광주고등법원-2015-누-7431 (2016.12.08)

사 건

2015누7431 법인세부과처분취소

원고, 항소인

JJ건설 주식회사

피고, 피항소인

AA세무서장

제1심 판 결

광주지방법원 2015. 11. 12. 선고 2015구합11332

변 론 종 결

2016. 10. 13.

판 결 선 고

2016. 12. 8.

청구취지 및 항소취지

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2013. 11. 15. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 법인세 446,859,246원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 주식회사 DD문화의 지위원고는 2003. 5. 20. 설립되어 매년 12. 31. 결산하는 건설업체로서, 2011. 12. 31.및 2012. 12. 31. 기준으로 주식회사 DD문화(이하 ‘DD문화’이라 한다)의 주식 40%를 보유하고 있고, 2010사업연도 내지 2012사업연도의 원고 및 DD문화의 각 매출액은 아래 표 기재와 같으며, 원고는 2012사업연도를 기준으로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이다.

<매출액>

법인명 2010사업연도 2011사업연도 2012사업연도

원고 1,028억원 881억원 1,036억원

DD문화 5억원 12억원 11억원

나. 원고의 2012사업연도 법인세 신고

한편, 원고는 2010사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것으로서 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었다.

그런데, 원고는 2012사업연도 법인세 신고를 하면서, 위 구 조세특례제한법 시행령

제2조 제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간 중에 있음을 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제7조, 제7조의2, 제10조에 따라 특별세액감면, 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제, 연구․인력개발비 세액공제를 적용한 세액을 신고하였다.

다. 피고의 법인세 부과처분

피고는 2013. 11. 15. 원고에 대하여 “원고는 2012사업연도 말 현재 외부감사 대상으로, DD문화 주식 30% 이상을 소유하면서 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28.대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제2조 제3호가 정한 ‘관계기업’에 해당하고, 관계기업 간 합산한 2012사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 ’조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호에 따라 원고는 관계기업에 속하는 기업으로 중소기업에 해당하지 않고, 제2조 제2항 제3호에 따라 중소기업 유예기간의 적용도 받을 수 없다”는 이유로 2012사업연도 귀속 법인세 446,859,246원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 2. 9. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 3, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 행정절차법 제23조 제1항을 위반하였음

행정절차법 제23조 제1항은 행정청은 처분을 할 때에 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다고 있다는 취지로 규정하고 있다. 그런데 피고는 납부고지서를 송달하는 방식으로 이 사건 처분을 하였는데, 위 납부고지서 등에는 이 사건 처분의 근거조항이 명시되어 있지 않아 피고가 어떠한 조항을 근거로 이 사건 처분을 하였는지 알 수 없다. 이처럼 이 사건 처분은 행정절차법 제23조 제1항을 위반한 하자가 있다.

(2) 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에서 정한 중소기업에 해당함

구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 및 구 중소기업기본법 시행령 제3조

제1항 제2호 다목의 규정을 종합하면, 구 조세특례제한법상 중소기업 특별세액감면의 대상이 되는 중소기업이란 ‘실질적인 독립성이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’, 즉 ‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시 사용하는 종업원 수가 1천명 이상, 자기자본이 1,000억 원 이상, 매출액이 1,000억 원 이상 또는 자산총액이 5,000억 원 이상인 경우에 해당하지 아니하는 기업’일 것을 요건으로 하고, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3은 “같은 법 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 한다.”고 규정하고 있으므로, 지배기업인 원고가 중소기업에 해당하는지 여부는 이 사건 처분의 해당 과세연도 직전의 사업연도인 2011사업연도의 원고와 DD문화의 매출액을 기준으로 판단하여야 하고, 원고의 2011사업연도 매출액이 약 881억 원, DD문화의 매출액이 약 12억 원으로 합계 1,000억 원을 넘지 아니하는 이상, 원고는 2012사업연도 당시 구 조세특례제한법상 중소기업 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일을 기준으로 원고의 중소기업 해당 여부를 판단하여 원고가 2012사업연도 당시 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업이 아니라고 보아 이 사건 처분을 하였다.

(3) 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에서 정한 중소기업 유예기간 중

인 중소기업에 해당함

설령, 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항의 중소기업에 해당하지 않는다 하더라도, 원고는 2010사업연도에 매출액 1,000억 원 이상이 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2013사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있게 되었다. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서는 최초 중소기업의 유예기간 요건을 판단할 때 적용되는 규정일 뿐이므로, 중소기업 유예기간에 있는 도중에 구조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서의 각호 사유에 해당되더라도 유예기간 동안에는 중소기업으로 간주되는 것이다. 따라서 원고의 2012사업연도에 대한 법인세 부과처분을 함에 있어 원고를 중소기업으로 보아야 한다.

