조심2011구1169 (2014.11.18)

OOO세무서장이 2010.12.17. 및 2011.1.13. 청구법인에게 한 법인세 OOO원(2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원) 및 부가가치세 OOO원(2005년 제2기분 OOO원, 2006년 제1기분 OOO원, 2006년 제2기분 OOO원, 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원)의 각 부과처분은 1. 2005년 7월 및 2008년 2월의 OOO 유상증자에서 인수한 주식과 관련하여 청구법인이 주식회사 OOO에게 이익을 분여한 것으로 보아 익금산입한 2005사업연도 OOO원 및 2008사업연도 OOO원을 익금불산입하고, 2. 청구법인이 2007.6.26.부터 2009.12.31.까지 기간 동안 의무근무기간을 미충족하고 분사회사를 퇴사한 전직자들의 전직명예퇴직금에 대하여 이를 분사회사 퇴사일에 반환받아야 할 채권으로 보아 익금산입한 OOO원을 익금불산입하며, 3. 2006사업연도에 청구법인이 OOO 주식회사에게 임의로 지급한 것으로 보아 접대비 시부인계산한 OOO원을 손실보전을 위한 비용으로 보아 전액 손금에 산입하고, 4. 2006사업연도부터 2008사업연도까지 청구법인이 출자한 국내자회사로부터 수령한 수입배당금과 관련하여 익금불산입 배제대상으로 보아 익금산입한 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원 및 2008사업연도 OOO원을 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 5. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1968.3.25. 개업하여 철강 제조업 등을 영위하는 법인으로, OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.6.7.부터 2010.11.10.까지 청구법인에 대하여 법인제세 세무조사를 실시한 결과, (1) 청구법인의 태국 현지법인인 OOO(이후 OOO로 상호 변경, 이하 OOO”라 한다)는 2005년 7월에는 OOO의 2공장 증설을 위하여 OOO바트(주당 OOO바트, 1,850,000주)를, 2008년 2월에는 3공장 증설을 위하여 OOO바트(주당 OOO바트, 8,916,351주)를 각각 유상증자하였고, 청구법인은 이들 유상증자에 단독으로 참여하여 전 주식을 인수하였는바, 조사청은 청구법인이 OOO의 2005년 및 2008년 유상증자에 참여하여 인수한 주식의 시가에 대하여 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법을 적용하여 1주당 가액을 OOO바트(2005년 증자) 및 OOO바트(2008년 증자)로 각각 보고, 이들 가액과 청구법인이 인수한 가액간의 차액을 청구법인과 특수관계에 있는 OOO의 주주인 주식회사 OOO(이하 OOO”이라 한다)에게 이익을 분여한 것으로 보아 2005사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원을 각 익금에 산입하였으며, (2) 청구법인은 2004년 12월부터 2006년 6월까지 분사아웃소싱을 추진하면서 분사회사로 전직한 직원에게 ‘전직명예퇴직운영기준’(2004.12.24. 신설, 이하 “운영기준”이라 한다)에 따라 정년시까지 청구법인과 분사회사 간의 급여 및 복리후생 차이를 명예퇴직금으로 지급하였고, 이후 전직자들 중 일부가 전직 후 3년이 경과되지 않았음에도 분사회사에서 퇴직하는 경우가 발생하자, 청구법인은 이를 억제하기 위하여 2005.11.15. 3년 의무근무기간 경과 전에 퇴직할 경우 과소 근무기간분 만큼 전직명예퇴직금을 반환하도록 하는 ‘전직명예퇴직금 반환지침(이하 “반환지침”이라 한다)’을 제정하고 이를 2004.12.31.부터 소급적용하도록 하였다가 2007.6.26. 운영기준을 개정하면서 ‘분사회사의 조직 OOO 등 인력운영의 탄력성 제고’를 사유로 반환지침을 삭제하고 이를 2004.12.31.부터 소급적용하기로 하여 2005사업연도에 환수대상으로 익금산입한 황OOO 외 1명에 대한 명예퇴직금 환수대상금액 OOO원을 2007사업연도에 손금산입하였는바, 조사청은 청구법인이 분사회사 3년 의무근무기간을 미충족하고 분사회사를 퇴직한 전직자들에 대하여 분사회사의 퇴직일에 반환받아야 할 채권(의무기간 미충족한 기간을 월할 계산)이라 하여 2006～2009사업연도 OOO원을 익금산입하고 2007사업연도 손금산입분 OOO원을 손금불산입하였으며, (3) 청구법인은 2006년 4월 ‘포항 OOO 철거공사 및 고철매각(이하 OOO”라 한다)’을 입찰하여 고철매각액 OOO원(공급한 가액) 및 철거공사비 OOO원(공급받은 가액)으로 1순위 입찰한 수급인(OOO 주식회사, 이하 OOO”이라 한다)을 선정하고 2006.4.14. 계약(공사기간 : 2006.4.15.～2006.9.20.)한 후 매각대금 OOO원(공급가액, 고철매각액 OOO원－철거공사비 OOO원 : 부가가치세 포함 OOO원)을 2006.4.24.까지 OOO으로부터 수령하였으며, 이후 철거공사과정에서 실제 발생한 고철량이 당초 청구법인이 제시한 추정 고철발생량 보다 크게 적은 것으로 나타나 OOO은 2006.7.26. 청구법인에게 고철 물량부족에 따른 손해에 대한 보상을 요구하였고, 이에 청구법인은 고철의 추정치와 실제 발생량의 차이가 현저하고 청구법인이 제시한 고철량 추정치를 입찰업체들이 직접 확인할 수 있는 시간적 여유도 없었으며(입찰 3일 전 통보), 공장가동으로 인하여 입찰업체들이 철거물량을 정확히 측정하기 어려웠던 점을 감안하여, 당초의 계약내용에서 OOO원(부가가치세 포함 OOO원)을 감액하는 변경계약을 2006.10.18. 체결(2006.10.20. 계약금액 변경에 따른 수정세금계산서도 교부)하였는바, 조사청은 ‘본 공사의 계약은 OOO 방식으로 물량증감 등에 따른 계약금액 변동은 없다’는 공사계약특별약관 제3조(계약방식)를 들어, 청구법인이 OOO에 지급한 OOO원은 손해배상금 성격이므로 부가가치세 과세표준 및 세액에서 차감할 수 없다고 하여 부가가치세 과세표준에 가산하였고, 당초계약상 지급의무가 없는 손해배상금을 임의로 지급한 것이므로, 이는 접대비에 해당한다고 보아 접대비한도초과액을 손금불산입하였으며, (4) 청구법인은 자회사인 주식회사 OOO(이하 OOO”이라 한다), OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등 5개사(이하 “국내자회사”라 한다)가 국외 소재 사업관련 손자회사(이하 “국외 손자회사”라 한다)에게 재출자한 경우에는 익금불산입액 차감대상 계열회사에 포함되지 아니하는 것으로 보아 구「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법”이라 한다) 제18조의3에 따라 2006사업연도부터 2008사업연도까지 청구법인이 출자한 국내자회사로부터 수령한 수입배당금을 익금불산입하였는바, 조사청은 지주회사 이외 법인의 국내자회사가 국외 손자회사에 재출자한 경우에는 수입배당금의 익금불산입 배제대상으로 보아 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원을 각 익금에 산입하고, (5) 청구법인은 특수관계사인 OOO건설과의 공사계약을 통하여 청구법인의 설비 등을 건설함에 있어 소요되는 일부 철강 등의 자재를 무상으로 공급하고(이하 그 자재를 “사급자재 한다), 동 사급자재에서 발생하는 스크랩 가액을 도급가액에서 차감하기로 계약하였는바, 조사청은 청구법인이 사급자재에서 발생한 OOO원 상당의 스크랩에 대하여 부가가치세를 신고 누락한 것으로 보아 동 금액을 부가가치세 과세표준에 가산하였으며, (6) 청구법인은 OOO건설과 1.5M OOO 본체설비를 공급(이하 OOO라 한다)받는 계약을 체결한 후 도급공사를 시행하면서 사급자재에서 발생한 스크랩에 대하여 수급사인 OOO건설이 하도급업체에 스크랩 가액과 하도급공사비를 상계하는 방법으로 처분하였는바, 조사청은 청구법인이 사급자재에서 발생한 OOO원 상당의 스크랩을 회수하지 아니하고 포기한 사실에 대하여 사업상 증여로 보아 동 금액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 가산하였으며, (7) 청구법인은 OOO건설과 OOO 설비공사(이하 OOO”라 한다)계약을 체결한 후 도급공사를 시행하면서 사급자재에서 발생한 스크랩에 대하여 청구법인과 정산하지 아니한 상태에서 수급사인 OOO건설이 하도급업체에 스크랩 가액과 하도급공사비를 상계하는 방법으로 처분하였는바, 조사청은 청구법인이 사급자재에서 발생한 OOO원 상당의 스크랩에 대하여 「부가가치세법」상 공급시기가 도래하였음에도 매출세금계산서를 미교부한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하고 부가가치세 과세표준에 가산하였으며, (8) OOO와 관련하여 OOO건설은 자기가 구입한 자재(이하 “도급자재”라 한다)인 철근을 OOO내(이하 “구내”라 한다) 공사에 투입하는 과정에서 발생한 스크랩을 해당 공사 완성시 최종 정산할 목적으로 발생시마다 계량한 후 청구법인의 구내 야적장에 쌓아 두었는데, 조사청은 OOO이 해당 도급자재 스크랩을 계량한 후 청구법인의 구내 야적장에 반입한 시점에, 청구법인이 OOO원 상당의 스크랩을 OOO로부터 무상 증여받은 것으로 보아 동 금액을 익금산입하였고, (9) 청구법인은 OOO과 OOO 시행과정에서 계약상 지급의무가 없는 사급자재를 추가로 지급하는 대신 확정된 공사금액을 차감하는 방법으로 자재를 공급하였는바, 조사청은 청구법인이 사급자재를 OOO원에 판매하였음에도 매출세금계산서를 미교부한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하고 부가가치세 과세표준에 가산하였으며, (10) 조사청은 2005～2006사업연도 법인세 과소신고가산세 과세시 구「법인세법 시행령」(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법 시행령”이라 한다) 제118조 제5항 제1호 및 제2호의 산식 중 ‘익금가산액’을 당해 익금에서 이에 대응하는 손금을 공제한 금액으로 계산하는 등의 조사내용을 과세자료로 처분청에 통보하였다. 나. 처분청은 이에 따라 2010.12.17. 및 2011.1.13. 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 다음 <표1>과 같이 각 경정·고지하였다. <표1> 법인세 및 부가가치세 고지 세액 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) (주위적 청구) 청구법인이 OOO의 2005년 7월 단독 유상증자 참여시 적용한 1주당 인수가액 OOO바트는 ㉠ 2005년 3월 OOO 법인 간 OOO 주식 거래시 적용한 매매사례가액으로서 시가에 해당하는 1주당 OOO바트(OOO과 OOO와의 1주당 거래가액)와 ㉡ 청구법인이 유상증자에 참여하기 위해 태국 OOO회계법인에 의뢰하여 평가한 가액인 1주당 OOO바트의 중간값인 OOO바트의 평균값일 뿐만 아니라, 청구법인과 특수관계가 없는 기타 주주들(OOO 등)과의 합의하에 결정된 객관적이고 적정한 가액이며, 상증세법상 주식평가 규정을 적용하기에 부적당한 경우에는 ‘당해 재산이 소재한 국가에서 양도소득세 과세목적으로 평가한 가액’을 시가로 인정하고 있는바( 상증세법 시행령 제58조의3 ), 국내 상증세법상 보충적 평가가액인 1주당 OOO바트는 태국 현지에서의 거래기준가액이 될 수 없고, 태국 법령상 액면가액(OOO바트) 미만의 주식발행을 금지하고 있음에 비추어 이 건의 경우 국내 상증세법상 주식평가 규정을 적용하기에 부적당한 경우에 해당한다. 청구법인이 OOO의 2008년 2월 유상증자에 참여한 1주당 가액 OOO바트 또한 “평가기준일 전 3년내 증자 등 자본변동이 있는 경우 순손익가치를 1주당 추정이익의 평균가액으로 할 수 있다”는 상증세법 시행령 제56조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제17조의3에 따라 OOO회계법인이 미래 2년 추정이익으로 순손익가치를 산정하여 적법하게 평가한 가액이고, 처분청은 OOO가 1개의 회계법인에만 감정을 의뢰함으로써 2이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액을 산정하도록 한 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호를 위반한 것으로 보아 이를 시가로 인정하지 않은 것으로 판단되나, ‘시가’란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하지만 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액도 포함되는 개념이므로, 부동산의 경우 대법원은 공신력 있는 하나의 감정기관의 감정가액도 시가로 인정(대법원 2001.8.21. 선고 2000두5098 판결, 같은 뜻임)하고 있으며, 조세심판원의 선결정례 또한 동일하게 인정(조심 2009중3160, 2009.12.14., 같은 뜻임)하고 있음에 비추어 볼 때, 공신력 있는 OOO회계법인이 단독 평가한 2008년도 주당가치 평가금액 또한 객관적인 주식가치로 인정되어야 한다. 상증세 법 상 보충적 평가방법 적용시 순자산가치는 자산 및 부채의 장부가액이 아닌 시가를 기준으로, 순손익가치는 당기순이익이 아닌 각 사업연도 소득금액을 기준으로 평가하여야 하는데, 처분청은 자산 및 부채는 장부가액으로, 각 사업연도 소득금액은 당기순이익으로 잘못 적용하여 1주당 평가가액을 산정하였으므로 처분청이 제시한 2005사업연도의 1주당 OOO바트와 2008사업연도의 1주당 OOO바트는 상증세법상 적법하게 평가된 가액으로 볼 수도 없고, 액면가액 미만으로는 주식을 발행할 수 없는 태국의 법령에 비추어 보더라도 액면가액(OOO바트)에도 미달하는 가액으로 과세조정을 하겠다는 처분청의 의도는 거래의 경제적 합리성을 무시한 처사이며, OOO의 주주에는 OOO, OOO, OOO 등 청구법인과 특수관계가 없는 법인들이 포함되어 있고, 청구법인의 인수가액이 평가시점의 적정한 가액이라는 것에 대하여 합의가 있었으므로 단독증자를 할 수 있었다. 국세청의 유권해석에서도 법인주주가 유상증자에 참여함에 있어서 발행주식의 시가보다 고가로 신주를 인수한 행위자체만으로는 부당행위 여부를 판단할 수 없고, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위이고 당해 법인의 소득금액에 영향을 미쳐 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에만 부당행위에 해당하는 것(법인세과-750, 2009.2.23., 법규과-1757, 2006.5.8. 외 다수, 참조)으로 보고 있는바, 처분청은 거래행위의 제반사항과 그 거래행위가 경제적 합리성을 결여하였는지 여부에 대한 구체적인 검토 없이 형식적인 논리만으로 과세하고자, ㉠ 합리적으로 결정된 시가를 부인하고, ㉡ 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 주식을 평가하여 인수가액과의 차액을 특수관계에 있는 법인에게 이익을 분여하였다는 부당한 판단을 하고 있다. (예비적 청구) 처분청이 OOO의 2005·2008사업연도 증자시의 1주당 가액 산정방법은 위에서 본 바와 같이 적법한 평가방법으로 볼 수 없고, 설령 이익분여가 있었다 하더라도 태국 현지법상 주식의 액면가액 이하로 유상증자하는 것이 금지되어 있으므로 최소한 액면가액인 OOO바트를 시가로 보아 이익분여액을 산정하여야 한다. 