서울고등법원-2020-누-55482 (2021.12.15)

사 건

서울고등법원2020누55482 법인세등부과처분취소

원고, 항소인

주식회사 동***

피고, 피항소인

**세무서장

제1심 판 결

변 론 종 결

2021. 9. 29.

판 결 선 고

2021. 12. 15.

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2015. 6. 5. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세에 관한 결손금 2,903,766,883

원의 감액경정처분 중 11,125,804,999원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소 및 피고의 항소를 모두 기각한다.

3. 소송 총비용 중 90%는 원고가, 10%는 피고가 각 부담한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

가. 원고는 제1심에 피고가 2015. 6. 5. 원고에게 한 별지1 목록 제1, 2항 기재 각

법인세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 각 정당세액을 초과하는 부분(가산세

포함), 별지1 목록 제3항 기재 2013 사업연도 법인세에 관한 결손금 12,903,766,883원

의 감액경정처분, 2014 사업연도 법인세에 관한 1,748,746,541원의 익금산입처분 모두

에 대하여 취소를 구하는 소를 제기하였고, 제1심은 그중 피고가 2015. 6. 5. 원고에게

한 2014 사업연도 법인세에 관한 1,748,746,541원의 익금산입처분 취소를 구하는 청구

부분을 각하하였으며, 피고가 2015. 6. 5. 원고에게 한 2011 사업연도 법인세

4,605,600,747원(가산세 포함)의 부과처분 중 103,317,558원(가산세 포함)을 초과하는

부분을 취소하고, 나머지 청구를 기각하는 판결을 하였다.

나. 이에 대하여 원고는 제1심판결의 원고 패소 부분 중 위 각하 부분에 대하여는

항소하지 아니한 채, 청구기각 부분(별지2 목록으로 특정하였다)에 대하여만 항소하였

고, 피고는 피고 패소 부분에 대하여 항소하였다. 이에 따라 원고의 피고에 대한 청구

전부가 항소심으로 이심은 되었지만, 이 법원의 심판대상은 위 각하 부분을 제외한 피

고가 2015. 6. 5. 원고에게 한 별지1 목록 제1, 2항 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 각 정당세액을 초과하는 부분(가산세 포함), 별지1 목록 제3항

기재 2013 사업연도 법인세에 관한 결손금 12,903,766,883원의 감액경정처분에 대한

취소를 구하는 부분으로 한정된다.

2. 처분의 경위 및 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 2 내지 8쪽에 기재된 ‘1. 처분

의 경위’ 항목, 10쪽 5, 6행에 기재된 ‘가. 관계 법령’ 항목([별지2] ‘관계 법령’ 포함)의

각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를

그대로 인용한다.

3. 쟁점에 관한 주장 및 판단

가. 쟁점에 관한 주장 및 판단

1) 원고의 주장(제1심과 같은 취지)

원고는 **주택의 **캐피탈에 대한 채무를 보증하거나 **캐피탈과 보증계약을

체결한 적이 없고, 원고가 양도받은 약 195억 원의 채권은 **주택과의 약정에 따라

취득한 채권일 뿐이며 채무보증으로 인한 구상채권이 아니므로, 이를 손금에 산입하여

야 한다.

2) 관련 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조

의2 제2항 제1호는 ‘채무보증으로 인하여 발생한 구상채권’은 대손금의 손금불산입 규

정이 적용되지 않아 손금산입할 수 없다는 취지로 규정하고 있다. 이는 기업의 채무보

증에 의한 과다한 차입을 억제함으로써 기업의 재무구조 건실화를 유도하고 구조조정

을 촉진하여 기업의 경쟁력을 강화하기 위한 취지로, 원칙적으로 채무보증으로 발생한 구상채권의 대손금을 손금불산입하도록 한 규정으로 보인다.2)

3) 판단

제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하

여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하면, 원고는 **주

택의 **캐피탈에 대한 채무를 보증하였고, 원고가 채무보증에 따라 **캐피탈에 대

한 지급으로 **주택에 대하여 발생한 채권은 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권

에 해당한다고 봄이 타당하여, 쟁점 금액 상당의 미회수채권은 구 법인세법 제19조

의2 제2항 제1호에 따라 손금산입할 수 없다. 이에 반하는 원고의 위 주장을 받아들이

지 아니한다.

가) 원고는 2006. 11. 1. **주택과 ** **지구 공동사업약정을 체결하면서 **주택의 자금조달 업무를 맡았고, 그를 위하여 필요하면 채무를 연대보증하기로 약정

하였으며, 이를 통하여 공동사업약정이 완전히 종료할 때까지 **주택의 채무를 보증

하겠다는 의사를 표시하였다고 보인다.

① 원고는 2006. 8. 22. **주택과 공사도급계약을 체결하면서 ‘**주택은 원

고와 협의하여 **주택의 책임으로 금융기관을 통하여 PF대출 방식으로 토지대금 및

사업비를 조달하고, 필요 시 원고는 연대보증하기로 한다’고 약정하였다. 원고는 2006.

11. 1. **주택과 공동사업약정을 체결하고, **주택에 사업경비를 대여하거나 금융

기관 대출채무에 대한 연대보증을 하여 사업자금을 조달하는 업무를 맡기로 하였다. ② 원고는 이에 따라 2007. 3. 27. **주택이 **** 주식회사로부터 위 아

파트 신축사업 관련 사업경비를 대출받는 약정(대출한도 600억 원)을 맺을 당시 그 PF

대출채무에 관한 연대보증을 하였다(을 제2호증의2).

③ **주택은 2008년경 **** 주식회사와의 대출약정을 해지하고 **캐피

탈로부터 원고의 어음배서 하에 만기를 2009. 3. 24.로 하여 단기차입을 하였는데

2018. 12. 31. 기준 단기차입금 잔액은 544억 원이다(을 제14호증의1, 17쪽).

