대구지방법원-2025-구합-20831 (2026.08.26)

사 건

2025구합20831 양도소득세부과처분취소

원 고

A

피 고

B세무서장

변 론 종 결

2026. 8. 19.

판 결 선 고

2026. 8. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한 양도소득세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 9. 14. A대지 301.2㎡ 및 그 지상 건물(이하위 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)에 관하여 같은 날 임의경매로 인한 매각을 원인으로 소유권이전등기를 마친 후 거주하여 왔다.

나. B구청장은 2017. 1. 31. 원고 등을 조합원으로 하는 C주택재개발정비사업조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)에 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)에 따른 주택재개발정비사업(이하, ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행인가를 하였다.

다. B구청장은 2018. 8. 13. 이 사건 조합에, 이 사건 조합이 B구 00-00번지 일원(73,269.7㎡)에서 아파트 등을 건축하는 내용의 정비사업에 관한 관리처분계획인가를 하였다. 원고는 그 무렵 이 사건 조합과 사이에 원고가 아파트 C-1호 및 C-2호 등(이하 통틀어 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)을 공급받고, 총 분담금으로 000,000,000원(= 이 사건 종전주택 가액 0,000,000,000원 –이 사건 신축주택 가액 000,000,000원)을 분담(원고가 이 사건 조합으로부터 000,000,000원을 수령)하기로 하는 계약을 체결하였다.

라. 원고는 2018. 12. 12. 이 사건 조합에 이 사건 종전주택에 관하여 2018. 11. 22. 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

마. B구청장은 2023. 6. 29. 이 사건 사업에 대한 준공인가를 하였다.

바. 원고는 2023. 7. 12. 이 사건 조합으로부터 이 사건 종전주택과 이 사건 신축주택의 평가차액에 해당하는 000,000,000원(이하 ‘이 사건 청산금’이라 한다)을 청산금으로 지급받았다.

사. 이 사건 사업에 대한 소유권이전고시(이하 ‘이 사건 이전고시’라 한다)가 2024. 1. 10. 이루어졌고, 원고는 이 사건 신축주택에 관하여 2024. 1. 17. 소유권보존등기를마쳤다.

아. 원고는 2024. 3. 28. 이 사건 청산금 수령에 따른 양도소득에 소득세법 제89조제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다고 보아, 이 사건 종전주택 가액0,000,000,000원에서 고가주택 기준금액 12억 원을 고려하여 산출한 양도소득세를0,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

자. 피고는 2024. 6. 1. ‘이 사건 청산금은 이 사건 종전주택의 양도 대가이고 그 양도시기는 이 사건 이전고시일의 다음날인 2024. 1. 11.인데, 원고는 준공인가일인2023. 6. 29. 이 사건 신축주택 2채를 취득하여 보유 중이므로, 위 양도일(2024. 1. 11.) 당시 원고가 1세대 1주택자에 해당하지 않는다’고 보아, 1세대 1주택 비과세 규의 적용을 배제하고 산출된 000,000,000원(가산세 00,000,000원 포함)에서 원고가 신ㆍ납부한 0,000,000원을 차감한 양도소득세 000,000,000원을 경정ㆍ고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).

차. 원고는 2024. 9. 5. 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2025. 9. 29. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장 요지

이 사건 청산금에 상당하는 이 사건 종전주택의 양도시기와 이 사건 신규주택의 취득시기는 모두 이 사건 이전고시가 있은 날의 다음날인 2024. 1. 11.이므로, 원고는 위양도일 현재 1주택(이 사건 종전주택에 관한 권리)만을 보유한 상태에서 그중 일부를양도(이 사건 청산금 수령)하고 동시에 2개의 주택을 취득한 것이므로, 이 사건 청산금에 상당하는 양도소득에 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있다. 그럼에도 피고는이 사건 신규주택의 취득시기를 준공인가일인 2023. 6. 29.로 보는 전제에서 이 사건처분을 하였는바, 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 판단

가. 이 사건 청산금에 상당하는 이 사건 종전주택의 양도일

1) 구 소득세법 시행령2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제162조 제1항 제9호는, ‘도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다’라고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법 시행령 제152조 제1항은 환지처분을 ‘도시개발법에 따른 도시개발사업, 농어촌정비법에 따른 농업생산기반정비사업, 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어 주는 것’으로 정하고 있다.

도시정비법 제87조는 이전고시에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법상의 환지로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 제69조 제2항은 도시개발법 제28조부터 제49조까지의 규정을 정비사업과관련된 환지에 관하여 준용하도록 규정하고 있다.