처분청은 청구법인이 주요 결정사항에 독자적인 경영권을 행사하기 위하여 주총특별결의가 가능한 75% 이상의 지분확보목적으로 단독증자에 참여하고, 기타 주주의 반발을 피하기 위해 상증세법상 평가방법이 아닌 회계법인의 감정가액으로 평가하여 시가보다 고가발행 하였다는 의견이나, 설령 청구법인이 OOO의 독자적인 경영권확보를 위하여 시가보다 고가로 신주를 인수하였다 하더라도, 시가와의 차액은 ‘경영권 프리미엄’에 해당하는 것으로 고가인수 여부는 당해 프리미엄 또한 별도로 고려하여 판단하여야 할 것이다. 처분청에서는 이러한 사정을 고려하지 않고 지분율대로 증자하거나 분여이익을 계산하여 특수관계자로부터 반환받는 계약을 체결하면 된다는 의견이나, 청구법인은 OOO의 경영권 확보 및 태국 현지법의 사정을 종합적으로 감안하여 회계법인이 적정하게 평가한 가액에 신주를 인수한 것이므로 청구법인이 적정한 시가로 증자에 참여한 경우에 해당된다. (2) 개정 운영기준의 소급 적용일인 2007.6.26. 이전에 퇴직한 전직자들에 대한 처분청의 처분도 다음에서 보듯이 법리적으로 문제가 있지만, 굳이 이들에 대해서까지 다투지는 아니하나 적어도 운영기준이 개정된 이후에 의무근무기간을 충족하지 못하고 퇴직한 전직자들에 대한 환수대상액(159명분 OOO원)의 익금산입은 위법·부당하므로 취소되어야 한다. 의무근무기간 미충족시 전직명예퇴직금을 반환하도록 규정한 청구법인의 반환지침은, 처분청이 문제를 삼는 전직자가 청구법인을 퇴직(2004년 12월)한 이후인 2005.11.15. 청구법인을 퇴직한 당사자들의 동의도 받지 아니하고, 선언적 취지에서 청구법인이 일방적으로 제정하여 해당 전직자들에게 계약상 강제적인 효력을 가지기 어려우므로, 청구법인에게 동 반환지침에 따른 전직명예퇴직금 반환채권 자체가 발생하였다고 볼 수 없으며, 더욱이 2007.6.26. 운영기준의 관련 조항 및 반환지침 등이 삭제된 이후에 분사회사에서 퇴직한 자들(이 건 심판청구 대상자들)의 경우에는, 분사회사 퇴직시점에 청구법인이 전직명예퇴직금을 반환받을 수 있는 근거규정 자체가 이미 사라지고 없었다는 점에서 반환청구권이 인정될 여지가 전혀 없는바, 반환지침 등이 삭제된 이후에 분사회사에서 퇴직한 근로자들의 명예퇴직금 또한 환수대상액이라며 이에 대한 미회수상당액 만큼 익금산입한 처분청의 부과처분은 취소되어야 한다. 처분청은 전직신청서에 ‘전직 후 3년이 경과하지 않은 시점에 분사회사에서 퇴직할 경우에는 청구법인의 지침에 정한 바에 따른다’는 내용이 있어, 퇴직자들이 의무근무기간을 채우지 아니하고 분사회사에서 퇴직할 경우 전직명예퇴직금을 반환하여야 한다는 사실을 알고 있었으므로 청구법인에게 반환채권이 당연히 발생한다는 의견이나, 퇴직자들의 전직당시 전직신청서상의 구체적인 내용은 ‘회사의 지침에 정한 바에 따른다’는 정도에 불과한 것이지, ‘전직명예퇴직금을 반환하여야 한다’는 구속력 있는 확정적인 내용이 아니므로, 이에 근거하여 청구법인이 당연히 반환채권을 가진 것으로 보는 것은 타당하지 아니하며, 더구나 청구법인의 심판청구 대상인 2007.6.26. 운영기준 개정(전직명예퇴직금 반환규정 삭제) 이후에 의무근무기간을 충족하지 못하고 분사회사에서 퇴직한 전직자들에 대한 환수대상액의 처분청 익금산입이 위법·부당하다는 것인바, 청구법인은 2007.6.26. 의무근무기간 미충족 퇴직자의 전직명예퇴직금 반환규정 자체를 삭제하였으므로 청구법인에게 반환채권이 당연히 발생한다는 처분청의 의견은 2007.6.26. 이후에 의무근무기간을 충족하지 못하고 분사회사에서 퇴직한 자들에는 근원적으로 성립되지 아니한다. 아울러 처분청은 2005.11.15. 제정한 반환지침이 퇴직자의 동의를 받지 아니하고 제정되었다 하더라도 그 효력에는 영향이 없다는 의견이나, 「근로기준법」제94조 제1항에 취업규칙을 근로자에게 불리하게 변경하는 경우에는 노동조합 또는 근로자 과반수의 동의를 받도록 명시하고 있는데, 청구법인은 운영기준과 반환지침을 근로자의 동의없이 일방적으로 제정하였는바, 의무근무기간을 충족하지 못하고 분사회사를 퇴직한 자에 대해 청구법인에게 전직명예퇴직금 반환채권이 있다는 처분청의 의견 또한 성립될 수 없다. 또한 처분청은 반환지침 제정 후인 2005년 12월 분사회사에서 퇴직한 2명에 대해 청구법인이 2005사업연도 법인세 신고시 동 반환지침에 따라 월할 계산한 반환대상금액을 익금산입하여 세무조정한바 있으므로 청구법인이 반환의무가 있다는 것을 인식하고 있었다는 의견이나, 청구법인의 이 건 심판청구는 2007.6.26. 반환지침 삭제 이후에 의무근무기간을 충족하지 못하고 분사회사에서 퇴직한 전직자들만을 대상으로 하고 있는바, 청구법인이 2005사업연도 법인세 세무조정시 전직명예퇴직금 미환수액을 익금산입한 사실 자체가 이 건 과세근거가 될 수는 없다. 처분청은 전직명예퇴직금 반환의무규정 삭제의 효력은 해당 규정 개정(2007.6.26.) 당시 청구법인에 근무하고 있는 자에게만 적용되므로 운영기준 개정 이전에 청구법인에서 퇴직한 근로자들에 대해서는 그 효력이 미칠 수 없다고 하면서 제시한 판례(대법원 1991.4.9. 선고 90다16245 판결, 같은 뜻임)는, 원고인 퇴직자가 퇴직 이후에 정년이 52세에서 55세로 연장된 경우 개정된 인사관리규정은 이미 퇴직한 직원에게까지 소급하여 적용되는 것은 아니라는 사유로 연장된 정년이 원고에게도 적용되어야 한다는 원고의 주장을 배척한 내용에 불과하며, 오히려 위 판례는 ‘취업규칙을 근로자에게 불이익하게 변경하는 경우에는 그 동의를 얻어야 하고 그 동의를 얻지 못하는 경우에는 근로자에게 불이익하게 변경되는 부분은 무효’라는 내용도 포함하고 있는바, 동 판례에 따를 경우 이 건 반환지침은 근로자의 동의를 얻지 아니하고 제정되었으므로 무효인 것이고, 무효인 반환지침에 근거한 전직명예퇴직금 반환채권 또한 성립할 수가 없다. (3) 추정 고철 발생량에 의해 계약금액이 결정되는 계약은 수량지정매매계약의 일종으로서(대법원 1996.4.9. 선고 95다48780 판결, 같은 뜻임), 추후 고철 발생량에 현저한 차이가 발생한 경우에는 「민법」제574조 가 적용되는 것이고( 「민법」제574조 는 ‘수량을 지정한 매매의 목적물이 부족이 되는 경우와 매매목적물의 일부가 계약 당시에 이미 멸실된 경우에 매수인이 그 부족 또는 멸실을 알지 못한 때에는 감액청구 또는 계약해제 외에 손해배상을 청구할 수 있다’고 규정하고 있다), 이 건은 고철수량을 지정한 매매계약상 고철량이 실제 발생량보다 부족함에 따라 청구법인이 OOO의 대금 감액청구권을 인정하여 매매금액의 감액을 합의한 것일 따름이지, OOO이 별도의 손해배상을 청구한 것이 아니다. 우선, 처분청이 과세의 근거로 제시하는 「공사계약특별약관」제3조(‘본 공사의 계약은 OOO 방식으로 물량증감 등에 따른 계약금액 변동은 없다’는 내용)는 철거공사비에 대한 것인데, 이 건에서 변경된 것은 철거공사비가 아니라 매각한 고철의 수량 변경에 따른 매매가격의 조정이므로, 처분청의 의견은 그 전제부터 크게 잘못된 것이며, 계약자유의 원칙을 천명한 「민법」제105조 에 “법률행위의 당사자가 임의규정과 다른 의사를 표시한 때에는 그 의사에 의한다”고 정하고 있는 바와 같이 이미 성립된 철거공사 계약의 경우에도 사정변경에 따라 얼마든지 새로운 합의를 할 수 있는 것이다. 그밖에 처분청은 OOO이 2006.7.26. 청구법인에게 보내온 문서의 제목 중 ‘물량부족에 따른 손해보상’이라는 부분과 그 내용 중에 ‘당초 추정 고철량과의 현저한 차이로 매각물량의 부족에 따른 보상금을 지급하라’는 부분의 용어(손해보상과 보상금)에 착안하여 청구법인이 당초계약금액을 감액한 부분을 손해배상금이라고 하는 것으로 이해되나, 위 문서의 전반적인 취지는 ‘매각물량의 부족’에 따른 계약금액의 하자를 주장하는 것으로 매도인의 담보책임을 묻는 것에 불과하며, 결국 청구법인은 OOO과 협의하여 당초계약금액을 감액하는 계약을 체결하였는바, 처분청이 당사자들의 의사표시가 확정된 계약서를 무시하고 그 협의과정에서 OOO이 보낸 문서의 일부 기재내용만을 강조하여 당사자간 합의의 성격인 계약서의 내용과 달리 보는 것은 부당하다. 또한 처분청은 계약금액 감액분 OOO원은 손해배상금 성격으로 「법인세법」상의 접대비에 해당한다는 의견이나, 「민법」은 “채무자(청구법인)의 채무불이행(제390조)과 불법행위(제750조)로 인해 채권자에게 손해가 발생한 때에는 채권자는 그 손해배상을 청구할 수 있다”고 규정하고 있음에 비추어 OOO은 이 건 계약과 관련하여 청구법인이 물량산정을 잘못한 책임을 묻는 것이 쉽지 않다는 점을 인지하고 ‘손해배상’이라는 표현 대신에 ‘손해보상’이라는 「민법」에 규정되어 있지 않은 용어를 사용하여 청구법인에게 당초계약을 해제하고 계약금액을 감액하여 다시 계약을 맺자는 취지로 위 문서를 보낸 것으로 이해됨에도 불구하고, 처분청은 손해배상금 성격이 있다면서 청구법인이 이를 임의로 지급하였으므로 접대비에 해당한다는 의견이나, 청구법인과 OOO이 2006.10.18. 체결한 변경계약서는 OOO의 감액청구를 청구법인이 받아들여 종전의 계약을 당사자간 합의를 거쳐 해제한 다음 다시 계약한 것이므로, 해당 감액분이 손해배상금 성격으로서 접대비에 해당한다는 처분청 의견은 사실과 다르다. 아울러 처분청은 청구법인의 수정세금계산서는 수량감소에 따른 적법한 수정세금계산서라고 볼 수 없다는 의견이나, 이 건 변경계약은 당사자간 합의에 의하여 체결된 적법한 계약이며, 이와 같이 적법한 계약변경으로 공급가액에서 차감되는 금액에 대해서는 「부가가치세법 시행령」제59조 제3호에 따라 그 계약변경일을 교부일로 하여 수정세금계산서를 교부할 수 있고, 국세청도 유권해석을 통해 ‘사업자가 국외의 외국법인과 수출계약에 의하여 재화를 수출한 후에 계약내용의 변경사유가 발생하여 거래당사자간 합의에 의해 당초계약내용이 변경됨으로써 당초 거래금액에 증가 또는 감소되는 금액이 발생한 경우’ 수정세금계산서 교부대상임(국세청 서면3팀-2336, 2005.12.21. 참조)을 명확히 하고 있다. 이처럼 청구법인이 OOO과의 계약을 변경하여 당초계약금액을 감액한 것은 손해배상금이 아니라, 대금의 감액청구권을 인정하여 계약금액의 감액을 합의한 것이므로, 처분청이 이를 손해배상금으로 보고, 나아가 접대비에 해당한다고 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 위법·부당한 것으로 취소되어야 한다. (4) 당초 지주회사 수입배당금의 익금불산입에 대하여만 자회사가 재출자한 경우 익금불산입액에서 차감하도록 하였으나, 일반법인의 경우에도 지주회사와 동일하게 자회사가 재출자하는 경우 익금불산입을 배제하는 제도가 2005년 12월 신설되어 구 법인세법은 일반법인이 사업관련 손자회사에 출자한 경우 지주회사 준용규정에 따라 지주회사와 동일하게 수입배당금의 익금불산입액에서 차감하지 아니하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 제18조의2 제1항 제4호에 의한 “사업관련 손자회사”는 “공정거래위원회가 정하는 사업관련 손자회사”를 말하는바, 청구법인의 국내자회사가 재출자한 국외 손자회사는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다)상 “사업관련 손자회사”에 해당하므로 청구법인이 수입배당금의 익금불산입시 “사업관련 손자회사”에 대한 재출자분을 차감하지 아니하고 신고한 것은 정당하다. 처분청은 구 법인세법 제18조의3 제1항 제4호에서 “제18조의2 제1항 제4호의 규정을 준용”한다는 규정은 그 계산방식만 준용한다는 의미일 뿐, 사업관련 손자회사를 제외한다는 단서규정은 준용대상이 아니라는 의견이나, 같은 법 제18조의2 제1항 제4호에서는 “지주회사가 자회사로부터 지급받는 수입배당금을 익금불산입함에 있어 배당금 지급법인인 자회사가 계열회사에 재출자한 경우 익금불산입을 배제”하도록 규정하면서 “사업관련 손자회사에 재출자한 경우에는 익금불산입 배제규정을 적용하지 않는다”고 규정하고 있고, 청구법인과 같이 지주회사가 아닌 일반법인의 경우에도 위 규정(같은 법 제18조의2 제1항 제4호)을 포괄 준용하고 있는바, 조문을 기술함에 있어 “준용(準用)”이라는 표현은 같은 종류의 규정을 되풀이하는 번잡을 피하고 법문을 간소화하기 위한 입법기술의 하나로서 「법인세법」에서 “준용”이라는 표현을 사용한 예는 아주 많은데(제33조 제4항, 제36조 내지 제38조 제2항, 제46조의5 제2항 및 제3항 등), 이 중 「법인세법」제46조의5 제2항 및 제3항의 규정을 살펴보면, 제2항에서는 “제1항에 따른 양도손익의 계산에 관하여는 제46조 제2항 및 제3항을 준용한다”고 규정하고 있고, 제3항에서는 “분할신설법인 등에 대한 과세에 관하여는 제46조의2, 제46조의3 및 제46조의4를 준용한다”고 규정하고 있는 점을 감안할 때, 구 법인세법 제18조의3 에서 제18조의2 제1항 제4호의 단서를 제외하고 그 계산방식만을 준용할 것이라면 「법인세법」제46조의5 제2항의 규정과 같이 “수입배당금의 익금불산입 차감금액의 계산에 관하여는”이라고 명백히 제한하였을 것임에도 불구하고, 구 법인세법 제18조의2 제1항 제4호 전체를 제한없이 준용하고 있는 점에 비추어 볼 때 처분청의 의견처럼 계산방식만을 준용하였다고 보기는 어렵다. 또한 처분청은 예외가 인정되는 사업관련 손자회사에 대한 재출자는 지주회사에 대해서만 적용되는 규정이므로 일반법인은 적용되지 않는다는 의견이나, 기획재정부에서 발간한 ‘2005년 간추린 개정세법’에 따르면, ‘사업관련 손자회사 등에 대해서는 일반법인에 대하여도 지주회사와 동일하게 적용한다’고 명백히 밝히고 있고, 사업관련 손자회사는 일반법인도 지주회사처럼 업무관계상 불가피한 측면이 있으므로 사업관련 손자회사에 대한 재출자의 예외 허용에 대하여 지주회사와 차별을 할 아무런 이유가 없으며, 2005년 일반법인의 자회사에 대한 재출자 규제제도를 신설하면서 지주회사에 대한 예외규정을 그대로 적용하도록 하기 위하여 입법기술상 「법인세법」제18조의2 제1항 제4호 전체를 준용하도록 규정하였다고 판단되는바, 일반법인의 자회사가 사업관련 손자회사에 재출자하는 경우에도 지주회사와 같이 마땅히 예외가 인정되어야만 한다. (5) 청구법인이 도급금액 산정시 사급자재 스크랩 가액을 자재비와 상계하여 도급계약을 체결한 것은 사급자재에서 발생되는 스크랩량의 파악 및 관리가 현실적으로 불가능하기 때문이며, 해당 사급자재 스크랩의 경우 실제 발생되지 않은 상태에서 도급계약의 일부로 반영되었는바, 이는 분리할 수 없는 하나의 거래행위로서 이들을 각각 별도의 거래로 구분할 수 없고, 청구법인의 사급자재에서 불과 2.6% 정도 발생하는 스크랩 가액은 해당 도급공사에 딸린 부수용역의 공급으로서 주된 거래인 건설용역의 공급대가에 포함되는 것으로, 도급공사와 분리하여 판단할 수는 없으며, 청구법인의 이와 같은 거래방식은 정부품셈 방법에 따른 정부의 공사계약에서도 동일하게 적용되어 오고 있는 오랜 관행으로서, 공사계약시 발생될 것으로 예상되는 스크랩 가액은 도급가액의 차감항목으로 기재하여 도급가액에 반영할 뿐, 실제 스크랩 발생액을 별도 정산하지 아니하고 있다. 