서울고등법원-93-구-11281 (1999.07.16)

【주 문】

1. 이 사건 소 중 1992. 6. 16.에 원고에 대하여 한 별지 (1) 과세내역표 순번 2 기재 1988사업연도, 1989사업연도 및 1990사업연도의 갑종근로소득세 및 방위세부과처분 취소청구부분의 소를 각하한다. 2. 피고가 1992. 4. 1. 원고에 대하여 한 별지 (1) 과세내역표 순번 1 기재 1989사업연도의 법인세 및 방위세부과처분과 1990사업연도의 법인세 및 방위세부과처분을 각 취소한다. 3. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 4. 소송비용은 이를 10분하여 그 6은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이 유】

1. 부과처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 3, 갑제2호증의 1 내지 3, 을제1 내지 3호증의 각 1 내지 3, 을제8호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

가. 원고(원고의 상호는 ㅇㅇ개발주식회사에서 ㅇㅇ토건주식회사로, 다시 ㅇㅇ토건주식회사로 변경되었다가 1993. 11. 8. 현재의 상호로 변경 등기됨)는 토공사업 등을 목적으로 하는 회사로서 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사업연도로 하고 있다.

나. 원고는, 1988년도부터 1990년도까지의 법인세 등을 신고함에 있어, ① 1988사업연도 결산서에 기재된 바에 따라 장비임차료를 금 1,006,690,836원으로 하여 이를 공사원가에 계상하여 과세표준액을 금 73,888,666원으로 산정한 다음 이에 따른 1988사업연도 법인세 금 17,166,599원, 방위세 금 4,243,319원을 자진신고납부하고, ② 1989사업연도 내지 1991사업연도의 덤프트럭임차료를 금 9,538,000,000원으로 하여 이를 공사원가에 계상하여 1989사업연도 법인세 과세표준액을 금 158,695,832원으로 산정한 다음 이에 따른 1989사업연도 법인세 금 39,608,749원, 방위세 금 10,554,249원을 자진신고납부하고, 1990사업연도 법인세 과세표준액을 금 495,355,989원으로 산정한 다음 이에 따른 1990사업연도 법인세 금 140,606,796원, 방위세 금 39,707,949원을 각 자진신고납부하였다.

다. 이에 대하여 피고(이 사건 관할이 ㅇㅇ세무서에서 ㅇㅇ세무서로 변경됨으로써 피고가 ㅇㅇ세무서장으로 경정되었다)는, ① 원고가 1988사업연도에 ㅇㅇ 등 5개 공사현장에서 토목공사를 하고 지급하였다고 결산서에 기재한 위 장비임차료 금 1,006,690,836원 중 금 61,778,731원은 별지(2) 1988사업연도 현장별 가공(架空)경비내역표 기재와 같이 공사비대장에 기재되지 않아 증빙서류가 없거나 장부와 일치하지 않는 가공의 경비라는 이유로 이를 손금불산입하는 등으로 1988사업연도 법인세 과세표준액을 금 152,851,306원으로 경정한 다음, 가산세 등을 부가하여 법인세액을 금 56,851,327원으로, 방위세액을 금 9,928,629원으로 각 경정하고, ② 원고가 1989사업연도 내지 1991사업연도에 ㅇㅇ오피스텔 등 14개 공사현장에서 덤프트럭을 임차하고 그 차량임차료로 지급하였다는 금 9,538,000,000원 중 1989사업연도의 금 5,373,250원과 1990사업연도의 금 1,191,866,919원은 세금계산서의 내용이 사실과 다른 가공의 경비라는 이유로 역시 이를 손금불산입하는 등으로 1989사업연도 법인세 과세표준액을 금 182,107,348원으로 경정한 다음, 가산세 등을 부가하여 법인세액을 금 50,612,538원으로, 방위세액을 금 12,239,878원으로 각 경정하고, 1990사업연도 법인세 과세표준액을 금 1,762,991,542원으로 경정한 다음, 가산세 등을 부가하여 법인세액을 금 651,327,591원으로, 방위세액을 금 153,795,148원으로 각 경정하였다. 그리고, 이에 따라 원고가 이미 납부한 위 각 법인세 및 방위세액을 공제하여 1992. 4. 1.자로 원고에게 별지(1) 과세내역표 순번 1 기재와 같이 1988사업연도 내지 1990사업연도의 법인세 및 방위세를 부과하는 처분(이하 이 사건 법인세부과처분이라 한다)을 하였다.

