서울고등법원-2007-누-11292 (2007.10.12)

주 문

1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다.

2. 피고가 2004. 9. 1. 원고에 대하여 한 2000사업연도 법인세 706,995,410원의 부과처분 중 461,998,041원을 초과하는 부분은 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송총비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2004.9.1. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 706,995,410원, 2001사업연도 법인세 639,394,060원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가, 원고는 1996. 8. 10. 주식회사 ○○○○(당시 상호는 ○○○○ 주식회사‘이었는데 그 후 현재의 상호로 변경되었다. 이하 ’○○○○‘이라 한다)과 시행사를 ○○○○, 시공사를 원고로 한 공급가액 98억 8,410만 원(그 후 사업확대로 132억 9,600만 원으로 증액되었다)의 공사도급계약을 체결한 후, 1996. 9. 1.부터 1999. 7. 31.까지 ○○○○이 시행하는 ○○ ○○○ ○○○ ○○○-○○ 외 ○○○ 대지상에 연립주택 28세대의 재건축 사업인 ｢○○○ 주상복합빌딩 신축공사｣ (이하 ‘이 사건 공사’라 하고 위 건물은 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 하였다. 이 사건 건물은 1999. 3. 31.경 공사가 완료되었으며 그 무렵까지 거의 분양이 되지 않다가 2000.부터 2001.4경 사이에 경매 또는 분양에 의해 처분이 완료되었다.

나. 그런데 이 사건 건물의 건축을 위한 대지를 소유하고 있던 ○○○○은 자금능력이 없어 이주비용, 부지추가매입비용, 사업추진비용 등을 원고로부터 대여금 형식으로 지원받아 이 사건 공사를 추진하였고, 공사대금 역시 원고가 부담하여 시공하였으나, ○○○○이 미분양을 이유로 공사대금 등을 지불하지 못하게 됨에 따라 원고는 ○○○○에 대하여 1999년 말 현재 약 24,286,295,000원이라는 거액의 장기 미회수채권을 갖게 되었다.

다. 그리하여 원고는 1996. 3.경부터 1998. 12.경까지 위 대지에 관하여 채권최고액 80억 원의 근저당권을 설정하였고, 이 사건 건물이 준공되어 구분등기가 되자 각 호수별로 1999. 8. 23. 추가로 채권최고액 80억 원으로 이 사건 건물에 근저당권을 설정함으로써 위 대지 및 이 사건 건물(이하 위 대지 및 이 사건 건물을 합하여 ‘이 사건 건물 등’이라 한다)에는 원고를 근저당권자로 한 채권최고액 160억 원의 근저당권(이하 ‘이 사건 근저당권’이라 한다)이 설정되었다.

라. 2000년에 원고의 대표이사 이○○은 ○○○○의 주식 40%를 소유하고 있었고,

2001년에 ○○○○은 원고의 주식 40.95%를, 원고의 사주 이○○은 ○○○○의 주식 100%를 각 소유하고 있었으며, 2002년에 원고의 주주 전○○, 이○○는 각각○○○○의 주식 27.7%, 18.86% 합계 45.45%를 소유하고 있는 등 2000년부터 2002년까지의 사업연도 기간 중 원고는 ○○○○과 법인세법 시행령상 특수관계에 있었다.

마. 원고는 원고 회사뿐 아니라 ○○○○ 및 주식회사 ○○○○씨(당시 상호는 ,주식회사 ○○○○이었는데 그 후 현재의 상호로 변경되었다. 이하 ‘○○○○○’라 한다)를 사실상 경영하고 있던(○○○○과 ○○○○○는 이○○이 대표이사로 재직하기도 하였다) 사주 이○○의 지시에 따라 ○○○○에 대하여 180억 원의 공사미수금 등의 채권을 갖고 있는 상태에서 2000. 4. 26. 이 사건 근저당권을 해지하여 말소하였고 이후 경매 및 계약체결로 발생한 분양대금수입에서 원고가 회수한 금액은 없었다(원고가 2001년에 회수한 것으로 장부상 기재된 13,342,000,000원은 정상적으로 채권을 회수한 것이 아니라 자금회전거래를 통하여 장부상으로만 회수한 것처럼 허위로 기장된 것이다).

