서울고등법원-2021-누-35713 (2022.12.23)

사 건

2021누35713 종합소득세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

강남세무서장 외 55

변 론 종 결

2022. 9. 21.

판 결 선 고

2022. 12. 23.

주 문

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한

다.

피고 강동세무서장, 동울산세무서장, 북대구세무서장, 잠실세무서장, 충주세무서장이

원고에 대하여 한 별지2. 제1, 2항 기재 표의 각 ‘처분내역’란 기재 부과처분(가산세

포함) 중 ‘취소내역’란 기재 각 정당세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고 강동세무서장, 동울산세무서장, 북대구세무서장, 잠실세무서장, 충주세

무서장에 대한 나머지 항소 및 위 피고들을 제외한 나머지 피고들에 대한 항소를

모두 기각한다.

3. 가. 소송총비용 중 ① 원고와 피고 강동세무서장 생긴 부분의 30%는 원고가, 나머

지 70%는 위 피고가, ② 원고와 피고 동울산세무서장 사이에 생긴 부분의 60%

는 원고가, 나머지 40%는 위 피고가, ③ 원고와 피고 북대구세무서장 사이에 생

긴 부분의 90%는 원고가, 나머지 10%는 위 피고가, ④ 원고와 피고 잠실세무서

장, 충주세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가 각 부담한다.

나. 원고의 피고 강동세무서장, 동울산세무서장, 북대구세무서장, 잠실세무서장, 충

주세무서장을 제외한 나머지 피고들에 대한 항소비용은 원고가 부담한다

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고들이 별지3 과세처분내역 ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원

고에 대하여 한 같은 내역 ‘고지세액’란 기재 각 종합소득세, 배당소득세, 부가가치세

합계 xx,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고의 사업(‘aaa’, ‘bbb’ 등) 사업 방식의 개요

1) 원고는 1997년경 ‘aaa’라는 상호로 가요주점 형태의 유흥업소를 창업한

후 2005년경까지 원고 개인 및 친인척의 투자금을 모아 10여개 내외 매장을 운영하여

왔다.

2) 그러다 원고는 위 사업을 프랜차이즈 형태로 확대하기 위해 2006. 9.경 프랜차

이즈 사업, 식자재 도·소매업 등을 목적으로 하는 주식회사 ccc(상호가 2011. 4. 14.

‘주식회사 ddd’, 2015. 7. 9. ‘주식회사 eee’로 각 변경되었다. 발행주식의 80%

를 원고가, 나머지 20%를 원고의 배우자 fff이 각 소유하는 구조로서 사실상 원고

1인 회사이다. 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)를 설립하고, 그 무렵부터 이 사건 회사 직

원들과 외부투자자로부터 투자금을 받아 전국에 100여 개 이상2)의 매장(이하 ‘eee

매장’이라 통칭한다)을 개설하면서, 투자금을 지급한 내부직원과 외부투자자(이하

‘투자자 등’이라 통칭한다)에게 eee 매장의 수익을 매월 투자지분에 따라 분배해

주기로 약정하였다. 원고는 외부투자자들과는 공동투자계약서(갑 제2호증의 1, 갑

제63호증의 1.을 제37호증 등)를 작성함으로써 그들이 투자하여 개설된 특정 매장에서

발생하는 수익을 투자지분에 따라 분배해 주기로 약정하였다.3)

3) 원고는 이 사건 회사를 통해 전국의 eee 매장(외부투자자가 투자한 매장 포함)

의 조직관리, 매입처 선정, 매출 관리 및 수익 분배 등 eee 매장 운영을 총괄·관리하

였는바, 이 사건에서 문제되는 과세기간 동안 eee 매장의 구체적인 운영방식은 아래

와 같다. 한편 각 매장의 명의는, 외부투자자 매장의 경우, 원고·외부투자자 공동명의,

원고 단독 명의, 외부투자자 명의로 된 것들이 혼재하고, 그 외 매장의 경우에도, 내부

직원 단독 또는 공동명의, 원고·내부직원 공동명의, 원고 단독명의로 된 것들이 혼재한

다.

가) 원고는 ‘이사-본부장-지사장-점장-점원’의 조직을 갖추고, 원고가 임명하는

이사·본부장·지사장이 각 지역별로 3~7개 매장을 담당하여 각 매장 점장·점원의

업무를 지휘·관리하도록 하였다. 각 매장의 입지 선정, 주류 및 자재 구매, 매장의

확장, 신규인테리어 등은 원고 또는 원고가 지정하는 업체를 통해 이루어졌다.

