서울고등법원-2013-누-10399 (2013.07.05)

사 건

2013누10399 법인세부과처분취소

원고, 피항소인

학교법인 AAAA

피고, 항소인

서대문세무서장

제1심 판 결

서울행정법원 2011. 4. 29. 선고 2010구합39977 판결

환송전판결

서울고등법원 2011. 11. 30. 선고 2011누17297 판결

환 송 판 결

대 법 원 2013. 3. 28. 선고 2012두690 판결

변 론 종 결

2013. 5. 24.

판 결 선 고

2013. 7. 5.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도(2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지) 귀속 법인세에 대한 가산세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 80%는 원고가，20%는 피고가 각각 부담한다.

청구취지

피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도(2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지) 귀속 법인세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)의 부과처분을 취소한다.

항소취지 제1심판결을 취소하고， 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 OO시 OOO구 OO동 31에 소재한 학교법인으로서 2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지의 사업연도(이하 ‘2005 사업연도’라 한다) 법인회계 중 수익사업회계에 속하는 OOOO원(이하 ‘이 사건 전입금’이라 한다)을 비영리사업회계에 전입하고， 당 시 직전 사업연도의 고유목적사업준비금이 없어 전입액과 대등액에서 상계할 고유목적사업준비금 잔액이 없었으므로， 위 전입액 전부를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입하는 것으로 회계처리를 하여 그 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 2008. 3. 4.부터 2008. 3. 17.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과， 원고가 이 사건 전입금 중 OOOO원만을 고유목적사업에 사용하고 나머지 OOOO원을 고유목적사업이 아닌 수익사업용 자산의 취득자금 등의 용도로 사 용한 것으로 판단하였다.

다. 이에 따라 피고는 2008. 9. 1. 2005 사업연도의 익금에 수익사업용 자산의 취득 자금으로 사용한 OOOO원， 고유목적사업준비금 한도초과액 OOOO원， 고정자산처분이익 과소신고금액 OOOO원을 산입하고， 한편 토지가액을 임의평가하여 특별이익으로 계상한 OOOO원을 익금불산입하는 것으로 각각 조정하여 원고에게 2005 사업연도 귀속 법인세 OOOO원1)(본세 OOOO원 + 가산세 OOOO원)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2008. 10. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나， 2010. 8. 25. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1， 2， 3호증， 을 제3호증의 1 내지 9， 제10， 11호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 주장

원고가 2005 사업연도에 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것， 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 저1129조제1항에 따라 이 사건 전입금을 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입 하였으므로 향후 5년 이내에 이 사건 전입금 중 고유목적사업에 사용하지 아니한 미사용 잔액을 익금산입하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도 피고가 2005 사업연도 소득금액에 이 사건 전입금 중 OOOO원을 손금불산입하여 추가 경정 · 고지한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 예비적 주장

피고가 이 사건 처분을 함에 있어 그 납세고지서에 가산세의 산출근거 등을 명시 하지 아니하였을 뿐 아니라， 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 그 손금산업 여부에 관하여 관련 세법의 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 점 등에 비추어 보면， 원고가 이 사건 법인세의 신고· 납부 의무를 게을리한 것에는 이를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로， 이 사건 처 분 중 가산세 부분은 위법하다.

3. 관계법령

별지 기재와 같다.

4. 인정사실

가. 원고는 그 소유의 OO시 OO구 OO로1가 23 대 8,624.4m2(이하 ‘당초자산’이라 한다)를 취득하여 수익사업으로 부동산임대업을 영위하다가 2005. 8. 29. 교육인적자원 부장관으로부터 ‘대체 수익용기본재산(임대건물) 취득 : OOOO원’ 등을 처분금의 용도로 하여 수익용 기본재산인 당초자산의 처분허가를 받았다.

나. 원고는 2005. 11.경 당초자산을 BBBB 주식회사에 매매대금 OOOO원에 매도한 후(그 매매계약일은 2003. 8. 21.이나 소유권이전등기는 2005. 11. 16.에 마쳐졌다) 위 대금을 수익사업용 계좌에 입금하여 관리하였다.

다. 원고는 2006. 1. 25. 당초자산의 임대사업을 더 이상 영위하지 않게 됨에 따라 관할관청에 폐업선고를 하였다.

라. 원고는 수익사업을 폐업함에 따라 2006. 2. 28. 2005 사업연도 회계결산시 수익 사업회계에 속하는 OOOO원을 비영리사업회계에 전입함과 아울러 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

마. 그런데 원고의 이사회가 2006. 12. 18. 수익사업(부동산 임대업)의 재개를 목적으로 수익용 자산을 취득하기로 결의하자， 원고는 2006. 12. 22. CCC으로부터 그 소유의 OO시 OO구 OO동 797-20 대 994.2m'와 같은 동 797-21 대 933.6m2를 매매대금 OOOO원에 매수하였고， 2007. 3. 30. DDDD 주식회사와 사이에 위 토지상에 수익용 빌딩을 신축할 목적으로 공사대금을 OOOO원으로 하는 내용의 도급계약을 체결하였다.

[인정근거] 갑 제4호증， 을 제1， 5 내지 9호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

5. 판 단

가. 주위적 주장에 대한 판단

구 법인세법 제29조제1항은 비영리내국법인이 소득이 발생하는 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사엽준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 금액의 범위 내에서 손금에 산입한다고 규정하고 있고， 같은 조 제2항은 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사엽준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계 하되 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당 해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업 연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있는바， 위와 같은 관계규정의 내용 및 취지 등을 종합해 보면 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 미리 손금으로 인정하되, 이 때 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로, 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하더라도 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다 할 것인데， 이 사건에 있어 원고가 이 사건 전입금에 상당하는 고유목적사업준비금을 이 사건 전입금의 전입 당시는 물론이고 그 후에도 고유목적사업준비금으로 설정하였음을 인정할 증거가 없으므로 이 사건 전입금을 곧바로 손금산입할 수는 없다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

나. 예비적 주장에 대한 판단

1) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고， 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로， 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다 할 것이다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두 12347 전원합의체 판결 참조). 다만， 납세고지서에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고 통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면， 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2001. 3. 27. 선고 99두8039 판결 참조).

2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대， 갑 제1호증의 기재에 의하면， 피고 는 이 사건 처분을 함에 있어 그 납세고지서에 가산세의 산출근거나 종류를 전혀 기재 하지 않은 사실을 인정할 수 있고 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정도 없으므로， 이 사건 처분 중 가산세 부분은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다 할 것이다.

6. 결 론

그렇다면， 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하므로， 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바， 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경한다.

1) 원래 2005 사업연도 귀속 법인세(가산세 포함)의 경정세액 합계액은 OOOO원이나 납세고지서에는 10원 미만을 버리고 위 금액으로 고지되었다.