조심2013서3789 (2013.11.15)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 엔지니어링 서비스업, 건설업 등을 영위하는 법인으로서 1987.5.11. 이후 OOO에서 기업부설연구소를 설립하여 운영중에 있으며, 2009～2011사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청함에 있어, 「조세특례제한법 시행령」 별표6의 ‘인건비’의 범위에 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니하였다가, 대법원 판결(2011.6.24. 선고 2011두6844)을 근거로 2013.5.29. 연구전담부서 연구원의 인건비 중 퇴직급여충당금전입액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 포함하여 세액공제를 재계산한 후, 2013.3.28. 2009～2011사업연도 법인세 OOO원에 대해 경정청구를 하였다. 나. 처분청은 쟁점금액이 「조세특례제한법」 제 10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비에 포함되지 아니한다고 보아 2013.5.29. 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 「조세특례제한법 시행령」 별표6(2009.2.4. 대통령령 21307호로 개정되기 전의 것)에서는 세액공제 대상을 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비로 규정하고 있고, 인건비는 특별한 규정이 없는 한 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것으로서 퇴직급여충당금전입액을 특별히 제외할 이유가 없다고 할 것이다. 또한, 대법원 판결(2011.6.24. 선고 2011두6844)에서도 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 「법인세법」상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점에 비추어 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 과세특례규정이 적용되어야 한다고 판시하고 있어 쟁점금액은 조세특례대상 지출액임이 명백하다. 아울러, 처분청이 판단의 근거로 삼았던 「조세특례제한법 시행령」 별표6은 2012.2.2.에 개정되어 시행 중인 조항으로, 이를 근거로 그 이전인 2009～2011사업연도 퇴직급여의 세액공제 해당 여부를 판단할 수 없으므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 근거과세원칙을 포함하고 있는 조세법률주의에 위배된다. 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점금액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 인건비에 해당된다고 주장하나, 「조세특례제한법」은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책 목적을 달성하는 데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정 요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하도록 규정하고 있는바, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로 보기 어려운 점 등을 볼 때, 처분청이 쟁점금액을 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 퇴직급여충당금전입액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부 나. 관련법령 : 별지 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 퇴직급여충당금전입액과 관련하여 연구 및 인력개발비 세액공제로 신청한 경정청구 내역은 아래 <표>와 같다. OOO (2) 청구법인은 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 「법인세법」상 손금에 해당하고, 「조세특례제한법」에서 인건비에 대한 명확한 정의도 없으며, 인건비는 그 명칭여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 말하는 것이므로, 쟁점금액은 「조세특례제한법」상의 연구·인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 해당한다고 주장한다. (3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는것이 그 목적이나, 「조세특례제한법」은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자 금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이「법인세법」과 「조세특례제한법」은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서「법인세법」에서 손금으로 인정된다고 하여「조세특례제한법」에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이고, 「조세특례제한법」에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 제시한 「조세특례제한법」기본통칙 9-8...1은 구「조세감면 규제법」기본통칙 2-5-12...16을 「조세특례제한법」 신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제23590호) 별표6 에서도 연구·인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 또한,「조세특례제한법」상의 연구·인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구·인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 쟁점금액이「조세특례제한법」의 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단되므로 처분청이 쟁점금액을「조세특례제한법」의 연구·인력개발비 세액 공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액 공제를 배제하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011부1401, 2012.2.16. 합동회의 같은 뜻). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령 (1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되 기 전의 것) 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용) 1. 기술개발 가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 (4) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 신설된 것) 제9조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2 항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용) 1. 기술개발 가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 (5)조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용) 1. 연구개발 가. 자체연구개발 ① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비( 「소득세법」제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」제33조 에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다)