서울행정법원-2013-구합-61951 (2015.11.04)

사 건

서울행정법원2013구합61951

원 고

000

피 고

00세무서장외

변 론 종 결

2015.11.4.

판 결 선 고

2015.11.4.

주 문

1. 피고 00세무서장이 2010. 8. 1. 원고에게 한, 2006년 귀속 종합소득세 177,816,350원(가산세 포함) 중 144,564,458원을 초과하는 부분 및 2008년 귀속 종합소득세 405,204,940원(가산세 포함) 중 354,211,284원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 피고 dd세무서장이 2014. 2. 10. 원고에게 한 2009년 귀속 종합소득세 18,136,580원(가산세 포함) 중 12,741,820원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 피고 00세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 원고와 피고 00세무서장 사이에 생긴 부분의 3/4은 원고가, 나머지 1/4은 피고 00세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 dd세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 DD세무서장이 부담한다

청 구 취 지

주문 제2항 및 피고 00세무서장이 2010. 8. 1. 원고에게 한, 2006년 귀속 종합소득세 177,816,350원(가산세 포함) 중 82,556,910원을 초과하는 부분 및 2008년 귀속 종합소득세 405,204,940원(가산세 포함) 중 196,964,480원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당초 처분

피고 00세무서장은 원고에 대하여 조세포탈범칙조사를 실시한 후 2010. 8. 1. 원고에게 다음과 같은 처분을 하였다.

1) 원고는 별지 목록 1번 기재 건물을 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 2006년경 같은 목록 1번 기재 대지 및 건물을 매도하였는데, 부동산임대소득 51,943,404원을 종합소득으로 신고하고 2006년 귀속 종합소득세를 신고․납부하는 한편, 위 대지 및 건물의 매매로 인한 소득을 양도소득으로 신고하고 2006년 귀속 양도소득세를 납부하였다. 피고 00세무서장은 위 소득을 사업소득으로 보고 원고가 사업소득 686,349,462원의 신고를 누락하였음을 이유로 2006년 귀속 종합소득세를 295,923,215원(부당과소신고가산세 등의 가산세 포함)으로 경정하고, 위 295,923,215원에서 기납세액 220,625,371원과 당초 고지세액 4,654,155원을 차감한 70,643,680원을 고지하였다.

2) 원고는 별지 목록 2번 내지 5번 기재 각 건물을 신축하여 2008년경 같은 목록 2번 내지 5번 기재 각 대지 및 건물을 매도하였음에도, 이에 따른 소득을 자신의 친척인 A,B,C, 토지 소유자로서 원고에게 토지를 매도한 D, 직원인 E 명의로 2008년 귀속 종합소득세로 신고․납부하였다. 피고 00세무서장은 ‘원고가 타인 명의 소득 신고, 분양계약서 허위 작성의 방법으로 수입금액의 신고를 누락하고 공사계약서 허위 작성 등의 방법으로 필요경비를 과다 계상하여 사업소득 1,518,869,156원의 신고를 누락하였다’는 이유로 원고의 2008년 귀속 종합소득세를 776,296,514원(부당무신고가산세 등의 가산세 포함)으로 결정하고, 원고가 타인 명의로 납부한 세액 117,038,561원을 차감한 659,257,950원을 고지하였다.

3) 별지 목록 6번 내지 9번 기재 각 건물의 신축 및 같은 목록 6번 내지 9번 기재 각 대지 및 건물의 2009년경 매도와 관련하여, 피고 00세무서장은 ‘원고가 타인 명의 소득 신고, 분양계약서 허위 작성 등의 방법으로 수입금액을 누락하고 공사계약서 허위 작성 등의 방법으로 필요경비를 과다계상하여 사업소득 96,781,033원의 신고를 누락하였다’는 이유로 원고의 2009년 귀속 종합소득세 134,524,480원(가산세 포함)을 경정․고지하였다.

