조심 2011구1383 (2013.08.23)

OOO세무서장이 2011.1.14. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원 및 부가가치세 2005년 제2기분 OOO원, 2006년 제1기분 OOO원, 2006년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원의 부과처분은 OOO공사와 관련하여 사급자재에서 발생한 스크랩 금액을 OOO가 청구법인으로부터 회수하지 아니하고 포기한 것으로 보아 OOO에게 법인세를 과세한 처분과 관련하여 제기된 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로서, 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 공사계약 및 사업투자계약을 체결하고, 계약내용에 따라 설비 등을 건설하는 용역을 제공하여 왔으며, 설비에 소요되는 자재 중 두께별 15톤 이상의 특수한 재질의 철판 등 청구법인이 시중에서 구입하기 곤란하거나 건설기한내에 직접 구매가 불가능한 자재등(이하 “사급자재”라 한다)은 OOO로부터 직접 제공받았다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.10.12. ～ 2010.11.10. 기간동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 ⓛ 청구법인이 OOO와의 공사계약에서 2005년 제2기부터 2010년 제2기까지의 기간동안 사급자재에서 발생하는 스크랩 발생액 OOO원을 OOO에 대한 공사도급가액에서 상계하여 감액한 것으로 조사하여 이에 대해 부가가치세 및 법인세를 과세하고 청구법인이 동 과세기간 중 하도급업체인 OOO(주)외 19개업체에 OOO로부터 받은 사급자재를 무상으로 지급한 후 OOO의 경우와 마찬가지로 청구법인의 하도급업체에 대한 스크랩 매출분 OOO원을 하도급업체의 도급금액에서 상계하여 감액하고 이에 대한 세금계산서를 미교부한 것으로 조사하여 이에 대해 부가가치세 및 법인세를 과세하며, ② 청구법인이 OOO와 150만톤 규모의 OOO의 주요설비인 OOO 본체설비를 공급(이하 OOO공사”라 한다)하는 계약을 체결하고, OOO가 이에 소요되는 무상사급자재에서 공급한 후 발생한 스크랩에 대하여 수급사인 청구법인이 스크랩을 하도급공사비와 상계하는 방법으로 하도급업체에 처분하였으나, OOO는 이에 대한 대금 OOO원(2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원)을 회수하지 아니하고 포기한 것으로 조사하여 이를 사업상 증여로 보아 OOO에 대해 법인세를 과세하고(청구법인에 대한 과세처분은 없다), ③ 청구법인이 OOO의 신제강사업 제강설비 신설공사(이하 “OOO”라 한다)를 시행하면서 사급자재에서 발생한 스크랩에 대하여 OOO와 정산하지 아니한 상태에서 수급사인 청구법인이 하도급업체의 하도급공사매출과 상계하는 방법으로 처분하여 스크랩 상당액 OOO원(2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원)의 매출누락, 하도급 공사매입분에 대한 공사원가 OOO원(2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원)을 누락한 것으로 조사하여 이에 대해 법인세를 과세하며, ④ 청구법인이 OOO의 신제강공사를 도급받아 OOO제철소내에서 시공하면서 OOO 야적장에 적치한 청구법인 소유의 도급자재에서 발생한 스크랩 2,350.09톤, 시가 OOO원(이하 “도급자재 스크랩”이라 한다, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원)이 OOO의 생산에 투입되었으나 도급자재 스크랩 매출에 대한 수입금액을 누락하고 매출세금계산서를 미교부한 것으로 조사하여 이에 대해 법인세 및 부가가치세를 과세하고, ⑤ 청구법인이 2009사업연도에 OOO의 신제강공사 시행과정에서 당초 계약상 수령권리가 없는 사급자재 2,440톤(이하 “추가사급자재”라고 한다)을 추가로 지급받는 대신 OOO원을 당초 확정된 공사금액에서 차감하고 세금계산서를 수취하지 아니하여 관련 스크랩 가액 OOO원을 제외한 OOO원의 공사수입금액 및 공사원가를 누락한 것으로 조사하고 이에 대해 법인세를 과세하는 것으로 하여 그 조사결과를 처분청에 통지하였으며, 처분청은 이에 근거하여 2011.1.14. 청구법인에게 법인세 2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원 및 부가가치세 2005년 제2기분 OOO원, 2006년 제1기분 OOO원, 2006년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.5. 심판청구를 제기하였 다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 사급자재의 부산물인 스크랩도 OOO의 소유이므로 OOO와 공사 도급가액 및 하도급금액을 산정함에 있어 사급자재 스크랩 추정가액을 재료비 가액에서 차가감하여 정산하였다. 