조심2010중0472 (2011.06.23)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1995.11.1. 개업하여 경기도 파주시 문산읍 선유리 문산첨단산업단지 선유지구 3-2에서 구조금속제품 제조업을 영위 하다가 2010.4.27. 주식회사 서경(이하 “서경”이라 한다)으로 흡수합병된 법인이다. 나. 중부지방국세청장은 2008.8.21.부터 2008.12.5.까지 청구법인에 대한 법인사업자 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2004년 당시 대표이사 조진경 명의의 공기조절용 댐퍼부착기술 등 2건의 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)의 취득가액으로 20억원을 과다 계상하는 등 아래 〈표1〉과 같이 법인세 과세표준을 과소 신고한 사실을 적출 하고 처분 청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 2009.10.15. 청구 법인 에게 2004사업연도 법인세 306,887,490원, 2005사업연도 법인세 2,809,268,930원, 2006사업연도 법인세 789,392,010원, 2007사업연도 법인세 4,651,360원, 2008사업연도 법인세 39,758,740원, 합계 3,949,958,530원을 경정·고지하였다. <표1> 세무조사결과 적출내역 (단위 : 백만원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 화물차 운전기사 김춘학, 자재과 직원 김현석, 오 경천 등(이하 “김춘학 등”이라고 한다)이 청구법인 소유의 재고품(Aluminum Ingot)을 절취한 행위에 대하여 2008.6.20. 의정부지방법원 고양지원에 손해배상청구소송을 제기한 사실이 있으며, 처분청은 도난 재고품에 대하여 2004사업연도 152,415,170 원, 2005사업연도 112,994,890원, 2006사업연도 381,671,130원, 합계 647,081,1190원을 손금불산입하였다. 청구법인은 ‘자재과에 입고된 총물량 - 생산부서에서 제품으로 생산된 물량의 총중량’을 계산하여 재고로 파악하고 있었기 때문에 김춘학 등이 자재과에 보관중인 재고품을 절취하여 총재고물량에 부족이 생기더라도 생산부서의 주조과정을 통하여 제품을 생산하면서 생기는 자연감모 분으로 인식하고 이를 제품생산비용에 산입하여 세무신고를 하였으므로(청구법인은 종전까지 재고자산의 감 소분을 자연감모 분으로 보고 그 금액을 매출원가의 일부로 세무신고를 하여 왔음), 청구법인이 자연감모 분으로 손금에 산입한 금액을 그 당시 적법하게 처리하였더라면 재고자산평가손으로서 손금에 산입될 수 있는 것이므로, 재고자산평가손으로 손금에 산입하지 않고 자연감모 분으로 오인하여 손금에 산입하였더라도 이는 손금의 명목만 다른 것일 뿐이며, 결국 손금에 산입되어야 한다는 점에서 동일한 점 등을 고려할 때, 처분청이 재고품 도난금액을 손금불산입한 처분은 위법하다. (2) 조진국은 1997.4.1. 회사의 부사장으로 입사하여 2001.5.31.까지 근무하다가 퇴사하고 2001.8.15. 캐나다로 이민을 간 전직 임원으로, 청구법인은 경 쟁사인 주식회사 해광(이하 “해광”이라 한다) 측의 악의적인 방해활동 으로 인해 거래소 상장은 물론 기업의 존속에 관하여 위기감을 느끼고, 재직시절 조진국의 경영관리능력이 절실하게 필요하여 2005.9.1.부터 2007.8.31.까지 조진국을 청구법인의 고문으로 위촉하였으며, 조진국에 대하여 2년 동안 고문으로 활동하는 대가로 세후 약 5억 5천만원을 지급하였다. 조진국은 2005.9.1.부터 청구법인의 비상근 고문으로 일하면서 해광의 특허권침해로 인한 손해배상청구수송 등을 해결하기 위하여 해광의 원천 특허를 무효화하는 소송을 제기하여야 한다는 혁신적인 아이디어를 제안하였고, 해광의 방해공작을 회피하기 위하여 청구법인의 본사와 공장을 베트남, 중국 등으로 이전하도록 자문을 하고 현지조사를 하기도 하는 등 조진국의 경영자문(청구법인에 관한 경영전략에 관한 재무·법률업무를 포괄적으로 자문)용역 또는 경영고문용역은 청구법인의 사업활동을 위한 것임이 명백하므로 조진국에게 지급한 금액은 모두 손금에 산입되어야 하고, 설사 청구법인이 조진국에게 지급한 고문료를 처분청과 같이 산정할 수 있다고 가정하더라도 청구법인이 회장인 조진경(청구법인의 생산기술특허개발 및 시공 등 기술적인 업무에 전 념)에게 지급한 급여(월 5천만원)와 비교하면 조진국에게 지급한 급여 (월 3천만원)가 과다하다고 보기도 어려운 바, 청구법인이 조진국에게 과다하게 인건비를 지급하였다 하여 손금불산입한 처분은 부당하다. (3) 청구법인은 2005.4.26. 