조심 2021부5920 (2022.12.06)

처분청이 2021.6.7. 청구종중에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구종중이 이미 납부한 양도소득세액을 기납부세액으로 먼저 공제하여 납부지연가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 (환급)경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구종중은 1986.4.7. OOO 토지 456㎡ 및 그 지상의 3층 상가건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매매를 원인으로 취득한 후 임대업을 영위하다가, 2001.9.24. 임대업에 대한 간이과세자 사업자등록을 하고, 2008.5.30. ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았으며, 각 과세기간별 부가가치세 및 종합소득세 신고.납부를 하였다.

나. 청구종중은 2019.10.31. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하고 같은 해 11.12. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부를 하였다가, 2020.11.16. ‘법인으로 보는 단체’로서 쟁점부동산 양도소득에 대한 법인세 신고ㆍ납부대상임을 뒤늦게 알게 된 후, 위 착오납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고,

이후 청구종중은 2020.12.4. 쟁점부동산 양도소득 등에 대한 법인세 과세표준 OOO원, 납부할세액 OOO원(납부지연가산세 OOO원 포함) 등으로 하여 2019사업연도 법인세 기한 후 신고를 하였으며, 위 국세환급금에 대한 양도요구서(양도소득세→법인세)를 2차례{1차 OOO원, 2차 OOO원[신고불성실가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다) 포함]} 제출하였다.

다. 처분청은 2021.1.13. 청구종중의 양도소득세에 대한 경정청구내용을 검토한 결과 적정한 것으로 보아, 양도소득세 OOO원(환급가산금 OOO원 포함)의 환급결정을 하였고, 2021.1.18. 2019사업연도 법인세를 OOO원(쟁점가산세 포함)으로 결정.충당한 후, 나머지인 OOO원을 청구종중에게 환급하였다.

라. 청구종중은 2021.4.5. 쟁점가산세 적용대상이 아니라고 보아 과다납부한 법인세(쟁점가산세)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 동 청구내용을 검토한 결과 동 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 없는 것으로 보아, 2021.6.7. 이를 거부하였다.

마. 청구종중은 이에 불복하여 2021.7.6. 이의신청을 거쳐 2021.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

청구종중은 쟁점부동산을 취득한 후 상가임대업을 영위하다가 2001년 7월경 처분청에 간이과세자 사업자등록을 하였고, 쟁점부동산을 양도하기까지 임대수입금액에 대한 부가가치세 및 종합소득세를 성실하게 신고.납부하였으며, 2008년경 일부 종중원이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받게 되면 여러 가지로 유익하다는 의견에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 신청.승인을 받았으나, 세법 지식이 전무하다보니 계속해서 간이과세자에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고.납부를 하였다.

청구종중은 과거 2001년경부터 2019년경까지 약 20년 동안 처분청으로부터 종합소득세 등 신고안내문을 받고 처분청에 직접 방문하여 신고서 작성 등의 도움을 받아 관련 종합소득세 등 신고ㆍ납부를 해왔고, 2008년경 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 이후에도 계속하여 종합소득세 등 신고안내문을 받았으며, 신고 시 처분청에 방문ㆍ도움을 받았으나 청구종중에게 법인세 신고ㆍ납부대상이라는 어떠한 안내 또는 지적 등을 하지 않았다.

따라서 청구종중은 2019년경 쟁점부동산을 양도한 후, 2019년 귀속 양도소득세 예정신고ㆍ납부를 성실히 이행하였을 뿐, 세금을 탈세하거나 탈루하기 위함이 아니었고, 뒤늦게 ‘법인으로 보는 단체’로 법인세 신고ㆍ납부대상임을 알게 되어 2019사업연도 법인세 기한 후 신고를 하였던 것인바, 단지 “청구종중이 몰랐으니 몰랐던 너의 책임이다”면서 모든 귀책을 청구종중에게 떠넘기며 쟁점가산세까지 적용하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구종중은 2008년경 ‘법인으로 보는 단체’로 신청.승인을 받았는바, 쟁점부동산 양도소득에 대한 양도소득세가 아니라 법인세 신고.납부대상으로, 쟁점가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 없으므로 동 가산세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 아니한다 할 것(조심 2010중1793, 2010.8.6., 대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 등 참조)이다.

(2) 청구종중은 2008년경 ‘법인으로 보는 단체’의 승인에 따라 고유번호증을 교부받은 이후 그 증에 기재된 ‘유의사항 (2). 수익사업을 하고자 하는 경우에는 수익사업 개시신고 등을 하여야 합니다’라는 문구를 최소한 3번 이상 확인할 수 있었고, ‘법인으로 보는 단체’ 승인 시 이미 등록된 간이과세자 사업자등록(OOO)을 폐업신고하여야 함에도 이를 이행하지 않아, 법인세 신고.납부안내대상에서 누락된 것이다.

