제51조의3 또는 「조세특례제한법」에 따른 소득공제를 적용하거나 제59조의3에 따른 세액공제를 적용하는 경우 제43조제3항에 따라 소득금액이 주된 공동사업자의 소득금액에 합산과세되는 특수관계인이 지출ㆍ납입ㆍ투자ㆍ출자 등을 한 금액이 있으면 주된 공동사업자의 소득에 합산과세되는 소득금액의 한도에서 주된 공동사업자가 지출ㆍ납입ㆍ투자ㆍ출자 등을 한 금액으로 보아 주된 공동사업자의 합산과세되는 종합소득금액 또는 종합소득산출세액을 계산할 때에 소득공제 또는 세액공제를 받을 수 있다.(2014.01.01 개정)
제59조의3의 개정규정과 제15조제2호, 제54조의2, 제70조제4항제1호, 제137조제1항제3호, 같은 조 제2항 및 제144조의3의 개정규정(제59조의3의 개정규정에 따른 연금계좌세액공제와 관련된 부분으로 한정한다)은 2014.01.01 후 연금계좌에 납입하는 분부터 적용한다. [2014.01.01 법률 제12169호 부칙 제7조]
2014.01.01 전에 지급한 보험료, 의료비, 교육비 및 기부금과 2014.01.01 전 과세기간분의 표준공제에 대해서는 제34조제3항 각 호 외의 부분, 제52조제1항부터 제3항까지, 같은 조 제6항부터 제9항까지, 제54조제2항 본문, 제54조의2, 제70조제4항제1호, 제81조제12항, 제122조 단서, 제126조제5항 단서, 제137조제3항, 제143조의4제1항부터 제3항까지, 제144조의2제4항, 제160조의3제1항 및 제175조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2014.01.01 법률 제12169호 부칙 제23조]