서울행정법원-2015-구합-69614 (2016.06.24)

사 건

2015구합69614 법인(원천)세 징수처분 취소

원 고

AAAA리미티드

피 고

종로세무서장

변 론 종 결

2016. 4. 22.

판 결 선 고

2016. 6. 24.

주 문

1. 피고가 2015. 4. 17. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 원천징수분 법인세 ○○○원(가산세 포함)의 징수처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다(소장에 기재된 처분일자인 ‘2014. 4. 17.’은 오기인 것으로 보인다).

이 유

1. 처분 및 전심절차의 경위

가. 원고의 제일은행 주식 인수 및 원천징수 불이행

1) 원고는 2005. 4. 15. 말레이시아 라부안의 법에 의하여 설립된 법인인 BBB (private) Limited(이하 ‘소외 회사'라 한다)로부터 △△은행 주식회사(이하 ’△△은행‘이라 한다)의 주식 ○○○주(이하 ’이 사건 주식‘이라 한다)를 대금 ○○○원에 양수하였다.

2) 위 양수 당시 원고는 △△은행이 발행한 이 사건 주식의 양도로 인하여 발생한

양도차익(이하 ‘이 사건 양도소득’이라 한다)이 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7388호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제10호 가목에 정한 국내원천소득으로서 말레이시아 거주자인 소외 회사에게 지급된 것이므로 ‘대한민국과 말레이시아 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한ㆍ말 조세조약’이라고 한다) 제13조 제4항에 따라 양도인의 거주지국인 말레이시아에서만 과세된다는 이유로 이 사건 양도소득에 관한 법인세를 원천징수하지 않았다.

나. 1차 징수처분 및 가산세 부과처분, 관련 소송의 경과

1) 피고는 소외 회사가 조세회피목적으로 설립된 명목상의 회사에 불과하고 이 사건 양도소득의 실질적인 귀속자들은 소외 회사의 완전 모회사인 CCC Co.(이하 ‘CCC홀딩스’라 한다)의 주식을 100% 인수한 케이만 군도의 유한 파트너쉽인 DDD L.P.(이하 ‘DDD 엘피'라 한다)의 총 ○○명의 투자자들이라고 보아, 그들 중 한국과 조세조약을 체결하지 않았거나 체결하였다고 하더라도 거주지국 과세가 아닌 원천지국 과세를 규정하고 있는 국가에 거주하는 총 ○개국 ○○명의 투자자들이 얻은 양도소득(이 사건 양도소득의 ○○%이다)에 대하여 소득세를 원천징수하였어야 한다는 이유로, 2006. 12. 18. 원고에 대하여 2005 사업연도 원천징수분 소득세 ○○○원(가산세 포함)을 납세 고지하였다(이하 ’1차 징수처분 및 가산세 부과처분‘이라 한다).

2) 원고는 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 불복하여 전심절차를 거쳐 소를 제기하였다. 서울행정법원은 2009. 12. 30. ‘소외 회사나 CCC 홀딩스(이하 통틀어 ’소외 회사 등‘이라 한다)는 이 사건 주식의 취득 및 양도에 관하여 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하였을 뿐 그 실질적 주체는 DDD 엘피에 대한 투자자 ○○명이고, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 조세회피의 목적에서 비롯되었으므로, 이 사건 양도소득의 실질적인 귀속자를 DDD 엘피에 대한 투자자 ○○명으로 보고 그들을 납세의무자로 하여 원고에게 원천징수분 소득세를 납세고지한 1차 징수처분 및 가산세 부과처분은 적법하다’는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고(서울행정법원 2008구합17110 판결, 이하 ‘제1심판결’이라 한다), 원고가 이에 불복하여 항소하였으나 서울고등법원은 2010. 8. 25. 제1심판결과 같은 취지로 항소 기각 판결을 선고하였다(서울고등법원 2010누3826 판결, 이하 ‘환송 전 원심판결’이라 한다).

3) 원고는 이에 불복하여 상고하였는데, 대법원은 2013. 7. 11. ‘소외 회사 등을 이

사건 양도소득의 실질적인 귀속자로 볼 수 없다고 본 부분은 정당하나, DDD 엘피가 이 사건 주식을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없는 명목상의 영리단체에 불과하다고 할 수 없으므로 DDD 엘피를 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지 심리하여 이 사건 양도소득에 대하여 DDD엘피를 납세의무자로 하여 법인세를 과세하여야 하는지 DDD 엘피의 구성원인 투자자 ○○명을 납세의무자로 하여 소득세를 과세하여야 하는지를 판단하였어야 한다’는 이유로 환송 전 원심판결을 파기하고 이 사건을 서울고등법원에 환송하는 판결을 선고하였다(대법원 2010두20966 판결).