처분청이 사급자재에서 발생한 스크랩 가액을 별도의 매출로 보아 세금을 부과한 것은 스크랩이 발생할 경우 최종 정산시점에 계약서를 변경하여 정산하는 것으로 사실관계를 잘못 이해한데서 비롯된 것으로 사료되는바, 청구법인과 건설회사는 사급자재 스크랩 추정가액을 재료비에서 차감(상계)하여 당초계약을 체결한 이후에는 추후 실제 발생된 스크랩량이 계약내용과 다르더라도 별도의 정산절차를 거치지 아니하며, 처분청은 이와 같은 계약관행이 마치 하도급업체의 비자금 조성 및 고철 무자료거래 등 유통과정 문란의 주된 원인을 제공하는 것처럼 매도하고 있으나, 하도급업체가 해당 거래를 통하여 얼마만큼의 스크랩량을 획득하였는지는 하도급계약서상의 재료비에 기재된 스크랩량만 살펴보면 충분히 알 수 있으며, 하도급업체 중 극히 일부가 스크랩을 무자료로 판매한 것과 이 건 거래계약 구조는 전혀 상관관계가 없다. 또한 처분청은 설계도면이 정확하기 때문에 스크랩량을 실측할 필요가 없다는 의견이나, 조업자의 업무숙련도, 가공회사의 가공숙련도 등에 따라서 발생하는 스크랩량이 다르기 때문에 이에 대한 정확한 예측은 불가능할 뿐만 아니라, 정확한 스크랩 발생량을 파악하고 이를 관리·수거하려면 너무나 많은 비용이 소요되기 때문에 불가피하게 공기업시절부터 청구법인이 추정한 사급자재의 스크랩량을 도급가액에 반영하여 처리하여 왔던 것이며, 처분청은 이와 같은 과세문제가 청구법인이 총액주의에 의해 세금계산서를 교부하지 아니한 데서 비롯된 것이라는 의견이나, 스크랩 발생량은 사급자재 물량의 2.6%에 불과하고, 실제 발생량을 계측하고 관리하는데 불필요한 비용이 소요될 뿐만 아니라, 총액주의에 의하더라도 정확한 스크랩량과 매출시기를 확정할 수 없는 것은 마찬가지이며, 처분청의 의견대로 청구법인이 사급자재를 공급하지 아니하고 최종 하도급자가 해당 자재를 직접 취득하여 가공하도록 하면 사급자재의 스크랩 문제 자체가 발생하지 않겠지만, 사급자재 제공여부는 계약 당사자간 결정할 문제로서 단지 「부가가치세법」상 관리의 용이성만을 위해서 사급자재 공급을 포기하라는 것은 믿을 수 있는 자재의 공급을 통한 부실공사의 예방, 사업비 절감, 자재 공급의 용이성 등을 포기하라는 것인바, 이는 계약의 자유를 침해하는 부당한 요구이다. 아울러 처분청은 매출·매입거래를 상계처리한 것을 부수재화의 공급개념으로 볼 수 없다고 하면서, 생산자인 도급인으로부터 자재를 매입하여 가공절차를 거친 다음 도급인의 공장건설에 재투입하는 경우의 사례를 들고 있으나, 생산자가 자재를 도급인에게 보내 가공을 거친 다음 생산자의 공장건설에 재투입하더라도 실제 소유권이 이전되지 아니하는 한 물량이동에 따른 세금계산서 교부가 생략되는바, 이는 당해 사안과 무관하고 세금계산서미교부가산세 부과 취지는 거래내역의 은닉에 의한 거래질서 문란은 물론 조세포탈을 방지하기 위한 것으로, 이 건 거래는 세금계산서불성실가산세를 부과하여야 할 요건의 어디에도 해당되지 아니하며, 국세청도 공급자(갑)가 공급한 고압증기를 수급자(을)가 사용하고 저압증기를 (갑)에게 반환하는 거래에서, ㉠ 고압증기 단가와 저압증기 단가의 차액(순액)을 (갑)의 (을)에 대한 고압증기 공급가액으로 약정하였다가, ㉡ (갑)은 (을)에게 고압 증기를, (을)은 (갑)에게 저압증기를 각각 공급하는 것(총액)으로 약정을 변경하였더라도 모두 타당한 것으로 인정(심일46830-641, 2003.9.8., 참조)하고 있고, 회사가 외부전문업체와 경비 및 청소용역 계약을 체결함에 있어 외부전문업체가 관련 비용을 모두 부담하는 조건으로 고가에 용역계약을 체결하는 대신 회사가 필요 시설 및 수도·전기 등을 제공하는 조건으로 저가에 용역계약을 체결하는 경우 회사가 임대용역과 수도·전기의 재화를 별도 공급한 것으로 볼 수는 없다는 점에서도 잘 드러나고 있다. 또한 처분청은 정부품셈 방법에 의한 도급자재의 처리는 적법하다고 하면서 청구법인의 사급자재 업무처리는 부당하다는 의견이나, 정부품셈방법에 따른 예정가격 산출 작성기준을 살펴보면, 계약목적물의 제조 중에 발생되는 작업설, 부산품, 연산품 등은(현실적으로 보관 및 정확한 물량산정이 어렵고 전체 재료비에서 차지하는 비중이 미미하므로) 그 매각액 또는 이용가치를 추산하여 재료비로부터 공제하여야 한다고만 명시하고 있고, 이 방법을 사급자재에 적용해서는 안 된다고 명시된 바 없을 뿐만 아니라, 처분청의 과세논거에 따르면, 도급금액과 스크랩 가액을 차감하여 도급가액을 결정하는 정부 및 지방자치단체 발주공사 모두 「부가가치세법」을 위반한 것이 된다. (6) 2005.3.14. 청구법인에서 작성한OOO기 본체설비 협상결과’ 자료내용 중 ‘3. 가격조사 내용’ 및 ‘검토가 산출내역’ 자료를 살펴보면, 당초 OOO기 본체설비 예산가액은 총 OOO원(설비비 금액 OOO원 포함)이며, 이 중 설비비(OOO원) 산출근거인 OOO 기계설비별 추산 가’ 산정자료에 따르면, OOO원 상당의 사급자재 스크랩 가액이 이미 차감되어 있고 위 예산가액에 근거하여 정밀하게 산정된 가액이 위 협상자료상의 검토금액인 OOO원(설비비 금액 OOO원 포함)이며, 이를 토대로 건설사와 협상하여 OOO원을 추가 감액한 OOO원에 계약을 체결하였는바, 이러한 계약과정과 청구법인의 OOO 연구개발추진반 소속 직원 OOO의 문답서를 보더라도, OOO기의 계약금액에는 이미 사급자재 스크랩 가액이 차감되어 있음을 알 수 있고 현장설명회 및 당시 설명자료에서도 사급자재의 스크랩은 회수하지 않아도 된다는 것을 안내하고 있었으며, OOO건설도 하도급업체에게 사급자재 스크랩을 이전하는 조건으로 하도급업체가 견적을 내도록 안내하였었다는 OOO건설 담당 OOO인 한OOO 부장의 확인에 의해서도 입증되고 있다. 아울러 ‘설비 및 기기구매계약 일반약관’에 따르면, 사급자재의 잔량은 반환하여야 하는 것으로 명시하고 있으나, 청구법인과 OOO건설은 OOO 계약(매도인 : OOO건설, 매수인 : 청구법인)에 따른 도급금액을 산정함에 있어, 사급자재 스크랩 추정가액을 이미 차감하였으므로, 설비 및 기기구매계약 일반약관에 따른 잔량(스크랩) 반환요건은 1.5M OOO 본체설비 구매계약에 의하여 이미 소멸된 것이다. 따라서 청구법인이 OOO건설에 별도로 증여한 사급자재 스크랩은 존재할 수 없다. (7) OOO의 경우 설비시공 일괄계약 일반약관이 적용되는 공사로서, 이에 따르면 사급자재 잔량은 청구법인에게 반환하도록 명시되어 있는바, 청구법인과 OOO건설은 일반적인 설비공사계약 관행과 달리 공사도급가액 산정시 사급자재 스크랩 가액을 차감하지 아니하였고, 해당 공사는 청구법인의 구내에서 진행되지만 일부 설비는 사외가공을 통하여 제작되었는바, 청구법인이 제공한 사급자재 중 청구법인의 구내에서 발생한 스크랩은 모두 청구법인의 야적장에 기반납하였으며(처분청의 의견과 달리 청구법인은 구내 발생 스크랩에 대해 과세되었다고 언급한 적 없다), 사외에서 가공·제작하는 과정에서 발생한 사급자재 스크랩 물량은 아직 회수되지 않았으나 이에 대한 소유권은 마땅히 청구법인이 가지며, 이는 해당 공사가 완료되는 시점에 전량 회수할 예정으로, OOO에서 발생한 사급자재 스크랩은 청구법인의 자산이고 그 누구에게도 무상으로 이전한 바 없으며, OOO건설 또한 해당 공사에서 발생한 사급자재 스크랩 가액만큼 순자산 증가를 가져온 바 없다. 처분청은 사외에서 가공·제작하는 과정에서 발생한 사급자재 스크랩 물량을 OOO건설이 하도급업체와 정산하였다는 사실을 인지하였고, OOO건설과 청구법인 역시 그 시점에 세금계산서를 수수하였어야 한다는 의견이나, 청구법인과 OOO건설 간의 사급자재 스크랩에 대한 정산은 OOO건설과 하도급업체와의 계약과는 별개의 거래에 해당하므로, OOO건설과 하도급업체 간 스크랩 정산 시점에 OOO건설과 청구법인 역시 스크랩을 정산하여야 한다는 법리는 성립될 수 없다. 왜냐하면 청구법인이 사급자재를 지급한 곳과 스크랩 반환처 및 정산처가 모두 OOO건설이고, OOO건설과 청구법인 간에는 해당 스크랩에 대한 어떠한 정산도 이루어지지 않았으며, 청구법인이 해당 스크랩에 대하여 포기의사를 밝힌바 없기 때문이다. 본 OOO 계약은 일반 공사도급계약과 달리 설계 및 시공 일괄도급 형태의 계약으로서, 당초 정확한 설계가 없는 상태에서 청구법인이 제시하는 규모와 사양을 참고하여 OOO건설이 작성한 견적서를 바탕으로 대략적인 지급수량과 공사비가액을 정한 계약으로, 최종 상세도면이 완성되어야 스크랩발생 물량에 대한 추정치를 산정할 수 있기 때문에 스크랩 물량 확정시점을 공사가 완료되는 시점으로 정한 것이다. (8) 처분청은 OOO건설이 구입한 자재(도급자재)에서 발생한 스크랩이 지속적으로 OOO건설의 소유가 되기 위해서는 별도 보관 후 관리를 하는 등 실물자산에 대한 관리가 계속되어야 하지만, 스크랩에 대하여 계근된 수량만 관리하고 있을 뿐 실물자산에 대해서는 한 번도 관리를 하지 않아 OOO건설이 청구법인의 야적장에 야적하는 시점에 이미 공급이 이루어진 것으로 보아야 한다는 의견이나, OOO건설은 도급자재 스크랩에 대하여 중량뿐만 아니라 반출한 날짜까지 기록하고 있어 사실과 다를 뿐만 아니라, 처분청의 이와 같은 처분은 협소한 공사현장의 장소적 제약 및 특성을 감안하지 않은 부당한 것이며, 청구법인과 OOO건설이 스크랩의 정산시점을 최종 공사가 준공되는 때로 한 것은 최종 설계도면이 확정이 되어야만 반납한 스크랩에 대한 도급자재의 추정물량을 확인할 수 있고, 이미 기록된 일자별 물량을 근거로 공급가액을 확정할 수 있기 때문이었다(OOO설이 청구법인의 야적장으로 반납한 스크랩은 도급자재분과 사급자재분이 혼재된 상태여서 도급자재 스크랩 물량만을 구분하는 것은 불가능한 상태였다). 또한, 기업회계기준에 따르면, 재화의 판매로 인한 수익은, ㉠ 재화의 소유에 따른 위험과 효익이 대부분 구매자에게 이전되고, ㉡ 판매자가 해당 재화에 대하여 효과적인 통제를 할 수 없고, ㉢ 수입금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있으며, (4) 경제적 효익이 유입될 가능성이 매우 높고, (5) 거래와 관련하여 발생하였거나 발생할 거래원가와 관련 비용을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 등 5가지 요건을 모두 충족한 경우에 인식할 수 있는바, OOO건설이 장소의 협소성 등으로 인하여 당해 도급자재 스크랩을 청구법인의 야적장에 반출하고 계근한 시점은 수입금액 미확정 등으로 위 수익인식 요건을 충족하지 못하고 있을 뿐만 아니라, OOO건설은 해당 스크랩에 대한 권리를 명시적으로든 묵시적으로든 포기한 적이 없다. 따라서, OOO건설이 도급자재 스크랩을 청구법인의 야적장에 반출한 때에 이를 청구법인에게 무상 이전한 것으로 볼 수는 없다. (9) 대법원은 납세의무자가 경제활동에서 동일한 경제적 목적 달성을 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택한 경우 특별한 사정이 없는 한 이를 존중하여야 하고, 납세의무자가 선택한 소득의 귀속이나 거래형식이 가장행위에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한 사법상의 형식을 세법상으로도 그대로 인정하여야 하며, 법에 구체적인 근거규정이 없으면 실질과세원칙을 들어 소득의 귀속이나 거래형식을 재구성할 수 없다는 일관된 입장을 취하고 있고, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하 “국가계약법”이라 한다)의 공사계약 일반조건에 따르더라도 계약담당공무원은 원자재의 수급불균형에 따른 원자재 가격급등 등 사급자재를 관급자재로 변경하지 않으면 계약목적을 이행할 수 없다고 인정될 때에는 계약당사자 간의 협의에 의하여 사급자재를 관급자재로 변경할 수 있도록 정하고 있는바, OOO 구매계약서에 첨부된 ‘2. 공사비 견적 작성조건의 (3)’에 따르면 사급자재는 철골가공용 소재(Plate) 30,804톤으로 물량가감 정산은 없는 것으로 명시하고 있으나, OOO는 설비시공 일괄계약으로서 사급자재인 철골가공용 소재(Plate) 30,804톤 또한 개략설계에 따른 물량에 불과하였으므로, 그 후 상세설계가 완성되면서 건설에 투입될 사급자재 물량이 추가로 발생함에 따라 부득이하게 사급자재를 추가 공급하기로 계약을 변경하였는바, 이는 정상적인 계약의 변경으로서 처분청의 의견과 같이 도급자재의 공급으로 거래를 재구성할 수는 없는 것이고, 이 경우 「부가가치세법 기본통칙」13-48-7(공급받는 자가 부담하는 원자재 등의 과세표준 계산)에서 명시하고 있는 바와 같이 사급자재의 가액은 ‘과세표준에 포함하지 아니하는 것’이므로 청구법인이 추가로 제공한 사급자재의 가액을 해당 도급가액에서 차감한 것이고, 처분청은 추가로 지급된 사급자재에 대하여 계약서의 효력을 부인하는 것은 아니라고 하면서도 추가로 지급되는 자재는 최초 견적조건상 지급하기로 하였던 사급자재 30,804톤 이외의 것이므로 계약의 조정이 아니라 공사용역의 확정된 대가를 차감한 교환거래에 해당한다는 의견이나, 이는 사급자재의 지급은 최초 계약시점에만 결정될 수 있고, 이후 변경계약 등을 통해서는 지급할 수 없다는 것인바, 이러한 처분청의 의견은 헌법에서 보장하는 계약당사자 간의 계약의 사적자치를 부인하는 처분으로서 「부가가치세법」에도 정면으로 배치된다. 즉 OOO건설이 사급자재를 발주처에 추가로 요청하는 것은 공사의 진행상황에 따라 언제든지 가능한 일이고 계약변경을 통해 적법하게 이루어질 수 있는 것이나, 처분청은 발주자가 철강제품 생산자이기 때문에 사급자재 요청에 대한 발주자의 승낙을 마치 재화의 공급으로 오인한 것으로 판단된다. 또한 처분청은 OOO건설이 공기지연 등의 우려로 사급자재를 추가 요청할 수밖에 없었다는 사실에 대하여 계약변경에 의하지 아니하고 청구법인으로부터 OOO건설이 부족한 자재를 매수하였으면 되었을 것이라며 추가적인 사급자재 지급의 정당성을 부인하고 있으나, 이는 사급자재를 지급함으로써 향유할 수 있는 발주자의 이익(사업비 절감효과, 믿을 수 있는 자재의 공급으로 부실공사의 사전 대비, 도급자가 원하는 날짜에 사급자재의 공급 가능, 공사관리의 용이성) 등 사적자치 원칙을 침해하는 것이다. (10) 「법인세법 시행령」제118조 제5항 및 제6항은 전체 과소신고금액 중 각각 얼마만큼이 부당과소신고가산세와 일반과소신고가산세 대상인지를 안분하기 위한 기준을 정한 것이다. 같은 조 제6항 제1호에 따르면, ‘총익금가산액’은 각 사업연도 소득금액 계산에 있어 ‘익금에 가산한 금액’을 의미한다고 규정하고 있고, 「법인세법」제14조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있어 ‘익금에 가산한 금액’은 당연히 익금이 늘어난 금액만을 의미하는 것이므로, 처분청은 아무런 근거도 없이 ‘익금에 가산한 금액’이 당해 익금에서 대응되는 손금을 공제한 금액이라고 오해하고 이에 기초하여 청구법인의 과소신고가산세를 계산한 것이므로 잘못 계산한 가산세는 마땅히 취소되어야 한다. 처분청은 조사사무처리준칙 별지 제24-8호 서식【과소신고소득 및 미달세액 계산서】및 동 작성요령의 총익금가산액 산출방식을 들어 이 건 과세처분이 적법하다는 의견이나, 조사사무처리준칙은 국세청장이 법률의 근거 없이 정한 행정규칙으로서 국세청장이 제정하거나 발령한 훈령 또는 예규에 속하지 않는 내부의 사무처리기준에 불과하고, 이 건 과소신고가산세 계산시 동 서식에 따라야 한다고 위임한 근거가 법령 어디에도 없으며, 대법원 또한 조사사무처리준칙의 법원성을 부인하고 있으므로(대법원 1992.12.22. 선고 92누7580 판결, 같은 뜻임), 「법인세법 시행령」제118조 제5항 및 제6항 규정에 따른 과소신고가산세 안분계산시 ‘익금가산액’은 청구법인의 주장(익금이 늘어난 금액만을 의미)이 적법·타당하다. 나. 