이는 사급자재 가공현장과 실제 공사현장과 멀리 떨어져 있어 정확한 스크랩 발생량을 파악하는 것이 불가능하고, 도급자재와 사급자재를 구분하여 사급자재에서 발생한 스크랩을 별도 관리, 수거 및 반환하는데 비용이 소요되는 점을 고려할 때, 청구법인이 이러한 과정을 수행하는 것은 현실적으로 불가능하기 때문이며, 당초 도급계약 및 하도급계약 체결시 사급자재 스크랩 가액을 반영하는 것은 도급 및 하도급계약의 일부분을 구성하는 것일 뿐, 공사도급금액 및 하도급금액 과소계상 및 스크랩 매출누락 거래로 재구성할 수 없다. 청구법인은 스크랩량의 파악이 어렵기 때문에 정부품셈에 준하는 스크랩량을 감안하여 제정한 “OOO품셈”에 따라 스크랩 비율을 적용하고 있다. 「부가가치세법 시행령」제3조 제2호는 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 재화 또는 용역은 별도의 거래로 보지 아니하고 있는바, 청구법인의 사례에서 발생한 스크랩 발생금액은 전체 사급자재비의 2.6%에 불과하여 공사도급 및 하도급계약금액에 반영되어 있는 사급자재 스크랩 가액은 부수용역의 공급가액으로서 주된 거래인 건설용역의 공급가액에 포함되는 것이므로 스크랩 공급가액을 별도의 매출로 볼 수 없다. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」, 같은 법 시행규칙 및 「특정조달을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 특례규정」의 위임을 받아 제정된 「예정가격 작성기준」 제9조 제4항에 의하면, “계약목적물의 제조 중에 발생되는 작업설, 부산품, 연산품 등은 그 매각액 또는 이용가치를 추산하여 재료비로부터 공제하여야 한다”고 명시되어 있고, 2009.8.6. 행정안전부에서 작성한 「지방자치단체 계약심사 업무처리지침」에서도 “고재(스크랩)처리 해당금액을 직접 공사비에서 감액처리 하였는지 여부”를 반드시 체크하도록 명시되어 있는 등 정부발주 공사계약에서도 사급자재 또는 도급자재 여부에 관계없이 스크랩의 가액은 도급금액의 차감항목으로 기재되어 도급금액에서 차감할 뿐 별도의 정산을 하지 아니하고 있는 점을 감안하면, 처분청의 처분은 세무행정의 편의와 능률만을 기하기 위해 구분계산의 비경제성과 그동안의 거래관행과 현실을 무시하는 것이고, 처분청의 논리대로라면 정부, 지방자치단체 발주공사는 모두 「부가가치세법」을 위반한 것이 된다. 처분청은 청구법인과 OOO가 사급자재 스크랩을 최종 정산하는 것을 전제로 스크랩 가액만큼 별도의 매출로 보고 있으나, 청구법인과 OOO는 공사 도급금액 산출시 사급자재 스크랩 추정가액을 재료비에서 차감하여 도급가액을 체결할 뿐, 추후 실제 발생된 스크랩량과 차이가 발생할 때 별도의 정산절차를 거치지 아니하고 있어 이건 부과처분은 사실관계를 잘못 이해한 것에서 비롯된 잘못된 처분이고, 스크랩 발생에 따른 세무문제를 해결하기 위해서는 사급·도급자재를 공급하지 아니하여야 하나, 단지 세무상 관리의 용이성만을 위해 실무적으로나 효율성면에서 필요한 사급 및 도급자재 공급을 포기하라는 것은 계약자유의 원칙을 침해하는 것이다. 처분청은 청구법인과 OOO, 하도급업체간의 거래관행이 마치 하도급업체의 비자금 조성 및 고철 무자료거래의 주된 원인인 것처럼 매도하고 있으나, 하도급업체가 획득하는 스크랩량은 하도급계약서만 봐도 충분히 알 수 있는 것으로, 하도급업체가 스크랩을 무단 매출한 것과 청구법인의 거래관행은 아무런 관련이 없다. (2) 쟁점②와 관련하여 제출한 당초 청구주장을 취소한다. (3) OOO공사는 매도인이 사급자재 잔량을 매수인에게 반환하도록 규정한 “설비 및 기기구매계약 일반약관”(이하 “일반약관”이라 한다) 제35조 제3항이 적용되는 공사로, 청구법인과 OOO는 일반적인 공사계약과 달리 OOO공사 도급가액(자재비) 산정시에는 사급자재 스크랩 가액을 차감하지 아니하였다. 신제강공사는 OOO OOO제철소 내부에서 진행되고 일부 설비는 사외가공을 통하여 제작되는데 OOO제철소 내부에서 제작되어 발생한 사급자재 스크랩은 OOO 야적장에 모두 반납되었고, 사외에서 가공하는 과정에서 발생한 사급자재 스크랩은 청구법인과 하도급업체간의 도급금액에서 이미 차감하여 정산처리되었으며, OOO와는 스크랩 추정발생량이 확정된 2011.4.15.OOO원(VAT OOO원 별도)의 세금계산서 발행 및 스크랩 물량 정산을 완료하였는바, 사급자재 스크랩은 청구법인에게 무상으로 이전되지 아니하여 청구법인의 순자산이 증가된 바도 없으므로 청구법인의 자산수증익이 될 수 없다. 