4) 서울고등법원은 2014. 1. 10. ‘이 사건 양도소득에 관해서는 DDD 엘피를 납세의무자로 하는 법인세를 과세하여야 하고, DDD 엘피의 구성원인 투자자를 납세의무자로 하는 소득세를 부과할 수 없다’고 판단하고, 피고가 이 사건 양도소득의 납세의무자를 DDD 엘피의 투자자 ○○명에서 DDD 엘피로, 세목을 소득세에서 법인세로 각각 변경하는 내용으로 처분사유를 변경한 것에 대하여 ‘원천징수하는 세금에 관한 처분취소소송에서 처분의 근거 세목을 소득세에서 법인세로 변경하는 것은 처분의 동일성을 벗어나는 것으로서 허용될 수 없다’고 판단한 다음 ‘피고의 처분사유 변경이 허용되지 아니하고 종전의 처분사유는 철회되어 그 처분사유가 존재하지 않게 되었으므로 1차 징수처분 및 가산세 부과처분은 위법하다’는 이유로 제1심판결을 취소하고 1차 징수처분 및 가산세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2013누23272 판결, 이하 ‘환송 후 원심판결’이라 한다).

5) 피고는 이에 불복하여 상고하였는데, 대법원은 2014. 9. 4. ‘당초의 징수처분에

서와 다른 세목으로 처분사유를 변경하는 것은 처분의 동일성이 유지되지 아니하여 허

용될 수 없으므로, 같은 취지에서 원심이, 피고가 1차 징수처분의 근거 세목을 소득세

에서 법인세로 변경하는 것은 처분의 동일성을 벗어나는 처분사유의 변경으로서 허용

되지 아니한다고 판단한 것은 정당하다’는 이유로 상고 기각 판결을 선고하여(대법원

2014두3068 판결) 환송 후 원심판결이 확정되었다.

다. 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분

피고는 ‘1차 징수처분에 대한 불복 소송에 응소하였으므로 징수권의 소멸시효가

중단되었다’는 이유로 2015. 4. 17. 원고에 대하여 2005 사업연도 원천징수분 법인세

○○○원(가산세 포함)을 납세고지하였다(이하 ’이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분‘이라 한다).

라. 전심절차

원고는 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분에 불복하여 2015. 7. 9. 조세심판원

에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 이 사건 변론종결일인 2016. 4. 22. 당시

원고의 심판청구에 대하여 아무런 결정을 하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 판단

1) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21

조 제2항 제1호는 ‘원천징수하는 법인세를 납부할 의무는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 성립한다’고, 제22조 제2항 제3호는 ‘원천징수하는 법인세는 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다’고 각각 규정하고 있다. 또한 구 국세기본법 제27조 제1항은 ‘국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다’고, 같은 조 제3항은 ‘제1항의 규정에 의한 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때는 대통령령으로 정한다’고 각각 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의4 제2항 제1호는 징수권의 소멸시효 기산일에 관하여 ‘원천징수의무자로부터 징수하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액의 법정납부기한의 다음날’을 소멸시효의 기산일로 규정하고 있으며, 구 국세기본법 제26조 제3호는 ‘국세를 납부할 의무는 국세징수권의 소멸시효가 완성한 때에 소멸한다’고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7388호로개정되기 전의 것) 제98조 제1항 본문 제4호는 ‘외국 법인에 대하여 제93조 제10호의규정에 의한 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액을 지급하는 자는 그 지급하는 때에 지급액의 100분의 10을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서 등에 납부하여야한다’고 규정하고 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 이 사건 주식의 양수대금을 지급한 2005. 4. 15.에 성립과 동시에 확정되었고, 이에 대한 소멸시효의 기산일은 당해 원천징수세액의 법정납부기한인 2005. 5. 10.(위 2005. 4. 15.이 속하는 달의 다음 달 10일이다)의 다음 날인 2005. 5. 11.이라고 할것인데, 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분은 그로부터 5년이 경과된 2015. 4. 17.이루어졌음이 역수상 명백하다. 따라서 원고의 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세의 납부의무는 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분 이전에 이미 시효가 완성되어 소멸하였으므로, 이 사건 징수처분과 이를 기초로 한 가산세 부과처분은 모두 위법하다.

2) 피고의 시효중단 주장에 관한 판단

가) 피고는, 1차 징수처분과 이 사건 징수처분은 모두 동일한 과세원인 및 과세

대상에 이미 발생한 원고의 채무에 대한 동일한 이행청구에 불과하므로, 2006. 12. 18. 원고에 대하여 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세를 납세고지함으로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권(이하 ‘이 사건 징수권’이라 한다)의 소멸시효가 중단되었다고 주장한다.