나. 1차 심판청구, 피고 00세무서장의 재조사 및 감액 경정

1) 원고는 위 각 종합소득세 부과처분에 불복하여 이의신청을 거친 다음 2011. 5.13. 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2013. 6. 21. ‘1. 2006년 귀속 종합소득세부과처분은 부당과소신고가산세를 일반과소신고가산세로 하고 별지 목록 1번 기재 건물의 공사원가를 재조사하여 확인되는 금액으로 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 2. 2008년 귀속 종합소득세 부과처분은 별지 목록 2번 기재 건물 중 일부와 같은 목록 5번 기재 건물의 수입금액과 별지 목록 2번 내지 5번 기재 각 건물의 공사원가를 재조사하여 확인되는 금액으로 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 3. 2009년 귀속 종합소득세 부과처분은 별지 목록 7번 기재 건물의 수입금액과 같은 목록 6번 내지 9번 건물의 공사원가를 재조사하여 확인되는 금액으로 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판 청구는 기각한다’는 결정을 하였다.

2) 피고 00세무서장은 재조사를 마친 후 2013. 8. 1. 원고에게 아래와 같은 처분을 하였다.

가) 2006년 귀속 종합소득세의 경우, 필요경비 213,787,105원을 추가로 인정하고, 일반과소신고가산세를 적용하여 2006년 귀속 종합소득세를 188,595,970원(가산세포함)으로 감액 경정․고지하였다.

나) 2008년 귀속 종합소득세의 경우, 수입금액을 113,808,060원 감액하고 필요경비 175,439,790원(= 289,247,850원 - 113,808,060원)을 추가로 인정하여 2008년 귀속종합소득세를 625,135,800원(가산세 포함)으로 감액 경정․고지하였다.

다) 2009년 귀속 종합소득세의 경우, 수입금액을 50,000,000원 감액하고 필요경비 265,431,161원(= 315,431,161원 - 50,000,000원)을 추가로 인정하여 2009년 귀속 종합소득세를 15,070,270원(가산세 포함)으로 감액 경정․고지하였다.

다. 2차 심판청구

원고는 이에 불복하여 2013. 9. 9. 심판청구를 제기하였다.

라. 피고 DD세무서장의 2009년 귀속 종합소득세 증액 경정

피고 DD세무서장은 2014. 2. 10. 28,038,200원이 필요경비로 중복 계상되었음을 이유로 위 28,038,200원 만큼 종합소득금액을 증액하여 2009년 귀속 종합소득세를 31,221,660원으로 증액 경정하고, 당초 고지세액 15,070,275원을 차감하여 원고에게 16,151,380원을 고지하였다.

마. 2차 심판청구 결과 및 감액 경정

1) 조세심판원은 2014. 7. 15. ‘2006년 귀속분 30,203,877원, 2008년 귀속분 422,038,710원, 2009년 귀속분 87,273,859원을 필요경비에 산입하여 각 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다’는 결정을 하였다.

2) 피고들은 2014. 7. 25. 위 조세심판원 결정에 따라 필요경비를 추가로 인정하여 1. 2006년 귀속 종합소득세를 177,816,350원(가산세 포함)으로, 2. 2008년 귀속 종합소득세를 405,204,940원(가산세 포함)으로, 3. 2009년 귀속 종합소득세를 18,136,580원(가산세 포함)으로 각 감액 경정․고지하였다[이하 피고 00세무서장이 2010. 8. 1. 증액 경정하였다가 2013. 8. 1.과 2014. 7. 25. 2회에 걸쳐 감액 경정된 2006년 귀속 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 2006년 귀속 종합소득세 부과처분’, 피고 00세무서장이 2010. 8. 1. 과세표준 및 세액을 결정하였다가 2013. 8. 1.과 2014. 7. 25. 2회에 걸쳐 감액 경정된 2008년 귀속 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 2008년 귀속 종합소득세부과처분’, 피고 DD세무서장이 2014. 2. 10. 증액 경정(피고 00세무서장이 2010. 8.1. 액 경정하였다가 2013. 8. 1. 감액 경정한 2009년 귀속 종합소득세 부과처분은 위증액 경정처분에 흡수되었다)하였다가 2014. 7. 25. 감액 경정된 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 2009년 귀속 종합소득세 부과처분’이라 하고, 이를 통틀어 ‘이사건 각 처분’이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8, 11, 17호증, 을 제1 내지 6, 15호증(해당가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