반면, 이○○이 당시 등기부상 대표이사로, 이○○의 아들 등이 대주주로 있었던 ○○○○○는 이 사건 건물이 완공된 이후인 1999년부터 채권이 발생한 후순위채권자임에도 이 사건 근저당권이 말소된 2000. 4. 26.에 이 사건 건물 등에 대하여 80억 원의 근저당권과 전세권을 새로 설정하고, 그 후 불과 8일 만인 2000. 5. 4. ○○○○지방법원(당시 명칭은 ‘○○서울지방법원 ○○지원’이었는데 그 후 현재의 명칭으로 변경되었다)에 건물의 주공간인 1-2층 상가에 대한 임의경매를 신청하여 몇 차례 유찰이 된 끝에 최초 입찰가액 62억 8,000만 원보다 현저히 낮은 가액인 23억 2,600만 원에 ○○○○○ 자신이 최고가입찰자로서 낙찰 받는 방법으로 채권을 회수하는 등 1999년에 회수한 4억 원 외에 2000년 43억 500만 원, 2001년 14억 원 등 합계 61억여 원의 채권을 회수하였다.

바. 피고는 원고가 이 사건 건물 등의 분양 또는 경매시점에서 채권을 충분히 회수 할 수 있었는데도 불구하고 별다른 합리적인 이유없이 이 사건 근저당권을 해지함으로써 채권회수를 하지 못하게 된 것은 특수관계자인 ○○○○에 공사미수금 상당액의 자금을 무상대여한 것과 실질적으로 동일하다고 하여 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여, 이 사건 근저당권을 해지한 2000. 4. 26.부터 ○○○○이 폐업한 2002. 1. 10.까지의 공사미수금 잔액을 업무무관가지급금으로 보아 그 인정이자 상당액을 익금산입하고, ○○○○에 대하여 가지고 있던 공사미수금 및 대여금 채권에 관하여 설정된 대손충당금과 위 채권에 대응하는 차입금 지급이자를 각 손금불산입 하고, 원고의 ○○○○에 대한 단기대여금 이자수입 누락분 등을 익금산입 하는 등 2000 및 2001 사업연도 법인세를 각 경정하여, 2004. 9. 1. 원고에게 2000 사업연도 법인세 706,995,410원, 2001 사업연도 법인세 639,394,060원을 각 부과․고지하는 이 사건 처분을 하였다.

그 소득금액조정명세는 아래와 같다.

구분

2000년

2001년

가지급금 인정이자

1,075,076,389원

858,117,316원

대손충당금한도초과

321,535,780원

660,722,220원※

지급이자손금불산입

31,187,000원

36,885,000원

단기대여금이자수입

125,652,041원

합계

1,427,799,169원

1,681,376,577원

※ 익금산입 된 982,258,000원에서 일반 과소신고로 손금산입 된 321,535,780원을 차감한 금액이다.

사. 원고가 이에 불복하여 2004. 11. 29. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 2. 10. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제14호증, 을 제1호증 내지 을 제21호증(각 가지번호 포함). 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 ○○○○에 대한 공사미수금을 소비대차로 전환한 사실이 없고, 공사대금을 이 사건 건물의 준공시점인 1999년에 전액 회수하지 못하고 장기간에 걸쳐서 수령한 데에는 당시 IMF 관리체제하의 경제위기로 ○○○○의 경영상의 어려움, 경기악화에 따른 분양실적의 저조 및 부동산가격의 폭락에 따른 분양가격 급락 등의 정당한 사유가 있었기 때문이므로, 원고가 공사미수금을 장기간 회수하지 아니하였다고 하여 이를 업무무관가지급금으로 볼 수는 없다.