라. 그리고, 피고는 위 각 법인세 과세표준액을 경정함에 있어 법인세법 제32조 제5항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것), 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제94조의2 제1항 제1호에 의하여 익금에 산입된 위 가공경비 등은 전부 사외유출되어 원고회사의 대표이사인 소외 김ㅇ정에게 귀속되었다고 보아 위 각 금액을 위 김ㅇ정에 대한 상여로 인정하여 1992년경 원고에게 1988년도분으로 위 금 61,778,731원을 포함한 금 80,517,971원의, 1989년도분으로 위 금 5,373,250원을 포함한 금 25,044,175원의, 1990년도분으로 위 금 1,191,866,919원의 소득금액변동통지서를 보내고, 원고가 위 소득금액변동통지서를 송달받음으로써 위 김ㅇ정에게 같은 금액의 상여를 지급한 것으로 보게 되었음에도 갑종근로소득세의 원천징수의무자인 원고가 법정기한까지 위 김ㅇ정으로부터 갑종근로소득세를 원천징수하여 국가에 납부하지 아니하였다 하여 1992. 6. 16.자로 원고에게 별지(1) 과세내역표 순번 2 기재와 같이 위 김ㅇ정에 대한 1988년도 내지 1990년도 귀속 원천징수갑종근로소득세 및 방위세를 부과하는 처분(이하 이 사건 소득세부과처분이라 한다)을 하였다.

2. 원고의 주장

가. 원고는, 이 사건 법인세부과처분이 아래와 같은 사유로 위법하다고 주장한다.

(1) 이 사건 1988사업연도의 장비임차료 부분에 관한 주장

원고는 피고가 1988사업연도 결산서상의 임차료지급액과 현장별 공사비대장상의 지급액과의 차액을 가공장비임차료로 산정함에 대하여 위 금액은 아래에서 보는 바와 같이 실제로 이를 공사비로 지급한 것인데 다만 장부에 잘못 기재한 것을 나중에 발견하고 수정하여 장부를 정리한 것이거나 또는 결산시에 바로잡아 처리한 것이지 가공의 경비가 아니라고 주장한다.

① ㅇㅇ 현장의 금 2,037,800원

위 금원중 금 1,650,000원은 원고가 1988. 1. 16. 홍ㅇㅇ에게 지급한 선급금 3,000,000원의 일부로서, 실제로 공사비로 지급되었던 것이나 그 즉시 공사원가로 장부에 기재하지 아니하였다가 같은 해 12. 31. 선급금에서 공사원가로 수정하여 장부에 기재된 것이다. 그리고 나머지 금 387,800원은 이미 무성기업에 공사비로 지급된 것인데 장부에 기재를 누락하였다가 같은 해 12. 31. 그 기재가 누락된 사실을 발견하고 이를 추가로 장부에 기재한 것이다.

② ㅇㅇ 현장의 금 5,000,000원

원고가 1988. 9.경 덤프트럭 작업반의 소외 김ㅇ순에게 금 5,000,000원을 선급하고서 그 후 기성고 지급시 위 금 5,000,000원을 공제하여 정산까지 하였음에도 현장소장 이ㅇ배에 대한 가지급금으로 장부에 잘못 기재된 것을 결산시에 발견하여 공사원가 계정(計定)에 대체(代替)하여 기장(記帳)한 것이다.

③ ㅇㅇ아파트 현장의 금 5,193,780원 및 ④ ㅇㅇ동 현장의 금 12,253,391원

위 각 금원은 국민주택규모의 아파트에 대한 부가가치세 매입세액 불공제액으로서 결산시 부가가치세 계정에서 공사원가 계정으로 대체 계상된 금액이다.

⑤ ㅇㅇ대학교부속병원 현장의 금 37,293,760원

위 금원 중 금 33,293,760원은 1987사업연도 선급비용 총액 금 63,973,898원 중 ㅇㅇ대학교부속병원 현장에 해당하는 금액으로서 나중에 공사비 계정에 대체 기장한 것이다. 나머지 금 4,000,000원은 ㅇㅇ중기 및 ㅇㅇ중기 등 덤프트럭 작업반의 김ㅇ순에게 선급금으로 지급된 뒤 기성고 지급시 공제하여 정산되었음에도 공사원가로 대체 처리되지 않았기 때문에 연말 정산시 공사비계정에 대체 기장된 것이다.