처분청은 청구법인이 하도급업체와 사외에서 발생한 스크랩에 대해 정산하였으므로 청구법인과 OOO 역시 그 시점에 세금계산서를 수수하여야 한다는 의견이나, 청구법인이 하도급업체와 스크랩에 대해 정산한 것과 청구법인과 OOO와의 계약관계는 별개로, 청구법인이 OOO와 반드시 정산하여야 한다는 법리는 성립될 수 없다. OOO공사는 당초 계약이 정확한 설계가 없는 상태에서 OOO가 제시하는 규모와 사양을 참조하여 청구법인이 작성한 견적서를 바탕으로 대략적으로 정한 지급수량과 공사비계약가액으로 체결되었으므로 최종 상세도면이 완성되고 스크랩발생 물량에 대한 추정치를 산정할 수 있는 공사완료시점을 스크랩 물량 확정시점으로 정한 것이다. (4) 청구법인이 구입한 도급자재의 처분권은 청구법인에게 있고, 설비신설계약 특약조건 제18조에 의하여 도급자재의 잉여 및 스크랩은 공사 중 또는 공사 후에 청구법인이 반출하여 처리할 수 있어 청구법인의 소유가 명백한바, 청구법인은 보관장소의 협소성, 관리상의 어려움 때문에 도급자재에서 발생한 스크랩을 OOO의 야적장으로 반출하여 스크랩을 계량하여 누적관리한 후 최종 설계도면이 확정되고 공사가 최종 완료되어 도급자재 및 사급자재의 스크랩 추정물량이 확정된 2011.4.15. OOO원(VAT OOO원 별도)의 세금계산서 발행을 완료한 바 있다. 도급자재 스크랩이 OOO 야적장 반출된 때에는 스크랩 물량을 확정할 수 없음에도 그 시점에 스크랩이 OOO에 무상이전된 것을 보아 과세한 처분청의 처분은 부당하다. (5) OOO시 사급자재 2,440톤을 추가로 제공하기로 한 계약은 정상적인 계약의 변경으로, 특별한 사정이 없는 한 세법상 부인될 수 없고, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」의 공사계약 일반조건 및 ‘지방자치단체 공사계약’ 일반조건 제6절에서도 사급자재를 관급자재로 또는 관급자재를 사급자재로 변경할 수 있도록 하고 있는바, 신제강사업 설비공사 구매계약서의 공사비 견적 작성조 건에서 공급받기로 한 철골가공용 사급자재 소재(plate) 30,804톤 (이하 “최초사급자재”라고 한다) 이 당초 물량가감 정산이 없는 것으로 되어 있으나 이는 상세설계가 도출되지 않아 개략설계에 따른 물량으로, 상세설계가 완성되면서 사급자재 추가소요물량이 발생되어 공기지연을 우려한 OOO와 청구법인이 부득이하게 도급자재를 사급자재로 변경하여 사급자재를 추가 공급하기로 정상적인 계약변경을 한 것이므로 이를 재화의 공급으로 재구성할 수는 없는 것이다. 처분청은 추가사급자재가 공사용역의 확정된 대가를 차감한 교환거래에 해당한다는 의견이나, 이와 같은 논리는 사급자재의 지급이 최초 계약시점에만 결정될 수 있고, 이후 변경계약 등을 통해서는 계약조건 또는 계약사항에 반영되어서는 아니된다는 것으로 해석되어 사적자치를 침해하고 「부가가치세법」의 입법취지에도 배치되는 것이며, 사급자재의 추가공급은 계약변경을 통해 언제든지 가능한 것이므로 추가사급자재의 지급의 정당성을 부인한 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) OOO는 청구법인과의 공사계약에서 공장 등 신축에 소요되는 자재 중 일부를 직접 생산한 사급자재로 청구법인에 공급하기로 하고, 도급공사비에서 사급자재의 스크랩가액을 차감하기로 하였는바, 청구법인의 하도급업체에서 발생한 스크랩 발생량은 OOO와 청구법인의 계약서에 반영된 내용과 차이가 없으며, 차이가 발생할 경우 OOO와 청구법인은 변경계약서를 작성하여 정산하고 있어 이러한 거래행태는 결과적으로 청구법인의 하도급업체가 스크랩을 무자료로 판매하여 비자금을 조성하게 하고, 고철 도매상이 허위 세금계산서 수취하여 매입세액 부당공제를 받게 하며, 개인수집상이 재활용자원 매입세액을 부당공제받게 하는 등 고철 유통과정 문란의 원인으로 작용하고 있다. 청구법인과 OOO는 설계 또는 계약명세서 작성시 향후 투입될 재료비, 노무비, 경비 각 요소의 단위당 수량과 단가를 정확히 산출하여 도급공사비를 산정하고 있고, 그 설계도면으로 향후 발생할 스크랩 발생량을 정확히 예측할 수 있어 청구법인이 스크랩의 발생사실은 인정하면서도 관리상의 어려움으로 동 가액이 확정되지 않았다는 청구주장은 불합리하다. 따라서 공사완료후 OOO와 청구법인이 최종적으로 확정한 스크랩가액을 공급가액으로 하고, 그 스크랩에 대한 실질적·법률적 소유권이 청구법인에게 이전된 정산일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 정당하다. 청구법인은 사급자재 스크랩가액이 부수용역의 공급가액으로 주된 거래인 건설용역의 공급가액에 포함되는 것이므로 스크랩 공급가액을 별도의 매출로 인식할 수 없다고 주장하고 있으나, 「부가가치세법 시행령」제3조 는 재화 또는 용역의 공급인 매출거래에서 발생하는 부수재화 또는 용역에 관한 규정으로, 이 건은 매출거래와 매입거래가 별도로 발생하여 부수재화의 규정이 적용될 수 없고, OOO와 청구법인의 관계와 같이 도급인이 자재를 생산하는 자이고 수급인이 동 자재를 매입하여 가공절차를 거친 후 다음 도급인의 공장건설에 재투입하는 경우, 도급인이 수급인에게 판매하는 자재가액에 대한 매출세금계산서를 공사비 지급금액과 상계처리하여 과소발행하거나 발행하지 않는다면 이는 적법한 거래형태가 아닌 것이다. 