그리고 이 사건 건물 등의 실질 가치보다 과대한 금액을 피담보채권으로 한 이 사건 근저당권이 설정되어 있었기 때문에 기존 연립주택소유자가 매입한 분을 제외하고는 누구도 이 사건 건물 등을 분양받으려 하지 않고 있던 중 이 사건 근저당권이 해지된 이후인 2000년 후반기에 이르러서야 이 사건 건물 등에 대한 분양이 이루어졌으므로 이 사건 근저당권의 해지는 이 사건 건물의 분양을 촉진하기 위한 부득이한 방편이었고, 원고가 이 사건 근저당권을 해지한 행위로 인하여 근저당권을 해지하지 않은 경우보다 채권회수가능금액이 감소하였다고 할 수도 없다.

따라서 원고가 이 사건 근저당권을 해지한 행위는 공사미수금의 회수가능성에 전혀 영향을 미치지 못하였으므로 이를 부당행위계산 부인대상으로 본 것은 위법하다.

(2) 원고의 ○○○○에 대한 공사미수금채권은 업무 관련 채권이고, 대여금채권도 공사수입금액을 얻기 위하여 대여한 것으로 업무 관련 대여금이므로 그에 대한 대손충당금은 모두 손금산입 대상이 된다 할 것임에도 피고가 원고의 공사미수금채권과 대여금채권 잔액의 1%의 대손충당금 손금산입에 대하여 전액 업무무관가지급금으로 보아 손금부산입한 것은 위법하다.

또한 공사미수금채권과 대여금채권이 업무무관가지급금이 아니므로 피고가 이와 관련된 2000년 및 2001년의 각 지급이자를 손금불산입한 것은 위법하다.

(3) ○○○○은 이 사건 건물의 건축사업 외에는 다른 사업이 없어 원고가 ○○○○으로부터 채권을 회수할 수 있는 원천은 이 사건 건물 등에 관한 분양 수입 외에는 없었는바, 당시 IMF 관리체제하에서 경기가 극도로 악화된 탓에 ○○○○의 1999년부터 2001년까지의 총 분양가액도 ○○○○의 건축원가 23,254,602,000원의 60%인 약 139억 원밖에 되지 않아 ○○○○은 이미 93억 원의 사업손실이 발생한 상태였고, 분양수입 중에서 연립주택 소유자에게 지급할 채무액을 제외한 전액을 ○○○○이 다른 채권자에게 지급하지 않고 전액 원고에게 지급한다 할지라도 총 채권 243억 원 중에서 116억 원을 차감한 잔여채권 127억 원은 회수할 수 없게 되어 127억 원은 결국 원고의 대손금이 될 형편이었다. 그러나 ○○○○의 주주가 증자를 하는 등 자금조달을 적극적으로 하여 원고는 채권의 대부분을 회수하고 원고가 실제 대손으로 처리한 금액은 127억 원에 못 미치는 48억 원뿐이므로 원고는 결과적으로 실제 대손처리 할 금액보다 79억 원이나 적은 금액을 대손으로 처리한 것이 된다. 결국 원고는 법인세를 경감하거나 배제한 사실이 없고, 오히려 실제보다 적은 금액을 대손금으로 처리함으로써 실제보다 더 많은 금액의 법인세를 신고납부 하였다 할 것이므로 이 사건 처분은 부당 행위계산 부인 규정의 법리를 오해하였다.

(4) 결국 원고가 이 사건 근저당권을 해지한 행위를 공사미수금 회수를 지연한 행위로 보아 이를 부당행위계산부인 대상이라는 전제하에 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법인세법 제52조의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단해야 할 것이고(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결, 대법원 2006, 11, 10, 선고 2006두125 판결 등 참조), 한편 업무무관가지급금에 관한 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되어 2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항의 규정은 특수관계에 있는 자에게 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금을 대여한 경우 그 대여액에 해당하는 차입금의 지급이자에 대하여는 이를 손금불산입하도록 규정하고 있고 여기서 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되며, 이때 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 법인이 특수관계에 있는 자로부터 지급받아야 할 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 공사대금이 계약상의 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져 온다는 점에서 그 공사대금을 회수하여야 할 날에 그 미회수 공사대금을 가지급금으로 지출한 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2003. 3.11. 선고 2002두 4068 판결, 대법원 2006, 5, 12, 선고 2003두7651 판결 참조).