(2) 이 사건 1989, 90 사업연도의 장비임차료 부분에 관한 주장

원고는 피고가 이 사건 가공장비임차료라고 주장하는 금액에 대하여 별지(3) 원고 주장의 1989, 90사업연도 장비임차료지급 내역표에서 보는 바와 같이 1989사업연도의 금 5,373,250원 중 금 4,200,088원, 1990사업연도의 금 1,191,866,919원 중 금 745,840,018원은 실제로 덤프트럭 임차료로 지급한 것인데, 다만 중장비업계의 거래관행에 따라 실지 용역을 제공한 사업자가 아닌 화물운송차량사업자로부터 세금계산서를 수수한 것에 불과한 것이라고 주장한다.

즉, 피고는 원고의 1989사업연도 내지 1990사업연도의 덤프트럭 장비임차료에 관한 이 사건 세금계산서 중 잔토운반용 덤프트럭이 아닌 화물운송차량(5톤 내지 11톤 카고차량)의 사업자로부터 수령한 세금계산서는 원고와 거래하지 않은 자로부터 수령한 것으로서 그에 해당하는 금액을 모두 가공장비임차료로 산정하고 있는바, 원고와 같은 토공회사는 지입차주들로부터 덤프트럭을 임차하여 사용하고 임차료를 지급함에 있어 지입차주 대표에게 일괄하여 장비임차료를 지급하고 세금계산서를 교부받고 있는데, 지입차주 대표들은 실제거래에 부합하는 세금계산서 이외에 덤프트럭의 한 달간 세금계산서 발행한도(대개 500만원)를 초과한 지입차주의 작업분이나 당해 작업장에서 계속적으로 일하지 않는 지입차주의 작업분 및 지입차주 대표가 순수 운임 이외의 관리비 등 부대비용의 조달을 위하여 필요로 하는 부분에 관해서는 타처에서 조달한 세금계산서를 교부하는 관행이 있으며, 원고가 수령한 위 화물운송차량사업자 명의의 세금계산서도 위와 같은 관행에 따른 것으로서 그에 해당하는 장비임차료도 실제로 지급된 것이므로 이를 가공경비라 할 수 없다.

나. 원고는, 이 사건 소득세부과처분에 관하여, 피고가 위 익금 산입액을 대표이사에 대한 상여로 처분한 근거 법률인 법인세법 제32조 제5항이 헌법재판소에 의하여 위헌으로 결정됨으로써 위 조항과 이를 위임근거로 하여 규정된 법인세법 시행령 제94조의2의 규정이 무효로 되었으므로 무효인 위 조항들을 근거로 한 이 사건 소득세부과처분은 위법하다.

3. 관계 법령

가. 법인세법 제32조 제1항은 정부는 내국법인이 제26조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다고 규정하고, 제2항은 정부는 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 하면서, 제1호로 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때를 규정하고 있다.

그리고 제5항은 법인세법 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입할 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있다.

나. 또 법인세법 제17조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고(단서 생략), 제8항은 내국법인이 건설 또는 제조에 관한 장기도급계약(2 사업연도이상 계속되는 것을 말한다)을 체결한 경우에는 그 목적물의 건설 또는 제조에 착수한 날이 속하는 사업연도로부터 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료하여 그것을 도급자에게 인도한 날이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손익은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다고 규정하고 있고, 이를 받은 법인세법시행령 제37조 제1항은 법 제17조 제8항에 규정하는 건설 또는 제조를 완료한 정도의 기준은 도급금액(견적금액)에 작업진행률을 곱하여 계산한다고 규정하고(이하 생략), 제2항은 법 제17조 제8항에 규정하는 2 사업연도이상 계속되는 것은 2 사업연도 이상에 걸쳐 도급계약기간이 6월을 초과하는 경우를 말한다고 규정하고 있으며, 다시 이를 받은 법인세법시행규칙(1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항은 영 제37조에 규정하는 작업진행률의 계산은 다음 산식에 의한다고 하면서, '작업진행률 = 당해사업연도 중 소요된 총공사비 ÷ 총공사예정비'로 규정하고 있고, 그 제2항은 전항의 산식에서 "총공사예정비"라 함은 도급금액에 정부가 정하는 표준소득률을 곱한 금액을 도급금액에서 공제한 금액을 말하고, "총공사비"라 함은 당해 공사의 공사원가를 말한다고 규정하고 있다.

다. 한편, 법인세법 시행령 제94조의2 제1항은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입할 금액의 처분은 다음 각 호의 규정에 의한다(관계없는 부분 생략, 이하 같다)고 하면서, 제1호로 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것임이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하고, 나목에서 귀속자가 사용인(임원인 경우를 포함한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다고 규정하고 있다.

