조심2013전1224 (2013.11.22)

1. 청구법인의 2009사업연도 및 2010사업연도 법인세에 관한 청구부분은 각하한다. 2. 2011사업연도 법인세에 관한 청구부분은 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 「사회간접자본시설에 대한 민간투자법」(이하 "민투법"이라 한다)에 따라 OOO 민간투자사업의 건설과 운영을 목적으로 1997.7.22.에 설립된 법인으로, 청구법인의 주주가 건설사에서 OOO〔Korea Road Infrastructure Fund, 2005.11.11. 회사명을 현재의 OOO투융자회사OOO)로 변경하였으며, 이하 OOO”라 한다〕, OOO(이하 OOO”이라 한다), OOO은행 유가증권신탁계정(이하 OOO은행”이라 하고, 이하 OOO, OOO, OOO은행을 총칭하여 OOO 등”이라 한다)로 변경되면서 2005.5.20. 자본금 OOO원을 유상감자하고, 동 금액을 후순위차입금으로(이하 “쟁점후순위차입금”이라 한다)로 전환하였으며 2009년 초부터 2012년 말까지 쟁점후순위차입금의 이자율을 16%(이하 "쟁점후순위이자율"이라 한다)로 적용하는 후순위대출약정을 체결하였다. 나. 처분청은 청구법인이 OOO 등과 쟁점후순위차입금을 쟁점후순위이자율로 적용하기로 약정한 거래에 대하여 「법인세법」제52조 의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 2009사업연도와 2010사업연도의 쟁점후순위차입금 이자비용 가운데 당좌대출이자율(8.5%)을 초과한 금액인 각 사업연도별 OOO원을 손금불산입하는 것으로 하여 2011.9.15. 청구법인에게 2009사업연도와 2010사업연도 과세표준을 각 OOO원 증액하고 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.19. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2012.8.16. 청구법인이 차입기간 15년으로 조달한 선순위차입금의 이자율(8.62%)에 청구법인 주장의 이자율 가산요소[만기프리미엄 1.53%, 후순위위험프리미엄 1.62%, 최소운영수입보장(MRG) 감소프리미엄 2.59%, MRG 조기종료 프리미엄 2%, 연체프리미엄 1.37% 및 1.64%]의 적정성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 경정하는 것으로 결정하였다. 라. 한편, 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시(2012.3.31.) 쟁점후순위차입금 이자비용 중 8.5%를 초과하는 이자비용은 손금불산입하여 법인세신고를 하였다. 마. 처분청은 위 심판결정에 따라 2012년 10월 부분조사를 실시하여 선순위차입금의 이자율(8.62%)에 만기프리미엄 1.53%, 후순위위험프리미엄 1.62%, 연체프리미엄 1.64%를 각각 가산한 13.41%(MRG 감소프리미엄 2.59%, MRG 조기종료 프리미엄 2%는 제외)를 적정이자율로 보아 2012.11.5. 당초 손금불산입 하였던 각 사업연도별 OOO원 중 OOO원을 손금산입하여 2009사업연도 및 2010사업연도 법인세를 경정하였다. 바. 청구법인은 2009∼2011사업연도에 대하여 쟁점후순위이자율 16%가 적정한 것으로 보고 2012.11.29. 경정청구를 하였다. 사. 처분청은 2013.1.25. 2011사업연도에 대하여 후순위차입금이자율 13.41%를 적정이자율로 보아 OOO원을 손금산입하여 법인세 OOO원으로 감액경정(일부인용)하고, 나머지 경정청구는 거부하였다. 아. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점후순위이자율은 민간투자사업기본계획 제30조에 규정된 절차에 따라 제출한 자금재조달 계획에 대한 건설교통부의 승인 하에 결정된 이자율인 점, 쟁점후순위차입금의 대주인 OOO 등이 청구법인의 특수관계자가 되기 이전에 쟁점후순위이자율이 결정된 점 등을 볼 때, 이 건 후순위차입거래에 대하여 부당행위 계산부인 규정이 적용될 수 없고, OOO 등이 자본투자와 후순위대여의 결합상품을 제3자인 건설사로부터 구매한 것으로 쟁점후순위이자율은 시가에 해당하는 점, 후순위차입금만 구분하여 살펴보더라도, 쟁점후순위이자율은 민자사업의 특수성과 후순위차입금이 가지는 제약조건, 만기위험, 이에 따른 위험도 등을 반영하여 결정된 것으로서 적정한 시가에 해당하는 점 등을 볼 때, 쟁점후순위이자율 16%는 적정한 시가에 해당하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 2009년～2010년 사업연도에 대한 경정청구는 「국세기본법」제45조의2 에서 “결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다”라고 규정되어 있는바, 청구법인에 대한 2009년～2010년 사업연도에 대한 세무조사결과에 따라 2011.9.15. 경정·고지한 법인세 OOO원에 대한 경정청구는 청구기한이 경과하였으며, 2011년 사업연도분 경정청구에 대해서는 2009년～2010년 사업연도에 대한 세무조사결과 차입금에 대한 적정이자율을 13.41%로 결정하였으므로, 동일한 2011년 사업연도의 쟁점후순위차입금에 대해 13.41% 이자율을 적용하여 지급이자 OOO원을 손금산입하여 법인세를 감액경정한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인의 후순위차입거래에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하면서 적정이자율을 13.41%로 하여 과세한 처분의 당부 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자”란 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. 2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. 제89조【시가의 범위 등】③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 한다 . 