나. 이 사건 2006년 귀속 종합소득세 부과처분에 관하여

1) 원고의 주장

가) 원고가 2006년 매도한 별지 목록 1번 기재 건물의 신축에 관한 필요경비로서 현장소장 등 직원에 대한 급여 64,754,920원과 현장일용노무비 93,309,000원이 추가로 인정되어야 한다.

나) 피고가 위 건물의 매각에 따른 소득을 사업소득으로 보아 원고에게 종합소득세를 부과하였으므로, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제7조에 따라 수도권 안에서 건설업을 영위한 원고에게 중소기업특별세액감면을 해 주어야 한다.

다) 원고는 00000 지상 건물을 신축 및 양도함에 따른 소득 641,135,642원을 양도소득으로 보아 2006년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다. 비록 위 소득이 사업소득이라고 하더라도 원고는 피고가 산정한 사업소득 442,358,480원보다 많은 금액을 양도소득으로 신고하였으므로, 원고에게 일반과소신고가산세가 부과되는 것은 부당하다.

라) 증빙불비가산세는 그 부과 근거를 알 수 없으므로 취소되어야 한다.

2) 판단

가) 필요경비 인정 여부

(1) 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제27조제1항, 제3항, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제55조 제1항 제6호에 의하면, 부동산임대소득금액·사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 하는데, 종업원의 급여는 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 인정된다. 한편, 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 고려하면, 납세의무자가 증명활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

(2) 위 법령 규정에 비추어 원고가 주장하는 현장소장 등 직원에 대한 급여 64,754,920원을 2006년 귀속 사업소득의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 산입할 수 있는지에 관하여 살펴본다. 갑 제2호증, 을 제14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제9호증의 1의 각 기재와 증인C의 증언만으로는 원고가 별지 목록 1번 기재 건물 신축공사와 관련하여 과세관청에서 필요경비로 인정한 급여 133,648,000원 외에 추가로현장소장과 직원들에게 급여 64,754,920원을 지급하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(가) 원고가 주장하는 급여는 별지 목록 1번 기재 건물의 신축공사와 관련하여 2004. 1. 15.부터 2006. 12. 31.까지 C,B, 김MM, 양SS 등에게 지급된 것으로 되어 있다. 그런데 별지 목록 1번 기재 건물은 2004. 8. 20. 사용승인을 받아 그 이후부터 양도시까지 부동산임대업에 사용되었으므로 사용승인 이후에 지급된 급여는 별지 목록 1번 기재 건물의 취득원가로 보기 어렵다.

(나) 원고는 2006년 귀속 종합소득세에 관하여 별지 목록 1번 기재 건물임대사업의 필요경비로 87,434,696원을 신고하였는데, 그 중 급여와 임금․제수당으로 지출된 비용이 36,300,000원이고 C,B, 김MM에게 지급된 급여가 35,100,000원(=C 19,800,000원 +B 11,400,000원 + 김MM 3,900,000원)에 이르므로, 원고가 주장하는 급여 내역 중 2006년분과 별지 목록 1번 기재 건물 임대사업에 관한급여가 상당 부분 중복되는 것으로 보인다.

(다) 원고는 2005년 귀속 종합소득세에 관하여 별지 목록 1번 기재 건물임대사업의 필요경비로 43,380,980원을 신고하였는데, 그 중 급여로 지출된 비용이 19,155,855원이고 위 금원이 C, 김MM,B, 양SS에게 지급되었으므로, 원고가 주장하는 급여 내역 중 2005년분과 별지 목록 1번 기재 건물 임대사업에 관한 급여가 상당 부분 중복되는 것으로 보인다.