④ 아파트 신축사업이 사실상 무산되자, 원고는 2009년경 **주택과 사이에

****지구 아파트 신축사업과 관련하여 채권양수도, 채무인수 등의 합의약정을 맺

었는데(갑 제5호증), 그 주요 내용은 ‘**주택은 31,204,400,000원의 매매대금반환채권

일체를 원고에게 양도하고, 그 양도의 조건으로 원고는 위 신축사업과 관련하여 **

주택이 발행하여 **캐피탈에 교부한 약속어음 채무(액면금 400억 원, 발행일 2009.

9. 24., 수취인 **캐피탈, 지급일 2009. 12. 24.)를 변제대상 채무로 하여 원고가 인

수하기로 한다’는 것이었다. **주택은 위 약정에 따라 2009년경 **캐피탈로부터

원고의 어음배서 하에 만기를 2010. 3. 24.로 하여 400억 원의 어음할인 단기차입을

하였는데, 2009. 12. 31. 기준 단기차입금 잔액은 482억 7,000만 원이다(을 제14호증의

2, 6, 17쪽).

나) **주택의 단기차입 등 자금조달 과정 및 원고의 약속어음 배서경위 등에 비

추어 보면, 원고는 2차례에 걸쳐 **주택이 **캐피탈 앞으로 발행한 약속어음에 배

서함으로써 **주택의 **캐피탈에 대한 채무보증의 의사를 밝힌 것으로 보인다.

① 원고는 **주택이 2008년경 **** 주식회사와의 대출약정을 해지하고

**캐피탈로부터 단기차입을 할 때 발행한 약속어음에 배서하였을 뿐만 아니라, **주택이 2009년경 **캐피탈로부터 단기차입을 할 때 발행한 약속어음에도 배서하였

다. 이는 원고가 앞서 본 것과 같이 공동사업약정이 완전히 종료할 때까지 **주택의

채무를 보증하겠다는 입장을 보인 것과 같은 맥락으로 보인다.

② 원고는 2009년경 **주택이 **캐피탈에 교부한 약속어음 채무를 인수하

기로 하였다. 이는 원고가 앞서 **주택의 채무를 보증하겠다는 의사를 밝히고, 2차례

에 걸쳐 약속어음에 배서한 것과 모두 같은 취지로서 원고가 **주택의 **캐피탈에

대한 채무를 책임지고 변제하겠다는 의사표시를 한 것으로 보인다.

③ 원고는 **주택의 **캐피탈에 대한 어음 및 대출채무 300억 원 상당을

변제하였다. **주택은 2008, 2009, 2010 사업연도에 **캐피탈에 대하여 부담한 채

무를 원고의 ‘지급보증’으로 인한 단기차입금으로 계상하였고, 이는 실제로도 원고의

지급으로 변제되었다.

④ **캐피탈은 **주택에 대한 채권자로서 **주택에 대한 추가 신용제공

을 요구하였던 것으로 보이고, 원고가 **주택이 발행한 약속어음에 배서한 것은 결

국 **캐피탈의 신용제공 요구를 수용하였기 때문으로 보인다.

다) 원고는 전자공시를 통하여 **주택이 **캐피탈을 수취인으로 하여 발행한

어음에 배서한 것이 ‘보증’이었음을 공개적으로 표시하였다.

① 원고의 2011. 1. 24.자 금융감독원 전자공시시스템 전자공시에는 “당사는 어

음배서를 통해 **주택의 발행어음을 보증하였으며, 만기(‘11. 1. 24.)가 도래함에 따

라 당사가 보증채무의 이행을 위하여 채무를 인수함”이라고 기재되어 있다.

② 원고는 위 공시를 통해 원고가 **주택이 **캐피탈에 발행한 약속어음에

배서한 것이 보증채무를 부담하겠다는 의사임을 대외적으로 밝혔다. 위 공시와 달리 원고가 보증채무를 부담할 의사가 없었고, 다른 약정에 따라 **주택에 대한 채권을

취득하였다고 보는 것은 원고의 의사에 부합하지 아니하는 것으로 보인다. 원고가 보

증채무의 이행에 따라 **주택에 대하여 구상채권을 취득하였다고 보는 것이 자연스

럽다.

라) 그 밖의 아래와 같은 사정에 의하여도 쟁점 금액 상당의 미회수채권은 원고

가 **주택의 **캐피탈에 대한 채무를 지급함에 따라 채무보증으로 인하여 발생한

구상채권에 해당한다고 보인다.

① 앞선 법리에서 본 구 법인세법 제19조의2 제2항 제1호의 취지, 즉 기업의

채무보증에 의한 과다한 차입을 억제함으로써 기업의 재무구조 건실화를 유도하려는

취지에 비추어 보면, 위 규정의 ’채무보증‘을 법인이 민사상 보증계약에 따른 채무보증

에 국한한다고 해석하기보다는, 법인이 보증의 의사로 채권자에게 담보를 제공하거나

채권자를 수취인으로 하는 약속어음에 배서를 하는 등으로 채권자에게 신용을 공여함

으로써 실질적으로 채무보증을 하게 된 경우까지도 포함하는 것으로 해석함이 합리적

으로 보인다. 원고는 대법원 2009. 10. 29. 선고 2009다44884 판결 등의 취지에 따라

이른바 ’숨은 어음보증‘으로는 민사상 보증계약이 성립하지 아니한다고 주장하나, 이

사건은 민사상 보증계약이 성립하는지가 쟁점이 아니라 **주택이 발행한 약속어음에

배서한 원고가 변제하여 취득한 약 195억 원의 채권이 구 법인세법 제19조의2 제2항

제1호의 ’채무보증으로 인하여 발생한 구상채권‘에 해당하는지가 쟁점이어서, 위 판결

등은 사안을 달리하여 이 사건에 적용할 수 없다고 할 것이어서 원고의 위 주장을 받

아들이기 어렵다.

