광주고등법원(전주)-2017-누-1020 (2018.02.12)

사 건

2017누1020 법인세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2017. 11. 27.

판 결 선 고

2018. 02. 12.

주 문

1. 제1심판결의 원고 패소 부분 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 취소한다.

가. 피고가 2014. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1의 제2항 기재 부가가치세 부과처분 중 2006년 제1기, 2006년 제2기, 2007년 제1기, 2007년 제2기, 2008년 제1기, 2008년 제2기에 대한 부분을 각 취소한다.

나. 피고가 2014. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1의 제2항 기재 2009년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2009년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2010년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2010년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2011년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2011년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2012년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2012년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2013년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2013년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

다. 피고가 2014. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1의 제3항 기재 □□□의 2006년, 2007년, 2008년, 2009년, 2010년, 2011년, 2012년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 각 취소한다.

2. 제1심판결의 피고 패소 부분 중 피고가 2014. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1의 제3항 기재 ◯◯◯의 2013년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지 부분을 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

3. 원고와 피고의 나머지 항소를 모두 기각한다.

4. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2014. 7. 1. 원고에게 한 별지 1 기재 각 처분을 취소한다.

2. 항소취지

원고: 제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2014. 7. 1. 원고에게 한 별지 1 기재 각 처분 중 ◯◯◯의 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 제외한 나머지 부분을 각 취소한다.

피고: 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2014. 7. 1. 원고에게 한 별지 1 기재 각 처분 중 ◯◯◯의 기타소득에 대한 소득금액변동통지 부분에 관한 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 인정사실

가. 원고(변경전 상호는 ‘주식회사 ◯◯’이다)는 ◯◯ ◯◯군 ◯◯읍 ◯◯산단로5로 000에서 도료, 안료제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이다.

나. 도료사업을 영위하던 ◯◯◯◯ 주식회사(이하 ‘◯◯◯◯’이라 한다)가 경영난에 처하자 ◯◯◯◯◯◯◯◯(이하 ‘◯◯◯◯’라 한다)의 신도들 중 일부는 ◯◯◯◯ 소유의 ◯◯ ◯◯군 ◯◯읍 ◇◇리 000 공장용지 외 1필지 및 그 지상 건물에 새로운 회사인 원고를 설립하여 도료사업을 계속하기로 하였다. 한편 1997. 6. 1.부터 시행된 원고의 정관 제1조는 ‘당 회사는 주식회사 ◯◯라고 부른다’고 규정하고 있고, 정관의 표지에는 주식회사 ◯◯의 명칭 및 ◯◯의 로고가 표시되어 있다.

다. 원고의 발기인들은 △△△△△ 주식회사(이하 ‘△△△△△’이라 한다)를 이용하여 원고를 설립하기로 한 후 1998. 6. 27. ◯◯◯◯에서 경영하고 있는 도료사업 일체를 포괄양수하는 계약을 체결하고, 1998. 9. 14. 상호를 △△△△△에서 ‘주식회사 ◯◯’로 변경하였다.

라. ◯◯◯의 차남인 □□□는 1998. 3. 4. ‘◯◯’에 관하여 상표(상표등록 제000000호), 서비스표(서비스표등록 제00000호)의 출원신청을 마치고, 1998. 10. 15. ◯◯의 로고(상표서비스표등록 제000호)에 관하여 상표서비스표 등에 관한 출원신청을 마쳤다

(이하 위 상표, 서비스표, 로고를 통틀어 ‘이 사건 상표’라 한다).

마. 원고는 1999. 10. 27. □□□와 이 사건 상표에 대한 상표 및 서비스표권의 전용사용권설정계약(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 내용은 다음과 같다.

바. 원고와 □□□□의 대표인 □□□는 2001. 5. 1. 이 사건 사용계약을 아래와 같은 내용으로 수정하였다.

사. 원고와 ◁◁◁◁의 대표인 □□□는 2009. 3. 1. 이 사건 사용계약을 아래와 같은 내용으로 수정하였다.

아. 원고는 이 사건 사용계약의 사용료 명목으로 □□□에게 2006년 000,000,000원, 2007년 000,000,000원, 2008년 000,000,000원, 2009년 000,000,000원, 2010년 000,000,000원, 2011년 0,000,000,000원, 2012년 0,000,000,000원, 2013년

0,000,000,000원 합계 0,000,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하였다.

사, 보고서 제출 등의 자문 업무를 수행하여, 요구사항과 관련하여 원고가 미처 요구하지 못한 사항이라 하여도 ◊◊◊홀딩스는 전문가로서 당연히 아는 사항에 대하여 그에 관한 업무처리를 하여야 한다.

자. 원고는 2008. 7. 28. 주식회사 ◊◊◊홀딩스(이하 ‘◊◊◊홀딩스’라 한다)와 아래와 같은 내용의 경영자문 용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하고, 그 용역비(이하 ’이 사건 용역비‘라 한다) 명목으로 2008년 00,000,000원, 2009년부터 2013년까지 매년 00,000,000원씩 합계 000,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하였다.