처분청 의견 (1) (주위적 청구) 외국법인이 발행한 비상장주식도 내국법인이 발행한 것과 같이 평가기준일 현재의 시가가 원칙이고, 시가가 불분명한 경우 상증세법상 보충적 평가방법으로 하여야 하며, 청구법인의 2005년 단독 유상증자 당시 OOO 주식의 시가와 관련하여 2005년 중 OOO이 특수관계자인 OOO 본사에 양도한 OOO 주식은 특수관계자 간 거래로 그 거래가액을 시가로 볼 수 없고, 청구법인이 회계법인에 의뢰하여 평가한 감정가액은 비상장주식의 경우 시가가 될 수 없으므로 상증세법상 보충적 평가방법에 의해 증자전 1주당 가액을 평가하여야 하며, 설령 비상장주식이 아닌 경우라도 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서에 의해 1개의 감정기관이 미래에 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 자산을 평가한 가액은 시가로 인정될 수 없다. OOO는 2004년도말 기준으로 이월결손금으로 인해 자본금이 잠식된 회사로, 2005년도 청구법인 내부의 경영위원회에 부의된 안건내용을 보면, 청구법인은 주총 특별결의가 가능한 75% 이상의 지분을 확보하여 주요 결정사항에 독자적인 경영권을 행사하기 위하여 포스타이의 증자에 참여한 것으로 확인되었으며, 기타주주의 반발을 피하기 위해 상증세법상 평가방법이 아닌 회계법인의 감정가액으로 평가하여 시가보다 고가 발행한 것으로 보여진다(그룹 총지분이 증자 전에는 63.9%이고 증자 후에는 75.2%이다). 또한 청구법인이 2008년 증자시 1개 회계법인(OOO회계법인)에 의뢰하여 산출한 1주당 가액(OOO바트)은 “1주당 순손익가치를 미래 추정이익”으로 적용하였으나, “2이상의 감정기관의 추정이익 평균가액”이란 법정요건을 갖추지 못한 임의적 평가방법이므로, 원칙적으로 비상장주식의 순손익가치는 상증세법 시행령 제56조 제1항에 의한 순손익가치인 “1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액”으로 계산하되, 예외적으로 재정경제부령이 정하는 경우에는 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호(순손익가치를 추정이익으로 할 수 있는 경우)에 의한 평가방법을 제한적으로 적용하여야 할 것이며, 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호는 “2이상의 신용평가 전문기관 또는 회계법인이 재정경제부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액”으로 하여 보다 객관적이고 엄격하게 적용하고 있다고 판단되므로, 이에 반하는 하나의 회계법인이 산정한 1주당 추정이익은 적법한 순손익가치로 볼 수 없다는 것이 조세법률주의에도 부합된다. 따라서 청구법인이 경제적 합리성을 무시하고 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 평가에 비해 법정요건을 충족하지 못하면서 시가보다 고가로 평가되는 감정가액(2005년 증자) 및 추정이익(2008년 증자)을 이용하여 OOO의 신주를 단독 인수한 사실은, 신주인수권을 포기한 특수관계자에게 경제적 이익을 분여하고 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것이므로 상증세법상 보충적 평가방법에 의해 산출된 가액을 기준으로 부당행위계산 부인한 이 건 처분은 정당하다. 청구법인은 OOO의 2005년 유상증자시 인수가액(1주당 OOO바트)은 2005년 3월 OOO과 OOO와의 1주당 거래가액 OOO바트(매매사례가액)와 감정평가법인의 감정가액인 1주당 OOO바트의 평균값으로서 시가에 해당한다고 주장하나, 2005년 3월 OOO과 OOO본사와의 해당 주식거래는 특수관계자 간의 거래로서 시가로 인정받는 매매사례가액이 될 수 없고, 상증세법상 비상장주식의 감정가액은 원칙적으로 시가로 인정되지 않으므로 청구법인이 주장하는 1주당 OOO바트는 2005년 증자 당시 시가가 될 수 없으며, 청구법인은 OOO의 2008년 유상증자시 인수가액(1주당 OOO바트)은 1개 회계법인이 평가한 가액으로 법정요건은 충족하지 못하지만 공신력 있는 하나의 감정가액도 시가로 인정한 판례가 있으므로 적정한 가액에 해당된다고 주장하나, 해당 평가액은 회계법인이 시가가 불분명하여 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액에 불과하므로 하나의 감정가액으로서 이를 시가로 인정해 달라는 주장은 이유가 없다. 또한 청구법인은 처분청의 1주당 평가가액이 당기순이익과 장부가액을 기준으로 1주당 가치를 계산하여 상증세법상 적법한 평가가액으로 보기 어렵고 이익분여 목적이 없었으므로 부당행위계산 부인대상이 아니어서 처분청의 처분은 위법하다고 주장하나, 처분청은 상증세법 시행령 제54조 에 의한 보충적 평가방법을 적용하여 적법하게 산정하였고, 부당행위계산 부인대상인 ‘조세의 부당한 감소’는 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻하는 것으로 반드시 조세의 부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 부당행위계산 부인대상에 해당하는 것은 아니므로 이익분여목적이 없어 동 규정을 적용할 수 없다는 청구법인의 주장은 이유 없다. (예비적 청구) 청구법인은 설령 불균등증자에 따른 이익분여가 있었다 하더라도 태국 현지법에 따르면 액면가액 이하의 신주발행이 금지되어 있어 청구법인이 인수한 가액과 액면가액과의 차액만 이익분여한 것으로 적용하여야 한다고 주장하나, 처분청이 평가한 OOO의 1주당 평가액인 2005년 OOO바트, 2008년 OOO바트로 반드시 신주발행을 해야 한다는 의미는 아니고, 청구법인이 2005년 및 2008년 OOO의 유상증자시 부당행위계산 부인규정을 적용받지 아니하려면 ㉠ 지분율대로 증자하거나 ㉡ 분여이익을 계산한 후 특수관계자로부터 반환받는 계약을 하면 되므로 액면가 이하로 평가하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다는 청구법인의 주장은 이유 없다. (2) 청구법인은 전직명예퇴직금을 반환하도록 규정한 반환지침이 전직자가 청구법인을 퇴직(2004년 12월)한 이후인 2005.11.15. 제정하여 청구법인이 퇴직한 전직자들과 아무런 고용관계가 없는 상황에서 청구법인이 퇴직자들의 동의도 받지 않고 선언적 취지로 청구법인의 내부규정인 반환지침을 일방적으로 제정하였으므로 반환지침은 퇴직한 전직자들에 대하여 강제적인 효력을 가지기 어려워 분사회사 3년 의무근무조건을 미충족하고 분사회사를 퇴직한 자들에 대하여 반환받을 채권 자체가 발생하였다고 보기 어렵다고 주장하나, 반환지침 신설(2005.11.15.) 전에 청구법인에서 퇴직한 자들과 환수대상금액은 불복대상자 159명 OOO원 중 9명 OOO원이고, 나머지 150명 OOO원은 반환지침 신설 후인 2005.12.31.부터 2006.6.30.까지 기간 동안 청구법인에서 퇴직한 자들이며, 반환지침 신설 후에 퇴직한 150명에 대한 환수대상금액 OOO원은 분사회사 3년 의무근무조건 미충족시 당연히 반환의무가 있고, 반환지침 신설 전에 청구법인에서 퇴직하고 분사회사로 전직한 이후 분사회사 3년 의무근무조건을 미충족하고 퇴직한 9명(환수대상금액 OOO원)도 청구법인에서 퇴직시 “전직 후 3년이 경과하지 않은 시점에 분사회사에서 퇴직할 경우에는 청구법인의 지침에 정한 바에 따른다”는 전직신청서를 제출하였으며, 2005.9.6. 청구법인의 법무팀에서 인사실로 보낸 의견서에 “청구법인이 퇴직자에게 ‘3년 미만 근무시 잔여기간에 해당하는 비율만큼 전직명예퇴직금을 반환하여야 한다’는 내용을 구두로 안내”한 사실에 비추어 볼 때, 반환지침 신설 전에 청구법인에서 퇴직한 자들은 분사회사 3년 미만 근무시 불이익에 대하여 인지하고 있었고, 전직신청서에 언급되어 있는 지침이 그 당시에 정한 지침만을 따르는 것이 아니라 향후 만들어질 지침에도 적용될 수 있는 것임을 전제로 하고 있다고 판단되며, 이는 반환지침 신설이 청구법인 퇴직자들의 동의도 받지 않은 선언적 지침이 아니라, 당초 퇴직자와 청구법인 간에 운영기준 및 전직신청서, 퇴직시 구두설명 등으로 약속한 불이익에 대하여 구체적으로 명시한 사항일 뿐 그 효력에는 영향을 미치지 않는다 할 것이다. 아울러 반환지침 신설 전인 2005년 4월 청구법인에서 퇴직하고 분사회사에서 2005년 12월 퇴직한 2명(황OOO, 김OOO)에 대하여 2005사업연도 법인세 결산시 반환지침에 따라 3년 미만 근무기간에 대해 월할 계산한 반환의무금액 OOO원을 환수대상으로 익금산입한 사실은, 반환지침 신설 전에 청구법인에서 퇴직한 후 분사회사 3년 의무근무조건을 미충족한 전직자들에 대하여 스스로 반환의무 있는 실효성 있는 채권으로 인식하고 있었다는 명확한 증거이고, 환수대상으로 익금산입한 황OOO의 전직명예퇴직금에 대하여 청구법인의 인사실에서 2005.12.6. 작성한 OOO 직원 전직지원금 반환검토’를 보면 황OOO이“환수금액이 너무 커서 전액 반환은 곤란하다”는 입장을 피력한 점 등으로 볼 때 퇴직자는 반환의무를 충분히 인지하고 있었다. 따라서 운영기준 및 퇴직시 작성한 전직신청서와 퇴직시 퇴직자에게 “3년 미만근무시 잔여기간에 해당하는 비율만큼 전직명예퇴직금을 반환하여야 한다”는 내용에 대한 청구법인의 구두안내 사실 등으로 볼 때 반환지침 신설 후의 청구법인 퇴직자뿐만 아니라 반환지침 신설 전의 청구법인 퇴직자에 대해서도 분사회사 3년 의무근무조건 미충족시 청구법인에 대한 반환의무가 성립된다고 할 것이다. 또한 청구법인은 2007.6.26. 운영기준을 개정하면서 제4조 제2항(정년퇴직·질병 등 중대한 사유가 발생한 경우를 제외하고 전직한 후 3년이 경과하지 않은 시점에 퇴직할 경우 회사에서 별도 정한 지침에 따른다)을 삭제하였으므로 삭제(2007.6.26.) 이후 분사회사 퇴직자들은 청구법인이 전직명예퇴직금을 반환받을 수 있는 근거 자체가 이미 사라지고 없어 반환청구권이 인정될 여지가 없다고 주장하나, 반환지침 등은 시행하고 있는 당시의 근로자에게만 적용되므로 운영기준 개정규정의 적용대상자는 개정(2007.6.26.) 이후 청구법인에서 퇴직하는 직원부터 적용할 사항이지, 개정 전에 청구법인에서 퇴직한 근로자들에 대하여 소급적용할 수 없는 것(대법원 1991.4.9. 선고 90다16245 판결, 같은 뜻임)이므로 개정 전에 청구법인에서 퇴직한 근로자들은 퇴직할 당시의 운영기준에 따라 분사회사 3년 의무근무조건 미충족시 환수대상 채권으로 익금산입하여야 하고, 청구법인이 개정일 이전 청구법인의 퇴직자들에게 소급적용한 사실은 조세의 부담을 현저하게 감소시키는 행위로서 소급적용이 불가한 것이며, 청구법인은 2007.6.26. 운영기준을 개정하면서 ‘분사회사의 조직 OOO 및 인력운영의 탄력성 제고’를 사유로 반환지침을 삭제하였으나, 분사회사에서 청구법인에 운영기준 개정을 요청한 사실이 없고, 개정된 사실을 청구법인이 분사회사에 통보한 사실도 없으며, 개정 이후에 분사회사 구조조정 등의 사유로 청구법인에서 퇴직한 자가 없는 등 개정사유가 불명확하므로 운영기준을 개정하여 개정일 이전의 청구법인 퇴직자에게 소급적용한 것은 조세의 부담을 회피하기 위한 행위로 보여진다. 따라서 운영기준 개정 이후 분사회사 퇴직자 159명에 대한 환수대상금액 OOO원에 대하여 반환의무가 있는 채권으로 보아 익금산입한 이 건 처분은 정당하다. (3) 「부가가치세법」상 세금계산서는 과세대상인 재화나 용역의 공급에 대하여 교부하고 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있으나, OOO 계약은 재화의 수량과 단가를 정하지 않고 확정된 총액입찰방식의 계약으로, 수량이 없는 관계로 당초계약에서 수량의 감소가 발생할 수 없어 수정세금계산서를 교부할 수 없으므로 합의금 OOO원을 역산하여 임의의 고철수량과 단가를 적용하여 작성한 후 매출감으로 교부된 수정세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이며, 청구법인은 수량지정매매계약이라고 주장하나, 당초 계약시 고철 종류별 수량이나 단가가 계약된 사실이 없고, OOO이 최종적으로 요구한 배상금액 OOO원 상당(부족물량 309톤)이 아닌 요구액의 43.6%(OOO원, 250톤)로 합의하고 지급된 사실로 보아도 적법한 수량감소에 따른 수정세금계산서라고 볼 수 없다. 청구법인이 계약한 ‘총액입찰방식’의 OOO 계약은 수량차이로 변경계약할 수 있는 계약방식이 아니고, 이 사실을 계약당사자들도 알고 있었으므로 OOO도 철거공사 등과 관련하여 요구한 사항은 변경계약이 아니라 사기 등(청구법인의 고의 또는 중과실)에 의한 ‘손해보상’이었으며, 정상적으로 당초계약을 변경하려면 당초 계약한 청구법인의 공사계약팀과 협의 후 계약변경을 요구하여야 하나 입찰로 확정된 계약을 변경하는 것이 불가능함을 알기에 청구법인의 감사실에 민원을 제기하면서 고의 또는 중과실에 의한 손해배상을 요구한 사실로 보아도 매출금액 감액이 아닌 영업손실에 대한 ‘손해보상금 성격’임을 알 수 있는바, 청구법인과 OOO과의 변경계약의 형식은 매매금액의 감액으로 계약하였으나 재화의 추가적인 증감이나 단가의 변경이 없고, 계약의 실질인 지급원인을 보면 중대과실 또는 하자에 의한 배상 또는 계약해지시 2위 입찰업체와 비교해 이익이 크기 때문에 합의금으로 지급한 보상 성격이므로 당초계약에 따른 재화의 공급에 대한 대가관계에 있지 아니한 것이다. 또한 윤리경영을 내세운 청구법인의 대외 이미지 및 철거공사의 원활한 이행을 위해 소송제기 후 판결에 의한 지급의무가 확정되기 전에 임의로 지급하였으므로 이는 「법인세법」상 업무 관련 접대비로 판단된다. 따라서 청구법인이 재화의 공급에 대한 대가관계에 있지 아니하는 보상금을 임의로 지급하고 교부한 매출감세금계산서에 대해 경정한 처분청의 이 건 처분은 정당하다. 청구법인은 이 건에 대해 「민법」상 수량지정매매에 있어 당초계약의 물량부족을 이유로 매매대금의 감액을 합의하여 변경계약을 체결한 것으로 손해보상금의 지급이 아니라고 주장하나, 당초 계약시 고철 종류별 수량이나 단가에 의해 계약된 사실이 없으며, OOO이 최종적으로 요구한 보상금액 OOO원 상당(부족물량 309톤)이 아닌 요구액의 43.6%(OOO원)로 합의하여 지급하고, 합의금 OOO원을 역산하여 임의의 고철수량(250톤)과 단가를 적용하여 작성한 변경계약은 형식은 매매대금의 감액이나, 실질은 손해보상금의 지급이므로 청구법인의 주장은 이유가 없다. 아울러 청구법인은 OOO 방식’의 계약은 고철에 대한 물량증감이 아니라 철거공사비에 관한 물량증감에 대한 변동불가라는 의미이고, OOO의 민원제기 문서에 ‘손해보상’이라는 용어를 사용한 것은 매각물량의 부족에 따른 계약금액의 하자를 주장하는 것일 뿐 손해보상금이 아니며, 「민법」상 사정변경에 따라 당사자 간 합의로 당초계약금액을 감액하는 변경계약은 정당하다고 주장하나, 철거공사와 고철물량 매각은 별도의 계약이 아닌 동시계약으로 ‘특별시방서’를 보면 “철거공사비는 철거부산물(고철)을 전량 반출하는 조건으로 계약되어 고철은 전량 반출하므로 물량관리하지 않는다”라고 기재되어 청구법인의 주장과 같이 물량증감의 변동불가가 철거공사비만 적용된다고 볼 수 없다. (4) 「법인세법」제18조의2 제1항 제4호의 단서조항은 일반지주회사의 자회사가 사업관련 손자회사의 주식을 40% 이상 소유하도록 강제하고 사업관련 손자회사가 아닌 국내 계열회사의 주식을 소유하는 행위를 금지( 공정거래법 제8조의2 제3항)하고 있으므로, 법률에 의하여 취득이 강제된 지주회사의 자회사가 보유한 손자회사의 주식은 무분별한 계열 확장과 관련이 없으므로 수입배당금을 익금불산입할 수 있도록 한 규정이며, 국세청에서는 “ 「법인세법」제18조의3 제1항 제4호의 규정을 적용함에 있어 같은 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 규정은 적용되지 않는 것”이라고 해석(국세청 인터넷방문상담2팀-2255, 2006.11.6. 