정부품셈에 의한 방법은 도급자재에 관한 처리방법으로 청구법인도 도급자재에서 발생하는 스크랩은 정부품셈 방법에 따라 정상적으로 처리하고 있으나, 이 건은 도급자재에서 발생하는 스크랩이 아니라 사급자재에서 발생한 스크랩에 관한 사항을 다루고 있으므로 청구법인의 주장내용과는 관련이 없 다. (2) 쟁점②와 관련하여서는 청구법인에 대한 과세사실이 없으므로 답변을 생략한다. (3) 사급자재에 대한 계약내용을 살펴보면, 특별약관에는 최초사급자재의 물량만 정하고 이에 대한 정산규정은 없고(이는 자재가 부족할 경우 청구법인이 부담하여 조달하여야 한다는 의미다), 모든 공사의 계약시 동일하게 첨부되는 일반약관에서는 사급자재의 소유권이 매수인에게 있으며(제35조 제2항), 계약물품의 남품과 동시에 매도인은 사급자재의 수령·사용 및 잔량의 명세서를 매수인에게 제출하여야 하며, 잔량은 반환하여야 한다(제35조 제3항)고 되어 있으나 청구법인과 OOO는 사급자재의 스크랩에 대한 정산사실이 없다. 청구법인은 신제강공사에서 발생한 스크랩은 2011년 공사완료후 정산할 것이라고 주장하나, OOO의 OOO 총책임자인 이OOO은 청구법인의 스크랩 처분사실을 이미 인지한 것으로 답변하였고, OOO의 OOO 현장소장인 오OOO도 청구법인의 스크랩 처분사실을 인지하였다는 취지의 답변을 한 점에서 스크랩의 공급시기는 청구법인이 스크랩을 처분한 시점으로 보아야 한다. OOO가 사업장 밖에서 발생한 스크랩을 공사가 완료되는 시점에서 전량 회수할 예정이라고 하고, 청구법인은 정산할 예정이라고 하여 서로 다른 주장을 하고 있는 점에서 청구법인의 주장은 단지 이 건 과세를 회피하기 위한 것에 불과하다. (4) 청구법인은 OOO 사업장 내에서 발생한 도급자재 스크랩이 청구법인의 소유라고 주장하나, OOO는 사업장 안과 밖의 스크랩에 대한 정산방식을 달리 적용하여 사업장 밖의 스크랩은 도급공사금액에서 차감하는 방식으로 정산하고, 사업장 안의 스크랩은 전량 회수하고 있는데 청구법인의 주장과 같이 사업장 안에서 발생한 스크랩을 청구법인의 소유가 되기 위해서는 별도 보관후 관리를 하는 등 실물자산 관리를 계속하여야 하나, 청구법인은 계근된 수량만 관리할 뿐, 한번도 관리를 한 사실이 없고, 야적장에서 다른 도급공사에서 발생한 스크랩과 구분되지 않아 스크랩이 청구법인의 소유라는 청구주장은 받아들이기 어렵고, OOO의 야적장에 야적되는 시점에 이미 공급이 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다. 청구법인 소속직원인 오OOO가 이메일로 청구법인의 도급자재에서 발생한 스크랩은 OOO의 생산과정에 이미 투입되었다고 답변하였고, OOO 직원 이OOO도 추후 공사완료시 전체 정산과정에 포함시켜 정산하기 위해 계근만 하고 전표는 입력하지 않는다고 답변하여 정산과정에서 반영할 채권으로 인식하고 있어 스크랩 실물의 공급이 완료된 것으로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다. (5) 청구법인이 OOO와 체결한 신제강공사 계약은 설계 및 시공 일괄도급 형태의 계약으로, 당초 정확한 설계가 없는 상태에서 OOO가 제시하는 규모와 사양을 참고로 청구법인이 작성한 견적서를 가지고 사급자재의 지급수량과 공사비계약가액 협의하는 단계를 거쳐 체결되었다. 계약내용을 요약하면, OOO는 최초사급자재 30,804톤을 확정지급하는 의무를 지고, 청구법인은 지급받은 사급자재와 사급자재 이외의 부분에 대한 공사비 OOO원으로 공사목적물을 완성하여야 할 의무를 지는 것으로 되어 있었다. 청구법인은 설계 및 공사진행한 결과 최초사급자재의 소요량이 청구법인의 귀책사유로 잘못 추정되어 2,440톤(추가사급자재)이 부족하자 이 문제에 대해 OOO와 협의하여 OOO가 추가사급자재를 지원하되, 청구법인의 정상구매단가를 기준으로 전체 물량이 확인되는 시점에 설계변경내역을 확인하여 그 결과에 따라 계약내용을 일괄 변경하기로 결정하였으며, 2010.8.24. 양사는 공사비를 당초 OOO원에서 추가사급자재 시가인 OOO원을 감액한 OOO원으로 변경하는 계약을 체결하였고, 추가사급자재에 대하여 이를 무상사급으로 보아 세금계산서를 수수하지 아니하였다. 청구법인은 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」등에서도 계약변경을 통한 사급자재의 공급물량 변경을 허용하고 있다고 주장하고 있으나, 계약변경을 통한 물량조정은 당초 공사도급범위에 도급자재가 포함되어 있는 경우 수급불균형의 불가피한 사유로 공사도급범위에서 제외할 때 적용되는 방법으로, 신제강공사의 당초 계약시에는 공사도급범위에 최초사급자재 이외에 추가사급자재에 관한 계약조건이 없어 도급자재를 사급자재로 전환한 계약조정이 아니라 당초 계약서상 지급의무가 없던 추가사급자재를 공급하면서 그 대가로 사급자재와 관련없는 다른 공사용역의 확정된 대가를 차감한 교환거래에 해당한다. 