카. ◊◊지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 ① 원고가 □□□의 개인사업체인 ◁◁◁◁에게 2006년부터 2013년까지 지급한 상표권 사용료 0,000,000,000원은 실제 지급되지 아니한 경비를 상표권 사용료로 위장한 가공의 비용이라고 보아 이 사건 사용료를 손금불산입하고 이에 대한 매입세액을 불공제하고, ② 원고가 ◊◊◊홀딩스에 2008년부터 2013년까지 지급한 컨설팅 용역비 000,000,000원은 실제 경영자문을 제공받지 않았음에도 경영자문을 받은 것처럼 위장한 가공의 비용이라고 보아 이 사건 용역비를 손금불산입하고 이에 대한 매입세액을 불공제하고, ③ 원고가 ◯◯◯의 개인사업체인 ◈◈◈◈에게 2011년부터 2013년까지 지급한 고문료 000,000,000원은 ◯◯◯으로부터 고문용역을 제공받은 사실이 없음에도 불구하고 실제 거래로 위장하기 위하여 허위로 고문계약서를 작성한 가공의 비용으로 보아 이 사건 고문료를 손금불산입하고 이에 대한 매입세액을 불공제하고, ④ 법인소득금액 계산상 손금불산입한 이 사건 사용료를 □□□에 대한 기타소득으로 처분하고, 이 사건 고문료를 ◯◯◯에 대한 기타소득으로 처분하여야 한다는 결론을 내렸다.

타. 피고는 ◊◊지방국세청장으로부터 위 과세자료를 통보받아 2014. 7. 1. 별지 1 기재와 같이 원고에 대하여 법인세 부과처분(가산세 포함, 이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다) 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함, 이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하고, 이 사건 사용료 및 고문료를 □□□와 ◯◯◯의 기타소득으로 처리한 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였고(이하 위 각 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2015. 6. 16. 기각되었다.

파. 원고의 대표이사였던 이◈◈, 이▵▵은 2014. 11. 5. △△지방법원 2014고합000, 000(병합), 000(병합), 000(병합), 000(병합), 000(병합), 000(병합), 000(병합) 사건(이하 ‘관련 형사사건’이라 한다)에서 ① 이◈◈, 이▵▵은 □□□, AAA, BBB과 공모하여 □□□가 원고에 대한 지배력을 이용하여 원고의 자금을 개인적으로 인출할 목적으로 BBB을 통해 원고의 임원들과 이 사건 사용계약을 체결하도록 한 후 매달 원고의 매출액의 0.0%에 해당하는 금액을 인출해가는 것임을 알면서도 그 요구에 응하여 상표권 사용료 명목으로 □□□ 명의 계좌로 돈을 송금함으로써 업무상 보관하던 원고 소유의 돈을 원고의 이익과 무관한 용도로 횡령하고, ② 이◈◈, 이▵▵은 ◊◊◊홀딩스의 대표이사 AAA, 감사 CCC으로부터 ◊◊◊홀딩스에 경영자문료 명목으로 매달 일정액을 송금하여 ◊◊◊홀딩스의 운영비를 지원해 달라는 요청을 받고, ◊◊◊홀딩스가 컨설팅에 필요한 전문적인 인력을 갖추지 못하고 있어 원고의 경영개선 방안을 조언해 주는 등 실질적인 컨설팅을 할 능력이 없다는 사실을 알고 있음에도 ◯◯◯ 일가를 지원할 목적으로 그 임무에 위배하여 자문료 명목으로 돈을 송금함으로써 ◯◯◯, DDD, □□□, AAA, CCC과 공모하여 ◊◊◊홀딩스에 재산상 이익을 취득하게 하고, 원고에게 같은 금액 상당의 재산상 손해를 가하였으며, ③ 이◈◈는 AAA로부터 ◯◯◯에게 고문료 명목으로 돈을 좀 챙겨드리자는 제안을 받고, 2011. 1. 3.경 ▱▱▱ 사무실에서 ◯◯◯이 원고의 경영과 관련하여 상시적이고 특별한 자문을 해주지 않을 것을 알면서도 ◯◯◯에게 원고의 자금을 지원하기 위해 고문위촉계약을 체결한 후 고문료 명목의 돈을 송금함으로써 ◯◯◯, AAA와 공모하여 업무상 보관하던 원고의 자금 000,000,000원을 원고의 이익과 무관한 용도로 횡령하였고, 이▵▵은 ◯◯◯이 원고의 경영과 관련하여 상시적이고 특별한 자문을 해주지 아니함에도 ◯◯◯에게 자금을 지원하기 위해 형식적으로 체결해두었던 이 사건 고문계약을 유지하여 자금인출의 근거를 만든 후 고문료 명목의 돈을 송금함으로써 ◯◯◯, AAA와 공모하여 원고의 자금 000,000,000원을 원고의 이익과 무관한 용도로 횡령하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받았고, 위 판결은 그대로 확정되었다.