한국증권거래소에 주식상장 예비심사를 청구하는 과정에서 향후 특허권사용료 부담을 줄이고 소유와 경영을 분리하기 위하여 2004.6.28. 청구법인의 대표이사 조진경 명의의 쟁점 특허권을 취득하였으며, 인솔회계법인 및 신세기특허법률소의 기술가치 평가액에 기초하여 취득가액을 40억원으로 결정한 것이므로 처분청이 쟁점특허권 취득가액을 과다계상하였다고 판단한 처분은 부당하다. 또한, 처분청은 청구법인의 기업부설연구소 직원을 통하여 쟁점특 허권의 연구가 진행되었다고 보았으나 쟁점특허권의 출원일은 1999. 5.1. 및 1999.5.4.이고 기업부설연구소 설립일은 2000.1.4.이므로 연구소 직원이 연구를 진행하였다는 것은 사실과 다르고, 쟁점특허권은 특별한 연구개발비가 필요하지 않은 ‘발상의 전환’에 의한 아이디어 등록에 불과하여 시제품 제작 및 다양한 실험이 필요하거나 청구법인의 설비 및 비용이 투입된 것이 아니었으므로 청구법인이 공동발명자로서 기여한 사실이 전혀 없으며, 쟁점특허권의 등록과 관련된 비용은 대표이사 조진경 개인비용으로 지출한 사실이 확인되는 데도, 처분청은 어떠한 증빙의 제시 없이 막연한 추측만으로 쟁점특허권을 업무관련 발명으로 대표이사 조진경과 청구법인의 공동발명으로 보아 취득가액의 50%를 부인하여 손금불산입한 처분은 과 세근거가 없는 부당한 처분이다. (4) 처분청은 청구법인이 주식회사 LG건설의 파주LCD 크린룸 특수공사(이하 “쟁점공사”라고 한다)를 서경으로 하도급하는 과정에서 하도급금액을 과다하게 지급하였다고 보아 부당행위계산부인규정을 적용하였으나, 「법인세법」상 부당행위계산부인시 건설용역의 시가는 당해 사업연도 중 유사한 거래의 수익률을 기초로 산정해야 하고, 유사한 거래는 당해 건설용역의 수행기능(건축물의 용도, 구조, 규모), 사용된 자산, 부담한 위험의 정도를 기준으로 선정해야 하는데, 처분청이 기 준으로 한 서경과 주식회사 공간코리아 및 주식회사 에이치엔씨 사이의 건설용역은 당해 사업연도의 거래도 아니고, 건축물의 용도·규모·사용자재·부담한 위험의 정도가 다르기 때문에 유사한 거래로 볼 수 없으므로 여기에 기초하여 부당행위계산부인액을 산정한 당초 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 직원이었던 김춘학 등이 절취한 재고품 상당액을 자연손실분으로 인식하고 이를 제품생산비용에 산입하여 법인세를 신고한 경우라도 도난당한 제품에 대해서는 재고자산평가손으로 손금산입할 수 있다고 주장하나, 청구법인은 김춘학 등에 대하여 손해배상청구 소송(소송가액 5,128,029,220원)을 제기하여 소송이 진행 중에 있고, 김춘학 등의 부동산에 대하여 가압류 등을 한 상태에 있으므로, 도난 재고품에 대하여 회수할 수 없는 금액이 확정되지 아니하였다 하여 손금불산입한 처분은 정당하다. (2) 청구법인은 조진국이 청구법인과 고용관계에 있지 아니하고 경영자문만 하는 고문이라고 주장하며 조진국에게 지급한 금액을 일반 임원들의 급여와 비교하여 과세하는 것이 부당하다고 주장하나, 청구법인의 퇴직급여추계액 명세서에는 조진국의 직위는 부회장이고, 입사일은 2005.9.1.로 되어 있으며, 근로소득 지급시 임원으로 보아 근로소득세를 원천징수한 사실이 있고, 법인세 통합조사과정에서 다른 임원들과 비교하여 급여가 과다하게 지급된 사실에 대하여 소명을 구하였으나 뚜렷한 증빙을 제시함이 없었으며, 관리능력이 있는 고문으로 인정하여 많은 보수를 지급하였다고 주장하면서도 고문계약 등 관련 증빙을 제시하지 아니하였다. 또한, 청구법인은 조진국이 비상근 고문으로 경영자문용역 등을 제공하였다고 하면서 해광과의 특허권침해로 인한 손해배상청구소송을 위한 자문 및 청구법인의 본사와 공장을 베트남, 중국 등으로 이전하도록 자문을 하고 현지조사를 실시하였다고 주장하나, 조진국이 구체적으로 어떤 업무를 수행하였는지 나타나지 아니하고 이에 대한 증빙도 제시하고 있지 아니하며, 관련 소송은 법무법인 바른 법률사무소 소속 변호사 및 변리사 등이 수행한 것으로 나타나고, 조진국은 변호사나 변리사 자격이 없을 뿐만 아니라 소송과 관련하여 수행한 업무에 대한 구체적인 내용이 확인되지 아니한다. 