(3) 다음으로 현장일용노무비 93,309,000원을 2006년 귀속 사업소득의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 산입할 수 있는지에 관하여 살펴본다. 을 제14호증의 기재, 증인C의 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 1. 2003년 12월부터 2005년 7월까지 일용노무비 지급내역(갑 제10호증의 2 내지21호증)은 일용노무비가 지급될 때마다 그 내용이 기재된 것이 아니고 C이 세무조사 당시에 작성한 것인 점, 2. 일용노무비지급대장이나 금전출납부 등 원고가 별지목록 1번 기재 건물의 신축 공사 현장의 일용직 근로자들에게 일용노무비를 지급하였다는 점을 증명할 수 있는 증거가 별도로 제출되지 않은 점 등에 비추어 보면, 갑 제10호증의 1 내지 21의 각 기재만으로는 원고가 별지 목록 1번 기재 건물 신축공사와 관련하여 일용노무비로 과세관청에서 인정한 156,690,600원 외에 추가로 93,309,000원을 지출하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(4) 따라서 원고가 주장하는 현장소장과 직원 등에 대한 급여 64,754,920원과 현장일용노무비 93,309,000원은 2006년 귀속 사업소득을 산정함에 있어 필요경비로 인정될 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 중소기업특별세액감면 인정 여부

구 조세특례제한법 제7조 제1항 본문 제1호 다목, 제2호 나목에 의하면, 수도권 안에서 건설업을 영위하는 소기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세에 100분의 20의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 갑 제2호증, 을 제15호증의 각 기재에 의하면, 원고의 별지 목록 1번 기재건물 신축판매사업의 사업장은 0000 외 2필지에 소재하고 있는 사실을 인정할 수 있고, 원고가 건설업과 주택신축판매업을 영위하는 사업자라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 또한 별지 목록 1번 기재 건물 신축판매사업의 매출액등에 비추어 보면, 원고는 소기업을 운영한 기업자이었던 것으로 보인다. 따라서 원고는 수도권 안에서 건설업을 영위하는 소기업에 해당하므로, 위 사업장에서 2006년에 발생한 부동산임대소득과 별지 목록 1번 기재 건물의 매도로 인한 사업소득의 합계액 중에서 별지 목록 1번 기재 건물의 매도로 인한 사업소득이 차지하는 비율에 대응하는 종합소득세액에 100분의 20의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액이 감면되어야한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 일반과소신고가산세 부과의 적법 여부

(1) 원고의 이 부분 주장을 선해하면, 2006년 귀속 종합소득세에 관한 일반과소신고가산세를 감면할 정당한 사유가 있으므로, 2006년 귀속 종합소득세 부과처분 중 일반과소신고가산세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다는 것으로 보인다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 반면 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011.4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

(3) 앞에서 인정된 사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알수 있는 다음과 같은 사정, 즉 1.원고는 2002. 9.경부터 건설업 및 주택신축판매업을영위한 점, 2. 원고는 2002년부터 2009년까지 53건의 부동산을 취득하고 31건의 부동산을 양도한 점 등을 고려하면, 원고는 소득세법령에 대한 단순한 부지나 오해로 별지목록 1번 기재 건물의 매도로 인한 소득에 관하여 2006년 귀속 종합소득세를 신고․납부하지 않고 양도소득세를 신고․납부한 것으로 보인다.

(4) 따라서 원고가 주장하는 사정만으로는 원고에게 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 2006년 귀속 종합소득세 부과처분 중 일반과소신고가산세 부분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 증빙불비가산세 부과의 적법 여부

(1) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류과 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없고(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조), 다만, 납세고지서에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면, 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2001. 3. 27. 선고99두8039 판결 참조).