하. □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯은 이 사건 사용료, 용역비, 고문료에 관한 매출부가가치세를 납부하였고, □□□는 이 사건 사용료에 관한 2006년~2012년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였으며, ◯◯◯은 이 사건 고문료에 관한 2011년, 2012년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

거. ◯◯◯은 2014. 6. 12.경 사망하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 11, 12, 14, 15, 19, 22, 29, 32, 38 내지 42호증, 을 제1, 3, 5, 6, 11, 12, 14, 23호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 제1심법원의 ▢▢광역시 ▣▣청장에 대한 사실조회 결과, 이 법원의 ▢▢세무서, ▢▢지방국세청에 대한 과세정보제출명령 회신, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 법인세 부과처분 관련

1) 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 원고가 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯과 체결한 계약에 따라 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯으로부터 상표권, 용역, 고문을 제공받고 그 대가로 지급한 것이므로 가공비용에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 법인세법 제19조에서 정한 손금에 해당함에도 이를 손금에 산입하지 아니한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

2) 설령 이 사건 사용계약의 목적이 되는 상표권의 정당한 권리자가 □□□가 아니라고 하더라도 이 사건 사용료는 법인세법 제19조에서 정하는 사업관련성이 있으면서 통상성 내지 수익관련성이 있는 비용에 해당하므로 위 조항이 규정한 손금에 해당하고, 이 사건 용역계약이 강요에 의해 체결된 것이라 하더라도 강박에 의한 계약체결은 그 계약의 취소 및 민사상 손해배상청구의 대상이 될 뿐이며, 이 사건 용역계약에 따른 용역의 제공이 있는 이상 원고는 ◊◊◊홀딩스에 용역비를 지급하여야 한다.

따라서 이 사건 사용료는 법인세법 제19조에서 정한 손금에 해당함에도 이를 손금에 산입하지 아니한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

나. 부가가치세 부과처분 관련

1) 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 원고가 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯과 체결한 계약에 따라 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯으로부터 상표권, 용역, 고문을 제공받고 그 대가로 지급한 것이므로 가공비용에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 사용료, 용역비, 고문료에 대한 부가가치세액은 부가가치세법 제38조에 의하여 매출세액에서 공제하는 매입세액에 포함되어야 함에도 이를 매입세액에 산입하지 아니한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

2) 설령 이 사건 용역계약이 강요에 의해 체결된 것이라 하더라도 강박에 의한 계약 체결은 그 계약의 취소 및 민사상 손해배상청구의 대상이 될 뿐이고, 이 사건 용역계약에 따른 용역의 제공이 있는 이상 원고는 ◊◊◊홀딩스에 용역비를 지급하여야 한다. 따라서 이 사건 용역비는 부가가치세법 제38조에 의하여 매출세액에서 공제하는 매입세액에 포함되어야 함에도 이를 매입세액에 산입하지 아니한 이 사건 법인세 부과 처분은 위법하다.

3) 원고의 거래상대방인 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯이 매출부가가치세를 신고·납부하였으므로 이 사건 부가가치세 부과처분은 이중과세에 해당하여 위법하다.

4) 원고는 거래상대방인 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯의 부가가치세액 탈루에 대한 인식가능성이 없었으므로 2006년 제1기~2008년 제2기 귀속 부가가치세에 관하여 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 부과제척기간 10년이 적용될 수 없고, 위 조항 제3호에 따르면 위 귀속연도에 대한 부가가치세 부과처분의 제척기간은 5년이 적용되어야 한다. 따라서 위 귀속연도에 대한 부가가치세 부과처분은 부과제척기간이 경과하여 위법하다.

5) 원고는 거래상대방인 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯의 부가가치세액 탈루에 대한 인식가능성이 없었으므로 이 사건 부가가치세 부과처분에는 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제1항에 따라 과소신고가산세율 100분의 10이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 과소신고가산세율 100분의 10을 초과한 과소신고가산세 부분은 위법하다.

다. 소득금액변동통지 관련

1) 이 사건 사용료, 고문료는 원고가 □□□, ◯◯◯과 체결한 계약에 따라 □□□, ◯◯◯으로부터 상표권, 고문을 제공받고 그 대가로 지급한 것이므로 가공비용에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 사용료, 고문료를 가공비용으로 보아 □□□, ◯◯◯의 기타소득으로 처리한 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

2) 이 사건 소득금액변동통지 중 ◯◯◯에 대한 부분은 원고가 피고로부터 소득금액변동통지를 받기 이전인 2014. 6.경 원천납세의무자인 ◯◯◯이 사망하여 원고의 원천징수의무가 성립될 수 없으므로 위법하다.

3) 이 사건 사용료, 고문료에 관하여 □□□, ◯◯◯이 이 사건 소득금액변동통지의 과세표준에 산입된 소득에 관하여 소득세를 납부하였으므로 원고의 원천징수의무는 소멸하였다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지는 이중과세에 해당하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 이 사건 사용료, 용역비, 고문료가 가공비용인지 여부에 관한 판단

앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 실질적으로 원고, ◊◊◊홀딩스를 비롯한 계열사를 지배하던 ◯◯◯의 지시에 따라 계약서 작성, 상표 사용, 자문을 위한 보고서 등의 형식을 빌려 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯에게 지급된 것이므로 가공비용에 해당한다고 봄이 상당하다.