나) 각 매장에서 일일 매출액 및 경비지출액을 수기로 작성하거나 이 사건 회사

내부전산 프로그램(일명 ‘eee런치’)에 입력하고, 이 사건 회사 자금부 소속 ggg4)은

수기로 작성된 장부와 전산장부를 취합하여 각 매장별 월별 매출(‘현금매출’과 ‘카드매

출’)과 지출을 입력하고, 이를 기초로 각 매장별 수익 및 투자지분에 따라 투자자 등에

게 지급할 배당액을 산정한 액셀 파일(을 제3호증, 이하 이를 ‘쟁점자료’라 한다)을 작

성하여 그 내용을 원고에게 수시로 보고하였다. 쟁점자료는 원고나 이 사건 회사 자금

부 외에 투자자 등에게 공개되지 않았다.

다) 한편 각 매장별 현금 매출액에서 현금 지출액을 차감한 현금은 지사장 또는

본부장이 수시로 수금하여 원고에게 직접 전달하거나 이 사건 회사 자금부로 전달하였

고, 원고는 이를 배당금 지급 등에 사용하였다.

라) 원고는 위와 같은 방식으로 각 매장별로 월별 매출액, 수익 및 각 투자지분

에 따른 배당액 등을 총괄 관리하면서, 매달 수익을 정산하여 지분율에 따라 투자자

등에게 매월 수익을 배당하고, 나머지는 자신이 가져갔다.

나. 이 사건 각 부과처분

1) 서울지방국세청장은 이 사건 회사 직원인 ggg, hhh, iii, jjj 등으

로부터 받은 탈세 제보와 eee 매장의 2006. 7.부터 2011. 7.까지의 각 매장별 월별

매출액, 지출액, 수익 및 각 투자지분에 따른 배당액 등이 기재된 쟁점자료를 기초로

조사대상기간을 2006. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지로 하여 2015. 12. 10.부터 2016.

12.11.까지 원고에 대한 개인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였다.

2) 서울지방국세청장은 이 사건 세무조사 결과, ① 가맹점주가 독립된 사업자가 되

는 통상적인 가맹사업 방식과 달리, 원고는 투자자 등으로부터 투자를 받아 eee 매장

을 개설하면서 원고 본인 지분을 적게는 약 20%에서 많게는 100%까지(평균 약 50%)

로 설정한 뒤, 매장 운영을 원고가 사실상 1인 주주로 있는 이 사건 회사에 위탁하게

함으로써 eee 매장의 운영 전반을 지배·관리하여 왔음에도, 마치 eee 매장이 투자자

등의 단독사업장 또는 원고와의 공동사업장인 것처럼 사업자명의 및 지분을 사실과 다

르게 사업자등록을 하고, 사업자 명의의 차명계좌를 사용함으로써 원고의 소득금액을

은닉·분산하고, ② 쟁점자료 등 이중장부를 작성하여 eee 매장의 현금매출을 누락하는

등 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제26조의2 제1항 제1호의 ’사기 그 밖의 부정한 행위‘를 하여 부가가치세와 소득세를

포탈하였다고 보고, 적출된 누락매출에 대하여 장기부과제척기간(10년)을 적용하고,

내부직원 단독 또는 내부직원들 공동명의로 사업자등록이 된 xxx개 매장(이하 ’가산세

대상매장‘이라 한다)에서 발생한 매출에 대하여는 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률

제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제1항 제2호의

명의위장등록가산세를 가산하여야 한다는 이유로 피고들에게 관련 과세자료를

통보하였다.

3) 이에 따라 피고들은 2017. 1. 1.부터 2017. 1. 12.까지 별지3 과세처분내역 기재

와 같이 원고에게, 2006년 2기분부터 2011년 1기분까지 각 부가가치세 합계

xx,xxx,xxx,xxx원(현금매출누락분, 가산세 대상매장과 관련한 명의위장등록가산세 포

함), 2012년 1, 2기분 각 부가가치세 합계 xx,xxx,xxx원(매입세액부당공제부인분),

2006년~2014년 귀속 각 종합소득세 합계xx,xxx,xxx,xxx원

[현금매출누락분(2006~2010년),수정신고5)에 따른 가산세(2011~2014년)] 및

2011~2014년 귀속 각 배당소득세 합계xxx,xxx,xxx원(원천징수 불이행에 대한 가산세

포함) 합계 xx,xxx,xxx,xxx원6)(각 납부불성실가산세, 부당과소신고가산세 포함)을 각

경정·고지하였다[이하 위 각 부가가치세부과처분을 ‘이 사건 각 부가가치세

부과처분’이라 하고, 위 각 종합소득세(배당소득세포함) 부과처분을 ‘이 사건 각

종합소득세 부과처분’이라 하며, 이를 합쳐 ‘이 사건 각부과처분’이라 한다].

다. 전심절차

1) 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2017. 3. 30. 이의신청을 거쳐 2017.

9. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

2) 이에 조세심판원은 ‘쟁점자료를 근거로 과세한 것이 근거과세원칙에 위배되지는

않으나, eee 매장 중 단순히 돈만 투자한 일반 점원이 아닌 점장이 그 명의로 사업자

등록을 하고 실제로 해당 매장을 자기의 영업으로 운영·관리한 공동사업장에까지 이를

명의위장등록 사업장이라고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하고 명의위장등록가산세

를 부과하는 것은 부당하므로 그 확인을 위해 재조사가 필요하다’는 이유로, 2017.

12.27. ‘eee 매장 중 점장이 실제 지분권자로서 해당 매장을 운영한 경우가 있는지를

재조사하여 그 결과에 따라 이 사건 각 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정하고(이하

‘이 사건 재조사 결정’이라 한다), 나머지 심판청구는 기각한다.’는 결정을 하였다.

3) 이후 피고는 2018. 1. 31.부터 2018. 8. 9.까지 재조사를 거친 후 2018. 8. 22.

원고에 대하여 ‘이 사건 각 부과처분이 정당하므로 그대로 유지한다.’는 재조사 결과를

통지하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 7, 22, 24 내지 27, 30 내지 33호증,

을 제1 내지 26호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지4 기재와 같다.

3. 이 사건 각 종합소득세 부과처분 적법 여부7)

가. 쌍방이 다투지 않는 주장과 이에 따른 정당세액

이 사건 각 종합소득세 부과처분의 위법성 내지 정당세액에 관한 다음과 같은 원고

또는 피고의 주장에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 나아가 이와 같이 서로 다

툼이 없는 주장을 반영한 2006~2013 귀속 종합소득세 정당세액이 별지2 제1항 기재

표의 각 ‘정당세액’란 기재와 같음 역시 서로 다툼이 없다.

1) 총수입금액에서 산입하지 아니하여야 할 부가가치세 매출세액에 관한 주장

피고는 쟁점자료로 확인되는 누락매출을 소득세 산정을 위한 수입금액으로 인

정하면서도 그중 부가가치세 매출세액을 공제하지 않았다. 이는 소득세법 제26조 제9

항에 위반된다. 소득금액을 계산할 때 부가가치세 매출세액을 총수입금액에서

공제하여야한다.

2) 필요경비에 산입하지 않아야 할 부가가치세 매입세액에 관한 피고의 주장

위 1)항과 같이 부가가치세 매출세액 xx,xxx,xxx,xxx원을 총수입금액에 산입하

지 않은 것에 상응하여 소득세법 제33조 제1항 제9호에 따라, 부가가치세 매입세액

x,xxx,xxx,xxx 필요경비에 산입하지 아니하여야 한다.

3) 기납부세액 추가 공제 주장(2006~2010년 귀속 종합소득세 관련)

eee 매장의 사업자등록 명의자인 투자자 등은 2006년부터 2010년에 걸쳐 종합

소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고·납부하였다. 그런데 피고는 그중 xxx,xxx,xxx원만을 기납

부세액으로 공제하였으므로, 그 차액인 xxx,xxx,xxx원이 추가 공제되어야 한다.

4) 과소 계상된 지급배당금 추가 공제 주장(2006~2010년 귀속 종합소득세 관련)

피고는 eee 매장의 수익에서 쟁점자료상 투자자 등에게 지급된 배당금을 공제

하는 방법으로 이 사건 각 종합소득세 과세표준을 산정하였다. 그런데 그 과정에서 실

제 지급한 배당금보다 과소 계상되었는바, 2016~2010년 귀속 종합소득세

과세표준에서위 과소 계상된 x,xxx,xxx,xxx원이 추가로 공제되어야 한다.

5) 누락된 필요경비 주장(2006~2010년 귀속 종합소득세 관련)

원고가 2006년부터 2010년까지 사이에 실제 지출한 비용 xxx,xxx,xxx원이 필요

경비에서 누락되었으므로, 종합소득세 과세표준에서 위 누락된 필요경비를 추가로 공

제하여야 한다.

6) 부당과소신고가산세에 관한 주장(2011~2013년 귀속 종합소득세 관련)

쟁점자료상 매출 기록은 2006. 7.부터 2011. 7.까지만 존재한다. 피고는

2006~2010 사업연도에 누락된 소득금액에 대하여 과세하였을 뿐이다. 쟁점자료에

따르더라도, 2011~2013 사업연도에는 eee 매장에서의 매출누락이 확인된 바 없다.

원고가 2015년도에 2011~2013년 귀속분에 관하여 수정신고를 한 것은 공동사업자간

소득 배분(지분율)을 수정한 것뿐이다. 그런데도 피고가 2011~2013년 귀속

종합소득세와 관련하여 구 국세기본법 제47조의3 제1항에서 정한

가산세(일반과소신고가산세)가 아닌 같은 조 제2항 제2호에서 정한

가산세(부당과소신고가산세)를 부과한 것은 위법하다.