(2) 원고가 이사건 근저당권을 해지한 것이 경제적 합리성이 있는 행위인지 및 원고가 ○○○○에 대하여 가지는 공사미수금채권, 대여금채권 등이 업무무관가지급금에 해당하는지에 관하여 살펴본다.

(가) 갑 제1호증, 갑 제4호증 내지 갑 제6호증, 을 제7호증, 을 제9호증의 1, 2,을 제11호증, 을 제12호증의 내지 4, 을 제13호증의 일부 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1996.부터 2002.까지 ○○교회, ○○빌딩, ○○빌딩, ○○○○창고, 주식회사 ○○○ ○○공장 및 ○○동, ○○ 연수원, ○○○연수원, ○○동 근린시설 등의 건물을 신축공사(다만, ○○○○창고는 증축공사)하면서 ○○빌딩 공사를 제외하고는 그 공사대금을 모두 당해연도 공사진행 중 기성고에 따라 회수하거나 1년 이내에 회수한 사실, 이 사건 공사의 공사대금 지급에 관하여는 기성 공사비 지급은 2개월마다 기성금액의 90%를 지급하기로 하고 미지급 금액에 대하여는 기성확정일로부터 지급기일까지 월 1.5%의 이자를 지급하기로 하며, 이 사건 건물의 분양대금은 우선적으로 설계비, 감리비, 철거이주 비용금, 공사비 기타 제반 경비에 순차적으로 충당하고, 공사 완공 후까지 분양대금이 공사 대금을 충당하지 못 할 시에는 이 사건 건물에 근저당권 설정등기를 하기로 약정한 사실, 원고는 이 사건 건물에 관하여 이 사건 근저당권설정등기를 앞서 본 바와 같이 마쳐 두었으므로 공사미수금 및 대여금 등을 우선적으로 회수할 수 있었고, ○○○○이 이 사건 건물의 분양수입금을 원고와 체결한 공사도급약정에 따라 원고의 공사미수금 등의 변제에 충당하여야 함에도 이에 충당하지 아니한 사실, 그럼에도 원고는 이 사건 근저당권설정등기를 해지하여 ○○○○○가 이사건 건물의 분양수입금을 우선적으로 변제(61억여 원)받도록 한 사실, 원고는 공사자금 차입에 따른 이자비용을 감수함은 물론 1999. 3. 22. 원고 소유의 ○○ ○○ ○○○ ○○ 소재 대지와 건물을 49억 원에 매각하면서 금융기관 차입금을 변제한 사실, 원고는 토목 건축, 난방, 전기공사청부업, 주택건설사업 등을 그 목적 사업으로 하고 있는 사실 등을 인정할 수 있다.