(3) ‘법인으로 보는 단체’인 청구종중이 단순한 법령의 무지 또는 오인 등의 이유로 쟁점부동산의 양도소득을 2019사업연도 익금에 산입하여 법인세 신고ㆍ납부를 이행하지 아니하였고, 법인세는 납세자의 신고에 의해 납세의무가 확정되는 세목인바, 쟁점가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점가산세(신고불성실가산세)를 면제할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

② (직권) 납부지연가산세 적용이 타당한지 여부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 것)

제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,

「교육세법」제9조

에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(

「인지세법」제8조

제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납세고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납세고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제51조(국세환급금의 충당과 환급) ⑪ 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(이하 이 항에서 "실질귀속자"라 한다)가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 하여 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다.

(2) 법인세법

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구종중은 1986.4.7. 쟁점부동산을 매매를 원인으로 취득한 후 상가임대업을 영위하다가, 2001.9.24. 동 부동산에 대한 간이과세자 사업자등록(개업일 2001.7.1., 폐업일 2019.11.1.)을 하였고, 처분청은 2019년도까지 청구종중에게 부가가치세 및 종합소득세 신고안내를 하였으며, 청구종중은 각 과세기간별 부가가치세 및 종합소득세를 아래 ＜표＞와 같이 신고.납부한 것으로 나타난다.

＜표-1＞ 청구종중의 부가가치세 신고ㆍ납부내역

(단위 : 천원)

OOO

＜표-2＞ 청구종중의 종합소득세 신고ㆍ납부내역

(단위 : 천원)

OOO

(2) 청구종중은 2008.5.29. 처분청에 ‘법인으로 보는 단체’로 승인신청을 하였고, 처분청은 2008.5.30. 이를 승인(개업일 2004.1.1.)한 것으로 나타난다.

(3) 청구종중은 2019.10.31. 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후, 취득가액(환산) OOO원, 과세표준 OOO원 등으로 하여 2019.11.12. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부한 것으로 나타난다.

(4) 청구종중은 2020.11.16. 쟁점부동산 양도소득에 대한 법인세 신고ㆍ납부대상임을 뒤늦게 알게 된 후, 위 착오납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 2020.12.4. 법인세 과세표준 OOO원(유형자산처분이익), 납부지연가산세 OOO원 등으로 하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 기한 후 신고를 하였으며, 처분청에 위 국세환급금에 대한 양도요구서(양도소득세→법인세)를 2차례[1차 OOO원, 2차 : OOO원(쟁점가산세 포함)] 제출한 것으로 나타난다.

(5) 처분청은 청구종중이 경정청구한 내용을 검토한 결과, 동 청구내용이 적정한 것으로 보아, 2021.1.13. OOO원(환급가산금 OOO원 포함)을 환급결정한 후, 2021.1.18. 2019사업연도 법인세를 OOO원(쟁점가산세 포함)으로 결정.충당하고 잔액 OOO원을 청구종중에게 환급한 것으로 나타난다.

(6) 청구종중은 2021.4.5. 쟁점가산세 적용은 부당하다면서 과다납부한 법인세(쟁점가산세)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.6.7. 동 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 없다고 보아 이를 거부한 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 양도소득에 대한 법인세 신고.납부를 이행하지 못한 특별한 사정이 있으므로, 쟁점가산세는 적용배제되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의.과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지.착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점(대법원 2002.11.13. 선고 2001두4689 판결 등, 같은 뜻임), 법인세는 납세자의 신고에 의해 납세의무가 확정되는 세목이고, 청구종중은 2008년경 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았기에 양도소득세가 아니라 법인세의 과세표준과 세액에 대한 신고의무를 이행하여야 하는 점, 처분청이 이 건 이전에 청구종중에게 한 종합소득세 등의 신고안내는 납세자의 신고 및 납세편의를 위한 단순 안내에 불과할 뿐 법적인 의무사항이 아닌 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 경정청구에 앞서 청구종중의 2019사업연도 법인세 기한 후 신고(납부지연가산세 포함)에 대하여 해당 과세표준과 세액(쟁점가산세까지 포함)을 결정하였는바, 청구종중이 쟁점부동산의 양도차익에 대한 납세의무를 양도소득세 예정신고.납부로 성실하게 이행한 점, 청구종중이 법인세액(OOO원)보다 더 많은 세액을 양도소득세(OOO원)로 신고.납부한 점, 2019.12.31. 신설된

「국세기본법」제51조

제11항에 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구종중의 2019사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 위 양도소득세액을 기납부세액으로 먼저 공제하여 당초 청구종중이 기한 후 신고 시 적용한 납부지연가산세는 가산하지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.