청구법인은 공기지연 등의 우려로 추가사급자재를 지급받는 계약변경을 하였다고 주장하나, 계약변경을 하지 않더라도 OOO가 청구법인에게 부족한 자재를 판매형식으로 공급하고 세금계산서를 교부받으면 해결되는 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인의 하도급업체가 도급자의 사급자재를 임가공하면서 발생한 스크랩에 대하여 도급자가 청구법인에게 스크랩을 공급하고, 청구법인이 이를 다시 하도급업체에게 공급한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세(증빙불비가산세)를 과세한 처분의 당부 ② OOO와 관련하여 사급자재에서 발생한 스크랩 금액을 OOO가 청구법인으로부터 회수하지 아니하고 포기한 것으로 보아 OOO에게 법인세를 과세한 처분의 당부 ③ OOO와 관련하여 발생한 사급자재 스크랩가액을 청구법인이 하도급업체의 하도급가액과 상계한 때에 청구법인이 OOO로부터 당해 스크랩을 공급받는 것으로 볼 수 있는지 여부 ④ 청구법인이 OOO 중 발생한 도급자재 스크랩을 OOO 야적장에 반입한 때에 OOO에 당해 스크랩을 공급한 것으로 볼 수 있는지 여부 ⑤ OOO와 OOO시 추가사급자재 2,440톤을 청구법인에게 추가제공하고, 도급금액을 추가사급자재 가액만큼 감액하기로 계약한 것에 대해 청구법인이 OOO에 대해 추가사급자재 가액에 해당하는 매출을 누락하였고, OOO로부터 추가사급자재를 공급받은 것으로 볼 수 있는지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 조사청이 OOO에 대해 조사한 내역은 다음과 같다. (가) OOO에 대한 조사청의 사급자재 관련 조사서에 의하면, 조사청은 OOO 제철소 내에서 발생하는 사급자재 스크랩의 경우에는 스크랩이 제철소 내의 야드장으로 전량 반입처리되어 문제점이 없으나, OOO 제철소 밖에서 가공되는 사급자재의 스크랩은 OOO가 청구법인의 공사대금에서 스크랩 금액을 차감하는 것으로 계약하여 OOO는 스크랩(<표1>의 ①)을 매출누락하였고, 청구법인은 OOO에 대한 스크랩 금액 상당액의 공사비를 매출누락하였으며, 청구법인은 하도급업체와 체결하는 하도급계약에서 원도급자인 OOO 소유의 사급자재 스크랩 금액을 수급인의 하도급업체 가공비에서 차감하는 것으로 계약하여 청구법인은 스크랩(<표1>의 ②)을 하도급업체에 매출누락하였고, 동 스크랩 금액 상당액의 가공원가를 누락하였으며, 동시에 하도급업체는 동 금액의 가공비를 매출누락(일부업체는 신고반영)한 것으로 조사하였다. <표1> 청구법인의 매출누락, 하도급의 가공비 매출누락 OOO (나) OOO의 신제강(제강설비) 무상사급자재에 대한 스크랩 세금계산서 수수누락 관련 조사청의 조사서에 의하면, OOO는 2007.11.29. 청구법인과 OOO를 계약체결하였고, 그 계약내용은 다음 <표2>와 같다. <표2> 신제강공사 계약내용 OOO 위 계약과 관련하여 청구법인은 지급받은 사급자재를 하도급업체에 무상사급자재로 지급하면서 다음 <표3>과 같이 당해 자재에서 발행한 스크랩에 대하여 공사금액과 상계한 사실이 있고, <표3> 신제강공사 관련 사급자재 스크랩발생 내역 OOO 위 사급자재에는 추가사급자재 2,440톤(공급가액 OOO원)에서 발생한 스크랩이 다음 <표4>과 같이 포함된 것으로 조사되었다. <표4> 유상사급자재 스크랩 내역 OOO (다) 신제강공사 도급자재 스크랩 세무계산서 수수누락 관련 조사청의 조사서에 의하면, 신제강공사와 관련하여 청구법인은 OOO 공장내에 도급자재를 반입하여 공사를 수행한 사실이 있고, 당해 도급자재 스크랩은 청구법인의 소유임에도 다음 <표5>와 같이 OOO 공장내 야드장에 다른 스크랩과 별도 구분없이 입고되어 OOO의 생산에 투입되고 있는 것으로 조사되었다. <표5> OOO의 생산에 투입된 청구법인의 도급자재 스크랩 OOO OOO 직원 이OOO(OOO 철강사업1실 신제강추진반 제강설비팀)에 대한 조사청의 문답서(2010.11.2.)에 의하면, 이OOO은 신제강공사와 관련하여 OOO 공장내에서 발생한 스크랩 2,771,190㎏ 중 기존 건물의 철거 중에 발생한 OOO 소유 스크랩 205,390㎏을 제외한 2,565,800㎏은 청구법인이 구입한 도급자재에서 발생한 스크랩이고, OOO 중 발생한 도급자재 스크랩은 계량장에서 계량하며, 조사일 현재 도급자재 스크랩에 대해 청구법인과 OOO가 정산하지 아니하였으나, 추후 공사완료시 전체 정산과정에 포함시켜 정산할 예정이라는 취지의 답변을 한 사실이 나타난다. (라) OOO 유급사재자재에 대한 세금계산서 수수누락 관련 조사청의 조사서에 의하면, 청구법인과 OOO간 체결된 OOO 계약은 설계 및 시공 일괄도급 형태의 계약으로 당초 정확한 설계가 없는 상태에서 OOO가 제시한 규모와 사양을 참고로 청구법인이 작성한 견적서를 가지고 사급자재의 지급수량과 공사비계약가액을 협의하는 단계를 거쳐 체결되었고, 계약내용을 요약하면 도급자(OOO)는 최초사급자재 30,804톤을 확정 지급하는 의무를 지고, 수급자는 지급받은 사급자재와 사급자재 이외의 부분에 대한 공사비 OOO원으로 공사목적물을 완성하여야 하는 의무를 지는 방식의 계약이며, 청구법인은 설계 및 공사진행을 한 결과, 최초사급자재의 소요량이 잘못 추정되어 2,440톤이 부족하자 당초 계약상의 조건에 의하여 자체적으로 구매를 하여야 하는 상황에 처하자, 2009.4.8. 청구법인은 부족한 사급자재 물량에 대하여 사급지원 전환을 건의하는 공문을 발송하였고, 이에 OOO는 청구법인과의 협의를 거쳐 2009.6.26. 추가사급자재를 지원하되, 정산기준은 청구법인의 정상구매단가로 정하며, 계약변경은 전체 물량이 확인되는 시점에 설계변경 내역을 확인하여 협의하고, 그 결과에 따라 일괄 계약변경하기로 내부적으로 정한 것으로 조사되었다. 