구 국세기본법 제28조 제2항 제1호에 따르면 국세징수권의 소멸시효는 납세고지로 인하여 중단되는데, 이러한 소멸시효 중단의 효과가 발생하려면 납세고지가 징수의 대상인 국세와 과세단위가 동일한 것에 대한 것이어야 한다. 그런데 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소라고 할 것이므로(위 대법원 2014두3068 판결 참조), 근거 세목이 소득세인 1차 징수처분과 근거 세목이 법인세인 이 사건 징수처분은 처분의 동일성이 인정되지 않는다. 따라서 1차 징수처분은 이 사건 징수권의 소멸시효를 중단하는 사유인 ‘납세고지’에 해당한다고 보기 어렵다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 피고는, 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 대한 선행 소송(이하 ‘선행 소송’이라 한다)에 응소하였고 그 소송 중에 소득세 원천징수에서 법인세 원천징수로 처분사유를 변경하였으며, 선행 소송에서 피고에게 이 사건 징수권이 없음을 이유로 하여 패소 판결이 선고된 것은 아니므로 피고의 응소행위로써 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다고 주장한다.

구 국세기본법 제27조 제2항에서 준용하는 민법 제168조 제1호, 제170조 제1항에서 시효중단사유의 하나로 규정하고 있는 ‘재판상의 청구’라 함은, 권리자가 시효를 주장하는 자를 상대로 소로써 권리를 주장하는 경우뿐 아니라 시효를 주장하는 자가 원고가 되어 소를 제기한 데 대하여 피고로서 응소하여 그 소송에서 적극적으로 권리를 주장하고 그것이 받아들여진 경우도 포함되나(대법원 1993. 12. 21. 선고 92다47861 전원합의체 판결 등 참조), 피고로서 응소한 권리자가 적극적으로 자신의 권리를 주장하지 않고 다른 주장을 한 경우에는 권리행사가 있다고 볼 수 없어 그로 인하여 소멸시효가 중단되지 않는다고 할 것이다.

피고는 선행 소송에서 그 주장과 같이 처분사유를 변경하기 전까지 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세 징수권(이하 ‘이 사건 소득세 징수권’이라 한다)을 주장하였을 뿐이고, 이 사건 징수권의 소멸시효가 완성된 2010. 5. 10. 이후임이 역수상 명백한 파기환송심(위 서울고등법원 2013누23272호 사건)에서야 비로소 처분사유를 변경하여 이 사건 징수권을 주장하였다. 이 사건 소득세 징수권과 이 사건 징수권도 근거 세목이 달라 동일한 국세징수권으로 보기 어려우므로, 피고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성 전에 응소행위로써 이 사건 징수권을 행사하였다고 할 수 없다. 또한 선행 소송에서 처분사유 변경이 허용되지 않고 피고 패소 판결이 확정된 이상 피고가 주장한 이 사건 징수권이 법원에 의하여 받아들여졌다고 보기도 어렵다. 따라서 피고의 응소행위로 인하여 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다고 할 수 없다. 피고의

이 부분 주장은 이유 없다.

다) 피고는, 원고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 이 사건 주식 양수대금의 지급일인 2005. 4. 15. 납세의무가 성립한 세액의 일부인 ○○○원을 납부하였으므로 이로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세액 전부에 대한 시

효중단의 효력이 발생하였다고 주장한다.

원고가 이 사건 소득세 징수권 행사의 일환으로 이루어진 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 세금을 납부하였다고 하여 이 사건 소득세 징수권과 동일성이 인정되지 않는 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단된다고 할 수 없다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 피고는, 원고가 2005. 4. 15. 이 사건 양도소득을 지급함으로써 원천징수분 법인세의 납세의무가 있음을 인식하고 있었고, 선행 소송에서 ‘이 사건 양도소득은 국내원천소득인데 원고가 비과세 면제신청을 하여 원천징수를 하지 못하였다’고 주장함으로써 이 사건 양도소득을 법인세로 원천징수할 의무가 원고에게 있음을 묵시적으로 인정하였으므로, 이러한 채무승인으로서 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다고

주장한다.