② **캐피탈을 포함한 캐피탈 회사는 대출금채권을 조기에 회수할 수 있는 수단을 강구하고, 그 수단으로 약속어음을 수취하여 대출금채권의 지급에 대한 담보를

확보하는 관행을 가지고 있는 것으로 보인다. 앞서 본 바와 같이 원고에게 약속어음의

배서를 요구한 것은 **캐피탈로 보이고(원고나 **주택으로서는 종전 대출자인 **** 주식회사와 달리 **캐피탈에서 약속어음의 활용을 요구할 필요는 없었던 것

으로 보인다), 이는 거래계에서 보다 간명하게 보증계약을 체결하는 것과 같은 효과를

얻을 수 있기 때문으로 보인다. 이러한 거래계의 실정에 비추어 보면, **캐피탈이 **주택에 대한 대출금채권을 두텁게 보호받기 위하여, 즉 **주택의 채무에 대한 보

증을 위하여 원고에게 약속어음의 배서를 요구한 것으로 보인다.

③ **캐피탈의 채무자인 **주택은 2008, 2009, 2010 사업연도에 **캐피

탈에 대하여 부담한 채무를 원고의 ’지급보증‘으로 인한 단기차입금으로 계상하였고,

이런 사정은 위 각 사업연도 직후 작성된 감사보고서에 반영되었다(을 제14호증의1, 2,

3). 이런 사정은 **캐피탈의 주채무자인 **주택도 원고의 약속어음 배서 등의 행

위를 **주택의 단기차입금에 대한 ’채무보증‘으로 이해하였음을 뒷받침한다.

나. 쟁점3에 관한 주장 및 판단

1) 쟁점3-1 금액에 관한 주장과 판단

가) 제1심판결의 인용

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래 나)항과 같이 원고가 이 법원에서

강조하는 주장에 대하여 추가 판단을 더하는 것 외에는 제1심판결 16쪽 19행부터 17

쪽 3행까지 기재된 원고의 주장 부분(원고가 가압류로 … 손금산입되어야 한다.)과 17

쪽 10행부터 20쪽 13행까지 기재된 ‘(1) 쟁점-1 금액의 손금산입 가능 여부’ 항목 각

기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

나) 추가 판단

(1) 원고의 주장

원고가 **조합에 대한 전체채권액 약 494억 원 중 현금으로 회수한 약 383억

원을 공제한 나머지 채권 중 7,584,348,357원은 대위변제로 인한 구상채권에 해당하지

아니하고, 특히 그 중 상사법정이자 합계 6,753,599,999원은 손금불산입 대상에 해당하

지 아니하므로, 손금으로 산입되어야 한다.

(2) 상사법정이자 합계 6,753,599,999원이 손금산입 대상인지에 관한 판단

(가) 관련 법리

앞서 본 법리와 같이 기업의 채무보증에 의한 과다한 차입을 억제함으로써 기업

의 재무구조 건실화를 유도하고 구조조정을 촉진하여 기업의 경쟁력을 강화하기 위하

여, 구 법인세법 제19조의2 제2항은 ‘채무보증으로 인하여 발생한 구상채권’(제1호)을

손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

한편 변제할 정당한 이익이 있는 보증인이 채무를 대위변제한 경우 보증인은 채

무자에 대하여 구상채권을 취득하고, 그 구상채권은 면책된 날 이후의 법정이자 및 피

할 수 없는 비용 기타 손해배상금을 포함한다(민법 제441조, 제425조 제2항). 구 법인

세법 제19조의2 제2항 제1호에서 규정한 ‘채무보증으로 인하여 발생한 구상채권’도 보

증채무 일반에 관한 기본법리에 따라 면책된 날 이후의 법정이자를 포함한다고 봄이

합리적이다.

(나) 구체적 판단

위 법리에 제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체 의 취지에 의하여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 비추어 보

면, 원고가 **조합을 대위하여 원금 282억 원을 변제한 시점인 2009. 5. 31.부터 원

고가 **조합으로부터 현금 약 383억 원을 지급받아 원금 282억 원에 충당한 시점인

2013. 7. 30.까지 발생한 원금 282억 원에 대한 상사법정이자 합계 6,753,599,999원은

‘채무보증으로 인하여 발생한 구상채권’에 해당한다고 판단된다. 이에 반하는 원고의

위 주장은 이유 없다.

① 원고는 2009. 5.경 **조합을 대위하여 282억 원을 변제하였고, **조합으

로부터 2013. 4. 19. 180억원, 2013. 7. 30. 203억 8,000만 원을 지급받았다. 원고는 상

인으로 상법의 상사법정이율인 연 6%의 이율을 적용한다. 이를 근거로 산출한 상사법

정이자는 합계 6,753,599,999원[= 6,582,575,342원(= 2,820,000,0000×1,420÷365×0.06)

+ 171,024,657원(= 1,020,000,0000×102÷365×0.06)]임이 계산상 명백하다.

② 원고는 **조합이 PF대출금을 상환하지 못하자 2009. 5.경 이를 대위하여

변제하면서 시공사로서 **조합과 사업을 계속하고자 하였으나 뜻대로 되지 아니하였

고, **건설이 2012. 12.경 새롭게 시공사로 선정되자, **조합과의 사업에서 철수하

려고 하였다. 원고는 이런 과정에서 발생한 **조합에 대한 구상채권의 원금은 물론

그 법정이자까지도 **조합에 청구할 수 있었다고 봄이 합리적이고, 이와 달리 구상

채권에서 법정이자를 배제할 별다른 이유를 찾기 어렵다.