참조)하고 있고, 2005년 법령개정 취지를 해석하여 보더라도 일반법인은 지주회사와 같은 특수성이 없어 수입배당금의 익금불산입 차감을 배제할 이유가 없으므로 이 건 처분은 정당하다. 이에 대하여 청구법인은 일반법인의 경우에도 「법인세법」제18조의3 제1항 제4호의 규정에 따라 지주회사와 동일하게 ‘배당지급법인이 사업관련 손자회사에 출자한 경우’에는 수입배당금의 익금불산입 차감이 배제되는 것이라고 주장하나, 「법인세법」제18조의3 제1항 제4호에서 ‘제18조의2 제1항 제4호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한다’고 규정한 것은 계열회사 출자분에 대한 ‘익금불산입 차감분의 계산방식만 준용’하라는 것일 뿐, 지주회사와 동일하게 단서조항을 적용한다는 의미가 아니며, 청구법인은 2005년 개정세법 해설책자에서 ‘일반법인의 경우에도 지주회사와 동일하게 적용한다’고 설명되어 있으므로 ‘배당지급법인이 사업관련 손자회사에 출자한 경우에는 수입배당금의 익금불산입 차감이 배제되는 것으로 해석해야 한다’고 주장하나, 2005년 개정세법 해설책자의 「법인세법」제18조의3 (수입배당금액의 익금불산입) 제1항 제4호 신설의 입법취지에서 ‘지주회사의 익금불산입을 일반법인에도 동일하게 적용한다’고 한 것은 계열회사 출자분에 대한 ‘익금불산입 차감분의 계산방식이 일반법인도 동일하다’는 것일 뿐, ‘일반법인과 지주회사가 동일하게 단서조항을 적용한다’는 의미가 아니므로 청구법인의 주장은 이유가 없다. 또한 청구법인에 배당금을 지급한 법인은 사업관련 손자회사인 국외 계열회사에 재출자하였으므로 수입배당금의 익금불산입 차감대상에 해당하지 아니하여 처분청의 처분이 위법하다고 주장하나, 청구법인에 배당금을 지급한 법인이 계열회사에 출자한 가액은 「법인세법」제18조의2 제1항 제4호 단서조항에 언급된 ‘ 공정거래법 제2조 제1호의3의 규정에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 사업관련 손자회사에 출자한 경우’에 해당되지 아니하므로 청구법인의 주장은 이유가 없다. (5) 청구법인은 사급자재 스크랩 가액을 차감하여 도급금액을 산정하여 계약한 사실은 인정하면서도 도급계약시 차감한 스크랩 가액이 실제 발생량과 같을 것인지 불분명하고 실제 발생량에 대한 확정이 이루어지지 않아 하나의 거래행위에 해당할 뿐 공사도급금액과 스크랩 매출 거래를 상계한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 사급자재에서 발생하는 스크랩은 공사가 완료(정산)될 때까지, 즉 청구법인이 최종적으로 수급인의 공사비와 상계하는 정산 절차를 거치지 않는 이상 OOO은 이를 처분할 수 있는 권한이 없으므로 처분청은 스크랩이 발생되기 전인 계약시점을 기준으로 공급가액을 확정한 것이 아니라 수급인(수급인의 하도급업체 포함)의 가공절차가 완료된 후, 즉 수급인의 가공과정에서 스크랩이 실질적으로 발생하여 인도될 수 있는 시점인 공사완료 시점의 스크랩 가액을 공급가액으로 확정하고, 그 스크랩에 대한 실질적·법률적 소유권이 수급인(하도급업체 포함)에게 이전된 정산일을 공급시기로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하며, 청구법인이 건설공사를 시행하는 경우 회사의 내부통제시스템과 원가절감의 일환으로 정확한 설계도면을 작성하고, 그 설계도면은 향후 투입될 자재의 종류와 가공방법, 가공 후 완성품의 모양·수량 및 가공 후 발생하는 스크랩량을 정확하게 반영하고 있어 실제 스크랩 발생량에 대한 별도 실측의 필요성이 없어(그 만큼 설계도면이 정확하다 할 수 있다) 실측을 하지 않는 것이지, 실제 발생수량과 차이가 나거나 구조적으로 실측이 불가능한 것은 아니며, 스크랩이 발생한다는 사실은 인정하면서도 동 가액이 확정되지 않았다는 청구법인의 주장은 이유가 없고, 청구법인은 스크랩에 대한 실질적인 관리의 어려움을 주장하나, 이 건의 경우 총액에 대하여 세금계산서를 교부하면 되는 사항(무상사급이 아니라 유상사급으로 처리하되 관리를 철저히 하면 되는 것)이며, 단순관리 부재와 과거업무 답습에서 온 명백한 매출·매입 상계거래에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다. 또한 청구법인은 공사도급 계약금액에서 가감되어 있는 사급자재 스크랩 가액은 부수용역의 공급가액으로서 주된 거래인 용역의 공급대가에 포함되는 것이므로 별도 스크랩 가액을 산정할 수 없다고 주장하나, 「부가가치세법 시행령」제3조 는 재화 또는 용역의 공급인 매출거래에서 발생하는 부수재화 또는 용역의 개념인 것이지, 매출거래와 매입거래가 별도로 발생하는 건에 대하여 상계처리를 해야 한다는 규정은 아니며, 이 건의 경우 매출거래와 매입거래가 별도로 발생한 건으로 부수재화의 개념이 될 수 없고, 청구법인의 주장처럼 매출거래와 매입거래를 상계처리한 이 건이 부수재화의 공급개념이어서 별도 재화의 공급에 해당하지 않는다면(국세청 부가46015-675, 1998.4.9. 참조), 수급인이 도급인으로부터 자재를 매입하여 가공절차를 거친 다음 도급인의 공장에 재투입하는 경우 도급인이 수급인에게 판매한 자재가액에 대한 매출과 공사비 지급금액을 상계처리하여 세금계산서를 과소교부하거나 교부하지 않는 것처럼 적법한 거래형태가 아닌 것이다. 아울러 청구법인은 정부발주공사의 경우에도 청구법인과 마찬가지로 추정 스크랩 발생가액을 차가감한 도급금액을 하나의 공급대가로 보아 세금계산서를 수수하고 있다고 주장하나, 정부품셈에 의한 방법은 도급자재에 대한 처리방법으로 청구법인도 도급자재에서 발생하는 스크랩은 정부품셈 방법에 따라 정상적으로 처리하고 있고, 이 건은 도급자재에서 발생한 스크랩이 아니라 사급자재에서 발생하는 스크랩이므로 이 건과 관련이 없으며, 과세결정전에 국세청 과세기준자문위원회의 사전자문을 받은 바 있는 등 이 건 처분은 정당하다. (6) 청구법인은 OOO공사와 관련하여 사급자재 스크랩 추정가액이 계약금액에 이미 반영되었다고 주장하나, OOO공사 계약 관련서류를 살펴보면, 일반적인 계약내용(계약명, 계약금액, 최종납기, 인도조건, 납품장소, 계약일, 계약당사자)과 차수별 공사금액 등이 명시되어 있을 뿐이고, 그 어디에도 사급자재 스크랩 추정가액이 계약금액에 반영되었다는 사실은 확인되지 아니하며, 청구법인의 OOO 연구개발추진반 소속 직원 OOO은 문답서에서 “청구법인은 1.5M OOO 본체설비 제작과정에서 납기준수 및 투자비 절감을 위해 주요 제작품(철골재, Vessel 등)에 한하여 사급자재를 공급하였고, 1.5M OOO 본체의 기계설비별 추산가(이하 “쟁점추산가”라 한다)는 도급자재의 경우 유사사업 실적가(매도인의 구매가격에 잉여스크랩 및 실제 낙찰률 반영)를 적용하였으며, 사급자재의 경우 청구법인의 제조원가에 이윤 및 관리비, 스크랩 잉여분, OOO 비용을 가산한 금액에 실제 계약시 낙찰률을 반영하여 산정하였다”고 답변하였으며, 전담부서인 OOO 연구개발추진반이 실무업무(견적사양 확정, 설비비 산출, 가격 OOO 자료통보 등)를 총괄하였고 설비구매계약은 별도의 설비구매부서에서 체결하였으므로 쟁점추산가는 OOO 투자사업의 실무업무 전담부서(OOO 연구개발추진반)에서 구매협상가액으로 설비구매부서에 제시한 일종의 협상 참고자료에 불과한바, 쟁점추산가가 OOO 계약의 계약금액(도급자재 구매금액)에 그대로 반영되었다는 청구법인의 주장은 객관적이고 구체적인 증빙자료 없이 추정에 의한 사실과 다른 주장일 뿐이다. 설령 사급자재의 스크랩 잉여분이 계약금액에 반영되었다 하더라도 사급자재의 스크랩 잉여분의 소유권은 사급자재를 공급한 청구법인에게 있는 것이고, OOO 계약 관련 문서와 부속서류 및 문답서 등을 모두 살펴보았으나 사급자재의 스크랩 추정가액이 계약금액에 반영된 사실이 입증되지 않는 반면, 계약관계에 있어 계약당사자를 법률적으로 기속하는 계약문서(설비 및 기기구매계약 일반약관 제23조)에 사급자재의 소유권이 청구법인에게 있고 사급자재의 잔량은 반환하도록 명시되어 있으므로 청구법인의 주장은 이유가 없다. (7) 청구법인은 스크랩 발생분에 대하여 청구법인의 구내와 구외로 구분하여, ‘구내’는 스크랩 물량만 표시하고 도급금액은 감액하지 않는 반면 ‘구외’는 스크랩 가액을 도급금액에서 감액하는 방식으로서 각기 도급금액을 달리하여 적용(OOO건설도 동일한 방식을 적용)하고 있는바, 처분청이 청구법인의 스크랩 매출로 산정한 OOO원은 OOO와 관련하여 청구법인과 OOO건설 사이에 스크랩 정산 사실이 없어 OOO건설과 하도급업체와의 정산내용에서 스크랩 해당액을 상기와 같은 방법으로 감액한 금액을 발췌한 사항으로서 청구법인이 주장하는 구내 작업분은 산출될 수 없는 금액이므로 구내 발생 스크랩에 대하여는 과세된 사실이 없으며, 청구법인은 OOO에서 발생한 사급자재 스크랩 중 구외 발생 스크랩을 공사가 완료되는 시점에 전량 회수할 예정이라고 주장하나, 이미 해당 스크랩 실물은 OOO건설이 하도급업체와의 정산을 통하여 처분을 완료하여 회수할 스크랩이 없는 상태로서 이는 OOO 현장소장인 OOO건설 소속 오OOO와의 문답서에서도 나타난다. 청구법인은 가공업체가 청구법인의 공사현장과 떨어져 있어 정확한 스크랩량을 파악하는 것이 어렵고 이를 운반하는 비용이 과다하게 소요되기 때문에 당초부터 스크랩 추정가액을 도급액에서 차감한다고 주장하나, 위와 같이 이미 스크랩이 처분되어 스크랩의 회수는 현실적으로 발생하지 않으며, OOO의 총책임자인 청구법인 소속 이OOO은 문답서에서 OOO건설의 스크랩 처분과 관련하여 당해 처분시점에 청구법인이 이미 처분사실을 인지하고 있었으나 전체 공사 종료시점에 정산을 하려고 정산을 미루었다”고 답변하여 청구법인은 해당 스크랩을 회수대상이 아닌 정산대상으로 인식하고 있었고, OOO 현장소장인 오OOO는 문답서에서 “우리(OOO건설)와 전문업체는 매월 정산을 하지만, OOO와 우리는 매월 그런 정산을 하는 시스템이나 경험이 없다보니 그렇게 못한 것이다”고 답변하여 하도급업체에 스크랩을 처분한 사실을 인정하고 이에 대해 청구법인과 정산을 해야 한다고 인지하고 있었다. 위와 같이 OOO건설의 스크랩 처분으로 사급자재에서 발생한 청구법인 스크랩의 소유권이 이전되므로 동 처분시점에 청구법인도 OOO건설에 스크랩을 처분한 것으로 보고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. (8) OOO건설이 구입한 도급자재에서 발생한 스크랩의 경우 발생시점에 OOO건설의 소유로 보는 사실에 대해서는 이견이 없으나, 지속적으로 OOO건설의 소유가 되기 위해서는 별도 보관 후 관리를 하는 등 다른 도급자재 스크랩과 달리 실물자산에 대한 관리가 계속되어야 하는데, OOO건설은 도급자재 스크랩에 대하여 계근된 수량만 관리할 뿐 실물자산의 보관여부 등에 대하여 관리를 한 사실이 확인되지 아니하며, 청구법인은 도급자재에서 발생한 스크랩이 아직도 OOO건설의 소유라고 주장하나, ㉠ 청구법인이나 OOO건설의 관리형태가 다른 도급공사에서 발생하는 스크랩과 구분되어 관리되지 아니하고, ㉡ 청구법인은 스크랩의 최종 소비자로서 OOO건설이 도급자재 스크랩을 회수하여 구외로 반출한 후 판매처를 물색하여 다시 판매하는 행위를 할 이유가 없으며, ㉢ 스크랩은 특성상 가격변동이 심하여 정확한 거래금액 산출을 위해서라도 계량시점의 관리는 당연한 것인바, 중량의 관리가 실물소유권을 가진다는 입증의 근거가 될 수 없다. 또한 청구법인은 청구법인의 야적장에 적재하였다는 사실만으로 재화의 무상공급이라고 단정할 수 없다고 주장하나, OOO 현장소장인 오OOO가 이메일 문답내용에서 “도급자재 스크랩은 청구법인의 생산과정에 투입되었다”고 답변한 것을 보면 청구법인의 생산투입을 위한 적재이므로 야적시점에 공급이 이루어진 것이며, OOO의 총책임자인 이OOO이 문답서에서 도급자재 스크랩에 대해 “당초 정산에 대한 개념이 없이 계약을 하여 추후 공사완료시 정산하기 위하여 계근만 하고 전표는 입력하지 않았다”고 진술하는 등 청구법인은 정산과정에서 반영시킬 채권으로 인식하고 있었다. 이처럼 청구법인은 도급자재 스크랩의 소유권이 OOO건설에 있다고 주장하나, 도급자재에서 발생한 스크랩은 청구법인의 생산과정에 투입되어 현재 보관되어 있지 아니하고 청구법인 및 OOO건설 상호 간 대금 정산대상으로만 인식하고 있는 등 실물의 공급이 완료된 것으로 보고 과세한 이 건 처분은 정당하다. (9) 청구법인은 OOO와 관련하여 공사변경계약은 정상적인 계약의 변경으로서 특별한 사정이 없는 한 세법상 부인될 수 없다고 주장하나, 처분청의 결정은 공사변경계약에 따라 추가 지급되는 자재가 「부가가치세법」상 과세대상이라고 판단한 것으로 계약서의 효력을 부인하는 것이 아니라 계약서의 내용에 따라 과세를 한 것이고, 또한 청구법인은 국가계약법 등에서도 계약변경을 통해 사급자재의 공급물량 변경을 허용하고 있다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 계약변경에 의한 물량조정은 수급불균형 등 불가피한 사유로 공사도급범위에서 제외할 때만 적용될 수 있으며, 공사변경계약은 당초부터 공사도급범위에 추가 지급되는 사급자재가 반영된 사실이 없었고, 이는 특별약관에 해당하는 견적조건에 명시되어 있었으며, 당초 30,804톤 이외에 추가 지급물량이 없다는 계약 조건, 개략설계로 인하여 추가로 사급자재를 지급할 사유가 발생하였다는 청구법인의 주장을 보아도 알 수 있는바, 공사변경계약은 도급자재를 사급자재로 전환한 계약조정이 아니라 당초계약서상 지급의무가 없던 추가사급자재를 공급하면서 그 대가로 사급자재와 관련 없는 다른 공사용역의 확정된 대가를 차감한 교환거래에 해당하는 것이다. 아울러 청구법인은 OOO시 사급자재 2,440톤을 추가로 제공하기로 한 공사변경계약에 있어 도급금액을 차감한 데에는 공기지연 우려 등 합리적인 사유가 존재한다고 주장하면서 이러한 사정 때문에 추가사급자재를 지급하기 위한 계약변경을 하였다고 주장하나, 이는 계약변경에 의하지 않더라도 청구법인이 OOO건설에 부족한 자재를 판매형식으로 공급하면 해결될 수 있는 문제이고, 실제로 청구법인 소속 김OOO은 문답서에서 “사업추진과정에서 설계 및 물량산정 오류 발생 등으로 추가사급자재가 필요하여 OOO건설이 당사에 사급자재를 추가로 요청할 경우 당초 사급계약 물량 초과분에 대해서는 도급으로 요청하여 해당 자재를 공급하며, 단지 납기 등을 고려하여 행정지원을 하여 준다. 단, 프로세스 및 설비사양 변경 등으로 추가물량 발생시는 추가설비계약을 체결하여 해당 품목에 대해서는 기존계약과 동일하게 사급자재를 공급한다”고 답변하여 이 건과 같이 당초 소요량 산정의 오류로 인한 추가사급자재의 지급시에는 청구법인은 통상적으로 도급, 즉 판매로 처리하고 이에 따른 세금계산서를 교부함을 알 수 있고, 청구법인이 주장하는 「부가가치세법 기본통칙」13-48-7(공급받는 자가 부담하는 원자재 등의 과세표준 계산)은 공급한 원자재에 대한 대가를 수취한 사실이 없을 경우에 해당하는 것으로서 청구법인의 사례와 같이 사급자재를 지급하면서 그 대가를 수취하는 경우에는 해당하지 않는 것인바, 결국 청구법인은 공사변경계약에 따라 사급자재를 추가 지급하는 대신 공사금액을 차감하는 계약형태로 교환거래를 하였다고 보아야 할 것이고, 이는 「부가가치세법」상 과세대상 거래인 것이며, 위와 같이 당초계약범위에 포함되지 아니하는 사급자재임이 확실하고 청구법인은 계약서상 지급의무가 없고 오히려 OOO건설의 구입의무만 있는 자재에 대하여 청구법인의 사급자재를 지급하는 대신 OOO건설의 도급가액을 차감한 행위는 명백한 교환거래에 해당하므로 이에 따라 결정한 이 건 처분은 정당하다. (10) 청구법인은 「법인세법 시행령」제118조 제5항을 적용함에 있어 ‘익금가산액’ 계산시 익금이 늘어난 금액만을 의미한다고 주장하나, 조사사무처리준칙 제24-8호 서식에서도 나타나듯이 총익금가산액은 소득금액조정합계표의 (1)뿐만 아니라 (2)도 함께 기재하도록 하고 있어 ‘익금가산액’은 익금산입액에 대응손금을 차감하여 계산하는 것이다. 