설령 조진국이 특허권 및 손해배상청구 소송업무를 수행하였다고 하더라도 청구법인의 임원으로서 소송과정에서 자문이나 보조역할을 수행한 것이므로, 경영전반에 대하여 책임을 지는 대표이사를 포함한 청구법인의 다른 임원보다 현저히 높은 보수를 지급받을 수 있는 요인 으로 보기 어렵다 할 것이므로 청구법인이 동일한 직위에 있는 다른 이사들보다 과다하게 보수를 지급한 것으로 보아 손금불산입한 처분은 정당하다. (3) 일반적인 경험칙 상 특허권 등은 제품을 생산·판매하는 과정에서 제품의 기능향상 및 생산비 절감에 관하여 얻은 아이디어 등을 토대로 하거나, 신제품·신기술 개발을 위해 경쟁하는 과정에서 획득하는 것이 일반적이고, 그 기술적 측면이 단순한 고안·구상만으로는 개발이 불가능하므로 기술의 실현가능성·효율성 검증을 위해서는 제품생산 및 판매법인을 통한 설비 사용·실험 등이 필수적이라 할 것이며, 쟁점특허권에 대하여 청구법인의 기술팀과 공동으로 개발한 사실(KT마크 1999년 4/4분기 인정기술 책자 등재)이 나타나고, 반도체·LCD 제조공장 크림룸의 청정유지와 항온·항습을 위한 중요 제품을 시제품의 제작 및 다양한 실험 없이 아이디어에 의해 바로 제품생산한 것처럼 주장하는 것은 상식적으로 있을 수 없는 것이며, 또한, 쟁점특허권의 명의인은 청구법인의 대표이사이자 대주주이므로 쟁점특허권은 「발명진흥법」 제2조 및 제10조의 규정에 의하여 직무발명에 속하는 것이므로 사실상 청구법인이 쟁점특허권의 사용을 위해 별도의 사용대가를 지불할 필요도 없는 것이나, 청구법인이 쟁점특허권을 양도받아 독점적으로 사용할 수 있고 대표이사 조진경과 청구법인이 공동개발한 점 등에 비추어 쟁점특허권 평가액의 50%인 20억원에 대하여 손금불산입한 당초 처분은 정당하다. (4) 청구법인은 2005년 2월 LG건설로부터 쟁점공사를 470억원에 수주하여 134억원 상당의 공사를 직접 시공하였으며, 잔여 공사 분 336억원은 2004.4.3. 개업하여 크린룸 특수공사에 대한 실적이나 기술이 전혀 없으며, 대표이사 조진경의 처 김의득과 자 조상원이 주식 100%를 소유한 특수관계법인 서경에게 174억원에 하도급하였으므로, 하도급금액 174억원에서 서경이 재하도급하여 발생한 원가 82억원을 포함하여 계산한 정상가액 96억원을 차감한 78억원을 청구법인이 특수관계법인 서경에게 이익을 부당하게 분여하였다고 보아 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 매출원가로 계상한 도난 재고품에 대하여 손금불산입하여 과세한 처분의 당부 (2) 청구법인의 임원인 조진국(대주주의 동생)에게 정당한 사유없이 과다하게 인건비를 지급한 것으로 보아 과세한 처분의 당부 (3) 대표이사 조진경 명의로 되어 있는 쟁점특허권을 청구법인과 공동 발명한 것 으로 보아 취득가액의 50%를 손금불산입한 처분의 당부 (4) 특수관계법인에게 하도급한 쟁점공사에 대하여 청구법인의 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분의 당부 나. 관련법령 (1) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하 는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 인건비 6. 제1호 내지 제5호외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령이 정하는 것 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 제42조【자산ㆍ부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 3. 재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가 ② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다. ③ 다음 각 호의 1에 해당하는 자산은 제1항 및 제2항의 규정에 불구 하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있다 . 