③ 이에 대하여 원고는 실제로 대위변제한 금액인 구상채권 원금만을 손금불산

입 대상으로 처리하여야 한다고 주장한다. 그러나 이는 앞서 본 구상채권에 관한 기본

법리에 반할 뿐만 아니라, 기업의 채무보증에 의한 과다한 차입을 억제함으로써 기업

의 재무구조 건실화를 유도하고 구조조정을 촉진하여 기업의 경쟁력을 강화하기 위하여 ‘채무보증으로 인하여 발생한 구상채권’을 손금에 산입하지 아니하도록 규정한 구

법인세법 제19조의2 제2항 제1호의 입법취지에도 반한다.

(3) 상사법정이자를 공제한 나머지 830,748,358원이 손금산입 대상인지에 관한 판단

(가) 법인세법 기본통칙

법인세법 기본통칙3) 19의2-19의2…5(약정에 의한 채권포기액의 대손처리)에 의

하면, 약정에 의하여 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우에도 이를 대손금으로 보

지 아니하며 기부금 또는 접대비로 보되, 다만 특수관계자 외의 자와의 거래에서 발생

한 채권으로서 채무자의 부도발생 등으로 장래에 회수가 불확실한 어음·수표상의 채권

등을 조기에 회수하기 위하여 당해 채권의 일부를 불가피하게 포기한 경우 동 채권의

일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 있는 때에는 동 채권포기

액을 손금에 산입한다고 규정하고 있다.

(나) 구체적 판단

위 기본통칙에 제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론

전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 비추어

보면, 원고가 손금으로 산입한 7,584,348,357원 중 상사법정이자 합계 6,753,599,999원

을 공제한 나머지 830,748,358원은 원고가 정당한 사유 없이 임의포기한 채권액으로

보여, 법정한도액을 초과한 접대비에 해당하므로, 손금으로 산입할 수 없다고 판단된

다. 이에 반하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 원고가 **조합에 대하여 보유하던 830,748,358원의 채권은 원고가 **조합에 대여한 사업비 대여금채권에 대한 미수이자 9,052,816,179원의 일부에 해당하는 것이었다. 원고는 2013. 4.경 **조합으로부터 약 383억 원을 지급받고, 모든 채무를

정산하기로 합의하였으며, 이에 따라 2013. 7. 30. 약 383억 원의 잔금을 모두 지급받

고 위 830,748,358원의 채권을 임의포기하였다.

② 원고는 **조합 및 연대보증인 조합원의 토지 등 재산에 가압류를 하여 담

보를 확보한 상태였고, 원고에 이어 2012. 12.경 **건설로 시공사가 교체된 후에도

**건설이 시공하는 아파트의 분양률이 상당히 높았다. 원고가 최종적으로 **조합

에 대한 구상권 행사 등의 법적 조치를 취하였다면, 원고로서는 채권회수에 별다른 어

려움이 없었을 것으로 보인다(장기간의 공사중단, 조합원들의 소송제기, 금융비용 증가

등으로 사업철수를 하기로 하는 결정이 정당하였다고 하더라도 그때까지 발생한 채권

채무의 정산문제는 별개였고, **건설이 2012. 12. 21.경 시공사로 새로 선정되어 이

후 분양도 순조롭게 정상적으로 마친 사정에 비추어, 원고가 사업을 계속 추진하기에

객관적으로 상당히 곤란한 사정이 있었다거나 채권회수의 불확실성으로 일부 채권의

포기 등을 통해 채권을 조기회수해야 할 사유가 객관적으로 명백한 사정이 있었다고

평가하기 어렵다).

③ 원고가 가압류 외에 채권회수를 위한 합당한 법적 조치를 취하기 위한 상당

한 노력을 시도하였다거나 채권을 일부 포기할 수밖에 없는 불가피한 정당한 사유가

있었다고 보기 어렵다.

④ 접대비라 함은 접대비 및 교제비, 기밀비, 사례금 기타 명목 여하에 불구하

고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인의 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 쟁

점-1의 나머지 금액 830,748,358원은 원고가 임의로 포기한 채권액에 해당하고 이는

원고가 **조합의 새로운 조합장인 ***과 합의약정을 맺는 과정에서 현금지급 약속 및 원고의 건축설계용역계약금액 약 1억 9,000만 원 채무를 **조합이 승계하는

것 등에 대한 일종의 사례금 명목의 성격을 갖는 것이거나 **조합 또는 그 배후에서

자금을 조달할 예정인 새 시공사 **건설에 대한 접대성 경비의 성격을 갖는 것으로

실질적으로 법정한도액을 초과한 접대비에 해당한다고 볼 여지가 충분하다(접대비가

아니라고 한다면, 적어도 위 금액은 비지정기부금에 해당하여 손금산입에서 제외되어

야 함은 마찬가지이다).

2) 쟁점3-2 금액에 관한 주장과 판단

가) 원고의 주장

원고가 기술개발비로 지출한 1,777,961,884원은 **조합으로부터 채권회수를 포

기한 금액이 아니라, 원고가 사업에 관하여 실제 지출한 비용이고, 설령 채권회수를 포

기하였다고 하더라도 정당한 사유가 있어 손금으로 산입되어야 한다.

나) 관련 법리

종전 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은

내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 그 각 호의 금액을 초과하는 금액은 당

해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 정하고, 제5

항은 “접대비라 함은 접대비 및 교제비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사

한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다”고 정하고 있다.

이들 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용

가운데 상대방이 사업에 관련 있는 사람들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하

여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는

데 있는 것이라면 그 비용은 접대비라고 할 것이지만, 법인이 수익과 직접 관련하여 지출한 비용은 섣불리 이를 접대비로 단정하여서는 아니된다(대법원 2012. 9. 27. 선고

2010두14329 판결 참조).