(나) 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고는 특수관계에 있던 ○○○○에 대한 이 사건 공사에 관한 공사미수금 및 대여금 채권의 회수를 방치하고 있다가 앞서 본 바와 같이 채권담보를 위하여 설정하였던 이 사건 근저당권을 말소하면서 같은 날 바로 원고의 사주 이○○이 대표이사로, 그 아들 등이 대주주 등으로 있던 ○○○○○ 명의로 근저당권을 설정하게 한 후 불과 8일 만에 ○○○○○가 이 사건 건물 중 일부에 대하여 임의경매를 신청하여 이를 낙찰 받는 등의 방법으로 ○○○○○는 61억여 원의 채권을 모두 회수하였으나, 원고는 위 분양대금수입 중에서 채권 회수를 하지 못한 점, 일반적으로 경매가 신청된 관련 물건이라면 분양받기를 꺼리는 경향이 있어 이 사건 근저당권 해지 후 ○○○○○에 이 사건 건물 중 일부에 경매가 신청됨으로써 오히려 분양에는 장애가 되었을 것으로 보이는 점, 이 사건 건물 등에 원고 명의로 근저당권이 설정되어 있다 하더라도 건물이 분양될 경우 피담보채권액 중 분양된 건물 부분에 해당하는 금액을 원고가 분양대금에서 지급받은 후 그에 따라 순차적으로 분양된 건물 부분에 대한 이 사건 근저당권의 말소등기를 하면 분양에 별다른 지장을 받지 않을 것으로 보이는 점, 2000. 후반기부터 분양실적이 호조로 돌아선 것이 이 사건 근저당권 해지로 인한 직접적 효과로 볼 근거가 없고, 오히려 당시 경제상황이 IMF 관리체제하의 위기에서 다소 호전되고 있었기 때문일 가능성을 배제할 수 없는 점, 원고는 금융비용의 변제에 충당하기 위하여 자신 소유의 사옥을 매각까지 하였음에도 ○○○○에 대한 공사미수금, 대여금 등을 회수하지 아니하고 이 사건 근저당권 해지를 한 것은 합리성이 있는 행위라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면 원고가 ○○○○에 대한 공사미수금 채권 및 대여금 채권을 담보하던 이 사건 근저당권을 해지한 행위는 건전한 사회통념이나 상관습 등에 비추어 경제적 합리성을 잃은 행위라고 봄이 상당하다(원고는 이 사건 근저당권을 해지하고도 총 채권액 중 19,451백만원을 회수하는 등 이 사건 근저당권 해지로 인하여 이 사건 근저당권을 해지하지 아니하는 경우보다 채권회수금액이 감소된 사실이 없으므로 이 사건 근저당권해지행위는 공사미수금채권의 회수가능성에 영향을 미치지 못하였기에 부당행위계산 대상이 아니라고 주장하므로 살피건대‘ 원고가 2001,에 회수한 것으로 장부상 기재된 13,342,000,000원은 정상적으로 채권을 회수한 것이 아니라 자금회전거래를 통하여 장부상으로만 회수한 것처럼 허위로 기장하고 위 금원을 회수하지 아니한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 근저당권의 해지 행위로 인하여 이 사건 근저당권을 해지하지 않은 경우보다 채권회수가능액이 감소되지 아니하였다는 원고의 위 주장은 이유없다).

한편 원고의 공사미수금의 회수지연은 특수관계자에 대한 운영자금의 대여 등 대여금의 성질을 갖는 것일 뿐 원고의 목적사업인 건설공사 및 그 영업과정에 있어서의 공사미수금의 발생 자체와는 무관하고, 원고가 위와 같은 공사미수금 등을 회수하여야 할 날에 정당한 사유 없이 이를 회수하지 아니한 채 그 회수를 지연시켰다고 할 것이다. 또한 원고는 건설, 토목, 건축업을 영위하는 법인으로서 자금 대부업을 그 목적사업으로 하지 아니하고 실지로 대부업을 영위한 사실도 없으므로, 원고의 화양건업에 대한 이주비용 등의 대여금은 원고의 업무와 관련한 자금의 대여라고 볼 수 없고, 나아가 원고가 위 공사미수금 및 위 대여금의 회수를 지연시킨 데에 정당한 사유가 있었다고 볼 만한 자료도 없으므로, 결국 원고는 공사대금 및 대여금 등을 회수하여야 할 날에 업무와 무관하게 그 미회수 공사대금 및 대여금 등이 상당액을 가지급금으로 지출한 것으로 봄이 상당하다(원고는 1999, ○○○○으로부터 52억여원(○○○○에 대한 임대차보증금 55억원 중 일부)을 회수하였으므로, 원고가 이 사건 근저당권을 해지함으로써 인하여 ○○○○○가 원고보다 우선하여 채권을 회수한 것이 아니라고 주장을 하므로 살피건대, 원고가 ○○○○의 ○○○○○에 대한 임대차보증금에서 52억원을 회수한 것은 1999.에 발생한 것으로서, 2000. 4. 26. 이 사건 근저당권을 해지하기 이전이고, 이 사건 근저당권 해지후에 이 사건 건물의 분양대금에서 원고가 회수한 금원이 없는 반면에 ○○○○○가 채권을 회수한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다).