2011~2013년 귀속 종합소득세에 대하여 부과하여야 할 가산세(일반과소신고가산세)는

합계 xxx,xxx,xxx원8)이므로, 이에 대한 가산세 부과처분 중 이를 초과하는 합계

xxx,xxx,xxx원 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 이 사건 각 종합소득세 부과처분 관련 쟁점에 대한 판단

1) 원고의 주장(2016~2010년 귀속 종합소득세 관련)

가) 원고의 배우자 fff은 이 사건 회사 경영에 직접 참여한 자로서, eee 매

장 중 fff 명의로 등록된 13개 매장을 직접 운영하였으므로, 위 13개 매장에서 발

생한 소득은 모두 fff에게 귀속되었다고 보아야 한다. 피고는 eee 매장 전체 소득

에서 fff 명의 13개 매장 중 6개 매장에서 발생한 소득을 공제하는 방식으로 원고

의 소득금액을 산정하고, 나아가 fff에게 위 6개 매장에서 발생한 소득에 관하여

10년의 장기부과제척기간을 적용하여 과세처분을 하였는바, 피고 역시 fff 명의 매

장과 관련하여서는 fff이 원고와 독립된 별도 사업자라는 전제에 있는 것으로 볼

수 있다.

나) 그런데도 피고는 합리적 근거 없이 행정편의적인 동기9)에서 fff 명의

13개 매장 중 6개 매장에 대해서만 원고와 분리하여 관세하고, 나머지 7개

매장10)에서발생한 소득을 원고의 소득금액에 포함시켜 과세하였는바, 이러한 일관성

없는 과세행정은 위법하다.

다) 따라서 위 나머지 7개 매장에서 발생한 소득 역시 원고에게 귀속될 것이 아

니므로, 위 관련 소득 합계 x,xxx,xxx,xxx원은 종합소득세 과세표준에서 차감되어야

한다. 나아가 피고가 fff에게 귀속시킨 fff 명의 6개 매장 관련 소득에서 투자자 등에게

지급한 배당금이과소 계상되었으므로, 위 관련 배당금 합계 x,xxx,xxx,xxx원이 원고의

소득에서 추가로 차감되어야한다.

2) 판단

가) 앞서 채택한 증거와 을 제39호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면,

fff은 이 사건 세무조사(2015. 12. 10.부터 2016. 12. 11.까지)가 이루어지는 과정에

서 2016. 12. 9. 자신 명의로 이루어진 13개(사업자등록 기준)의 매장 중 아래 표

기재6개 매장과 관련하여, ‘본인이 운영한 6개 매장에서 총 x,xxx,xxx,xxx원의 현금

매출을누락하여 부가가치세 및 소득 시 현금매출을 누락하였음을 확인한다’는 취지의

확인서(을 제39호증)를 작성하여 제출한 사실, 이에 따라 위 6개 매장에서 발생한

매출과 소득에 대해서는 fff에게 과세가 이루어졌고, 피고들은 나머지 7개 매장의

경우에는 다른 eee 매장과 마찬가지로 원고의 단독 또는 공동사업장임을 전제로 이

사건 각 부과처분을 한 사실이 인정된다.

나) 그러나 앞서 인정한 사실, 앞서 채택한 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여

알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 위와 같이 fff 명의 매장 중 일부

매장에서 발생한 매출과 소득과 관련하여 fff에게 과세처분이 이루어졌다는 사정만

으로는 이 사건 각 종합소득세 부과처분에 어떤 위법이 있다고 볼 수 없다. 이 부분

원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고는 사실상 자신의 1인 회사인 이 사건 회사와 그 직원들을 이용하

여 fff 명의로 등록된 매장을 비롯하여 전국에 개설된 eee 매장의 운영, 매출과

지출을 총괄·관리하면서, 수익을 투자자 등에게 분배하고, 나머지는 자신에게 귀속시키

는 방식으로 사업을 하였다. 쟁점자료를 살펴보아도, 원고가 주장하는 fff 명의 매

장을 포함하여 eee 매장에서 발생한 소득은 해당 매장의 배당권자들에게 배당하고,

나머지는 원고에게 귀속된 사실이 인정될 뿐이고, fff이 배당권자로 기재되어 있지

도 않다. 그 밖에 문제되는 과세기간(2006~2010년) 동안 fff이 그 명의로 등록된

매장에서 발생한 소득을 배당받았다거나, 매장의 운영에 관여를 하였다고 볼 만한 증

거도 없다.

(2) 위와 같은 사정과 함께 원고와 fff은 부부 사이인 점 등을 더하여

보면, 원고는 fff 명의를 본인의 사업에 이용한 것으로 보일 뿐이다.

(3) 나아가 피고가 fff이 작성한 확인서에 따라 fff 명의로 등록된

매장 중 6개 매장에 대하여만 장기부과제척기간을 적용하여 과세처분을 하였다고 하

여, 피고들이 fff 명의의 나머지 매장과 관련하여 원고에게 과세하지 않으리라는

어떤 공적 견해를 표명한 것이라고 볼 수도 없다. 그 밖에 fff 명의의 수개의 매장

에 대해 일관되게 과세하지 않으면 위법하다고 볼 근거는 없다.