4. 이 사건 소득세부과처분의 취소를 구하는 소의 적법 여부에 관한 판단

가. 우선 원고가 이 사건 소득세부과처분에 대한 적법한 전심절차를 거쳤는지에 관하여 본다.

나. 행정소송법(1994. 7. 27. 법률 제4770호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항은 취소소송은 법령의 규정에 의하여 당해 처분에 대한 행정심판을 제기할 수 있는 경우에는 이에 대한 재결을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항은 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받음으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구를 하여 그 처분의 취소를 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 심사청구를 한 자가 그 청구에 대한 결정에 이의가 있는 경우에는 이에 대한 심판청구를 제기할 수 있다고 규정하고 있으며, 제61조는 심사청구는 당해 처분의 통지를 받은 날로부터 60일 이내에 하여야 한다고 규정하고 있고, 제68조는 심판청구는 심사청구에 대한 결정의 통지를 받은 날로부터 60일 이내에 하도록 규정하고 있으므로 원고가 행정소송으로 이 사건 소득세부과처분의 취소를 구하기 위하여는 위 법 규정이 정한 바에 따라 먼저 심사청구 및 심판청구의 절차를 거쳐야만 한다고 할 것이다.

다. 그런데 원고는, 원고가 1992. 4. 3. 이 사건 법인세(방위세 포함) 납세고지서를 수령하고 같은 해 6. 1. 이 사건 법인세부과처분에 대한 심사청구를 하여 심리 도중인 1992. 6. 16. 이 사건 소득세(방위세 포함) 납세고지서를 수령하였는데, 같은 해 7. 3. 위 법인세부과처분에 대한 심사청구가 기각결정되자 같은 해 8. 31. 이에 대한 심판청구를 제기하는 한편, 이 사건 소득세부과처분에 대하여는 심사청구를 하지 아니한 채 바로 같은 해 12. 11. 심판청구를 하여 1993. 3. 8. 기각결정을 받은 사실을 자인하고 있다.

위 사실관계에 따르면, 원고는 이 사건 소득세 납세고지서를 송달받은 1992. 6. 16.부터 60일 이내인 같은 해 8. 15.까지 이 사건 소득세부과처분에 대한 심사청구를 하여야 함에도 그 심사청구를 하지 아니한 채 1992. 12. 11. 막바로 국세심판소에 심판청구를 한 것이므로 이 사건 소득세부과처분에 대하여는 적법한 전심절차를 거치지 아니하였다고 할 것이다.

라. 이에 대하여 원고는, 이 사건 법인세부과처분과 이 사건 소득세부과처분은 세목과 과세처분시기가 다소 상이할 뿐 법인의 익금산입금액을 그 대표자에게 귀속된 상여로 인정하여 상여처분을 한 점에서 과세대상인 실체상의 과세소득의 발생원인, 발생연도, 과세자료가 동일하고 위법사유도 동일한 관계에 있으며, 동일한 과세관청에 의하여 동일인에게 과하여진 것이므로 이러한 경우 선행처분에 관하여 전심절차를 거침으로써 과세관청으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 재고, 시정의 기회가 충분히 부여되었고, 납세의무자로 하여금 또다시 전심절차를 거치도록 하는 것은 가혹한 것이라 할 것이니 이 사건 법인세부과처분에 대한 심사청구는 당연히 후행처분인 이 사건 소득세부과처분에도 효력이 있는 것으로서 이 사건 소득세부과처분에 대하여 별도로 심사청구를 거칠 필요가 없다고 주장한다.

살피건대, 이 사건 소득세부과처분의 효력발생시기가 이 사건 법인세부과처분에 대한 심사청구 이후라 하더라도 원고가 심사청구취지에 소득세부과처분을 예상하여 그 효력을 다투는 뜻을 포함하지 아니한 이상, 이 사건 소득세부과처분과 법인세부과처분이 동일한 법인소득에 근거를 둔 것이라는 이유만으로 법인세부과처분만을 대상으로 한 심사청구의 효력이 당연히 소득세부과처분에 대하여서까지 미칠 수는 없는 것이라 할 것이니(대법원 1996. 4. 26. 선고 96누1627 판결, 1985. 11. 12. 선고 85누139 판결, 1991. 10. 11. 선고 89누8026 판결 참조), 원고의 이 사건 법인세부과처분에 대한 심사청구의 효력은 이 사건 소득세부과처분에 미치지 아니한다고 할 것이고, 비록 국세심판소장이 이 사건 소득세부과처분에 대한 심판청구를 각하하지 않고 본안에 들어가서 기각결정을 하였다 하더라도 이로써 심사청구를 거치지 않은 하자가 치유되는 것은 아니라고 할 것이다.