(4) 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 적용되는 경우에 해당함

설령, 원고가 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목으로 인해 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호가 규정하고 있는 중소기업에 해당하지 않는다거나, 그로 인하여 원고에 대한 중소기업 유예기간의 적용이 그 즉시 배제되어야 한다고 하더라도, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 '제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.'고 규정하고 있는바, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목이 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되었고, 이로 인하여 원고가 새로이 중소기업에 해당되지 않게된 것이므로, 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 않는 사유가 발생한 날이 속하는 2012 과세연도와 그 다음 3개 과세연도인 2013 내지 2015사업연도까지는 중소기업으로 간주된다고 보아야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 판단

가. 행정절차법 제23조 제1항을 위반하였는지

행정절차법 제3조 제2항은 “이 법은 다음 각 호의 1에 해당하는 사항에 대하여는 적용하지 아니한다.”고 규정하면서, 그 제9호에서 ‘병역법에 의한 징집․소집, 외국인의 출입국․난민인정․귀화, 공무원 인사관계 법령에 의한 징계 기타 처분 또는 이해조정을 목적으로 법령에 의한 알선․조정․중재․재정 기타 처분 등 당해 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 불필요하다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항’을 행정절차법의 적용이 제외되는 경우로 규정하고 있고, 그 위임에 기한 행정절차법 시행령 제2조는 “법 제3조 제2항 제9호에서 ‘대통령령으로 정하는 사항’이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사항을 말한다.”라고 규정하면서 그 제5호에서 ‘조세관계법령에 의한 조세의 부과․징수에 관한 사항’을 규정하고 있다.

갑 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 광주지방국세청은 2013.

9. 24. 원고에게 ‘원고가 DD문화 주식의 40%를 보유한 출자자로서 관계기업에 해당하고 중소기업기준을 충족하지 못하므로 중소기업 관련 조세특례 감면을 배제하고 과소신고한 법인세를 경정․고지하겠다는 내용의 과세예고통지서를 발송한 사실을 인정할 수 있고, 국세기본법 제81조의15 제1항 제2호, 국세기본법 시행령 제63조의14 제2항은 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사인 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고 있으므로, 이 사건 처분은 행정절차에 준하는 절차를 거친 조세의 부과징수처분으로서 행정절차법 제3조 제2항 제9호, 같은 법 시행령 제2조 제5호에 따라 행정절차법이 적용되지 않는다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 처분에 행정절차법이 적용됨을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에서 정한 중소기업에 해당하는지

(1) 관계기업 해당 여부에 관한 판단

구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 ‘실질적인 독립성이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 요구하면서, “구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목을 적용할 때 ‘별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는’은 ‘구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다.”고 규정하고 있다.

위 각 규정에 따르면 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 구 중소기업기본법 시행

령 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수가 1,000명 미만, 자기자본이 1,000억 원 미만, 매출액이 1,000억 원 미만, 자산총액이 5,000억 원 미만이어야 이를 중소기업으로 볼 수 있고, 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호, 제3조의2에 따르면 지배기업이 단독으로 또는 친족과 합산하여 ’직전 사업연도 말일 현재‘ 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 상호간에 ’지배 또는 종속의 관계‘가 성립하여 관계기업에 속하게 되는바[관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 ’과세연도 종료일 현재‘를 기준으로 한다는 내용의 조세특례제한법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정된 것) 제2조 제8항은 그 부칙(제406호, 2014. 3. 14.) 제1조에 따라 공포일인 2014. 3. 14.부터 시행된 것으로서 이 사건에 관하여 적용될 수 없다], 앞서 본 사실관계에 따르면, 원고는 이 사건 처분의 해당 과세연도 직전 사업연도인 2011. 12. 31. 현재 DD문화 주식의 30% 이상을 소유하면서 최다출자자에 해당하므로, 원고와 DD문화는 2012사업연도에 상호 지배 또는 종속 관계가 성립하여 관계기업에 속하게 되었다고 할 것이다.

(2) 중소기업 해당 여부에 관한 판단

(가) 관계기업에 속하는 원고의 경우에는 구 조세특례제한법상 중소기업 특별세액

감면의 대상이 되는 중소기업에 해당하려면 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 매출액이 1,000억 원 미만이어야 하는바, 아래에서는 위와 같은 매출액 산정의 기준을 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일로 할 것인지 아니면 그 직전 사업연도인 2011사업연도로 할 것인지에 관하여 살펴본다.