(4) 한편 fff 명의 매장 중 6개 매장에서 발생한 소득에 대하여 fff

에게 과세함에 있어서, 설령 원고 주장과 같이 해당 매장의 투자자 등에게 지급된 배

당금이 과소 계상되었다 하더라도, 이 사건 각 종합소득세 부과처분에 위 6개 매장에

서 발생한 소득이 제외되어 있는 이상 원고의 소득에서 그 배당금을 차감하여야 할 아

무런 이유가 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장 역시 받아들일 수 없다.

다. 소결(종합소득세 정당세액의 범위)

1) 이 사건 각 종합소득세 부과처분에 관하여 당사자 사이에 다툼이 없는 위 가.항

기재 주장 외 나머지 원고의 주장(쟁점)은 이유 없어 이를 받아들일 수 없다.

2) 위 가.항 기재 주장을 반영한 2006년~2013년 귀속 종합소득세 정당세액은 별지

2 제1항 기재 표의 ‘정당세액’란 기재와 같으므로, 이 사건 각 종합소득세 부과처분 중

위 정당세액을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

4. 이 사건 각 부가가치세 부과처분 적법 여부

가. 당사자 사이에 다툼이 없는 주장(기신고된 부가가치세액 공제)

일부 매장에서 기신고한 부가가치세가 추가로 공제되어야 하고, 이를 반영하면 이

사건 각 부가가치세 부과처분 가운데 일부 취소되어야 하는 부과처분과 그 취소세액

및 정당세액이 별지2 제2항 기재 표의 해당란 기재와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼

이 없다.

나. 이 사건 각 부가가치세 부과처분 관련 쟁점(원고의 주장)

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 각 부가가치세 부과처분이 위법하다고 주장한

다.

1) 사업장 단위 과세원칙 위반 주장

가) 부가가치세법상 과세는 사업장 단위로 이루어진다. 동일인이 2개 이상의 사

업장을 겸영하는 경우에도 부가가치세 매출세액 및 매입세액은 사업자 단위로 하여 사

업장 간에 통산되지 않는 것이 원칙이다.

나) 그런데 피고들은 통합매장11)에 대하여, 그 통합매장을 구성하는 각기 별도로

사업자등록이 이루어진 매장들 가운데 대표사업장을 선정하고 나머지 매장의 매출

을 대표사업장에 합하여 부가가치세를 과세하였다. 이러한 과세 방식은 오로지 피고들

의 과세편의를 위한 것으로, 사업장 단위 과세를 원칙으로 하는 부가가치세법의 기본

원칙에 반하고, 정당한 세액산출도 담보할 수 없는 문제도 있다.

다) 따라서 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 통합매장에 관한 부분은 위법하

므로 취소되어야 한다. 또한 피고들은 종합소득세뿐만 아니라 부가가치세를 부과함에

있어서, fff 명의 13개 매장 중 6개 매장의 누락 매출에 대하여만 fff에게 과세

하고, 나머지 7개 매장의 누락 매출은 위 7개 매장이 속해 있는 통합매장의 공급가액

에 합산하여 원고에게 과세하였는바,12) 마찬가지로 사업장 단위 과세원칙을 위반한 위

법이 있으므로, 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 fff 명의의 매장과 관련된 부

분은 전부 취소되어야 한다.

2) 부과제척기간 관련 주장(2007년 1기 ~ 2011년 2기 부과가치세 관련)

원고가 부가가치세 신고를 누락한 eee 매장의 매출 중 사업용계좌에 입금되어 과

세관청이 현금 유출입을 손쉽게 확인할 수 있었던 금액에 대해서는 조세의 부과와 징

수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 은닉행위가 있었다고 볼 수 없으므로 10년의 장

기부과제척기간이 적용될 수 없다. 따라서 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 사업용

계좌에 입금된 누락매출분에 대한 2007년 1기분부터 2011년 2기분까지의 부가가치세

부과처분 부분은 5년의 부과제척기간이 지난 후에 이루어진 것이어서 당연무효이다.

3) 외부투자자 매장 관련 주장

가) 세법상 공동사업은 공동경영을 전제로 하고 있으므로, 공동사업에 해당하는

지 여부를 판단함에 있어서도 소득이 공동으로 귀속되는지 여부가 아니라 실제 거래행

위를 공동으로 하였는지 여부에 따라 판단하여야 한다.