따라서, 이 사건 소 중 소득세부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

5. 이 사건 법인세부과처분의 적법여부에 관한 판단

가. 1988사업연도분에 대하여

(1) 인정사실

아래 사실은 을제3호증의 1, 3의 기재(원고는, 을제3호증의 1은 강박에 의하여 작성된 것이라고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다)와 증인 강ㅇㅇ의 증언 및 감정인 박ㅇ신의 감정(감정보완 포함, 이하 같다) 결과에 변론의 전취지를 종합하면 인정되고, 이에 어긋나는 갑제18호증의 2, 갑제20호증의 1 내지 3, 갑제21호증의 1 내지 4, 갑제22호증의 3의 각 기재와 증인 김ㅇ순, 홍ㅇㅇ, 강ㅇㅇ의 각 증언은 이를 각 믿지 아니하며, 달리 반증이 없다.

① 원고는 1988사업연도에 박ㅇ신도 ㅇㅇ와 ㅇㅇ 및 ㅇㅇ아파트의 공사현장과 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 및 ㅇㅇ대학교 부속병원의 공사현장(이하 5개 공사현장이라 한다)에서 터파기작업과 잔토운반등 토공사를 하도급받아 시행함에 있어, 각 공사현장별로 장비를 임차하여 임차료를 지급한 후 그 명세를 기재한 공사대장(을제3호증의 3)을 작성하였다.

그런데, 위 공사대장상에는 1988년도에 위 5개 공사현장에서 장비임차료로 별지(2) 1988사업연도 현장별 가공경비내역표의 실제 지급 임차료란 기재와 같이 합계 금 944,912,105원을 지급한 것으로 기재되어 있음에 비해, 원고가 1988사업연도 법인세등을 신고함에 있어 결산서상 공사원가명세서(을제3호증의 2)에는 지급임차료를 금 1,006,690,836원으로 기재하였음은 앞서 본 바와 같다.

② 그런데 위 결산서상의 공사원가명세서는 원고가 공사현장별로 장비임차료 등을 지급하고 작성한 공사비대장을 기초로 작성하게 된다.

③ 또 원고회사의 경리장부를 정리함에 있어서 선급금을 지급한 후 공사비대장에 기장이 누락되었으면 선급금을 제외한 잔액을 지급하면서 기장할 때 위 기장누락분을 즉시 수정기장하는 것이 업무관례이다.

④ 원고는 위 공사현장별로 장비임차료잔금을 지급하면서, ㅇㅇ현장과 ㅇㅇ현장 및 ㅇㅇ대학교부속병원 현장에서 임차료선급금 해당부분에 대한 매입세금계산서를 수취한 사실이 없고(을제3호증의 1), 위 공사현장별 임차료명세서(을제3호증의 3)에 위와 같은 선급금의 지출사실이 전혀 기재되어 있지 않다. 또 ㅇㅇ아파트현장과 ㅇㅇ동현장에서 부가가치세 매입세액 불공제분을 부가가치세계정에서 공사원가계정으로 대체계상하였음을 인정할 만한 증빙자료가 없다.

(2) 판 단

살피건대, 만일 원고가 주장하는 바와 같이 위 장비임차료차액은 원고가 선급금의 형식으로 실제로 공사비를 지출하였으나 이것이 공사원가로 계상되지 아니하고 누락되었다가 잔금지급시에 누락된 것을 발견하여 공사원가계정으로 수정대체기장한 것이라면, 원고는 잔금지급시에 선급금을 포함한 총임차료금액에 대하여 매입세금계산서를 수취할 것이고 이에 따라 공사현장별 공사비대장에도 이를 기재함이 당연하다고 할 것이다.

그런데, 위 인정사실에서 보는 바와 같이, 위 공사현장별 임차료명세서에는 선급금 지급부분에 대한 기재가 전혀 없고, 원고가 선급금지급분에 대한 세금계산서를 받지 않은 점과 원고 주장대로 수정대체하였음을 인정할 만한 증빙자료를 원고가 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 신고한 금액인 별지(2) 기재 1988사업연도 현장별 임차료내역표 기재상의 결산서상임차료와 같은 별지 기재 실제 지급한 임차료의 차액인 금 61,778,731원(= 1,006,690,836원 - 944,912,105원)은 가공(架空)경비로 봄이 상당하다.