따라서 일반과소 및 부당과소가산세 대상금액은 일차적으로 누락소득금액이 부당과소인지 일반과소인지에 의해서 먼저 안분한 후, 「법인세법 시행령」제118조 제5항에 의한 안분계산은 소득금액계산방식으로 추가 산출된 과소신고소득금액에 대하여 적용되어야 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 해외현지법인의 유상증자에 참여하여 신주를 시가보다 고가로 인수하여 특수관계법인에게 이익을 분여한 것으로 보아 그 시가와 인수가액과의 차액을 익금에 산입한 처분의 당부 ② 분사회사에서 의무근무조건을 미충족하고 퇴사한 전직자의 전직명예퇴직금은 분사회사의 퇴사일에 반환받아야 할 채권이라고 보아 동 금액을 익금에 산입한 처분의 당부 ③ 총액입찰방식으로 철거공사 및 고철매각 계약을 체결한 후 공사업체의 민원제기로 인해 지출한 금액은 지급의무가 없는 손해배상금을 임의로 지급한 것으로 접대비에 해당한다고 보아 접대비한도초과액을 손금불산입하고 부가가치세 과세표준에 가산한 처분의 당부 ④ 지주회사가 아닌 청구법인의 국내자회사가 국외 손자회사에 재출자한 경우 수입배당금의 익금불산입 배제대상으로 보아 익금에 산입한 처분의 당부 ⑤ 청구법인이 공급한 사급자재에서 발생한 스크랩 가액을 도급가액에서 차감하기로 계약한 것에 대하여 당해 스크랩을 공급하고도 부가가치세를 신고 누락한 것으로 보아 동 금액을 부가가치세 과세표준에 가산한 처분의 당부 ⑥ OOO공사와 관련하여 사급자재에서 발생한 스크랩 가액을 청구법인이 OOO건설로부터 회수하지 아니하고 포기한 것에 대하여 사업상 증여로 보아 동 금액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 가산한 처분의 당부 ⑦ OOO공사와 관련하여 사급자재에서 발생한 스크랩 가액을 OOO건설이 하도급업체의 하도급가액과 상계한 때에 청구법인이 OOO건설에게 당해 스크랩을 공급한 것으로 보아 동 금액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 가산한 처분의 당부 ⑧ OOO건설이 OOO 중 발생한 도급자재 스크랩을 청구법인의 구내 야적장에 반입한 때에 청구법인이 당해 스크랩을 OOO건설로부터 무상 증여받은 것으로 보아 동 금액을 익금에 산입한 처분의 당부 ⑨ OOO공사시 청구법인이 사급자재를 OOO건설에게 추가로 제공하고 도급금액을 추가사급자재 가액만큼 감액한 것에 대하여 청구법인이 OOO건설에게 당해 추가사급자재를 공급한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하고 부가가치세 과세표준에 가산한 처분의 당부 ⑩ 법인세 과소신고가산세 계산시 익금가산액은 대응손금을 차감하지 아니한 익금증가액만을 의미한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 : [별지] 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 2005년 7월 OOO 증자내역은 다음과 같다. 가) 청구법인은 1주당 OOO에 유상증자 주식 전부를 취득하였고, 처분청은 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 1주당 가액을 OOO로 평가하였다. 나) 2005년 3월 OOO은 OOO의 주식을 특수관계자인 OOO에 태국 OOO 회계법인의 감정가액인 1주당 OOO로 거래한 바 있다. 다) 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여하기 위해 태국 OOO 회계법인에게 의뢰하여 평가받은 가액은 1주당 OOO이다. 2) 2008년 2월 OOO 증자 내역은 다음과 같다. 가) 청구법인은 1주당 OOO바트에 유상증자 주식 전부를 취득하였고, 처분청은 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 1주당 가액을 OOO바트로 평가하였다. 나) 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여하기 위해 OOO회계법인에 의뢰하여 평가받은 가액은 1주당 OOO바트이다. 3) OOO의 재무제표 및 법인세 신고내역은 다음과 같다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여하여 상증세법상 법정요건을 충족하지 못하면서 주식이 시가보다 고가로 평가되는 감정가액(2005년 증자) 및 추정이익(2008년 증자)으로 OOO의 신주를 단독 인수한 것은 신주인수권을 포기한 특수관계자에게 경제적 이익을 분여하고 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것이라는 의견인바, 청구법인이 OOO의 2005년 및 2008년 유상증자 참여시 적용한 1주당 인수가액 OOO바트 및 OOO바트를 보건대, 먼저, OOO바트는 특수관계자 간 거래가액 및 회계법인이 평가한 감정가액으로 산정된 가액으로 상증세법 시행령 제49조 제1항의 요건을 충족하지 못한 것으로 보이고, 다음으로 OOO바트는 하나의 회계법인이 산정한 1주당 추정이익으로 상증세법 시행령 제56조 제1항의 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어 OOO의 2005년 및 2008년 증자 당시의 시가로 보기 어려우므로 처분청이 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 1주당 가액을 OOO(2005년 증자) 및 OOO바트(2008년 증자)로 본 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 2003년 개정세법 해설책자에 따르면, 「법인세법 시행령」(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정된 것) 제72조 제3항의 개정취지는 ‘특수관계자 간 신주의 고가매입에 대하여도 일반 자산의 고가매입과 동일한 방법으로 취득시점에 취득가액에서 시가초과액을 차감하였다가 당해 자산을 처분하는 시점에 과세하도록 하며, 이는 법인의 증자에 있어 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하여 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우에도 동일하다’고 되어 있고, 동 규정이 이 건 2005년 증자 및 2008년 증자시에도 동일하게 적용되는 점 등에 비추어 처분청이 OOO의 2005년 및 2008년 증자에 참여한 청구법인이 신주를 시가보다 고가로 인수하여 특수관계법인에게 이익을 분여한 것으로 보아 그 시가와 인수가액간의 차액을 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 청구법인 분사 아웃소싱 명예퇴직 진행과정은 다음과 같다. 2) 환수대상인원과 환수대상금액은 다음과 같고, 불복청구대상은 ‘전직명예퇴직운영기준’ 개정일인 2007.6.26. 이후 분사회사 퇴직자 159명이며 환수대상금액 OOO원이다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 개정된 운영기준(2007.6.26. 전직명예퇴직금 반환규정 삭제)의 적용시기는 분사회사에서 퇴직한 시점이 아니라 개정 이후에 청구법인에서 퇴직한 시점으로, 개정된 운영기준을 개정 전에 청구법인에서 퇴직한 자에게 소급적용한 것은 부당하다는 의견이나, 운영기준이 개정된 이후에는 청구법인이 전직명예퇴직금을 반환받을 수 있는 근거규정 자체가 없어 운영기준이 개정된 이후에 분사회사에서 퇴직한 자들의 전직명예퇴직금은 환수대상으로 볼 수 없는 점, 전직명예퇴직금 반환규정을 삭제한 것은 전직명예퇴직금을 반환받는 것을 포기한 것이므로 민사상 반환청구권이 없다고 보이고 세법상으로도 반환받을 수 없다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 분사회사에서 의무근무조건을 미충족하고 퇴사한 전직자의 전직명예퇴직금은 분사회사의 퇴사일에 반환받아야 할 채권이라고 보아 동 금액을 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 2006.4.14. 청구법인과 OOO 간 체결한 OOO 계약의 주요 내용은 다음과 같다. 가) 계약금액은 고철 매각대금 OOO원에서 철거공사비 OOO원을 차감한 OOO원(부가가치세 포함)이다. 나) 계약내용은 공사금액 이외에는 모두 철거공사에 관한 내용이다. 다) 공사 계약 특별 약관은 다음과 같다. 제1조(목적) : 공사도급계약의 내용을 규정함을 목적으로 함 제3조(계약방식) : OOO 방식으로 물량증감 등에 따르는 계약금액의 변동은 없음 제4조(계약보증금 계산대상) : 철거공사비로 함 제6조(지체상금 부과기준) : 철거공사비로 함 2) 2006.7.26. OOO이 청구법인에게 요구한 손해에 대한 보상의 주요 내역은 다음과 같다. 가) OOO이 제시한 고철물량 차이 발생원인은 다음과 같다. 현장실사 당시 공장이 가동 중이어서 현장접근이 불가능한 지역이 많았고, 고철물량은 설비 속에 들어 있어서 실질적으로 측정이 불가능하여 청구법인이 제공한 자료에 의존할 수밖에 없었으며, 청구법인에서 물량을 상세히 제공한 것은 물량이 워낙 방대하니 입찰참가자들의 계산능력 및 시간부족, 조사 불가능 등 불확실성을 없애고 계산된 자료를 제공하여 적정 수준이상의 매각대금을 받기 위한 방편이었다고 생각하는바, 잘못된 자료에 연유한 부당이득은 원인무효라 생각하며, 청구법인의 기술진들이 누구나 믿도록 만든 상세한 현장설명 자료를 제공했고, 입찰직전에 “정확한 견적과 입찰에 도움을 준다”며 제시한 증가 물량자료를 믿고 입찰에 응한 영세기업에게 물량을 부풀려 높은 매입가격으로 투찰케 하여 부당이득을 취하였다. 나) OOO이 제시한 고철물량 차이 발생내역은 다음과 같다. 3) 2006.10.18. 청구법인과 OOO 간 체결한 변경계약서 주요 내용은 다음과 같다. 가) 공사금액 감액은 OOO원(부가가치세 별도)이다. 나) 현장별 상세 감액 내역은 다음과 같다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 1) 청구법인은 OOO 계약이 수량지정매매계약의 일종으로, 동 계약의 변경계약은 청구법인이 고철물량 부족에 따른 OOO의 감액청구를 받아들여 종전의 계약을 해제하고 다시 계약한 것으로서, 동 변경계약에 따라 OOO에게 계약금액 감액분 OOO원을 지급하고 그에 대한 매출감수정세금계산서를 교부하였다고 주장하나, OOO 계약은 고철 종류별 수량과 단가를 정하지 않고 확정된 총액입찰방식의 계약으로, 계약방식의 특성상 수량을 정하지 않으므로 수량감소 여부와는 무관한 것으로 보이고, 이는 OOO이 보상금으로 최종 요구한 금액(OOO원, 309톤)에 대하여 43.6%(OOO원, 250톤)로 합의하고 지급받은 것에서도 나타나는 점, OOO이 OOO와 관련하여 요구한 사항이 변경계약이 아닌 손해에 대한 보상인 것으로 보아 OOO 계약이 수량차이로 변경계약할 수 있는 계약방식이 아니라는 사실을 계약당사자도 알고 있었던 것으로 보이는 점, OOO의 변경계약의 형식은 매매대금의 감액이나 청구법인이 OOO에게 합의금으로 지급한 OOO원을 역산하여 임의의 고철수량(250톤)과 단가를 적용하여 작성한 것으로 보아 실질은 손실보전 성격의 금액의 지급인 것으로 보이는 점 등에 비추어 「부가가치세법」상 수정세금계산서 교부대상으로 보기 어려우므로 처분청이 매출감수정세금계산서상 공급가액을 부가가치세 과세표준에 가산하여 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) 한편 처분청은 청구법인이 OOO 지급한 OOO원은 OOO의 당초계약상 지급의무가 없는데도 불구하고 윤리경영을 내세운 청구법인의 대외 이미지 및 철거공사의 원활한 이행을 위해 소송제기 후 판결에 의한 지급의무가 확정되기 전에 임의로 지급한 것이므로 이는 접대비에 해당한다는 의견이나, OOO의 당초계약에 따른 철거공사과정에서 청구법인이 당초계약의 입찰직전 제시한 고철의 추정치와 실제 발생량의 차이가 현저하고, 청구법인이 제시한 고철량 추정치를 입찰업체들이 직접 확인할 수 있는 시간적 여유도 없었으며, 공장가동으로 인하여 입찰업체들이 철거물량을 정확히 측정하기 어려웠던 점을 감안하여 지급하게 된 것으로, 손실보전 성격의 비용으로서 청구법인의 손금으로 보는 것이 타당하므로 청구법인이 OOO에 지급한 OOO원을 접대비에 해당하는 것으로 보고 접대비한도초과액을 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 수입배당금의 익금불산입 신고내역은 다음과 같고 처분청이 국외계열사를 포함한 익금불산입액을 산정하여 청구법인이 익금불산입액을 과다하게 산정하였다면서 이를 부인한 내역은 다음과 같다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 지주회사 이외 법인의 국내자회사가 국외 손자회사에 재출자한 경우에는 수입배당금의 익금불산입 배제대상이라는 의견이나, 국내자회사의 재출자에 대해 수입배당금의 익금불산입을 배제하는 범위는 국내자회사가 국내계열회사에 재출자하는 경우만을 의미하는 것이지 국외계열회사에 재출자하는 경우까지 포함된다고 보기는 어려우므로(조심 2012서4164, 2013.12.31. 합동회의, 같은 뜻임), 처분청이 청구법인의 국내자회사가 국외 손자회사에 재출자한 경우 수입배당금의 익금불산입 배제대상으로 보아 관련 금액을 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 (5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 청구법인은 공장·설비를 신축하면서 공장 등 신축에 소요되는 자재 중 일부를 사급자재로 공급하기로 하고, 수급인과 공사계약을 체결하기 위하여 도급공사비를 산출한 후 청구법인이 제공하는 사급자재에서 발생되는 스크랩 가액을 도급공사비에서 차감하기로 계약·시공·정산하였으며, 다음 예시와 같이 청구법인이 OOO원의 도급공사계약을 체결하면서 수급인에게 사급자재를 제공하게 되고, 그 사급자재에서 발생하는 스크랩 가액 OOO원을 도급공사비에서 차감 처리하여, OOO원의 매입세금계산서를 수취하였으며 청구법인의 소유인 사급자재에서 발생하는 스크랩 가액 OOO원에 대한 매출세금계산서는 발행하지 아니하였다. 또한 청구법인은 계약금액 OOO원으로 수급인과 공사도급계약을 체결하고 동 계약에 의거 공사진행률에 따라 세금계산서를 수취하고 있으며, 스크랩 가액은 최종 정산시점에 반영하여 차감하고 있고 실제 스크랩은 수급인의 하도급업체에서 발생하며, 동 스크랩 발생량은 청구법인과 수급인의 계약서에 반영된 내용과 차이가 없고 차이가 발생하는 경우 청구법인과 수급인은 변경계약서를 작성한 후 정산하고 있다(수급인과 수급인의 하도급업체와의 관계도 동일하다). 2) 공사 도급금액 산정시 자재비와 상계한 사급자재 스크랩 내역은 다음과 같다. 