조사청이 조사한 추가사급자재 지급내역은 다음 <표5>와 같다. OOO 또한, 2010.8.24. 양사는 추가사급자재 전량을 당초 공사비로 계약한 OOO원에서 추가사급자재의 시가 OOO원을 감액한 OOO원으로 변경계약을 체결하였고, 추가사급자재를 지급하면서 양사는 이를 무상사급으로 보아 세금계산서를 수수하지 아니하여 OOO는 추가사급자재 OOO원에 대한 세금계산서 교부 누락, 2009사업연도 법인세 신고시 매출 OOO원을 누락, 매출원가 OOO원을 과소계상하였고, 청구법인은 공사원가 OOO원 계상누락, 관련 스크랩 OOO원 차감누락, 공사진행수입 OOO원을 과소계상한 것으로 조사되었다. 청구법인이 OOO와 관련하여 OOO에 제출한 견적서(2007.11.8.)에 나타나는 OOO의 견적금액은 설비비 OOO원, 공사비 OOO원, 합계 OOO원(부가가치세 별도)이고, 동 견적서에 첨부된 “견적금액 제출 전제조건” 자료에는 공사비 견적 작성조건으로 철골 가공용 소재(plate) 30,804톤을 도급자(OOO)가 제공하며, “도급자로부터 제공받은 소재에 대한 물량 가감 정산은 없다”라고 문구가 기재되어 있으며, 견적서에 첨부된 “견적가 총괄내역” 자료에는 공사비 견적금액 OOO원에 “사급소재비 제외”로 표기되어 있다. 처분청이 제출한 일반약관 제35조 제2항에 “사급자재의 소유권은 매수인에게 있으며, 매도인이 인수한 후에 이를 망실, 훼손하였을 때에는 매수인의 선택에 따라 매물충당 또는 대가를 변상하여야 한다”라고 되어 있고, 제3항에는 “계약물품의 납품과 동시에 매도인은 사급자재의 수령, 사용 및 잔량의 명세서를 매수인에게 제출하여야 하며 잔량은 반환하여야 한다”라고 되어 있는 것과 관련하여 조사청은 일반약관이 도급자(OOO)가 발주하는 모든 공사의 계약시 동일하게 첨부되는 문서로, 그 내용이 모두 동일한바, 위 규정의 내용이 실제로 이행된 사실은 없는 것으로 조사하였다. 처분청이 제출한 OOO 직원 김OOO(자재구매그룹 팀리더)의 문답서에는 견적서에 첨부된 견적조건과 일반약관이 상충될 경우 해석의 우선순위를 묻는 조사공무원의 질문에 김OOO는 양자간의 합의를 하였다는 전제로 견적서가 우선 해석되고, 일반약관은 최하위로 해석된다고 답변하였고, 위 견적조건에 사급자재에 대한 가감정산이 없다는 문구의 의미를 묻는 조사공무원의 질문에 김OOO는 자재가 더 소요되어도 도급자가 추가공급하지 않고, 자재가 남아도 잔여 소재를 반납받지 아니한다는 의미로 알고 있다는 취지의 답변을 하였으며, OOO가 최초사급자재 30,804톤 이외에 공급한 추가사급자재는 청구법인이 부담하여야 하는 것인지를 묻는 조사공무원의 질문에 김OOO는 맞다고 답변한 사실이 나타난다. (2) 청구법인에 대한 조사청의 부분조사 통합조사서에 의하면, 조사청이 청구법인에 대해 조사한 내역은 다음과 같다. (가) 조사청은 청구법인이 사급자재를 제공받는 거래흐름에 대해 청구법인이 OOO와 설비제작 및 건설공사를 일괄 또는 분할형태로 계약을 체결하고 공사를 수행하면서 발주자가 공사계약내용에 따라 지급하는 사급자재는 발주처에서 시공업체인 청구법인의 하도급업체로 직접 운송되고, 하도급업체에서 작업완료 후 발생하는 스크랩 상당액은 공사계약금액에서 차감하는 방식으로 정산되며, 하도급업체는 스크랩을 고철도매상에게 판매하여 차감된 공사비 상당액을 보전하고 있는 것으로 조사하였다. 조사청은 OOO공사의 경우 청구법인이 하도급업체{OOO(주)외 4개 업체}에 지급할 외주가공비 중 스크랩 OOO원(공급가액기준, 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원)을 차감한 것은 하도급업체가 제작한 설비의 인도대가로서 스크랩을 인도받는 교환계약 내지 대물변제에 해당하는 것으로, 동 금액을 스크랩매출누락으로 부가가치세 경정하고, 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 경정하며, OOO와 관련하여 청구법인이 OOO로부터 제공받은 무상사급자재를 하도급업체{OOO(주)외 3개 업체)에 다시 무상사급자재로 제공하면서 당해 무상사급자재에서 발생한 스크랩 OOO원(공급가액 기준, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원)에 대해 하도급업체의 외주가공비에서 차감하여 정산하였는바, 동 금액을 스크랩 매출누락으로 보아 부가가치세를 경정하고, 유상사급으로 전환되어 발생한 스크랩 OOO원에 대해서는 증빙불비가산세를 적용하는 것을 포함하여 법인세를 경정하며, 기타공사와 관련하여 청구법인이 OOO로부터 무상으로 제공받은 사급자재를 하도급업체{(합)OOO 외 14개 업체}에 다시 무상사급 자재로 공급하면서 당해 무상사급자재에서 발생한 스크랩 OOO원(공급가액 기준, 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원)을 외주가공비에서 차감한 사실이 있어 이를 스크랩 매출누락으로 부가가치세를 경정하고, 외주가공비 매입누락부분에 대해서는 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 경정하는 것으로 조사하였다. (나) 조사청은 OOO공사 