따라서, 피고가 위 차액 상당을 손금불산입한 후 1988사업연도 법인세를 부과처분하고 이를 전제로 1988사업연도 방위세부과처분을 한 것은 적법하다고 할 것이고, 달리 위 부과처분에 다른 위법이 있음을 찾아볼 수 없으므로, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

나. 1989 및 1990 사업연도분에 대하여

(1) 인정사실

아래 사실은 갑제9, 11, 13, 14, 15, 16, 23, 25, 26, 27, 35, 37, 40 내지 53, 59 내지 74호증(호증에 가지번호가 있는 경우에는 가지번호 각 포함), 갑제58호증의 6, 을제8호증, 을제19호증의 각 기재와 증인 진ㅇㅇ, 최ㅇㅇ, 최ㅇ국, 이ㅇ운, 진ㅇ운의 각 증언 및 감정인 박ㅇ신의 감정 결과에 변론의 전취지를 종합하면 인정된다.

① 원고회사는 1988년부터 1992년까지 사이에 14개 공사현장(다만, 그 중 신전2교 공사현장은 문제가 되지 않으므로 제외한다)에서 별지(5) 기재와 같은 내용의 건설공사하도급계약을 체결하고 토공사를 하였다.

그런데, 이 사건에서 문제가 된 별지(5) 기재의 13개 공사현장 중 단기공사에 해당하는 ㅇㅇ 현장과 ㅇㅇ동 빌딩공사현장을 제외한 나머지 11개의 공사현장은 2개 사업연도 이상 공사가 계속되는 장기도급계약을 체결한 경우인데, 장기도급계약을 체결한 11개의 공사현장 중에서도 ㅇㅇ 현장과 ㅇㅇ오피스텔현장은 당기에 공사를 완료하였고, ㅇㅇ동 현장은 당기의 공사원가가 총공사예정비를 초과하였다.

② 원고회사는 위 각 공사현장에서 토사등을 운반하는 작업을 시행함에 있어, 지입회사에 지입된 지입차주들의 덤프트럭을 지입차주들의 대표로부터 단체적으로 임대받아 이를 사용하였는데, 원고회사는 매일의 작업종료시 덤프트럭의 운전사에게 당일의 운반횟수 또는 작업시간수가 기재된 운반확인증을 교부하면서 중기가동일보나 운반일보 및 작업일보를 작성하며, 매달 위 각종일보를 기초로하여 각 덤프트럭별로 매일의 작업량과 단가를 기재한 장비가동집계표 및 경유사용집계표를 작성하였다.

③ 또 원고회사의 각 공사현장에서는 매달마다 위 장비가동집계표등을 기초로 하여 각 지입차주별로 작업량(기성고)에 대한 지급금액을 산정한 지불계획서와 공제내역서를 작성하여 본사로 송부하였으며, 본사에서는 각 공사현장별로 작성되어 보내온 중기가동일보, 운반일보 및 작업일보를 기초로 하여 장비가동집계표상의 계수와 지불계획서상의 계수를 확인한 다음 지불계획서상의 지급금액(기성고금액에서 공제금액 차감하고 부가세 포함)을 기초로 지입차주대표들에게 사용료를 지급하고 세금계산서를 교부받았으며, 그 지급금액이 곧 공사원가로 계상되어 현장별 공사원가명세서(공사비대장, 갑제35호증의 1 내지 13 및 갑제40호증의 1 내지 13)가 작성되고 이에 근거하여 전체 공사원가명세서(을제19호증)가 집계된다.

④ 이와 같이 원고회사는 지입차주들로부터 덤프트럭을 임차하여 잔토운반등의 토공사에 사용하고 임차료를 지급함에 있어 지입차주 대표들에게 일괄하여 임차료를 지급하고 지입차주 대표들로부터 해당임차료에 대한 세금계산서를 교부받았다. 그런데 지입차주들은 자신에게 과다한 세금이 부과될 것을 우려하여 통상 한 달에 500만원을 초과하는 액수의 세금계산서를 발행하지 아니할 뿐만 아니라 한 달에 하루 이틀 정도의 짧은 기간동안 작업한 지입차주들은 연락이 되지 않는 경우가 생기는데 이러한 경우에는 지입차주대표들은 부득이 실제 용역공급자가 아닌 타인 명의의 세금계산서를 교부하였고, 특히 덤프트럭이 아닌 일반화물운송용트럭의 세금계산서를 원고회사에 교부하기도 하였다.