1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것 제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다 . (2) 발명진흥법 제2조【정의】2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종 업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조【직무발명】① 직무발명에 대하여 종업원 등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허 등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허 등을 받으면 사용자 등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다. 제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원 등은 직무발명에 대해 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다. ③ 제1항에 따른 보상에 대해 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 않거나 제2항에 따른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의해 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려해야 한다. (3) 특허법 제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 자 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청직원 및 특허심판원직원은 상속 또는 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다. 제100조【전용실시권】① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있다. ② 제1항의 규정에 의한 전용실시권의 설정을 받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위 안에서 업으로서 그 특허발명을 실시할 권리를 독점한다. 제102조【통상실시권】① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 통상실시권을 허락할 수 있다. ② 통상실시권자는 이 법의 규정에 의하여 또는 설정행위로 정한 범위안에서 업으로서 그 특허발명을 실시할 수 있는 권리를 가진다. ③ 제107조의 규정에 의한 통상실시권은 실시사업과 같이 이전하는 경우에 한하여 이전할 수 있다. (4) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ③ 법인이 제87조 제3항의 규정에 의한 지배주주(동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자를 포함하며, 이하 “지배주주 등”이라 한다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일 직위에 있는 지배주주 등외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ⑥ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 임원(이하 “임원”이라 한다)은 다음 각 호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자로 한다. 1. 법인의 회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ이사장ㆍ대표이사ㆍ전무이사ㆍ상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인 2. 합명회사ㆍ합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사 3. 감사 4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자 제88조【부당행위계산의 유형】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조【시가의 범위 등】④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제3항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액. 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴보면, (가) 중부지방국세청장의 법인세사업자 통합조사시 청구법인의 직원이었던 김춘학 등이 재고품(알루미늄 잉콧트)을 절취하여 소송이 진행 중이었는데도 청구법인이 도난된 재고품 상당액만큼 매출원가를 과대계상한 것을 확인하고, 회수 불가능한 금액이 확정되지 아니한 재고 자산 과소계상금액 2004사업연도 152,415,170 원, 2005사업연도 112,994,890 원, 2006사업연도 381,671,130원, 합계 647,081,190원을 손금불산입하여 이 건 과세처분을 하였다. (나) 청구법인이 제출한 토지등기부등본에 의하면, 김춘학은 2007.4.20. 