가) 프로젝트별 상계금액 내역은 다음과 같다. 나) 부가가치세 과세기간별 상계금액 내역은 다음과 같다. 다) 사급자재 대비 실제 스크랩 발생비율은 다음과 같다. 라) 정부공사 계약 사례는 다음과 같다. 정부공사 계약사례로 청구법인이 제시한 ‘중부내륙고속도로(여주-양평) 1공구의 설계예산 및 도급내역 비교표’ 자료에 따르면, 재료비 중 철근류의 경우 부산물인 스크랩을 ‘고재대’로 표기하여 도급가액 구성요소인 자재대에서 차감하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 1) 청구법인은 사급자재에서 발생되는 스크랩량의 파악 및 관리가 현실적으로 불가능하여 사급자재 스크랩 가액을 OOO건설과의 도급금액에서 차감하여 계약한 것일 뿐 이는 분리할 수 없는 하나의 거래행위로서 도급금액과 스크랩 매출액을 상계한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 「부가가치세법」제6조 제1항에서 “계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것”을 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인이 OOO건설에게 무상으로 제공한 사급자재의 소유권은 청구법인에게 있는 것이고 그 사급자재에서 발생하는 스크랩의 소유권도 청구법인에게 있다 할 것인데, OOO건설이 사급자재에서 발생한 스크랩을 청구법인에게 반환하지 아니하고 하도급업체에 이전하였으며, 청구법인과 OOO건설이 도급금액에서 사급자재 스크랩 가액을 감액하여 계약하고 OOO건설과 하도급업체가 하도급가액에서 그 스크랩 가액을 감액하여 계약하였는바, 이는 청구법인이 OOO건설에게, OOO건설은 하도급업체에게 사급자재 스크랩을 순차적으로 공급한 것이어서 이는 재화의 공급에 해당하는 것(조심 2011구1383, 2013.8.23. 같은 뜻임)으로 보인다. 2) 또한 청구법인은 공사도급 계약금액에서 가감되어 있는 사급자재 스크랩 가액은 부수용역의 공급가액으로서 주된 거래인 용역의 공급대가에 포함되는 것이라고 주장하나, 「부가가치세법」제1조 의 부수재화 또는 용역의 공급이란 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역을 말하는 것으로, 부수재화 또는 용역의 공급을 주장하려면 주된 재화 또는 용역과 그에 부수되는 재화 또는 용역의 공급자가 동일인이어야 하나, 이 건의 경우에는 사급자재 스크랩의 공급자는 청구법인이고 건설용역의 공급자는 OOO건설로, 사급자재 스크랩의 매출거래와 건설용역의 매입거래가 별도로 발생한 건으로 부수용역의 공급에는 해당하지 아니한 것(조심 2011구1383, 2013.8.23. 같은 뜻임)으로 보인다. 3) 아울러 청구법인은 정부발주공사의 경우에도 청구법인과 마찬가지로 추정 스크랩 발생가액을 차가감한 도급금액을 하나의 공급대가로 보아 세금계산서를 수수하고 있다고 주장하나, 정부품셈에 의한 방법은 도급자재에 대한 처리방법으로 청구법인도 도급자재에서 발생하는 스크랩은 정부품셈 방법에 따라 정상적으로 처리하고 있고, 이 건은 도급자재에서 발생한 스크랩이 아니라 사급자재에서 발생하는 스크랩이므로 이 건과 관련이 없다. 따라서 처분청이 사급자재에서 발생한 스크랩 가액이 부가가치세 신고가 누락된 것으로 보아 동 금액을 부가가치세 과세표준에 가산하여 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (6) 쟁점⑥에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 OOO 계약 도급금액 산정당시 차감된 사급자재 스크랩 추정가액은 다음과 같다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO와 관련하여 사급자재 스크랩 추정가액이 계약금액에 이미 반영되었다고 주장하나, OOO 계약 관련 서류 어디에도 사급자재의 스크랩 추정가액이 계약금액에 반영된 사실이 입증되지 아니하며, 설령 사급자재의 스크랩 추정가액이 계약금액에 반영되었다 하더라도 사급자재 스크랩의 소유권은 사급자재를 공급한 청구법인에게 있는 것이고, 계약당사자를 법률적으로 기속하는 계약문서에 사급자재의 소유권이 청구법인에게 있으며, 사급자재의 잔량은 반환하도록 명시되어 있는 점에 비추어 처분청이 사급자재에서 발생한 스크랩 가액이 OOO건설로부터 회수되지 아니하고 포기된 것에 대하여 사업상 증여로 보아 동 금액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 가산하여 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (7) 쟁점⑦과 쟁점⑧에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 OOO주요 계약 내용은 다음과 같다. (나) 먼저, 쟁점⑦에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 사급자재 스크랩 발생분 중 구내의 스크랩 발생분에 대하여는 스크랩 물량만 표시하고 도급금액은 감액하지 않는 반면 구외의 스크랩 발생분에 대하여는 스크랩 가액을 도급금액에서 감액하고 있는바, 구내 발생 스크랩은 모두 청구법인의 야적장에 이미 반납하였고, 구외 발생 스크랩은 공사가 완료되는 시점에 전량 회수할 예정이라고 주장하나, 청구법인과 OOO 사이에 스크랩 가액을 정산한 사실이 없어 OOO건설과 하도급업체와의 정산내용에서 스크랩 해당액을 발췌하게 되므로 구내 발생 스크랩은 산출될 수 없는 금액이고, 구외 발생 스크랩은 OOO이 하도급업체와의 정산을 통하여 처분을 완료함으로써 현실적으로 스크랩을 회수할 수 없는 상태가 되었는바, OOO건설이 청구법인 소유의 사급자재 스크랩 가액을 하도급업체의 하도급가액에서 정산하였다는 의미는 OOO건설이 사급자재 스크랩에 관한 소유권을 이미 행사하고 있는 것이어서 그 공급시기를 늦추어 보더라도 최소한 OOO건설이 사급자재 스크랩 가액을 하도급업체의 하도급가액에서 정산한 때에는 청구법인으로부터 해당 사급자재 스크랩을 공급받은 것으로 볼 수 있는 점(조심 2011구1383, 2013.8.23. 같은 뜻임)에 비추어 처분청이 사급자재에서 발생한 스크랩의 「부가가치세법」상 공급시기가 도래하였음에도 매출세금계산서가 미교부된 것으로 보아 동 금액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 가산하여 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 다음으로, 쟁점⑧에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO건설이 도급자재 스크랩을 청구법인의 야적장에 반출한 후 계량하여 관리하고 있어 도급자재 스크랩의 소유권이 OOO건설에 있으며, 청구법인 야적장에 적재하였다는 사실만으로 재화의 무상공급이라 단정할 수 없다고 주장하나, OOO건설 소유의 도급자재 스크랩은 청구법인의 야적장에 반입되어 청구법인 소유의 스크랩과 구분 없이 보관된 후 청구법인의 생산과정에 이미 투입된 것을 감안하여 해당 도급자재 스크랩의 소유권은 OOO건설이 도급자재 스크랩을 청구법인의 야적장에 반입한 때에 청구법인에게 이전된 것으로 보이는 점(조심 2011구1383, 2013.8.23. 같은 뜻임)에 비추어 처분청이 도급자재 스크랩을 OOO건설로부터 청구법인이 무상증여받은 것으로 보아 동 금액을 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (8) 쟁점⑨에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 부가가치세 과세기간별 추가사급자재 공급현황은 다음과 같다. 2) 추가사급자재를 지급하면서 청구법인과 OOO건설은 이를 무상사급으로 보아 세금계산서를 수수한 사실이 없다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 당초 계약이 사급자재의 물량이 확정되지 아니한 상태에서 체결된 계약이고, 이후 공사가 진행되면서 사급자재의 물량이 확정되어 추가사급자재가 발생함에 따라 부득이하게 사급자재를 추가 공급하기로 계약을 변경한 것이라고 주장하나, 청구법인과 OOO건설은 당초 체결한 OOO 계약의 공사비 견적 작성조건에서 청구법인이 공급하기로 한 최초사급자재인 철골가공용 소재(plate) 30,804톤의 물량가감 정산이 없는 것으로 약정하였고, 이에 따라 청구법인과 OOO건설은 사후 발생한 사급자재 추가소요물량에 대해 청구법인이 추가사급자재를 제공하되, OOO건설의 정상구매단가로 정산하여 추가사급자재 가액만큼 당초 공사금액에서 차감하기로 계약하였는바, 이는 추가사급자재를 공급하고 공사비를 감액하는 방법으로 대가를 정산한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 추가사급자재가 OOO건설에 판매되었음에도 매출세금계산서가 미교부된 것으로 보아 동 금액을 익금에 산입하고 부가가치세 과세표준에 가산하여 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (9) 쟁점⑩에 대하여 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 구 법인세법 시행령 제118조 제5항을 적용함에 있어 ‘일반(부당)과소신고가산세 대상 익금가산액’은 익금이 늘어난 금액만을 의미한다고 주장하나, 구 「법인세법 시행령」 제118조 제5항의 산식 중 분자에 “～가산세 대상 익금가산액”이라고 명시되어 있으므로 ‘익금가산액’은 익금에서 손금을 차감한 금액으로 보아야 하는 점, 청구법인이 주장하는 방식대로 계산하면 가산세계산 대상금액의 안분에 왜곡이 발생하고, 처분청이 결정한 방식대로 계산하면 가산세계산 대상금액이 합리적으 로 안분되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 2005·2006사업연 도 법인세 과소신고가산세 과세시 구 「법인세법 시행령」 제118조 제5항 제1호 및 제2호의 산식 중 ‘익금가산액’을 당해 익금에서 이에 대응하는 손금을 공제한 금액으로 보아 적용한 것은 잘못이 없다 하겠다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련 법령 <쟁점①> (1) 법인세법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (2) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 8. 다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「증권거래법」 제2조 제3항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액 5. 제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가 ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다. 1. 자산을 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금 2. 재정경제부령이 정하는 연지급수입에 있어서 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액 3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액 (3) 상속세 및 증여세법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의1에서 정하는 방법에 의한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 다. 나목 외의 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제49조(평가의 원칙 등) ① 법 제60조 제2항에서 "수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것"이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 항에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의1에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 당해 매매등의 가액을 다음 각 호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다. 1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 거래등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다. 2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2 이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조·법 제62조·법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우(100분의 80 이상인 경우에도 제56조의2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다. 가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액 나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액 제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인( 「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다) ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다) 제56조(1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법) ① 제54조 제1항의 규정에 의한 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 당해 법인이 일시우발적 사건에 의하여 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등의 사유로 제1호의 가액에 의하는 것이 불합리한 것으로 재정경제부령이 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 1. 다음의 산식에 의하여 계산한 가액 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액＝[(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×3)＋(평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×2)＋(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)]×1/6 2. 