(다) 나아가 인정이자 계산의 기산점에 관하여 살펴보면, 원고가 ○○○○과 체결한 공사도급계약에 의하면 계약목적물인 이 사건 건물의 인도와 동시에 공사대금 등을 ○○○○으로부터 지급받기로 약정한 사실, 이사건 건물에 관하여는 1999. 7. 16. ○○○○ 명의로 소유권보존등기가 마쳐진 것으로 보아 그 무렵에는 이 사건 건물이 ○○○○에 인도된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 적어도 1999, 7, 16.경(갑제4호증의 기재에 의하면 기성 공사대금은 2개월마다 기성금액의 90%를 지급받기로 약정되어 있어, 위 지급받기로 약정한 날이 인정이자의 발생시기라고 할 것이나, 피고는 이 사건건물에 관하여 ○○○○ 명의로 소유권보존등기를 마친 1999. 7. 16.로 주장한다) 부터는 업무무관가지급금인 위 미회수 공사대금 등에 대하여 인정이자가 발생한다고 할 것이다(2000년도 업무무관가지급금의 인정이자의 정당한 계산액이 595,288,261원이고, 2001년도 업무무관가지급금의 인정이자의 정당한 계산액이 1,374,976,399원인 사실은 다툼이 없다).

(라) 따라서 피고가 원고의 ○○○○에 대한 공사미수금채권, 대여금채권 등에 대하여 부당행위계산부인을 하고 업무무관가지급금으로 보아 그에 대한 인정이자를 익금산입하고, 위 채권 등에 대하여 실정한 대손충당금과 위 채권에 대응하는 차입금 지급이자를 각 손금불산입 한 처분은 적법하다.

(3) 정당한 세액의 계산

별지 계산내역과 같다.

라. 소결론

따라서 이 사건 각 처분 중, ① 2000사업연도 법인세부과처분 중 461,998,041원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이어서, 원고의 이 부분에 관한 청구는 일부 이유가 있고, ② 2000 사업연도 법인세부과처분 중 취소되어야 할 부분을 제외한 나머지 부과처분 및 2001 사업연도 법인세부과처분은 적법(2001 사업연도 법인세의 정당한 세액은 868,019,380원이나, 이 사건 처분시의 2001 사업연도 법인세부과세액은 정당한 세액의 범위내인 639,394,067원이다)하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분에 관한 청구는 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 었어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심 판결은 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아 들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.

관계법령

법인세법

제28조 (지급이자의 손금불산입) (2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것)

①다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

제34조 (대손충당금등의 손금산입)

①내국법인이 각 사업연도에 외상매출금.대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에따라 계산한 금액의 법위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

②내국법인이 보유하고 있는 채권중 채무자의 파산등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

③제1항 및 제2항의 규정은 다음 각호의 1에 해당하는 채권에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(대통령령이 정하는 채무보증을 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권

2.제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것

제52조 (부당행위게산의 부인)

①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율.이자율.임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

법인세법시행령

제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)

①법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

②법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

지급이자 × 제1항 및 제49조제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액(총차입금을 한도로 한다)

총차입금

제61조 (대손충당금의 손금산입)

②법 제34조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 당해 사업연도 종료일 현재의 제1항의 규정에 의한 외상매출금.대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이 조에서 ”채권잔액“이라 한다)의 100분의 1(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금융기관 등은 100분의 2)에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액중 큰 금액을 말한다.(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

③제2항의 규정에 의한 대손실적률은 다음 산식에 의하여 계산한 비율에 의한다.