및 신제강공사의 경우 청구법인이 OOO로부터 무상사급받은 자재에서 발생하는 스크랩 금액(OOO공사 OOO원, 신제강공사 OOO원)에 대해 공사수익과 상계하지 아니하였으므로 과세문제가 없는 것으로 보았으나, 기타공사의 경우에는 청구법인의 공사수익과 상계한 스크랩 금액 OOO원(공급 가액 기준, 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원)에 대해 공사수익 매출누락으로 부가가치세를 경정하고, 동 금액에 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 경정하는 것으로 조사하였다. (다) 조사청은 청구법인이 신제강공사와 관련하여 청구법인 소유 도급자재에서 발생한 스크랩을 OOO와 미정산한 금액(OOO원)에 대하여 부가가치세 및 법인세 경정하는 것으로 조사하였다. (라) 조사청은 청구법인이 신제강공사와 관련하여 추가로 제공받은 유상사급자재 OOO원에 대하여 OOO로부터 세금계산서를 교부받지 아니한 것으로 보아 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 경정하는 것으로 조사하였다. (3) 청구법인이 제출한 증빙자료를 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점①과 관련하여 정부발주 공사계약에서도 사급자재 또는 도급자재 여부에 관계없이 스크랩의 가액은 도급금액의 차감항목으로 기재되어 도급금액에서 차감할 뿐 별도의 정산을 하지 아니하고 있다고 주장하며, ① 예정가격 작성기준(기획재정부 회계예규 2200-04-160-2, 2007.10.12., 제9조 제4항에 “계약목적물의 제조 중에 발생되는 작업설, 부산품, 연산품 등은 그 매각액 또는 이용가치를 추산하여 재료비로부터 공제하여야 한다”라고 규정하고 있다), ② 지방자치단체 계약심사 업무처리지침(행정안전부 회계공기업과 작성, 지방자치단체 사업발주에 대한 계약심사시 고재처리 해당금액을 직접공사비에서 감액처리하였는지 여부를 작업부산물 항목의 검토내용으로 명시하고 있다), ③ OOO중공업의 중부내륙 고속도로(여주-양평) 1공구의 설계예산 및 도급내역 비교표(각 공사항목 중 자재비 또는 재료비 항목에 고재대의 금액이 (-) 표시되어 있다)등을 제시하였다. (나) 청구법인이 2005.3.22. OOO와 체결한 OOO공사 계약서에 의하면, 양사는 계약금액을 OOO(공급가액 OOO원), 납품장소를 OOO제철소, 최종납기를 2007.6.30.로 하여 OOO공사 계약을 체결하였으나, 사급자재 공급 및 사급자재 스크랩에 관한 사항을 별도로 약정하지 아니한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 2007.11.29. OOO와 체결한 OOO 구매계약서에 의하면, 양사는 계약금액을 OOO원(부가가치세 포함), 최종납기일을 2011.9.30., 납품장소를 OOO제철소로 하여 OOO 구매계약을 체결하였고, 동 계약서에 첨부된 “견적금액 제출 전제조건 ” 자료에는 공사비 견적 작성조건으로 철골 가공용 소재(plate) 30,804톤을 도급자(OOO)가 제공하는 것으로 하고, “도급자로부터 제공받은 소재에 대한 물량 가감 정산은 없다”는 문구가 기재되어 있다. (다) 행정안전부 예규(제333호, 2010.10.26.) “지방자치단체 공사계약 일반조건”의 “6. 소요자재의 수급방법의 변경”란에는 다음과 같은 사항이 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 쟁점③, 쟁점④의 스크랩 사후정산주장과 관련하여 2011.4.15. OOO 발행 세금계산서(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)와 2011.4.15. 청구법인 발행 세금계산서(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원) 및 OOO신제강 제강설비 준공정산관련 협의 자료를 각각 제시하였다. (4) 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 관리상의 어려움으로 OOO의 사외에서 발생하는 사급자재 스크랩 가액을 OOO와의 도급금액 및 하도급업체와의 하도급가액에서 차감하여 계약하였다는 주장이나, 「부가가치세법」제6조 제1항은 “계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것”을 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인이 OOO로부터 무상으로 제공받은 사급자재의 소유권은 OOO에 있는 것이고 그 사급자재에서 발생하는 스크랩의 소유권도 OOO에 있다 할 것인데, 사급자재에서 발생한 스크랩이 현실적으로 OOO에 반환되지 아니하고 하도급업체에게 이전되었고, 청구법인과 OOO가 도급금액에서 사급자재 스크랩가액을 감액하여 계약하였으며, 청구법인과 하도급업체가 하도급가액에서 그 스크랩가액을 감액하여 계약한 것은 OOO가 청구법인에게, 청구법인은 하도급업체에게 사급자재 스크랩을 순차적으로 공급한 것이어서 이는 재화의 공급에 해당하는 것으로 보인다. 