재정경제부령이 정하는 신용평가전문기관 또는 「공인회계사법」에 의한 회계법인중 2 이상의 신용평가전문기관 또는 회계법인이 재정경제부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세과세표준신고 및 증여세과세표준신고의 기한내에 신고한 경우로서 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 과세표준신고기한내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 동일연도에 속하는 경우에 한한다) 제58조의3(국외재산에 대한 평가) ① 외국에 있는 상속 또는 증여재산으로서 법 제60조 내지 법 제65조의 규정을 적용하는 것이 부적당한 경우에는 당해 재산이 소재하는 국가에서 양도소득세·상속세 또는 증여세 등의 부과목적으로 평가한 가액을 평가액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 평가액이 없는 경우에는 세무서장 등이 2 이상의 국내 또는 외국의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액을 참작하여 평가한 가액에 의한다. <쟁점②> (1) 법인세법(2009.1.30. 법률 제9346호로 개정되기 전의 것) 제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 근로기준법(2009.8.22. 법률 제9699호로 개정되기 전의 것) 제93조(취업규칙의 작성·신고) 상시 10명 이상의 근로자를 사용하는 사용자는 다음 각 호의 사항에 관한 취업규칙을 작성하여 노동부장관에게 신고하여야 한다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다. 2. 임금의 결정·계산·지급 방법, 임금의 산정기간·지급시기 및 승급(昇給)에 관한 사항 4. 퇴직에 관한 사항 제94조(규칙의 작성, 변경 절차) ① 사용자는 취업규칙의 작성 또는 변경에 관하여 해당 사업 또는 사업장에 근로자의 과반수로 조직된 노동조합이 있는 경우에는 그 노동조합, 근로자의 과반수로 조직된 노동조합이 없는 경우에는 근로자의 과반수의 의견을 들어야 한다. 다만, 취업규칙을 근로자에게 불리하게 변경하는 경우에는 그 동의를 받아야 한다. <쟁점③> (1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제1조(과세대상) ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다. 1. 재화 또는 용역의 공급 ② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다. ③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다. ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. (2) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조(수정세금계산서) 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (3) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제25조(접대비의 손금불산입) ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. <쟁점④> (1) 법인세법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제18조의2(지주회사의 수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인 중 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 중 대통령령이 정하는 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사와 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력기술지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 자회사(당해 지주회사가 출자한 법인으로서 지주회사의 자회사에 대한 출자비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)로부터 받은 이익의 배당액이나 잉여금의 분배액과 제16조의 규정에 따른 배당금 또는 분배금의 의제액(이하 이 조 및 제18조의3에서 "수입배당금액"이라 한다)중 제1호 및 제2호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호 및 제4호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다. 4. 자회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사(이하 이 호 및 제18조의3에서 "계열회사"라 한다)에 출자한 경우 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 당해 자회사가 계열회사에 출자한 금액을 감안하여 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외한다. 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제2조 제1호의3의 규정에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 손자회사에 출자한 경우 나. 「금융지주회사법」 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 자회사가 동항 제3호의 규정에 의한 손자회사에 출자한 경우 다. 「금융지주회사법」 제2조 제1항 제2호의 규정에 따른 자회사가 대통령령이 정하는 기관투자자에 해당하는 경우 제18조의3(수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2의 규정을 적용받는 수입배당금액을 제외한다) 중 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액이 제3호 및 제4호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다. 1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액의 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다. 2. 내국법인이 제1호에서 정한 율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액 3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액 4. 해당 내국법인에게 배당을 지급한 다른 내국법인(해당 내국법인의 계열회사인 경우로 한정한다)이 계열회사에 출자한 경우에는 제18조의2 제1항 제4호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액 (2) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제17조의2(지주회사의 수입배당금액의 익금불산입) ⑥ 법 제18조의2 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 제1호의 규정에 의한 율에 제2호의 규정에 의하여 계산한 비율을 곱하여 계산한 율을 말한다. 1. 지주회사가 자회사에 출자한 비율이 법 제18조의2 제1항 제1호 본문에 해당하는 경우에는 100분의 90, 동호 단서에 해당하는 경우에는 100분의 100, 법 제18조의2 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 100분의 60. 이 경우 자회사가 2 이상인 때에는 각 자회사별로 그에 해당되는 율로 한다. 2. 당해 자회사가 계열회사에 출자하여 취득한 주식등의 장부가액이 당해 자회사가 지주회사로부터 출자받은 금액(지주회사가 자회사에 출자하여 취득한 주식등의 장부가액을 말한다)에서 차지하는 비율. 이 경우 그 비율이 100분의 100을 초과하는 때에는 이를 100분의 100으로 한다. 제17조의3(일반법인의 수입배당금액의 익금불산입) ④ 법 제18조의3 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 계열회사에 출자한 다른 내국법인(이하 이 조에서 "배당지급법인"이라 한다)으로부터 받은 수입배당금액에 제1호의 규정에 따른 율과 제2호의 규정에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 1. 내국법인이 배당지급법인에 출자한 비율이 법 제18조의3 제1항 제1호 본문에 해당하는 경우에는 100분의 50, 동호 단서에 해당하는 경우에는 100분의 100, 법 제18조의3 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 100분의 30. 이 경우 배당지급법인이 2 이상인 때에는 각 배당지급법인별로 그에 해당하는 율로 한다. 2. 당해 배당지급법인이 계열회사에 출자하여 취득한 주식등의 장부가액이 당해 배당지급법인이 내국법인으로부터 출자받은 금액(내국법인이 배당지급법인에 출자하여 취득한 주식등의 장부가액을 말한다)에서 차지하는 비율. 이 경우 그 비율이 100분의 100을 초과하는 때에는 이를 100분의 100으로 본다. (3) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2008.2.29. 법률 제8863호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1의2. "지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다. 1의3. "자회사"라 함은 지주회사에 의하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 그 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다. 1의4. "손자회사"란 자회사에 의하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다. 2. "기업집단"이라 함은 동일인이 다음 각 목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다. 가. 동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나이상의 회사의 집단 나. 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2 이상의 회사의 집단 3. "계열회사"라 함은 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다. <쟁점⑤～⑨> (1) 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제1조(과세대상) ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 제6조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. ② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. ③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용·소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. (2) 부가가치세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20626호로 개정되기 전의 것) 제3조(부수재화 또는 용역의 범위) 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역 2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역 3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역 4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화 제14조(재화공급의 범위) ① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1. 현금판매·외상판매·할부판매·장기할부판매·조건부 및 기한부판매·위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화에 공작을 가하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 의하여 재화를 인도하는 것 3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 4. 경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 제15조(자가공급의 범위) ① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화 2. 비영업용 소형승용자동차와 그 유지를 위한 재화(법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 매입세액이 공제되지 아니한 것을 제외한다) ② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의3 제3항에 따라 총괄납부승인 또는 사업자단위과세의 승인을 얻은 사업자가 총괄납부 또는 사업자단위과세의 적용을 받는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 총괄납부승인을 얻은 사업자가 법 제16조에 따른 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법 제19조에 따라 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니하다. 제16조(개인적 공급 및 사업상증여의 범위) ① 법 제6조 제3항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 사업과 직접 관계없이 개인적인 목적 또는 기타의 목적을 위하여 사업자가 재화를 사용·소비하거나 사용인 또는 기타의 자가 재화를 사용·소비하는 것으로서 사업자가 그 대가를 받지 아니하거나 시가보다 낮은 대가를 받는 것으로 한다. 다만, 법 제17조 제2항의 규정에 의하여 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 과세되는 재화의 공급으로 보지 아니한다. ② 법 제6조 제3항의 규정에 의하여 사업자가 자기의 고객이나 불특정다수인에게 재화를 증여하는 경우에 과세되는 재화의 공급으로 보는 것은 증여되는 재화의 대가가 주된 거래인 재화공급의 대가에 포함되지 아니하는 것으로 한다. 다만, 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 다른 사업자에게 인도 또는 양도하는 견본품과 법 제17조 제2항의 규정에 의하여 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 과세되는 재화의 공급으로 보지 아니한다. <쟁점⑩> (1) 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제118조(과소신고금액의 계산 등) ③ 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다. ⑤ 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부당과소신고가산세대상금액과 그외의 과소신고가산세대상금액(이하 이 항에서 "일반과소신고가산세대상금액"이라 한다)의 구분계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

⑥ 제5항 각 호의 산식에서 "총익금가산액"이라 함은 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다. 1. 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 가산한 금액 2. 법 제13조 각 호의 금액의 감소로 인하여 증가된 과세표준