도시정비법 제89조에 따르면, 청산금이란 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 그 차액에 상당하는 금액을 말하는 것으로, 원칙적으로 사업시행자가 이전고시가 있은 후에 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다. 또한 청산금은 관리처분계획에서 계산되고 이전고시로 확정된다.

2) 위와 같은 관계 법령의 규정과 도시개발법상의 환지처분의 내용 및 도시정비법상의 청산금의 확정절차 등을 종합하여 보면, 도시정비법에서 조합원이 지급받는 청산금은 조합원의 종전 토지․건물의 면적이 감소한 경우에 환지처분으로서 발생하는 것과 그 실질을 같이 하므로 조합원이 수령한 청산금과 관련한 양도소득세 귀속시기 결정을 위한 자산의 양도시기는 이전고시일 다음날로 봄이 상당하다.

3) 따라서 이 사건의 경우 원고가 이 사건 청산금을 2023. 7. 12. 선지급 받았더라도, 이 사건 청산금과 관련한 자산의 양도시기는 이전고시일 다음날인 2024. 1. 11.이다.

나. 이 사건 신축주택의 취득시기

1) 도시정비법 제86조 제2항은 ‘대지 또는 건축물을 분양받은 자는 이전고시가 있은 날의 다음날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다’고 규정하고 있고, 이는민법 제187조에서 규정하는 ‘법률의 규정에 의한 부동산에 관한 물권의 취득’에 해당하므로, 이 사건 신규주택의 취득일은 이전고시 다음날인 2024. 1. 11.이다.

2) 이에 대하여 피고는, 대법원 1992. 6. 12. 선고 91누11087 판결 등을 근거로 구소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 본문에 따라 자기가 건설한 건축물의 취득시기인 준공일가일(2023. 6. 29.)을 이 사건 신규주택의 취득시기로 보아야 한다고 주장한다.

그러나, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 각 호의 규정들은 ‘자산의 양도차익을계산할 때’2) 자산의 취득시기 및 양도시기를 정한 규정일 뿐, 소득세법 제89조 제1항제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 정한 1세대가 양도일 현재 국내에 ‘1주택을 보유’하고 있는지에 관해 정하고 있는 규정이 아니다.

또한 피고가 들고 있는 위 판례 역시 재건축으로 취득한 건물을 양도할 때에 언제이를 취득한 것으로 보는지에 관한 판례로서, ‘자산의 양도차익을 계산할 때’에 관한사안일 뿐, 1세대가 양도일 현재 국내에 ‘1주택을 보유’하고 있는지에 관한 사안이 아니므로, 이 사건과 사실관계를 달리하여 그대로 원용할 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 소득세법령은 1세대가 양도일 현재 국내에 ‘1주택을 보유’하고 있는지를 판단함에 있어 1주택 보유 여부에 관한 판단기준을 정하고 있지 아니하므로, 결국 1주택유 여부는 민법 및 도시정비법에 따라 정할 수밖에 없고, 이에 의하면, 이 사건 신규주택 취득시기는 도시정비법 제86조 제2항에 따라 이전고시 다음날인 2024. 1. 11.이다.

다. 이 사건 청산금에 상당하는 이 사건 종전주택의 양도일 현재 1주택 여부

1) 소득세법 제89조 제1항 제3호 (가)목은 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항은 소득세법 제89조 제1항 제3호 (가)목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우라고 규정하고 있으므로, 1세대 1주택의판단 기준 시점은 ‘양도일’이다(대법원 1984. 3. 27. 선고 83누446 판결, 대법원 1987.10. 13. 선고 87누526 판결 등 참조).

2) 이 사건 청산금에 상당하는 이 사건 종전주택의 양도일은 이 사건 이전고시일 다음날인 2024. 1. 11. 0시이고, 이 사건 신규주택의 취득시기 역시 같은 날인 2024.1. 11. 0시인바, 이에 의하면, 원고는 이 사건 종전주택의 양도일 당시 이 사건 신규주택 2개를 보유하고 있었으므로, 이 사건 청산금에 상당하는 이 사건 종전주택의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 할 수 없다.

3) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다(대법원2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조). 따라서 이 사건 청산금이 이 사건 종전주택인 1주택의 양도대가이고, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세의 취지상 이 사건 사업에 따라 2주택을 취득한 경우에도 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 규정을 적용하여야 한다는 원고의 주장이 입법론적으로 타당한지는 별론으로 하더라도, 현행법의 해석상 이를 받아들일 수 없다.

4) 따라서 이 사건의 경우 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 규정이 적용된다고 할 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.