원천세과-970 (2009.11.26)

1.질의내용 요약

합병으로 인하여 소멸된 법인(한국바이오산업협회)의 임직원 모두는 합병으로 인하여 존속되는 법인에 승계되어 근무하는 경우 합병으로 인하여 소멸된 법인에서 발생한 근로소득의 연말정산 방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】

① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 따라 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조의 규정에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제4조에 따른 사업자단위과세사업자를 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급명세서를 그 지급일(제73조 제1항 제5호의 소득으로서 대통령령이 정하는 소득과 제135조 제2항ㆍ제3항, 제147조 제2항부터 제4항까지의 규정을 적용받는 소득에 대하여는 당해 소득금액 또는 수입금액에 대한 과세연도 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(제4호에 따른 근로소득의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령이 정하는 일용근로자의 근로소득은 그 지급일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음 달 말일(4분기에 지급한 근로소득은 다음 연도 2월 말일)까지 제출하여야 한다.

○ 소득세법 제157조 【원천징수의 승계】

② 법인이 합병한 경우에 합병후 존속하는 법인 또는 합병에 의하여 설립된 법인은 합병에 의하여 소멸된 법인이 원천징수를 하여야 할 소득세를 납부하지 아니한 것에 대하여 납세의무를 진다.

○ 소득세법 시행규칙 제17조【현실적인 퇴직의 범위】

 법 제22조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 퇴직급여지급규정ㆍ취업규칙 또는 노사합의에 의하여 퇴직금을 실제로 받는 경우에는 현실적으로 퇴직한 것으로 본다. 다만, 당해 법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인에의 전출은 현실적인 퇴직으로 보지 아니할 수 있다.

1. 종업원이 임원으로 취임한 경우

2. 법인의 조직변경이 이루어진 경우

3. 법인의 분할 또는 합병이 이루어진 경우

4. 사용자의 사망으로 상속인이 사업을 승계한 경우

5. 사업의 양도ㆍ양수가 이루어진 경우

6. 법인의 상근임원이 비상근임원이 된 경우

7. 「근로자 퇴직급여 보장법」 제8조 제2항의 규정에 의하여 계속 근로한 기간에 대한 퇴직금을 미리 정산하여 받는 경우

8. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직금을 정산하여 지급한 경우

○ 소득세법 기본통칙 137-2 【피합병법인의 임직원에 대한 연말정산】

 법인이 합병함에 있어서 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 규칙 제17조에 규정한 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에는 당해 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 하여야 한다.

나. 관련예규

○ 법인46013-2960, 1998.10.12

 1. 법인이 합병함에 있어서 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 소득세법시행규칙 제17조의 규정에 의한 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에는 당해 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 하는 것이며, "근로소득원천징수영수증"에 피합병법인이 지급한 근로소득과 원천징수내역을 전근무지의 소득과 기납부세액으로 구분기재하여야 함.

 2. 합병등기일 전에 중도퇴사한 근로자에 대한 근로소득지급조서는 소득세법 제164조의 규정에 의해 소득의 지급자인 합병법인 또는 피합병법인 명의로 제출하는 것임. 법인이 합병한 때에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다.

법인이 합병함으로 인하여 피합병 법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 소득세법 시행규칙 제17조에 의한 현실적인 퇴직에 해당하지 아니하는 경우 피합병법인이 지급한 근로소득은 전근무지 소득으로 기재하여 합병법인이 하는 것으로 소득세법 기본통칙 137-2 및 기질의 회신문(법인46013-2960, 1998.10.12)을 보내드리니 참고하시기 바랍니다.