나) eee 매장 중 xxx 등 6명(이하‘xxx 등’이라 한다) 외부투자자들이 본인 또는 그들의

친인척, 지인 등의 명의로 등록한 매장들의 경우, xxx 등이 eee와의 프랜차이즈

계약에 따라 그들의 책임 하에 독립적으로 운영한 매장들이다. 외부투자자들은 독립된

사업자로서 그들이 투자한 매장 운영 전반에 관한 모든 업무를 처리할 권한이 있었던

반면, 원고는 이러한 외부투자자 매장 운영에 관여할 수 있는 계약상 권한이 존재하지

않았고, 실제로 그 운영에 전혀 관여하지 않았으며, 단지 프랜차이즈 본사인 이 사건

회사 대표 및 eee 브랜드소유자로서 프랜차이즈 계약에 따라 상호 사용을 허여하고,

매장인테리어 공사, 매장기자재 납품, 식자재 공급, 배당금 관리만을 담당하였을

뿐이다.

다) 따라서 외부투자자 매장들에 관해서는 원고가 xxx 등과 공동사업자라 할

수 없으므로, 위 매장에 관한 부가가치세를 납부할 의무가 없다.

다. 이 사건 각 부가가치세 부과처분 관련 쟁점에 대한 판단

1) 사업장 단위 과세원칙 위반 주장에 대한 판단

가) 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 채택한 증거와 변론 전체의 취지에 의

하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 통합매장을 구성하는 각 매장의 매출과 지출을

통합·관리하면서,통합매장별로 수익을 산정하고, 단일한 지분율대로 배당액을 산출하여

해당 통합매장의 투자자 등에게 배당을 실시하는 등 통합매장을 하나의 단위로

관리하였다.

(2) 피고는 이러한 통합매장에 대해 쟁점자료를 통해 확인되는 과세기간별

실제 공급가액 합계에서 이미 신고된 공급가액 합계를 공제하는 방식으로 통합매장의

누락 공급가액을 적출하여 통합매장의 과세기간별 부가가치세를 산출하고, 원고에게

해당 통합매장에 관련된 여러 개의 사업자번호 중 하나(대표사업자번호)를 표시하여

부가가치세를 경정·고지하였다.

나) 원고는 각각 사업자등록이 된 수개의 매장으로 구성된 통합매장에 대해, 위

와 같은 방식으로 부가가치세 부과처분을 하는 것은 사업장 단위 과세원칙에 위배되어

위법하다고 주장하나, 아래와 같은 이유에서 원고 주장과 같은 사유만으로는 이 사건

각 부가가치세 부과처분에 사업장 단위 과세원칙에 위배되는 등의 위법이 있다고 할

수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 사업자는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 납부할 의무가

있는데(부가가치세법 제3조 제1항, 제4조), 구 부가가치세법 제4조 제1항은 “부가가치

세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.”고 규정하여, 사업장을 실질적인 납세단위로

삼고 있다.

(2) 한편 구 부가가치세법 제5조 제1항은 “사업자는 사업장마다 사업개시일

부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.”고 규정하고, 제6항은

“사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지

아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다.”

고 규정하고 있다. 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항, 제3항에 의하면, 법 제5조 제1항의

규정에의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 사업자의 인적사항,

사업자등록신청사유,사업개시연월일 등을 기재한 사업자등록신청서를

관할세무서장에게 제출하여야 하고,그 신청을 받은 세무서장은 사업자의 인적사항과

기타 필요한 사항을 기재한 사업자등

록증을 신청일부터 7일 내에 신청자에게 교부하되, 사업장시설이나 사업현황을 확인하

기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 교부기한을 7일에 한하여 연장하

고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 교부할 수 있고, 제7조 제4항에 의하면,

사업자가 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하지 아니하는 경우에는

관할세무서장이 조사하여 등록시킬 수 있다. 이러한 부가가치세법상 사업자등록은

과세관청으로 하여금 납세의무자와 그 사업내용 및 과세자료의 파악을 용이하게 하여

근거과세와 세수확보 등 과세행정의 편의를 도모하고 나아가 공평과세를 구현하려는

데에 그 제도의 취지가 있는바, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 사업장

관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립한다(대법원 2011. 1.

27. 선고 2008두2200 판결, 헌법재판소 2011. 3. 31. 선고 2009헌바319 결정 등

참조).

(3) 그런데 앞서 본 통합매장의 운영, 매출과 지출의 관리 및 수익 배분 방

식에 관한 사정에, 이와 같이 하나 또는 인접한 건물에 여러 개의 유사 내지 인접 업

종의 매장을 개설하여 실제로는 이를 통합하여 관리·운영하는 것 자체가 하나의 사업

방식 내지 전략으로 볼 수 있는 점 등의 사정을 더하여 보면, 원고는 통합매장을 실질

적으로 하나의 사업장으로 관리·운영하였다고 봄이 타당하다.