⑤ 1989사업연도 ㅇㅇ랜드 공사현장의 지불계획서(갑제15호증의 1, 2)와 현장별 공사비대장(갑제37호증의 1 내지 4)을 대조하면, 공사비대장의 협진산업 거래분 5,373,250원이 지불계획서상에는 ㅇㅇ덤프 거래분 5,373,250원으로 기재되어 있는 것을 제외하고는, 위 공사현장의 지불계획서상의 지불금액과 위 공사비대장상의 지급임차료 계정이 일치한다.

⑥ 그런데, 1990사업연도의 결산부속서류인 현장별 공사원가명세서와 현장별공사비대장상의 지급임차료 계정금액 및 지불계획서상의 지출금액을 대조하면 별지(4) 기재 내용과 같이 현장별 공사원가명세서상의 임차료 및 공사비대장상의 임차료금액은 일치하나, 그것과 지불계획서상의 지불금액을 비교하면 현장별 공사원가명세서 및 공사비대장상의 임차료금액이 지불계획서상의 지불금액보다 금 1,140,854,436원 과다하게 계상되었다.

(2) 판 단

① 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 각 공사현장별로 장비가동집계표 및 지불계획서를 작성한 다음 위 지불계획서에 근거하여 임차료를 지급하고 세금계산서를 수취하여 공사원가로 계상하였기 때문에 공사원가명세서상의 사용료(세금계산서 수취금액, 현장별공사비대장상의 임차료)는 지불계획서상의 지출금액과 일치하여야 한다. 즉, 원고회사는 실지 용역을 공급한 자가 발행한 세금계산서가 아닌 타인 명의의 세금계산서를 교부받은 경우가 있었음은 위에서 인정한 바와 같은바, 그러한 경우를 포함한 총실제작업량에 대한 세금계산서수취액과 지불계획서상 지불액 및 공사원가명세서상의 사용료(현장별공사비대장상의 임차료)등 3가지 계수가 일치하여야 함이 당연하다. 그러므로 만일 원고가 위 지불계획서상 지불액보다 공사원가로 계상한 금액(세금계산서 수취액)이 더 많은 경우에는 그 금액만큼은 가공(架空)원가임이 명백하다고 할 것이다.

② 그러므로, 먼저 1989사업연도의 법인세부과처분 및 이에 근거한 방위세부과처분에 대하여 보건대, 1989사업연도의 경우 ㅇㅇ랜드 공사현장의 지불계획서상의 지불금액과 공사비대장상의 지급임차료 계정은 일치하므로, 원고가 원가로 계상한 금액은 모두 실제로 지급한 임차료로 보아야 함에도 불구하고, 피고는 위 금 5,373,250원만큼 이를 가공경비로 보아 위 금액을 손금불산입한 후 과세한 것이므로 1989사업연도분의 법인세부과처분 및 이에 근거한 방위세부과처분은 각 위법하다고 할 것이다.

③ 다음으로, 1990사업연도의 법인세부과처분 및 이에 근거한 방위세부과처분에 대하여 보건대, 위에서 인정한 바와 같이 원고가 결산시 신고한 장비임차료 중 금 1,140,854,436원만이 가공경비에 해당함에도 불구하고 피고는 그보다 많은 금 1,191,866,919원을 가공경비로 보고 이를 손금불산입하여 이를 기초로 위 각 과세처분을 하였으므로, 위 1,140,854,436원을 초과하여 손금불산입한 후 이를 기초로 이 사건 1990사업연도의 법인세 및 방위세부과처분을 한 부분은 위법하다고 할 것이다.

더구나, 위 인정사실에서 보는 바와 같이 별지(5) 기재의 13개 공사현장 중 ㅇㅇ동 빌딩, ㅇㅇ아파트, ㅇㅇ지역, ㅇㅇ랜드, ㅇㅇ동 재개발, ㅇㅇ오피스텔, ㅇㅇ공업단지, ㅇㅇ제철 등 8개 공사현장에 관한 공사도급계약은 2 사업연도이상 계속되는 건설(토공사)에 관한 장기도급계약으로서 위 법인세법 제17조 제8항, 같은법 시행령 제37조 제1항 및 같은법 시행규칙 제15조 제1항의 규정에 따라 위 공사를 완료한 정도를 기준으로 하여 수익과 비용을 계상하여 1990사업연도의 익금과 손금에 각각 산입하여야 할 것임에도(다만, ㅇㅇ 현장과 ㅇㅇ오피스텔현장 및 ㅇㅇ동 현장은 장기도급계약을 체결한 경우이지만, 앞서 본 바와 같이 당기에 공사를 완료하였거나, 당기의 공사원가가 총공사예정비를 초과한 경우로서 위 법인세법 제17조 제8항 등의 계산방법이 적용될 여지가 없다), 피고는 위 법규정에 의하지 아니하고 원고가 신고한 장비임차료 중 금 1,191,866,919원을 손금불산입하는 방법으로 이 사건 법인세액을 산출하였으므로, 이 점에서도 피고의 1990사업연도 법인세부과처분은 위법함을 면할 수 없다.