(나) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 및 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 구 중소기업기본법 시행령의 경우 관계기업이 중소기업에 해당하기 위해서는 별표 1에 따른 업종별 규모기준(건설업의 경우 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 30억 원 이하)과 상한기준(상시 근로자 수 1,000명 미만, 자기자본 1,000억 원미만, 매출액 1,500억 원 미만, 자산총액 5,000억 원 미만)을 모두 충족하여야 하지만, 구 조세특례제한법 시행령의 경우에는 상한기준(다만 매출액의 상한기준은 1,000억 원 미만이다)만 충족하면 중소기업에 해당하게 된다.

그러나 구 중소기업기본법 시행령이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문)하고 있는 점, 또한 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등 도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예여부는 구 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 등 참조).

(다) 따라서 원고가 구 조세특례제한법상 중소기업 특별세액감면의 대상인 중소기

업에 해당하는지 여부는 구 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하는 것이지, 원고 주장과 같이 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3의 규정에 따라 판단할 것은 아니다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령은 제2조 제4항에서 “제1항 각 호 외의 부분 단

서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원 수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.”고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 ‘구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 상시 사용하는 종업원 수, 자기자본, 매출액, 자산총액’에 관하여 각 ‘해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원’(종업원 수, 제2항 참조), ‘과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표’(자기자본 및 자산총액, 제3․항 참조), ‘기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서’(매출액, 제4항 참조)를 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하도록 규정하고 있다.

비록 매출액의 경우 해당 과세연도 종료일을 기준으로 한다는 명시적인 규정은 없

으나, ① 구 조세특례제한법 시행령 제2조는 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 ‘상시 사용하는 종업원 수’, ‘자기자본’, ‘매출액’, ‘자산총액’을 대등적․병렬적으로 규정하고 있는 점, ② 중소기업기본법은 해당 기업이 중소기업으로 판단된 경우 그 기업을 지원․육성하는 데 그 목적이 있는 반면, 조세특례제한법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산하는 데 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 것으로서 그 입법 취지가 서로 달라 중소기업기본법령의 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세감면을 위한 중소기업 범위의 확정에는 차이가 발생하게 되고, 조세감면을 위한 경우에는 해당 사업연도 말을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것이 그 입법 취지에 비추어 더욱 합리적인 것으로 보이는 점, ③ 구 조세특례제한법에 따라 중소기업 해당 여부를 판단할 때 일반적인 상한기준(상시 근로자 수 1,000명 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만, 자산총액 5,000억 원미만)을 판단하는 경우에는 ‘해당 과세연도 매월 말일 또는 과세연도 종료일 현재’를 기준으로 하면서, 오히려 관계기업의 경우에는 위와 같은 상한기준의 판단에서 ‘직전 사업연도 말일 현재’를 기준으로 한다는 것은 관계기업의 경우 일반적인 기준에 더하여 판단요건을 강화하고자 하는 법의 취지에 반하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, ‘매출액’의 경우에도 해당 과세연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단해야하는 것으로 해석함이 상당하다.

(라) 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 [별표 2]에 따르면, 원고는 종속기업인 DD문화를 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에 해당하는바(제1의 가, 다항), 위 [별표 2]가 규정한 방법에 따라 계산한 원고의 전체 매출액(제2의 가항)은 ‘이 사건처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일 기준 원고의 매출액’에 ‘원고의 DD문화에 대한 주식 소유비율과 DD문화의 2012사업연도 종료일 기준 매출액을 곱하여 산출한 매출액’을 합산하면 약 1,040억 4,000만 원(= 1,036억 원 + 0.4 × 11억원)이 되어 1,000억 원을 초과함이 계산상 명백하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 기준을 충족하지 못하므로, 2012 사업연도 당시 원고는 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

(마) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다. 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에서 정한 중소기업 유예기간 중인중소기업에 해당하는지

(1) 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있

는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 이전 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다.

한편 구 조세특례제한법 시행령은 제2조 제1항 제3호 후문에 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다.목의 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속하는 기업’들의 매출액 등의 합산규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 다.목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있다.

중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하는 것으로서, 제도의 취지와 연혁에 비추어 볼 때 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대한 유예기간의 실효 여부는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석함이 타당하다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어

중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도, 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는 지에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하다.

또한 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다.

이러한 사정들에 비추어 앞에서 본 조세특례제한법령의 관련 규정들을 살펴보면,

구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다(대법원 2016. 8. 29.선고 2016두33902 판결 참조).

(2) 이 사건의 사실관계를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이미

2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 그때부터 2013 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 구 조세특례제한법 시행령의 시행으로 인하여 2012. 1. 1.부터 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하더라도 여전히 그 유예기간이 적용된다고 할 것이다.

따라서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 제2조 제2항 단서 제3호에

의하여 원고에게 기존에 적용되던 중소기업 유예기간이 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 있어 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 피고가 2013. 11. 15. 원고에 대하여 한 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.