판례가 수익관련성이 있으면 접대비가 아니라고 보는 근본적인 이유는 당해 비용

의 지출이 수익의 창출에 기여할 경우 그 수익이 전액 익금산입될 것이므로 그에 대응

하는 당해 비용도 전액 손금산입해 주는 것이 수익비용대응의 원칙에 부합하기 때문으

로 보인다.

한편 법인세법 시행령 제19조 제1호의2에 규정된 ‘판매한 상품 또는 제품의 보관

료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용’인 판매부대비

용은 접대비와 달리 전액 손금으로 인정된다.4)

다) 구체적 판단

제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의

하여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 위 법리에 비추어 보면,

원고가 기술개발비로 계상한 1,777,961,884원은 법인의 수익과 직접 관련하여 지출한

비용으로 보여 사업에 관하여 지출한 것으로 보여, 손금으로 산입하여야 한다고 판단

된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 원고는 2005. 4.경부터 2013. 9.경까지 위 1,777,961,884원을 선급공사원가

(先給工事原價)로 지출하였다(갑 제16호증). 원고는 2005. 4.경 **조합과의 공사수주

를 위한 활동 때부터 정식으로 공사를 시작하려다가 철수한 2013. 9.경까지 현장사무

소 운영, 식대, 유류대 등 명목의 지출을 하였는데, 이는 정식으로 공사를 시작하기 전까지 원고가 직원들을 현장에 파견하여 업무를 수행하고, 일정 시점부터 현장에 사무

소를 설치하여 운영하는 데에 소요된 비용인 것으로 봄이 타당하다. 원고는 위

1,777,961,884원을 선급공사원가라는 자산계정에 분류하여 두었다(갑 제16호증, 을 제

15호증). 이는 **조합에 대한 사업과 관련 있는 지출에 해당하는 것으로 보인다.

② 원고는 공사수주에 실패함에 따라 위와 같이 선급공사원가 계정에 있던 위

1,777,961,884원을 비용계정인 기술개발비 계정으로 회계처리하였고, 세무신고 당시에

도 이를 기술개발비로 손금에 산입하였다. 원고는 필요적 전치절차인 조세심판원 심판

청구 단계에서도 위 1,777,961,884원이 판매관리비의 일종인 기술개발비에 해당한다고

주장하였을 뿐만 아니라, 제1심과 이 법원에서도 같은 취지의 주장을 유지하였다. 즉

원고는 피고의 주장과 같이 위 1,777,961,884원을 대손금으로 처리하거나 임의포기하

였다는 이유로 손금에 산입한 것이 아니라, 기술개발비에 해당한다는 이유로 이를 손

금에 산입한 것이다. 이처럼 원고가 위 1,777,961,884원을 기술개발비로 지출하였다고

하면서 손금으로 산입하여야 한다고 주장하고 있음에도 불구하고, 원고가 채권을 임의

로 포기하였다고 보아 임의포기한 채권액이 접대비에 해당하는지를 판단할 필요는 없

다.

③ 설령 원고가 **조합과 합의약정을 한 후 일부를 선급공사원가 충당하고

위 1,777,961,884원을 임의포기하였다고 보더라도, 이는 접대비에 해당한다고 보이지

아니한다. 원고는 2005. 4.경부터 2013. 9.경까지 접대의도로 가지고 위 1,777,961,884

원을 사용하였다고 보기 어렵고, 위 금원의 성격에 비추어 보면 친목 도모를 두텁게

하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하려는 것으로 보기 어려워 접대의 실질이 있었다

고 볼 수 없다. 원고가 **조합의 현장에 위 1,777,961,884원을 기술개발비로 지출한 것으로 회계처리하여 손금에 산입한 것이 **조합에 대한 특별취급으로 보이지는 아

니한다. 원고는 다른 재개발 또는 재건축사업의 현장에서도 필요에 따라 선급공사원가

를 지출하고, 수주에 실패할 경우 이를 기술개발비로 회계처리하였을 것으로 보인다.

④ 결국 원고가 지출한 기술개발비는 원고가 수주하려 시도한 건축공사 등의

사업행위에 소요되는 비용으로 봄이 타당하다. 이에 대하여 피고는 원고가 지출한 위

1,777,961,884원 중 일부가 술집이나 골프장의 비용으로 지출한 것이어서 사업행위에

정상적으로 소요되는 비용이 아니라는 취지로 주장하나, 피고가 주장하는 금액이 합계

약 400만 원에 불과하여 전체 1,777,961,884원의 극히 일부에 불과한 사정, 원고가 술

집이나 골프장에서 사용한 일부 금원을 수주활동에 지출한 것으로 볼 여지도 있는 점,

원고의 지출내역을 확인할 수 있는 금액 중 대부분은 정상적인 사업과정에서 발생되는

식대, 유류대 등의 지출로 보이는 사정 등을 감안하면, 피고의 위 주장을 받아들이기

어렵다.

다. 쟁점4에 관한 주장 및 판단

1) 쌍방의 주장

가) 원고의 주장

원고는 **건설이 자금난에 시달리는 상황에서 부득이하게 사업진행을 위하여 대

여금 이자 약 40억 원을 감면하였고, 정당한 사유 없이 임의로 이자채권을 포기한 것

이 아니어서 접대비에 해당하지 아니하므로, 이를 손금에 산입하여야 한다.

나) 피고의 주장

원고는 **건설에 대한 대여금 이자 약 40억 원을 무이자로 변경하여 정당한 사유

없이 임의로 채권을 포기하였고, 이는 접대비에 해당하므로, 손금에 산입하여서는 아니.된다.