1) 2012. 5.경부터 2014. 5.경까지 원고의 대표이사였던 EEE는 2014. 5. 3. ▣▣지방국세청에서 조사받을 당시 이 사건 사용료는 원고의 사업목적과 연관성이 크지 않고, 지급되는 이유가 불분명하지만 관행적으로 지급해 오던 것이라 지급할 수밖에 없었으며 적정한지 여부에 대해 생각한 적이 없었고, □□□로부터 컨설팅을 받은 사실은 없다는 취지로 진술하였고, 원고의 대표이사였던 이◈◈도 2014. 5. 3. ▣▣지방국세청에서 조사받을 당시 이 사건 사용료가 원고의 사업목적에 도움이 되지 않고 부적정하게 지급되고 있었지만 관행적으로 지급해오던 것이고, 원고의 지주회사인 ◊◊◊홀딩스의 AAA 사장의 지시가 강하여 ◯◯◯ 회장의 뜻으로 알면서 이 사건 사용계약을 하고 그에 대한 사용료를 □□□에게 지급하였으며, AAA 사장은 원고의 영업에는 관여하지 않고 상표권 사용료나 고문수수료 같은 돈을 가지고 가는 것에 대해서만 이▵▵ 전무에게 전화로 지시하였다는 취지로 진술하였다.

2) ◊◊◊홀딩스는 이 사건 용역계약을 체결한 후 원고가 자문을 의뢰하지 않는 경우에도 월 2~3회 자문보고서를 작성하여 보냈는데, 그 내용은 대부분 법인 운영에 관한 일반자문(관련 법령의 변경, 주식회사의 운영 등), 근로관계에 관한 계약, 새로운 법령, 판례의 해석, 휴가 또는 대체공휴일의 보장, 퇴직금 등의 산정에 관한 것이다.

3) EEE는 2014. 5. 3. ▣▣지방국세청 조사 당시 “이 사건 고문료는 기존에 관행적으로 지급했던 비용으로 지출결의서가 올라오면 결재만 하였고, 경영자문을 받은 사실은 없고, 1년에 2, 3번 ◯◯◯에서 ▣▣▣▣▣▣에서 만날 때마다 기술 쪽 아이디어는 한두 가지 들었으나 이를 가지고 ◯◯◯으로부터 자문을 받았다고 보기는 어렵다”는 취지로 진술하였고, 이◈◈도 2014. 5. 3. ▣▣지방국세청 조사 당시 이 사건 고문계약을 체결하게 된 경위에 관하여 “◊◊◊홀딩스의 AAA 사장이 이▵▵ 전무에게 ◯◯◯ 회장의 생활비 명목으로 월 000만 원 정도는 지불되어야 한다고 전화를 해 그 후 이사회 회의를 통해 명목상 자문을 받는 것으로 해서 결정을 하였는데, AAA 사장의 지시로 고문료를 결정하였고, 1년에 10번 정도 구두로 한두 마디 정도로 간단하게 ◯◯◯에서 자문을 받았다”는 취지로 진술하였다.

4) 관련 형사사건에서 이 사건 상표가 원고의 주력 사업인 도료 제조가공·판매업 영위에 특별한 의미가 있는 상표가 아니고, □□□가 이 사건 상표에 대한 광고를 하거나 그 상호를 이용하여 종래 사업을 영위하는 등으로 그 브랜드 가치 형성에 기여한 바가 없었으며, 단지 원고에 대한 지배력을 이용하여 원고의 자금을 개인적으로 인출할 목적으로 자신의 측근인 BBB을 통해 원고의 임원들과 이 사건 사용계약을 체결하도록 한 후 이 사건 사용료를 지급받았다는 취지의 유죄판결이 있었고, 이 사건에서 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어려운 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다.

5) ① ◯◯◯◯ 신도들이 ◯◯◯◯이라는 상호로 도료 제조가공·판매업을 영위했을 때는 상표권 사용료를 지급한 사실이 없었던 점, ② 동일한 사업을 하기 위해 ◯◯◯◯ 신도들에 의해 설립된 원고가 상표권 사용계약을 체결하여 사용료를 지급할 만한 특별한 사정이 없었음에도, 원고가 1997. 6. 1. 법인 설립 당시 이미 사용하고 있던 이 사건 상표에 대해 그 설립 이후 □□□가 상표권출원등록을 하고 이 사건 사용계약을 체결한 점, ③ 원고의 임원들은 이 사건 상표가 원고의 영업수익에 어떠한 영향을 미치고 있는지, 사용료로 지급되는 금액이 적정한지에 대한 평가를 전혀 하지 아니한 채 ◯◯◯ 일가의 지시에 의해 관행적으로 지급해야 하는 돈으로 생각하고 이를 지급해온 점, ④ 이 사건 사용계약은 □□□의 측근으로서 ◁◁◁◁과는 무관한 ◊◊◊홀딩스의 감사에 불과한 BBB이 주도하여 원고와 사이에 체결된 점, ⑤ □□□가 이 사건 상표에 대한 출원등록을 신청한 시기와 원고의 상호가 변경된 시기가 근접하여 이 사건 상표에 큰 가치가 있는 것으로 보이지 아니함에도 원고는 이 사건 사용료로 매출액의 연 0.0%~0.0%에 해당하는 거액을 적정한 평가의 자료 없이 지급해 온 점, ⑥ 원고의 대표이사였던 이성환은 이 사건 사용계약은 원고를 설립하는 과정에서 ◯◯◯◯의 고창환 사장으로부터 경영상, 영업상 도움을 받았는데 그런 차원에서 ◁◁◁◁ □□□ 사장으로부터 도움을 받기 위해 이루어진 것으로 상표권 사용료를 지급하기로 한 것이라고 보기는 어렵고, ◁◁◁◁에 대한 컨설팅 비용이라고 생각하였으나 ◁◁◁◁으로부터 직접적으로 컨설팅을 받은 사실은 없다고 진술한 점 등에 의하면, □□□는 원고의 자금을 개인적으로 인출하기 위한 목적으로 기존에 존재하던 이 사건 상표권에 대한 출원등록을 하고 그 사용료 명목으로 이를 지급받은 것으로 실제 용역 공급행위가 존재한다고 보기 어렵다.