갑 제2 내지 5, 10호증, 을 제1호증의 1의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 선행 소송에서 주위적으로 말레이시아 라부안에서 설립된 소외 회사가 이 사건 양도소득의 실질 귀속자이므로 한ㆍ말 조세조약에 따라 이 사건 양도소득은 대한민국의 과세대상이 아니라고 주장하고, 예비적으로 CCC 또는 DDD엘피의 국내사업장이 존재하므로 이 사건 주식의 양도소득은 위 국내사업장에 귀속하는 소득에 대한 법인세로서 직접 부과하였어야 한다고 주장한 사실을 인정할 수 있다. 이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고가 선행 소송에서 피고에게 DDD 엘피를 납세의무자로 하는 법인세 원천징수의무를 승인하였다고 보기 어렵다. 또한 원고가 조세조약에 따른 비과세 면제신청을 한점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세의 납세의무가 있음을 인식하였다고 보기도 어렵다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 피고의 소멸시효기간 연장 주장에 관한 판단

피고는, 선행 소송에서 피고에게 이 사건 징수권이 있음을 인정한 환송 후 원심 판결이 확정되어 이 사건 징수권의 소멸시효가 10년으로 연장되었으므로, 10년의 소멸시효 기간 내에 이루어진 이 사건 징수처분은 적법하다고 주장한다.

구 국세기본법 제27조 제2항에 따라 준용되는 민법 제165조 제1항은 ‘판결에 의하여 확정된 채권은 단기의 소멸시효에 해당한 것이라도 그 소멸시효는 10년으로 한다’고 규정하고 있다. 여기서 채권이 확정된다는 것은 채권의 존재가 기판력에 의하여 확정되는 것을 의미하므로, 위 규정에 따라 소멸시효가 10년으로 연장되려면 연장 대상인 채권의 존재 자체가 확정판결의 소송물이 되어야 한다. 그런데 선행 소송의 소송물은 ‘1차 징수처분 및 가산세 부과처분의 위법성’이었고, 1차 징수처분의 처분사유를 법인세 원천징수로 변경하는 것이 허용되지 않았으므로, 선행 소송에서 이 사건 징수권의 존재가 판결로 확정되었다고 할 수 없다. 또한 위 규정은 재판상 청구로 인하여 소멸시효가 중단되어 있던 권리가 판결로 확정되면 그 이후부터 새로이 진행하는 소멸시효기간이 10년으로 연장되는 경우를 상정한 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되지 않아 2010. 5. 10. 소멸시효가 완성된 이상 그 이후에 환송 후 원심판결이 확정되었다고 하더라도 이 사건 징수권의 소멸시효기간이 연장될 여지는 없다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 피고의 소멸시효 남용 주장에 관한 판단

피고는, 유한 파트너쉽에 대한 과세시 납세의무자와 적용될 조세조약의 결정 기준 등에 관한 OECD 모델조약 주석서의 입장, 과세관청의 실무, 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 대한 제1심판결과 환송 전 원심판결의 입장, 유사 사건에서의 제1심 판결과 항소심판결의 입장 및 선행 소송의 대법원 판결(2010두20966)이 최초로 유한 파트너쉽의 투자자가 아닌 유한 파트너쉽 자체를 소득의 실질적 귀속자로 보아야 한다는 취지의 판단을 한 점 등의 사정을 고려하면, 1차 징수처분에 대한 판결이 확정될 때까지는 객관적으로 피고가 소멸시효 완성 전에 정확한 납세의무자를 특정하여 이 사건

징수권을 행사하는 것을 기대하기 어려웠고, 선행 소송에서 대법원의 최종 판결(2014

두3068)이 선고되어 이러한 사실상의 장애사유가 해소된 때로부터 상당한 기간 내에

이 사건 징수처분을 하였는데도, 원고가 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의성실에

반하는 권리남용으로서 허용될 수 없다고 주장한다.

그런데 피고가 주장하는 사정만으로는 원고가 소멸시효 완성을 이유로 조세채무의 이행을 거절하는 것이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의성실원칙에 반하는 권리남용에 해당한다고 할 수 없다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 피고의 특례부과제척기간 규정 준용 주장에 관한 판단

피고는, 국세징수에 대하여 특례부과제척기간에 관한 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 준용되어야 하므로, 환송 후 원심판결이 확정된 2014. 9. 4.로부터 1년 이내에 한 이 사건 징수처분은 적법하다고 주장한다.

원고가 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수하는 법인세의 납부의무는 과세관청의 부과권 행사에 의하지 아니하고 법률의 규정에 의하여 자동 확정되는 것이므로, 부과권의 제척기간에 관한 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 규정이 적용될 여지가 없다. 설령 국세 징수처분에 대하여 특례부과제척기간 규정이 준용될 수 있다고 하더라도, 이 사건 징수처분은 1차 징수처분과 세목이 달라 과세단위가 동일하지 않으므로

1차 징수처분 및 가산세 부과처분을 취소한 환송 후 원심판결의 취지에 따라 그 판결

이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 할 수 있는 ‘경정결정 그 밖에 필요한 처분’에

해당하지 않는다. 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고가

부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.