(2) 갑 제8호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 00세무서장은 2014. 7. 25. 2006년 귀속 종합소득세액을 감액 경정하면서 원고에게 ‘심판청구 결정에 따른 처리결과 통지’(갑 제8호증의 1)를 발송하였는데, 위 서류에 종합소득세 본세와 일반과소신고가산세, 증빙불비가산세의 총액인 177,816,355원만을 기재하였을 뿐 증빙불비가산세의 세액, 산출근거나 종류 등을 전혀 기재하지 않은 사실, 피고DD세무서장이 원고에게 통보한 것으로 보이는 2006년 귀속 종합소득세 경정결의서(갑 제8호증의 2)에 증빙불비가산세의 종류와 세액은 기재되어 있으나, 적격증빙을 수취하지 않은 금액 등 증빙불비가산세를 산출한 근거가 기재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 2006년 귀속종합소득세 부과처분 중 증빙불비가산세 부분의 납세고지는 절차상 하자가 있으므로 위법하다.

3) 정당세액

가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 2006년 귀속 종합소득세 산출세액 중 별지 목록 1번 기재 건물의 매도로 인한 사업소득에 대응하는 부분에 대하여 중소기업특별세액감면을 하여야 하고, 증빙불비가산세액 4,879,817원은 부인되어야 한다. 이러한 점을 고려하여 산출한 2006년 귀속 종합소득세의 정당세액은 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 144,564,458원이므로, 이 사건 2006년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위 144,564,458원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

다. 이 사건 2008년 귀속 종합소득세 부과처분에 관하여

1) 원고의 주장

가) 피고 00세무서장은 원고가 2008년경 매도한 별지 목록 5번 기재 토지 및 지상건물의 매매대금 전액을 2008년 귀속 사업소득의 수입금액으로 산정하였으나, 위 매매대금에는 부가가치세 12,862,750원이 포함되어 있으므로 위 부가가치세 상당액은2008년 귀속 사업소득의 수입금액에서 차감되어야 한다.

나) 원고가 2008년경 매도한 별지 목록 2번 기재 건물의 신축에 관한 필요경비로서 현장소장 등 직원에 대한 급여 86,555,160원이 추가로 인정되어야 한다.

다) 원고가 2008년 납부한 국민연금보험료는 2008년 귀속 종합소득에서 공제되어야 한다.

라) 피고 00세무서장은 A,B,C, D, E 등의 명의로 진행된 건물신축사업을 원고의 사업으로 보아 원고에게 종합소득세를 부과하였는데, 원고는 2008년에도 수도권 안에서 건설업을 영위하였으므로 구 조세특례제한법에 따른중소기업특별세액감면이 인정되어야 한다.

마) 원고는 사업지가 여러 개인데 원고 명의로는 대출이 어려워 부득이A등의 명의를 빌려 건물신축판매업을 하였고, 건물신축판매업에서 발생한 소득에 관하여A 등의 명의로 종합소득세를 성실하게 신고․납부하였다. 따라서 원고는 조세포탈의 목적을 갖고 부정한 적극적인 행위로 과소신고한 것이 아니므로, 피고 ○○세무서장이 원고가 종합소득세 과세표준 및 세액을 전혀 신고하지 않은 것을 전제로 부당무신고가산세를 부과한 것은 부당하다.

2) 판단

가) 수입금액 산정에 관하여

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제24조 제1항에 의하면, 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하는데, 구 소득세법 제26조 제9항에 의하면, 부가가치세의 매출세액은 당해연도의 소득금액의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입하지 아니한다. 갑 제8호증의 3, 갑 제11호증의 5, 갑 제12호증의 1, 을 제14호증의 각 기재에 의하면, 원고가 E의 명의를 빌려 신축한 별지 목록 5번 기재 건물 및 그 부속토지를 2008. 7. 20. 지종인, ○○○에게 7억 2,000만 원에 매도한 사실, 피고 00세무서장은 이 사건 2008년 귀속 종합소득세 부과처분을 하면서 위 7억 2,000만 원 전액을 수입금액으로 계산한 사실, 피고 00세무서장은 별지 목록 5번 기재 건물의 매매에 관하여 원고에게 2008년 제2기 부가가치세 6,983,023원을 부과한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실을 앞서 본 법령 규정에 비추어 살펴보면, 2008년 귀속 사업소득의 수입금액에서 부가가치세의 매출세액인 6,983,023원이 차감되어야 한다. 원고의 이 부분주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