6) ① ◊◊◊홀딩스는 2008년경 원고의 주식 000,000주를 양수한 이래 현재까지 원고의 제1대주주인 점, ② 이 사건 용역계약서에는 원고가 ◊◊◊홀딩스에 의뢰하는 중장기 사업전략 및 확대에 관한 사항, 인적자원관리 및 전략 수립에 관한 사항, 마케팅 전략 및 정책개발에 관한 사항, 국내·외 투자 및 관리에 관한 사항, 기타 경영효율 제고를 위한 각종 사항 등에 관하여 자문을 제공받는 대가로 ◊◊◊홀딩스에 용역비를 지급한다는 내용이 기재되어 있으나, 관련 형사사건에서 ◊◊◊홀딩스가 컨설팅에 필요한 전문적인 인력을 갖추지 못하고 있어 원고의 경영개선 방안을 조언해주는 등 실질적인 컨설팅을 할 능력이 없었다는 취지로 판단한 점, ③ ◊◊◊홀딩스가 원고에게 보낸 자문보고서의 대부분은 원고의 의뢰에 의하여 이루어진 것이 아니고, 그 내용도 이 사건 자문계약의 의뢰사항과는 관련이 없는 법인 운영에 관한 일반적인 내용으로 형식적으로 작성된 것으로 보이는 점, ④ 관련 형사사건에서 원고의 대표이사였던 이◈◈ 및 이▵▵은 ◊◊◊홀딩스의 대표이사 AAA, 감사 CCC으로부터 ◊◊◊홀딩스에 경영자문료 명목으로 매달 일정액을 송금하여 ◊◊◊홀딩스의 운영비를 지원해 달라는 요청을 받고, ◯◯◯ 일가를 지원할 목적으로 그 임무에 위배하여 자문료 명목으로 돈을 송금함으로써 ◊◊◊홀딩스에 재산상 이익을 취득하게 하고, 원고에게 같은 금액 상당의 재산상 손해를 가하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받아 그 판결이 그대로 확정된 점, ⑤ ◊◊◊홀딩스의 대표이사인 AAA는 2015. 1. 29. △△지방법원 2014고합000호 사건에서 ▣▣그룹 지주회사인 ◊◊◊홀딩스의 대표이사로서 ◯◯◯, □□□, DDD과 공모하여 피해회사인 원고에 대하여 ◊◊◊홀딩스에 경영자문료 명목으로 매달 일정액을 송금하여 ◊◊◊홀딩스의 운영비를 지원해 달라고 요청하여 이 사건 자문계약을 체결하고 용역비를 지급받음으로써 그 임무에 위배하여 ◊◊◊홀딩스에 재산상 이익을 취득하게 하고 원고에게 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받았고, 항소심인 ▣▣고등법원 2015노000호 사건에서도 2015. 7. 3. 위 범죄사실에 대한 유죄 판단은 그대로 유지하되 양형만을 감경하는 취지의 판결이 선고되어, 위 판결이 그대로 확정된 점, ⑥ 한편 위 항소심 법원은 ‘이 사건 각 범행은 ◯◯◯, □□□, DDD, 유섬나 등 ◯◯◯ 일가와 AAA 등이 공모하여 고문료, 경영자문료, 상표권사용료, 디자인컨설팅비 등의 명목으로 그들이 사실상 지배하는 계열사들의 자금을 ◯◯◯ 일가에 조직적·계획적으로 유출한 것이다’라는 취지로 판시한 점을 종합하면, 원고가 ◊◊◊홀딩스로부터 이 사건 자문계약에 부합하는 실제 용역을 공급받았다고 보기 어렵다