2) 판단

제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하

여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 앞서 본 채권포기액의 대

손처리에 관한 법리(채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유

가 있는 때에는 그 포기 또는 면제액을 손금에 산입한다는 취지)에 비추어 보면, 원고

가 객관적으로 정당한 사유로 쟁점 금액 상당의 이자채권을 면제하여 준 것이라고

인정할 수 있어, 이를 손금에 산입할 수 있다고 판단된다. 이에 반하는 피고의 위 주장

을 받아들이지 아니한다.

① 원고는 2006. 12.경 **건설과 사업약정을 맺고 **시 **아파트 신축사업을 시작하였고, 2007. 11.경 대형 아파트(46, 56평형) 172세대를 신축

하는 사업계획승인을 받아 2007. 12.경 착공을 하였으나, 분양가가 급락하고 사업성이

악화되어 2008. 4.경 공사가 중단되었다. 그럼에도 원고는 2009. 4. 30. **건설과 아

파트 신축을 위한 공사도급계약을 체결하고 위 계약에 따라 2011. 5.까지 **건설에

사업비 약 537억 원을 이자 연 10%의 조건으로 대여하는 등 사업재개를 모색하였고,

2009. 12.경 중소형 아파트(33, 39평형) 233세대를 신축하는 사업계획 변경승인을 받아

2010. 1.경 재차 착공을 하였다. 그러나 여전히 분양이 잘 이뤄지지 아니하는 등 사업

성이 개선되지 아니하여 원고와 **건설은 2010. 7.경 공사를 재차 중단하고 사업매

각을 추진하였다. 원고는 그 과정에서 2011. 5.경 **건설과 그동안 발생한 위 대여금

에 대한 이자를 면제하기로 합의하였고, 원고는 위 대여금의 이자 4,024,518,783원을

2011 사업연도의 잡손실로, **건설은 이를 채무면제이익으로 각 회계처리하였다. 원고는 2011. 6.경부터 다시 공사를 재개하여 2013. 6.경 준공에 이르렀는데, 2013. 8. 기준으로 시행사인 **건설은 약 438억 원, 원고는 약 194억 원의 손실을 입었다(그 시점을 기준으로 미분양 세대가 20세대 있었으므로 손실액은 위 금액보다 다소 경감되었

을 수 있다).

② 원고가 2011. 5.경 **건설에 대한 대여금 이자를 면제하기로 한 의사결정

은, 더 큰 손실을 방지하기 위하여 일부 적자를 분담하고 사업을 계속 진행할 수밖에

없는 상황에서 재정악화로 인한 경영위기에 처한 **건설의 입장을 고려하여 이뤄진

것으로 보인다. 원고의 입장에서는 **건설의 누적된 경영악화로 사업이 실패로 돌아

갈 경우 자칫 원고의 대여금 채권 전액이 부실채권으로 회수불능으로 전락할 가능성을

감안하였던 것으로 보인다.

③ 원고는 장기화된 공사로 인하여 증가한 금융비용 등이 누적적으로 증가하는

상황에서 상당한 손실을 감수하더라도 보다 신속하게 사업을 계속 추진하는 것이 손실

을 최소화할 수 있는 방법이라는 경영판단 하에 부득이 **건설의 이자를 면제하고

**건설과 사업을 계속 진행한 것으로 보인다. 아파트 신축사업은 토지매입비용의 비

중이 크고, 사업기간이 길어지면 금융비용이 계속하여 증가하는 문제가 있다. 또한 이

사건 현장은 이미 수 백억 원의 손실이 예정되었기 때문에 더 이상 사업의 진행을 늦

추는 것이 큰 부담이 되었을 것으로 보이므로, 위 대여금의 이자를 면제해 줄 경제적

인 합리성이 있었다고 할 수 있다.

④ 원고는 **건설과는 달리 **주택에 대하여는 처음부터 무이자로 사업비

를 대여하는 등 다른 시행사에게는 금융이익을 제공하기도 하였다. 이에 비추어 보면,

사업의 계속적 진행을 위하여 대여금의 일부 이자를 면제하기로 한 행위를 객관적으로 정당한 사유가 없는 것으로 단정하기 어렵다.

라. 쟁점에 관한 주장 및 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 25쪽 19행부터 27쪽 16행까지

기재된 ‘4) 쟁점에 관한 판단’ 항목 기재와 같으므로(원고의 이 법원 주장도 제1심

주장과 크게 다르지 아니하다), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에

따라 이를 그대로 인용한다.

마. 쟁점6에 관한 주장 및 판단

1) 원고의 주장

원고는 설계용역비로 쟁점 금액을 지출하였고, 이는 원고가 다른 공사구역 낙찰

을 위한 원고의 수익과 관련하여 지출된 비용이므로 매입세액 공제가 인정되어야 한

다. 원고가 ‘들러리 입찰’에 참가할 목적으로 위 설계용역비를 지출하였다고 하더라도

매입세액에서 공제하여야 한다.

2) 관련 법리

현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만

과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매

입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매

입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있

다. 이러한 구조 하에서 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전

의 것, 이하 같다) 제17조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항5)에서

‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에

두고 있으며, 같은 조 제2항 제3호6)에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고

있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히

매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관

련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제3호에

의하여 매출세액에서 공제될 수 없고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과

경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴

개별적으로 판단하여야 한다.7)

대법원은 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’

이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는

지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출

의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야

할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외

되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수 없다고 판시하면서, 회사가 동종

업체들에게 지출한 담합사례금은 다른 사업자와 공동으로 부당하게 입찰에서의 자유로

운 경쟁을 제한하기 위하여 지출된 담합금에 해당하므로 그 지출 자체가 사회질서에

반하는 것으로서 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인

비용’이나 ‘수익과 직접 관련된 비용’에 해당한다고 볼 수 없어 이를 손금에 산입할 수없다고 보았다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 참조). 위 판결은 법인세

에 관한 것이기는 하나, 담합금이 ‘수익과 직접 관련된 비용’에 해당한다고 볼 수 없다

고 판단한 측면을 감안하면, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호의 ‘사업과 직접 관

련이 없는 지출에 대한 매입세액’에 해당하는지 여부에 관하여 참조할 수 있다고 보인

다.