나) 필요경비 인정 여부

(1) 갑 제13호증의 1, 2의 각 기재, 증인C의 증언에 의하면, 별지 목록2번 기재 건물 신축공사 현장을 전반적으로 관리한C, 위 현장에서C의 지시를 받아 현장소장 역할을 수행한B과 양SS, 임시로 고용된 현장소장인 명II,도JJ, 강MM, 원고의 비서이자 기사인 양DD에게 2007. 1. 15.부터 2007. 12. 15.까지 86,555,160원이 지급된 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 1.C 등에게 매월 일정하거나 유사한 금액이 지급된 점,2. 위 지급내역에 부합하는 금전출납부 및 계좌이체 내역이 존재하는 점, 3. C과 B은 2007년경 원고의 사업장에서 급여를 받는 것 외에 다른 소득이 없었던 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 위 86,555,160원은 김MM 등에게 급여로 지급된 것으로 보아야 한다. 을 제14호증의 기재와 C,B, 양SS이 원고의 조카라는 사정 등만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다.

(2) 따라서 위 86,555,160원은 구 소득세법 제27조 제1항, 제3항, 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제6호에 따른 ‘종업원의 급여’로서 2008년 귀속 사업소득의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 산입되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 국민연금보험료 소득공제 여부

구 소득세법 제51조의3 제1항에 의하면, 종합소득이 있는 거주자로서 국민연금법에 의하여 부담하는 연금보험료(사용자부담금을 제외한다)를 납부한 경우에는 당해연도의 종합소득금액에서 당해연도에 납부한 연금보험료를 공제한다. 갑 제14호증의 기재에 의하면, 원고는 2008년에 국민연금보험료로 1,825,200원을 납부한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 1,825,000원은 2008년 귀속 종합소득금액에서 공제되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

라) 중소기업특별세액감면 인정 여부

구 조세특례제한법 제128조 제2항에 의하면, 소득세법 제80조 제1항의 규정에 의하여 결정을 하는 경우에는 제7조에 따른 중소기업특별세액감면이 배제된다. 원고가 2008년 귀속 사업소득에 관하여A 등으로 하여금 종합소득세를 신고․납부하도록 하였고, 이에 피고 00세무서장이A 등이 신고한 사업소득을 원고의 2008년 귀속 사업소득으로 보아 구 소득세법 제80조 제1항에 따라 원고의2008년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 결정한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 구 조세특례제한법 제7조 제1항 본문 제1호 다목, 제2호 나목에 의한 중소기업특별세액감면을 받을 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마) 부당무신고가산세 부과의 적법 여부

(1) 구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항 제1호, 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기전의 것) 제27조 제2항에 의하면, 납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장,2. 허위증빙 또는 허위문서(이하 ‘허위증빙등’이라 한다)의 작성, 3. 허위임을 알고 허위증빙등을 수취하는 것, 4. 장부와 기록의 파기, 5.재산을 은닉하거나 소득·수익·행위·거래를 조작 또는 은폐하는 것, 6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한사기 기타 부정한 행위 등 부당한 방법으로 무신고한 과세표준이 있는 경우에는, 과세표준 중 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 ‘부당무신고과세표준’이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 ‘부당무신고가산세액’이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하고, 복식부기의무자가 소득세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 부당무신고가산세액과 부당한 방법으로 무신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 ‘부당무신고수입금액’이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액중 큰 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.한편, 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호가 규정하는 부당과소신고가산세의 요건인 ‘부당한 방법으로 한 과세표준의 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 보아야 할 것이고(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결 참조), 이러한 법리는 부당무신고가산세의 경우에도 적용된다고 할 것이다.