7) ① 관련 형사사건에서 원고의 대표이사였던 이◈◈ 및 이▵▵은 ◯◯◯이 원고의 경영과 관련하여 상시적이고 특별한 자문을 해주지 않을 것임을 알면서도 ◯◯◯에게 원고의 자금을 지원하기 위해 고문료 명목으로 원고의 자금을 송금하여 원고의 이익과 무관한 용도로 횡령하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받아 확정된 점, ② AAA는 2015. 1. 29. △△지방법원 2014고합000호 사건에서 AAA와 ◯◯◯은 계열사들로부터 매달 일정한 금액을 받아 ◯◯◯이 개인적으로 사용하기로 하고 원고에게 회사 원로인 ◯◯◯ 회장에게 고문료 명목으로 돈을 좀 챙겨드리자는 제안을 하고, ◯◯◯에게 원고의 자금을 지원하기 위해 이 사건 고문계약을 체결하고, 고문료를 송금받아 원고 소유의 돈을 횡령하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받아 그 판결이 그대로 확정된 점, ③ ◯◯◯이 이 사건 고문계약에 따른 자문을 제공하였음을 인정할 만한 객관적인 자료가 전혀 없고, 원고 회사의 임원들이 ◯◯◯◯ 예배 등 활동이 이루어지는 ◯◯ ◯◯시 소재의 ◯◯◯에서 ◯◯◯과 몇 마디를 나눈 정도로는 이 사건 고문계약에 따른 실질적인 고문활동이 이루어진 것으로 볼 수 없는 점, ④ 원고는 ◯◯◯이 실질적 으로 지배하는 ▣▣그룹의 계열사인 점을 종합하면, 원고는 ◯◯◯으로부터 이 사건 고문계약에 부합하는 실제 용역을 공급받았다고 보기 어렵다.

나. 이 사건 사용계약의 목적이 되는 상표권의 정당한 권리자가 □□□가 아니거나 이 사건 용역계약이 강요에 의해 체결되었다고 하더라도 법인세법 제19조에서 규정한 손금에 해당하는지 여부에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 사용계약 및 용역계약에 따른 실제 공급행위가 있다고 보기 어려우므로 실제 공급행위가 있었음을 전제로 한 원고의 위 주장도 이유 없다.

다. 소결

따라서 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 가공비용으로서 법인세법 제19조에서 정한 손금에 해당하지 아니하므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 이 사건 사용료, 용역비, 고문료가 가공비용에 해당하는지 여부에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 가공비용에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 사용료, 용역비, 고문료가 가공비용이 아니라는 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 용역계약이 강요에 의해 체결된 것이라 하더라도 이 사건 용역비에 대한 부가가치세액이 부가가치세법 제38조에 의하여 매출세액에서 공제하는 매입세액에 포함되어야 하는지 여부에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 용역계약에 따른 실제 공급행위가 있다고 보기 어려우므로 실제 공급행위가 있었음을 전제로 한 원고의 위 주장도 이유 없다.

다. 이 사건 부가가치세 부과처분이 이중과세에 해당하는지 여부에 관한 판단

부가가치세법 제39조 제1항 제1호, 제2호는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액과 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않다고 규정하고 있는바, 위 조항 각 호의 경우에 매입세액의 공제를 허용하지 않는 것은 가산세 부과 등 가벼운 제재만으로는 입법취지를 달성하기 어려우므로 보다 강력한 제재를 가하겠다는 것으로서 위 입법목적의 달성을 위하여 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 경우 그 제재방법으로서 해당 거래의 매입세액 공제를 허용하지 않는 것이므로 실질과세의 원칙과 직접적인 관련이 없다고 봄이 상당하다(헌법재판소 2002. 8. 29. 선고 2000헌바50, 2002헌바56 전원재판부 결정 참조).

따라서 원고가 위 조항에 따라 매입세액 공제를 받을 수 없게 되는 반면 원고의 거래 상대방인 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯이 매출부가가치세를 신고·납부하였다고 하더라도 원고에 대한 부가가치세 부과처분이 이중과세에 해당하는 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2006년 제1기~2008년 제2기까지 부분의 제척기간이 경과하였는지 여부에 관한 판단

납세자가 ‘사실과 다른 세금계산서’를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 사람이 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두42001 판결 참조).

앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 이 사건 사용료, 용역비, 고문료는 실질적으로 원고, ◊◊◊홀딩스를 비롯한 계열사를 지배하던 ◯◯◯의 지시에 따라 계약서 작성, 상표 사용, 자문을 위한 보고서 등의 형식을 빌려 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯에게 지급된 것으로서 원고는 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯이 이 사건 사용료, 용역비, 고문료에 대한 매출부가가치세는 신고·납부할 것으로 예상하였던 것으로 보이는 점, □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯은 실제로 이 사건 사용료, 용역비, 고문료에 대한 매출부가가치세를 신고·납부하였고 이에 대한 부가가치세액을 환급받기 위한 경정청구를 하지 않은 점을 종합하여 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 사실과 다른 세금계산서를 발급한 □□□, ◊◊◊홀딩스, ◯◯◯이 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵다.

따라서 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여는 5년의 부과제척기간이 적용되고, 그 기산일은 부가가치세를 부과할 수 있는 날이라고 할 것인데, 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 “사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있으므로 2006년 제1기부터 2008년 제2기까지 기간에 관한 부가가치세에 관한 부과제척기간의 기산일은 2006. 7. 26., 2007. 1. 26., 2007. 7. 26., 2008. 1. 26., 2008. 7. 26., 2009. 1. 26.이 되고, 이 사건 부가가치세 부과처분일인 2014. 7. 1.은 위 각 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백하므로, 이 사건 부가가치세 부가처분 중 2006년 제1기부터 2008년 제2기까지 기간에 관한 부분은 부과제척기간이 경과하였다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.