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율을 시가로 한다. 1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 사업연도에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. (4) 법인세법 시행규칙 제43조 【가중평균차입이자율의 계산방법 등】 ② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율"이란 연간 1000분의 85를 말한다. ③ 영 제89조 제3항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 특수관계자가 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우 2. 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권ㆍ증권의 발행으로 조달된 경우 3. 제4항 후단에 따라 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보는 경우 4. 대여한 날(계약을 갱신한 경우에는 그 갱신일을 말한다)부터 해당 사업연도 종료일까지의 기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 본안 심리에 앞서 청구법인의 2009사업연도 및 2010사업연도 법인세에 관한 경정청구가 적법한지에 대하여 본다. (가) 처분청이 2011.9.15. 청구법인에게 한 과세처분은 2009사업연도와 2010사업연도 법인세의 증액 경정처분으로, 청구법인은 해당처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내 불복청구 또는 경정청구를 할 수 있으며, 이에 대해 청구법인은 당초 심판청구를 제기하였고, 2012.8.16. 심판결정에 따라 처분청이 재조사하여 2012.11.5. 재조사결과통지를 하였으며, 이에 다시 청구법인은 2012.11.29. 처분청에 2009사업연도, 2010사업연도 및 2011사업연도 법인세에 대한 경정청구를 한 후, 2013.2.15. 이 건 심판청구를 하였다. (나) 2009사업연도 및 2010사업연도 법인세에 관한 심판청구에 대하여 살펴보면, 위법·부당한 부과처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고 각 재결기관에 자기시정기회를 부여하는 것이 합리적이라는 점에서 재조사에 따른 경정처분(재조사결과 당초부과처분을 유지하는 처분도 실질적인 경정처분으로 보는 것이 타당함)에 불복하여 다 시 심판청구를 제기할 수 있다하더라도(국심 2001서1137, 2002.7.15. 합동회의), 재조사결과통지일(2012.11.5.)부터 90일내 심판청구를 하여야 하나, 청구법인은 102일이 경과한 후인 2013.2.15. 심판청구를 하여 청구기간이 경과하였고, 처분청의 2011.9.15. 증액경정 고지처분에 대하여 이미 심판결정(조심 2011전3455, 2012.8.16. 재조사)이 있었음에도 다시 경정청구를 거쳐 제기한 심판청구로서, 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다(조심 2013서2695, 2013.10.8. 같은 뜻). (2) 2011사업연도 법인세에 관한 심판청구에 대하여 살펴보면, 청구법인이 2012.3.31. 법인세 과세표준신고를 하고, 처분청의 경정 없이 3년 이내인 2012.11.29.에 경정청구를 하였으며, 처분청의 2013.1.25. 일부 감액경정에 불복하여 2013.2.15. 심판청구를 하였으므로 적법한 청구로서 다음과 같이 본안 심리한다. (가) 청구법인은 2011사업연도에 대하여 쟁점후순위이자율 16%가 적정한 것으로 보아 경정청구를 하였으나, 처분청은 적정이자율을 13.41%로 보아 OOO원을 손금산입하여 법인세를 감액경정 하였음이 나타난다. (나) 처분청의 2012년 10월 재조사종결보고서에 따르면, 선순위차입금이자율 8.62%에 만기프리미엄 1.53%, 후순위위험프리미엄 1.62%, 지급시기 이연분 가산이자 1.64%를 각각 가산한 13.41%를 적정한 이자율로 계상하였고, 아래와 같이 OOO 감소프리미엄 및 OOO 종기종료프리미엄은 제외한 것으로 나타난다. (다) 살피건대, 청구법인은 쟁점후순위이자율이 민간투자사업기본계획 제30조에 규정된 절차에 따라 제출한 자금재조달 계획에 대한 건설교통부의 승인 하에 결정된 이자율인 점, 쟁점후순위차입금의 대주인 맥쿼리 등이 청구법인의 특수관계자가 되기 이전에 쟁점후순위이자율이 결정된 점 등을 볼 때, 이 건 후순위차입거래에 대하여 부당행위 계산부인 규정이 적용될 수 없다는 주장이나, 청구법인이 제출한 자금재조달 계획서상 후순위이자율과 실제 자금재조달 실행시 적용한 후순위이자율이 다르고, 주무관청의 승인사항은 민자사업 추진에 대한 일반적인 승인일 뿐 세법상 후순위 차입이자율의 시가 해당 여부나 법인이 동 이자율로 인해 법인세 부담을 회피하거나 감소시키지 않았다고 인정한 것은 아닌 점 등을 감안할 때, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (라) 또한, 청구법인은 쟁점후순위이자율이 민자사업의 특수성과 후순위차입금이 가지는 제약조건, 만기위험, 이에 따른 위험도 등을 반영하여 결정된 것으로서 적정한 시가에 해당한다고 주장하나, 처분청이 재조사과정에서 선순위차입금이자율 8.62%에 만기프리미엄 1.53%, 후순위위험프리미엄 1.62%, 지급시기 이연분 가산이자 1.64%를 각각 가산한 13.41%를 적정한 이자율로 산정하여 청구주장을 상당부분 받아들인 것으로 나타나고, OOO 감소프리미엄 및 OOO 조기종료프리미엄을 제외한데 대하여 청구법인이 이를 포함(가산)하여야 하는 특별한 사정이나 입증을 하지 못하고 있으므로, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대해 적정이자율을 13.41%로 보아 일부 감액경정하고, 나머지 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호·2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.