충청북도 진천군 이월면 내촌리 383 토지를, 2008.2.27. 충청북도 진천군 이월면 장양리 92 토지 및 같은 리 754 토지를 취득하였고, 청구법인은 김춘학이 취득한 토지를 2008.4.4. 가압류(청구금액 3억원) 하였음이 나타나고, 이외에도 청구법인은 김춘학 등에 대한 손해배상청구의 소를 진행하고 있다는 서류를 제출하고 있다. (다) 살피건대, 청구법인은 2004～2006사업연도 재고품 도난금액 647,081,190원을 매출원가로 계상한데 대하여 손금불산입하여 과세한 처분이 위법하다고 주장하고 있으나, 김춘학의 소유부동산에 대하여 가압류하였고, 김춘학 등에 대하여 손해배상청구 소송이 진행 중에 있는 바, 도난 재고자산에 대하여 추후 손금으로 확정될 때 손금산입함은 별론으로 하고 2004～2006사업연도 재고품 도난가액을 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것(조심 2009중2737, 2009.11.17., 같은 뜻)으로 보인다. (2) 쟁점②에 대하여 살펴보면, (가) 처분청은 청구법인의 주식 45%를 소유한 지배주주이자 청구법인의 회장(대표이사)인 조진경의 동생인 부회장 조진국에게 아래〈표2〉와 같이 2005～2006사업연도 급여를 정당한 사유 없이 다른 이사들의 급여액에 비해 과다하게 지급하였다 하여 2005사업연도 326,400,000원, 2006사업연도 419,495,500원, 합계 745,895,500원을 손금불산입하여 이 건 과세처분을 하였다. 〈표2〉조진국과 임원급여 비교내역 (단위 : 천원)

(나) 처분청이 제시한 조사서 등에 의하면, 청구법인은 2005년 9월부터 2007년 8월까지 실제 사주인 조진경의 동생 조진국에게 급여 7억 2천만원과 상여 4억 2천만원 합계 11억 4천만원을 지급한 사실이 있고, 위 금액은 다른 이사들(대표이사 포함)의 급여액과 비교하여 7배를 초과하여 과다하게 지급된 것이며, 조진국은 청구법인의 퇴직급여추계액명세서 등에 의하면 부회장으로 되어 있는 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 조진국이 고문으로 있으면서 청구법인의 법무업무 총괄 자문(쟁송상 필요한 증거서류 및 참고자료 수집 지휘 및 쟁송 사실관계 확인 등), 청구법인 본사 및 공장의 해외이전사업 추진[베트남, 말레이시아 등 현지 방문하여 사업성 검토, NET 클럽 산업시찰(카 자흐스탄, 터키) 등], 청구법인의 재무업무 자문 등 을 하였다고 주장하면서, 소송비용 청구 증빙 등에 관한 이메일 내용, NET 클럽 산업시찰에 관한 문서, 해광의 청구법인에 대한 손해배상 청구 소장 , 청구법인이 해광을 피청구인으로 하여 청구한 특허심판원 심결문서( 2005당2281, 2006.3.22.), 조진국의 국제전화 통화내역, 조진국에 대한 출입국 사실증명원 등을 제출하였다. (라) 조진국에 대한 소득금액증명원(청주세무서장)에 의하면, 소득구분에 근로소득으로 기재되고 원천징수의무자가 청구법인으로서 소득금액이 2005년 3억 6천만원, 2006년 4억 8천만원, 2007년 3억원으로 나타난다. (마) 살피건대, 청구법인은 조진국이 청구법인과 고용 관계에 있지 아니하며 청구법인의 고문으로 경영자문업무 등을 수행하였다고 주장하나, 청구법인의 퇴직급여추계액명세서 등에 의하면 조진국은 청구법인의 부회장으로 조진국의 급여 지급시 근로소득세를 원천징수한 바 있고, 조진국과 별도의 고문계약을 체결하였다는 증빙을 제출하지 아니하였으며, 청구법인은 조진국의 업무수행과 관련하여 조진국이 특허 관련 소송 자문 및 본사 및 공장의 해외 이전 관련 현지조사 등을 하였다고 주장하나, 제출된 자료를 볼 때 설사 조진국이 청구법인의 업무를 수행하였다 하더라도, 변호사 등의 자격이 없는 조진국은 청구법인의 임원으로서 보조·자문역할을 수행한 것으로 볼 수 밖에 없고, 조진경은 청구법인의 회장이자 실제 사주이며 창업자로서 청구법인의 생산제품 및 설치시공 등과 관련하여 업무개선 및 특허를 제안하고 이를 실행한 자로 청구법인의 주장처럼 조진국과 조진경의 급여를 비교하기도 어려워 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 조진국에게 과다하게 인건비를 지급하였다 하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단(조심 2009중2737, 2009.11.17., 같은 뜻)된다. (3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 등이 제출한 심리자료에 의하면, 대표이사 조진경은 1 995.10.23. 