(4) 이러한 점과 앞서 본 사업자등록 제도의 취지, 원고는 eee 매장(통합매

장 포함)에서 단독 또는 공동으로 사업을 한 것임에도 불구하고, 그 명의나 지분을

사실과 다르게 하여 사업자등록을 하고, 현금매출을 누락하는 등 사실과 다르게

매출과소득을 신고함으로써 매출을 분산하거나 소득을 은닉하였고, 이에 따라

피고들이 이중장부인 쟁점자료를 기초로 누락 매출을 적출하여 이 사건 각 부과처분을

하게 된 점,부가가치세는 개별 거래(재화 또는 용역의 공급, 재화의 수입) 자체를

과세대상으로 하여 일정한 과세기간을 과세단위로 삼고 있으므로, 통합매장을

구성하는 매장별로 누락된 공급가액을 적출하여 이를 합산하든, 쟁점자료를 통해

확인되는 통합매장의 실제공급가액에서 통합매장을 구성하는 매장들의 이미 신고된

공급가액을 차감하여 누락된공급가액을 산출하든, 통합매장에 대한 부가가치세

과세표준에는 아무런 영향이 없는점(원고는, 피고들의 통합매장에 대한 과세방식으로

인해 기신고금액이 과소 차감되는등의 오류가 발생하였다는 취지로 주장하나, 만일

원고 주장과 같은 오류가 발생한 것이 사실이라면, 이는 단순히 과세관청의 착오나

업무처리의 누락에 기인한 것으로 볼수 있을 뿐, 피고들이 통합매장에 대해 위와 같은

방식으로 부가가치세 과세표준을 산출한 것 자체에서 그러한 오류가 발생한 것이라고

볼 수 없다) 등의 사정을 더하여 보면, 피고들이 통합매장과 관련한 부가가치세

부과처분을 함에 있어 통합매장을 구성하는 개별 사업자등록별로 과세처분을 하지

않고, 통합매장을 구성하는 여러 매장들의사업자번호 중 하나를 표시하여

경정·고지하였다 하여 절차적으로나 실체적으로 어떤위법이 있다고 볼 수 없다.

2) 부과제척기간 도과 주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란

조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적

극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를

하지아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나

과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지

않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와

징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고

2014두2522 판결 등 참조). 한편 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로

개정되기전의 것) 제3조 제6항 제1호는 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’으로써

조세의부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 ‘사기나

그 밖의 부정한 행위’로 규정하고 있다.

나) 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 다음과 같은 이유에서 피고들이 eee 매

장의 매출 누락액 전부에 대해 10년의 장기부과제척기간을 적용한 것은 적법하다. 이

와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고는 과세관청에 신고한 내용과 다른 이중장부인 쟁점자료를 작성하

고, eee 매장에서 발생한 현금 매출에 대한 신고를 고의로 누락하였다. 이러한 원고의

행위는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 것으로 볼 수 있다.

(2) 피고들은 쟁점자료에서 확인되는 매출액과 신고된 매출액의 차이가 누

락 매출액임을 전제로 이 사건 각 부과처분을 하였는바, 이러한 누락 매출액 적출에

어떠한 잘못이 있다고 보기 어렵다. 원고의 주장은, ‘사업용계좌에 입금된 매출액만큼

은 매출을 누락한 것으로 볼 수 없으므로 그 금액에 대한 과세는 10년의 장기부과제척

기간이 적용될 수 없다’는 취지이나, 위와 같이 원고는 이중장부를 작성하면서 현금매

출의 신고를 누락하는 등으로 과세관청이 실제 매출의 규모를 파악하기 어렵게 하였

고, 더구나 원고의 주장에 의하더라도 eee 매장에서 발생한 매출액 전부 또는

적출된누락 매출액 전액이 사업용계좌에 입금된 것도 아닌 이 사건에서, 사업용계좌에

입금된 매출액을 누락 매출액에서 공제하여야 한다거나, 이 사건 각 부가가치세

부과처분중 사업용계좌에 입금된 매출액과 관련한 부분에 한해서는 10년의

장기부과제척기간이적용될 수 없다는 취지의 원고의 주장은 타당하지 않다.

3) 외부투자자 매장 관련 주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법 제25조 제1항은 공유물, 공동사업 또는 당해 공동사업에 속

하는 재산에 관계되는 국세·가산금과 체납처분비는 공유자 또는 공동사업자가 연대하

여 납부할 의무를 진다고 규정하고 있다. 이는 통상 공유물이나 공동사업에 관한 권리

의무는 공동소유자나 공동사업에 관한 권리의무는 공동소유자나 공동사업자에게 실질

적, 경제적으로 공동으로 귀속되는 관계로 담세력도 공동의 것으로 파악하는 것이 조

세실질주의의 원칙에 따라 합리적이기 때문에 조세채권의 확보를 위하여 그들에게 연

대납세의무를 지우고 있는 것이다. 이러한 규정들을 종합하여 보면 공동사업자는 그

사업장에 관계되는 부가가치세에 관하여 자신의 지분비율과는 상관없이 연대하여 그

전부를 납세할 의무를 부담한다고 보아야 한다(대법원 1999. 7. 13. 선고 99두2222

판결, 대법원 2012. 6. 14. 선고 2012두3279 판결 등 참조).

