납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제34조에 따라 기부금을 필요경비에 산입하거나 제59조의4제4항에 따라 기부금세액공제를 받은 거주자 또는 제121조제2항 및 제5항에 따른 비거주자 중 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "기부금공제자"라 한다)에 대해서 필요경비산입 또는 세액공제의 적정성을 검증하기 위하여 해당 과세기간 종료일부터 2년 이내에 표본조사를 하여야 한다.(2014.01.01 개정)
제59조의4의 개정규정과 제15조제2호, 제54조제2항 본문, 제70조제4항제1호, 제81조제12항, 제122조 단서, 제126조제5항 단서, 제137조제1항제3호, 같은 조 제2항ㆍ제3항, 제143조의4제1항부터 제3항까지, 제144조의2제4항, 제144조의3, 제160조의3제1항 및 제175조제1항의 개정규정(제59조의4의 개정규정에 따른 특별세액공제와 관련된 부분으로 한정한다)은 2014.01.01 후 보험료, 의료비, 교육비 및 기부금을 지급하는 분이나 2014.01.01이 속하는 과세기간분의 표준세액공제부터 적용한다. [2014.01.01 법률 제12169호 부칙 제8조]
2014.01.01 전에 지급한 보험료, 의료비, 교육비 및 기부금과 2014.01.01 전 과세기간분의 표준공제에 대해서는 제34조제3항 각 호 외의 부분, 제52조제1항부터 제3항까지, 같은 조 제6항부터 제9항까지, 제54조제2항 본문, 제54조의2, 제70조제4항제1호, 제81조제12항, 제122조 단서, 제126조제5항 단서, 제137조제3항, 제143조의4제1항부터 제3항까지, 제144조의2제4항, 제160조의3제1항 및 제175조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2014.01.01 법률 제12169호 부칙 제23조]
표본조사는 기부금공제자 중 대통령령으로 정하는 비율에 해당하는 인원에 대하여 실시한다.(2009.12.31 개정)
표본조사의 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2009.12.31 개정)