법인 설립 시부터 2006.3.6.까지 청구법인의 대표이사로 재직 하였고, 대표이사 재직 중인 1999년 5월 아래〈표3〉과 같이 쟁점특허권을 취득하였으며, 청구법인은 2004.6.28. 쟁점특허권을 인솔회계법인과 신세기특허법률사무소에서 평가한 기술가치 평가액(4,316백만원)에 기초하여 4,000백만원에 취득한 것으로 나타나며, 〈표3〉조진경의 쟁점특허권 취득내역

(나) 처 분청은 청구법인이 1998.10.15. 연구개발 투자기업 ( 중소기업청 제98112333-131호) 인 벤처기업으로 지정되었는 바, 1998년 8월 중소기업청이 발간한 ‘벤처기업확인요령’의 벤처기업 범위표에 연구개발투자기업이라 함은 구「조세감면규제법」에 규정한 기술인력개발비세액공제 적용을 받는 연구개발비가 직전 사업연도 총매출액의 100분의 5이상인 기업을 말한다고 되어 있는 것으로 보아 쟁점특허권의 출원일 이전부터 청구법인에서 판넬 등에 대한 전문적인 연구개발이 지속적으로 이루어져 왔을 뿐더러, 1999년 4/4분기 KT의 신기술 인정〔반도체 크린룸 이중마루판의 다공판넬용 공기조절(댐퍼)장치〕을 받기 위해 제출한 신기술인 정신청서 등에 의하면 청구법인의 기술팀과 공동으로 개발한 것으로 되어 있으므로 , 비록 쟁점특허권의 출원자가 조진경 개인으 로 되어있다 하더라도 청구법인의 기술팀과 공동으로 연구하여 발명한 성과로 보는 것이 타 당하다고 판단하고, 「발명진흥법」제15조 직무발명에 따른 보상규정 등에 비추어 쟁점특허권의 기술가치 평가액에 기초한 지급금액(취득가액)의 50%인 20억원을 손금불산입한 것으로 나타난다. (다) 반면, 청구법인은 쟁 점특허권은 알루미늄 판넬에 댐퍼를 부착하는데 있어 피스로 구멍을 뚫어 부착하는가(기존), 아니면 크립방식으로 부착하는가 하 는 차이이므로 특별한 연구시설이나 상당한 연구개발비가 필요하지 않은 ‘발상의 전환’이며, ‘유선형의 코카콜라 병’, ‘믹스형 커피’, ‘지우개 달린 연필’ 등과 같은 아이디어 등록에 불과하고, 쟁점특허권은 청구법인의 연구소 설립이전(1999.5.1. 특허신청, 1999.6.28. 연구소 설립, 1999년 4/4분기 KT 신기술 인정 신청)에 개발을 완료하여 특허출원한 것이기 때문에 특허출원 당시 쟁점특허권을 공동 개발할 연구소 및 연구소 직원이 존재하지도 않았으며, 특허 등록과 관련된 비용을 조진경 개인이 부담하였으므로, 취득가액의 2분의 1을 손금불산입하고 조진경에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (라) 상기 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점특허권은 조진경 개인의 독창적인 창안이라고 주장하지만, 쟁점특허권은 청구법인의 업무와 연관이 있는 것으로 청구법인의 구조금속제품 제조 및 크린룸 등의 시공과정에서 얻은 아이디어를 토대로 한 것이거나 동종 업체와의 신제품·신기술 개발을 위해 경쟁하는 과정에서 획득하였을 가능성이 높고, 판넬 제품의 특성상 단순한 구상만으로 제품생산이 가능한 것이 아니며, 제품의 실현가능성 및 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 이루었다는 것은 신빙성이 없어 보이는 점, 청구법인이 연구개발 투자기업인 벤처기업으로 지정되고, 쟁점특허권과 유사한 ‘ 반도체 크린룸 이중마루판의 다공판넬용 공기조절(댐퍼)장치’에 대한 KT의 신기술인정신청서에 청구법인의 기여도가 나타나고 있는 점, 조진경이 개인적으로 부담하였다고 주장하는 특허권 비용은 2002년 이후 비용으로 쟁점특허권의 출원과는 연관이 없는 점 등으로 미루어 볼 때, 쟁점특허권이 조진경 명의로 되어 있었지만 실제로는 청구법인이 개발하였거나 청구법인과 조진경이 공동으로 개발한 것으로 보이므로, 쟁점특허권의 기술가치 평가액에 기초한 지급금액(취득가액)의 50%인 20억원을 손금불산입 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. (3) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인의 대주주는 조진경(45%)으로 1995.10.23. 