3) 판단

제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하

여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 위 법리에 비추어 보면,

원고가 쟁점 금액을 설계용역비로 지출한 것은 사업의 수행에 필요한 것이었다고 보

기 어려워서 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출이었다고 봄이 타당하므로, 쟁점

금액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호가 규정한 불공제대상 매입세액에 해당한

다고 판단된다. 이에 반하는 원고의 주장을 받아들이지 아니한다.

① 원고는 2009년경 **강살리기 17공구 입찰에서 특정한 사업자가 낙찰을 받

을 수 있도록 속칭 ‘들러리 입찰’을 하면서 2010년경 설계용역비 39억 7,600만 원을

지출하였고, 그 중 쟁점 금액인 32억 9,940만 원의 매입세금계산서를 수취하여 매입

세액을 공제받고자 하였다. 피고는 법인세 산정에서 위 금액이 사회질서에 위반하여

지출된 비용으로 2010 사업연도의 소득금액에 손금으로 산입할 수 없다고 보았고, 원

고도 이를 인정하였다(앞서 관련 법리에서 본 대법원 판례에 따른 것으로 보인다). 공

정거래위원회는 2014년경 원고의 입찰담합 행위를 부당한 공동행위로 보아 과징금 약

27억 원을 부과하였다.

② 위에서 본 것과 같이 판례는 회사가 동종 업체들에게 지출한 담합사례금은 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘수익과 직접 관련된 비용’에 해당하지 아니한다고

보았는데, 원고가 위와 같이 입찰 담합행위에 따라 속칭 ‘들러리 입찰’을 하면서 지출

한 설계용역비 역시 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호의 ‘사업과 직접 관련이 없는

지출에 대한 매입세액’에 해당한다고 보인다. 원고가 ‘들러리 입찰’을 위하여 설계용역

비를 지출한 것은 건전한 사회질서를 위반하는 위법행위로서, 그 자체가 위법행위의

동기와 목적에서 비롯된 것으로서 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수 없다.

부가가치세법 체계에서 건전한 사회질서를 위반하는 위법행위를 위한 지출을 사업의

수행에 필요한 것이라고 해석하는 것은 위법행위를 통한 사업의 수행을 법이 용인하는

해석으로 받아들이기 어렵다.

③ 위 설계용역비는 원고가 입찰 담합행위에 따라 ‘들러리 입찰’을 한 17공구

설계에 대한 용역비에 해당할 뿐이고, 실제로 원고가 낙찰받은 다른 사업구역에 대한

설계비용이 아니며, 원고가 17공구에 ‘들러리 입찰’을 하여 다른 사업구역에서의 공사

를 낙찰받았다고 볼 증거도 부족하다. 설령 원고가 17공구 설계용역비를 지출하고 ‘들

러리 입찰’을 한 결과 간접적으로 다른 사업구역 낙찰에 도움을 받았다는 사실상의 효

과가 일부 있었다고 하더라도, 정상적인 동종 건설법인이 사업수행을 하면서 그러한

위법행위인 입찰담합을 위한 설계비용을 당연히 지출한다고 보기 어렵고, 범죄행위에

근접한 매우 이례적인 지출에 해당하여 원고의 사업과 관련성을 인정하기 어렵다.

④ 부가가치세법상 공제를 받을 수 있는 매입세액은 정상적인 사업의 수행에

필요한 매입세액인 것이지, 건전한 사회질서를 위반하는 사업을 수행하기 위하여 지출

한 매입세액까지 공제를 받을 수 있다고 볼 수 없다. 쟁점 금액 상당의 매입세액은

원고의 불법적인 동기와 목적에서 지출된 것으로 사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 것에 해당하여 매입세액으로 공제할 수 없다고 봄이 타당하다.

바. 쟁점7에 관한 주장 및 판단

1) 원고의 주장

가) 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 주장

원고는 **그룹의 지주회사가 아니고 이 사건 상표권8)의 가치 상승에 관한 활동

을 전속적으로 수행하지 않은 반면, **화재는 이 사건 상표권의 가치 상승에 중대한

기여를 하였고, 원고가 이를 감안하여 동부화재로부터 이 사건 상표권 사용료를 수취

하지 않은 데에는 경제적 합리성이 인정되므로, 부당행위계산부인 규정을 적용할 수

없다.

나) 이 사건 상표권 사용료 산정방법이 위법하다는 주장

피고는 **회계법인이 작성한 2013. 11. 1.자 ‘브랜드정책검토 보고서’(을 제10호

증의1, 이하 ‘이 사건 보고서’라 한다)를 근거로 원고가 2010~2014 사업연도에 수취하

지 않은 이 사건 상표권 사용료의 시가를 쟁점 금액인 7,247,131,508원으로 산정하

였다. 이 사건 보고서는 원고가 이 사건 상표권 사용료로 얼마를 수취할 수 있는지를

검토한 보고서가 아니고, 2013년경 **CNI가 이 사건 상표권을 인수하기 위한 비용과

그 후 **CNI가 받을 수 있는 수익률을 추정한 보고서에 불과하여, 이를 근거로 한

사용료 산정방법은 위법하다.

2) 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조

제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회

피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에

의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 경제인

의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시

하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거

래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나

상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되,

비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원

2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 참조).