마. 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기~2013년 제2기까지 부분에 대하여 과소신고가산세율이 100분의 10이 적용되어야 하는지 여부에 관한 판단

구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호는 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나

환급세액을 초과신고한 경우 과소신고분 납부세액과 초과신고분 환급세액을 합한 금액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있고, 제2항 제2호는 제1항에도 불구하고 부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우 부정행위로 인한 과소신고분 납부세액과 부정행위로 인한 초과신고분 환급세액을 합한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다.

한편 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의부정한 행위’를 부정행위로 규정하고 있는데, 위 조항의 위임에 따라 구 국세기본법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항은 “법 제26조의2 제1항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다”고 규정하고 있고, 조세범 처벌법 제3조 제6항은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 하나로 제2호에서 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취‘를, 제7호에서 ’그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위‘를 규정하고 있다.

납세자가 ‘사실과 다른 세금계산서’를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호가 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고한 경우’에 해당하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 사람이 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 참조).

앞서 본 바와 같이 원고는 사실과 다른 세금계산서를 발급한 □□□, ◊◊◊홀

딩스, ◯◯◯이 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어려우므로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 부과제척기간이 경과하지 아니한 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세에 대하여는 구 국세기본법 제47조의3 제1항에 따라 과소신고분 납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 하여야 할 것이다.

그런데 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분은 별지 3의 표 기재와 같이 과소신고분 납부세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 하였는바, 100분의 10에 상당하는 정당한 가산세를 초과한 금액은 별지 3의 표 중 초과액란 기재와 같고, 위 초과액을 공제한 정당한 부가가치세는 별지 3의 표 중 정당한 부가가치세란 기재와 같으므로, 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분 중 정당한 부가가치세액을 초과한 부분은 위법하다.

바. 소결

따라서 2006년 제1기, 2006년 제2기, 2007년 제1기, 2007년 제2기, 2008년 제1기, 2008년 제2기에 대한 부가가치세 부과처분과 별지 1의 제2항 기재 2009년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2009년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2010년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2010년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2011년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2011년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2012년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2012년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2013년 제1기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분, 2013년 제2기 부가가치세 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

6. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부에 관한 판단

가. 이 사건 사용료, 고문료가 가공비용에 해당하는지 여부에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 사용료, 고문료는 가공비용에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 사용료, 고문료가 가공비용이 아니라는 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 소득금액변동통지 중 ◯◯◯에 대한 부분은 원고가 피고로부터 소득금액변동통지를 받기 전인 2014. 6.경 원천납세의무자인 ◯◯◯이 사망하여 원고의 원천징수의무가 성립될 수 없는지 여부에 관한 판단

소득처분은 세무조정소득에 관하여 그 귀속자와 소득의 종류를 확정하는 세법상의 절차를 말하는데, 이러한 소득처분의 목적은 법인의 세무상 자본을 정확히 계산하고 사외유출된 경우 해당 금액이 실질적으로 누구에게 귀속되는지를 밝혀 법인에게 원천징수의무를 지우는 것이다. 한편 소득처분 대상이 되는 소득의 귀속자에의 실현 정도를 기준으로 소득처분을 유형화하여 보면, ① 법인이 귀속자에게 현실적으로 지급하였으나 정상적인 회계처리를 하지 아니함으로써 사외유출된 경우, ② 사외유출되어 임원에게 소득의 현실적 귀속이 분명하게 이루어지긴 하였지만 귀속 당시에 그 소득의 종류가 결정되어 있지는 아니한 경우, ③ 사외유출된 것은 분명하지만 귀속이 불분명하여 대표자에게 상여처분한 경우, ④ 소득처분의 대상이기는 하지만 부당행위계산 부인의 경우처럼 실제로는 소득귀속이 없음이 분명한 경우 등으로 나누어 볼 수 있다.

과세관청이 사외유출된 익금가산액이 임원 또는 사용인에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 그 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 해당 법인에 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것(소득세법 제135조 제4항, 제131조 제2항, 국세기본법 제21조 제2항 제1호)과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제3호 소정의 ‘법인세법에 따라 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고, 해당 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 해당 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로(소득세법 제39조 제1항, 같은 법 시행령 제49조 제1항 제3호) 소득의 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 해당 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결, 대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 등 참조).

소득세 납세의무의 성립은 그 확정 전에 이루어지는 것이 원칙이고, 일반적으로 조세채무는 과세요건을 충족하면 추상적으로 성립하며, 행정행위의 효과로 생기는 것이 아니므로 과세요건 사실이 충족되었다는 점을 납세의무자가 인식할 필요가 없고, 조세채무가 성립한 이상 그 효과가 변경되지 아니하므로 앞서 분류한 소득처분 중 사외유출 당시 이미 소득의 실현이 이루어진 것이 분명한 경우(특히 ①의 경우)에는 그때 곧바로 소득세 납세의무가 성립하였으므로 그 후의 사정은 소득세 납세의무에 영향을 미치지 아니한다고 보아야 한다. 나아가 일반적으로 원천납세의무자가 사망하더라도 그납세의무는 그대로 상속인에게 승계되므로 원천징수의무의 존부에 영향을 미치지 못하는바, 소득처분의 경우도 이와 마찬가지로 보아야 할 것이다.