법인 설립 시부터 2006.3.6.까지 대표이사로 재직하였고, 서경은 2004.4.3. 설립한 법인으로 조진경의 배우자 김의득은 18.2%, 자 조상원은 81.8%의 주식을 보유한 특수관계법인이며, 청구법인은 LG건설의 파주LCD 크린룸공사(공사기간 : 2005.1.1 4.～2006.6.30.) 를 470억원에 수주하여 2005.1.14.부터 20 05.6.30.까지는 직접 시공(공사금액 134억원)하였고, 2005.7.1.부터 2006.6.30. 까지의 잔여공사는 특수관계법인인 서경으로 174억원에 하도급하였으며, 처분청은〈표4〉와 같이 하도급금액 174억원에서 서경이 재하도급 공사시 발생한 원가 83억원 및 다른 공사 수 주시 견적서에 나타나는 이윤 등 14억원을 차감한 78억원에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 익금산입한 것으로 나타난다. 〈표4〉부당행위계산부인액 계산내역 (단위 : 백만원)

(나) 또한, 처분청은 쟁점공사 하도급 당시 청구법인이 이미 기초공사(원가가 가장 많이 소요되고 기장 중요한 공정이라는 의견임)를 마친 상태였고, 서경의 직원은 7명으로 LCD 크린룸 공사라는 특수성에 비추어 과거 공사실적과 기술 및 인력이 전혀 없는 서경이 시공한다는 것은 사실상 불가능한데도 하도급하였으며, 청구법인에서 기초공사를 담당했던 박상도 외 20명이 쟁점공사 완공시까지 계속 관리하고 있었을 뿐만 아니라, 쟁점공사의 하도급으로 인하여 서경이 청구법인을 대체하여 LG협력업체로 등록되었다는 정황근거를 제시하고 있다. (다) 반면, 청구법인은 쟁점공사와 유사한 시가를 찾을 수 없어 청구법인 자체 시공분의 매 출총이익률을 감안하여 아래〈표5〉와 같이 하도급금액을 산정한 것이며, 청구법인은 결과적으로 자체 시공하는 것보다 서경에 하도급을 함으로써 매출총이익이 증가하였으므로 부당행위계산 부인대상이 아니라고 주장하고 있다. 〈표5〉쟁점공사를 자체시공 또는 하도급한 경우 매출총이익 비교 (단위 : 억원)

(라) 「법인세법」제52조 제1항에는 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있는 바, 서경에서는 쟁점공사 중 잔여공 사를 174억원에 하도급받아 83억원의 공사원가가 투입되었으므로 아래 〈표6〉과 같이 쟁점공사를 청구법인이 모두 직접 시공하였을 경우에 비하여 서경에게 174억원에 하도급함으로써 청구법인의 소득금액이 감소하였음을 알 수 있다. 〈표6〉쟁점공사의 하도급에 따른 공사이익 비교 (단위 : 억원)

(라) 살피건대, 법인의 부당행위계산의 부인규정을 둔 본래의 취지는 법인이 세법에서 규정한 특수관계있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 그 거래가 세법에서 열거한 제반거래형태를 빙자하여 조세법을 남용함으로써 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감되었다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령이 정하는 방법에 의하여 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 이를 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는데 있는 것(대법원 2005두7358, 2005.9.29. 참조)으로 볼 때, 서경의 직원은 소수이고 과거 동일한 공사실적 및 기술이 전혀 없어 시공이 사실상 불가능한 데도 하도급을 주었고, 기초공사를 진행하던 청구법인의 직원이 하도급 후에도 쟁점공사를 계속 관리하고 있었으며, 하도급 공사로 인하여 LG협력업체가 청구법인에서 서경으로 변경된 사실이 인정되는 점, 서경으로 하도급을 줌으로써 청구법인의 소득금액이 감소하여 서경에게 이익을 분여한 것으로 나타나는 점 등으로 보아, 처분청이 하 도급금액 174억원에서 서경이 재하도급 공사시 발생한 원가 83억원 및 다른 공사 수 주에서 나타나는 이윤 등 14억원을 차감한 78억원에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입한 처분은 달리 잘못이 없다고 보여진다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.