서울고등법원은 주식회사 **호텔(이하 ‘**호텔’이라 한다)이 같은 **그룹 소

속의 **스 주식회사(이하 ‘*아’라고 한다)에 *아 및 상표

를 사용하도록 하고 상표권 사용료를 받지 아니한 것이 부당행위계산부인 대상에 해당

하는지가 쟁점이 된 사건에서, 위 상표가 **호텔의 영업에 이용되지 않고 줄곧 **아의 영업에 이용된 사정, 위 상표의 재산적 가치의 상당 부분이 광고선전비 지출

등 **아의 활동으로 형성된 사정, **호텔 상표권자로서 활동이 상표권을 등록·유

지한 것에 불과하였던 사정 등을 종합하여 **호텔이 **아로부터 위 상표의 사용

료를 수취하지 않는 것은 경제적 합리성을 결여한 비정상적 거래행위로 보기 어렵다고

보아 부당행위계산부인 대상이 아니라고 판단하였다(서울고등법원 2020. 11. 27. 선고

2019누31633 판결) 서울고등법원의 위와 같은 판단에 비추어 보면, 상표권자이면서 해당 상표를 영업

에 활용하지 아니한 법인이 이를 특수관계에 있는 다른 사업자에게 사용하도록 한 경

우에는 그 상표의 사용료를 수취하지 아니하더라도 경제적 합리성을 결여하지 아니하

였다고 평가할 여지도 있어 보인다.

나) 구체적 판단

제1심이 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하

여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 위 법리에 비추어 보면,

원고가 계열사로부터 이 사건 상표권 사용료를 지급받지 않고 무상으로 사용하도록 허

락한 것은 경제적 합리성 없이 조세부담을 부당하게 감소시킨 행위로 보여, 구 법인세

법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6, 9호의 부당행위계산부인 규정이 적용되

는 거래유형에 해당한다고 판단된다. 이에 반하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 상표권자는 상표를 독점적·배타적으로 사용할 권리를 가지고 있으므로, 그

상표가 경제적으로 전혀 가치 없는 상표가 아닌 한 상표 사용에 따른 사용료를 수령하

는 것이 경제적 합리성이 있고, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 아무런 대가 없

이 상표 사용을 허락하는 것은 합리성을 결한 비정상적 거래행위라고 볼 여지가 크다.

상표를 독점적·배타적으로 사용할 권리는 상표권자에게 있으므로, 상표를 사용하기 위

해서는 상표권자로부터 사용허락을 받아야 하고, 그 상표 사용에 관한 대가를 지급하

는 것이 합리적인 거래행위로 보인다.

② 원고가 제출한 증거를 종합하여 보더라도 원고가 **화재에 이 사건 상표

를 무상으로 사용하도록 할 만큼 이 사건 상표권의 가치 상승에 대한 **화재의 기여

가 월등히 크다고 단정하기 어렵다. 설령 **화재가 이 사건 상표권의 가치를 상승시키는 데에 상당한 기여를 한 사정이 인정된다고 하더라도, 이 사건 상표권 사용료 산정 과정에서 그 가치 상승 기여분을 차감하여 반영하는 것으로 충분하고, 무상으로 사

용하도록 하는 것은 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다.

③ 원고는 이 사건 상표권자이었을 뿐만 아니라, 이를 영업에 이용하였다(이러

한 면에서 **아 상표권을 전혀 이용하지 아니하였던 **호텔과 구별된다). 원고는

**그룹의 주요 계열사 중 하나로 1989. 3.경 ‘**건설 주식회사’로 상호를 변경한

이래 30년간 건설업을 영위하며 ‘**’라는 상호의 신용도 및 인지도를 형성하는 데 상

당한 기여를 한 것이라고 볼 여지가 충분하여, 이 사건 상표권의 가치 상승에 적지 않

은 기여를 한 것으로 보인다.

3) 이 사건 상표권 사용료 산정방법이 위법하다는 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

구 법인세법10) 제52조 제2항은 “부당행위계산부인을 적용할 때에는 건전한 사회통

념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용

될 것으로 판단되는 가격(이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다”라고 규정하고 있다. 구

법인세법 시행령 제89조 제1항은 ‘시가’를 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이

특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3

자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’이라고 정의하고 있고, 제2

항에서는 ‘시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 상속세 및 증여세법에서 규정한 보

충적 평가방법에 의한 가격을 시가로 한다’라고 규정하고 있다.

나) 구체적 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 36쪽 11행부터 39쪽 14행까

지 기재된 ‘(나) 정당한 시가에 해당하는지 여부’ 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제

8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

사. 소결론(취소의 범위)

결국 원고의 청구(제1심에서 각하된 부분 제외) 중 쟁점-2와 쟁점에 관한 부분은

이유 있으므로, ① 이 사건 결손금 감액경정처분11) 중 쟁점-2 금액인 1,777,961,884

원에 대하여 감액경정을 한 피고의 조치는 위법하여 이 사건 결손금 감액경정처분 중

위 1,777,961,884원을 공제한 나머지 11,125,804,999원을 초과하는 부분을 취소하여야

하고, ② 쟁점 금액인 4,024,518,783원을 원고의 2011 사업연도 법인세 소득금액 계

산 시 손금불산입한 피고의 조치는 위법하여 해당 부분을 취소하여야 하는데, 관련 정

당세액을 산출할 만한 과세자료가 부족한 이상, 이 사건 2011 사업연도 법인세 부과처

분은 원고가 취소를 구하는 범위 내에서 전부 취소되어야 한다. 한편 이 사건 2010,

2012 각 사업연도 법인세 부과처분, 이 사건 부가가치세 부과처분, 이 사건 결손금 감

액경정처분 중 나머지 부분, 이 사건 거부처분은 모두 적법하다.

4. 결론

따라서 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하며, 원고의 나머지

청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므

로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 피고가 2015. 6. 5. 원고에게 한 2013

사업연도 법인세에 관한 결손금 12,903,766,883원의 감액경정처분 중 11,125,804,999원 을 초과하는 원고 패소 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소와 피고의 항소는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.