대손실적률= 당해사업연도의 법 제34조 제2항의 규정에 의한 대손금

직전사업연도종료일 현재의 채권잔액

제62조 (대손금의 범위) (2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

①법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권

제87조 (특수관계자의 범위)

①법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등 (소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원.사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의50 이상을 출자하고 있는 다른 법인

제88조 (부당행위계산의 유형 등)

①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율.요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

제89조 (시가의 범위 등)

①법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수 관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

③제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 당해 법인에게 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금(법인 또는 사업을 영위하는 개인에게 대여한 경우로서 상환기간을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 경우의 그 대여금을 제외한다)에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다. (2002 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것)

⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재경경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 끝.

법인세 계산내역

2000 사업연도에 대한 법인세액 계산

구분

①피고의 처분

(2004. 9. 1.)

②원고의 신고

③당원인정

④차액(③-①

비고

(1) 결산서상당기순이익

37,208,221

37,208,221

37,208,221

소득조정금액

(2) 익금산입

1,435,746,539

7,947,370

955,958,411

479,788,128

주

(3) 손금산입

(4) 차가감소득금액

{(1)+(2)-(3)}

1,472,954,760

45,155,591

993,166,632

(5)지정기부금한도초과액

(6) 각 사업연도 소득금액

{(4)+(5)}

1,472,954,760

45,155,591

993,166,632

(7) 이월결손금

(8) 비과세소득

(9) 소득공제

(10) 과세표준

{(6)-(7)-(8)-(9)}

1,472,954,760

45,155,591

993,166,632

(11)세율(1,600만원+1억원을 초과하는 금액의)

100분의 28

100분의 16

100분의 28

(12)산출세액

400,427,332

7,224,894

266,086,656

(13)공제감면세액

(14) 가산세액

313,792,972

203,136,279

(15) 총결정세액

714,220,304

7,224,894

469,222,935

(16)원천납부 및 자진신고세액

7,224,894

7,224,894

7,224,894

(17)차감고지세액

706,995,410

461,998,041

2001 사업연도에 대한 법인세액 계산

구분

①피고의 처분

(2004. 9. 1.)

②원고의 신고

③당원인정

④차액(③-①

비고

(1) 결산서상당기순이익

-229,685,882

-229,685,882

-229,685,882

소득조정금액

(2) 익금산입

2,020,453,357

17,541,000

2,537,312,440

주

(3) 손금산입

321,535,780

321,535,780

(4) 차가감소득금액

{(1)+(2)-(3)}

1,469,231,695

-212,144,882

1,986,090,778

(5)지정기부금한도초과액

(6) 각 사업연도 소득금액

{(4)+(5)}

1,469,231,695

-212,144,882

1,986,090,778

(7) 이월결손금

(8) 비과세소득

(9) 소득공제

(10) 과세표준{(6)-(7)-(8)-(9)}

1,469,231,695

-212,144,882

1,986,090,778

(11)세율(1,600만원+1억원을 초과하는 금액의)

100분의 28

100분의 16

100분의 28

(12)산출세액

399,384,874

544,105,417

(13)공제감면세액

(14) 가산세액

240,009,193

323,913,963

(15) 총결정세액

693,394,067

868,019,380

(16)원천납부 및 자진신고세액

-,3,729,250

-3,729,250

-3,386-680

(17)차감고지세액

639,394,067

868,019,380

주) 1. 2000년도 가지급금 인정이자의 정당한 계산금액이 595,288,261원, 2001년도 가지급금 인정이자의 정당한 계산금액이 1,374,976,399원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 대손충당금 한도초과액 손금분산입액 중 2000년도분이 321,535,780원, 2001년 도분이 660,722,220원이다(을 제18호증의 1 내지 3, 을 제19호증의 1 내지 3).

3. 지급이자 손금불산입액 중 2000년도분이 31,187,000원, 2001년도분이 36,885,000원이다(을 제20호증의 1 내지 3).

4. 2001년도분 단기대여금 관련 이자수입이 125,652,041원이다(원고가 ○○○○에 3,944,780,720원을 대여하고 2001. 1. 1. -2001. 4. 19. 기간동안 이자수입금액을 계상하지 않았기 때문에 금전대차약정서에 정한 연 11%의 이자율로 계산하여 익금산입한 것이다. 을 제15호증의 1, 2)