나) 원고는, eee 매장 중 외부투자자가 투자한 매장 또는 외부투자자 명의 매

장(외부투자자 매장)에서의 사업은 그 외부투자자의 단독 사업으로, 원고와의 공동사업

으로 볼 수 없다고 주장하나, 앞서 채택한 사실, 앞서 채택한 증거 및 변론 전체의 취

지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 외부투

자자 매장에서의 사업은, 원고의 단독 사업이거나, 원고와 외부투자자의 공통의

것으로서, 공동으로 운영되고, 원고와 외부투자자 모두 그 사업의 성과에 직접적인

이해관계를 가지는 사업으로서, 원고와 외부투자자와 공동사업이라고 봄이 타당하다.

이와 다른전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고는 외부투자자와 사이에 아래와 같은 내용의 공동투자계약서(갑 제2

호증의 1, 갑 제63호증의 1 등)를 작성함으로써 그들이 투자하여 개설한 매장에서 발

생하는 수익을 매월 투자지분에 따라 분배해 주기로 약정하였다. 원고는 외부투자자가

투자한 매장을 포함하여 eee 매장 전부의 매출 및 비용을 관리하면서 투자자 등에게

약정한 지분율에 따른 배당금을 산정·지급하여 왔다. 또한, 원고는 ‘이사-본부장-지사

장-점장-점원’의 조직을 갖추고, 원고가 임명하는 이사·본부장·지사장이 각 지역별로

3~7개 매장을 담당하여 eee 매장의 점장·점원의 업무를 지휘·관리하도록 하였다.

(2) 위와 같은 공동투자계약의 내용과 eee 매장의 운영과 수익 배분 방식

등의 사정을 종합하면, 원고와 외부투자자는 각자의 지분비율에 따라 권리를 행사하고

수익을 분배하기로 하는 등의 공동투자계약을 체결하고, 해당 매장에서의 사업의 성공

여부에 관한 공동의 실질적·경제적 이해관계를 가지고 동업관계에 있다고 봄이

타당하다.

(3) 게다가 원고는 제1심에서 소장 등을 통해, 원고가 투자자 등으로부터 투

자를 받아 eee 가맹점을 개설하고, 원고가 투자자 등에게 수익을 배분해주는 방식으

로 ‘공동사업’을 운영한 것이라거나 투자자 등과 동업관계에 있었다고 주장 내지 자인

하여 왔다. 원고는 당심에 이르러 외부투자자가 외부투자자 매장을 독립적으로 운영하

였다는 취지로 주장하나, eee 매장(외부투자자 매장 포함)의 월별 매출, 비용 등 지출

관리를 ggg 등 이 사건 회사 직원을 통해 총괄하고, 수익배분도 투자자 등과 체결

한 투자약정에 따라 각 매장에서 발생한 수익을 매월 투자자 등에게 약정한 지분율 내

지 배분율에 따라 배분하고 나머지를 원고 자신이 가지는 방식으로 수익배분을 하였다

는 사실 자체는 명시적으로 다투지 아니한다.

라. 소결(부가가치세 정당세액의 범위)

1) 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 관한 원고의 주장 중 당사자 사이에 다툼이

없는 위 가.항 기재 주장 외 나머지 주장(쟁점)은 이유 없어 이를 받아들일 수 없다.

2) 위 가.항 기재 주장에 의하면, 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 일부 취소되

어야 할 부과처분과 정당세액은 별지2 제2항 기재 표의 해당란 기재와 같으므로, 별지

2 제2항 기재 표의 각 부가가치세 부과처분 중 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부

분은 각 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 피고 강동세무서장, 동울산세무서장, 북대구세무서장, 잠실세무서

장, 충주세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하고, 위

피고들에 대한 각 나머지 청구 및 원고의 위 피고들을 제외한 나머지 피고들에 대한각

청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심 판결 중 피고 강동세무서장,

동울산세무서장, 북대구세무서장, 잠실세무서장, 충주세무서장에 대한 부분은 이와 결

론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고들의 위 피고들에 대한 항소를 일부 받아들여,

피고 강동세무서장, 동울산세무서장, 북대구세무서장, 잠실세무서장, 충주세무서장에

대한 원고 패소 부분을 일부 취소하고, 위 피고들이 원고에 대하여 한 별지2 제1, 2항

기재표의 각 ‘처분내역’란 기재 종합소득세, 부가가치세 부과처분 중 각 ‘정당세액’란

기재금액을 초과하는 부과처분 부분을 취소하고, 위 피고들을 제외한 나머지 피고들에

대한 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 위 나머지 피고들에 대한 항소는 이유

없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.