(2) 원고가 2008년 귀속 사업소득에 관하여A 등으로 하여금 종합소득세를 신고․납부하도록 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제11호증의 3, 5의 각 기재에 의하면, 원고가 별지 목록 3번 기재 건물 및 부속토지의 매매로 인한 소득에 관하여 C 명의로 2008년 귀속 종합소득세를 신고․납부함으로써 최고세율인 35%가아닌 26%의 세율이 적용된 사실, 원고가 별지 목록 5번 기재 건물 및 부속토지의 매매로 인한 소득에 관하여 E 명의로 2008년 귀속 종합소득세를 신고․납부함으로써 최고세율인 35%가 아닌 17%의 세율이 적용된 사실을 인정할 수 있다.

(3) 위 인정사실을 앞서 본 법령 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 앞서 본원고의 행위는 ‘소득·수익·행위·거래를 조작 또는 은폐’하는 방법으로 2008년 귀속 종합소득세의 과세표준을 신고하지 않은 것에 해당하고, 이로 인하여 원고가 일부 사업소득금액에 대하여 최고세율의 적용을 회피하는 결과가 발생하였으므로, 원고는 조세포탈의 목적을 갖고 2008년 귀속 종합소득세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 신고하지 않았다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 2008년 귀속 종합소득세 부과처분 중 부당무신고가산세를 부과한 부분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 정당세액

앞서 본 바와 같이 2008년 귀속 종합소득세의 종합소득금액에서 수입금액 감소분 6,983,023원과 필요경비로 인정된 급여 86,555,160원이 차감되어야 하고, 원고가 납부한 국민연금보험료 1,825,200원이 공제되어야 한다. 이러한 점을 반영하여 산출한 2008년 귀속 종합소득세의 정당세액은 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 354,211,284원이므로, 이 사건 2008년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위 354,211,284원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

라. 이 사건 2009년 귀속 종합소득세 부과처분에 관하여

1) 원고의 주장

가) 원고가 2009년경 매도한 별지 목록 9번 기재 건물의 신축에 관한 필요경비로서 현장소장 등 직원에 대한 급여 26,533,000원이 추가로 인정되어야 한다.

나) 원고가 2009년 납부한 국민연금보험료는 2009년 귀속 종합소득에서 공제되어야 한다.

2) 판단

가) 필요경비 인정 여부

갑 제15호증의 1, 2의 각 기재, 증인C의 증언에 의하면, 별지 목록 9번기재 건물 신축공사 현장의 현장소장인 김II과 김HH 위 현장의 직원인 조SS, 전KK, 이SS, 김KK에게 2008. 7. 15.부터 2008. 12. 24.까지 26,553,000원이 급여로지급된 사실이 인정되고, 피고가 주장하는 사정만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며달리 반증이 없다. 따라서 위 26,553,000원은 구 소득세법 제27조 제1항, 제3항, 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제6호에 따른 ‘종업원의 급여’로서 2009년 귀속 사업소득의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 산입되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

나) 국민연금보험료 소득공제 여부

갑 제16호증의 기재에 의하면, 원고는 2009년에 국민연금보험료로 2,341,440원을 납부한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 2,341,440원은 2009년 귀속 종합소득금액에서 공제되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 정당세액

앞서 본 바와 같이 2009년 귀속 종합소득세의 종합소득금액에서 필요경비로 인정된 급여 26,553,000원이 차감되어야 하고, 원고가 납부한 국민연금보험료 2,341,440원이 공제되어야 한다. 이러한 점을 반영하여 산출한 2009년 귀속 종합소득세의 정당세액은 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 11,189,523원이므로 이 사건 2009년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위 11,189,523원을 초과하는 부분은 위법하다. 그런데 원고는 2009년 귀속 종합소득세 18,136,583원 중 12,741,820원을 초과하는 부분에 대하여만 취소를 구하고 있으므로 이 사건 2009년 귀속 종합소득세 부과처분은 원고가 구하는 범위내에서 취소되어야 한다.

3. 결론

그러므로 원고의 피고 DD세무서장에 대한 청구와 원고의 피고 00세무서장에 대한 청구 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 이유 있으므로 이를 각 인용하고, 원고의 피고 00세무서장에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.