위에서 본 바와 같은 소득처분의 성격, 소득처분에 따른 원천징수의무 및 원천납세의무의 성립시기 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 소득금액변동통지에 따른 ◯◯◯의 기타소득(이 사건 고문료로서 2011년에서 2013년분)에 대한 소득세 납부의무는 소득세법 제21조 제1항 제20호 및 같은 법 시행령 제50조 제1항 제2호, 국세기본법 제21조 제1항 제1호, 소득세법 제5조 제1항, 제2항에 따라 각각 ◯◯◯의 생전인 2012. 12. 31.과 2013. 12. 31. 및 ◯◯◯의 사망일(2014. 6. 12.로 추정) 무렵인 2014. 6.에 성립하였다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지일로서 원고의 원천징수의무 성립 및 확정 당시인 2014. 7. 1. 이미 원천납세의무자인 ◯◯◯의 소득세 납부의무가 성립되어 있었으므로 이 사건 소득금액변동통지 중 ◯◯◯에 대한 부분은 유효하게 성립한 원천납세의무자의 소득세 납부의무를 전제로 하는 것으로서 적법하고, 소득세 납부의무 성립 후 ◯◯◯이 사망하였더라도 원고의 원천징수의무가 소멸하는 것은 아니라고 할 것이다[한편 대법원 1987. 2. 24. 선고 85누775 판결, 대법원 1992. 3. 13. 선고 91누9527 판결, 대법원 1992. 7. 14. 선고 92누4048 판결은 사외유출 금액의 귀속이 불분명한 경우에 대표자의 상여로 의제되는 사안에 관한 것으로서 소득금액변동통지 이전에 고문료가 현실적으로 지급되어 ◯◯◯의 소득세 납세의무가 이미 성립한 이 사건과는 사안을 달리하므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다].

따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

다. □□□, ◯◯◯이 이 사건 소득금액변동통지의 과세표준에 산입된 소득에 관하여 소득세를 납부함으로써 원고의 원천징수의무가 소멸하였는지 여부 및 이 사건 소득금액변동통지가 이중과세에 해당하는지 여부에 관한 판단

원천징수의무자는 그 징수대상이 되는 납세의무자와의 거래에 있어서 소정의 세율에 따른 원천징수세액을 징수하여 국가에 납부할 의무를 부담하고 있으나, 원천납세의무자가 그 소득세를 이미 납부하였다면 납세의무는 성립하지 않거나 소멸되었다고 할 것이므로, 그 후에 원천납세의무자에 대한 납세의무의 존속을 전제로 원천징수의무자에게 원천소득세를 부과징수하는 것은 원천징수의무가 없는 사람에 대하여 세액을 징수하거나 이중으로 세액을 징수하는 것으로서 무효라고 할 것이다(대법원 1989. 3. 14. 선고 85누451 판결 등 참조).

앞서 든 증거들에 의하면, □□□는 이 사건 사용료 중 2006년~2012년 귀속분에 대한 종합소득세를 신고·납부하였고, ◯◯◯은 이 사건 고문료 중 2011년과 2012년 귀속분에 대한 종합소득세를 신고·납부한 사실이 인정되므로, 위 법리에 의하면 이 사건 소득금액변동통지 중 □□□의 2006년~2012년 귀속분 사용료에 대한 부분과 ◯◯◯의 2011년, 2012년 귀속분 고문료에 대한 부분은 원천징수의무가 없는 사람에 대한 것으로서 위법하다.

이에 대하여 피고는 과세관청이 □□□, ◯◯◯이 당초 신고한 수입금액에서 위 사용료 및 고문료에 관한 종합소득세를 부과하지 않는 것으로 감액경정결정을 하였으므로 해당 부분에 대한 과세가 존재하지 않게 되었으므로 이중과세의 문제가 발생할 여지가 없게 되었다고 주장하므로 살피건대, 을 제23호증의 기재에 의하면 과세관청이 □□□, ◯◯◯이 당초 신고한 수입금액에서 위 사용료 및 고문료에 관한 종합소득세를 부과하지 않는 것으로 내부적으로 감액경정결정을 한 사실은 인정되나, 이를 □□□, ◯◯◯에게 통지하지 아니하여 외부적으로 처분의 효력이 발생하지 아니하였을 뿐만 아니라 과세관청의 감액경정결정에 의하여 이미 소멸한 원고의 원천징수의무가 부활한다고 보기도 어려우므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

라. 소결

따라서 이 사건 소득금액변동통지 중 □□□의 2006년~2012년 기타소득에 대한 부분과 ◯◯◯의 2011년, 2012년 기타소득에 대한 부분은 취소되어야 한다.

7. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심판결의 원고 패소 부분 중 피고의 2006년 제1기~2008년 제2기 귀속 부가가치세 부과처분과 2009년 제1기~2013년 제2기 귀속 부가가치세 부과처분 중 별지 3의 표 기재 정당한 부가가치세액을 초과하는 부분 및 □□□의 2006년~2012년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 취소하고, 제1심판결의 피고 패소 부분 중 ◯◯◯의 2013년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고와 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.