20의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 제33조, 제43조, 제69조, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

나. 5개 과세기간의 제70조 및 제77조(100분의 15 및 100분의 20의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

다. 5개 과세기간의 제69조, 제69조의2, 제70조 또는 제77조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

② 제71조에 따라 감면받을 증여세액의 5년간 합계가 1억원(이하 이 항에서 "증여세감면한도액"이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 증여세감면한도액은 그 감면받을 증여세액과 그 증여일 전 5년간 감면받은 증여세액을 합친 금액으로 계산한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2014.9.11. 대통령령 제25590호로 개정되5기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재

「소득세법」 제1조의2

제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법」 제15조

제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{

「지방자치법」 제3조

제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법」 제15조

제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는

「소득세법 시행령」 제162조

의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑥

「소득세법」 제89조

제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란

「소득세법」 제95조

제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다.

양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

⑧ 법 제69조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

1.

「택지개발촉진법」 제3조

에 따라 지정된 택지개발지구

2. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지

3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(6) 조세특례제한법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정되기 전의 것)

제27조(농지의 범위등) ③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 한다. 다만, 「택지개발촉진법」에 따른 택지개발사업 또는 「주택법」에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.