또한, 청구법인은 사급자재의 스크랩이 주된 건설용역 거래에 포함되는 부수재화에 해당한다고 주장하나, 「부가가치세법」제1조 의 부수재화 또는 용역의 공급이란 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역을 말하는 것으로, 부수재화 또는 용역의 공급을 주장하려면 주된 재화 또는 용역과 그에 부수되는 재화 또는 용역의 공급자가 동일인이어야 하나, 이 건의 경우에는 건설용역의 공급자는 청구법인이고 사급자재 스크랩의 공급자는 OOO로, 공급자가 상이하여 부수재화 또는 용역의 공급에는 해당하지 아니한 것으로 보인다. 따라서 OOO와 청구법인, 청구법인과 하도급업체가 사급자재 스크랩에 대해 세금계산서를 각 수수하지 아니하여 청구법인이 스크랩 가액에 해당하는 도급금액 및 스크랩매출을 신고누락하였고, 동시에 하도급업체의 공사매출원가를 누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (5) 쟁점②에 대하여 본다. 본안 심리에 앞서 쟁점②와 관련한 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 본다. 청구법인은 OOO와 체결한 OOO공사계약과 관련하여 사급자재 스크랩 가액이 하도급업체의 하도급가액과 상계되었으나 OOO는 청구법인으로부터 스크랩가액을 회수하지 아니하고 포기한 것으로 보아 과세관청이 OOO에 대해 법인세를 과세한 것에 대해 심판청구를 제기하였다. 「국세기본법」제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점②와 관련된 심판청구는 청구법인에 대한 처분청의 과세사실이 없어 불복청구의 대상인 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구에 해당한다고 판단되므로 각하하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (6) 쟁점③에 대하여 본다. OOO와 관련하여 청구법인은 청구법인과 하도급업체와의 계약이 청구법인과 OOO와의 계약과는 별개이므로 청구법인이 하도급가액에서 사급자재 스크 랩가액을 정산한 때에 OOO가 해당 사급자재 스크랩을 청구법인에 게 공급한 것으로는 볼 수 없고, 스크랩 물량이 확정된 때인 2011.4.15. 스크랩 물량 정산 및 세금계산서 발행을 완료하였다는 주장이나, 청구법인이 OOO 소유의 사급자재 스크랩 가액을 하도급업체의 하도급가액에서 정산하였다는 의미는 청구법인이 사급자재 스크랩에 관한 소유권을 이미 행사하고 있는 것이어서 그 공급시기를 늦추어 보더라도 최소한 청구법인이 사급자재 스크랩 가액을 하도급업체의 하도급가액에서 정산한 때에는 OOO로부터 해당 사급자재 스크랩을 공급받은 것으로 볼 수 있다. 따라서 청구법인이 사급자재 스크랩 가액을 하도급업체의 하도급가액에서 정산한 때에 청구법인이 해당 사급자재 스크랩 가액을 매출누락하고, 그와 동시에 하도급 공사원가도 누락한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (7) 쟁점④에 대하여 본다. 청구법인은 도급자재에서 발생한 스크랩을 OOO의 야적장에 반출한 후 계량하여 관리하였고, 이를 공사가 최종 완공된 이후에 정산하였다는 주장이나, 청구법인 소유의 도급자재 스크랩은 OOO의 야적장에 반입되어 OOO 소유의 스크랩과 구분없이 보관된 후 OOO의 생산과정에 이미 투입된 점에 비추어 해당 도급자재 스크랩의 소유권은 청구법인이 OOO의 야적장에 반입한 때에 OOO에게 이전된 것으로 보인다. 따라서 도급자재 스크랩이 OOO 야적장에 반출한 때를 해당 스크랩의 공급시기로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (8) 쟁점⑤에 대하여 본다. 청구법인은 OOO의 당초 계약이 사급자재의 물량이 확정되지 아니한 상태에서 체결된 계약이고, 이후 공사가 진행되면서 사급자재의 물량이 확정되어 추가사급자재가 발생하였으므로 OOO로부터 사급자재를 추가로 제공받은 것은 단순한 계약변경에 불과하다는 주장이나, 청구법인과 OOO는 당초 체결한 OOO 계약의 공사비 견적 작성조건에서 OOO가 공급하기로 한 최초사급자재인 철골가공용 소재(plate) 30,804톤의 물량가감 정산이 없는 것으로 약정하였고, 이에 따라 청구법인과 OOO는 사후 발생한 사급자재 추가소요물량에 대해 OOO가 추가사급자재를 제공하되, 청구법인의 정상구매단가로 정산하여 추가사급자재 가액만큼 당초 공사금액에서 차감하기로 계약하였는바, 이는 추가사급자재의 공급과 공사비 감액의 교환거래에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 청구법인과 OOO가 추가사급자재에 대해 세금계산서를 수수하지 아니하고, 추가사급자재 가액에 해당하는 공사수입금액 및 공사원가를 누락한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구 중 일부 청구주장은 부적법한 청구이고, 나머지 청구주장은 심리결과 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.