(3) 1990사업연도의 정당한 법인세액에 대하여

그러므로 위 법인세법 제17조 제8항과 같은법 시행령 제37조 제1항 및 같은법 시행규칙 제15조 제1항의 규정에 따른 1990사업연도의 정당한 법인세액에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 수입금액의 조정에 대하여 보건대, 갑제57호증의 9, 갑제58호증의 6, 8, 을제1호증의 3의 각 기재와 감정인 박ㅇ신의 감정결과를 종합하면, ① 원고는 이 사건 1990사업연도의 법인세등을 신고함에 있어 수입금액을 금 14,614,682,014원으로 신고하였고 피고도 이를 전제로 1990사업연도의 법인세등부과처분을 한 사실(을제1호증의 3의 1면 수입금액란 참조), ② 위 수입금액 금 14,614,682,014원에는 별지(6) 작업진행률에 의한 수입금액조정명세서의 기재의 8개 공사현장에 대한 1990사업연도의 수입금액 금 12,831,899,675원(같은 별지 "당기회사 수입계상액"의 합계란)이 포함되어 있는 사실, ③ 그러나 별지(6) 기재 8개 공사현장에 대한 공사수입금에 대하여 위 법인세법 제17조 제8항과 같은법 시행령 제37조 제1항 및 같은법 시행규칙 제15조 제1항의 규정에 따른 작업진행률에 의하여 1990사업연도의 수입금액을 계산하면, 같은 별지 "조정액란" 기재와 같이 금 1,851,254,605원 만큼의 수입이 과다하게 계상된 사실을 각 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고의 1990사업연도 수입금액은 위 법령에 따른 계산방식에 의하여 당초처분시 피고가 결정한 금액보다 금 1,851,254,605원 감소되어야 함을 알 수 있다.

(나) 다음으로, 위 수입금액의 변동에 따른 소득금액의 조정에 대하여 보건대, 당초처분시 피고가 손금산입 및 익금불산입한 액수는 금 329,442,168원인데(을제1호증의 3의 2면과 8면), 여기에다가 위에서 본 과다수입금액 계상 부분 금 1,851,254,605원은 공사선수수익으로 익금불산입되어야 하므로 이를 합산하면 손금산입 및 익금불산입항목은 별지(7) 소득금액 조정합계표 기재의 해당란 기재와 같이 금 2,180,696,773원이 된다.

한편, 피고는 당초처분시 원고가 신고한 장비임차료 중 금 1,191,866,919원이 가공경비인 것을 전제로 위 가공경비를 모두 손금불산입하여 이를 포함한 금 1,310,793,262원을 익금산입 및 손금불산입액으로 하여 세액을 계산하였으나(을제1호증의 3의 2면과 7면), 위 가공경비 금 1,191,866,919원 중 금 1,140,854,436원만이 가공경비임은 앞에서 이미 본 바와 같고, 앞에서 본 바와 같이 수입금액이 감소됨에 따라 접대비한도 초과액이 금 3,702,511원 증가되었으므로, 이를 합하여 계산하면 익금산입 및 손금불산입항목은 결국 별지(7) 소득금액 조정표 해당란 기재와 같이 금 1,263,483,290원이 된다.

(다) 끝으로 위와 같은 소득금액조정을 기초로 1990사업연도의 법인세의 정당한 액수를 산정하면, 별지(6) 계산표 기재와 같이 원고의 1990사업연도 차감소득금액은 금 95,073,035원 적자(= 금 822,140,448원 ＋ 금 1,263,483,290원 － 금 2,180,696,773원)가 되어, 과세표준 및 세액이 0이 됨이 계산상 명백하고, 이에 따라 위 법인세에 근거한 1990사업연도의 방위세액도 0이 된다.

(4) 소결론

따라서, 1989사업연도 및 1990사업연도의 이 사건 법인세 및 방위세부과처분은 각 위법하다고 할 것이므로 각 취소되어야 한다.

6. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 소득세부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 1989사업연도의 법인세 및 방위세부과처분과 1990사업연도의 법인세 및 방위세부과처분은 각 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1999. 7. 16.